amplification of `variola virus-specific' sequences in german cowpox virus isolates
TRANSCRIPT
�������� ��� ��� �������� ������� ���������� �� ���������� �� ������ ������
���������� � ������ �������������� ��������� �� ������ ���� �����������
�� ��� !�"� �� #�$�%$� ! ��� � &'�''� (
!��������� �� ��� ������� ����� %��� '���� ������ %������� #���� �������� !!� )*+", ������ (��������� �������� ��� ������� ���������� ��� �-������ .�������� /������� '������� 0����� �1��������2$��3������ /�������������!"� )*4"+ ������ ������5 "6���-������ �����7 8���7 9+:)+:"!;):"+!*� '�17 9+ )+ "!;)"(+(� �2����7 �����������<�����3���������2�����������
=��� ! >��� ��� ! �� �� ����3�� �� -� �������� ?��� � !,� (**!
�������
�� !++4 � -�������� ����� ������� @&6 A -������ ����� ������ �-���>� ��������� �� 3����� 3���� ��� �������3� ����� ��
�����-�1� ��� -� ������ � B����� ��� ������ /������ 3�������C� ������ ����� � ��D��������� ��� ���� 3������ 3��������� ������ ������ �� ��� �������� ��-����� ��E��� ���� ��
�--���� ���� &6 -������ �� .#% ��� 3����� ����-�13������������ 8��� ��� �� ��-��>������ ���� ��� ����-�13����-����� 3�������� ������-�1� �����-�1� � �����-�1 3����������3�� ��-��>������ ��� � ��3�� �� ��1 ��� �� !4 ���-�1
3��� ������ ��3���������� 8�� ��E� �� ��� ��-������ ����-��2��� �1����� ���� ��� ��E� ����� �� �� 3����� ���� ������ ������ ���������� ��F����� �������� ��������� �� +,G� '�������
�� ��������� ���� ��-��� �� ��� �3������� �� ����-�13����-����� �������� ���� 3����� 3��� ���� -� � �� ����� ��� ������2���������� ���-�1 3���2���� -��������
��������
8�� ����� ����������� ���-���� ��-����������� ���
������������� ������� ������ 3����� ��������� ��3��� -���������� ����� ��� ������ ��-������ @��-����� ��� �������!++4A� '�� ����-�13��� @?&/A �-������ ���� �� ����� ��E�������� ��� ������ ������� 8�� ���� �������� ��� � ��
3����� 3���� ��� �������3� ����� �� �����-�1� ����� �� � ������������ -������� ��� ����� ��� ������� ��������� � ���=��� ������ ?����E����� @=�?A �� !+,)� 8�� �������
������-�1 3���� �� �-���� ��� ��� %����� ��-������������ ��� �� � E������� ����� ������� � �����-�12����������� �� ���� 6��-�1 3��� �� �����2 ��� ��� ������� ��
���� ���-��� ��� � ��� ���� %���� ��������� ���� ������������� ��F��� ������E�� ���� ������� ������ ������� ����������� � ��� ������ ������ �� ����������� ����� ���� ��-�� ���� � ����� '������� 3������� 3���� �� �-����� �D���-�1
3���� �� ������� �� ����� ��� ��� ����� ������E�� ���� �������@��-����� ��� ������� !++4A�=��� �����-�1 ��������� �� !+,)�=�?���������� �����
��� ���������� �� �������� ������ � ������� ���� �� ��� ���=�? 6���� ������ 6����� �� %������ ��������� 8�� >������������� �� ����� ������ ��� -�-���� �=�?�����3�� ��
��� ���� !+)*� ������� ��� ����� ���� ����������� ������ �������-�1 ����� -���������� � ���� �� ��������� %��������� � ������ �H����� B����C�� %�� ���3� ��� ������ �������
��� ��3���-�� ���-��� ����� ��� 3��� �� � ����� �D����3� ������� -������ @%�� ���3� !+++A� �� !+++� ��� =���
������ %���� �� -���-���� ��� ���������� �� -���� �����
�������������� �--�3�� ������ �� ����3��� ����� ��-�3��3������� ��� ���� ������ ��F������� �� ��� �� ���������� ���������� �1-��� ���� ���� ��� ������ �� �����-�1 �--����� ��������� �� ��� �����F������ �� � ��--������ ����� �
��������� ���������� 8������� ���� ����� ���������� ������� ������ �� ������ �������� 3����� 3��� ��� �� ��D�������� ����� ���� �-����� �� ��� ������ �� -������� ������-�1 3����
����� ��� ����� � �����-�12���� �������� 8� ���� ���� ����--�������� �� �������� ������F��� �D��� ���� ��3����������� ���-��� �� ��� �� ��2 ��� ����2��������� -������-��
��������E����� �� -��� ��-������ �� ��� ����������������� ��� �� �� ������� ������� ���� @��-����� ��� B������!+)4A� 8��� �� ���� � ���� ����2�����3��� �� ���������� ������������� � ���� ��D���������� �� ?&/ �-������ 8����� -�����2
��� ����� ������� @&6 A ���������� �� ������ �� ��� �������� ������ ��� ��3��� &6 ������ ��3� ��� ��3���-�� �������������� ����� � -��� �� ����� ���� �1�� �� ��������� �� ����
��F������ ������� ��������� -���� ��� ��������� ����3��� ����-������ �� �� -���� �� �� ��D�������� �-������ %����� ��3� �������� �� �������� ��� %2��-� ��������� @%8�A -����� ����
@��� �� ���� !++,A� ��� �������������� @�%A ���� @ �-- �� ����!++45 ��� �� ���� !++)A ��� ��� �������� ��-���� ����>� �@���A ���� @0�-��3 �� ���� (**!A� �� !++4� � 3����� 3���2
�-���>� &6 -������ ��� ���� ������ � B����� ��� ��2����� ����� ������ ��F������ ������� �� ��� ���� �������@B����� �� ���� !++4A� %�-��>������ ������� �� � ������ -������� 3����� 3��� ������ ������ ���� ?&/ �-����� ������ ��
��-����� .�� �� ��� ��E� �� ��� �������� .#% ��������������� 3����� ���� ������� ����� �� ���������� ���� � �������2�������� ���� ����� � ��D��������� ��� ��� ��� 3������
3����� ��C� ������ @��-����� ��E�� �� )") - ��� (!( -���-����3���A� '�3� ���� ����� � ���-����� �� ��� ���������F����� �� 3����� ���� ����� �����2!+;; ���� �������
�3���� �� ?&/ ��F����� ���� ���>��� ���� ����� ��F��������� ������ ���F�� �� 3����� 3����� @����������3 �� ����(***A��� ���� ����� ������ �� ����� �� ����� ��� � ������ �
�--����� ��� 3����� 3���2�-���>� &6 -������ ����� ��� �3� �� .#% ��� 3����� ?&/ ���������
�������� ��� �����
8����2>3� ������ �������� �� ��� ?&/ �-����� ���-�1 3���@6&I/A� ������-�1 3��� @&I/A� 3������� 3��� @/%6/A�
$� �� 6�-����� 6������� 6���� 6��� ���������7 *+"!:!,+"J(**(J9+*!:**!, K!4�**J* ���� �����������J������
L� /��� ��� � !" !,:!+ @(**(A
� (**( ��������� =������������2/����� �����
���# *+"!:!,+"
