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Dataset S6A

Clustered PWMs Logo P-Value ROC AUC

E2F(M00803), E2F-1(M00430)

5.03e-265 0.68

CNOT3(M01253)

6.77e-245 0.67

E2F-1(M00940), E2F(M00516), E2F(M00918), E2F(M00919), E2F(M00920), E2F-1(M00939)

7.94e-221 0.66

E2F-1(M00938)

1.10e-212 0.66

WT1(M02036), Zfp281(M01597), MAZ(M00649), UF1H3BETA(M01068)

4.84e-211 0.66

SP1:SP3(M01219), ZNF515(M01231), MZF1(M00084), Spz1(M00446), MAZR(M00491), KLF15(M01714), ZNF219(M01122)

4.80e-207 0.66

SP1(M01303), Sp1(M00008), CKROX(M01175), SP4(M01273), Sp1(M00196), GC(M00255), FPM315(M01587), SP2(M01783), ZBP89(M01816), FKLF(M01837), CAC-binding(M00720), MAZ(M02023), Sp1(M00931), Sp1(M00932), Sp1(M00933)

1.16e-197 0.65

AP-2(M00189), RNF96(M01199), AP-2gamma(M00470), AP-2(M00915)

1.93e-186 0.65

E2F-1(M00431), E2F(M00050), E2F(M00425), E2F(M00426), E2F(M00427), E2F-1:DP-1(M00736), E2F-1:DP-2(M00737), E2F-4:DP-1(M00738), E2F-4:DP-2(M00739), Rb:E2F-1:DP-1(M00740)

5.46e-178 0.64

KROX(M00982), Egr(M00807)

3.46e-177 0.64

ETF(M00695)

1.50e-175 0.64

AP-2(M00800), AP-2alphaA(M01045), AP-2alphaA(M01047)

2.87e-160 0.64

HIC1(M01072), MTF-1(M00650), HIC1(M01073)

2.20e-159 0.64

Zfx(M01593), AP-2beta(M01858)

2.58e-146 0.63

Muscle(M00321), Muscle(M00323), Muscle(M00324), CACCC-binding(M00721)

1.16e-132 0.62

Zfp206(M01742), NRF-1(M00652)

2.30e-131 0.62

CACD(M01113), GKLF(M01588), EKLF(M01874)

7.16e-126 0.62

Egr-3(M00245), Egr-1(M00243), NGFI-C(M00244), Egr-2(M00246), EGR1/(M01972)

2.50e-120 0.62

Dataset S6A

NF-kappaB(M00051), NF-kappaB(M00052), NF-kappaB(M00054), P50:P50(M01223), P50:RELA-P65(M01224), NF-kappaB(M00208), NF-kappaB(M00774)

7.62e-106 0.61

CTCF(M01200), CTCF(M01259)

8.08e-87 0.60

R(M00273)

4.00e-85 0.60

Sp3(M00665)

4.39e-82 0.60

LRF(M01100)

2.38e-77 0.59

GABP(M00341), SAP-1a(M01167), FLI1(M01208), Elk-1(M01165), GABP(M01258), NRF-2/GABP(M00108), ERF(M01984), TEL1(M01993), ELF2(M01976), c-Ets-1(M00743), ELF4(M01979), ELK-1(M01981), Net(M01982), SAP1A(M01983), ERG(M01985), c-ets-1(M01986), ER81(M01987), ER71(M01988), Ets2(M01989), ETV3(M01990), PEA3(M01991), Erm(M01992), Pet-1(M02037), Fli-1(M02038), GABPalpha(M02039), PDEF(M02040), Spic(M02042)

9.05e-77 0.59

PPARalpha:RXRalpha(M00518), VDR(M00444)

3.24e-70 0.59

PLAG1(M01778), LXR(M00766)

5.03e-70 0.59

MZF1(M00083), MZF1(M01733)

5.50e-69 0.59

HIF1(M00797), HIF1(M00466)

1.44e-63 0.58

DEAF1(M01001), DEAF1(M01002)

7.77e-63 0.58

ZBED6(M01598)

7.87e-63 0.58

LBP-1(M00644), BEN(M01241), HEB(M00698)

5.55e-62 0.58

MECP2(M01298)

