Download - Recherche d'articles scientifiques
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MED-2232 Épidémiologie et lecture critique 2
Par les bibliothécaires-conseils
Emmanuelle Paquette-Raynard M.S.I,
Marie-Claude Laferrière M.S.I.
Janvier-février 2018
Recherche d’articles scientifiques dans PubMed et
Cochrane
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Objectifs de l’atelier
Compétences travaillées:
• Apprendre à faire une recherche structurée dans les bases de données bibliographiques.
• Apprendre à utiliser correctement la syntaxe et à exploiter au maximum les thésaurus à l’intérieur des
bases de données PubMed et Cochrane.
Objectifs spécifiques:
• À la fin de cet atelier, l’étudiant sera en mesure de :
» Explorer les ressources de la Bibliothèque de l’Université Laval.
» Établir sa stratégie de recherche.
» Effectuer des recherches dans les bases de données PubMed (MEDLINE) et Cochrane.
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Plan de la présentation
• Espace Web en médecine
• Rappel: Accès aux ressources électroniques en médecine.
• Apprendre à faire une recherche bibliographique structurée.
• PubMed: structure, thésaurus, syntaxe et principales fonctionnalités.
• Cochrane: structure, thésaurus, syntaxe et principales fonctionnalités.
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Explorer par discipline : Médecine
Vous trouverez les ressources propres à votre discipline telles que:
• Les bases de données spécialisées pour retrouver des articles en médecine;
• Les ensembles de livres électroniques;
• Les ressources cliniques;
• Les atlas, dictionnaires et encyclopédies par spécialités;
• Guide d’installation des applications mobiles
http://bibl.ulaval.ca/web/medecine
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Accès à distance aux ressources électroniques
IDUL
NIP
Modalités et conditions d'accès
• Une fois la session activée, vous pouvez consulter toutes les ressources électroniques désirées.
• Vous devrez donc vous déconnecter à la fin de votre session de travail en cliquant sur dans le coin gauche du navigateur.
• La session expire à la fermeture du navigateur Web ou après 60 minutes d'inactivité.
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Interroger une base de données
•Vocabulaire libre (mots-clés)
•Vocabulaire contrôlé (thésaurus ou sujet)
L’interrogation d’une base de données se fait à l’aide de deux types de
méthodes:
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Vocabulaire
libre (mots-clés)
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La recherche en vocabulaire libre (mots-clés)Généralités
Utilisation de ses propres mots afin de repérer des documents sur un sujet d’intérêt.
Le choix et l’orthographe du mot ont une incidence majeure sur les résultats de recherche.
Les champs à privilégier dans la recherche:• PubMed: [Title/Abstract] • Cochrane: [Title, Abstract, keywords]
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Recherche en vocabulaire libre (mots-clés)
Vos termes de recherche
Les termes utilisés par l’auteur
Olysio
Les articles qui parlent d’Olysio
directement
Pas nécessairement ceux qui parlent de Simeprevir
ou de Galexos
?
Exemple : Je m'intéresse aux traitements de l’hépatite C chronique chez l’adulte
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La recherche en vocabulaire libre (mots-clés)Utilisation de variantes orthographiques et de synonymes pour chacun des
concepts afin de maximiser le repérage.
Synonymes d’obésité:
Body weight, body weights, body-weight, overweight, over weight, over eat, over eating, obesities, obese, visceral obesity, morbid obesity, morbid obesities, abdominal obesity, body fat, fat load, body mass index, quetelet index, BMI, etc.
Synonymes d’enfants: Child, children, childhood, pediatric, pediatrics, etc.
Exemple: Je cherche des articles qui portent sur l’obésité chez les enfants.
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Dictionnaires en ligne
Portail Terminologique de Santé du CiSMeF (CHU de Rouen)
Traduit le MeSH de Medline
Grand dictionnaire terminologique (Office québécois de la langue française)
Termium Plus (Gouvernement du Canada)
Repérer un maximum de synonymes et de variantes orthographiques.
Disponibles : Dictionnaire et ressources sélectionnés > Sélection de dictionnaires et autres ressources > Dictionnaires, grammaires et encyclopédies en ligne
Disponible : Explorer par discipline > médecine > Atlas, dictionnaires et encyclopédies
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Exercice – Portail Terminologique de Santé
(CISMef)
Utilisez le Portail Terminologique de Santé (CISMeF) - HeTOP
Trouvez cinq synonymes anglophones pour la maladie Diabète de type 1.
Autoimmune diabetes
Brittle diabetes mellitus
Insulin dependent diabetes mellitus
Juvenile-onset diabetes / Juvenile onset diabetes
Sudden-onset diabetes mellitus
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Les symbolesPour gagner du temps et de la précision
Troncature : placée à la fin d’un terme, elle permet de repérer toutes les terminaisons
possibles de ce terme.
Child* permet de repérer child, children, childhood.
Guillemets: entourent une phrase, une expression ou une série de mots. Ils permettent de repérer
une série de mots placée dans un ordre précis d’apparition.
