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Curso de búsqueda de información biomédica
Unidad 2. Conociendo la Base dereferencias bibliográficas Medline
Duración aproximada de esta unidad: 1 hora
1. Diagrama conceptual
Conociendo la base de referencias bibliográficas Medline
Características de Medline y PubMedProceso de incorporación de las citas en MEDLINEBúsqueda de palabras claves - MeSH DatabaseUso del MeSH y búsqueda a través de la interfaz MeSH databaseMecanismos internos de búsquedaManejo de resultados
Visualización de resultados - DisplayOrdenar los resultados – SortGuardar los resultados – Send toArtículos relacionados y links externos- Related articles, Links
2. Objetivos
Al finalizar esta clase el alumno deberá ser capaz de:
- Reconocer la estructura de la base de datos Medline.
- Identificar el proceso de incorporación de citas.
- Usar del vocabulario controlado MeSH.
- Distinguir los mecanismos internos de búsqueda de PubMedy la visualización de resultados.
3. Características de Medline y PubMed
MEDLINE es la base de datos más importante de la NLM. Abarca los campos de la medicina,oncología, enfermería, odontología, veterinaria, salud pública y ciencias preclínicas.
Actualmente contiene más de 18 millones de referencias a artículos de publicaciones periódicas detodo el mundo en el ámbito de la biomedicina, indiza citas desde 1950 a la fecha, contempla citas demás de 5000 publicaciones periódicas en 60 idiomas, el 90% tiene como idioma de origen el inglés y el79% de las citas posee resúmenes escritos por los autores.
El sistema de búsqueda PubMed es un proyecto desarrollado por la National Center forBiotechnology Information (NCBI) y la National Library of Medicine (NLM). Permite el accesoa bases de datos bibliográficas manejadas por la NLM: MEDLINE, PreMEDLINE (citasenviadas por los editores), Genbak y Complete Genoma. Medline contiene subbases: AIDS,Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, Core Clinical Journals, Dental Journals,Nursing Journals.
3.1.
PubMed dispone de varias modalidades de búsqueda.
En la pantalla de inicio podemos buscar por términos, frases, autores etc.
Los límites (Limits), permiten afinar la búsqueda por tipo de documentos, idiomas, edad, etc.
La opción de índices (Index) visualiza los términos presentes en los diferentes índices: descriptor (MeSH), autor, palabra del título o resumen, revista etc.
También podemos optar por consultar directamente el descriptor pulsando en el menú MeSH Database¸consultar una revista en Journal Database.
Resulta de gran utilidad para las búsquedas de información clínica el filtro metodológico ClinicalQueries, elaborado con una metodología de MBE, poniendo el énfasis en la terapia, diagnóstico,etiología o pronóstico o localizar revisiones sistemáticas o meta-análisis.
Características de Medline y PubMed (continúa)
3.2.
Las funcionalidades más importantes que posee PubMed son:
Provee acceso gratuito a MEDLINE y a otras bases de datos.Posee enlaces a textos completos (artículos científicos) de algunas citas y a sitios Web con
información relacionada y de alta calidad.Brinda la posibilidad de acceder a libros de texto en formato electrónico.Permite realizar búsquedas en interfaces especiales y navegar por los diferentes índices de
MEDLINE.Permite realizar búsquedas clínicas utilizando filtros metodológicos.Brinda la posibilidad de acceder a artículos relacionados ("Related Articles) con una cita en
particular.Permite el envío automático, vía correo electrónico, de actualizaciones de búsquedas a través del
servicio “My NCBI”.Incluye un corrector ortográfico, reconoce palabras que pueden estar mal ingresadas y brinda
sugerencias de palabras similares escritas correctamente.Permite buscar citas anteriores a 1966, ya que brinda también acceso a OLDMEDLINE.Brinda acceso a PreMEDLINE, la base de datos en donde se encuentran los artículos que aún no
les fueron asignados los términos MeSH u otros parámetros indicadores.
Características de Medline y PubMed (continúa)
3.3. Características de Medline y PubMed (continúa)
La siguiente figura muestra la pantalla de inicio de PubMed para la búsqueda en la base de datosMedline.
4. Proceso de incorporación de las citas en MEDLINE
Una vez que una revista médica, mediante convenio con la NLM, es indexada en MEDLINE, el editor de lapublicación debe enviar en formato electrónico las citas de esa revista.
Apenas llega el formato electrónico de las citas a la NLM, por un corto período de tiempo, ingresan a unabase transitoria y se les agrega la siguiente etiqueta [PubMed - as supplied by publisher].
En este momento es realizado el proceso de chequeo de los datos filiatorios de las citas por losindexadores de la NLM.
Veamos un ejemplo de este tipo de citas:
Es muy importante comprender cuál es el proceso de indexación por el que pasan las citas,antes de describir cómo se realizan las búsquedas en MEDLINE.
4.1. Proceso de incorporación de las citas en MEDLINE (continúa)
A continuación se le agrega un número identificatorio único para cada cita (el UI o Unique Identifier).Luego, la cita pasa a la base de datos PreMEDLINE y la etiqueta cambia a [PubMed - in process].