7.53e-60 0.58

AhR:Arnt(M00237), AhR:Arnt(M00235)

4.53e-59 0.58

Ikaros(M01169)

7.06e-59 0.58

AhR(M00139)

3.44e-56 0.58

Pax-5(M00143), Pax-9(M00329)

1.20e-54 0.58

Dataset S6A

NRSF(M01028), REST(M01256), NRSF(M00256), NRSE(M00325)

7.66e-54 0.58

c-Myc:Max(M00322), c-Myc(M01154), MAX(M01830), c-Myc(M01145)

1.53e-53 0.58

AhR(M00778), Whn(M00332)

3.23e-53 0.58

MIZF(M01182)

2.64e-52 0.57

HES1(M01009), SREBP1(M01173), SREBP-1(M00221), SREBP(M00776), HES1(M02011)

6.28e-50 0.57

CP2/LBP-1c/LSF(M00947), CP2(M00072), LBP9(M01592)

4.49e-47 0.57

Tax/CREB(M00114)

1.85e-44 0.57

HEN1(M00058), HEN1(M00068)

9.37e-44 0.57

AP-4(M00176), NeuroD(M01288), MYF(M01302), AP-4(M00175), AP4(M01860), AP-4(M00927)

3.74e-42 0.57

NF-muE1(M00651), REX1(M01744)

3.47e-40 0.56

AhR,(M00976), HIF-2alpha(M01249)

4.66e-37 0.56

AML2(M01814), AML2(M01854)

5.44e-36 0.56

TFII-I(M00706)

1.63e-32 0.56

E47(M00002), AP-4(M00005), E2A(M00804), MyoD(M00929)

2.64e-30 0.55

ZID(M00085)

4.86e-27 0.55

GLI(M01037), GLI3(M01596), GLI3(M01657), GLI1(M01042)

3.57e-25 0.55

ZBRK1(M01105)

1.59e-24 0.55

SZF1-1(M01109)

2.00e-21 0.54

COUPTF(M01036)

4.04e-21 0.54

NERF1a(M00531)

7.72e-21 0.54

Roaz(M00467)

1.90e-20 0.54

MATH1(M01716), Neuro(M01287), E12(M00693), myogenin(M00712)

1.98e-20 0.54

Dataset S6A

VDR,(M00966)

6.58e-20 0.54

SMAD4(M00733)

7.62e-20 0.54

Pax-5(M00144)

4.76e-18 0.54

LF-A1(M00646)

1.28e-16 0.54

N-Myc(M00055), USF(M00796), Myc(M00799)

3.63e-16 0.54

p53(M00034), p53(M01652)

5.91e-16 0.54

Staf(M00264), Staf(M00262)

1.48e-14 0.53

Olf-1(M00261)

6.11e-14 0.53

COE1(M01871)

8.37e-14 0.53

MECP2(M01299)

4.44e-13 0.53

Tax/CREB(M00115)

4.27e-12 0.53

GLI2(M01703)

1.42e-10 0.53

ING4(M01743)

1.75e-10 0.53

MTF1(M01242)

3.68e-10 0.53

CBF(M01079), CBF(M01080)

6.25e-10 0.53

SREBP-1(M00749)

6.41e-09 0.52

CTF1(M01196)

1.06e-08 0.52

GABP-beta(M01876), TR4(M01776)

1.15e-08 0.52

KAISO(M01119)

1.88e-08 0.52

USF2(M00726)

1.16e-07 0.52

PTF1-beta(M00657)

1.51e-07 0.52

RREB-1(M00257)

2.23e-06 0.52

Dataset S6A

DEC(M00997)

5.69e-05 0.52

Dataset S6B


E2F(M00803), E2F-1(M00430)

1.76e-40 0.69

CNOT3(M01253)

4.00e-36 0.68


2.45e-31 0.67


3.32e-31 0.67


1.75e-30 0.67

E2F(M00920), E2F(M00516), E2F(M00918), E2F(M00919), E2F-1(M00939), E2F-1(M00940)

2.12e-30 0.67

E2F-1(M00938)

2.00e-29 0.66

ZNF219(M01122), SP1:SP3(M01219), ZNF515(M01231), MZF1(M00084), Spz1(M00446), MAZR(M00491), KLF15(M01714)

