genespring manual

8/2/2019 GeneSpring Manual

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September 2008

10.0 revisions of the


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Contents

Contents i

List of Figures xv

List of Tables xxix

1 GeneSpring GX Installation 11.1 Supported and Tested Platforms . . . . . . . . . . . . . . . . 11.2 Installation on Microsoft Windows . . . . . . . . . . . . . . . 1

1.2.1 Installation and Usage Requirements . . . . . . . . . . 11.2.2 GeneSpring GX Installation Procedure for Microsoft

Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21.2.3 Activating your GeneSpring GX . . . . . . . . . . . 41.2.4 Uninstalling GeneSpring GX from Windows . . . . 5

1.3 Installation on Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.3.1 Installation and Usage Requirements . . . . . . . . . . 61.3.2 GeneSpring GX Installation Procedure for Linux . . 71.3.3 Activating your GeneSpring GX . . . . . . . . . . . 71.3.4 Uninstalling GeneSpring GX from Linux . . . . . . 9

1.4 Installation on Apple Macintosh . . . . . . . . . . . . . . . . 91.4.1 Installation and Usage Requirements . . . . . . . . . . 101.4.2 GeneSpring GX Installation Procedure for Macintosh 101.4.3 Activating your GeneSpring GX . . . . . . . . . . . 111.4.4 Uninstalling GeneSpring GX from Mac . . . . . . . 13

1.5 License Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

1.5.1 Utilities of the License Manager . . . . . . . . . . . . 15

2 GeneSpring GX Quick Tour 192.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192.2 Launching GeneSpring GX . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

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2.3 GeneSpring GX User Interface . . . . . . . . . . . . . . . . 19

2.3.1 GeneSpring GX Desktop . . . . . . . . . . . . . . . 202.3.2 Project Navigator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212.3.3 The Workflow Browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212.3.4 The Legend Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212.3.5 Status Line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

2.4 Organizational Elements and Terminology in GeneSpringGX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232.4.1 Project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242.4.2 Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242.4.3 Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252.4.4 Experiment Grouping, Parameters and Parameter Val-

ues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252.4.5 Conditions and Interpretations . . . . . . . . . . . . . 262.4.6 Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292.4.7 Entity Tree, Condition Tree, Combined Tree and Clas-

sification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 302.4.8 Class Prediction Model . . . . . . . . . . . . . . . . . 312.4.9 Script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312.4.10 Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322.4.11 Inspectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322.4.12 Hierarchy of objects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342.4.13 Right-click operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342.4.14 Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

2.4.15 Saving and Sharing Projects . . . . . . . . . . . . . . . 432.4.16 Software Organization . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

2.5 Exporting and Printing Images and Reports . . . . . . . . . . 442.6 Scripting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 452.7 Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 452.8 Update Utility . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

2.8.1 Product Updates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 452.9 Getting Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

3 Technology and Biological Genome 513.1 Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

3.1.1 Standard Technology Creation . . . . . . . . . . . . . 513.1.2 Agilent eArray Technology Creation . . . . . . . . . . 533.1.3 Custom Technology Creation . . . . . . . . . . . . . . 543.1.4 Technology creation on the fly . . . . . . . . . . . . . 553.1.5 Inspection of Technology . . . . . . . . . . . . . . . . 56

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3.1.6 Technology Deletion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

3.2 Update Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563.2.1 Automatic Query of Update Server . . . . . . . . . . . 583.2.2 Update Technology Annotations . . . . . . . . . . . . 58

3.3 Translation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 633.3.1 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64

3.4 Biological Genome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

4 Data Migration 714.1 GeneSpring GX Data Migration from GeneSpring GX 7 . . 71

4.1.1 Migrations Steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 714.1.2 Migrated Objects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

4.2 Data Migration from WG5.2 to WG10 . . . . . . . . . . . 784.2.1 Users and Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 794.2.2 Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 794.2.3 Genomes, Projects, Experiments . . . . . . . . . . . . 814.2.4 Entity Lists, Gene Trees, Condition Trees and Classi-

fications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 824.2.5 Ownership and Permissions . . . . . . . . . . . . . . . 824.2.6 Potential causes of Migration failure and Known Issues 83

4.3 Migration ofGX10 Desktop Data to GX10 Workgroup . . . 844.4 Migration of GX9 to GX10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

5 Data Visualization 87

5.1 View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875.1.1 The View Framework in GeneSpring GX . . . . . . 875.1.2 View Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

5.2 The Spreadsheet View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 975.2.1 Spreadsheet Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . 985.2.2 Spreadsheet Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

5.3 MvA plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1035.4 The Scatter Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103

5.4.1 Scatter Plot Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . 1055.4.2 Scatter Plot Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

5.5 The Profile Plot View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114

5.5.1 Profile Plot Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . 1165.5.2 Profile Plot Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117

5.6 The Heat Map View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 215.6.1 Heat Map Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1225.6.2 Heat Map Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

