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LICENCE mention SCIENCES DE LA VIE
3ème ANNEE
PRINCIPAL SITE : SITE DU DEPARTEMENT SCIENCES DE LA VIE
Faculté des Sciences
http://unice.fr/faculte-des-sciences/departements/sciences-de-la-vie
( département sciences de la vie Nice -- Cursus et formation Licence SV
Licence 3 SV)
Consulter votre adresse etu.unice.fr
EDT : Lien Google Drive
Vendredi 20 janvier 14h Amphi
Sc. Naturelles
Masters Nice - Réunion d’information (obligatoire)
Master SVS Nice :
http://unice.fr/unicepro/enquetes-et-statistiques/nos-publications/insertion-
professionnelle
Master pro Biobank : Promo 1 = 2016-2017
* Nombre de réponses : 30 étudiants
en 2014 et 31 en 2015
2014 2015
Taux Emploi 84,6 % 57 %
Nbre Réponses 11 4
CDI 9 25
CDD 54,5 50
Fonctionnaire 0 25
Autre (Service Civique) 9 0
Diplômés 2014 2015
Etudes 56,6 77,4
Emploi 36,6 12,9 Recherche
Emploi 6,6 9,8
Diplômés*
Enquête après 6 mois
Les dossiers sont à remplir assez tôt, renseignez vous dès maintenant !
Les Masters demandent les notes du S6 avant réponse définitive….
Masters Nice et Nationaux sur le site du département
-Génétique Immunité et Développement
3 parcours (GIDA, GSP, BIM)
- Pharmacologie, Physiopathologie et
Neurobiologie
- Biologie et Santé de l’environnement
2 parcours (PPA, BM)
Master SVS Nice 3 spécialités :
Mercredi 18 janvier pm
Théâtre du Grand Château
Les métiers de la biologie
Journée d’information (obligatoire)
Organiser par le SOOIP
Des industriels viendront à votre rencontre pour vous
faire connaître leur entreprise, les métiers de la biologie
associés, leur propre parcours…..
IP Web + Inscription UEL
janvier
Techniques de recherche d'emploi
Optimiser sa recherche d'Emploi avec les réseaux sociaux
Créer Reprendre une Entreprise
Projet Professionnel de l'Etudiant
Compléter la fiche Pédagogique distribuée ici et la
rendre en fin d’Amphi (au plus tard demain)
Permanence 12h-14h3 bureau des coordonnateurs
(bât TP Sc. Naturelles, niveau II, à côté de la salle TP
Bota (515)
UE Avancées : Venir obligatoirement à la permanence
Aujourd’hui à la fin de l’Amphi
Début des cours 16/01 selon EDT de parcours
Début des TD UE sciences
Semaine du 23/01
Enquête EV ASYS S5
Semestre 6 : Spécialisation de parcours
1 UEs communes
BMG - BPN - BIM - BOE -
- Bio-Informatique Appliquée à l’Analyse de Séquence (4)
- UEL sauf BIM
- Stage (BMG-BPN facultatif) été 2016
Biologie / Informatique / Mathématique
- Bio-Informatique appliquée (BIA) (4)
- Algorithmique et Structure des Données (4)
- Bases Mathématiques des Statistiques (4)
- Initiation à la Programmation (4)
- Projet Pluridisciplinaire en Anglais (6)
- Evolution Moléculaire et Phylogénèse (4)
Biologie des
Adaptations et
Ecophysiologie (4)
Electrophysiologie
et Pharmacologie)
Biotech-
nologies (4)
1 UE au choix
Patrick Coquillard
Neurobiologie et
Pathologies
Cérébrales (4)
Master M2 BIM Master BIM UNS
Ecole d’Ingénieur en Bio-Informatique
Poursuites :
Système virtuel
de simulation
Du gène à
l’écosystème
Analyse de systèmes
Algorithmie
Modèle conceptuel et implémentation
THEORIE
Applications et
développement
logiciel
Systèmes
complexes
adaptatifs
Bases de
données
Simulations
Master 1 • Administration systèmes et réseaux
• Introduction à la bioinformatique par la
programmation
• Statistiques appliquées à la biologie
• Algorithmie pour la biologie
