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Évaluation des formations

Vague C : campagne d’évaluation 2016 – 2017

Janvier 2016

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Bilan/autoévaluation global de la formation

Champ de formation: Sciences et Technologies Nom de la formation: Master Sciences et Technologies, mention Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique N° d’habilitation: S3MA120003452 Type: M Porteur de mention : Pascal RIHET, Hervé DARBON [email protected], [email protected]

Site web de la formation : http://biologie.univ-mrs.fr/masterBBSG/ Etablissement impliqué dans la formation : Aix-Marseille Université Date d’ouverture de la formation : 1er septembre 2004 Lieu d’enseignement : campus de Luminy

1 : Objectifs : les objectifs scientifiques et professionnels spécifiques de la formation ; les connaissances et compétences attendues des étudiants à l’issue de la formation ; les débouchés en termes de métiers envisagés et constatés pour les diplômés.

La mention Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique (BBSG) articule deux spécialités : une spécialité recherche couvrant l'ensemble du domaine de la mention, et une spécialité professionnelle en Génomique et Bioinformatique. La Bioinformatique, la biologie structurale, et la Génomique jouent un rôle de plus en plus important en Biologie, en particulier dans le développement d'approches fonctionnelles à haut débit (transcriptome, protéome, interactome, régulome). En ce qui concerne la génomique, le développement récent des méthodes de séquençage à grande échelle a conduit au décryptage de plusieurs milliers de génomes procaryotes et eucaryotes. L’étude des polymorphismes et l'annotation détaillée de ces génomes est en cours, en s'appuyant sur le développement rapide de la bioinformatique. La génomique fonctionnelle est encore une discipline en développement. Elle vise à exploiter les données issues du séquençage des génomes (post-génomique), pour proposer des approches de caractérisation massive de l'expression génique et des interactions contrôlant la majorité des processus biologiques. Ces nouvelles approches contribuent de plus en plus significativement à la caractérisation fonctionnelle des principaux composants des cellules pour de multiples organismes. Le développement rapide de la Biochimie structurale en a fait une discipline reconnue en tant que telle, dont l’objectif est de décrire la vie au travers de la structure des macromolécules et de leurs interactions. Initialement centrée sur l'analyse et la comparaison des séquences nucléiques et protéiques, la bioinformatique intervient dans la plupart des disciplines biologiques. En effet, l’analyse des séquences biologiques est maintenant centrale pour un grand nombre d'études en Biochimie et en Biologie cellulaire, mais également en biologie évolutive. En outre, dans la foulée des développements en génomique fonctionnelle et bioinformatique, de nouvelles applications émergent, en biologie intégrative, biologie du développement, neurobiologie, immunologie... . La mention BBSG est impliquée, pour le parcours « biochimie Structurale » dans un programme de formation doctorale, (Réseau National de Formation en Biologie Intégrative Structurale, ReNaFoBiS), avec les autres mentions de master français, de même coloration (voir le site dédié : http://www.renafobis.fr/ ).

Connaissances et compétences :



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La formation vise à une acquisition des compétences nécessaires à une activité de recherche, en fonction de l'orientation de l'étudiant (discipline du laboratoire dans lequel le stage de M2 est effectué). Elles comprennent des compétences méthodologiques liées au stage choisi, pratique de l'anglais, et la capacité de présentation orale et écrite de résultats et de faits scientifiques. Les étudiants reçoivent également un enseignement pratique ciblé sur les méthodes et outils avancés de la biochimie structurale, de la génomique et/ou de la bioinformatique. Dans le cadre d’un parcours « Biochimie Structurale, le jeune diplômé maitrisera les approches et techniques d’analyse en biochimie structurale. Il connaitra les principes et les champs d’application des approches biophysiques (Cristallographie, RMN, Microscopies, méthodes biophysiques) de l’étude de la structure tridimensionnelle des macromolécules et de leurs interactions, et saura les appliquer à des cas réels. Il aura une vision générale et précise de l’importance de la structure tridimensionnelle des macromolécules dans la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans les processus biologiques (biologie structurale intégrative), et pourra ainsi décrypter ces mécanismes au niveau atomique. Dans le cadre d’un parcours Génomique/Bioinformatique à dominante génomique, le jeune diplômé maîtrisera les approches et techniques liées à la phylogénie et à l’évolution moléculaire, à l’analyse des variations du génome et du transcriptome. Il saura amplifier des génomes et des gènes particuliers, et détecter des mutations connues et inconnues (PCR, RFLP, SSCP, HPLC, séquençage). Il maîtrisera la technologie des biopuces permettant l’analyse simultanée de l’expression de plusieurs milliers de gènes, et également de séquençage à très haut débit permettant l’étude des variations transcriptomiques, épigénomiques et génomiques. Il saura exploiter les principales bases de données biologiques et analyser ses données. Dans le cadre d’un parcours Génomique/Bioinformatique à dominante bioinformatique, il maîtrisera la programmation objet, l’algorithmique, la création et la gestion de base de données relationnelles, l’analyse statistique et fonctionnelle de données génomiques et la modélisation ou l’analyse des réseaux biologiques. Quelque soit la dominante du parcours, le jeune diplômé aura acquis la compétence minimale pour présenter une communication en anglais. Il aura la possibilité de valoriser ses compétences en anglais en passant l’examen du TOEIC. Débouchés professionnels des diplômés du M2R Les débouchés en matière de métiers sont portés à la connaissance des étudiants lors de réunions d’information au niveau L3, du salon des masters, sur le site web dédié. De plus, ils sont indiqués dans la fiche RNCP (voir annexes). Secteurs d’activités Biologie, biotechnologies, santé Types d’emplois accessibles à terme: -Chercheur dans les organismes publics de recherche (CNRS, ISERM, INRA…) -Chercheur dans une entreprise pharmaceutique ou de biotechnologies -Enseignant-chercheur à l'Université -Enseignant dans le secondaire -Ingénieur de recherche dans les organismes publics de recherche (CNRS, ISERM, INRA…) -Chef de projet ou ingénieur de recherche dans une entreprise pharmaceutique ou de biotechnologies Débouchés professionnels des diplômés du M2P Secteurs d’activités Le diplômé intervient dans les secteurs d’activités suivants : biologie, biotechnologies, santé (humaine et animale), agronomie. Il travaille dans un organisme de recherche public (laboratoire ou plateforme), dans la police scientifique, ou dans une entreprise, dans le secteur recherche et développement ou le secteur technico-commercial Types d’emplois accessibles : Sur la base des enquêtes, les M2-professionnel ont déclaré avoir obtenu des postes avec les intitulés ci-dessous. Les emplois sont directement accessibles après le M2. Il faut noter que la poursuite en thèse est envisageable



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(elle d’ailleurs observée pour une fraction minoritaire des diplômés) et peut aux emplois de chercheurs ou d’enseignants chercheurs. -Ingénieur d’études -Ingénieur bioinformaticien -Ingénieur d’application -Ingénieur en biopuces en industrie -Ingénieur en biotechnologie en industrie -Ingénieur biologiste en industrie -Ingénieur technico-commercial -Chef de projet ou assistant chef de projet -Ingénieur de police technique et scientifique -ingénieur hospitalier en biologie moléculaire -ingénieur en analyse de données génomiques -analyste programmeur -gestionnaire et/ou développeur de base de données biologiques ou biomédicales Les postes obtenus par nos diplômés correspondent aux intitulés suivants du répertoire ROME : 1) Dans la catégorie « Management et ingénierie études, recherche et développement industriel » : Bioinformaticien / Bioinformaticienne en études, recherche et développement, Chef de projet études industrielles, Ingénieur / Ingénieure biologiste en industrie, Ingénieur / Ingénieure d'études en industrie, Ingénieur / Ingénieure d'études-recherche-développement en industrie, Ingénieur / Ingénieure en biopuces en industrie, Ingénieur / Ingénieure en biotechnologie en industrie 2) Dans la catégorie « Relation technico-commerciale » : Cadre technico-commercial / technico-commerciale, Ingénieur technico-commercial / Ingénieure technico-commercial 3) Dans la catégorie « Études et développement informatique » : Informaticien / Informaticienne d'application 4) Dans la catégorie « Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant » : Ingénieur / Ingénieure de police technique et scientifique, Biologiste de la recherche scientifique, Ingénieur / Ingénieure d'études en recherche fondamentale

Points forts : -La formation cible des domaines en devenir appelés à se développer -Elle est pluri-disciplinaire, et offre une richesse thématique

2 : Organisation : la structure de la formation, en précisant la part de tronc commun et de cours optionnels, ainsi que l’organisation en spécialités ou parcours types. Les autres établissements du supérieur, français ou internationaux, qui participent à la mise en place de la formation sont précisés, ainsi que les modalités de partenariats. En cas de délocalisations, indiquer les modalités et les spécificités de celles-ci (organisation, fonctionnement, etc.).

La formation est structurée en 4 semestres d’égale importance, avec un tronc commun au premier semestre. Celui-ci couvre les principales disciplines et constitue le socle indispensable pour nos étudiants. Des stages, des ateliers et projets appliqués sont planifiés en M1 et M2. Les UEs sont listés ci-dessous. Des détails supplémentaires sont en annexe (tableau des UEs).

Semestre S1

Tronc commun S1 du M1 (12 ECTS/30) 1.1 Concepts et approches de la génomique (3 ECTS) 1.2 Structure et fonction des protéines : mécanismes (3 ECTS) 1.3 Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : méthodes (3 ECTS) 1.4 Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes (3 ECTS)

Options : 18 ECTS à choisir à l’intérieur de l’un des trois parcours suivants

Parcours Biochimie Structurale (BiSe) 2.1 Structure et fonction des protéines : évolution (3 ECTS) 2.2 Structure et fonction des protéines : méthodes (3 ECTS) 2.3 Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design (3 ECTS)



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2.4 Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) 2.5 Module d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans les mentions DI et MBVB (3 ECTS)

Parcours Bioinformatique et génomique (BiG) 3.1 Initiation à la programmation (3 ECTS) 3.2 Actualités dans le domaine de la génomique (3 ECTS) 3.3 Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications (3 ECTS) 3.4 Programmation avancée (3 ECTS) 3.5 Analyse statistique des données biologiques (3 ECTS) 2.4 Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) 3.7 Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (2x3 ou 6

ETCS)

Parcours mixte (BiG-BiSe) 18 ECTS pris dans l’ensemble des modules proposés, sous réserve des contraintes calendaires et après validation des équipes pédagogiques)

Semestre S2

Tronc commun S2 du M1 4.1 Analyse d’articles en anglais (6 ECTS)

24 ECTS à choisir parmi l’un des deux parcours suivants

Parcours Biochimie Structurale (BiSe) Un module parmi les deux suivants

4.2 Stage d’initiation à la recherche (12 ECTS) 4.3 Consolidation des acquis fondamentaux (12 ECTS)

5.1 Structure et fonction des protéines : assemblages (3 ECTS) 5.2 Structure et fonction des protéines : méthodes avancées (3 ECTS) 5.3 Ingénierie et biologie synthétique (3 ECTS) (module de licence de J. Sturgis) 5.4 Modules d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans d’autres mentions de master (2x3 ECTS)

Parcours Bioinformatique et Génomique (BiG) Un module parmi les trois suivants

4.2 Stage d’initiation à la recherche (12 ECTS) 4.3 Consolidation des acquis fondamentaux (12 ECTS) 4.4 Projet informatique lié à la biologie (12 ECTS)