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5.6.3 Heat Map Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128

5.7 The Histogram View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1305.7.1 Histogram Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1315.7.2 Histogram Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131

5.8 The Bar Chart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1355.8.1 Bar Chart Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1365.8.2 Bar Chart Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137

5.9 The Matrix Plot View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1405.9.1 Matrix Plot Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . 1415.9.2 Matrix Plot Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

5.10 Summary Statistics View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1465.10.1 Summary Statistics Operations . . . . . . . . . . . . . 1465.10.2 Summary Statistics Properties . . . . . . . . . . . . . 147

5.11 The Box Whisker Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1525.11.1 Box Whisker Operations . . . . . . . . . . . . . . . . . 1535.11.2 Box Whisker Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

5.12 The Venn Diagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1585.12.1 Venn Diagram Operations . . . . . . . . . . . . . . . . 1585.12.2 Venn Diagram Properties . . . . . . . . . . . . . . . . 1585.12.3 Plot List Associated Values . . . . . . . . . . . . . . . 1605.12.4 Genome Browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1655.12.5 Save Current view . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165

6 Analyzing Affymetrix Expression Data 167

6.1 Running the Affymetrix Workflow . . . . . . . . . . . . . . . 1676.2 Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1716.3 Guided Workflow steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1746.4 Advanced Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193

6.4.1 Creating an Affymetrix Expression Experiment . . . . 1946.4.2 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1996.4.3 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2026.4.4 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2076.4.5 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2096.4.6 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2096.4.7 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210

6.4.8 Affymetrix Technology creation using Custom CDF . 210

7 Affymetrix Summarization Algorithms 2157.0.1 Probe Summarization Algorithms . . . . . . . . . . . . 2157.0.2 Computing Absolute Calls . . . . . . . . . . . . . . . . 220

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8 Analyzing Affymetrix Exon Expression Data 221

8.1 Running the Affymetrix Exon Workflow . . . . . . . . . . . . 2218.2 Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2288.3 Guided Workflow steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2298.4 Advanced Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 46

8.4.1 Creating an Affymetrix ExonExpression Experiment . 2468.4.2 Experiment setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2578.4.3 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2588.4.4 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2608.4.5 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2618.4.6 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2618.4.7 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2628.4.8 Algorithm Technical Details . . . . . . . . . . . . . . . 2 62

9 Analyzing Affymetrix Exon Splicing Data 2659.1 Running the Affymetrix Exon Splicing Workflow . . . . . . . 265

9.1.1 Creating an Affymetrix Exon Splicing Experiment . . 2669.1.2 Data Processing for Exon arrays . . . . . . . . . . . . 2769.1.3 Experiment setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2789.1.4 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2789.1.5 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2819.1.6 Exon Splicing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2819.1.7 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2979.1.8 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298

9.1.9 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3009.1.10 Algorithm Technical Details . . . . . . . . . . . . . . . 3 00

9.2 Tutorial for Exon Splicing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . 3 01

10 Analyzing Illumina Data 30710.1 Running the Illumina Workflow: . . . . . . . . . . . . . . . . 30710.2 Data Processing for Illumina arrays . . . . . . . . . . . . . . . 3 1110.3 Guided Workflow steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31510.4 Advanced Workflow: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 34

10.4.1 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34010.4.2 Quality control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342

10.4.3 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34510.4.4 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34910.4.5 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34910.4.6 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35010.4.7 Illumina Custom Technology creation . . . . . . . . . 350

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11 Analyzing Agilent Single Color Expression Data 353

11.1 Running the Agilent Single Color Workflow . . . . . . . . . . 35311.1.1 Analyzing Agilent Two Color data in Agilent SingleColor Experiment Type . . . . . . . . . . . . . . . . . 357

11.2 Data Processing for Agilent Single Color arrays . . . . . . . . 36111.3 Guided Workflow steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36211.4 Advanced Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378

11.4.1 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38411.4.2 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38611.4.3 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39211.4.4 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39211.4.5 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39211.4.6 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393

12 Analyzing Agilent Two Color Expression Data 39912.1 Running the Agilent Two Color Workflow . . . . . . . . . . . 39912.2 Data Processing for Agilent Two Color arrays . . . . . . . . . 40312.3 Guided Workflow steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40812.4 Advanced Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 425

12.4.1 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42912.4.2 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43112.4.3 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43612.4.4 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43712.4.5 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 437

12.4.6 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43812.5 Custom Agilent Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 438

13 Analyzing Agilent miRNA Data 44513.1 Running the Agilent miRNA Workflow . . . . . . . . . . . . . 44513.2 Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45213.3 Guided Workflow steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 453

13.3.1 Summary Report (Step 1 of 8) . . . . . . . . . . . . . 45313.3.2 Experiment Grouping (Step 2 of 8) . . . . . . . . . . . 45313.3.3 Quality Control (QC) (Step 3 of 8) . . . . . . . . . . . 45513.3.4 Filter probesets (Step 4 of 8) . . . . . . . . . . . . . . 460