• Modélisation des réseaux biologiques complexes
• Technologies omiques
• Modélisation structurale et dynamique des
assemblages moléculaires
• Anglais
• Stage 5 mois en laboratoire ou entreprise Master 2
• Modélisation des systèmes biologiques
• Fouille de données
• Base de données
• Génie logiciel et UML
• Mathématiques pour la biologie
• Génétique fonctionnelle
• Anglais
• Stage 6 mois en laboratoire ou entreprise
Contacts : Master sciences de la vie et de la
santé
http://unice.fr/sciences/departements/sciences-vie
Tél : # 33 (0) 4 92 07 68 80
Débouchés :
• Ingénieur d’étude en entreprise ou laboratoire
d’établissement public (contrôle qualité,
bioinformatique, modélisation)
• Poursuite d’étude en doctorat
Biologie - Informatique - Mathématique Un parcours du Master Génétique Immunologie et Développement
Biologie du Développement
Végétal (4)
Biologie des Adaptations et
Ecophysiologie (4)
Biologie Moléculaire et Génétique
A - Animal / B - Végétal
- Evolution Moléculaire et Phylogénèse (4)
- Biotechnologies (4)
- Régulation Génique Procaryotes (4)
Choix A Endocrinologie Générale (4)
Techniques
d’Exploration
Fonctionnelles (4)
Imagerie
Tissulaire
(4)
Botanique
Systématique et
Phylogénèse (4)
Choix B Biologie du Développement
Animal (4)
Choix C
Karine Mandon
Biologie du
Développement
Animal (4)
- Bio-Informatique appliquée (BIA) (4)
- UE libre ou UE stage (2)
Master nationaux :
- BIOTIN mention Biologie-Santé (Montpellier I, 2, Nîmes, Ecole des mines d’Alès)
- Biochimie et BioTechnologies (Toulouse)
- Développement et Immunologie (Marseille)
- Génétique (Paris Diderot)
- Biotechnologies des Plantes Tropicales (montpellier 2)
- Biologie et Biotechnologies des Plantes (Bordeaux I, Segalen, INRA)
- Génomique, Ecophysiologie et Production Végétales (Rennes I)
Masters Nice : Génie Biomédical , Ingénierie des Systèmes Santé
Master SVS
Spécialité : Génétique, Immunité et Développement
Options :
- Génétique Immunité et Développement animal,
- Génétique et Santé des Plantes
Poursuites :
IRCAN
SANTE DES PLANTES
Méthodes de lutte alternatives aux pesticides, lutte Bio et
diminution des intrants chimiques
GENETIQUE ET SANTE
Master pro DSV : Biobank
Biochimie / Physiologie / Neurologie
- Bio-Informatique appliquée (BIA) (4)
- UE libre ou UE stage (2)
- Endocrinologie générale (4)
- Techniques d’Exploration Fonctionnelle en Physiologie Animale (TEF) (4)
- NeuroBiologie et Pathologies Mentales (NBPM) (4)
- Electrophysiologie et Pharmacologie (EP) (4)
- Physiopathologie de la nutrition et du métabolisme (PPNM) (4)
Biotechnologies (4)
Imagerie Tissulaire (4)
Analyse Métabolites Secondaires (4)
1 Choix
Aline GRECHEZ ([email protected])
■ A l’université de Nice : Master Recherche Vie & Santé (Pharmacologie,
Physiopathologie, Neurobiologie)
Master pro DSV : Master Biobank
Dans autre domaine : Master Pro Génie Biomédical, FOQUAL, I2SA
Débouchés : Candidater en Masters Recherche (visée thèse) ou
Professionnel (visée monde industriel)
■ En France
Lieu Master Recherche Master Professionnel
Aix-Marseille Neurosciences
Bordeaux Pharmacovigilance et épidémiologie Pharmacologie et Vigilance, qualité
médicaments
Lyon Endocrinologie moléculaire et
électrophysiologie
Biologie Intégrative opt physio et neuro
Montpellier Biologie santé M2 : options axées sur nutrition,
pharmacologie, santé publique ..