2.98e-28 0.66


4.70e-28 0.66

HIC1(M01072), MTF-1(M00650), HIC1(M01073)

2.19e-27 0.66


3.10e-26 0.65


3.43e-26 0.65


2.52e-25 0.65

AP-2beta(M01858), Zfx(M01593)

5.17e-25 0.65

Zfp206(M01742), NRF-1(M00652)

1.30e-23 0.64

ETF(M00695)

9.29e-23 0.64

R(M00273)

2.13e-21 0.64

KROX(M00982), Egr(M00807)

4.04e-21 0.64

Dataset S6B

NF-kappaB(M00051), NF-kappaB(M00052), NF-kappaB(M00054), P50:P50(M01223), NF-kappaB(M00208), P50:RELA-P65(M01224), NF-kappaB(M00774)

1.53e-20 0.63

CTCF(M01200), CTCF(M01259)

7.18e-20 0.63

GKLF(M01588), EKLF(M01874), CACD(M01113)

1.17e-19 0.63

Sp3(M00665)

7.40e-17 0.62


5.21e-16 0.61

LRF(M01100), T3RALPHA(M01724)

1.03e-15 0.61

HIF1(M00466), HIF1(M00797)

1.18e-15 0.61

PLAG1(M01778), LXR(M00766)

2.59e-13 0.60


3.29e-13 0.60

Tax/CREB(M00114)

4.13e-13 0.60

c-Myc:Max(M00322), c-Myc(M01154), c-Myc:Max(M00118), Arnt(M00236), MAX(M01830), c-Myc:Max(M00615), USF(M00121), CLOCK:BMAL(M01116), c-Myc(M01145)

6.06e-13 0.60

GABP(M00341), SAP-1a(M01167), FLI1(M01208), GABP(M01258), NRF-2/GABP(M00108), ERF(M01984), Ets2(M01989), PEA3(M01991), TEL1(M01993), ELF2(M01976), c-Ets-1(M00743), ELF4(M01979), ELK-1(M01981), Net(M01982), SAP1A(M01983), ERG(M01985), c-ets-1(M01986), ER81(M01987), ETV3(M01990), Erm(M01992), Fli-1(M02038), GABPalpha(M02039), PDEF(M02040), Spic(M02042), Pet-1(M02037)

7.54e-13 0.60

Ikaros(M01169)

1.28e-12 0.60

LBP-1(M00644), CBF1(M01727), HEB(M00698)

1.44e-12 0.60

MZF1(M00083), MZF1(M01733)

8.20e-12 0.60

COUPTF(M01036)

2.04e-11 0.59


2.52e-11 0.59

AhR(M00778), Whn(M00332)

3.88e-11 0.59

Dataset S6B

DEAF1(M01001), DEAF1(M01002)

2.43e-10 0.59

E47(M00002), AP-4(M00005), E2A(M00804), MyoD(M00929)

9.25e-10 0.58

MECP2(M01298)

1.40e-09 0.58


1.82e-09 0.58


4.29e-09 0.58

AhR,(M00976), HIF-2alpha(M01249)

4.71e-09 0.58

ZBED6(M01598)

6.25e-09 0.58


7.97e-09 0.58

AML2(M01814), AML2(M01854)

1.91e-08 0.58

TFII-I(M00706)

4.00e-08 0.58

AP4(M01860), NeuroD(M01288), MYF(M01302), AP-4(M00175), AP-4(M00176), AREB6(M00414), AP-4(M00927)

4.87e-08 0.57

Staf(M00264), Staf(M00262)

8.39e-08 0.57

HEN1(M00058), HEN1(M00068)

9.49e-08 0.57

NF-muE1(M00651), REX1(M01744)

2.31e-07 0.57

ZID(M00085)

2.56e-07 0.57

Pax-5(M00143), Pax-9(M00329)

3.22e-07 0.57

AhR(M00139)

4.49e-07 0.57

MATH1(M01716), HTF4(M02018), Neuro(M01287), E12(M00693), myogenin(M00712), TAL1(M00993)

6.88e-07 0.57

MIZF(M01182)