13.3.5 Significance Analysis (Step 5 of 8) . . . . . . . . . . . 46013.3.6 Fold-change (Step 6 of 8) . . . . . . . . . . . . . . . . 46513.3.7 Gene Ontology Analysis (Step 7 of 8) . . . . . . . . . 46913.3.8 Find Significant Pathways (Step 8 of 8) . . . . . . . . 470

13.4 Advanced Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 472

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13.4.1 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 480

13.4.2 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48013.4.3 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 485

13.4.4 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48713.4.5 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487

13.4.6 TargetScan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48813.4.7 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 490

14 Analyzing Real Time PCR Data 49114.1 Running the Real Time PCR Workflow . . . . . . . . . . . . 491

14.1.1 Technology Creation in RT-PCR experiments . . . . . 4 9 514.1.2 Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49514.1.3 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 496

14.1.4 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49614.1.5 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 498

14.1.6 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49914.1.7 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49914.1.8 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 500

15 Analyzing Generic Single Color Expression Data 50515.1 Creating Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 05

15.1.1 Project and Experiment Creation . . . . . . . . . . . . 51715.2 Data Processing for Generic Single Color Experiment . . . . . 5 1 9

15.3 Advanced Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522

15.3.1 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52815.3.2 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 530

15.3.3 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.3.4 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536

15.3.5 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.3.6 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 537

16 Analyzing Generic Two Color Expression Data 53916.1 Creating Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 39

16.1.1 Creation of Custom Technology-Non gpr files . . . . . 5 4 0

16.1.2 GenePix Result Technology creation . . . . . . . . . . 548

16.1.3 Project and Experiment Creation . . . . . . . . . . . . 55116.2 Advanced Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552

16.2.1 Data Processing for Generic Two Color Data . . . . . 5 5 916.2.2 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 560

16.2.3 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561

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16.2.4 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563

16.2.5 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56716.2.6 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567

16.2.7 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 568

17 Advanced Workflow 569

17.1 Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 570

17.1.1 Quick Start Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 570

17.1.2 Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . 570

17.1.3 Create Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573

17.2 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 574

17.2.1 Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . 574

17.2.2 Filter Probesets by Expression . . . . . . . . . . . . . 57717.2.3 Filter probesets by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 579

17.3 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581

17.3.1 Statistical Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581

17.3.2 Fold change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 591

17.3.3 Clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 592

17.3.4 Find similar entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 596

17.3.5 Filter on Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 599

17.3.6 Principal Component Analysis . . . . . . . . . . . . . 604

17.4 Class Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 607

17.4.1 Build Prediction model . . . . . . . . . . . . . . . . . 60717.4.2 Run prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 607

17.5 Results Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 609

17.5.1 GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 609

17.5.2 GSEA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 609

17.6 Find Similar Objects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 609

17.6.1 Find Similar Entity lists . . . . . . . . . . . . . . . . . 609

17.6.2 Find Similar Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . 610

17.7 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 611

17.7.1 Save Current view . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 611

17.7.2 Genome Browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 611

17.7.3 Import Entity List from file . . . . . . . . . . . . . . . 611

17.7.4 Import BROAD GSEA Genesets . . . . . . . . . . . . 612

17.7.5 Import BIOPAX pathways . . . . . . . . . . . . . . . 612

17.7.6 Differential Expression Guided Workflow . . . . . . . . 612

viii


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18 Normalization, Statistical Hypothesis Testing, and Differ-

ential Expression Analysis 61318.1 Threshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61318.2 Normalization Algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 614

18.2.1 Percentile Shift Normalization . . . . . . . . . . . . . 61418.2.2 Scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61418.2.3 Quantile Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . 61418.2.4 Normalize to control genes . . . . . . . . . . . . . . . 6 1518.2.5 Lowess Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . 615

18.3 Details of Statistical Tests in GeneSpring GX . . . . . . . 61618.3.1 The Unpaired t-Test for Two Groups . . . . . . . . . . 61618.3.2 The t-Test against 0 for a Single Group . . . . . . . . 61718.3.3 The Paired t-Test for Two Groups . . . . . . . . . . . 61718.3.4 The Unpaired Unequal Variance t-Test (Welch t-test)

for Two Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61718.3.5 The Unpaired Mann-Whitney Test . . . . . . . . . . . 61818.3.6 The Paired Mann-Whitney Test . . . . . . . . . . . . 61818.3.7 One-Way ANOVA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61818.3.8 Post hoc testing of ANOVA results . . . . . . . . . . . 62018.3.9 Unequal variance (Welch) ANOVA . . . . . . . . . . . 62118.3.10 The Kruskal-Wallis Test . . . . . . . . . . . . . . . . . 62118.3.11 The Repeated Measures ANOVA . . . . . . . . . . . . 62218.3.12 The Repeated Measures Friedman Test . . . . . . . . 62318.3.13 The N-way ANOVA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 23