"Heart arrest" ou "Cardiac arrest" permet de repêcher ces mots ensemble et écrits de cette exacte façon.
$ * ? | +
*""
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Chercher le vocabulaire libre dans PubMed
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Exercice – Recherche vocabulaire libre
Utilisez la recherche simple ou Advanced de PubMed.
Combien trouvez-vous d’articles sur le diabète insulino-dépendant (Type 1)?
diabetes type 1 > 69 152 résultats
type 1 diabetes > 75 628 résultats
"type 1 diabetes" > 30 445 résultats
diabetes mellitus type 1 > 69 235 résultats
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Vocabulaire
contrôlé (thésaurus ou sujet)
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Recherche en vocabulaire contrôlé (thésaurus ou sujet)
Généralités
Méthode de recherche faite à partir de termes normalisés.
Termes prédéfinis utilisés par les indexeurs d’une base de données pour décrire le contenu des articles scientifiques qu’ils indexent.
Pour utiliser cette méthode, on doit d’abord valider notre terme dans le dictionnaire de la base de données, appelé « thésaurus ».
• Termes normalisés classés et reliés entre eux, du terme le plus général au terme le plus spécifique
Le champ à privilégier dans la recherche pour PubMed et Cochrane: • [MeSH] (Medical Subject Headings).• Ex. PubMed: "diabetes mellitus, type 1"[Mesh]
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Recherche en vocabulaire contrôlé (thésaurus ou sujet)
Avantage: supprime l'ambiguïté du langage naturel (synonymes / variantes
orthographiques)
Brain neoplasms
Brain tumors
Brain cancers
Intracranialneoplasms
Permet de regrouper et de repérer tous les
documents sur un sujet donné
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MeSHAccès au thésaurus de PubMed
Exemple: Je cherche des articles qui parlent de l’adhésion du patient à un régime sans sel.
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Fiche d’un MeSH 1/2
Définition du MeSH
Subdivisions
Synonymes et variantes orthographiques rejetés
Transformation du MeSH en concept majeur
Empêcher l’explosion automatique du terme
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Fiche d’un MeSH 2/2
Arbre sémantique 1
Arbre sémantique 2
Concepts plus spécifiques
Concepts plus généraux
Concepts plus spécifiques
Concepts plus généraux
Suggestions
Ancienne appellation
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Recherche d’articles à partir du MeSH
Sélectionner les options voulues et cliquer sur «Add to search builder». Puis cliquer sur « Search PubMed » pour lancer la recherche.
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Exercice – Recherche avec les MeSH
Combien trouvez-vous d’articles sur la prévention de l’anorexie mentale?
"Anorexia Nervosa/prevention and control"[Mesh]
= 107 résultats
Utilisez la recherche MeSH et les subdivisions
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Structure d’une notice
Titre et Résumé [TIAB]
Type de publication[PT]
MeSH[MeSH]
Terme suivant la barre oblique : subdivision
PMID : Numéro unique de l’article dans PubMed [PMID]
MeSH suivi d’un astérisque : sujet
majeur
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Les opérateurs booléensPour lier les différents concepts
Télé-médecine
Personnel santé
JeunesVaccinationImmunisation
ET/AND OU/OR SAUF/NOT
Limite la recherche à l’intersection des
concepts
Unit les différents synonymes
Exclut un ou plusieurs concepts non souhaités
Précise la recherche, mais ATTENTION
Adultes
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Pour combiner des recherches, vous devez utiliser l’historique de recherche qui se trouve dans Advanced.
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Combiner des recherches – Historique
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Combiner des MeSH
Vous pouvez également utiliser les opérateurs booléens du Builder dans le MeSH Databasepour combiner uniquement des MeSH.
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Exercice – Recherche avec opérateurs booléens
Combien trouvez-vous d’articles dont le sujet majeur est l’effet des changements climatiques sur les maladies infectieuses?
"Climate Change"[Majr] AND "Communicable Diseases"[Majr]
= 92 résultats
Utilisez la recherche MeSH et les opérateurs booléens
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Stratégie de recherche systématique
Concept 1 ("Antiprotozoal Agents"[Mesh] OR antiprotozoal[TIAB] OR schizonticides[TIAB])
Concept 2 ("Toxoplasmosis"[Mesh] OR toxoplasm*[TIAB] )
Concept 3 ("Hematopoietic Stem Cell Transplantation"[Mesh] ORHematopoietic Stem Cell Transplantation[TIAB])
Advanced > History #1 AND #2 AND #3
vocabulaire contrôlé + Vocabulaire libre = Requête systématique
Question de recherche : Je cherche des articles sur l’utilisation d’antiprotozoaires pour traiter la
toxoplasmose dans le contexte de la transplantation de cellules souches hématopoïétiques.
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Stratégie de recherche systématique - PubMed
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Quelques fonctionnalités dans
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PubMed
• Interface gratuite pour tous
• Contenu
• Medline
+
• Livres de NCBI
• Articles et manuscrits de PubMed
Central, qui ne sont pas inclus dans
Medline
MedlineOvid
EBSCO
Web of Knowledge
PubMed
PubMed vs Medline
Contenu
Interfaces de recherche
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Les filtres de recherche (limites)À partir de la fenêtre des résultats
• Pour raffiner rapidement les
résultats de recherche (Langue,
âge, date de publication, etc.)
