![Page 1: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/1.jpg)
Bases de datos secundarias
![Page 2: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/2.jpg)
Bases de datos secundarias
Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274
![Page 3: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/3.jpg)
Bases de datos secundarias
http://prosite.expasy.org/
Puedes descargarte
la BD
![Page 4: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/4.jpg)
Bases de datos secundarias
Información almacenada en PROSITE
![Page 5: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/5.jpg)
Bases de datos secundarias
Información registrada en un Fichero .DAT
- La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea
- Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia
![Page 6: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/6.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)
![Page 7: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/7.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con formato PROSITE
![Page 8: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/8.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (1)
![Page 9: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/9.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (2)
![Page 10: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/10.jpg)
Bases de datos secundarias
Los registros PROSITE.DOC
![Page 11: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/11.jpg)
Bases de datos secundarias
Estructura de un registro PROSITE.DOC (formato plano)
1.- Descripción de las características de la familia o
dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen
2.- La sección técnica describe el patrón o perfil conservado.
3.- Referencias bibliográficas
Códigos ID
![Page 12: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/12.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC con formato PROSITE
Referencias
Parte técnica
Descripción
![Page 13: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/13.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (1)
![Page 14: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/14.jpg)
Bases de datos secundarias
Puedes ir directamente a la
parte del registro .DOC que te
interesaEl patrón
Puedes ver el logo
Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (2)
![Page 15: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/15.jpg)
Bases de datos secundarias
Logo del patrón almacenado en PROSITE
![Page 16: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/16.jpg)
Bases de datos secundarias
PROSITE también almacena perfiles
![Page 17: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/17.jpg)
Bases de datos secundarias
Construcción de perfiles
![Page 18: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/18.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (1)
![Page 19: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/19.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (2)
![Page 20: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/20.jpg)
Bases de datos secundariasPenalizaciones aplicadas
por defecto a la introduccion de
inserciones o deleciones y a sus extensiones
Región más tolerante a la presencia de indels
Distintos estados M (match) e I (insertion)
Puntuaciones específicas para cada posición
Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS50002)
![Page 21: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/21.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)
![Page 22: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/22.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)
![Page 23: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/23.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)
![Page 24: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/24.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)
![Page 25: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/25.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil
Formato planoFormato PROSITE
![Page 26: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/26.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (1)
![Page 27: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/27.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (2)
![Page 28: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/28.jpg)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (3)
![Page 29: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/29.jpg)
Bases de datos secundarias
Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática.
PRORULE: Las reglas de PROSITE
![Page 30: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/30.jpg)
Bases de datos secundarias
Cómo utilizar PRORULE
http://prosite.expasy.org/prorule.html
Introduce aquí el código de acceso de la
regla o una palabra clave
Puedes ver los registros de
PRORULE según diversos criterios
![Page 31: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/31.jpg)
Bases de datos secundarias
Fichero .DAT de una regla
![Page 32: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/32.jpg)
Bases de datos secundarias
Fichero de una regla en formato Nice Site
![Page 33: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/33.jpg)
Bases de datos secundarias
Puedes ver los registros de la BD
según diversos criterios
Acceso directo a un registro de la
BD (introduciendo un código o una palabra clave)
Acceso directo a un registro de PROSITE
![Page 34: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/34.jpg)
Bases de datos secundarias
Introduce aquí el nombre de un dominio:
leucine zipper
1.- Búsqueda de un dominio por palabras clave
![Page 35: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/35.jpg)
Bases de datos secundarias
PROSITE: Resultado de la búsqueda
Pincha aquí para acceder a la información
sobre el dominio (el fichero .DOC)
![Page 36: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/36.jpg)
Bases de datos secundarias
El fichero .DOC contiene información sobre el dominio
Pincha aquí para ver el patrón o el
perfil (el fichero .DAT)
![Page 37: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/37.jpg)
Bases de datos secundarias
El fichero .DAT describe el perfil del dominio
![Page 38: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/38.jpg)
Bases de datos secundarias
http://prosite.expasy.org/scanprosite/
![Page 39: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/39.jpg)
Bases de datos secundarias
Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador
válido)
1.- Búsqueda rápida
![Page 40: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/40.jpg)
Bases de datos secundarias
Resultado de la búsqueda (1)
![Page 41: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/41.jpg)
Bases de datos secundarias
Resultado de la búsqueda (2)
Ha encontrado dos perfiles
También ha encontrado
dos patrones
Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil
Pincha aquí para acceder a la
documentación del perfil
![Page 42: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/42.jpg)
Bases de datos secundarias
Resultado de la búsqueda (3)
Ha encontrado dos patrones
Pincha aquí para acceder a la
documentación del patrón
Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón
![Page 43: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/43.jpg)
Bases de datos secundarias
2.- Búsqueda avanzada
![Page 44: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/44.jpg)
Bases de datos secundarias
Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1
Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against
the PROSITE collection of motifs
![Page 45: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/45.jpg)
Bases de datos secundarias
Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 2
Option 2 - Submit MOTIFS to scan them
against a PROTEIN sequence database.
![Page 46: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/46.jpg)
Bases de datos secundarias
Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 3
Option 3 - Submit PROTEIN sequences and
MOTIFS to scan them against each other.
![Page 47: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/47.jpg)
Bases de datos secundarias
![Page 48: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/48.jpg)
Bases de datos secundarias
Nucleic Acids Research 29 (2001): 202-204
![Page 49: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/49.jpg)
Bases de datos secundarias
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998): 5865-5871
![Page 50: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/50.jpg)
Bases de datos secundarias
Puedes bajarte el software EMOTIF
http://motif.stanford.edu/distributions/emotif/
![Page 51: Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062315/5665b4a11a28abb57c92cbe4/html5/thumbnails/51.jpg)
Bases de datos secundarias
Programas incluidos en el software EMOTIF