18.4 Obtaining p-Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62418.4.1 p-values via Permutation Tests . . . . . . . . . . . . . 624

18.5 Adjusting for Multiple Comparisons . . . . . . . . . . . . . . 62518.5.1 Bonferroni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62618.5.2 Bonferroni Step-down (Holm method) . . . . . . . . . 62618.5.3 The Westfall-Young method . . . . . . . . . . . . . . . 6 2718.5.4 The Benjamini-Hochberg method . . . . . . . . . . . . 62718.5.5 The Benjamini-Yekutieli method . . . . . . . . . . . . 62818.5.6 Recommendations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62818.5.7 FAQ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 628

19 Clustering: Identifying Genes and Conditions with SimilarExpression Profiles with Similar Behavior 63119.1 What is Clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63119.2 Clustering Wizard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63219.3 Graphical Views of Clustering Analysis Output . . . . . . . . 637

ix


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19.3.1 Cluster Set or Classification . . . . . . . . . . . . . . . 637

19.3.2 Dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64119.3.3 U Matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65019.4 Distance Measures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65219.5 K-Means . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65419.6 Hierarchical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65519.7 Self Organizing Maps (SOM) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 656

20 Class Prediction: Learning and Predicting Outcomes 65920.1 General Principles of Building a Prediction Model . . . . . . 6 5 920.2 Prediction Pipeline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 660

20.2.1 Validate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66020.2.2 Prediction Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 662

20.3 Running Class Prediction in GeneSpring GX . . . . . . . . 66220.3.1 Build Prediction Model . . . . . . . . . . . . . . . . . 66320.3.2 Run Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 666

20.4 Decision Trees . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66920.4.1 Decision Tree Model Parameters . . . . . . . . . . . . 67120.4.2 Decision Tree Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 671

20.5 Neural Network . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67320.5.1 Neural Network Model Parameters . . . . . . . . . . . 67320.5.2 Neural Network Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . 674

20.6 Support Vector Machines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67520.6.1 SVM ModelParameters . . . . . . . . . . . . . . . . . 677

20.7 Naive Bayesian . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67920.7.1 Naive Bayesian Model Parameters . . . . . . . . . . . 68020.7.2 Naive Bayesian Model View . . . . . . . . . . . . . . . 680

20.8 Viewing Classification Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68120.8.1 Confusion Matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68120.8.2 Classification Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68220.8.3 Lorenz Curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 682

21 Gene Ontology Analysis 68521.1 Working with Gene Ontology Terms . . . . . . . . . . . . . . 68521.2 Introduction to GO Analysis in GeneSpring GX . . . . . . 6 8 7

21.3 GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68721.4 GO Analysis Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 690

21.4.1 GO Spreadsheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69021.4.2 The GO Tree View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69121.4.3 The Pie Chart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 694

x


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21.5 GO Enrichment Score Computation . . . . . . . . . . . . . . 700

22 Gene Set Enrichment Analysis 703

22.1 Introduction to GSEA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70322.2 Gene sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 703

22.3 Performing GSEA in GeneSpring GX . . . . . . . . . . . . 70422.4 GSEA Computation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 1022.5 Import BROAD GSEA Genesets . . . . . . . . . . . . . . . . 711

23 Gene Set Analysis 713

23.1 Introduction to GSA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 1323.2 Gene sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71323.3 Performing GSA in GeneSpring GX . . . . . . . . . . . . . 714

23.4 GSA Computation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 720

24 Pathway Analysis 723

24.1 Introduction to Pathway Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . 72324.2 Licensing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 724

24.3 Getting Started . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72424.4 Working with Other Organisms . . . . . . . . . . . . . . . . . 72524.5 Pathway Analysis in Microarray Experiment . . . . . . . . . . 725

24.5.1 Pathways, Entities and Relationships . . . . . . . . . . 72724.5.2 Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 727

24.5.3 Pathway View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 742

24.5.4 Layouts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75924.5.5 Themes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 760

24.6 Extract Relations via NLP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 6024.6.1 NLP Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 68

24.7 Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76824.7.1 The BioPAX format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 6824.7.2 Prepackaged Pathways and Migrating Older Pathways 771

24.7.3 Import from PathwayArchitect . . . . . . . . . . . . . 77324.7.4 Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . 773

24.8 Pathway Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 75

24.8.1 Launching a Pathway Experiment . . . . . . . . . . . 776

24.8.2 Lassoing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78224.8.3 Simple Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78424.8.4 Advanced Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78424.8.5 Exporting Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 85

24.9 Pathway Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 787

xi


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24.9.1 Pathway Database Organization Overview . . . . . . . 7 88

24.9.2 Database Entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78824.9.3 Relations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 792

24.9.4 Database statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79624.9.5 Overview of Natural Language Processing (NLP) . . . 797