6.1 Programmation web (3 ECTS) 6.2 Bases de données (3 ECTS) 6.3 Modélisation des séquences et des réseaux biomoléculaires (3 ECTS) 6.4 Analyse multidimensionnelle des données génomiques (3 ECTS) 6.5 Phylogénie et évolution (3 ECTS) 6.6 Plasticité des génomes (3 ECTS) 6.7 Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans d’autres mentions de master (2x3 ECTS)

Semestre S3-R (Master Recherche)

Tronc commun S3-R 7.1 PBA (6 ECTS)

24 ECTS à choisir parmi l’un des deux parcours suivants

Parcours biochimie structurale (BiSe-Re) 8.1 Imageries du vivant (3 ECTS) 8.2 Enzymologie structurale (3 ECTS) 8.3 Résolution de structure de protéines et assemblages (6 ECTS) 8.4 Modélisation et dynamique moléculaire (3 ECTS) 8.5 Méthodes d’analyse des interactions (3 ECTS) 8.6 Protéines membranaires (3 ECTS) 8.7 Biologie structurale intégrative (3 ECTS) 8.8 Modules d’ouverture pris dans le parcours BiG-Re ou dans d’autres mentions de master (2x3 ECTS)



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Parcours bioinformatique et génomique (BiG-Re) 9.02 Polymorphisme, phylogénie, évolution et génomique environnementale (6 ECTS) 9.03 Programmation Orientée Objet (6 ECTS) 9.04 Graphes et réseaux d’interactions biologiques (3 ECTS) 9.05 Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS) 9.06 Méthodes bioinformatiques pour la Cis-régulation (3 ECTS) 9.07 Biostatistiques avancées (3 ECTS) 9.08 Atelier polymorphisme (3 ECTS) 9.09 Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes (3 ECTS) 9.10 Atelier transcriptome (3 ECTS) 9.11 Atelier de génomique (3 ECTS) 9.12 Analyse statistique de données génomiques 1 (3 ECTS) 9.13 Analyse bioinformatique des données à haut débit (3 ECTS) 9.14 Algorithmique pour la bioinformatique 9.15 Génomique Fonctionnelle (6 ECTS) 9.16 Modules d’ouverture pouvant être choisis dans l’option BiSe ou dans d’autres mentions de master

(2x3 ECTS)



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Semestre S3-P

Tronc commun S3-P 10.1 Génomique Fonctionnelle (6 ECTS) 10.2 Droit, management, protection industrielle et qualité (3 ECTS) 10.3 Anglais : préparation au TOIEC (3 ECTS)

18 ECTS à choisir parmi 9.02 Polymorphisme, phylogénie, évolution et génomique environnementale (6 ECTS) 9.03 Programmation Orientée Objet (6 ECTS) 9.04 Graphes et réseaux d’interactions biologiques (3 ECTS) 9.05 Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS) 9.06 Méthodes bioinformatiques pour la Cis-régulation (3 ECTS) 9.07 Biostatistiques avancées (3 ECTS) 9.08 Atelier polymorphisme (3 ECTS) 9.09 Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes (3 ECTS) 9.10 Atelier transcriptome (3 ECTS) 9.11 Atelier de génomique (3 ECTS) 9.12 Analyse statistique de données génomiques 1 (3 ECTS) 9.13 Analyse bioinformatique des données à haut débit (3 ECTS) 9.14 Algorithmique pour la bioinformatique 7.1 PBA (6 ECTS) 9.15 Modules d’ouverture pouvant être choisis dans l’option BiSe ou dans d’autres mentions de master

(2x3 ECTS)

Points forts : -La formation offre des parcours clairs permettant une spécialisation progressive -Elle offre une formation à la langue anglaise scientifique et professionnelle -Elle offre une formation méthodologique et pratique sur des plates-formes technologiques de pointe et dans des laboratoires équipés des outils à la pointe des développements technologiques.

3 : Positionnement dans l’environnement : la liste des laboratoires, écoles doctorales, autres établissements du supérieur (éventuellement internationaux) en appui de la formation ; la liste des entreprises, associations, autres partenaires industriels ou culturels (éventuellement internationaux) en appui de la formation (on indiquera comment ces partenaires participent au fonctionnement et aident à la qualité de la formation) ; la liste des formations de niveau équivalent, proches thématiquement, dans l’environnement régional (et dans certains cas dans l’environnement national ou international) en indiquant comment s’organise, s’il y a lieu, la coopération de ces formations dans un souci de lisibilité de la carte territoriale des formations.

17 laboratoires de recherche (CNRS, INSERM, CEA, INRA, IRD, Université) participent à la formation au travers d’enseignement présentiel et de l’accueil des stagiaires. 80 HDR travaillant dans ces laboratoires émargent à la mention BBSG. Certains de ces laboratoires sont liés aux pôles de compétitivité EUROBIOMED (Innovations au service de la santé et des Sciences du Vivant) et CAPERNERGIES (Développement de systèmes énergétiques en remplacement des énergies fossiles).

Nom du laboratoire

Sigle N° Directeur Adresse E.mail

Architecture et fonction des macromolécules biologiques

AFMB CNRS UMR 7257 Y. Bourne 163 Avenue de Luminy Case 932 13288 MARSEILLE

[email protected]

Bioénergétique et ingénierie des protéines

BIP CNRS UMR 7281 Marie-Thérèse Giudici-Orticoni

31, chemin Joseph Aiguier 13402 MARSEILLE CEDEX

[email protected]

Information Génomique et

IGS CNRS UMR 7256 J.M. Claverie 163 Avenue de Luminy Case 934

[email protected]



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Structurale 13288 MARSEILLE

Laboratoire d’enzymologie inter faciale et de physiologie de la lipolyse

EIPL UMR 7282 F. Carriere 31, chemin Joseph Aiguier 13402 MARSEILLE CEDEX

[email protected]

Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires

LISM UMR 7255 James Sturgis 31 chemin Joseph-Aiguier, 13402 Marseille cedex

[email protected]

Centre interdisciplinaire de nanosciences de Marseille

CiNaM UMR 7325 Frédéric Fages Campus de Luminy case 913 - 13288 Marseille cedex 9

[email protected]

Laboratoire d'Analyse, Topologie, Probabilités

LATP CNRS UMR6632 T. Gallouet Centre de Mathématiques et Informatique, Université de Provence, Technopôle Château-Gombert, 39, rue F. Joliot Curie, 13453 Marseille Cedex 13

[email protected]

Laboratoire de chimie bactérienne

LCB UMR 7283 F. Barras 31 chemin Joseph-Aiguier, 13402 Marseille cedex

[email protected]

Institut de biologie du développement de Marseille luminy

IBDML UMR 7288 André LeBivic Case 907 - Parc Scientifique de Luminy 13288 Marseille Cedex 9

[email protected]

Centre d'immunologie de Marseille-luminy

CIML Eric Vivier Parc Scientifique de Luminy, 13288 Marseille Cedex 9

[email protected]

Evolution Biologique et modélisation

FR 4213 et FR 3098

P. Pontarotti Aix Marseille Université

I2M UMR CNRS 7373

équipe EBM - 3, place Victor Hugo - case 19 13331 Marseille cedex 3

[email protected]

Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique

TAGC INSERM U 1091 C. Nguyen Parc Scientifique de Luminy, 13288 Marseille Cedex 9

[email protected]

Laboratoire des sciences de l'information et des systèmes

LSIS CNRS UMR 7296 Mustapha Ouladsine

Domaine Universitaire de Saint-Jérôme, Avenue Escadrille Normandie-Niemen 13397 MARSEILLE CEDEX 20

[email protected]

Maladies infectieuses tropicales

UMR IRD 6236 Didier Raoult Faculté de médecine MARSEILLE

[email protected]



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Centre de recherche en cancérologie de marseille

CRCM INSERM UMR 1068 Jean-Paul Borg 27 bd Leï Roure, BP 30059, 13273 Marseille Cedex 09 France

[email protected]

Cytosquelette et Intégration des Signaux du Micro-Environnement Tumoral

CISMET CNRS FRE 2737 D. Braguer UFR de Pharmacie 27 bd Jean Moulin 13285 Marseille cedex 5

[email protected]

L’écophysiologie végétale et microbienne

LEMIR UMR 6191CEA Cadarache

T. Heulin [email protected]

Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie

IMEP UMR CNRS 6116 T. Tatoni Faculté des Sciences St Charles · 3 place Victor Hugo · F 13331 Marseille cedex 03

[email protected]

L’école doctorale concernée est l’ED62, école doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé. Des liens ont été établis avec une vingtaine d’entreprises ou instituts publics disposant de plateformes. Ces liens ont été en général concrétisés par l’accueil d’étudiants de notre formation pour un stage de 6 mois. Les entreprises sont contactées notamment pendant les salons ou forums (EuroBio par exemple). D’autres entreprises (n=50) travaillant dans le domaine ont été identifiées comme lieu de stage potentiel. Enfin, le biocluster EUROBIOMED est une ressource pertinente.

Nom de l’entreprise

Domaine d’activités Adresse

Partenariat: convention de

stage pour l’accueil

d’étudiants

AMABIOTICS Analyse du microbiome et applications en médecine 2 rue Gaston Crémieux 91000 Evry Oui

ATRAGENE BIOINFORMATICS Mise en place d’architecture informatique pour l’analyse de données biologiques

10 Allée des Champs Elysées 91042 Evry - Cedex Oui

BIOGEMMA

Elaboration et valorisation de végétaux innovants en s’appuyant sur des approches génomiques, post-génomiques et de transgénèse

5, rue Saint-Germain l'Auxerrois 75001 Paris Non

BIOTRAY

Développement d’équipements innovants, notamment pour l’analyse du transcriptome

ENS Lyon, 46 allée d’Italie 69364 Lyon cedex 07 Oui

Center for Integrative Genomics

Développement de plateformes génomiques de pointe UNIL Sorge 1015 Lausanne Oui

Centre de recherché Nestlé Recherche et développement dans le domaine de la nutrition et de la santé

Nestlé route du Jorat 57, 1000 Lausanne 26, Suisse Oui

EMBL-EBI Wellcome trust Genome Campus

Bases de données de séquences d’ADN et d’ARN Wellcome Trust, Gibbs Building, 215

Euston Road, London NW1 2BE, UK Oui

ELITECH

Réactifs et matériel pour l’analyse biologique

allée d'Athènes, ZI de signes 83870 Signes Oui

GALDERMA R et D

Développement de produits dermatologiques

Les templiers 2400 route colles 06410 Biot Oui

GATC-BIOTECH

Services en biologie moléculaire et bioinformatique

Jakob-Stadler-Platz 7 78467 Konstanz, Allemagne Oui

GENFIT Développement de produits pour la prévention et

Parc Eurasanté - Lille Métropole 885 Avenue Eugène Avinée Non



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9

traitement des maladies cardiovasculaires

59120 LOOS

GENEX Cosmétogénomique 1 chemin de Saulxier 91160

Longjumeau

Oui

GENEWAVE Développement d’instruments et de consommables pour les biopuces

XTEC, Bât 404, Ecole Polytechnique, 91128 PALAISEAU (Cedex)

Oui

GENOSCIENCES Développement de drogues pour le traitement de l’hépatite C

2 rue Mascaron 13006 Marseille Oui

Institut Paoli Calmettes

Oncologie ; plateforme de séquençage

232 Bd. de Sainte Marguerite 13273 Marseille Cedex 9 Oui

Institut National de la Police scientifique

Analyses d’ADN pour la base nationale de données et pour les tribunaux (criminalistique)

97 Bd Camille Flammarion 13245 Marseille cedex 04 Non

INTEGRAGEN

Développement de tests génétiques diagnostiques pour les maladies complexes

Génopole 8 - 5 rue Henri Desbrueres Route nationale, 791058 Evry Non

IPSOGEN

Développement de biomarqueurs en oncologie

Luminy Biotech Entreprises - Case 923 163 avenue de Luminy, 13288 Marseille Cedex 9

