COLLECTION,TRANSPORT,AND COLLECTION TRANSPORT AND EXAMINATION OF SPECIMENS

Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran USU Medan

Untuk keberhasilan mengisolasi patogen dari spesimen kli ik mesti di ti b i klinik, ti dipertimbangkan 4 point k i t Type of specimen Time of collection Collection techniques Time and method of its transportation to the laboratory

Spesimen untuk kultur & Pewarnaan Gram dapat diambil dari spesimen :Cerebro Spinal Fluid ( p (cairan tubuh y g steril) yang ) (cytospin) Mata Purulent discharge Sputum atau aspirasi transtracheal Semua spesimen operasi Jaringan Urethral exudates (male only, intracellular gonococcus)) Vaginal specimens Luka

Type of SpecimenBergantung kepada patogen yang akan diisolasi, spesimen yang diambil mestilah merupakan representatif dari infeksi atau penyakitnya , misalnya :Untuk mengisolasi N.gonorrhoeae, spesimen yang diambil adalah endocervical swab bukan vaginal swab Untuk mengisolasi patogen dari saluran pernapasan, spesimen yang diambil adalah dahak (sputum) bukan air ludah (saliva)

Type of SpecimenDarahVolume darah yang diperlukan untuk pemeriksaan bakteriologik adalah 10 ml (dewasa), 2-5 ml (anakanak), anak) 1-2 ml (bayi)

Usap/Swab Nasofaring & Tenggorok p g ggDilakukan 2 kali pengambilan usap nasofaring & usap tenggorok, satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan/kultur

Type of SpecimenNanah atau cairan :Mengambil dengan spuit steril, taruh dalam tabung steril. Bersegel dan antar ke Lab. Abses abses yang milier harus dibuka dengan skalpel ujung tajam steril untuk mengeluarkan nanah

Kulit (untuk pemeriksaan jamur)Dipilih dari bagian yang aktif yaitu daerah pinggir. Terlebih dahulu dibersihkan dengan alkohol 70% lalu g dikerok dgn skalpel sehingga memperoleh skuama yang cukup

Time of Collection :Urin paling baik diambil p p g pada p g hari ( pagi (urin p g pagi pertama),segera setelah pasien bangun tidur, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba Sputum terbaik adalah sputum pertama yang S t b ik d l h dibatukkan pada pagi hari, namun sputum yang diambil sewaktu juga cukup refresentatif refresentatif. Spesimen darah paling baik diambil sewaktu pasien demam tinggi (sesaat sebelum temperatur mencapai puncak),sedapat mungkin sebelum pemberian antimikroba, dianjurkan pengambilan sebanyak 3 kali dengan selang waktu 1 jam

Time of Collection :Spesimen tinja dapat diambil setiap p j p p saat,terutama pada stadium dini ketika bakteri dalam jumlah terbanyak. Usap t U tenggorok/nasofaring bi dil k k k/ f i bisa dilakukan setiap saat, terutama pada fase akut, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba Eksudat/pus dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba Cairan otak dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba

Collection techniques: qTeknik yang dipakai hendaklah dapat menjamin bahwa spesimen klinik yng diambil mengandung organisme - organisme yang diduga sebagai penyebab infeksinya 2. Hindari terkontaminasinya spesimen sewaktu pengambilan atau sewaktu dikirim (transportasi) ke Laboraturium.1. 1

Collection techniques q3. 3

Aseptic procedures adalah penting sekali proced res sewaktu pengambilan spesimen dari bagian tubuh yang steril misalnya : steril,1. Darah 2. Cairan spinal 3. Pleural effusions

4.

Hindari terkontaminasinya discharge atau ulkus dengan normal microbiota di kulit kulit.

Collection techniques q5. 5

Wadah (bejana, container) untuk pengumpulan spesimen mestilah :1. 2. 3. 4. Bersih Steril Tidak bocor ( leak-proof) Bebas dari sisa-sisa desinfektans

6.

Wadah (bejana, container) supaya tidak mudah pecah, sebaiknya dibuat dari autoclavable plastics yang tidak mudah bocor.