24.10Update Pathway Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79924.11Working with the Pathway Interactions Server . . . . . . . . 79924.12Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 800

25 The Genome Browser 807

25.1 Genome Browser Usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80725.2 Tracks on the Genome Browser . . . . . . . . . . . . . . . . . 807

25.2.1 Profile Tracks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 807

25.2.2 Data Tracks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80925.2.3 Static Tracks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 809

25.3 Adding and Removing Tracks in the Genome Browser . . . . 81125.3.1 Track Layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 811

25.4 Track Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 811

25.4.1 Profile Track Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . 81125.4.2 Data Track Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81425.4.3 Static Track Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . 814

25.5 Operations on the Genome Browser . . . . . . . . . . . . . . 814

26 Ingenuity Pathways Analysis (IPA) Connector 819

26.1 Using the GeneSpring GX -IPA Connector . . . . . . . . . 81926.1.1 Create Pathway in IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . 819

26.1.2 Import List from IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82326.1.3 Perform Data Analysis on Experiment . . . . . . . . . 828

26.1.4 Perform Data Analysis on Entity List . . . . . . . . . 838

27 GeneSpring GX Workgroup Client 847

27.1 Users and Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84727.1.1 Login . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 848

27.2 Operations on GeneSpring Objects . . . . . . . . . . . . . . . 849

27.2.1 Object ownership . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 849

27.2.2 Object permissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85027.2.3 Conflicts with permissions . . . . . . . . . . . . . . . . 85127.2.4 Propagating permissions . . . . . . . . . . . . . . . . . 85127.2.5 Inheriting Permissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . 853

27.3 Remote Execution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 853

xii


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27.3.1 Task Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 54

27.3.2 Remotely Executable Operations . . . . . . . . . . . . 85527.3.3 Interpreting Task Logs . . . . . . . . . . . . . . . . . . 856

28 Writing Scripts in GeneSpring GX 85928.1 The Script Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85928.2 Hierarchy of data organization in GeneSpring GX . . . . . 8 6 0

28.2.1 Accessing Projects, Experiments and their ConstituentElements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 860

28.2.2 Accessing the Experiment Dataset . . . . . . . . . . . 86328.2.3 Some More Useful Functions . . . . . . . . . . . . . . 86628.2.4 Some Common Marks . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87028.2.5 Creating UI Components . . . . . . . . . . . . . . . . 871

28.2.6 Example Scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87328.3 The R Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 883

28.3.1 Commands related to R input from GeneSpring GX 88428.3.2 Commands related to R output to GeneSpring GX 88528.3.3 Commands related to R output to GeneSpring GX 88528.3.4 Debugging a Script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88628.3.5 Example R scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 886

29 Table of Key Bindings and Mouse Clicks 89129.1 Mouse Clicks and their actions . . . . . . . . . . . . . . . . . 891

29.1.1 Global Mouse Clicks and their actions . . . . . . . . . 891

29.1.2 Some View Specific Mouse Clicks and their Actions . 89229.1.3 Mouse Click Mappings for Mac . . . . . . . . . . . . . 89229.2 Key Bindings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 892

29.2.1 Global Key Bindings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 92

Bibliography 895

Index 899

xiii


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xiv


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List of Figures

1.1 Activation Failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

1.2 Activation Failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

1.3 Activation Failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131.4 The License Description Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

1.5 Confirm Surrender Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

1.6 Manual Surrender Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

1.7 Change License Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

1.8 License Re-activation Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

2.1 GeneSpring GX Layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

2.2 The Workflow Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

2.3 The Legend Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

2.4 Status Line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

2.5 Confirmation Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 462.6 Product Update Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

3.1 Create Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

3.2 Technology Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

3.3 Technology Update . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

3.4 Data Library Updates Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

3.5 Automatic Download Confirmation Dialog . . . . . . . . . . . 58

3.6 Update Technology Annotations . . . . . . . . . . . . . . . . 59

3.7 Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

3.8 Format data file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

3.9 Choose Annotation Columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623.10 Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

3.11 Translation Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

3.12 Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

3.13 Create Biological Genome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70

xv


18/934

4.1 Experiment Exporter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

4.2 Confirmation Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 734.3 Migrate GS7 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 754.4 Partially Migrated Genomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

5.1 Export submenus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 905.2 Export Image Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 915.3 Tools Options Dialog for Export as Image . . . . . . . . . 925.4 Error Dialog on Image Export . . . . . . . . . . . . . . . . . . 935.5 Menu accessible by Right-Click on the plot views . . . . . . . 945.6 Menu accessible by Right-Click on the table views . . . . . . 965.7 Spreadsheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 975.8 Spreadsheet Properties Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

5.9 MvA plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1045.10 Scatter Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1055.11 Scatter Plot Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1075.12 Viewing Profiles and Error Bars using Scatter Plot . . . . . . 1 1 15.13 Scatter plot with Fold Change lines . . . . . . . . . . . . . . . 1135.14 Profile Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1155.15 Profile Plot Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1185.16 Heat Map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1235.17 Export submenus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1245.18 Export Image Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1255.19 Error Dialog on Image Export . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