Paris (UPMC) Physiologie & pathologies, biologie
intégrative
Poitiers Biologie et Science du Médicament
Toulouse Bio-santé (Biologie Intégrative opt
physiologie et neurosciences)
M2: pharmacologie, biologie intégrative
Biologie des Organismes et des Ecosystèmes
- Bio-Informatique appliquée (4)
- UE libre (2)
- Biodiversité (3)
- Introduction à l’Ecotoxicologie (2)
- Biologie des Adaptations et Ecophysiologie (4)
- Evolution Moléculaire et Phylogénèse (4)
- Paléoenvironnement (2)
Choix A Stage Pratique/
Bibliographique (4)
Communication en
Environnement (4)
Biologie du Développement
Animal (4)
Botanique Systématique et
Phylogénèse (4) Choix B
Didier Forcioli ([email protected])
Biologie du Développement
Végétal (3)
Biologie du Développement
Animal (4)
Choix C Ecologie et Biologie Marine (3)
PARCOURS BOE : Biologie des Organismes et des Ecosystèmes
Spécialité : Biologie et Santé de l'Environnement
- Biologie Marine
- Protection des Plantes et Agroenvironnement
Débouchés:
Master SVS
Stages UNS : Institut Sophia Agrobiotech, ECOMERS, Symbiose Marine
hors UNS : Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa-Sophia Antipolis),
Université Montpellier II, labos. du CIRAD, IFREMER, IRD et INRA, Station Zoologique de
Villefranche (UPMC), Centre Scientifique de Monaco, Institut Océanographique de Gdansk (Pologne),
Université de Liège (Belgique), Centre des Sciences de la Mer (Portugal), Université de Gênes (Italie),
Université polytechnique des Marches (Italie)….
Autres Masters Masters Pro en Gestion de l’Environnement (Marseille, Montpellier, Corte,…)
Masters Recherche Ecologie Evolution (Marseille, Montpellier, Rennes, MNHN, …)
Candidater en Masters Recherche (visée thèse) ou
Professionnel (visée monde industriel)
■ A l’université de Nice :
■ En France
Bioinformatique appliquée aux séquences (BIA)
UE commune
4 ECTS
Intervenants : K. Robbe-Sermesant ([email protected])
C. Sabourault /D. Colinet /M. Bailly-Bechet/M. Deprez
Objectif : – Pouvoir utiliser l’outil et/ou la base de données le/la mieux
approprié(s) pour répondre à un certain nombre de questions biologiques
– Savoir interpréter les résultats, connaître les limites des données /outils
Contenu : – Principales Bases de données en Biologie
– Alignement de séquences 2 à 2
– Recherche de similitude de séquences
– Alignement multiple
– Navigateurs de génomes
– Outils clonage in silico
Alignment Tools Requête BANQUE
Protéique Protéique
Nucléique Nucléique T*6
T*6
BLASTP
BLASTN
TBLASTX
Entry Databases
DNA Genbank (NCBI), ENA-EMBL (EBI), DDBJ
Protein
UniProtKB (EBI) :
-UniProtKB/TrEMBL (Automatic
translation)
- UniProtKB/SwissProt (manually curated)
Genpept (NCBI)
Ontology Gene Ontology
Domain, Motif
InterPro (integrative tool) EBI, Prosite, Prints, SMART, PFAM
Structure PDB, PDBe (EBI)
Genome EnsEmbl, UCSC
Disease OMIM (NCBI), Orphanet
Taxonomy taxonomy (NCBI), taxonomy (EBI)
Bibliography Pubmed (NCBI)
Main biological Databases Tool goal Tools
Search Gquery (NCBI), EBI search
Dotplot dotmatcher (EMBOSS )
Translation transeq (EMBOSS), transeq (EBI)
plotORF (EMBOSS), showORF (EMBOSS)
Global pairwise
alignment needle (EBI), needle (EMBOSS )
Local pairwise
alignment water (EBI), water (EMBOSS )
Blast Blast (NCBI), Blast (EBI)
Vector Blast Vecscreen (NCBI), vector (EBI)
MSA Multiple sequence alignment (ex : Clustal
omega EBI)
Domain, motifs InterproScan, ScanProsite
Table retrieval Table browser (UCSC), Biomart (Ensembl)
Blat Genome similarity search : Blat (UCSC), Blat
(Ensembl)
Clone, Digest NEBcutter
Primer design PrimerBlast (NCBI)
PCR In silico PCR (UCSC)
Main bioinformaticsTools
T*6 : traduction dans les 6 phases (= 6 frames translation)
T*6
T*6
Evaluation : – 2 CCI sur machine avec copie (savoir-faire, interprétation)
– 1 Examen terminal sur copie (interprétation)
Cours/ TD
– Cours : le cours n’est pas en option, il est important pour l’interprétation biologique des résultats !!
