dnaメチル化アレイ 受託解析サービス...refseq promoter array...
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DNAメチル化アレイ
受託解析サービス
Epigenetics Profiling フィルジェン株式会社
illumina社のDNAメチル化ビーズアレイを採用
DNAメチル化アレイ受託解析サービス
本サービスは、illumina社のDNAメチル化ビーズアレイ「Infinium® MethylationEPIC BeadChip」を用いた受託解析サービスです。このアレイ
は、メチル化の専門家が選択した包括的カバレッジ、ハイスループットを実現し、サンプル数が多い大規模なゲノムワイドのDNAメチル化研究を行
うための理想的なソリューションです。また、一塩基レベルの解像度でCpGサイトのメチル化を定量することができるため、エピゲノムの詳細な変化を
捉えることができます。
DNAメチル化によるエピゲノムプロファイリングは、遺伝子発現調節において重要な役割を担っています。DNAメチル化には、発生・分化における
細胞の特殊化、および分化細胞の安定維持、ウイルス遺伝子や非宿主DNA配列から生じる有害な発現の抑制、そして環境刺激に対する応
答機序の付与などの役割があります。また、異常なDNAメチル化（高メチル化、低メチル化）とそれによる遺伝子発現への影響は、がんなどの多
くの疾患過程に関与しています。
様々なアプリケーションに対応する費用効率の高いDNAメチル化解析を行うために、本サービスでは実績高いillumina社のInfiniumケミストリー
とiScanシステムを組み合わせた信頼性の高いメチル化プロファイリングプラットフォームによる解析を提供します。
2種類のInfinium® ケミストリー
世界最大の受託解析プロバイダーAKESOgen社による
ハイコストパフォーマンスな解析サービスを提供！
ゲノミクスの専門知識を有する経験豊富な専門家
高品質で正確なデータの提供
短納期かつ費用対効果の高いサービス
CLIA/CAP認定ラボでの解析
Infinium® MethylationEPIC BeadChipは、業界で最も信頼性が
高く、実績あるDNA解析プラットフォームであるillumina社のInfinium®
アッセイを使用しています。Infinium®メチル化アッセイは、DNAサンプル
内の個々のCpGサイトを調べるためにデザインされた、ターゲット特異
的な長鎖プローブが結合したビーズを採用し、DNAメチル化は、バイサ
ルファイト処理したゲノムDNAの定量的ジェノタイピングにより測定され
ます。Infinium I アッセイ、およびInfinium II アッセイが、お互いに補完
的にはたらくことにより、広いターゲット領域をカバーします。
InfiniumⅠアッセイ
Infinium I アッセイでは、1つのCpGサイトに対して、1個の「非メチル
化」DNA検出プローブ及び1個の「メチル化」DNA検出用プローブの合
わせて2個のプローブが利用されます。各プローブの3'末端は、保護さ
れたシトシン（メチル化デザイン）、またはバイサルファイトによる変換と
全ゲノムの増幅によって生成するチミン塩基（非メチル化デザイン）の
いずれかにマッチする様にデザインされています。
InfiniumⅡアッセイ
Infinium II アッセイは、1個のターゲットサイトに対して、1個のプロー
ブのみを使用する様にデザインされています。プローブの3'末端は、検
出サイトのすぐ上流の塩基に相補的で、1塩基伸長の結果、「メチル
化」Cまたは「非メチル化」Tに相補的な、標識されたGまたはAの塩基
がそれぞれ付加されます。Infinium II アッセイは、縮重オリゴヌクレオチ
ドプローブを用いることにより、50merの配列内に別のCpGサイトが存
在したとしても、最大3箇所まで存在しても、データに影響を及ぼさず、
ターゲットに隣接するCpGサイトのメチル化状態とは関係なく、検出サ
イトでのメチル化状態を評価することが可能です。
包括的でゲノムワイドなカバレッジ
サンプルあたり85万以上のメチル化サイトを1塩基の解像度で解析
Infinium® MethylationEPIC BeadChipは、CpGアイランド、
遺伝子、およびプロモーターの比類なき高カバレッジを実現していま
す。本アレイは、HumanMethylation450K BeadChipに搭載さ
れていたコンテンツの90％以上を含み、これらは広範囲なメチル化
サイトを網羅的に解析できる様に選択されています。
潜在的なエンハンサーなどのENCODEプロジェクトによって同定さ
れた領域および組織タイプにわたって、FAMTOM5プロジェクトに
よって同定されたエンハンサーをターゲットにしています。