Collection techniquesBeri petunjuk tertulis kalau p p j pasien sendiri yang akan mengambil spesimen-nya. Misalnya jika spesimen air kemih yang akan diambil,beritahu caranya kepada pasien:clean catch,midstream specimen. 8. Jika 8 Jik yang di diambil adalah pus (nanah) d i bil d l h ( h) dari luka, mesti dijelaskan jenis luka tersebut :7.1. 1 2. 3. 4.

Luka bakar Luka digigit anjing, dicakar kucing Luka infeksi pasca bedah p Luka tergores kayu , duri, kawat

Collection techniques9. 9 Pengiriman spesimen disertai dengan surat

pengantar/formulir permintaan pemeriksaan laboraturium 10. Wadah spesimen diberi label yang memuat tanggal pengambilan spesimen, identitas pasien,jenis spesimen

Collection techniquesDARAH - Lokasi pengambilan darah adalah pada lipat siku, pilih vena yang paling jelas dan besar (vena mediana cubiti), untuk b i d ( di bi i) k bayi dapat diambil pada vena sekitar mata kaki - Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml ml, anak-anak 2-5 ml, bayi 1-2 ml a a dimasukkan e dalam botol ed a - Darah d asu a ke da a boto media : a. untuk biakan aerob & Haemophillus g digunakan media BHI broth

Collection techniquesb. Untuk biakan anaerob digunakan media Thioglicolate broth Apabila botol media tidak memungkinkan karena jarak yang jauh, maka darah dimasukkan ke dalam botol/tabung y g g yang berisi antikoagulan Sodium Polyanethol Sulfonate (SPS) dengan perbandingan 0,5 ml stok SPS dalam 5 ml d h k d l l darah

Collection techniquesSPUTUMwadah steril bermulut lebar yang tahan bocor dan bertutup ulir dengan volume minimal 25 ml - Persiapan pasien : diberi penjelasan perbedaan sputum dengan ludah, bila pasien kesulitan mengeluarkan sputum (sputum sedikit) pada malam hari sebelumnya disuruh minum teh manis atau diberi obat pengeluar dahak ( k b t l d h k (ekspektoran) kt ) - Caranya pasien diminta untuk menarik nafas dalam, 2-3 kali kemudian keluarkan nafas dengan batuk yang k t dan b l kuat d berulang k li sampai sputum k l kali i t keluar - Sputum yang berkualitas baik akan tampak kental purulen dengan volume cukup 3-5 ml- digunakan

Collection techniquesURIN Jenis spesimen urin untuk pemeriksaan mikrobiologi : g 1. Urin porsi tengah (midstream) 2. 2 Urin kateter (yang telah terpasang) 3. Urin aspirasi suprapubik

Collection techniques1. 1 Urin Porsi Tengah

persiapan pengambilan urin sterilisasi, p pria membersihkan p p preputium & wanita membersihkan labia mayora,minora serta ostium uretra eksterna keluarkan urin, aliran urin yang pertama dibuang,aliran urin selanjutnya ditampung dalam wadah,pengumpulan wadah pengumpulan urin selesai sebelum aliran urin habis

Collection techniques2. Urin Kateter lakukan desinfeksi dengan alkohol 70% pada bagian selang kateter yang terbuat dari karet aspirasi urin dengan menggunakan semprit sebanyak lebih kurang 10 ml 3. 3 Urin Suprapubik dilakukan pada kandung kemih yang penuh aspirasi urin dilakukan tepat dititik suprapubik urin diambil lebih kurang 20 ml

Collection techniquesFECES (TINJA) - Feces segar, pasien diharuskan buang air kecil terlebih dahulu agar tinja tidak tercemar g j urin pasien disuruh buang air besar langsung ke dalam pot tinja ( 5 gram) - Usap rektum, dilakukan pada pasien yang sulit buang air besar, dehidrasi, shock Digunakan lidi kapas steril yang sudah dibasahi NaCl fisiologis

Collection techniquesUsap nasofaring/Usap tenggorok p g p gg - Dilakukan 2 kali pengambilan,satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan (kultur) (k lt ) Eksudat/Pus - Luka purulen/ulkus Pembersihan luka dengan kain kasa yang telah dibasahi NaCl fisiologis dengan kapas lidi steril usapkan pada luka/ulkus tanpa menyentuh bagian tepi luka,lakukan sebanyak 2 kali masukkan ke dalam tabung media transport