• Plusieurs filtres sont des termes
issus du vocabulaire contrôlé
(MeSH).
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Exercice – Recherche avec les filtres de
recherche
Combien trouvez-vous d’articles en français sur le métabolisme
du cancer du cerveau?
"Brain Neoplasms/metabolism"[Mesh]
Filters : French
= 176 résultats
Utilisez la recherche MeSH et les filtres
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Les filtres cliniques (Clinical Queries)À partir de la page d’accueil
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Les filtres cliniques (Clinical Queries)
• Étiologie
• Pronostic
• Diagnostique
• Thérapeutique
• « Clinical prediction guides »
Permettent de répondre rapidement aux questions cliniques
Exemple: Je cherche des articles dont le sujet est l’étiologie de l’obésité pédiatrique.
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Les filtres cliniques (Clinical Queries)
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Critères de sensibilité et spécificité :• Narrow / specific search : recherche étroite, seuls
les articles les plus pertinents sont retenus.OU• Broad / sensitive search: recherche plus large, les
articles pertinents et articles connexes.
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Exercice – Recherche avec les « Clinical Queries »
Combien trouvez-vous d’articles sur le pronostic des vétérans des forces armées qui souffrent du trouble de stress post-traumatique?
(filtre narrow/ recherche spécifique)
Post traumatic stress disorder veterans / Prognosis / Narrow
= 297 résultats
Ptsd veterans / Prognosis / Narrow
= 344 résultats
Utilisez les PubMed Clinical Queries.
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Obtenir le texte de l’article
Le bouton permet d’accéder aux
abonnements de la bibliothèque.
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Single Citation MatcherRetrouver un article scientifique à partir des éléments bibliographiques que
nous avons sous la main (titre, revue, auteur(s), etc.).
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Compte NCBI
• Gratuit!
• Sauvegarder vos recherches et des articles.
• Recevoir des alertes par courriel mentionnant les
nouveaux articles publiés sur votre sujet, de façon
quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle.
• Personnaliser l’interface de PubMed.
Principaux avantages:
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Présentation de Cochrane
Base de données Contenu Article
Cochrane Database of Systematic Reviews Les revues systématiques produites par un groupe Cochrane. 10 002
Cochrane Central Register of Controlled Trials Les études cliniques à la base des revues systématiques. 1 090 489
Database of Abstracts of Reviews of Effects*N’est plus mis à jour depuis avril 2015
Les revues systématiques autres que Cochrane (DARE). 36 795
The Cochrane Methodology Register* *Remis en question, rien depuis juillet 2012
Les recherches sur les méthodologies employées pour les études contrôlées.
15 764
Health Technology Assessment Database*Dernière mise à jour en octobre 2016
Les études sur l’évaluation de la technologie médicale. 16 559
The NHS Economic Evaluation Database*N’est plus mis à jour depuis avril 2015
Les études sur le coût/bénéfices des interventions cliniques. 15 015
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Recherche
Simple
Avancée
Exemple: Je cherche des articles sur l’obésité chez les enfants.
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Structure d’une notice
Résumé :ab
Vocabulaire contrôlé :kw
Titre :ti
Tableaux :tb
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MeSHAccès au thésaurus de Cochrane
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MeSH
Sélectionner les options voulues et cliquer sur «Add to search Manager».
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Recherche complexe
L’historique de recherche ne se fait pas automatiquement. Vous devez cliquer sur «Add to searchManager» à chacune des recherches que vous voulez combiner.
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Exercice – Recherche Cochrane
Trouvez un Cochrane Review.
Est-ce que les vaccins sont efficaces pour prévenir la grippe (influenza) chez les enfants
en santé?
« Les vaccins contre la grippe sont efficaces pour la prévention des cas de grippe chez les enfants âgés
de plus de deux ans, mais on dispose de très peu de preuves pour les enfants âgés de moins de deux
ans ».
Référence: Vaccines for preventing influenza in healthy children, August 2012
Est-ce que la sertraline est un traitement efficace pour les patientes vivant une dépression post-
partum, comparée à un placebo?
“Women with PMD [postpartum depression] are more likely to have a remission of their depression with sertraline treatment, a finding that is more
pronounced in women who have onset of depression within 4 weeks of childbirth.”
Référence: Hantsoo L, Ward-O'Brien D, Czarkowski KA, GueorguievaR, Price LH et Epperson CN. 2014. A randomized, placebo-controlled,
double-blind trial of sertraline for postpartum depression. Psychopharmacology 231(5), 939-48.
Trouvez un Trial.
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Merci
Emmanuelle Paquette Raynard, [email protected]
Marie-Claude Laferrière, [email protected]
Questions ?
Bibliothécaires-conseil Service de clavardage
Offert aux heures d'ouverture du service d'aide à la recherche.