5.20 Heat Map Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1275.21 Heat Map Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1285.22 Histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1305.23 Histogram Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1325.24 Bar Chart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1355.25 Matrix Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1405.26 Matrix Plot Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1425.27 Summary Statistics View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1475.28 Summary Statistics Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . 1485.29 Box Whisker Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1525.30 Box Whisker Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154

5.31 The Venn Diagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1595.32 The Venn Diagram Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1605.33 Plot List Associated Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1615.34 Plot List Associated Values-Scatter plot . . . . . . . . . . . . 1625.35 Plot List Associated Values-Profile plot . . . . . . . . . . . . 163

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5.36 Plot List Associated Values-Histogram . . . . . . . . . . . . . 164

6.1 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168

6.2 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1686.3 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 696.4 Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

6.5 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1726.6 Choose Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1736.7 Reordering Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 736.8 Summary Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176

6.9 Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1786.10 Edit or Delete of Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1796.11 Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 80

6.12 Filter Probesets-Single Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . 1826.13 Filter Probesets-Two Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . 1836.14 Rerun Filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1836.15 Significance Analysis-T Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 88

6.16 Significance Analysis-Anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 886.17 Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1896.18 GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1916.19 Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192

6.20 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1946.21 Select ARR files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1956.22 Summarization Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197

6.23 Normalization and Baseline Transformation . . . . . . . . . . 1986.24 Normalize to control genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2006.25 Baseline Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016.26 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203

6.27 Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2056.28 Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2066.29 Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 2076.30 Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208

6.31 Confirmation Dialog Box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2116.32 Choose Input Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212

8.1 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2228.2 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2228.3 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 23

8.4 Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2258.5 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226

xvii


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8.6 Choose Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227

8.7 Reordering Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2278.8 Summary Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2308.9 Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2328.10 Edit or Delete of Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2338.11 Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2348.12 Filter Probesets-Single Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . 2368.13 Filter Probesets-Two Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . 2368.14 Rerun Filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2378.15 Significance Analysis-T Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2418.16 Significance Analysis-Anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2418.17 Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2438.18 GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2458.19 Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2468.20 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2488.21 Select ARR files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2498.22 Summarization Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2518.23 Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2538.24 Search entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2548.25 Output Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2558.26 Choose Entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2568.27 Normalization and Baseline Transformation . . . . . . . . . . 2578.28 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259

9.1 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2679.2 Error Message . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2689.3 Select ARR files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2699.4 Pairing of CHP files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2709.5 Summarization Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2729.6 Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2749.7 Normalize to control genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2759.8 Normalization and Baseline Transformation . . . . . . . . . . 2769.9 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2799.10 Input Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2829.11 Filtering Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283

9.12 Output Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2839.13 Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2849.14 Input Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2859.15 Filtering of Probesets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2879.16 Multiple Testing Correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288

xviii


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9.17 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289

9.18 Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2909.19 Input Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2919.20 Pairing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2929.21 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2939.22 Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2959.23 Input Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2969.24 Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2979.25 Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2989.26 Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2999.27 Gene Normalized Variance Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . 3049.28 Gene Normalized Profile Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . 305

10.1 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30810.2 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30910.3 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 0910.4 Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31210.5 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31310.6 Choose Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31410.7 Summary Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31610.8 Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31910.9 Edit or Delete of Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32010.10Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2110.11Filter Probesets-Single Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . 323

10.12Filter Probesets-Two Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . 32410.13Rerun Filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32410.14Significance Analysis-T Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2810.15Significance Analysis-Anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2910.16Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33110.17GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33210.18Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33410.19Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33610.20Identify Calls Range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3610.21Preprocess Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33810.22Choose Entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339

10.23Preprocess Baseline Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 4110.24Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34310.25Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34510.26Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34610.27Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 347

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10.28Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348

11.1 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 354

11.2 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35511.3 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35511.4 Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 358

11.5 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35911.6 Choose Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36011.7 Reordering Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36011.8 Confirmation Dialog Box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361

11.9 Summary Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36311.10Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36511.11Edit or Delete of Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366

11.12Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36711.13Filter Probesets-Single Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . 36911.14Filter Probesets-Two Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . 37011.15Rerun Filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370

11.16Significance Analysis-T Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37211.17Significance Analysis-Anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37311.18Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37511.19GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377

11.20Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37811.21Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37911.22Advanced flag Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380

11.23Preprocess Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38211.24Normalize to control genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38311.25Baseline Transformation Options . . . . . . . . . . . . . . . . 38511.26Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387

11.27Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38911.28Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39011.29Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 39011.30Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391

12.1 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40012.2 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401

12.3 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40112.4 Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40412.5 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 405

12.6 Choose Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40612.7 Reordering Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407

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12.8 Dye Swap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407