Collection techniques- Abses

Dilakukan desinfeksi dengan povidone iodine 10% dan alkohol 70% tusuk jarum dan hisap dengan semprit steril cairan eksudat/pus teteskan eksudat/pus pada kapas lidi steril dan masukkan dalam media transport, transport sisanya dimasukkan dalam wadah steril Bisa juga dilakukan insisi pada abses,lalu dengan k d kapas lidi steril di il diusapkan b i k bagian dasar abses,kemudian masukkan dalam media transport p

Spesimen yang mengandung patogen berbahayaPetugas laboratorium mesti memperoleh informasi secukupnya apakah spesimen yang dikirimkan mungkin mengandung organisme yang sangat infeksius Spesimen tersebut mesti diberi label: HIGH RISK.

High risk specimens : g pDahak yang kemungkinan mengandung Mycobacterium tuberculosis Spesimen tinja y g mungkin menganp j yang g g dung V.choleare atau Salmonella typhi Cairan dari ulkus atau pustula y g mungkin p yang g mengandung Bacillus anthracis atau Treponema pallidum Spesimen dari pasien yang diduga dengan hepatitis, demam berdarah, pest.

Media Transport pSebaiknya spesimen klinik untuk p y p pemeriksaan mikrobiologik dikirimkan ke Lab. sesegera mungkin, supaya patogen yang mungkin terdapat di dalam spesimen masih viable (hidup). Kalau di ti i K l diantisipasi akan terjadi keterlambatan, i k t j di k t l b t maka gunakan medium transport:Stuart s Stuarts transport medium Amies transport medium Cary-Blair medium y

Cara penyimpanan dan PengirimanDarah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidak boleh lebih dari 24 jam, spesimen tidak boleh disimpan dalam lemari es. Spesimen harus segera dikirim ke laboraturium,apabila jarak jauh,spesimen darah dapat dimasukkan ke dalam botol/tabung yang berisi antikoagulan sodium polyanethol sulfonate

Cara penyimpanan dan PengirimanSpesimen Sputum dan urin harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam,bila tidak memungkinkan harus disimpan dalam lemari es (2-8C) Pengiriman sputum dan urin dilakukan dalam cooling box kecuali jika pengiriman dapat dilakukan kurang dari 1 jam setelah pengambilan spesmen

Cara penyimpanan dan PengirimanSpesimen tinja harus segera dikirim ke laboraturium (kurang dari 2 jam setelah pengambilan bahan) Bila lebih dari 2 jam spesimen dimasukkan ke dalam media transport Carry & Blair dan disimpan dalam suhu ruang Bila tidak ada media transport, tinja disimpan dalam suhu 2 8C d l h 2-8C

Cara penyimpanan dan PengirimanUsap tenggorok dan Usap nasofaring p gg p g Spesimen dimasukkan ke dalam media transport Bila spesimen tidak dapat diproses pada hari yang sama, bisa disimpan pada suhu 2-8C Untuk bi k bakteri ik U t k biakan b kt i mikroaerofilik di i filik disimpan dalam suasana CO2 5-10% (Sungkup lilin) Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8C) kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 24 jam

Cara penyimpanan dan PengirimanEksudat/pus Spesimen harus sudah sampai di laboraturium dalam waktu 2 jam setelah j pengambilan, jika tidak memungkinkan bisa disimpan dalam lemari es (2-8C) Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8C) kecuali jika perjalanan yang di l k k diperlukan kurang d i 2 j dari jam

Cara penyimpanan dan PengirimanCairan Otak Spesimen harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam setelah pengambilan, jika tidak memungkinkan spesimen h id k ki k i harus disimpan dalam lemari es atau media transport dalam beberapa jam saja Pengiriman spesimen harus secepat mungkin dengan menggunakan cooling box (2-8C) kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 1 jam

Specimen Quality p Q yInformasi yang diberikan oleh Lab sangat bermanfaat jika dapat digunakan untuk :Menegakkan diagnosis penyakit infeksi Pedoman dalam pemilihan antimikroba p Memonitor progress atau prognosis penyakit

Mutu spesimen y g jelek : p yang jEtiologic ( causative ) agent dari penyakit infeksinya tidak dapat diisolasi Terjadi overgrowth normal microbiota yang akan menutupi pertumbuhan mikroorganaisme p g patogen Kontaminan dapat mengganggu identifikasi patogen dan diagnosis dari penyakit pasien.