4.1. Proceso de incorporación de las citas en MEDLINE (continúa)
Posteriormente la cita ingresa al proceso de indexación, en el cual se le asignan las palabras claves otérminos MeSH y otros datos. Finalmente, una vez por semana, pasan a formar parte de la base de datosMEDLINE desapareciendo del PreMEDLINE. Las citas que fueron completamente ingresadas a MEDLINEllevan como etiqueta [PubMed – indexed for MEDLINE].
5. Búsqueda de palabras claves - MeSH Database
El MeSH o Medical Subject Headings es un vocabulario controlado de términos biomédicosque representan el contenido de cada artículo que se ingresa a la base de datos MEDLINE(ya fue detallado en la primera parte).
La búsqueda con el MeSH Browser permite localizar los términos que necesitamos para laspesquisas.
Estos términos se muestran en una estructura jerárquica, se puedenseleccionar, limitar a un concepto más específico (tópico principal)
o a un determinado aspecto utilizando los subencabezados (subheadings).
El MeSH contiene unos 24000 términos que son revisados anualmentey reflejan los cambios en la práctica médica y en la terminología.
La búsqueda en el MeSH Database permite mostrar términos MeSH en una estructura jerárquica a partir de 15 grandes categorías, seleccionar los términos MeSH para la búsqueda, limitar los términos MeSH a un concepto mayor (tema principal). Los descriptores MeSH pueden ser utilizados con subheadings, subencabezamientos que permiten concretar en uno o varios aspectos específicos el término.
5.1. Búsqueda de palabras claves - MeSH Database
Cuando introducimos un término que no es MeSH, el sistema nos indicará que no es untérmino MeSH, o bien mostrará el término aceptado.
Por ejemplo: si introducimos “Mongolism”, mostrará “Down syndrome”.
A continuación, si pinchamos el término, ofrece una descripción del término, seguido de los“subheadings”, la posibilidad de limitarlo al “Major Topic” (tema principal en el artículo, incluidoslos términos específicos), o bien “Do Not Explode this term” (no explotar un término MeSH a otrosmás específicos). También proporciona una descripción del término y la posibilidad de incorporarloa la búsqueda (presionando el botón Add) utilizando los operadores booleanos: AND, OR, NOT.
El MeSH también utiliza Limits. Podemos limitar la búsqueda a la opción de MeSH (Date, MajorTopics, Terms), pero para ello debemos conocer exactamente el término MeSH aceptado porquede lo contrario no lo podrá recuperar.
6. Uso del MeSH y búsqueda a través de la interfaz MeSH database
A continuación veremos la pantalla principal del MeSH database y la búsqueda de la combinaciónencabezado/subencabezado: Asthma/drug therapy.
En esta figura vemos la pantalla principal, y destacado el cuadro de texto donde ingresamos el término abuscar: asthma.
Es importante recordar que los términos siempre hay que ingresarlos en inglés.Una vez que oprimimos botón “Go” nos mostrará los resultados obtenidos.
6. 1. Uso del MeSH y búsqueda a través de la interfaz MeSH database (continúa)
En esta pantalla vemos los resultados de la búsqueda, donde da como resultados 6 ítems dondeaparece la palabra “asma”, tengamos en cuenta que el primero es el que buscamos por lo que loseleccionaremos clickeando el hipervínculo con la palabra para poder continuar con la búsqueda.
6. 2. Uso del MeSH y búsqueda a través de la interfaz MeSH database (continúa)
En la pantalla a continuación aparecen los subencabezados asociados al término “asthma”, por lo quepodremos seleccionar “drug therapy” para focalizar nuestra búsqueda. De otra manera la búsqueda seríamás general incluyendo todos los alcances de esta palabra clave.
Una vez que lo seleccionamos en el menú desplegable “Send to” elegimos la opción “Search Box withAND” lo que nos permitirá agregar más conceptos a la estrategia de búsqueda o ir directamente a losresultados.
6. 3. Uso del MeSH y búsqueda a través de la interfaz MeSH database (continúa)
Desde esta opción podemos ir a visualizar directamente los resultados clickeando en el botón “SearchPubMed”
Hasta aquí hemos visto como se realiza la búsqueda a partir de los términos MeSH donde podemos sacarleprovecho al máximo a la indización por palabras claves que posee Medline, pero a continuación veremosotros mecanismos que utiliza esta base de datos para realizar las búsquedas.
7. Mecanismos internos de búsqueda
Una de las ventajas que tiene PubMed es que nos muestra de forma muy transparente la manera en querealiza las consultas a la base de datos.
Veamos como el sistema interpreta la estrategia tratamiento farmacológico del asma en niños o comola plantearíamos en Medline “drug therapy asthma children” donde se resumen los conceptosprincipales de nuestra estrategia.
En la figura a continuación podemos ver los resultados de la búsqueda donde obtuvimos 7918 citas, perocomo realizó la búsqueda… para entender los mecanismos internos de búsqueda podemos clickear lasolapa “Details” .