12.9 Summary Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40912.10Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41212.11Edit or Delete of Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41312.12Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1412.13Filter Probesets-Single Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . 41612.14Filter Probesets-Two Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . 41712.15Rerun Filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41712.16Significance Analysis-T Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1912.17Significance Analysis-Anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 2012.18Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42112.19GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42312.20Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42412.21Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42612.22Choose Dye-Swaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42712.23Advanced flag Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42812.24Preprocess Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43012.25Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43112.26Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43312.27Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43412.28Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 43512.29Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 436

13.1 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 446

13.2 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44713.3 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4713.4 Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4913.5 Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45013.6 Technology Creation in miRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . 45113.7 Selection of Organism . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45113.8 Confirmation Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45213.9 Summary Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45413.10Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45613.11Add/Edit Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45713.12Quality Control on Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 58

13.13Filter Probesets-Single Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . 46113.14Filter Probesets-Two Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . 46213.15Significance Analysis-T Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 6613.16Significance Analysis-Anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 6613.17Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 468

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13.18TargetScan Database Download . . . . . . . . . . . . . . . . . 468

13.19Biological Genome Download . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46913.20GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 471

13.21Find Significant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47213.22Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47413.23Normalization Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47613.24Choose entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 477

13.25Baseline Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47813.26Selection of Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47913.27Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48113.28Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484

13.29Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484

13.30Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 48513.31Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 486

13.32Workflow Navigator-TargetScan . . . . . . . . . . . . . . . . . 48913.33Inputs for TargetScan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 490

14.1 Experiment Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49314.2 Baseline Transformation Options . . . . . . . . . . . . . . . . 49414.3 Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49714.4 Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 502

14.5 Choose Annotation Columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503

15.1 Technology Name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 506

15.2 Format data file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.3 Select Row Scope for Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50915.4 Single Color one sample in one file selections . . . . . . . . . 51015.5 Single Color-Multiple Samples Per File-Keyword Selection . . 511

15.6 Single Color-Multiple Samples Per File-Custom Selection . . 51215.7 Annotation Column Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51615.8 Annotation Mark Colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 517

15.9 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51815.10Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51815.11Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51915.12Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 520

15.13Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52415.14Preprocess Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52615.15Choose Entities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 527

15.16Preprocess Baseline Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52915.17Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 530

xxii


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15.18Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532

15.19Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.20Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 534

15.21Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 535

16.1 Technology Name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 540

16.2 Format data file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54216.3 Select Row Scope for Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54316.4 Two Color Selections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 4416.5 Annotation Mark Colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 548

16.6 Annotation Column Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54916.7 Technology Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 5016.8 Welcome Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 551

16.9 Create New project . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55216.10Experiment Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 5316.11Experiment Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55316.12Load Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555

16.13Choose Dye-Swaps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55616.14Preprocess Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55716.15Preprocess Baseline Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 5816.16Quality Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561

16.17Entity list and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56316.18Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56416.19Output Views of Filter by Flags . . . . . . . . . . . . . . . . 565

16.20Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 566

17.1 Experiment Grouping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57117.2 Edit or Delete of Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 572

17.3 Create Interpretation (Step 1 of 3) . . . . . . . . . . . . . . . 5 7317.4 Create Interpretation (Step 2 of 3) . . . . . . . . . . . . . . . 5 7517.5 Create Interpretation (Step 2 of 3) . . . . . . . . . . . . . . . 5 76

17.6 Filter probesets by expression (Step 1 of 4) . . . . . . . . . . 57717.7 Filter probesets by expression (Step 2 of 4) . . . . . . . . . . 57817.8 Filter probesets by expression (Step 3 of 4) . . . . . . . . . . 57917.9 Filter probesets by expression (Step 4 of 4) . . . . . . . . . . 580

17.10Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58217.11Select Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58217.12p-value Computation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 84

17.13Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58517.14Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 586

xxiii


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17.16Pairing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59317.17Fold Change Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 594

17.18Object Details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 595


17.20Output View of Find Similar Entities . . . . . . . . . . . . . 598

17.21Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 599


17.23Output View of Filter on Parameters . . . . . . . . . . . . . . 602

17.24Save Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 603

17.25Entity List and Interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 605


17.27Output Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 608

19.1 Clustering Wizard: Input parameters . . . . . . . . . . . . . . 633

19.2 Clustering Wizard: Clustering parameters . . . . . . . . . . . 634

19.3 Clustering Wizard: Output Views . . . . . . . . . . . . . . . 635

19.4 Clustering Wizard: Object details . . . . . . . . . . . . . . . 636

19.5 Cluster Set from K-Means Clustering Algorithm . . . . . . . 6 37

19.6 Dendrogram View of Clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . 642

19.7 Export Image Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 645

19.8 Error Dialog on Image Export . . . . . . . . . . . . . . . . . . 646

19.9 Dendrogram Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 647

19.10U Matrix for SOM Clustering Algorithm . . . . . . . . . . . . 651

20.1 Classification Pipeline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 661

20.2 Build Prediction Model: Input parameters . . . . . . . . . . . 664

20.3 Build Prediction Model: Validation parameters . . . . . . . . 665

20.4 Build Prediction Model: Validation output . . . . . . . . . . 666

20.5 Build Prediction Model: Training output . . . . . . . . . . . 667

20.6 Build Prediction Model: Model Object . . . . . . . . . . . . . 668

20.7 Run Prediction: Prediction output . . . . . . . . . . . . . . . 670

20.8 Axis Parallel Decision Tree Model . . . . . . . . . . . . . . . 672

20.9 Neural Network Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 675

20.10Model Parameters for Support Vector Machines . . . . . . . . 67920.11Model Parameters for Naive Bayesian Model . . . . . . . . . 681