Kriteria High Quality specimens : g Q y pSpesimen klinis y g diambil mestilah p yang appropriate specimens supaya diagnosis penyakitnya akurat 2. Hindari terkontaminasinya spesimen dengan normal microbiota 3. Transportasi spesimen ke Lab mesti dengan cara yang tepat ( kalau perlu dengan dry ice secara anaerob dengan pengawet ) ice, anaerob, ).1.

Komponen Spesimen Bermutu:1. 2. 3.

Proper SELECTION of the specimen Proper COLLECTION of the specimen Proper TRANSPORT of the specimen to the lab.

KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN1. 1 Spesimen yang tidak diberi label ataupun 2. 3. 4. 5 5.

labelnya rusak/tidak jelas Spesimen y g disimpan/dikirim terlalu lama p yang p Wadah/container spesimen rusak atau tidak sesuai Spesimen diterima dalam keadaan fiksasi Sputu o op a g ya g terkontaminasi Sputum oropharing yang te o ta as

KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN6. Terdapat dua spesimen ( j , p p (tinja,dahak) y g sama ) yang dalam 24 jam kecuali sudah ada penjelasan kepada petugas laboraturium 7. Spesimen yang diki i tid k sesuai d 7 S i dikirim tidak i dengan permintaan kultur, misalnya urine yang diambil dari kateter tidak sesuai untuk kultur kuman anaerob 8. Swab kering 9. Pengumpulan urin/dahak dalam 24 jam untuk kultur jamur atau AFB j t 10.Kriteria-kriteria khusus lain yang tidak sesuai dengan laboraturium

Environmentally Fragile Organisms

Organism Shigella spp. N. gonorrhoeae N. meningitidis H. influenzae f

Most Likely Specimen Stool Genital CSF CSF, eye, ear, throat , y , ,

Comment Immediate processing recommended Sensitive to cold. Need 5 10% CO2. 5-10% Immediate processing recommended Sensitive to cold. Immediate processing recommended Sensitive to cold. Immediate processing p g recommended

QA monitor??

Media Transport y g dianjurkan: p yang jMEDIUM Stuarts medium KEGUNAAN Untuk kuman aerob & beberapa anaerob fakultatif Untuk kuman anaerob & anaerob fakultatif COMMENT Umumnya bagus untuk media transport terutama untuk swab Lebih bagus untuk anaerob fakultatif dibanding stuarts medium

Amies medium

Amies + arang

GO

Media transport yang paling bagus untuk GO Semua spesimen tinja yg memerlukan waktu pengiriman lbh dari satu jam harus menggunakan media ini terutama untuk campylobacter Media yang dianjurkan dengan menggunakan indikator oksigen Media ini tidak mengandung banyak merkuri atau formalin Ramah lingkungan Umumnya mengandung antibiotik

Carry-Blair

Untuk kuman patogen usus (salmonella,shigella,vibrio,campylo bacter)

Media transport anaerob

Banyak jenis kuman

Medium untuk telur & parasit (PVA,SAF,10% Formalin,Alcohol based-ecofix) Media transport virus

Protozoa

Banyak jenis virus

Acceptable Specimens For Anaerobic CultureSite Head and neck Acceptable Specimens Abscess aspirate obtained by needle and syringe after surface decontamination Biopsy material surgically obtained Anaerobic swab surgically obtained when aspiration is not feasible Transtracheal aspirate Material from percutaneous lung puncture Biopsy material surgically obtained Bronchoscopic specimen obtained by protected brush Thoracatomy specimen Anaerobic swab surgically obtained Aspirate obtained by needle and syringe Biopsy material surgically obtained Aspirate from sinus tract obtained by needle and p small plastic catheter Deep aspirate of open-wound obtained through decontaminated skin Deep aspirate of surface ulcer obtained through decontaminated skin Suprapubic aspirate p p p Unacceptable Specimens Throat or nasopharyngeal swabs Gingival swabs Superficial material collected with swabs

Lungs

Expectorated sputum Induced sputum Endotracheal aspirate Bronchoscopic specimens not specially collected

Soft tissue

Superficial material collected from skin surfaces or edges of wound

Urinary y tract

Voided urine Catheterized urine