Infinium HDテクノロジーでは、メチル化DNAキャプチャー法に伴
いやすいバイアスに関連した制限を受けることなく、コンテンツのデザ
インが可能です。これにより、ゲノムDNAメチル化の全体像でパンエ
ンハンサーやコーディング領域を俯瞰できるため、ヒトの様々な組織
を使ったエピゲノムワイド関連解析で使用することができます。この
製品は、メチル化の専門家が選択した以下のコンテンツを搭載し
ています。
CpGアイランド以外のヒトCpGサイト
ヒト幹細胞で同定された非CpGサイトのメチル化領域
（CHHサイト）
ヒト腫瘍細胞と正常細胞間で確認された異なるメチル化を
示す領域
FAMTOM5エンハンサー
ENCODEオープンクロマチンとエンハンサー
DNase高感受性部位
miRNAプロモーター領域
illumina社のHuman HumanMethylation450 BeadChipに
搭載されているコンテンツの約90％
RefSeq Promoter Array
このアレイは、全てのタンパク質コード遺伝子のプロモーター領域、およびその周辺のCpGアイランドにおけるエピジェネティック修飾やクロマチン結
合部位を研究するために、MeDIP-chipやhMeDIP-chip、クロマチン免疫沈降（ChIP-chip）実験用にデザインされています。
遺伝子プロモーターは、転写因子と関連し、エピジェネティックマーカー（DNAメチル化/ヒドロキシメチル化、およびヒストン修飾など）によって制
御されます。これらは、遺伝子発現の正確な制御において非常に重要です。
RefSeqデータベースに基づいてアノテーションされたmRNAのプロモーターを網羅しています。また、約205～210bpの間隔で60merのタイリング
アレイプローブを使用することで、エピジェネティックな修飾および転写因子結合部位の偏りのない同定が可能です。
DNAのメチル化とヒドロキシメチル化を包括的にプロファイリング
MeDIP-chip/hMeDIP-chipアレイ受託解析サービス
本サービスは、メチル化DNA免疫沈降法（methylated DNA immunoprecipitation：MeDIP）、または
ヒドロキシメチル化DNA免疫沈降法（hydroxymethylated DNA immunoprecipitation：hMeDIP）と、
マイクロアレイ技術を組み合わせることにより、DNAのメチル化、またはヒドロキシメチル化によるエピジェネティッ
ク制御を網羅的に検証することができます。タンパク質コード遺伝子やnon-coding RNA（ncRNA）のプロ
モーター領域、がんのメチル化可変領域（Differentially Methylated Region：DMR）、ゲノムブロックを
解析するための、4種類のアレイ（RefSeqプロモーターアレイ、ncRNAプロモーターアレイ、Cancer DMRアレ
イ、Cancer Blockアレイ）を用意しています。
マイクロアレイ情報
ncRNA Promoter Array
このアレイは、non-codingなLncRNAおよびmicroRNA遺伝子のプロモーター領域におけるエピジェネティック修飾やクロマチン結合部位を研
究するために、MeDIP-chipやhMeDIP-chip、ChIP-chip実験用にデザインされています。
LncRNAは、タンパク質をコードしない200塩基長より長い転写産物です。哺乳類では、組織や発生段階別に特異的に転写される数千の
LncRNAがあります。発生におけるLncRNAの組織特異的な発現様式、およびLncRNAの明確な細胞内局在は、それらの発現が正確な制
御下にあることを強く示唆しています（Amaral and Mattick, 2008; Dinger et al., 2008; Mercer et al., 2008）。しかしながら、転写レベル
でのLncRNAの制御について、多くのことが未だに知られていません。DNAのメチル化やヒストン修飾、クロマチン再構成を含むエピジェネティック
修飾が、LncRNAの細胞特異的な発現に寄与しているというエビデンスがあります。例えば、近年の研究において、LncRNAのプロモーターが純
化選択の対象となっていること（Ponjavic et al., 2007）や、タンパク質コード遺伝子のプロモーターと比してより保存されていること（Carninci
et al., 2005）、転写因子および調節クロマチンマーカーと相互作用していることが示唆されています（Cawley et al., 2004; Kim et al.,
2005; Boyer et al., 2006; Huarte et al., 2010; Lujambio et al., 2010; Mohammad et al., 2010; Wu et al., 2010)。