7.1. Mecanismos internos de búsqueda (continúa)
En este caso la estrategia ingresada fue traducida a:
("drug therapy"[Subheading] OR "drug therapy"[MeSH Terms] OR drug therapy[Text Word]) AND("asthma"[MeSH Terms] OR asthma [Text Word]) AND (("child"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "child"[MeSHTerms] OR children[Text Word]).
Por complejo que esto pueda parecer, significa que cada término fue buscado en cada uno de lastablas de datos (en este orden):
Índices MeSH: Contiene los términos MeSH, subencabezados y sinónimos del MeSH.
Índices de revistas: Contiene el nombre completo de la revista, abreviatura y número de ISSN.
Índices de frases: Si no encuentra resultados en el MeSH ni en las revistas, PubMed consulta unlistado de frases provenientes del análisis de los títulos, resúmenes y nombres de los principiosactivos.
Índices de autores: Si no localiza los anteriores apartados, PubMed revisa el listado de autores.
En este caso cada término fue mapeado contra cada una de esta tabla de datos y se combina con losoperados booleanos para obtener los resultados en forma de citas.
7.2. Mecanismos internos de búsqueda (continúa)
drug therapy
"drug therapy"[Subheading] OR "drug therapy"[MeSH Terms] OR drug therapy[Text Word]
asthma "asthma"[MeSH Terms] OR asthma[Text Word]
children ("child"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "child"[MeSH Terms] OR children[Text Word]
7.3. Mecanismos internos de búsqueda (continúa)
En la figura a continuación podemos ver los detalles de como PubMed realizó el mapeo automático delos términos ingresados.
8. Manejo de resultados
Para un correcto manejo de resultados, PubMed ofrece diferentes opciones:
DisplaySortSend toRelated articles, Links
Estas opciones nos ofrecen diferentes formas de manejar y visualizar los resultadosobtenidos (ver figura).
8. 1. Manejo de resultados (continúa)
Visualización de resultados - DisplayUna vez realizada la búsqueda los resultados se muestran por defecto en formato abreviado(Summary) y en orden cronológico descendientes. Este formato incluye autor, título, referenciabibliográfica, estado de la cita, idioma (si es otro que no sea inglés) tipo de publicación si es Review, eltexto "No abstract available".
Otros formatos disponibles que son de utilidad para el profesional de la salud para visualizar las citasson:
Abstract: cita bibliográfica, status de la cita, título, lengua (si es diferente del inglés), autores,afiliación del autor, resumen (si esta disponible), tipo de publicación, PubMed y MEDLINE UniqueIdentifiers.
Citation: igual que la anterior más los términos MESH.
MEDLINE: cita completa con las etiquetas de campo (dos letras). Este formato se utiliza para trabajarcon software de generación de bibliografías.
8. 2. Manejo de resultados (continúa)
Ordenar los resultados – Sort
La opción Sort permite cambiar el ordenamiento cronológico por las siguientes opciones:
Publication Date: mantiene el ordenamiento por fecha de publicación.
Autor y Journal: ordenan en forma alfabética por autor o nombre de revista.
8. 3. Manejo de resultados (continuación)
Guardar los resultados – Send to
Desde la opción Send to, podemos elegir diferentes posibilidades que permitirán imprimir, guardar oenviar por correo electrónico las citas seleccionadas.
Las opciones de mayor utilidad son:
Text : Permite visualizar los resultados como texto sin formato, que es ideal para la impresión.File: Permite guardar los resultados como un archivo de texto para poder visualizarlo fuera de
línea.Printer: permite la visualización de los resultados para su impresión directa.Clipboard: permite separar las citas que son de nuestro interés para una vista posterior. Recuerde
que a las citas incorporadas al Clipboard, su número de orden cambia al color verde.E-mail: Permite el envío por correo electrónico de hasta 500 citas en formato de texto (txt) o web
(html)
8. 4. Manejo de resultados (continuación)
Artículos relacionados y links externos- Related articles, Links
Las citas que se obtienen en PubMed tienen un vínculocon artículos relacionados (Related Articles)..
Clickeando en esta opción se obtendrá una selecciónde referencias que comparten palabras clave y palabrasdel texto con la cita seleccionada, ya que PubMed
compara las palabras del título, del resumen ytérminos MeSH. Las citas se ordenan demayor a menor concordancia, no en orden cronológico.
La opción Links nos permite acceder a enlaces externos como bibliotecas y libros electrónicosrelacionados con la cita obtenida.
9. Síntesis
Usted ha finalizado la segunda unidad del Curso de búsqueda de información biomédica.
En esta unidad hemos visto las principales características de Medline y PubMed. Luegoexplicamos cómo es el proceso de incorporación de las citas en MEDLINE y cómo se realiza labbúsqueda de palabras claves - MeSH Database. También nos referimos al uso del MeSH y labúsqueda a través de la interfaz MeSH database.
Finalizamos la unidad comentando los mecanismos internos de búsqueda y la visualización deresultados.
Esperamos que le haya sido de utilidad.En las unidades siguientes, continuaremosprofundizando estos conceptos.