Download - Virus & Transposon 2012
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
1/49
VIRUSES
Edited by Sudjadi
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
2/49
Gambaran umum
aselular Hidup sebagai parasit intraselular
Tidak dapat memperbanyak dirisendiri
Tidak melakukan metabolismeintrinsik
Tidak ada ribosom Sangat kecil
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
3/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
4/49
Virion, Virus, dan Viriod
virionvirus diluar sel inang
virusTerdapat salam sel inang
viroidnaked, infectious RNA molecules
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
5/49
lasifikasi !altimore
Kelas I : DNA Untai Ganda Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor"faktor
seluler
Kelas II : DNA Untai Tunggal
Replikasi terjadi di dalam nukleus, melibatkan bentuk untai ganda
intermediate sebagai cetakan untuk sintesis untai tunggal #NA
turunannya
Kelas III : RNA Utas Ganda $irusnya memiliki genom yang tersegmentasi% masing"masing
segmennya ditranskripsi secara terpisa& untuk meng&asilkan
monosistronik mRNA individual
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
6/49
elas IV : RNA Utas Tunggal (+)
$irus dengan polisistronik mRNA dimana kelas ini genom RNA
membentuk mRNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu
polyprotein yang dipeca& membentuk protein matang Kelas V : RNA Utas Tunggal (-)
Genom tidak bersegmen
Genom bersegmen
Kelas VI : RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA Interediate
Genom Retrovirus RNA utas tunggal '() sebagi template untuk
reverse transkriptase menjadi #NA%
Kelas VII : DNA Utas Ganda dengan RNA Interediate
$irus kelompok ini bergantung kepada reverse transkriptase,tetapi berbeda dengan retrovirus, prosesnya terjadi di dalam
partikel virus selama maturasi
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
7/49
Stru!tur Virus
"a#sid protein pelindung*elindungi bagian dalam dari #NA atau RNA
*elindungi bagian dalam, menentukan jenis sel yang dapatdiinfeksi ole& virion, dan bertanggung ja+ab ter&adapinfeksi sel
a#elo# melapisi kapsid pada beberapa virus!erasal dari membran plasma*engandung protein yang disandi virus yang digunakan
untuk menginfeksi sel inang
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
8/49
Des"ri$ing a Virus
Apaka& genom berupa #NA atau
RNA
Apaka& asam nukleatnya untaitunggal atau untai ganda
Apaka& bentuk virionnya seder&ana
atau komplek Apaka& virion dilapisi ole& membran
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
9/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
10/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
11/49
influen-a A mengandung ..
gen yang mengode ..protein/
.%&emagglutinin 'HA),
0% neuraminidase 'NA),
1% nukleoprotein 'N2),3% *., *0,
4% NS., NS0 'NE2/ nuclear
export protein),
5% 2A, 2!. ' polymerasebasic .), 2!."60 dan 2!0
http://id.wikipedia.org/wiki/Proteinhttp://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Hemagglutinin&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Neuraminidase&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Nukleoprotein&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M1&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M2&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_NS1_influenza&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_NS1_influenza&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M2&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M1&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Nukleoprotein&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Neuraminidase&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Hemagglutinin&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/wiki/Protein
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
12/49
HA merupakan lektin yang memediasi ikatan'binding) virus ter&adap sel target dan
masuknya genom virus pada sel target,
NA terlibat dalam lepasnya anak virus dari
sel yang terinfeksi, dengan membela& gula
yang berikatan pada partikel virus de+asa
http://id.wikipedia.org/wiki/Lektinhttp://id.wikipedia.org/wiki/Lektin
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
13/49
7enis virus/
$irus influen-a A
$irus influen-a !$irus influen-a 8
http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_B&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_C&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_C&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_B&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
14/49
$irus 9nfluen-a A/
H.N., yang menimbulkan 6lu Spanyol pada ta&un .:.;, dan6lu !abi pada ta&un 0
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
15/49
9nfluen-a $irus
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
16/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
17/49
H9$
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
18/49
%&ti" 's %&sogeni"
#alam sel, siklus lisis dan lisogenmenyebabkan perbedaan patologiSeklus lisis ole& Epstein"!arr virus 'E!$)
pasa sel plasma terjadi pada mononucleosis 9nfeksi laten sel ! ole& E!$ menjadi
lymp&oma
9nfeksi lisis ole& &uman papilloma virus'H2$) menyebabkan kutil genital 9nfeksi laten ole& beberapa strain H2$
menimbulkan cervical cancer
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
19/49
Retro'irus
Retrovirus mempunyai RNA"dependent
#NA polymerase 're'erse trans"ri#tase),
yang dapat mensintesis #NA dengan
cetakan RNA%
Human immunodeficiency virus 'H9$), yang
menyebabkan ac@uired immune deficiencysyndrome 'A9#S), adala& retrovirus%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
20/49
Te %i*e &"le o* IV
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
21/49
Integration o* te IV Dou$le-Stranded
DNA into roosoal DNA
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
22/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
23/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
24/49
Hepatitis B Virus (HBV
Non-infectious 20 nm spheres and filaments
Infectious 42-47 nm Dane particle
HBsAg
polymerase
HBcAg
genome
Titers = 109 /ml
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
25/49
HBV3.2 kb
glikoprotein permukaan
Transcriptional Regulation
Oncogenic?
