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Seminários do LGE - literatura
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ÍndiceÍndice• Introdução• Histórico• Bancos de dados
– Pathway– Genes– LIGAND
• Grafos• Hierarquia de pathways• KEGG Orthology• DBGET/LinkDB • Outros serviços
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Introdução Introdução – esquema– esquema
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IntroduçãoIntrodução - anotação - anotação
• Postular função para produto de gene; ou• Predizer estruturas do genoma e suas
funções• Anotam-se:
– Genes que codificam proteínas– tRNAs– rRNAs– ORFs hipotéticos– Clusters de GC– Repetições– Codon usage– Promotores
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AnotaçãoAnotação – ferramentas – ferramentas
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AnotaçãoAnotação – mtDNA – mtDNA
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Introdução Introdução – metabol. virtual– metabol. virtual
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HistóricoHistórico• 1991 – nasce BD GenomeNet
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HistóricoHistórico• 1995/6 –
KEGG
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HistóricoHistórico• PATHWAY• GENES• LIGAND• Genome map• Comparative genome map• Ortholog group table• Computational tools
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HistóricoHistórico• EXPRESSION
– Padrões de expressão...• GENOME
• Disease catalog• Interações proteína-proteína
• SSDB• BRITE
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HistóricoHistórico• LIGAND
– ENZYME– COMPOUN
D– REACTION
• ISIS BD
• KO• GLYCAN
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HistóricoHistórico
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Bancos de dadosBancos de dados• PATHWAY – vias metabólicas e complexos
• GENES– GENES – genes de genomas e drafts– GENOME – mapas de genoma e info– SSDB – similaridade de seqs. e homologia– KO – KEGG Orthology– EXPRESSION – perfis de chips– BRITE – interações e relações proteína-proteína
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Bancos de dadosBancos de dados• LIGAND
– COMPOUND – estruturas de compostos químicos
– REACTION – reações químicas– GLYCAN – estruturas glycans– ENZYME – enzimas e reações enzimáticas
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Bancos de dadosBancos de dados - GENES- GENES
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Bancos de dadosBancos de dados - EXPRESSION- EXPRESSION
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Bancos de dadosBancos de dados - EXPRESSION - EXPRESSION
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Bancos de dadosBancos de dados - EXPRESSION - EXPRESSION
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Bancos de dadosBancos de dados - SSDB - SSDB
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Bancos de dadosBancos de dados - GENOMEMAP- GENOMEMAP
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Bancos de dadosBancos de dados - GENOMEMAP- GENOMEMAP
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Bancos de dadosBancos de dados - GENOMEMAP- GENOMEMAP
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GrafosGrafos• Conjunto de nós e relacionamentos• PROTEIN NETWORK – PATHWAY• GENE UNIVERSE – GENES, SSDB e KO• CHEMICAL UNIVERSE - LIGAND
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Hierarquia de viasHierarquia de vias• Metabolismo• Processamento de informações genéticas• Processamento de informações do
ambiente– Transporte em membranas– Tradução– Sorting e Degradação– Replicação e reparo
• Processos celulares• Doenças humanas
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KEGG OrthologyKEGG Orthology• EC#
– só para vias metabólicas– Problemas de nomenclatura
• KO– Inclui vias não metabólicas (regulatórias...)– Análise computacional + curação manual
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DBGET/LinkDBDBGET/LinkDB• Sistema integrado de busca em BDs• WEB
– Buscas por termos em BDs• BD
– Integração de dados de Kyoto e outros BDs internacionais (NCBI, EBI etc.)
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Outros serviçosOutros serviços• Busca por similaridade de seqüências
– BLAST ou FASTA• Ferramentas de interpretação de seqüências
– SIT – Sequence Interpretation Tools– BLAST– FASTA– CLUSTALW– MOTIF– PSORT– PLOC etc.
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Perguntas???Perguntas???• Kanehisa, M. Toward pathway engineering: a new database og
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• Ogata, H.; Goto, S.; Sato, K.; Fujibuchi; Bono, H.; Kanehisa, M. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes Nucleic Acids Research, 27(1) p.29-34. 1999.
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• Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashima, S.; Nakaya, A. The KEGG database at GenomeNet Nucleic Acids Research, 30(1) p.42-46. 2002.
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• Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashina, S.; Okuno, Y.; Hattori, M. The KEGG resource for deciphering the genome Nucleic Acids Research, 32(Database issue) p.D277-D280 2004.
• http://www.genome.ad.jp/kegg <link>