Oui

Luxembourg Institute of Science and Technology

Développement de technologies avancées

Belval Innovation Campus 5 av des hauts-fourneaux L-4363 Esch-sur-Alzette

Oui

Marseille-Nice genopole/plateformes IBiSA (CoreBioPACA)

Plateformes de transcriptome, de protéome, de séquençage à haut débit et de bioinformatique

Parc Scientifique et Technologique de Marseille Luminy, case 901 13288 Marseille

Oui

Max Plank Institute

Génétique moléculaire ; plateformes pour la bioinformatique et la génomique

Ihnestraße 63-73, 14195 Berlin, Allemagne Oui

Microbiochips

Service et innovation dans le domaine des puces à protéines et anticorps

101 avenue du Général Leclerc, 75685 Paris Cedex 14 Oui

MODUL-BIO

Elaboration de base de données biologiques à la demande, solutions pour la traçabilité des échantillons biologiques, solutions informatiques pour la robotique au laboratoire

232 Bd Sainte-Marguerite 13009 Marseille Oui

MURIGENETICS

Recherche et développement de nouveaux traitements pour les maladies génétiques graves; développement de modèles animaux modifiés génétiquement

5 rue Bernex 13001 Marseille Oui

PIERRE-FABRE Recherche et évaluation de produits dermatologiques et cosmétiques

2 rue Viguerie 31100 Toulouse Oui

Plateau de bioinformatique de l’institu Sophia Agrobiotech

Analyses génomiques dans le domaine de la biologie végétale

Inra 400 route des Chappes 06903 Siphia Antipolis Oui

Plateforme génomique de l’IBENS

Accompagnement de projets en génomique fonctionnelle ENS Ulm 46 rue d’Ulm 75005 Paris Oui

PREDIGUARD

Interprétation des données de biopuces (text mining) et construction de réseaux biologiques

Headquarter, 11 rue Vignon 75008 Paris

Oui

SYCOMORE Technologie

Développement de solutions informatiques pour l’analyse de données

478 rue de la découverte 31670 Labège Oui

Telethon Institute of Genetics and Medecine (TIGEM) Naples Italie

Plateformes pour la bioinformatique, la génétique, la génomique, la transgenèse

Via Pietro Castellino 111, 80131 Napoli, Italie

Oui

TYPEGEN Analyse de traces d’ADN pour Parc Scientifique et Technologique de Oui



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expertise auprès des tribunaux Marseille Luminy, case 901 13288 Marseille

Points forts : -Un appui recherche fort (80 chercheurs avec HDR répartis dans près de 20 laboratoires) -Un appui sur des laboratoires de recherche de qualité, des plateformes technologiques régionales et nationales (IBiSA), et des entreprises sur l’ensemble du territoire français et également à l’étranger -Préparation au TOEIC pour les M2P et pratique de l’anglais scientifique pour les M1 et M2

4 : Equipe pédagogique : le rôle et les responsabilités des membres de l’équipe pédagogique ; les modalités de réunion de l’équipe pédagogique, avec et sans la présence des étudiants ; et pour les intervenants extérieurs, le niveau de compétence et de responsabilité dans les milieux socio-économiques ou culturels liés à la formation. L’équipe disciplinaire verticale pédagogique de biochimie et celle de bioinformatique-génomique traitent des questions pédagogiques en licence et en master. Elles se réunissent au moins une fois par trimestre. Les étudiants sont consultés par voie électronique sur les problèmes pédagogiques. Le milieu socio-économique ne participe pas à l’équipe pédagogique mais intervient dans le cadre du conseil de perfectionnement. Les responsables des UEs du master constituent une équipe pédagogique horizontale sont en lien permanent avec les porteurs de la mention et se réunissent tous les 3 mois. Le comité de pilotage est constitué des responsables d’année et de représentants des principales disciplines (mathématiques, informatique, bioinformatique, biochimie, génomique). Il adapte l’offre de formation aux besoins du tissu socio-économique, du monde de la recherche, et aux attentes des étudiants. Il soumet officiellement les modifications de la maquette au CEVU. Points forts : -une équipe pluri-disciplinaire -une forte implication des chercheurs

5 : Effectifs, insertion professionnelle et poursuite d’études : l’analyse de l’évolution des effectifs, l’analyse de la qualité de l’insertion et du devenir des étudiants diplômés en détaillant les emplois occupés par les diplômés en termes de niveau d’emploi et de secteur d’activité. Globalement, les effectifs sont stables de 2011 à 2016 (voir tableaux ci-dessous et en annexe). Parmi les étudiants du M2, les étudiants proviennent en majorité du M1BBSG. Néanmoins, la proportion d’étudiants du M1BBSG poursuivant en M2BBSG est très variable entre (de 50% et 100%).

2011-2012 2012-2013 2013-2014 2014-2015

Nb d’inscrits administratifs 21 M1 et 24 M2 27 M1 et 16 M2 38 M1 et 25 M2 31 M1 et 33 M2

Nb d’inscrits pédagogiques 20 M1 et 24 M2 24 M1 et 16 M2 36 M1 et 25 M2 30 M1 et 33

M2

Nb de diplômés 18 M1 et 23 M2 23 M1 et 16 M2 30 M1 et 24 M2 30 M1 et 32 M2

En ce qui concerne l’insertion, les chiffres de l’enquête de l’observatoire de la vie étudiante de l’AMU sont disponibles en ligne (site de l’AMU), ainsi que les statistiques issues de l’enquête spécifique effectuée par les responsables de la formation (site du master).



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Insertion des diplômés du M2R Année universitaire

Cohorte Année Universitaire 2010-2011



Cohorte Année Universitaire

2013-2014


2014-2015

Taux de réponses

73% 66% 100% 58% 93%

Taux d’insertion professionnelle

100% 100% 92% 71% (à 15 mois) 71% (à 3 mois)

Sur l’ensemble de la cohorte, 85% des diplômés ont un emploi : n=55 répondants, 38 doctorants ou post-doctorants, 6 techniciens ou ingénieurs, 3 enseignants, 5 poursuite d’étude et 3 recherche d’emploi. Les effectifs par promotion sont indiqués en annexe. Les recrutements en thèse ont lieu dans les 6 mois qui suivent l’obtention du diplôme.

Insertion des diplômés du M2P Année universitaire





2013-2014


2014-2015

Taux de réponses

86% 100% 100% 92% 95%

Taux d’insertion professionnelle

100% 100% 100% 92%

50% 3 mois après la soutenance

non réponse

reponse

non réponse

reponse

echec

réussite echec

réussite

these

CDI

CDD

forma4on chomage

these

CDI

CDD

forma4on

chomage



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12

Pour les promotions comprises entre 2011 et 2015 (tableau ci-dessus et tableau en annexe pour le détail des effectifs): 54 étudiants ont répondu (sur 56 diplômés interrogés). Parmi les diplômés de 2011 à 2014, de 92% à 100% des diplômés ont un emploi ; le taux d’insertion de la promotion 2015 est 50%, 2 mois après l’obtention du diplôme. La répartition des emplois est la suivante : 10 privé-33public, 5 doctorants ou post-doctorants, 2 techniciens ou assistant-ingénieurs, 36 ingénieurs, 1 enseignante, 10 recherche d’emploi (dont 9 appartenant à la promotion 2015 au moment de la soutenance). Les promotions 2008-2009 et 2009-2010 ont été également interrogées : 14 réponses (sur 20 diplômés interrogés), 9 privé-3public, 2 post-doctorants, 1 technicien, 8 ingénieurs, et 1 PDG. La durée de recherche d’emploi, pour les promotions 2009 à 2014, est de moins de 6 mois pour 90% des répondants (moins de 3 mois pour 66%). Ci-dessous le graphique de synthèse avec les promotions entre 2009 et 2015 (68 répondants sur 76 interrogés)

Ci-dessous le graphique de synthèse avec les promotions entre 2009 et 2014, sans la promotion 2015 interrogée au moment de la soutenance (48 répondants sur 55 interrogés).

CDD pour une thèse

CDI

CDD

forma4on

chomage

CDD pour une thèse

CDI

CDD

forma4on

chomage



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Points forts : -Le pourcentage d’insertion professionnelle est élevé pour le M2P -Le pourcentage de poursuite en thèse est élevé pour le M2R Points à améliorer: -Effectifs modestes et variables pour chaque parcours (faible attractivité de la biochimie structurale)

6 : Place de la recherche : le lien de la formation avec les activités de recherche du site, par l’intervention de ses enseignants-chercheurs ou chercheurs associés, au travers de la recherche industrielle ou sociétale de partenaires, en termes de formation à la recherche, par la recherche ou simplement près de la recherche.

La formation s’appuie fortement sur les chercheurs et enseignants-chercheurs travaillant dans les laboratoires du site, et fait appel à quelques intervenants du monde industriel.

2011-2012 2012-2013 2013-2014 2014-2015

% d’heures réalisées par des EC d’AMU

96% en M1 85 à 93% en M2

95% en M1 75 à 88% en M2

95% en M1 80 à 86% en M2

95% en M1 80 à 86% en M2

% d’heures réalisées par des professionnels

4% en M1 7 à 15% en M2

5% en M1 12 à 25% en M2

5% en M1 14 à 20% en M2

5% en M1 14 à 20% en M2

7 : Place de la professionnalisation : les objectifs des formations en termes de compétences professionnelles ; la réflexion sur les métiers ; la certification professionnelle, etc. M2R La formation vise l’acquisition des concepts spécialisés dans les domaines de recherche liés à la mention. Elle offre aussi l’opportunité aux étudiants d’avoir, par un stage de 6 mois en laboratoire, une réelle approche du métier de chercheur (conception et suivi d’un projet scientifique, réalisation du plan d’expérience, synthèse des résultats sous forme d’un rapport de stage, présentation orale des résultats obtenus, recherche bibliographique associée au projet, suivi des séminaires de laboratoire, et réalisation de posters scientifiques. Au terme de sa formation, le diplômé M2R doit être capable de s’approprier la problématique d’un projet scientifique, et de mettre en œuvre les méthodes adéquates dans le domaine d’expertise permettant de répondre à la problématique. M2P L’objectif général est de former des bioinformaticiens et des spécialistes dans l’analyse du génome et de l’expression des gènes, maîtrisant à la fois les concepts et les méthodes. Les étudiants choisissent un parcours à dominante bioinformatique ou un parcours à dominante génomique. Les étudiants reçoivent un enseignement ciblé sur la génomique comparative et fonctionnelle, les technologies pour l’analyse du génome (variabilité des génomes humains, animaux, végétaux et microbiens et manipulations des génomes), du transcriptome et du protéome (analyse massive des variations du transcriptome et du protéome), et la phylogénie moléculaire. Cet ensemble constitue la partie spécifique du programme pédagogique du master professionnel en génomique et en bioinformatique. Un enseignement non scientifique partagé avec d’autres masters (droit, management, qualité, communication, anglais) est également dispensé. Au delà des connaissances théoriques nécessaires, il s’agit aussi d’acquérir un savoir-faire. Ainsi, les étudiants reçoivent un enseignement pratique ciblé sur les méthodes et outils avancés de la génomique et/ou de la bioinformatique : techniques d’analyse des variations génétiques et du transcriptome, programmation objet, analyse des réseaux biologiques…. L’accès aux plateformes de Marseille-Nice génopole/IBiSA facilite la mise en place de ces formations pratiques. Au terme de sa formation, le diplômé M2P doit maîtriser les méthodes expérimentales ou bioinformatiques pour l’analyse des gènes et de leurs produits à l’échelle du génome, et doit être capable de les mettre en œuvre dans le cadre d’un projet développé au sein d’un laboratoire public ou privé.