Nukleokapsid
C
X
S
P
Genom HBV
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
26/49
Hepatitis C virus
elum tersedia !aksin
Dapat men"e#a#kan transplantasi hati d
Termasuk famili &la!i!iridae
'enom diklon pada ()*)
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
27/49
HCV genome organization
structural nonstructural
+en"andi OR& tunggal, 0(0-0 aa
.)/ k# genom RN1 untai positif
(UU)./ 0/NS3C E1 E2 NS2 4B 5A 5B4Ap7
Signal peptidase NS3-4A Ser protease
Virion components RNA replication machinery
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
28/49
Replikasi HCV dalam sitoplasmvia perantara RNA
Nucleus
Virus masuk & tanpa pembungkus
ranslasi & processing
(+)
(+)
(-)
(+)
Replikasi
HCV RNAersusun partikeVirus
!ntermediet replicati"
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
29/49
Virus engguna!an e!anise $erturutan ut! engu$a
sel
Setiap virus unik
1 Trans-a"ti'ation gena selular
0% 9naktivasi tuour su##ressor #roteins
1% Aksi 'iral on"ogenes
nkno+n
1 *ekanisme umum/
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
30/49
1 Trans-a"ti'ation:
ost
trans"ri#tion*a"tor
Ekspresi Gena
8is"activation
'iral
trans"ri#tion
*a"tor Ekspresi gena
Trans"activation
Host #NA
ATG
promoter
Host #NA
ATG
promoter
$irus"menyandi faktor transkripsi utk mengaktifkan gena sel inang
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
31/49
Ekspresi
gena
inang
e%g% HTB$.
2roliferasi
sel
Tidak terkendaliHost #NA
2rotein TaC
2 I ti ti * t
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
32/49
8ell +it& duplicated c&romosome
8&romosome
duplication
#NA synt&esis
8ell division
mitosis
G1
S
G2
3
#NA repair 'e%g% p41)
9nisiasi apoptosis
.% 2roliferasi berlebi&an
0% egagalan sel memperbaiki #NA yang rusak
1% egagalan sel tsb melakukan apoptosis
2 Ina"ti'ation o* tuour su##ressor genes:
Human papillomavirus
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
33/49
0 Viral on"ogenes
Dnkogena/
gena inang yang tela& beruba& struktur atau fungsinya%
*enyandi protein yang bertanggung ja+ab dlm proliferasi/
faktor pertumbu&an
reseptor faktur pertumbu&an2rotein penempel #NA
Signal sitoplasmik
virus tertentu memba+a gena itu diambil dari sel inang/
Gena itu bersifat on"ogenes
on"ogene
e%g% Rous sar"oa 'irus
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
34/49
Virus &ang en&e$a$!an !an!er:
Human papilloma virus 8a cerviC, penis, vulva, anus
s@uamous carcinomas 'skin)
Epstein !arr virus Non Hodgkins lymp&omas
naso"p&aryngeal carcinoma
HTB$. Human T cell leukaemia
Hepatitis ! Hepato"cellular carcinoma
Hepatitis 8 Hepato"cellular carcinoma
HH$; aposi sarcoma
!ody cavity lymp&omas
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
35/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
36/49
Transposable Elements
Transposable elementsFtransposonF
terdapat dalam genom berbagai
organisme, dengan struktur dan fungsibermacam"macam%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
37/49
7enis Transposisi
2ada "ut-and-#aste transposition, elemenitu keluar dari satu lokus pada kromosomdan pinda& ke lokus baru%
2ada re#li"ati'e trans#osition, elemenitu mereplikasi, dan one kopi disisipkanpada lokus baru satukopi lama tetap padalokus lama%
2ada retrotrans#osition, elemen RNAdigunakan sebagai cetakan utk mensintesis#NA, yang disisipkan pada lokus baru%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
38/49
Transposable Elements
in Humans
Sekitar 33 genom manusiaberupa berbagai transposon
yang tersebar%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
39/49
T&e L1 Element
T&e L1 element merupakan retroposon anggota longinters#ersed nu"lear eleents (%INEs)
Genom manusia mengandung 1
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
40/49
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
41/49
S&ort 9nterspersed Nuclear
Elements 'S9NEs)
S9NEs retroposons terdapat dalamterbanyak kedua% 6amili S9NE adala& Alu,MIR , dan Ther2/MIR3 elements%
S9NEs berukuran kurang dari 3
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
42/49
ey 2oints
Genom manusia mengandung empat jenis
transposon/ B9NEs, S9NEs, retroviruslike
elements, dan cut"and"paste transposons%
L1 B9NE dan Alu S9NE merupakan
transposon aktif, sedangkan yang lain
suda& inaktif%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
43/49
T&e Genetic and EvolutionarySignificance of Transposable
ElementsTransposable elements &ave s&aped
genomes during t&e course of evolution%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
44/49
T&e Evolutionary Status of
Transposable Elements
#o transposable elements perform anyuseful function, or are t&ey merely geneticparasites
I&ere did transposable elements comefrom
I&at mec&anisms &ave evolved to controland limit t&eir movement
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
45/49
Transposon dan Strktur romosom
Transposable elements dapat menyebabkanterjadinya penyusunan ulang kromosom%
8rossing over mungkin terjadi antaratransposon &omolog yang terdapat padaposisi berbeda pada kromosom yang samaatau pada kromosom berbeda% ejadian ini
dinamakanberturut"turut e"to#i"intra"roosoal e4"anges ataue"to#i" inter"roosoal e4"anges%
R k bi i i t k t
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
46/49
Rekombinasi intrakromosomantara
transposon yang berorientasi sama
dan meng&asilkan delesi
R k bi i 9 t k
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
47/49
Rekombinasi 9ntrakromosom
antara transposon yang
oreintasinya berla+anan,meng&asilkan 9nversi
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
48/49
ey 2oints
Transposon terdapat dalam genom
berbagai organisme%
Transposon penyebab utama terjadinya
mutasi dan penyusunan ulang kromosom%
!eberapa transposon bersifatmenguntungkan pada organisme pemba+a
lainnya sebagai parasit%
-
8/18/2019 Virus & Transposon 2012
49/49
Ada pertanyaan