Download - cancerul si genomica
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 1/13
CANCERUL SI GENOMICA
P. Andrew Futreal, Arek Kasprzyk, Ewan Birney,
James C. Mullikin, Richard Wooster & Michael R.
Stratton
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 2/13
SCOPUL EXPERIMENTULUI
Unul din scopurile principale ale cercetarii canceruluieste identificarea genelor care dau nastere la oncogene
Au fost cautate astfel de gene pornind de la secventagenomului uman dar nu au fost descoperite noioncogene
S-au cautat modificari oncogenice ale secventelor
genelor in celule canceroase, comparand secventelegenomice din celule canceroase cu secvetele genomuluiuman. Metoda prezinta un grad mare de rezultate falspozitive
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 3/13
CANCERUL
Toate tipurile de cancer sunt provocate de anomalii la
nivelul secventelor genelor
De-a lungul vietii ADN din celulele umane este supus la
mutatii si la greseli in replicare, ceea ce provoaca
modificari subtile
Ocazional una din aceste mutatii somatice modifica
functionarea unei gene critice, ceea ce furnizeaza un
avantaj de crestere celulei in care se produce si conducela nasterea unei clone pornind de la aceasta celula.
Au fost identificate in jur de 30 gene supresoare
tumorale si mai mult de 100 oncogene dominante
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 4/13
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 5/13
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 6/13
Identificarea genelor implicate in cancer
Singura metoda de a identifica astfel de gene era
localizarea lor intr-o anumit regiune din genom prin
diferite tehnici de cartare, apoi screeningul genelor din
aceasta regiune.
Informatile obtinute astfel erau adesea confuze si uneori
gresite
Numeroase gene ale cancerului nu lasa ³identificatori´ in
genom deci, nu pot fi detectate pe aceasta cale
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 7/13
Utilizarea secventei genomului uman pentru
identificarea de noi gene ale cancerului
1
Generarea unei liste mai lungi de posibili candidati prin
cautarea asemanarilor cu genele cunoscute ale
cancerului
Nivelul de stringenta al acestei cercetari la nivelul
proteinelor a fost o identitate a aminoacizilor de 50% sau
mai mult pentru un minim de 50 aminoacizi
Nu au fost descoperite noi gene implicate in cancer;
acest lucru s-ar putea datora unui deficit in setul deproteine
In mod previzibil, atunci cand a scazut stringenta
cercetarii, numarul de potriviri a crescut, dar multe din
acestea sunt discutabile.
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 8/13
Pentru a confirma rezultatele s-a realizat o cautare
exhaustiva a unei gene (TP53) fata de schita generala agenomului uman, luand in considerare orice posibila
predictie genica sau orice cadru de citire
Nici aceasta cercetare aditionala nu a condus la detectia
de noi asemanari. Lipsa de noi oncogene poate reflecta importanta
medicala si biologica a familiilor genice implicate in
cancer.
Asemanari si paralele ar putea fi ascunse in regiuni incanesecventiate ale genomului uman sau au reusit sa
scape detectiei datorita deficientei predictiei genice
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 9/13
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 10/13
2
S-a incercat utilizarea bibliotecilor de secvente ADNc
(programul CGAP) in conjunctie cu secventa genomuluiuman pentru a cauta un tip nou de alterare in cancer.
Rearanjamentele genelor care duc la activareaoncogenelor pot aparea ca rezultat al translocarilor cromosomale.
Au fost studiate toate secventele de ADNc obtinute dinprobe de tesut normal si din probe neoplazice.
Au fost selectate clonele din care s-au obtinut douasecvente (215.889 clone normale si 25.446 clonecancer).
S-a cautat apoi in secventa genomica pentru potriviri aleacestor secvente pereche de ADNc care ar permitelocalizarea lor cromosomala.
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 11/13
Majoritatea perechilor de secvente din aceeasi clona de
ADNc au fost cartate in aceeasi pozitie in genom.
Dar au fost cateva perechi derivate dintr-o singura colna
ADNc care au fost localizate in doua regiuni diferite ale
genomului care ar putea reprezenta transcripti ai genelor
chimerice
Analizele efectuate au evidentiat proportii egale de
transcripti aparent chimerici atat in tesuturile normale cat
si in cancer (3% din clone in ambele cazuri), indicand ungrad semnificativ de rezultate fals pozitive
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 12/13
CONCLUZII
Secventa genomului uman nu va releva imediat naturaanomaliilor genomice implicate in cancer
este nevoie de secventa finala a genomului uman, care
va furniza un cadru de lucru pentru o noua generatie decomparatii la scara mare intre celulele canceroase sigenomul normal
Sunt necesare noi tehnologii; in prezent nu exista nici o
tehnologie care sa detecteze toate tipurile de anomalii(deletii mari, rearanjamente, substitutii, insertii si deletii mici, amplificari, modificari epigenice precum metilarea)prezente in celulele canceroase.
5/13/2018 cancerul si genomica - slidepdf.com
http://slidepdf.com/reader/full/cancerul-si-genomica 13/13
CONCLUZII
noi strategii diferite de
cele care depind de
localizarea genomica
primara si va permite
studierea sistematicaa genomului pentru
descoperirea de
mutatii.
Sunt necesare eforturi
si costuri foarte mari
pentru acoperirea
rezonabila a intregului
genom.