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L’étudiant de M2 (M2P et M2R) doit aussi faire preuve d’autonomie et savoir s’adapter aux difficultés. Il doit être capable de rédiger et de s’exprimer en français et en anglais scientifique pour présenter projets et résultats. Points forts : -Des stages et projets d’une durée de 2 mois en M1 et de 6 mois en M2 -Des ateliers pratiques sur des plateformes technologiques de génomique du site -Implication forte des laboratoires de recherche du site dans la formation par et pour la recherche -Accueil de stagiaires sur des plateformes technologiques de pointe et dans des entreprises réparties sur l’ensemble du territoire et à l’étranger -Préparation au TOEIC pour les M2P et pratique de l’anglais scientifique pour les M1 et M2 -Un travail d’identification des métiers et compétences attendues au travers des enquêtes Points à améliorer : -Financement d’ateliers pratiques pour les technologies à très haut débit.

8 : Place des projets et stages : les objectifs, modalités, organisation et évaluation des projets et des stages ; l’existence d’une convention type de stages ; l’appui du BAIP, etc. Un stage en laboratoire de 2 mois est prévu en M1, et de 6 mois en M2. Les stages sont sous couvert de convention de stage. Le BAIP n’intervient pas. L’objectif général est de mettre en pratique et de développer les compétences acquises lors des enseignements académiques. En M1, l’objectif est aussi de faire découvrir aux étudiants le monde professionnel qu’est un laboratoire de recherche ; c’est un moment clé dans la construction du projet professionnel de l’étudiant. En M2, l’objectif est aussi d’immerger l’étudiant dans un projet scientifique ou technique dans les secteurs public ou privé ; l’étudiant doit apporter une contribution réelle au projet. Les stages sont évalués sous forme de mémoire et soutenance.

9 : Place de l’International : l’ouverture internationale des formations : accueil d’étudiants

étrangers, envoi d’étudiants à l’étranger, partenariats internationaux, langues utilisées pour l’enseignement, etc. Notre formation exploite les dispositifs généraux existants : ERASMUS pour la mobilité étudiante en Europe, et les bourses Leonardo da Vinci et du conseil régional PACA pour financer les stages de nos étudiants de la spécialité professionnelle M2 en Europe. Quelques étudiants sont concernés en M1 (entre 1 ou 2 entrants ou sortants), 1 à 2 étudiants de la spécialité professionnelle M2 partent effectuer leur stage à l’étranger chaque année.

La formation développe un partenariat international basé sur l’implication des enseignants-chercheurs de l’équipe pédagogique dans les enseignements de master des universités partenaires. Etablissement(s) partenaire(s) : Université de Sciences et Techniques d’Hanoï (USTH), Vietnam Université Marien Ngouabi, Brazzaville, Congo Université de Sao Paulo, Brésil Université de St Joseph, Beyrouth, Liban Points forts : -Dispositifs permettant la mobilité des étudiants à l’international -Implication de plusieurs membres de l’équipe pédagogique dans des masters à l’étranger Points à améliorer : -Mise en place de réelles conventions avec des universités étrangères

10 : Recrutement, passerelles et dispositifs d’aide à la réussite : les modalités de recrutement, les dispositifs de mise à niveau, les passerelles et tout autre dispositif favorisant l’orientation et la réussite des étudiants.



Janvier 2016

15

Le recrutement se fait sur dossier sur la base de pré-requis et du niveau universitaire. Actuellement, il s’appuie sur les outils e-candidat et campus France. La mention BBSG accueille, en première année, essentiellement des étudiants de la mention de licence Biologie d’Aix-Marseille, la grande majorité des parcours étant compatibles avec la mention (Biochimie et Chimie Biopharmaceutiques, Biologie Cellulaire, Biologie des Organismes et Evolution, Biologie Humaine et Biotechnologies, Physiologie et Neurosciences). Elle est largement ouverte pour les étudiants d’autres domaines, si ils intègrent des unités de biologie (mention Physique-Chimie parcours Physique-Biologie, mention Informatique parcours Informatique et Biologie, et mention Mathématiques et Interactions parcours BioMaths), ou pour les autres mentions/parcours sous réserve d’une remise à niveau pendant l’école d’été de Biologie. L’accueil en deuxième année est soigneusement évalué par le jury d’admission ; il est conditionné par des prérequis spécifiques au parcours envisagé. Pour les étudiants en difficulté, une UE de remise à niveau afin de consolider les acquis fondamentaux, basée sur un travail et un suivi personnalisés de chaque étudiant est organisée au second semestre du M1, et il est désormais possible pour les étudiants de M2 de redoubler. L’autorisation de redoublement est soumise à l’appréciation du jury d’année. Une école d’été de biologie est organisée avant l’entrée en M2 pour les non-biologistes. Points forts : -Accueil d’étudiants provenant de filières scientifiques différentes -Remise à niveau pour les non-biologistes (école d’été) -Le master est visible au travers de son site web -Une UE de remise à niveau pour les étudiants de M1 en difficulté

11 : Modalités d’enseignement et place du numérique : les modalités d’enseignement mises en place : présentiel/non présentiel, apprentissage, formation continue, adaptation aux étudiants ayant des contraintes particulières (situation de handicap, sportifs, salariés, etc.), ainsi que la démarche de validation des acquis de l’expérience (VAE) ; la politique en matière de langues ; la place du numérique dans l’enseignement, que ce soit en termes de formation des étudiants aux nouvelles technologies et en termes d’évolution des pratiques pédagogiques (cours et exercices en ligne, outils collaboratifs, etc.). L’offre de formation est proposée aux étudiants en formation initiale et ouverte aux étudiants en formation continue. L’enseignement inclue essentiellement des enseignements en présentiel (cours, TP, DM), des projets tutorés, et des stages en milieu professionnel. L’handicap implique des aménagements en lien avec la cellule spécialisée. La démarche VAE est conduite en concertation avec la cellule de formation des adultes. Des analyses et projets bibliographiques, avec rédaction et/ou présentation en anglais sont obligatoires et les étudiants du M2P suivent un enseignement pour préparer le TOEIC. Les étudiants utilisent comme tous les étudiants de l’AMU les possibilités de téléchargement, consultation, collaboration en ligne offertes par les serveurs de l’AMU. En outre, ils reçoivent une formation dans le cadre de plusieurs modules pour exploiter le potentiel de calcul de serveurs à distance ; cette formation est indispensable pour les étudiants se destinant à l’analyse de données complexes et/ou à haut débit. Points forts : -Formation spécifique pour utiliser des serveurs à distance pour analyser des données complexes et/ou à haut débit

12 : Evaluation des étudiants : la constitution, le rôle, et les modalités de réunion des jurys d’examen, en précisant les modalités d’évaluation des étudiants et les règles de délivrance des crédits ECTS et du diplôme. L’octroi du diplôme s’effectue après la formation en 4 semestres. Chaque UE fait l’objet d’un contrôle des connaissances. Le candidat est admis s'il satisfait aux conditions suivantes : - Pour l’année 1, la moyenne des notes des semestres 1 et 2 est au moins égale à 10/20. En cas d’échec à l’année 1, l’étudiant devra repasser lors d’une 2ième session (mois de juillet) les épreuves pour lesquelles il n’aura pas obtenu la note minimale de 10/20.



Janvier 2016

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- Pour l’année 2, la moyenne des notes de chacun des semestres 3 et 4 est au moins égale à 10/20. En cas d’échec, il n’est pas prévu de 2ième session. L’autorisation de redoublement est soumise à l’appréciation du jury d’année. MCC : voir document annexe

13 : Suivi de l’acquisition de compétences : les modalités de suivi des compétences acquises par l’étudiant (l’annexe descriptive au diplôme, portefeuille de compétences, livret de l’étudiant, etc.). Une l’annexe descriptive au diplôme est délivrée conjointement au diplôme. A ce jour, il n’existe pas de portefeuille de compétences à l’AMU.

14 : Suivi des diplômés : les modalités du suivi des diplômés, en lien ou non avec un observatoire des étudiants de l’établissement. Le suivi des diplômés est réalisé annuellement par les responsables de spécialité par voie électronique sans lien avec l’OVE ; une enquête sur au moins 4 promotions est aussi réalisée à mi-parcours du quadriennal. De son côté, l’OVE organise une enquête 30 mois après l’obtention du diplôme sur une fraction de la promotion ; toutefois, celle-ci ne nous permet pas de discriminer entre les M2P et les M2R.

Points forts : -Un suivi personnalisé du devenir des diplômés, mis en place par les responsables d’année, complète le dispositif d’enquête de l’OVE

15 : Conseil de perfectionnement et procédures d’autoévaluation : la constitution, le rôle, et les modalités de réunion de conseils de perfectionnement ou de toute structure équivalente ; les modalités d’évaluation des enseignements par les étudiants, ainsi que l’analyse de cette évaluation et les leçons qui ont pu en être tirées ; les modalités de l’autoévaluation de la formation. Le Conseil de Perfectionnement existe, et il est constitué de personnels enseignants-chercheurs, Ingénieurs de Recherche et Directeurs d’Unité, d’anciens élèves, ainsi que des professionnels de la recherche qui participent également à l’enseignement et à l’encadrement des stagiaires. Il s’assure notamment de l’adéquation entre l’offre de formation et les besoins sociaux-économiques, notamment en termes de compétences technologiques en constante évolution. Le contenu des modules d’enseignement évolue ainsi d’année en année.

Tableaux à fournir dans le dossier de présentation 1. Tableau des UE (voir le modèle sur le site du HCERES). 2. Tableau récapitulatif de l’équipe pédagogique (voir le modèle sur le site du HCERES). 3. Tableau récapitulatif des effectifs pour la dernière période (voir le modèle sur le site du HCERES). 4. Tableau récapitulatif de l’insertion professionnelle et de la poursuite d’études pour la dernière

période (voir le modèle sur le site du HCERES).



Janvier 2016

1

Tableau 1 : unités d’enseignement pour une mention de master

Mention : Bioinformatique, Biochimie Stucturale et Génomique.