1.09e-06 0.57

N-Myc(M00055), MyoD(M00001), Lmo2(M00277), USF(M00796), Myc(M00799), Ebox(M01034)

1.17e-06 0.57

USF2(M00726)

1.91e-06 0.56

ING4(M01743)

3.37e-06 0.56

Dataset S6B

GLI2(M01703), GLI1(M01702), GLI3(M01704)

4.23e-06 0.56

Roaz(M00467)

5.42e-06 0.56

LF-A1(M00646)

5.94e-06 0.56

SMAD4(M00733)

6.54e-06 0.56

SREBP-1(M00749)

8.81e-06 0.56

Tax/CREB(M00115)

1.00e-05 0.56

Pax-5(M00144)

2.25e-05 0.56

NERF1a(M00531)

2.56e-05 0.56

ZBRK1(M01105)

4.77e-05 0.55

p53(M00034), p53(M01652)

4.91e-05 0.55

SZF1-1(M01109)

7.48e-05 0.55

CBF(M01080), CBF(M01079)

1.40e-04 0.55

RREB-1(M00257)

2.98e-04 0.55

CTF1(M01196)

3.99e-04 0.54

Olf-1(M00261)

7.43e-04 0.54

VDR,(M00966)

9.26e-04 0.54

COE1(M01871)

2.37e-03 0.54

Hmx3(M00433)

4.04e-03 0.53

MECP2(M01299)

4.34e-03 0.53

DEC(M00997)

1.01e-02 0.53

HSF(M00641)

1.14e-02 0.53

MIF-1(M00279)

1.74e-02 0.53

Dataset S6B

ER-beta(M01875)

2.17e-02 0.52

KAISO(M01119)

2.46e-02 0.52

MTF1(M01242)

3.61e-02 0.52

TR4(M01776)

4.94e-02 0.52

Dataset S6C


E2F(M00803), E2F-1(M00430)

0.00e+00 0.71

CNOT3(M01253)

6.34e-298 0.70


2.38e-279 0.69


1.39e-269 0.69

E2F-1(M00938)

1.16e-268 0.69

SP1:SP3(M01219), ZNF515(M01231), MZF1(M00084), Spz1(M00446), MAZR(M00491), KLF15(M01714), ZNF219(M01122)

4.37e-263 0.69


2.77e-258 0.69


5.72e-257 0.69

KROX(M00982), Egr(M00807)

7.94e-246 0.68

ETF(M00695)

2.08e-237 0.68


1.65e-221 0.67

AP-2beta(M01858), Zfx(M01593)

5.08e-209 0.67


5.24e-194 0.66


1.46e-175 0.65

HIC1(M01073), MTF-1(M00650), HIC1(M01072)

1.77e-171 0.65


2.10e-166 0.65

Zfp206(M01742), NRF-1(M00652)

1.00e-155 0.64


9.15e-154 0.64

Dataset S6C

NF-kappaB(M00051), NF-kappaB(M00052), NF-kappaB(M00054), P50:RELA-P65(M01224)

1.20e-115 0.62

CTCF(M01200), CTCF(M01259)

4.51e-114 0.62

LRF(M01100)

8.19e-106 0.62

Sp3(M00665)

2.10e-100 0.61

PLAG1(M01778), LXR(M00766)

1.38e-95 0.61

R(M00273)

3.14e-92 0.61

GABP(M00341), SAP-1a(M01167), FLI1(M01208), GABP(M01258), NRF-2/GABP(M00108), TEL1(M01993), ELF2(M01976), c-Ets-1(M00743), ELF4(M01979), ELK-1(M01981), Net(M01982), SAP1A(M01983), ERG(M01985), c-ets-1(M01986), ER81(M01987), Ets2(M01989), ETV3(M01990), PEA3(M01991), Erm(M01992), Pet-1(M02037), Fli-1(M02038), GABPalpha(M02039), PDEF(M02040)

1.10e-88 0.61


1.38e-86 0.60

Tax/CREB(M00114), ATF4(M00514)

9.39e-85 0.60

MZF1(M00083), MZF1(M01733)

2.35e-84 0.60

DEAF1(M01001), DEAF1(M01002)

1.07e-83 0.60

MECP2(M01298)