– TD En salle machine :
• CRIPS (petit Valrose), 2ème étage
• Lundi et mardi selon les groupes
• Début :
– Cours : lundi 16/01
– TD : lundi 23/01, mardi 24/01
– Bases de données et outils en anglais
Bioinformatique appliquée aux séquences (BIA)
L3 BIM: Initiation à la programmation (IAP)
4 ECTS
Pas de pré-requis en programmation nécessaire !
Intervenants :
• K. Robbe-Sermesant ([email protected]) /G. Bernot
([email protected]) / M. Deprez / R. Gautier
Objectif :
• Etre capable de réaliser un projet simple de bioinformatique
2 parties :
• Introduction à Linux et Langage Shell
• Introduction à la programmation en langage Python
L3 BIM: Initiation à la programmation (IAP)
Evaluation : • 1 projet Shell /CCI
• 1 CCI Python
• 1 projet Python (+ présentation oral)
Cours/ TD • En salle machine : CRIPS (petit Valrose), 3ème étage (salles
linux)
• Mardi et jeudi à 13h (vérifier les horaires)
• Début : mardi 17/01
Régulation Génique Procaryotes (4 ECTS)
Intervenants C/TD /TP : K. Mandon (Resp.), N. Glaichenhaus, E. Mougneau, L. Dupont, E. Boncompagni, M. Quentin
Régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle : Modèles opérons Lactose, arabinose et tryptophane.
Régulation globale : Régulation par les facteurs Sigma.
Stratégie des phages : expression génique programmée au cours du cycle lytique. Modèle du phage Lamda.
TP 12 h : Régulation des gènes impliqués dans la synthèse de Glycine bétaïne
chez S. meliloti
16 h de cours / TD
8 h C/TD
Systèmes de sécrétion chez les bactéries. Vecteurs d’expression de protéines recombinantes.
Semaine 15
Parcours BMG 46h
6 h de cours
UE: Biologie du Développement Animal (BDA) responsable Christian Ghiglione ([email protected])
Objectif : Comprendre les grands mécanismes utilisés lors de la construction d’un organisme
I) Cours/TD :
De la pluripotentialité à l’hyperdifférenciation :
- totipotence
- cellules souches et différenciation in vitro
- différenciation in vivo
Les contrôles génétiques :
- localisation des ARNm
- mise en place des axes embryonnaires
- cascades génétiques et gènes homéotiques
- contrôle de l’expression génique par les microARN
Les mouvements cellulaires :
- cytosquelette et matrice extracellulaire
- changements de forme et déplacements de cellules et de feuillets
Les interactions cellulaires :
- communication directe : adhésion cellule-cellule, signalisation par contact
- communication par substance diffusible (morphogène et signalisation)
La mort cellulaire programmée : l’apoptose physiologique au cours du développement
II) 3 Travaux pratiques :
- mise en place des axes A/P et D/V chez l’embryon de drosophile
- apoptose et développement des membres de poulet
- ossification polarisée selon l'axe A/P chez l’embryon de souris
III) Journées découverte/Stages dans les laboratoire de Biologie du Développement de la région
(optionnel)
Imagerie Tissulaire Option L3SV recherche
Initiation et pratique de
la microscopie électronique, de
la microscopie confocale et à fluorescence
pour observer et explorer un échantillon
biologique.