Spécialité : Recherche

Parcours : Biochimie structurale (BiSe-Re)

Parcours : Bioinformatique et génomique (BiG-Re)

Spécialité : Professionnel

Parcours : Parcours Bioinformatique et génomique (BiG-Pro)

Unité d’Enseignement Semestre Crédits

européens Coefficients Tronc commun,

spécialité ou parcours

Disciplines concernées ou compétences

visées

Durée totale d’enseignement

en présentiel (en heures)

Modalités de l’enseignement (cours/TD/TP)

Concepts et approches de la génomique

1 3

1

TC Génomique 30 20/10/0

Structure et fonction des protéines : mécanismes

1 3

1

TC Biochimie

structurale 20 12/8/0

Bioinformatique pour la

génomique et la protéomique : méthodes

1 3

1

TC Bioinformatique 30 18/12/0

Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes

1 3

1

TC mathématiques 30 15/7/8

Structure et fonction des protéines : évolution

1 3

1

BiSe Biochimie


Structure et fonction des protéines : méthodes

1 3

1

BiSe Biochimie

Structurale 20 18/2/0

Structure et fonction des

protéines : chimie et drug design

1 3

1

BiSe Biochimie structurale

20 12/8/0



Janvier 2016

2

Travaux pratiques

de Biochimie structurale et Génomique

1 6

2

BiSe BiG

Biochimie et génomique

90 0/0/90

Initiation à la programmation

1 3

1

BiG Informatique 30 10/0/20

Actualités dans le domaine de la génomique

1 3

1

BiG Génomique 30 0/30/0

Bioinformatique pour la génomique et la protéomique :

Applications

1

3

1

BiG Bioinformatique 22 14/8/0

Programmation avancée

1 3

1


Analyse statistique des données biologiques

1 3

1

BiG Statistiques 30 15/0/15

Stage d’initiation à la recherche

2 12

2

BiSe BiG

Biochimie Bioinformatique et

Génomique

4

4/0/0

Consolidation des acquis

fondamentaux

2 12

2

BiSe BiG

Biochimie, Bioinformatique,

Génomique 44 2/26/16

Structure et fonction des protéines : assemblages

2

3

1

BiSe Biochimie 22 16/6/0

Structure et fonction des protéines :

méthodes avancées

2

3

1


Ingénierie et biologie synthétique

2 3

1


Projet informatique lié à la biologie

2 6

2


Programmation web 2 3

1


Bases de données 2 3

1


Modélisation des séquences et

réseaux biomoléculaires

2

3

1

BiG

Informatique 30 15/7/8

Analyse multidimensionnelle

des données génomiques

2

3

1

BiG


Phylogénie et évolution

2 3

1


Plasticité des génomes

2 3

1


Conférences et projet bibliographie

en anglais

3 6

2

BiSe-Re BiG-Re Big-Pro

Anglais 4 4/0/0

Imageries du vivant 3 3

1

BiSe-Re

Biochimie structurale

30 5/0/25



Janvier 2016

3

Enzymologie structurale

3 3

1

BiSe-Re

Biochimie structurale 30 20/10/0

Résolution de structures de protéines et assemblages

3

6

2

BiSe-Re Biochimie


Modélisation et dynamique moléculaire

3 3

1

BiSe-Re Biochimie


Méthodes d’analyse des interactions

3 3

1

BiSe-Re


30 20/10/0

Protéines membranaires

3 3

1

BiSe-Re


30 20/10/0

Biologie structurale intégrative

3 3

1

BiSe-Re


15 15/0/0

Génomique fonctionnelle

3 6

2

BiG-Re Big-Pro


Polymorphisme, phylogénie, évolution er génomique

environnementale

3

6

2

BiG-Re Big-Pro Génomique 60 24/16/20

Programmation Objet

3 6

2

BiG-Re Big-Pro


Graphes et réseaux d’interactions biologiques

3 3

1

BiG-Re Big-Pro


Génomique des organismes modèles

3 3

1

BiG-Re Big-Pro


Méthodes bioinformatiques

pour la cis-‐régulation

3

3

1

BiG-Re Big-Pro bioinformatique 28 10/18/0

Biostatistiques avancées

3 3

1

BiG-Re Big-Pro

Mathématiques 25 15/10/0

Atelier polymorphisme

3 3

1

BiG-Re Big-Pro


Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes

3

3

1


Atelier transcriptome

3 3

1

BiG-Re Big-Pro


Atelier génomique 3 3

1

BiG-Re Big-Pro


Analyses statistiques de

données génomiques

3

3

1


Analyse bioinformatiques de

données à haut débit

3

3

1

BiG-Re Big-Pro Bioinformatique 30 15/15/0

Algorithmique pour la bioinformatique

3 3

1

BiG-Re Big-Pro




Janvier 2016

4

Droit, management, protection

industrielle et qualité

3

3

1

BiG-pro

Droit 24 12/12/0

Anglais, préparation au TOIEC

3 3

1

BiG-Pro Anglais 24 12/12/0

Stage en laboratoire de recherche

4 60

20

BiSe-Re BiG-Re

0 0/0/0

Stage en entreprise ou sur plate-‐forme

4 60

20

BiG-Pro 0 0/0/0

Dans le cas de modifications mineures pendant la durée d’habilitation, on utilisera la version la plus récente de la maquette.


Vague C – Campagne d’évaluation 2016 – 2017

Janvier 2016 1

Tableau 2 : récapitulatif de l’équipe pédagogique pour une mention de master

Intitulé : mention Bioinformatique, Biochimie Stucturale et Génomique

Enseignants de l’établissement (hors PAST) :

Nom et grade des enseignants-chercheurs, enseignants ou

chercheurs

Section CNU

(le cas échéant)

Composante d’appartenance

au sein de l’établissement

Nombre d’heures assurées

Enseignements dispensés

Responsabilités dans le pilotage de la formation Nom et Prénom Grade

RIHET Pascal

PR

65 UFR Sciences 92

M1, M2R , M2P Co-responsable de la formation, Co-responsable

du M2-P

DARBON Hervé

DR

CNRS UFR Sciences 30

M1, M2R Co-responsable de la formation, Responsable du

M2-R

COUTINHO Pedro PR

65 Polytech 39 M1, M2R , M2P Co-responsable

du M2-P

TALLA Emmanuel MCF 65 UFR Sciences 74 M1 Responsable du M1

BORDI Christophe MCF 65 UFR Sciences 127 M1, M2R , M2P Responsable d’UE

TEMPEL Sébastien MCF 65 UFR Sciences 57 M1, M2R, M2P Responsable d’UE

GONZALES Aitor MCF 65 UFR Sciences 59 M2R, M2P Responsable d’UE

GARRON Marie-Line MCF 64 UFR Sciences 86 M1, M2R Responsable d’UE

DUNEAU Jean-Pierre MCF

64 UFR Sciences 92 M1, M2R Responsable

d’UE

GILLES André MCF 67 OSU 40 M1, M2R, M2P Responsable d’UE

KREUZER Corinne MCF 64 UFR Sciences 30 M1, M2R Responsable d’UE

RODER Laurence MCF 65 UFR Sciences 35 M2R Responsable d’UE

PUTHIER Denis MCF 65 Polytech 106 M1, M2R, M2P Responsable d’UE

STURGIS James PR 64 UFR Sciences 92 M1, M2R Responsable d’UE

TICHIT Laurent MCF 36 UFR Sciences 66 M1, M2R, M2P Responsable d’UE

COULIER Francois DR

INSERM UFR Santé 20 M2R, M2P Responsable

d’UE GUERLESQUIN

Françoise DR CNRS UFR Sciences 24 M1, M2R Responsable

d’UE

VAN HELDEN Jacques PR 65 UFR Sciences 96 M1, M2R, M2P Responsable d’UE

PECH Nicolas MCF 26 OSU 41 M1, M2R



Janvier 2016 2

GARETTA Henri MCF 27 UFR Sciences 10 M2R

POMMERET Denys PR 26 UFR Sciences 20 M1

GHATTAS Badgih MCF 26 UFR Sciences 45 M1, M2R

REBOUL Laurence MCF 26 UFR Sciences 15 M1

HINGAMP Pascal MCF 65 UFR Sciences 27 M1, M2R, M2P

PRADEL Lydie MCF 65 UFR Sciences 121 M1, M2P, M2R

BOUVERET Emmanuelle

CR CNRS UFR Sciences 2 M2R

BRUN Christine DR CNRS UFR Sciences 4 M2R, M2P

CONTENSIN Magali IR CNRS UFR Sciences 10 M1, M2R

DOLLA, Alain DR CNRS UFR Sciences 3 M2R, M2P

HUBERT Pierre CR CNRS UFR Sciences 8 M1

IMBERT Jean DR INSERM UFR Sciences 3 M2R, M2P

MORELLI Xavier CR CNRS UFR Santé 22 M&, M2R

NGUYEN Catherine DR INSERM UFR Sciences 3 M2R, M2P

REMY Elisabeth CR CNRS UFR Sciences 7 M2R

EL ANTAK Latifa CR CNRS UFR Sciences 8 M2R

LONGHI Sonia DR CNRS UFR Sciences 6 M1, M2R

ROUSSEL Alain DR CNRS UFR Sciences 6 M2R

COSTEDOAT Caroline MCF 67 OSU 16 M2R

WIRTH Bénédicte MCF 65 UFR Sciences 31 M1, M2R

BAUDOT Anaïs CR CNRS UFR Sciences 7 M2R

GRAINER Thomas

PRAG CNRS UFR Sciences 24 M2P

SERGE Arnaud MCF UFR Santé 16 M2R

PAPAGEORGIOU Nicolas

MCF 30-28 UFR SCiences 23

M2R



Janvier 2016 3

PAST de l’Université :

PAST Secteur professionnel

principal

Composante d’appartenance

au sein de l’établissement



Nom et Prénom Fonction professionnelle

Professionnels (hors PAST) :

Nom, Prénom et fonction des professionnels

Entreprise ou organisme d’origine



ROMAGNE F

Directeur de MImAbs 3 M2P

DE POOTER C

Consultant en RH 21 M2P

BELZUNCE O Expert en qualité 6 M2P

VOLLMY L

Expert en valorisation 6 M2P

BONINO-BELRIVO MC

Directrice adjointe de la section biologie de la police scientifique à

Marseille

3 M2P

Autres Enseignants :

Nom et Prénom Grade Etablissement d’origine Nombre d’heures assurées




Janvier 2016 1

Tableau 3 : récapitulatif des effectifs pour une mention de master

Intitulé de la mention : Bioinformatique, Biochimie Stucturale et Génomique

2011-2012 2012-2013 2013-2014 2014-2015 2015-2016

Nombre d’inscrits pédagogiques1 en M1 21 27 38 31 20

Nombre d’inscrits pédagogiques de ce M1 admis en M2R ou M2P

16 13 22 28 20

Nombre d’inscrits pédagogiques en M2R et M2P 24 16 25 36 29

Nombre d’inscrits pédagogiques en M2 ayant validé leur diplôme

23 16 24 34 NA

1 Un inscrit pédagogique est un étudiant qui, au-delà d’une inscription administrative, est inscrit dans un module pédagogique

d’une année de la formation. Il est alors considéré ici comme inscrit pédagogique de cette année de formation.



Janvier 2016

Tableau 4 : récapitulatif de l’insertion et de la poursuite d’études pour une mention de master

Intitulé de la mention : Bioinformatique, Biochimie Stucturale et Génomique

2011-2012 2012-2013 2013-2014 2014-2015

Nombre de diplômés de M2R ayant poursuivi en doctorat 8 10 4 9

Nombre de diplômés de ce M2R s’étant insérés dans la vie professionnelle 0 3 2 1

Poursuite d’étude 0 0 2 3

Date de la réalisation de l’enquête Octobre

2015 Octobre

2015 Octobre

2015 Octobre

2015

Nombre de répondants à l’enquête

(Nombre de diplômés de M2R)

8

(11)

13

(13)

8

(11)

14

(13)

2011-2012 2012-2013 2013-2014 2014-2015

Nombre de diplômés de M2P ayant poursuivi en doctorat

2 0 1 2

Nombre de diplômés de ce M2P s’étant insérés dans la vie professionnelle

10 3 11 9

Poursuite d’étude 0 0 0 4

Date de la réalisation de l’enquête

Octobre-décembre

2015

Octobre-décembre

2015

Octobre-décembre

2015

Octobre-décembre

2015

Nombre de répondants à l’enquête

(Nombre de diplômés de M2P)

12

(12)

3

(3)

12

(13)

21

(21)

Résumé descriptif de la certification : CNCP – Novembre 2004 (MAJ 07/2005)

Répertoire National des Certifications Professionnelles

Résumé descriptif de la certification

Intitulé MASTER Sciences et Technologies - Mention : Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique Spécialité : Bioinformatique et Génomique Cadre 1

Autorité responsable de la certification Qualité du(es) signataire(s) de la certification Université Aix Marseille Cadre 2

Recteur de l’académie d’Aix Marseille chancelier des universités Président de l’université d’Aix Marseille Cadre 3

Niveau et/ou domaine d’activité Niveau (nomenclature 1969) : I

Niveau (EQF) : 7 Code NSF : 113c – Sciences Naturelles (biologie-géologie) –applications scientifiques 118b - Modèles d'analyse biologique ; Informatique en biologie 326t - Programmation, mise en place de logiciels Cadre 4

Résumé du référentiel d’emploi ou éléments de compétences acquis

Liste des activités visées par le diplôme, le titre ou le certificat Ce professionnel, qui est un bioinformaticien et/ou un spécialiste de l’analyse du génome et de l’expression des gènes, -prend en compte le cahier des charges dans le cadre d’un projet de recherche et de développement, ou les besoins, les exigences, et les contraintes techniques des chercheurs dans le cadre d’un projet de recherche académique -met au point un protocole expérimental et réalise les expériences sur cette base ou conçoit un outil bioinformatique et le développe -récolte et gère les données générées par l’expérience réalisée ou celles accessibles par internet -analyse leur signification statistique avec des approches adéquates et des logiciels spécialisés -analyse et interprète de manière critique les résultats -propose de nouvelles expériences sur la base des résultats obtenus -lit les articles en anglais -synthétise et présente ses résultats sous forme de note technique, de poster ou de séminaire -participe à la rédaction d’articles en anglais Compétences ou capacités attestées Le diplômé maitrise les méthodes expérimentales ou bioinformatiques pour l’analyse des génomes et de leur expression et les met en œuvre dans le cadre d’un projet développé au sein d’un laboratoire public ou privé. Il fait preuve d’autonomie et sait s’adapter aux difficultés propres au domaine d’expertise. Il s’exprime et rédige en anglais ou en français.