生物種 ヒト マウス ラット
アレイフォーマット 4 x 180K
プローブ間隔の中央値 210bp 205bp 158bp
ゲノム構築 hg19 MM9 RN4
カバレッジ 23,148 RefSeqプロモーター 22,327 RefSeqプロモーター 15,987 RefSeqプロモーター
（タイリング領域） 転写開始点の1.3kb上流から500bp下流までのmRNAプロモーター領域
生物種 ヒト マウス
アレイフォーマット 4 x 180K
プローブ間隔の中央値 230bp 165bp
ゲノム構築 hg19 MM9
カバレッジ
27,248 LncRNAプロモーター
&
622 miRNAプロモーター
18,552 LncRNAプロモーター
&
346 miRNAプロモーター
（タイリング領域） 転写開始点の2.2kb上流から500bp下流までのLncRNAプロモーター領域
Cancer DMR Array / Cancer Block Array
がんにおける小規模なメチル化可変領域（Differentially Methylated Region：DMR）を研究するためにデザインされたDMRアレイと、がん
におけるエピジェネティック変化の起きるゲノムブロックを研究するためにデザインされたBlockアレイの2タイプを用意しています。
DMRアレイは、がん、組織および細胞分化においてメチレーションが変動している12,113の小規模なDMR、その近傍の11,380のCpGアイラン
ドとCpGアイランドショアを網羅し、Blockアレイは、ゲノムブロックにおける2,554のタンパク質コード遺伝子および8,481のLncRNA遺伝子のメチ
レーション変化の解析に利用できます。
生物種 ヒト
アレイタイプ Cancer DMR Array Cancer Block Array
アレイフォーマット 4 x 180K
カバレッジ 12,113 DMRと、近傍の11,380 CpGアイランドと
アイランドショア
2,554 mRNA、8,481 lncRNA、および
463 miRNA遺伝子を含む7,088ブロック
バイオインフォマティクス解析例
本サービスは、MeDIP-chip、hMeDIP-chipにおける包括的なデータ解析を提供します。
メチル化/ヒドロキシメチル化濃縮ピーク（EP）の検出結果
特異的濃縮ピーク（DEP）解析
3つのクラスにアノテーションされたプロモーター：転写抑制の優れた予測因子である、CpG比、GC含量、およびCpGリッチな領域の長さに基
づく、高CpG密度プロモーター（HCP）、低CpG密度プロモーター（LCP）、および中間CpG密度プロモーター（ICP）
ROIによって解析されるメチル化可変領域（DMR）*追加オプション
データ例①：プロモーター上のCpGアイランドがメチル化している遺伝子を明らかにしたMeDIP-chip実験の結果。
各遺伝子は、左の列に示されています。プロモーターの種類（LCP, ICP, HCP）が緑色の枠で強調された列に示されています。
データ例②：2グループ間で関心のあるメチル化可変領域。
MeDIP-chip/ hMeDIP-chip 受託解析サービス
MethylationEPIC BeadChip 受託解析サービス
各解析サービスにおける、ご依頼方法およびご注意点
本誌掲載の解析サービスは、基本的に以下の手順に沿って実施されます。
大まかな手順となりますので詳細は弊社まで、お問合せください。
サービスの流れ
解析内容の打ち合わせ&見積
ご希望される解析内容、アレイ、サンプル数などの情報をもとに金額などをご案内いたします。
サンプルのご準備&送付
弊社宛てに、解析サンプルとQCシートなどの必要書類を同封の上、ご送付いただきます。
送付された内容物を弊社で確認し、弊社から各解析元にサンプルを送付します。
必要サンプル条件
サンプルタイプ 必要量 O.D.260/280 O.D.260/230
ゲノムDNA
>1.5μg（>30μl）
濃度：50ng/µl
*picogreen、Qubitなど
>1.7 >1.0
サンプルタイプ 必要量 O.D.260/280 O.D.260/230
IP DNA 40-100ng（>0.1μg/µl） ― ―
ゲノムDNA >2μg（>0.1μg/µl） >1.8 >1.8
送付先：フィルジェン㈱ 受託解析部 宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
TEL：052-624-4388 FAX：052-624-4389 E-mail：[email protected]
サンプルの品質チェック
アガロースゲル、分光光度計などにより、品質（QC：Quality Control）チェックおよび濃度測定を行います。
QCチェック結果が良好な場合は、引き続き解析を進めます。