Collagène
Informations pratiques
• Le mardi de 15h15 à 18h00 (8 séances)
• 15 étudiants maximum
>> remplir le formulaire disponible dans l’amphi pour indiquer vos motivations
• Coordonnateur Isabelle Gillot
28h CM / 16h TD /4h TP ; B. Sibille et M.Teboul
Contenu des CM: • Adaptations métaboliques à l’hypoxie • Cycles circadiens et métabolisme • Nutrition (besoins, PA) ; Digestion • Métabolisme des tissus adipeux blanc et brun, muscle… • Transitions nutritionnelles (nourri, jeûne) • Syndrome métabolique et pathologies associées (obésité, diabète…)
Contenu des TD: • Analyses de données web et d’articles • Méthodes d’exploration fonctionnelle (tests de tolérance, clamp …) • Etude de cas cliniques (diabètes, maladies mitochondriales…)
Contenu du TP: Réponse des cellules à l’hypoxie
Evaluation: rédaction de vulgarisation d'article scientifique (25%) ; TP (15%) ; 1 CT de 2 heures (60%)
Compétences: concepts, approches et méthodologies nécessaires à l’étude moléculaire, cellulaire et intégrée de l’homéostasie métabolique.
Physiopathologie de la nutrition et du métabolisme
UE Techniques d’Exploration Fonctionnelle en PhyA (TEF) : 4 ECTS, 40h
-Responsable : Aline Grechez
-Concerne les parcours BMG (UE optionnelle) et BPN (UE obligatoire)
-Composée : Absence de CM / 10h TD / 30h TP (manipulation animaux : le rat)
Objectif :
-Application des méthodes et concepts de la Physiologie Animale au niveau tissulaire et de
l’organisme (notion de réponse intégrée)
-Application des notions abordées en cours de PIA : compréhension du fonctionnement des grands
systèmes physiologiques (rénal, cardio-vasculaire, respiratoire) et notion de régulation nerveuses
et hormonales.
- Illustration des cours d'endocrinologie, du métabolisme.
-Initier les étudiants à la manipulation d’animaux : Apprentissage des gestes techniques de base et
connaissance des notions éthiques de base de l’expérimentation animale
- Apprentissage et confirmation des bases de l’exposé écrit
- Contenu :
-TP (30h ; 6 séances de 5h):
Modèle animal utilisé : le rat
-Opération sur le rat et détermination du volume sanguin
- Contrôle de la pression artérielle et de la ventilation
- Exploration fonctionnelle du rein
- Etude de la vasomotricité des vaisseaux
- Régulation hormonale de la lipolyse
- Régulation hormonale de la glycémie
TD (10h) :
Bases de l’éthique et respect de la réglementation concernant l’expérimentation animale
Application des techniques d’exploration fonctionnelle sur animaux sains ou génétiquement
modifiées
Correction des TP
Evaluation : CR TP 60 % / Pratique 40%
UE Analyse Métabolites Secondaires (AMS) : 4 ECTS, 44h
Responsable : Olivier Michel
Composée : Absence de CM / 4h TD / 40h TP (5 jours bloqués fin semestre 6)
Objectif : Appréhender les techniques analytiques chimiques (Chromatographies et
spectroscopies) utiles pour isoler des métabolites secondaires d’un organisme vivant et
caractériser leur structure. Ces métabolites sont susceptibles d’avoir des applications en
pharmacologie
Contenu :
-Appréhender les voies du métabolisme secondaire chez les organismes
- Identifier le rôle naturel des métabolites secondaires (écologie chimique) et leurs applications
chez l’homme (pharmacologie)
- Purifier les métabolites secondaires d’une éponge marine Axinella damicornis et d’un épibionte
Parazoanthus axinellae.
- Caractériser la structure des composés isolés.