20.12Confusion Matrix for Training with Decision Tree . . . . . . . 6 82

20.13Decision Tree Classification Report . . . . . . . . . . . . . . . 683

20.14Lorenz Curve for Neural Network Training . . . . . . . . . . . 684

xxiv


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21.2 Output Views of GO Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68921.3 Spreadsheet view of GO Terms. . . . . . . . . . . . . . . . . . 692

21.4 The GO Tree View. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 93

21.5 Properties of GO Tree View. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 695

21.6 Pie Chart View. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 696

21.7 Pie Chart Properties. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 99


22.2 Pairing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 706

22.3 Choose Gene Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 708

22.4 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 709

23.1 Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71523.2 Pairing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 716

23.3 Choose Gene Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 717

23.4 Choose Gene Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 718

23.5 Choose Gene Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 719

24.1 Simple Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 730

24.2 Advanced Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 731

24.3 Error Message . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 732

24.4 Matching Statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 733

24.5 Analysis Filters-Direct Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . 735

24.6 Analysis Filters-Expand Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . 7 3724.7 Analysis Filters-Shortest Connect . . . . . . . . . . . . . . . . 739

24.8 Analysis Result . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 740

24.9 Save Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 741

24.10Node-Legend . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 742

24.11Node Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 744

24.12Edges-Legend . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 745

24.13Relations-Legend . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 746

24.14Relation Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 746

24.15Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 747

24.16Data Overlay Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 751

24.17Data Overlay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75224.18Legend for Data Overlay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 753

24.19Main menu-Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 753


24.21Output Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 755

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24.22Entity Inspector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 756

24.23Search Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75724.24Advanced Search Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 758

24.25Search Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75824.26Twopi layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76124.27ToolsEdit Pathway Theme . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76224.28Style Theme Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 763

24.29Extract Interactions via NLP . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76424.30Input Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76424.31View Tagged Content . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76524.32Pathway View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 766

24.33Object Details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 767

24.34Choose BioPAX files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77024.35Select Pathways to Import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 772

24.36Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77424.37Results Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77524.38Pathway Experiment Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . 77724.39Input Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 778

24.40Import List from File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77924.41Choose signal columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78024.42Choose extra column . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 781

24.43Pathway Experiment Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . 78324.44Data Export . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78624.45Update Pathway Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . 800

25.1 Genome Browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80825.2 Static Track Libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81025.3 The KnownGenes Track . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 810

25.4 Tracks Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81225.5 Profile Tracks Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81325.6 Data Tracks Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 815

26.1 Launch IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82026.2 Create Pathway in IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82126.3 Create New Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 822

26.4 IPA Pathway Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82326.5 Java Startup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82426.6 IPA Login Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 824

26.7 Pathway Analysis in IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82526.8 Creation of Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 825

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26.9 Creation of Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 826

26.10Save List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82726.11GeneSpring GX suitable list creation . . . . . . . . . . . . 82726.12Saved List Location . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 2826.13Import IPA Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82926.14Selection of Folder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83026.15Entity List Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 3026.16Error Message . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83126.17Launch IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83226.18Data Analysis on Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83326.19Perform Data Analysis on Experiment . . . . . . . . . . . . . 83326.20IPA Pathway Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83526.21Java Startup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83626.22IPA Login Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83626.23Create Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83726.24Analysis Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83826.25Launch IPA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83926.26Data Analysis on Entity List . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84026.27Perform Data Analysis on Entity List . . . . . . . . . . . . . 84226.28IPA Pathway Creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84326.29Java Startup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84326.30IPA Login Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84426.31Create Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84526.32Analysis Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 846

27.1 Permission Dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85227.2 Task Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 855

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List of Tables

1.1 Platform Compatibility . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

1.2 Windows Platform Compatibility . . . . . . . . . . . . . . . . 3

1.3 Linux Platform Compatibility . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.4 Mac OS X Platform Compatibility . . . . . . . . . . . . . . . 9

2.1 Interpretations and Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

2.2 Interpretations and Workflow Operations . . . . . . . . . . . 49

3.1 HomoloGene Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64

4.1 Migration Rate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

4.2 Migration Rate on Windows OS . . . . . . . . . . . . . . . . 74

4.3 Migration Rate on Debian OS . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

6.1 Sample Grouping and Significance Tests I . . . . . . . . . . . 1846.2 Sample Grouping and Significance Tests II . . . . . . . . . . . 184

6.3 Sample Grouping and Significance Tests III . . . . . . . . . . 185

6.4

genespring manual

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