2.43e-80 0.60

c-Myc:Max(M00322), c-Myc(M01154), c-Myc(M01145)

1.01e-78 0.60


1.21e-76 0.60

HIF1(M00797), HIF1(M00466)

4.37e-74 0.60

AhR(M00139)

1.09e-72 0.59

ZBED6(M01598)

5.52e-68 0.59

LBP-1(M00644), HEB(M00698)

2.59e-66 0.59

AhR(M00778), Whn(M00332)

1.22e-65 0.59

Ikaros(M01169)

4.34e-65 0.59

Dataset S6C


8.09e-61 0.59


3.03e-59 0.58

Pax-5(M00143), Pax-9(M00329)

1.19e-56 0.58

HEN1(M00058), HEN1(M00068)

2.40e-50 0.58

TFII-I(M00706)

2.95e-46 0.57

AP-4(M00176), NeuroD(M01288), MYF(M01302), AP-4(M00175), AP4(M01860), AP-4(M00927)

5.26e-44 0.57

SZF1-1(M01109)

8.94e-40 0.57


3.84e-39 0.57

AhR,(M00976)

4.46e-39 0.57

AML2(M01814), AML2(M01854)

5.32e-39 0.57

NF-muE1(M00651), REX1(M01744)

4.90e-35 0.56

E47(M00002), AP-4(M00005), E2A(M00804), MyoD(M00929)

1.35e-34 0.56

MIZF(M01182)

3.12e-33 0.56

SMAD4(M00733)

2.87e-32 0.56


2.20e-30 0.56

ZBRK1(M01105)

2.71e-25 0.55

NERF1a(M00531)

7.46e-25 0.55

N-Myc(M00055), USF(M00796)

4.79e-21 0.55

Tax/CREB(M00115)

5.31e-21 0.55

COUPTF(M01036)

1.38e-20 0.55

LF-A1(M00646)

4.12e-20 0.55

MATH1(M01716), Neuro(M01287), E12(M00693)

4.78e-19 0.54

Dataset S6C

p53(M00034), p53(M01652)

4.93e-19 0.54

VDR,(M00966)

3.45e-18 0.54

COE1(M01871)

3.54e-18 0.54

Olf-1(M00261)

6.49e-18 0.54

Roaz(M00467)

1.18e-17 0.54

RREB-1(M00257)

1.53e-17 0.54

ZID(M00085)

4.24e-17 0.54

Pax-5(M00144)

4.80e-13 0.53

MECP2(M01299)

8.25e-13 0.53

GLI2(M01703)

2.02e-12 0.53

USF2(M00726)

2.42e-12 0.53

Staf(M00264), Staf(M00262)

3.53e-11 0.53

CTF1(M01196)

3.47e-10 0.53

SREBP-1(M00749)

7.21e-09 0.53

CBF(M01079), CBF(M01080)

7.96e-08 0.52

ING4(M01743)

3.36e-06 0.52

TR4(M01776)

1.85e-05 0.52

HSF1(M01023)

3.18e-05 0.52

Dataset S6D


SP1(M01303), Sp1(M00008), CKROX(M01175), SP4(M01273), Sp1(M00196), GC(M00255), FPM315(M01587), SP2(M01783), ZBP89(M01816), MAZ(M02023), FKLF(M01837), CAC-binding(M00720), Sp1(M00931), Sp1(M00932), Sp1(M00933)

2.53e-22 0.68

CNOT3(M01253)

5.12e-22 0.68


2.00e-20 0.67

ZNF219(M01122), SP1:SP3(M01219), ZNF515(M01231), MZF1(M00084), Spz1(M00446), MAZR(M00491), KLF15(M01714)

6.75e-20 0.67

E2F(M00803), E2F-1(M00430)

1.06e-19 0.67

E2F-1(M00938)

5.35e-19 0.67

KROX(M00982), Egr(M00807)

2.55e-18 0.66


6.40e-18 0.66


1.08e-17 0.66

AP-2beta(M01858), Zfx(M01593)

1.86e-17 0.66


4.56e-16 0.65

ETF(M00695)

4.62e-15 0.65


4.86e-15 0.65


9.20e-14 0.64


2.28e-13 0.64

PLAG1(M01778)