Cadre 5


Secteurs d’activité ou types d’emplois accessibles par le détenteur de ce diplôme, ce titre ou ce certificat

Secteurs d’activité : Le professionnel intervient dans les secteurs d’activités suivants : biologie, biotechnologies, santé (humaine et animale), agronomie. Il travaille dans un organisme de recherche public (laboratoire ou plateforme), dans la police scientifique, ou dans une entreprise, dans le secteur recherche et développement ou le secteur technico-commercial. Mots clefs : BIOLOGIE ; BIOTECHNOLOGIES ; SANTE ; ORGANISME DE RECHERCHE PUBLIQUE ; RECHERCHE ET DEVELOPPEMENT ; ENTREPRISE Types d'emplois accessibles. Le professionnel peut prétendre aux emplois suivants: -ingénieur d’études -ingénieur bioinformaticien -ingénieur d’application -ingénieur en génomique en industrie -ingénieur en biotechnologie en industrie -ingénieur biologiste en industrie -ingénieur technico-commercial -chef de projet ou assistant chef de projet -ingénieur de police technique et scientifique Mots clefs : INGENIEUR ; BIOINFORMATICIEN ; BIOTECHNOLOGIE ; TECHNICO-COMMERCIAL; BIOLOGISTE ; CHEF DE PROJET ; POLICE SCIENTIFIQUE Codes des fiches ROME les plus proches : H1206 - Management et ingénierie études, recherche et développement industriel D1407 - Relation technico-commerciale M1805 - Études et développement informatique cadre6

Modalités d’accès à cette certification Descriptif des composantes de la certification : La certification nécessite un parcours sur 4 semestres de 30 crédits (ECTS) chacun. Semestre S1 Tronc commun (12 ECTS/30)

Concepts et approches de la génomique (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : mécanismes (3 ECTS) Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : méthodes (3 ECTS) Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes (3 ECTS)

Options : 18 ECTS à choisir à l’intérieur de l’un des trois parcours suivants Parcours Biochimie Structurale (BiSe)

Structure et fonction des protéines : évolution (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : méthodes (3 ECTS) Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design (3 ECTS) Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) Module d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans les mentions DI et MBVB (3 ECTS)

Parcours Bioinformatique et génomique (BiG) Initiation à la programmation (3 ECTS) Actualités dans le domaine de la génomique (3 ECTS) Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications (3 ECTS) Programmation avancée (3 ECTS) Analyse statistique des données biologiques (3 ECTS) Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (6 ETCS)

Parcours mixte (BiG-BiSe) Structure et fonction des protéines : évolution (3 ECTS)


Structure et fonction des protéines : méthodes (3 ECTS) Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design (3 ECTS) Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) Initiation à la programmation (3 ECTS) Actualités dans le domaine de la génomique (3 ECTS) Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications (3 ECTS) Programmation avancée (3 ECTS) Analyse statistique des données biologiques (3 ECTS) Modules d’ouverture pris dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (3 ou 2x3 ETCS)

Semestre S2 Tronc commun

Analyse d’articles en anglais (6 ECTS) 24 ECTS à choisir parmi l’un des deux parcours suivants Parcours Biochimie Structurale (BiSe)

Un module de 12 ECTS parmi les deux suivants : Stage d’initiation à la recherche Consolidation des acquis fondamentaux

Structure et fonction des protéines : assemblages (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : méthodes avancées (3 ECTS) Ingénierie et biologie synthétique (3 ECTS) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans d’autres mentions (6 ECTS)

Parcours Bioinformatique et Génomique (BiG) Un module de 12 ECTS parmi les trois suivants :

Stage d’initiation à la recherche Consolidation des acquis fondamentaux Projet informatique lié à la biologie

Programmation web (3 ECTS) Bases de données (3 ECTS) Modélisation des séquences et des réseaux biomoléculaires (3 ECTS) Analyse multidimensionnelle des données génomiques (3 ECTS) Phylogénie et évolution (3 ECTS) Plasticité des génomes (3 ECTS) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans d’autres mentions (2x3 ECTS)


Génomique Fonctionnelle (6 ECTS) Droit, management, protection industrielle et qualité (3 ECTS) Anglais : préparation au TOIEC (3 ECTS)

18 ECTS à choisir parmi Polymorphisme, phylogénie, évolution et génomique environnementale (6 ECTS) Programmation Orientée Objet (6 ECTS) Graphes et réseaux d’interactions biologiques (3 ECTS) Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS) Méthodes bioinformatiques pour la Cis-régulation (3 ECTS) Biostatistiques avancées (3 ECTS) Atelier polymorphisme (3 ECTS) Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes (3 ECTS) Atelier transcriptome (3 ECTS) Atelier de génomique (3 ECTS) Analyse statistique de données génomiques 1 (3 ECTS) Analyse bioinformatique des données à haut débit (3 ECTS) Algorithmique pour la bioinformatique PBA (6 ECTS) Modules d’ouverture pouvant être choisis dans l’autre spécialité ou d’autres mentions de master (6 ECTS)

Semestre S4 : Stage en entreprise ou sur une plateforme technique (30 ECTS)


L’octroi du diplôme s’effectue après la formation en 4 semestres. Chaque UE fait l’objet d’un contrôle des connaissances. Le candidat est admis s'il satisfait aux conditions suivantes : - Pour l’année 1, la moyenne des notes des semestres 1 et 2 est au moins égale à 10/20. En cas d’échec à l’année 1, l’étudiant devra repasser lors d’une 2ième session (mois de juillet) les épreuves pour lesquelles il n’aura pas obtenu la note minimale de 10/20. - Pour l’année 2, la moyenne des notes de chacun des semestres 3 et 4 est au moins égale à 10/20. En cas d’échec, il n’est pas prévu de 2ième session. L’autorisation de redoublement est soumise à l’appréciation du jury d’année. Durée de validité des composantes : illimitée Cadre 7

Conditions d’inscription à la certification Oui Non Indiquer la composition des jurys

Après un parcours de formation sous statut d’élève ou d’étudiant

X Le jury est composé de 70% d’enseignants et de 30% de professionnels

En contrat d’apprentissage X

Après un parcours de formation continue X idem

En contrat de professionnalisation X

Par candidature individuelle X idem

Par expérience Dispositif VAE mis en place en 2002

X jury composé d’enseignants et de professionnels conformément aux textes

Liens avec d’autres certifications Accords européens ou internationaux

Cadre 8

Cadre 9 Base légale Référence arrêté création (ou date 1er arrêté enregistrement) : Arrêté du 25 avril 2002 publié au JO du 27 Avril 2002 et arrêté d'habilitation du diplôme n° 20081337 en date du 6 Novembre 2013 Références autres : décret VAE – Code de l’éducation : article L 613-3

Cadre 10 Pour plus d’information Statistiques : diplômés femmes/hommes 2012-2013 : 1F 2H 2013-2014 : 7F 6H 2014-2015 : 12F 9H liens vers statistiques: http://deve.univ-amu.fr/ove/Masters Historique : Autres sources d'informations : http://biologie.univ-mrs.fr/masterBBSG/, http://formations.univ-amu.fr/ME5SBB.html Lieu(x) de certification : Marseille Lieu(x) de préparation : UFR Sciences, Campus de Luminy, 163 av de Luminy, 13288 Marseille cedex 9 Cadre 11


Répertoire National des Certifications Professionnelles

Résumé descriptif de la certification

Intitulé MASTER Sciences et Technologies - Mention : Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique Spécialité : Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique Cadre 1

Autorité responsable de la certification Qualité du(es) signataire(s) de la certification Université Aix Marseille Cadre 2

Recteur de l’académie d’Aix Marseille chancelier des universités Président de l’université d’Aix Marseille Cadre 3

Niveau et/ou domaine d’activité Niveau (nomenclature 1969) : I

Niveau (EQF) : 7 Code NSF : 113c – Sciences Naturelles (biologie-géologie) –applications scientifiques 118b - Modèles d'analyse biologique ; Informatique en biologie 326t - Programmation, mise en place de logiciels Cadre 4

Résumé du référentiel d’emploi ou éléments de compétences acquis

Liste des activités visées par le diplôme, le titre ou le certificat Ce professionnel, qui est impliqué dans la recherche dans le domaine de la biochimie structurale, de la bioinformatique ou de la génomique, -met au point un protocole expérimental et réalise les expériences sur cette base ou conçoit un outil bioinformatique et le développe -récolte et gère les données générées par l’expérience réalisée ou celles accessibles par internet -analyse leur signification statistique avec des approches adéquates et des logiciels spécialisés -analyse et interprète de manière critique les résultats et les compare avec ceux de la littérature -lit les articles en anglais -émet de nouvelles hypothèses et propose de nouvelles expériences pour les tester -synthétise et présente ses résultats sous forme de poster ou de séminaire -participe à la rédaction d’articles en anglais Compétences ou capacités attestées Le diplômé s’approprie la problématique d’un projet scientifique. Il maitrise et met en œuvre les méthodes dans le domaine d’expertise pour pour répondre à une problématique dans le domaine de la génomique, de la bioinformatique, ou de la biochime structurale. Il fait preuve d’autonomie et sait s’adapter aux difficultés propres au domaine d’expertise. Il s’exprime et rédige en anglais ou en français.

