-
SEMINAR HASIL
Komisi Pembimbing:
Dr. Hawis Madduppa, M.Si
Prof. Dr. Dietriech G. Bengen, DEA
DISTRIBUSI SPASIAL ZOOPLANKTON BERDASARKAN DNA LINGKUNGAN (eDNA)
DI PERAIRAN PESISIR RAJA AMPAT
Sayyidah Fatchiyyah
C551170071
-
Jens M
artensso
n
Zooplankton
2
_
2
0
2
0
_
Pendahuluan
Worden et al. (2015)
Kemunculannya zooplankton berperan
penting dalam menunjang produktivitas
ikan (Richardson, 2015).
Sumberdaya perikanan Kabupaten Raja
Ampat, Provinsi Papua Barat sudah
terlihat tren penurunan dalam hal total
produksi ikan karang (Haryani & Fauzi,
2019).
>>>
Mempertahankan ketersediaan
makanan ikan karang dengan pendataan
zooplankton
-
Jens M
artensso
n
3
_
2
0
2
0
_
Morfologi
Kelebihan:
- Konvensional
- Spesifik, detail
(Ahli taksonom)
Kekurangan:
- Waktu
- Invasif
E-DNA (Environmental DNA)
- Menghasilkan informasi taksonomi dengan cepat
(Harvey et al. 2017)
- Lebih efisien dan murah untuk survei keanekaragaman
ekosistem
(Yang and Zhang, 2020)
- E-DNA dapat digunakan untuk mengetahui persentase
hingga tingkat spesies (Murakami et al. 2019)
Latar Belakang
-
Jens M
artensso
n
4
_
2
0
2
0
_
• Mengetahui jenis dan komposisi Zooplankton di Perairan Pesisir
Raja Ampat
• Membandingkan sebaran spasial Zooplankton berdasarkan zona di
Perairan Pesisir Raja Ampat
Tujuan Penelitian
-
Jens M
artensso
n
5
_
2
0
2
0
_
- Waktu pengambilan sampel,
15-22 Januari 2018
- Lokasi pengambilan sampel
(18 site)
- 7 site di Zona Inti
- 6 site di Kawasan Terbuka
- 5 site di Zona Pemanfaatan
Metode Penelitian
-
Jens M
artensso
n
01
02
03
04
05
Pengambilan Sampel
- Kedalaman 3-6 m
- Botol Air (4L)
Penyaringan Sampel
- Peristaltic pump
- Kertas saring 12µ
- Cryotube 2ml + DNA Shield
Ekstraksi dan AmplifikasiSampel
- Kit standar Microbial Community: soil extraction, ZymoBIOMICS
- PCR: Primer V9 (Plankton)
- Elektroforesis
Sekuen DNA
- Miseq Ilumina
- University of Rhode Island, U.S.A.
Analisis Data
- QIIME (Cutadapt, DADA2, MAFFT)
- SILVA (Database)
- R Program (ggplot, vegan, ANOSIM, PERMANOVA)
_
2
0
2
0
_
-
Jens M
artensso
n
7
_
2
0
2
0
_
Hasil Analisis
Komposisi Taksa (a) dan Kelimpahan Filum (b)
(a) (b)
0 20000 40000 60000 80000 100000 120000 140000 160000
Arthropoda
Annelida
Urochordata
Mollusca
Craniata
Cnidaria
Platyhelminthes
Chaetognatha
Ctenophora
Porifera
Bryozoa
Nemertea
Echinodermata
159901
11444
5590
1736
1527
454
202
168
106
88
45
11
8
Reads sequence
-
Jens M
artensso
n
8
Kelimpahan Zooplankton di Raja Ampat
berdasarkan Spesies
ANOSIM statistic R: 0.06136
Significance: 0.221
R < 0.25
Tidak ada perbedaan antar
zona
_
2
0
2
0
_
-
Jens M
artensso
n
9
_
2
0
2
0
_
Kategori rendah hingga sedang
Indeks Keanekaragaman
-
Jens M
artensso
n
10
_
2
0
2
0
_
Sebaran spasial zooplankton berdasarkan
Spesies
-
Jens M
artensso
n
11
Analisis statistik sebaran spasial zooplankton
berdasarkan zona di Perairan Pesisir Raja
Ampat
Jarak antar zona
Adonis Pr (>F) = 0.865
0.05
Tidak berbeda nyata
_
2
0
2
0
_
-
Jens M
artensso
n
12
Kesimpulan
- Kelompok yang banyak ditemukan adalah Unidentified pada setiap site
- Filum yang mendominasi pada kelimpahan zooplankton adalah
Arthropoda, spesies yang mendominasi di Zona inti adalah Acrocalanus
gracilis, Zona Pemanfaatan adalah Corycaeus speciosus dan di Zona
Kawasan Terbuka adalah Paracalanus parvus
- Sebaran spasial antar zona menunjukkan hasil yang tidak berbeda nyata
_
2
0
2
0
_
-
Jens M
artensso
n
13
_
2
0
2
0
_
Daftar Pustaka
Haryani, E. B. S., & Fauzi, A. (2019). Bioeconomic analysis on coral fish in Raja Ampat Regency , West Papua Province Bioeconomic
analysis on coral fish in Raja Ampat Regency , West Papua Province. IOP Conf. Series: Earth and Environmental Science 278 (2019)
012032. https://doi.org/10.1088/1755-1315/278/1/012032
Harvey, J. B. J., Johnson, S. B., Fisher, J. L., Peterson, W. T., & Vrijenhoek, R. C. (2017). Comparison of morphological and next
generation DNA sequencing methods for assessing zooplankton assemblages. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 487,
113 126. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2016.12.002
Murakami, H., Yoon, S., Kasai, A., Minamoto, T., Yamamoto, S., Sakata, M. K., Horiuchi, T., Sawada, H., Kondoh, M., Richardson, E. R. & R.
W. (2015). Plankton 2015What is Plankton 2015 ? CSIRO Report, 1 20.
Yang, J., & Zhang, X. (2020). eDNA metabarcoding in zooplankton improves the ecological status assessment of aquatic ecosystems.
Environment International, 134(September 2019), 105230.https://doi.org/10.1016/j.envint.2019.105230
Worden, A. Z., Micahel, J. F., Stephen, J. G., Susanne, W., Amy, E. Z., & Patrick, J. K. (2017). Rethinking the marine carbon cycle:
Factoring in the multifarious lifestyles of microbes. Science, 347, 1257594. https://doi.org/10.1126/science.1257294
https://doi.org/10.1016/j.jembe.2016.12.002https://doi.org/10.1126/science.1257294