9.80e-13 0.63

HIC1(M01073), MTF-1(M00650), HIC1(M01072)

1.33e-12 0.63

LRF(M01100)

1.76e-12 0.63

Dataset S6D


1.54e-11 0.62

Zfp206(M01742), NRF-1(M00652)

2.22e-11 0.62

CTCF(M01200), CTCF(M01259)

4.61e-11 0.62

Sp3(M00665)

1.60e-09 0.61

R(M00273)

4.34e-09 0.61

MZF1(M01733), MZF1(M00083)

1.49e-08 0.60

REST(M01256), NRSF(M00256), NRSE(M00325), NRSF(M01028)

2.67e-08 0.60

Pax-5(M00143), Pax-9(M00329)

5.13e-08 0.60


6.62e-08 0.60

AhR:Arnt(M00237)

1.19e-07 0.60

NF-kappaB(M00051), NF-kappaB(M00054), P50:P50(M01223), P50:RELA-P65(M01224)

2.46e-07 0.59

GABP(M00341), GABP(M01258), c-Ets-1(M00743), ER81(M01987), PDEF(M02040)

2.49e-07 0.59

AML2(M01814), AML2(M01854)

2.79e-07 0.59

Ikaros(M01169)

4.73e-07 0.59

Tax/CREB(M00115)

6.87e-07 0.59

DEAF1(M01001), DEAF1(M01002)

8.71e-07 0.59

AhR(M00139)

1.53e-06 0.59

COUPTF(M01036)

2.09e-06 0.58

Whn(M00332), AhR(M00778)

2.12e-06 0.58

CP2/LBP-1c/LSF(M00947), LBP9(M01592)

6.39e-06 0.58

ZBED6(M01598)

2.10e-05 0.57

MECP2(M01298)

2.12e-05 0.57

Dataset S6D

NF-muE1(M00651)

2.25e-05 0.57

HES1(M01009), SREBP1(M01173), SREBP-1(M00221), HES1(M02011)

2.46e-05 0.57

HIF1(M00466), HIF1(M00797)

3.41e-05 0.57

c-Myc:Max(M00322), c-Myc(M01154)

5.28e-05 0.57

TFII-I(M00706), LRH1(M01142)

6.03e-05 0.57

Tax/CREB(M00114)

6.37e-05 0.57

VDR,(M00966)

7.93e-05 0.57

Roaz(M00467)

1.33e-04 0.57

p53(M00034), p53(M01652)

1.88e-04 0.56

HEN1(M00058)

1.93e-04 0.56

NERF1a(M00531)

2.34e-04 0.56

AP-4(M00176), MYF(M01302), AP-4(M00175), AREB6(M00414), AP4(M01860), AP-4(M00927)

2.36e-04 0.56

Staf(M00264), Staf(M00262)

3.57e-04 0.56

COE1(M01871), EBF(M00977)

3.96e-04 0.56

AhR,(M00976)

5.28e-04 0.56

LBP-1(M00644), HEB(M00698)

8.62e-04 0.56

MIZF(M01182)

1.17e-03 0.55

E47(M00002), AP-4(M00005), E2A(M00804), MyoD(M00929)

1.42e-03 0.55

GLI(M01037), GLI3(M01657)

1.84e-03 0.55

USF(M00796), MyoD(M00001), N-Myc(M00055), Lmo2(M00277), Myc(M00799)

1.88e-03 0.55

HSF(M00641), HSF1(M01023)

2.86e-03 0.55

LF-A1(M00646)

4.39e-03 0.55

Dataset S6D

SMAD4(M00733)

6.34e-03 0.54

SZF1-1(M01109)

7.58e-03 0.54

Pax-5(M00144)

1.06e-02 0.54

USF2(M00726)

1.08e-02 0.54

ZID(M00085)

1.15e-02 0.54

MATH1(M01716), E12(M00693)

1.54e-02 0.54

Olf-1(M00261)

1.72e-02 0.54

CTF1(M01196)

2.24e-02 0.53

ZBRK1(M01105)

2.90e-02 0.53

dataset s6a - pnas · dataset s6a . nf-kappab(m00051), nf-kappab(m00052), nf-kappab(m00054),...

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