Cadre 5

Secteurs d’activité ou types d’emplois accessibles par le détenteur de ce diplôme, ce titre ou ce certificat


Secteurs d’activité : Ce professionnel travaille dans les organismes de recherche, les universités ou les entreprises dans les domaines de la biologie, les biotechnologies, ou la santé. Mots clefs : BIOLOGIE ; BIOTECHNOLOGIES ; SANTE ; ORGANISME DE RECHERCHE PUBLIQUE ; RECHERCHE ET DEVELOPPEMENT ; ENTREPRISE Types d'emplois accessibles : La suite naturelle de la spécialité "recherche" est l’inscription en thèse, avec pour débouché principal les métiers de la recherche: -chercheur dans les organismes publics de recherche (CNRS, ISERM, INRA…) -chercheur dans une entreprise pharmaceutique ou de biotechnologies -enseignant-chercheur à l'Université -enseignant dans le secondaire -ingénieur de recherche dans les organismes publics de recherche (CNRS, ISERM, INRA…) -chef de projet ou ingénieur de recherche dans une entreprise pharmaceutique ou de biotechnologies La suite naturelle de la spécialité "recherche" est l’inscription en thèse Mots clefs : CHERCHEUR ; INGÉNIEUR Codes des fiches ROME les plus proches : H1206 - Management et ingénierie études, recherche et développement industriel K2402 - Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant cadre6 Modalités d’accès à cette certification Descriptif des composantes de la certification : Semestre S1 Tronc commun (12 ECTS/30)

Concepts et approches de la génomique (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : mécanismes (3 ECTS) Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : méthodes (3 ECTS) Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes (3 ECTS)

Options : 18 ECTS à choisir à l’intérieur de l’un des trois parcours suivants Parcours Biochimie Structurale (BiSe)

Structure et fonction des protéines : évolution (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : méthodes (3 ECTS) Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design (3 ECTS) Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) Module d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans les mentions DI et MBVB (3 ECTS)

Parcours Bioinformatique et génomique (BiG) Initiation à la programmation (3 ECTS) Actualités dans le domaine de la génomique (3 ECTS) Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications (3 ECTS) Programmation avancée (3 ECTS) Analyse statistique des données biologiques (3 ECTS) Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (6 ETCS)

Parcours mixte (BiG-BiSe) Structure et fonction des protéines : évolution (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : méthodes (3 ECTS) Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design (3 ECTS) Travaux pratiques de Biochimie structurale et Génomique (6 ECTS) Initiation à la programmation (3 ECTS) Actualités dans le domaine de la génomique (3 ECTS) Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications (3 ECTS) Programmation avancée (3 ECTS) Analyse statistique des données biologiques (3 ECTS)


Modules d’ouverture pris dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (3 ou 2x3 ETCS) Semestre S2 Tronc commun

Analyse d’articles en anglais (6 ECTS) 24 ECTS à choisir parmi l’un des deux parcours suivants Parcours Biochimie Structurale (BiSe)

Un module de 12 ECTS parmi les deux suivants : Stage d’initiation à la recherche Consolidation des acquis fondamentaux

Structure et fonction des protéines : assemblages (3 ECTS) Structure et fonction des protéines : méthodes avancées (3 ECTS) Ingénierie et biologie synthétique (3 ECTS) (module de licence de J. Sturgis) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiG ou dans d’autres mentions (6 ECTS)

Parcours Bioinformatique et Génomique (BiG) Un module de 12 ECTS parmi les trois suivants :

Stage d’initiation à la recherche Consolidation des acquis fondamentaux Projet informatique lié à la biologie

Programmation web (3 ECTS) Bases de données (3 ECTS) Modélisation des séquences et des réseaux biomoléculaires (3 ECTS) Analyse multidimensionnelle des données génomiques (3 ECTS) Phylogénie et évolution (3 ECTS) Plasticité des génomes (3 ECTS) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans d’autres mentions (2x3 ECTS)


Projet Bibliographique en Anglais (6 ECTS) 24 ECTS à choisir parmi l’un des deux parcours suivants Parcours biochimie structurale (BiSe-Re)

Imageries du vivant (3 ECTS) Enzymologie structurale (3 ECTS) Résolution de structure de protéines et assemblages (6 ECTS) Modélisation et dynamique moléculaire (3 ECTS) Méthodes d’analyse des interactions (3 ECTS) Protéines membranaires (3 ECTS) Biologie structurale intégrative (3 ECTS) Modules d’ouverture pris dans le parcours BiG-Re ou dans d’autres mentions de master (2x3 ECTS)

Parcours bioinformatique et génomique (BiG-Re) Polymorphisme, phylogénie, évolution et génomique environnementale (6 ECTS) Programmation Orientée Objet (6 ECTS) Graphes et réseaux d’interactions biologiques (3 ECTS) Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS) Méthodes bioinformatiques pour la Cis-régulation (3 ECTS) Biostatistiques avancées (3 ECTS) Atelier polymorphisme (3 ECTS) Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes (3 ECTS) Atelier transcriptome (3 ECTS) Atelier de génomique (3 ECTS) Analyse statistique de données génomiques 1 (3 ECTS) Analyse bioinformatique des données à haut débit (3 ECTS) Algorithmique pour la bioinformatique Modules d’ouverture pouvant être choisis dans l’option BiSe ou d’autres mentions de master (2x3 ECTS)

Semestre S4 : Stage obligatoire en laboratoire de recherche (30 ECTS)


L’octroi du diplôme s’effectue après la formation en 4 semestres. Chaque UE fait l’objet d’un contrôle des connaissances. Le candidat est admis s'il satisfait aux conditions suivantes : - Pour l’année 1, la moyenne des notes des semestres 1 et 2 est au moins égale à 10/20. En cas d’échec à l’année 1, l’étudiant devra repasser lors d’une 2ième session (mois de juillet) les épreuves pour lesquelles il n’aura pas obtenu la note minimale de 10/20. - Pour l’année 2, la moyenne des notes de chacun des semestres 3 et 4 est au moins égale à 10/20. En cas d’échec, il n’est pas prévu de 2ième session. L’autorisation de redoublement est soumise à l’appréciation du jury d’année. Durée de validité des composantes : illimitée Cadre 7

Conditions d’inscription à la certification Oui Non Indiquer la composition des jurys

Après un parcours de formation sous statut d’élève ou d’étudiant

X Jury composé des enseignants intervenants dans la formation

En contrat d’apprentissage X

Après un parcours de formation continue X idem

En contrat de professionnalisation X

Par candidature individuelle X idem

Par expérience Dispositif VAE mis en place en 2002

X jury composé d’enseignants et de professionnels conformément aux textes

Liens avec d’autres certifications Accords européens ou internationaux

Cadre 8

Cadre 9 Base légale Référence arrêté création (ou date 1er arrêté enregistrement) : Arrêté du 25 avril 2002 publié au JO du 27 Avril 2002 et arrêté d'habilitation du diplôme n° 20081337 en date du 6 Novembre 2013 Références autres : décret VAE – Code de l’éducation : article L 613-3

Cadre 10 Pour plus d’information Statistiques : diplômés femmes/hommes 2012-2013 : 6F 7H 2013-2014 : 6F 5H 2014-2015 : 6F 7H liens vers statistiques: http://deve.univ-amu.fr/ove/Masters Autres sources d'informations : http://biologie.univ-mrs.fr/masterBBSG/ http://formations.univ-amu.fr/SPSBB5A.html Lieu(x) de certification : Marseille Lieu(x) de préparation : UFR Sciences, Campus de Luminy, 163 av de Luminy, 13288 Marseille cedex 9 Cadre 11

UFR Sciences -‐ MCC UE 2015-‐2016 -‐ M1 BBSG

26/01/16 1 / 2

Semestre 1Calcul de la note finale Session 1

FORMULE DE LA NOTE FINALE (Note Finale : NF, Partiel : P, Contrôle Continu : CC, Travaux pratiques : TP, Oral : O, Epreuve écrite finale : E, Examen terminal : ET))

SBBAU13L Concepts et approches de la génomique 3 2H NF = ET NON Talla Emmanuel / Rihet PascalSBBAU14L Structure et fonction des protéines : mécanismes 3 2H NF = ET NON Sturgis James

SBBAU15L Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : méthodes

3 2H NF = 0,5ET + 0,5TP NON Van Helden Jacques

SBBAU16L Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes 3 2h NF=0,5ET + 0,5TP NON Van Helden Jacques / Rihet PascalSBBAX3L 18 crédits à choisir parmi l'un des trois parcoursSBBAX4L Parcours Biochimie Structurale (Bise)SBBAU17L Structure et fonction des protéines : évolution 3 2H NF = ET NON Sturgis JamesSBBAU18L Structure et fonction des protéines : méthodes 3 2H NF = ET NON Garron Marie-‐Line

SBBAU19L Structure et Fonction des protéines : chimie et drug design

3 2H NF = ET NON Garron Marie-‐Line

SBBAU9 TP de Biochimie structurale et de Génomique 6 NF = TP NON Duneau Jean Pierre

SBBAX5L Module d�ouverture pris dans le parcours BiG ou dans les mentions DI et MBVB

SBBAX6L Parcours Bioinformatique et génomique (BiG)SBBAU10 Initiation a la programmation 3 2H NF = 0,5ET + 0,5TP NON Tichit LaurentSBBAU21L Actualités dans le domaine de la génomique 3 0,5 h NF = O NON Talla Emmanuel / Rihet Pascal

SBBAU22L Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : Applications

3 2H NF = ET NON Coutinho Pedro

SBBAU23L Programmation avancée 3 2H NF = 0,5ET + 0,5TP NON Tichit LaurentSBBAU24L Analyse statistique des données biologiques 3 2H NF = 0,5ET + 0,5CC NON Pommeret Denys / Reboul LaurenceSBBAU9 TP de Biochimie structurale et de Génomique 6 NF = TP NON Duneau Jean Pierre

SBBAX7L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (2x3 ou 6 ETCS)

SBBAX8L Parcours mixte (BiG-‐BiSe)SBBAU17L Structure et fonction des protéines : évolution 3 2H NF = ET NON Sturgis JamesSBBAU18L Structure et fonction des protéines : méthodes 3 2H NF = ET NON Garron Marie-‐Line


3 2H NF = ET NON Garron Marie-‐Line

SBBAU10 Initiation a la programmation 3 2H NF = 0,5ET + 0,5TP NON Tichit LaurentSBBAU21L Actualités dans le domaine de la génomique 3 NF = O NON Talla Emmanuel / Rihet Pascal


3 2H NF = ET NON Coutinho Pedro

SBBAU23L Programmation avancée 3 2H NF = 0,5ET + 0,5TP NON Tichit LaurentSBBAU24L Analyse statistique des données biologiques 3 2H NF = 0,5ET + 0,5CC NON Pommeret Denys / Reboul LaurenceSBBAU9 TP de Biochimie structurale et de Génomique 6 NF = TP NON Duneau Jean Pierre

SBBAX9L Modules d�ouverture pris dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (2x3 ou 6 ETCS)

Semestre 2Calcul de la note finale Session 1


SBBBU1 Analyse d'articles et présentations en Anglais 6 0,5 h NF = O NON Talla EmmanuelSBBBX2L 24 crédits à choisir parmi l'un des deux parcoursSBBBX3L Parcours Biochimie Structurale (Bise)SBBBX4L 12 crédits à choisirSBBBU11L Stage d'initiation à la recherche 12 NF = Rapport de stage +/-‐ Appreciations Maitre de Stage NON Talla EmmanuelSBBBU12L Consolidation des acquis fondamentaux 12 2h NF = 0,5TP + 0,5 CC NON Talla Emmanuel / Van Helden JacquesSBBBU13L Structure et fonction des protéines : assemblages 3 2H NF = ET NON Coutinho Pedro

SBBBU14L Structure et fonction des protéines : méthodes avancées 3 2H NF = ET NON Garron Marie-‐Line

SBBBU15L Ingénierie et biologie synthétique 3 2H NF = ET NON Sturgis James

SBBBX5L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiG ou dans d�autres mentions (2x3 ECTS)