UE Endocrinologie Générale – 4 ECTS, 30h
Coordonnatrice : Marielle GUIBBOLINI
UE obligatoire pour le Parcours BPN - UE optionnelle pour le Parcours BMG
UE de 4 ECTS
UE de 30h : 24h CM / 6h TD / Absence de TP (voir UE TEF)
Exam : Synthèse d’article (30%) + CT (70%)
Notions de base sur le fonctionnement du système endocrinien permettant de
comprendre les phénomènes de régulations hormonales nécessaires pour qu’un
individu soit dans les meilleures conditions physiologiques possibles tout le long
de sa vie pour assurer non seulement sa survie, mais aussi la reproduction de
l’espèce.
Les hormones issues du système endocrinien interviennent de façon
prépondérante sur de nombreuses fonctions physiologiques fondamentales :
Croissance, Développement, Métabolisme cellulaire, Thermorégulation, Reproduction,
Lactation, Stress, Equilibre hydrominéral, Glycémie, Calcémie, Natrémie, Nutrition,
Digestion….
Etudier les principales glandes endocrines (SHH, thyroïde, pancréas, surrénales,
gonades….) chez les Vertébrés: Fonctionnement, Mécanismes d’action des hormones
et réponses des cellules au message hormonal, Effets physiologiques et pathologiques….
Objectif Acquisition de connaissances fondamentales en Endocrinologie
Module Biodiversité, intervenant principal Patrice Francour
1er semestre : présentation du fonctionnement des écosystèmes; introduction à l’écologie 2ème semestre : une analyse particulière de la Biodiversité (diversité en espèces, en habitats, en fonction, en gènes) comme au 1er semestre, des grandes questions d’actualité seront abordées (les actuelles menaces sur la biodiversité; les moyens de protéger cette biodiversité; le développement durable) des aspects fondamentaux, faisant l’objet de recherche poussées actuellement en sciences, comme le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes seront aussi abordés en s’appuyant entre autre sur les recherches menées au sein du laboratoire organisation : cours, travail personnel sur dossier (comme au 1er semestre),TD et sortie de terrain
Cours : dès la première semaine
TD : planning annoncé en cours
Ecologie et biologie marine
(L3 SV – Option B.O.E. - 3 ects)
Objectifs Fournir un cadre général de connaissances sur les environnements marins les plus importants et les organismes associés, ainsi que des notions sur la biodiversité marine, les activités humaines en mer (principalement la pêche) et les principes de conservation de l’environnement marin.
Organisation du cours 23 h CM + sortie terrain (7h): 1) Océanographie 2)Fonds meubles (vase, sable) 3) Fonds durs et zonation benthos 4) Végétation marine 5) Plancton 6) Necton 7) Mers profondes 8) Pêche et conservation 9) Posidonies (lépidochronologie)
Sortie algues (7h): 1) Terrain (matin) 2) Herbier (après-midi)
Jour/horaire: vendredi 8-10 h Quand: dès la première semaine de cours
4 intervenants : P. Guidetti, L. Mangialajo, P. Francour (UNS) R. Lemée (Univ. Paris VI)
Les objectifs: - Présenter les outils et modèles pour l’étude des processus liés au développement végétal - Appréhender le rôle des différentes phytohormones dans le développement végétal
(biosynthèse, métabolisme et signalisation).
- Etudier différents programmes du développement végétal (embryogénèse, germination,
transition et morphologie florale). - Les tropismes végétaux et la perception lumineuse. Photorécepteurs et transduction du
signal lumineux. Rythme circadien et photopériodisme. Morphologie florale Transition florale
Auxine Cytokinine
Acide Abscisique
UE :Biologie du Développement Végétal Co-responsables: Eric Boncompagni ([email protected]) et Nicolas
Pauly ([email protected])
Enseignants: Eric Boncompagni, Pierre Frendo et Marie Larousse.
embryogénèse
Cours/TD (26h)
3 TP (15h)
•Les objectifs:
TP1 « culture in vitro »: comment régénérer une plante à partir d’une seule cellule?
TP2 « régulations hormonales »: quels rôles jouent les hormones végétales sur les grands programmes de développement ? TP3 « Stress abiotiques, perception lumineuse et régulation génique »: comment illustrer l’influence des hormones végétales sur la tolérances aux stress abiotiques et aux variations lumineuses.