Quentin Ferdinand & Clovis Basier

Biopython,Biology Module for Python

DNA AlphabetIUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry

Unambiguous DNA

Ambiguous DNA

Fasta vs GenBankLocusSource

Organisme

Référence

Auteurs

Journal

Pubmed

Gene

mRNA

Translation

Séquence

Séquence

Central dogma of molecular biology

Protein translation tables

Vertebrate mitochondrial genetic codeGenetic code

UGA Trp

AGG StopAGA StopAUA Ile

Restriction enzyme

Tinastella

BlastBlast : Basic Local Alignment Search Tool

E value : the number of hits one can "expect" to see by chance when searching a database of a particular size.

exercices :

1.- printer le reverse complement de la séquence “AACTGCCAATGGGCT”2.- printer le reverse de la séquence.3.- printer le AT content4.- transcrire en ARNm la séquence5.- traduire la séquence jusqu’au premier codon stop.

exercices v2 :1.- télécharger la séquence de la gfp

depuis le fichier genbank de NCBI.( id : 7011691 )

2.- faire un code qui fait blast de la gfp et print chaque alignement trouvé

3.- faire un code qui prend en paramètre un id et un chiffre n et qui renvoie les n alignement les plus proches

Ingrid Moen, Charlotte Jevne, Jian Wang, Karl-Henning Kalland, Martha Chekenya, Lars A Akslen, Linda Sleire, Per Ø Enger, Rolf K Reed, Anne M Øyan and Linda EB Stuhr: Gene expression in tumor cells and stroma in dsRed 4T1 tumors in eGFP-expressing mice with and without enhanced oxygenation. In: BMC Cancer. 2012, 12:21

liens utilestuto - http://www.csc.kth.se/utbildning/kth/kurser/DD2397/appbio09/docs/BioPython.pdf

doc http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

intro http://www.biotnet.org/sites/biotnet.org/files/documents/25/biopython_intro.pdf ← bien fait

cours http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf ← p75

cours http://www1.chapman.edu/~fahy/bioinformatics/ ← sehr gut

tuto http://jacksimpson.com.au/biopython/