SBBBX6L Parcours Bioinformatique et génomique (BiG)SBBBX7L 12 crédits à choisirSBBBU11L Stage d'initiation à la recherche 12 NF = Rapport de stage +/-‐ Appreciations Maitre de Stage NON Talla EmmanuelSBBBU12L Consolidation des acquis fondamentaux 12 0,5h NF = 0,5TP + 0,5O NON Talla Emmanuel / Van Helden JacquesSBBBU17L Projet informatique lié à la biologie 12 0,5h NF = 0,5TP + 0,5O NON Tichit LaurentSBBBU6 Bases de données 3 2H NF = ET NON Jakubiec LineSBBBU7 Programmation web 3 NF = TP NON Gonzalez Aitor

SBBBU18L Modélisation des séquences et des réseaux biomoléculaires

3 2h NF = 0,5 TP + 0,5 ET NON Ghattas Badih

SBBBU19L Analyse multidimensionnelle des données génomiques 3 2h NF = 0,5 TP + 0,5 ET NON Ghattas BadihSBBBU20L Phylogénie et évolution 3 2h NF = 0,5 TP + 0,5 ET NON Gilles AndréSBBBU21L Plasticité des génomes 3 2h NF = 0,5 TP + 0,5 ET NON Gilles André

SBBBX8L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans d�autres mentions (2x3 ECTS)

Code UE Libellé UE Nbre créditsDurée épreuve

Note seuil : si OUI, indiquer juste la note, dans le cas contraire indiquer NON

Responsables UE



Responsables UE


26/01/16 2 / 2

Session 2Calcul de la note finale Session 2


SBBAU13L Concepts et approches de la génomique 3 2H NF = ET NON Talla Emmanuel / Rihet pascalSBBAU14L Structure et fonction des protéines : mécanismes 3 2H NF = ET ou O NON Sturgis James

SBBAU15L Bioinformatique pour la génomique et la protéomique : méthodes

3 2H NF = ET ou O NON Van Helden Jacques

SBBAU16L Probabilités et statistiques pour la biologie : méthodes 3 2h NF = ET ou O NON Van Helden Jacques / Rihet PascalSBBAX3L 18 crédits à choisir parmi l'un des trois parcoursSBBAX4L Parcours Biochimie Structurale (Bise)SBBAU17L Structure et fonction des protéines : évolution 3 2H NF = ET ou O NON Sturgis JamesSBBAU18L Structure et fonction des protéines : méthodes 3 2H NF = ET ou O NON Garron Marie-‐Line


3 2H NF = ET ou O NON Garron Marie-‐Line

SBBAU9 TP de Biochimie structurale et de Génomique 6 0,5h NF = O NON Duneau Jean Pierre

SBBAX5L Module d�ouverture pris dans le parcours BiG ou dans les mentions DI et MBVB

SBBAX6L Parcours Bioinformatique et génomique (BiG)SBBAU10 Initiation a la programmation 3 2h NF = ET ou O NON Tichit LaurentSBBAU21L Actualités dans le domaine de la génomique 3 0,5h NF = O NON Talla Emmanuel / Rihet Pascal


3 2h NF = ET ou O NON Coutinho Pedro

SBBAU23L Programmation avancée 3 2h NF = ET ou O NON Tichit LaurentSBBAU24L Analyse statistique des données biologiques 3 0,5h NF = O NON Pommeret Denys / Reboul LaurenceSBBAU9 TP de Biochimie structurale et de Génomique 6 0,5h NF = O NON Duneau Jean Pierre

SBBAX7L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (2x3 ou 6 ETCS)

SBBAX8L Parcours mixte (BiG-‐BiSe)SBBAU17L Structure et fonction des protéines : évolution 3 2h NF = ET ou O NON Sturgis JamesSBBAU18L Structure et fonction des protéines : méthodes 3 2h NF = ET ou O NON Garron Marie-‐Line


3 2h NF = ET ou O NON Garron Marie-‐Line

SBBAU10 Initiation a la programmation 3 0,5h NF = O NON Tichit LaurentSBBAU21L Actualités dans le domaine de la génomique 3 0,5h NF = O NON Talla Emmanuel / Rihet Pascal


3 0,5h NF = O NON Coutinho Pedro

SBBAU23L Programmation avancée 3 0,5h NF = O NON Tichit LaurentSBBAU24L Analyse statistique des données biologiques 3 2h NF = ET ou O NON Pommeret Denys / Reboul LaurenceSBBAU9 TP de Biochimie structurale et de Génomique 6 2h NF = ET ou O NON Duneau Jean Pierre

SBBAX9L Modules d�ouverture pris dans les mentions DI, MBVB, Math/Info (2x3 ou 6 ETCS)

SBBBU1 Analyse d'articles et présentations en Anglais 6 NF = O NON Talla EmmanuelSBBBX2L 24 crédits à choisir parmi l'un des deux parcoursSBBBX3L Parcours Biochimie Structurale (Bise)SBBBX4L 12 crédits à choisirSBBBU11L Stage d'initiation à la recherche 12 NF = Rapport de stage +/-‐ Appreciations Maitre de Stage NON Talla EmmanuelSBBBU12L Consolidation des acquis fondamentaux 12 O,5h NF = 0,5TP + 0,5O NON Talla Emmanuel / Van Helden JacquesSBBBU13L Structure et fonction des protéines : assemblages 3 2h NF = ET ou O NON Coutinho Pedro

SBBBU14L Structure et fonction des protéines : méthodes avancées 3 2h NF = ET ou O NON Garron Marie-‐Line

SBBBU15L Ingénierie et biologie synthétique 3 2h NF = ET ou O NON Sturgis James

SBBBX5L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiG ou dans d�autres mentions (2x3 ECTS)

SBBBX6L Parcours Bioinformatique et génomique (BiG)SBBBX7L 12 crédits à choisirSBBBU11L Stage d'initiation à la recherche 12 NF = Rapport de stage +/-‐ Appreciations Maitre de Stage NON Talla EmmanuelSBBBU12L Consolidation des acquis fondamentaux 12 0,5h NF = 0,5TP + 0,5O NON Talla Emmanuel / Van Helden JacquesSBBBU17L Projet informatique lié à la biologie 12 0,5h NF = O NON Tichit LaurentSBBBU6 Bases de données 3 2h NF = ET ou O NON Jakubiec LineSBBBU7 Programmation web 3 0,5h NF = O NON Gonzalez Aitor

SBBBU18L Modélisation des séquences et des réseaux biomoléculaires

3 2h NF = ET ou O NON Ghattas Badih

SBBBU19L Analyse multidimensionnelle des données génomiques 3 2h NF = ET ou O NON Ghattas BadihSBBBU20L Phylogénie et évolution 3 2h NF = ET ou O NON Gilles AndréSBBBU21L Plasticité des génomes 3 2h NF = ET ou O NON Gilles André

SBBBX8L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiSe ou dans d�autres mentions (2x3 ECTS)

Semestre 2

Responsables UE

Semestre 1




26/01/16 1 / 1

Semestre 3Calcul de la note finale session 1


SBBCU1 Conférences et projet bibliographique en anglais 6 0,5 h NT = ET + O NON DarbonSBBCX3L 24 crédits à choisir parmi l'un des deux parcoursSBBCX4L Parcours Biochimie Structurale (Bise-‐ Re)SBBCU2 Protéines membranaires 3 2h NT = O + ET NON SturgisSBBCU3 Enzymologie Structurale 3 2h NT = O + ET NON KreuzerSBBCU4 Méthodes d'analyse d'interactions 3 2h NT = O + ET NON SturgisSBBCU5 Modélisation et Dynamique moléculaires 3 2h NT = O + ET NON DuneauSBBCU28L Imageries du vivant 3 2h NT = TP + ET NON DarbonSBBCU29L Résolution de structure de protéines et assemblages 3 2h NF = O + ET NON Garron/GuerlesquinSBBCU30L Biologie structurale integrative 3 2h NF = O + E NON Coutinho

SBBCX5L Modules d�ouverture pris dans le parcours BiG-‐Re ou dans d'autres mentions de master (2x3 ECTS)

SBBCX6L Parcours Bioinformatique et génomique (BiG-‐Re)SBBCU13 Génomique fonctionnelle 6 2h NF = ET + O NON RihetSBBCU9 Génomique des organismes modèles 3 2h NF = O + ET NON RöderSBBCU10 Biostatistiques avancées 3 2h NF = O + CC NON Pommerey/GhattasSBBCU16 Méthodes bioinformatiques pour la cis-‐régulation 3 2h NF = O ou ET NON Van HeldenSBBCU23 Analyses statistiques de données génomiques 1 3 2h NF = CC + ET NON Puthier

SBBCU33L Polymorphisme, phylogénie, évolution et génomique environnementale

6 2h NF = TP + ET NON Coulier/Gilles

SBBCU34L Programmation Orientée Objet 6 2h NF = CC + O NON TichitSBBCU35L Graphes et réseaux d�interactions biologiques 3 2h NF = O NON RemySBBCU36L Atelier polymorphisme 3 2h NF = TP NON Rihet

SBBCU37L Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes

3 2h NF = ET NON Rihet

SBBCU38L Atelier transcriptome 3 2h NF = TP NON BordiSBBCU39L Atelier de génomique 3 2h NF = TP NON PuthierSBBCU40L Analyse bioinformatique des données à haut débit 3 2h NF = CC ou ET NON Van HeldenSBBCU41L Algorithmique pour la bioinformatique 3 2h NF = CC ou ET NON Van Helden

SBBCX7L Modules d'ouverture pouvant être choisis dans l'option BiSe ou dans d'autres mentions de master (2x3 ECTS)



SBBDU1 Stage en laboratoire 30 0,5 h NF = O + ET NON Darbon



Responsables UE



Responsables UE

UFR Sciences -‐ MCC UE 2015-‐2016 -‐ M2 Bioinfor et Génomique

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SBBCU13 Génomique fonctionnelle 6 2h NF = ET + O NON RihetSBBCU17 Droit, management, protection industrielle et qualité 3 2h NF = ET ou O NON RomagnéSBBCU18 Anglais : Préparation au TOEIC 3 2h NF = ET + O + CC NON GraingerSBBCX8L 18 crédits à choisir parmiSBBCU1 Conférences et projet bibliographique en anglais 6 2H NT = ET + O NON DarbonSBBCU9 Génomique des organismes modèles 3 2h NF = O + ET NON RöderSBBCU10 Biostatistiques avancées 3 2h NF = O + CC NON Pommerey/GhattasSBBCU16 Méthodes bioinformatiques pour la cis-‐régulation 3 2h NF = O ou ET NON Van HeldenSBBCU23 Analyses statistiques de données génomiques 1 3 2h NF = CC + ET NON Puthier

SBBCU33L Polymorphisme, phylogénie, évolution et génomique environnementale

6 2h NF = TP + ET NON Coulier/Gilles

SBBCU34L Programmation Orientée Objet 6 2h NF = CC + O NON TichitSBBCU35L Graphes et réseaux d�interactions biologiques 3 2h NF = O NON RemySBBCU36L Atelier polymorphisme 3 2h NF = TP NON Rihet

SBBCU37L Analyses bioinformatiques et statistiques des polymorphismes

3 2h NF = ET NON Rihet

SBBCU38L Atelier transcriptome 3 2h NF = TP NON BordiSBBCU39L Atelier de génomique 3 2h NF = TP NON PuthierSBBCU40L Analyse bioinformatique des données à haut débit 3 2h NF = CC ou ET NON Van HeldenSBBCU41L Algorithmique pour la bioinformatique 3 2h NF = CC ou ET NON Van Helden

SBBCX7L Modules d'ouverture pouvant être choisis dans l'option BiSe ou dans d'autres mentions de master (2x3 ECTS)



SBBDU1 Stage en laboratoire 30 0,5h NF = O + ET NON Rihet



Responsables UE



Responsables UE

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