QC結果が悪かったら？
サンプルの品質が良くなかった場合は、以下のいずれかをご選択いただきます。
a. 追加の精製を行う（追加精製で問題が解決される場合）
*この場合、サンプルの精製料金が別途必要となります。
a. 再度新しいサンプルを用意する
*この場合、別途送料（海外）が必要となります。
a. お客様の同意の上、同じサンプルで実験を進める
*この場合、データの保証はされません。結果如何によらず、通常料金をご請求させて頂きます。
マイクロアレイ解析
解析データのご報告 データ解析結果を、CD、DVD、USBなどに収めてご報告します。
各解析元の作業内容でデータが出力されます。
サンプルのご準備および送付方法に関する注意事項
サンプルの発送は、弊社で発行している「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。弊社ウェブ
サイト（https://filgen.jp/）からダウンロードしていただくか、弊社までお問い合わせください。
DNase、RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mlエッペンチューブをご使用ください。
DNAサンプルは、電気泳動にて明瞭なバンドを検出し、分解がないことをご確認ください。サンプル送付時に電気泳動写真を添付してください。
サンプル到着後、OD測定および電気泳動による濃度・純度などの確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いする場
合がありますので予めご了承ください。
再度サンプルをお送り頂く場合、別途送料をご請求させて頂きます。
DNAは、凍結融解をできるだけ避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。長期保存の場合は、-20℃、または-80℃で保存してください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、遠心チューブやチューブボックス等に入れ、砕いたドライアイスとともに、梱包してく
ださい。ゲノムDNAの場合は、アイスバックなどとともに梱包し、クール便でお送り下さい。ただし、DNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕
いたドライアイスとともに梱包して、クール便でお送り下さい。
お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティレベル2）までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル（HIV, HCV,
HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供願います。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセントなどの問題については、弊社では、一
切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承
ください。
本事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
解析サービスに関する注意事項
本誌に掲載されているサービスは、全て研究用途でのご提供させていただいております。ご提供させていただいたデータなどの解析結果は、ヒトあ
るいは動物への医療・臨床診断なども目的には使用しない様にご注意ください。
本誌掲載サービスで使用される解析装置、およびマイクロアレイスライドなどの販売は行っておりません。
本誌掲載サービスは、解析元、またはプロバイダー元であるAKESOgen社、illumina社、およびArraystar社のホームページに掲載されている
情報を一部引用させていただいております。
本誌掲載サービスは、海外業務提携先である解析元、またはプロバイダー元の作業および解析仕様に従って実施される都合上、予告なく内
容が変更される場合がありますので、あらかじめご了承ください。
フィルジェン 株式会社 受託解析部
【お問い合わせ】
〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
TEL：052-624-4388 FAX：052-624-4389
メール：[email protected] URL：https://filgen.jp/
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(Jun.,2019)
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