'��� !� ������ �� � 3����� 3���2�-���>� &6 ����� �--���� �� 3�2���� ����-�13��� ��������� @�A0��� !� !2� - ����� ��E� ����@�� ��2� 0� ����������� ��2����A5 ���� (:;� ���-�1 3���?&/ )+J!� ?&/ +*J!� ?&/ +!J!��������� ?&/ )+J"5 ����� , ��� )�3������� 3��� ������ ��� /%�@ A 0���� ! ��� (� �����-�1 3���&2! ��� &2(5 ����� " ��� 9������-�1 3��� 6&2! ��� 6&2!95����� 4 ��� ;� ������-�1 3���6�-������� ��� M���5 ���� ,�������3� ������ @�� .#% ���2-���� �� ��� ������� ��1A5 ���� )�!2� -2����� ��E� ���� @�� ��2� 0� ����������� ������A�
8� �� !� ?���-�1 3����� ���� �� ���� ����� ��� ������ �� ��-��>������ �� � 3����� 3���2�-���>� -�������� ����� ������� �����
?���-�13��� �-�������� ����������� �������� ��� ��� ?���� ������N ������ %�-��>������N
6&I/ ������� ��� !+"+ $����� B������ ((( � - ������3�6&I/ �&2( ���-���� !+," %�� ���� �� (() � - )9* -6&I/ ?&/ )+J! ��� !+)+ �������� �� ((+ � - )9* -6&I/ ?&/ )+J" ��� !+)+ 6���� �� ((" � - ������3�6&I/ ?&/ )+J9 ��� !+)+ #�������� �� (!) � - ������3�6&I/ ?&/ )+J4 ��� !+)+ $��� �� (() � - )9* -6&I/ �&24 ���-���� !+)+ ����� �� ((* � - ������3�6&I/ ?&/ +*J! ��� !++* .����������� �� ((+ � - )9* -6&I/ ?&/ +!J! ��� !++! 0���� ��� �� ((+ � - )9* -6&I/ ?&/ +!J" ��� !++! ������ �� (() - )9* -6&I/ ?&/ +)J! ��� !++) 0�������� �� #. ������3�6&I/ ?&/ +)J( ��� !++) ��������� �� #. ������3�6&I/ ?&/ +)J" ��� !++) ������������ �� #. ������3�6&I/ ?&/ +)J9 ��� !++) ��� �������� �� #. ������3�6&I/ ?&/ +)J4 ���� !++) �� ����� �� #. ������3�/%6/ ������ ������� $������ (** � - ������3�/%6/ /% ������� $������ !,) � - ������3�/%6/ = ������� $������ (** � - ������3�/%6/ � ��-�1 � �� !+9! $����� #. ������3�/%6/ �&2! �D��� !+,! ����� #. ������3�&I/ 6�-������� ������ !+4) 6�-�������� .B #. ������3�&I/ M��� ��� !++, . 6 #. ������3�&I/ �' O( ��� (**! . 6 #. ������3�&I/ �' O; ��� (**! . 6 #. ������3�&I/ %&24 ������ !+4+ $�% #. ������3��68/ &2! ����� !+)" ������ �� #. ������3��68/ &2( ����� ������ �� #. ������3��68/ &2" ����� .�� �������� �� #. ������3��68/ �����1 ��1 !++( 6E��� �-� ��� #. ������3��68/ ""((! ����� !++4 $�% #. ������3�60/ 6&2! ����� !+,( ��� (*( � - ������3�60/ �������� ����� �������� #. ������3�60/ (+)J( ����� .� ��� $%� #. ������3�60/ 6&2!9 ����� !++" .� ��� $%� #. ������3�60/ 6&2!4 ����� !++" .� ��� $%� #. ������3�
6&I/� ���-�1 3���5 /%6/� 3������� 3���5 &I/� ������-�1 3���5 �68/� ��������� 3���5 60/� �����-�1 3����N��������� ������� �5 �� ��� ���������5 ��� ������� .B� .�����5 . 6� .�������� �-� ��� �� 6����5 $%�� $����� %� ��������
!) �� ��� �� ���
�����-�1 3��� @60/A � ��������� 3��� @�68/A �����3��������� @#�� ��� �� ���� !++)5 ��� �� ���� !+++5 &��D��� ���� !++;� !+++A� 8� �� ! ������E�� ���� ������������
����� ��� ��� �� ���������� /��� .#% ��� -�-��� ���-��>�� 3����� �� -�3������ ����� �� @��� �� ���� !++)A�&6 ��� -������ �������� �� B����� �� ��� @!++4A ����
���� ���� ����>�������� ���P�� &6 -������ ��� ��-��2>�� �� � ����� ������� 3����� �� 4* �� ���������� ! �� ��.#%� (** � �� ���� �#8&� !�* � �� ��� -����
/% 2 @4�2��%868%%88�8�%6�8�%�2"�A ��� /% 20 @4�26�886�888%68866�862"�A� (�4 $ �� -��������@ ����� �������� ������A ��� !� ������� �D�@!4* � B6�� !* � 8��:�6�� -� )�"� ��� (�(4 �
�6�(A� ������� ��1�� ��� �� C����� �� "* ������ ����-��>������� ���� ����� �������� �� +9�6 �� ! ���� 4"�6�� ! ���� ��� ,(�6 �� ! ��� @��� ��������� ���-����� ������ ��� ������� -������ ��� 44�6A� %�-��>�� �������� ���3������E�� � ��� ������-������ @'��� !A� 8�� ������������F����� �� �������� ��-������ ��� ��������� ��� ���-���
����� �������� �3���� �� ��F����� ���� �� ��������
#����� ��� $��������
=� �-�� �� ���� � ������ ���� � &6 -������ ����������������� �� ��� �-���>� ��������� ��� ��D���������� �� 3�����3��� ���������� @B����� �� ���� !++4A� %������� �� ��� ���������-��>������ ������� �� � ������ &6 -����� �� ��������� ��
� ����� �� !( 3����� 3��� ������� '�������� ��� ��-����� ��E���� ��D���� ����� ������� 3����� ���� 3��� ��������@)") -A ��� 3����� ��C� �������� @(!( -A� �� ��� ��
�������� ��� �-���>���� �� ��� ����� �� ���� ��� �� �� ��������?&/ ���� ������ �� /%6/������ ����� ���� ���������� ��� ?&/ �-����� &I/� �68/� � 6&I/ ��� ���������
����3�� �� ��-��>������ -����� ��� ����� �� �� ��3������2���� �� �������� ��� ��� � �� ������ ������ ��� ���>������� �� ��-��>������ ��� ���� ���� >3� ������ �������� �� ���
�-����� /%6/� �68/� 60/� � &I/� ����3�� �� ��1 ����� !4 6&I/ ������ ��� Q3����� 3���2�-���>�R &6 ������� ���� ��-����� � ��� )9* - �� ��E�� �������� �� ��� ��-������ ������������ � ��F������� ��� ���-����� ���� �3���� ��
��F����� ���� @���� ��� �����A� %�� ��1 ��-������ ��� ����������� ��F����� �������� �� +,G �� �� )**2 - ������� �������-��� �� ��� ����-������ ��F����� �� 3����� ���� 3���
����� �����2!+;;� 8��� ��� �� �������� �� ��� ���� ?&/��F����� ���� ��-������ �� ������� ��� �� �������� ��� �� �� ��� �������� �� ��� ������� @����������3 �� ���� (***A� ��
������ � ������� ���� ����� ��1 ������ �� ������ ���-�13����� ���� �� ����� -������-�� @���������� -�����-������ �� � !;*2�.� %8� -�����A � ������-�� �����@������ ��E�� -������� ��-�A� =��� ���-��� �� ���� 6&I/
����� ������ ��3� � �����>������ ���� 3��� ������ �� ������@� ��� ((, � - �� ���-��� �� ((* � - �� ��� ������� ������������A ��� ��� ���� � ���F�� 92� -������ �������� �����
������ �� �� ���E� ���� ���� 6&I/ �������� @��� �� ����!+++A� '�������� ��� ������ ��� ��� �������� �� ����������������6��������� ���� !4������6&I/��� ��������� ����
!" ��-���� ���-� ���� �� ��������� ��E��� ������� ������-�����-���� @#����� �� ���� !++(A� ��� ������ ������� ������� ?&/ �-����� 6&I/ �������� �� � ���� 3����� �� ������
����� ����-�������� ��� �3��3�� ���� ���� ����� ����� �������-������� ��>��� ���3���� ?� >����� ���� ������6&I/ �������� ������� ��F������ ��������� �� � 3�����
3���2�-���>� ����� -���� �� � ������ ������� �� ��� 3����-������ '���� �3������ �� ���� �� ��� ���� ���� 6&I/ ��3� �������� ��E� �� � ��� ((* � -� �����>������ ���� ���� �����2
-�1 @!); � -A� 3������� @� ��� (** � -A� �����-�1 @(*( � -A �������-�1 3��� @!+( � -5 ����������3� -������ �������2������A @��-����� ���B������ !+)4A� �� �� ������� ���� �����-�1
������ � ��� 4*** ���� ���� -���� �� � �����23����������������� �� � ���-�12���� 3��� �� � ���� ��������� �����-�-�������� ����3�� �������� ���-����3� ������� �� ���
������� �������� �� ��D���� ?&/� �� ������ �� � ���������������� �� ��� -����������� �������� �� ��� ���������-�13����
��%�����&�����
8�� ������ ����� � =���� ��� �� M����� �� �1������� ������������ �� ����� ��--���
#���������
%�� ���3� B�� !+++7 �����E��� ����� ����� ��� #�� ���5 !:"!+�
��-������ L� L�� ��� L� 6� B������ !+)47 ?���-�13��� .#%7
6��-����� �� ��������� -�>��� ��� ��-�� /������ ' (" ("*:(4!�
��-������ L� L�� ��� � '�������� !++47 &�13��� ���������� �� �������
��7 @����� ��6���������� ����������� &� �� '�8���3���� L�
������%� &������ ��� ��� ������� ���A� ;�� ���� --� !!"!:!!")�
%������ ������� �� ��� ������� =���������� .� 6�
B������ L� 6�� � '� ������� ��� L� L� ��-������ !++47 &��������
����� ������� ������>������ ��� ��D���������� �� 3����� 3���
��C� ��� ���� ������� ��7 @.�������� �� ����� /����� �
&�������� 6���� ������� 8���������� ������ ��� ��� �� .����
���A� (�� ���� --� (+,:"*(� �-����2/����� ������
0�-��3� /� #�� � '� ������� L� L� ��-������ ��� �� ���� (**!7
.�������� ��� ��D���������� �� ��� ���� ����-�13�����7 �����2
���� ������� ������ -�����-���� �� ��� ��� ���� ������ L� 6����
��� ���� (!" +9:!**�
���� ��� �� 0� �--� ��� L� L� ��-������ !++,7 ���� �� %2��-�
��������� ��� -����� �� ������ �� � -�������� ����� ������� �����
�� ��D�������� ����-�13������ L� /���� ������ ) " (!,:((!�
���� ��� �� 0� �--� ��� L� L� ��-������ !++)7 &�13������ ��7
���-������� L� �� ��� %� =����� @���A� ������ �� �������
�������� /��� !(7 .��������� /������ &�������� --� !++:(!!�
������ &��� ����� 8������ #L�
���� ��� 6� ������ �� ������ ��� � &��D�� !+++7 6�������2
E����� �� ����-�13����� �������� ��� ��� ��� ������� ��
������� %��� /���� ' " 9+!:4*!�
#������ L�� .� ��1 �� � �������� � � �������� ��� 6� L� ��������
!++(7 6�������E����� �� ����-�13����� �������� ��� ������
���������� �� ������� %��� /���� '*+" (;!:(,(�
#�� ���� ��� $� ������� �� �--� L� L� ��-������ �� =���� ��� ��
���� !++)7 �-���>� ��������� �� ������-�1 3��� � -��������
����� �������� L� /���� ������ , " (*!:(*,�
&��D�� �� �� ���� $� =����� ��� ?�2 � B������ !++;7
6��-����� �� �����-�1 3����� �������� �� .� ��� /��� ��� ����
!" !"4:!9;�
&��D�� �� �� ����� ��� �� ���� !+++7 B��-�����3��� ��
.����������7 ���� %������ 3�� 4 '�� ���� ��� ��� L�� !++)� ������
�� ����� 8���� E������ =����������� ''*" ""9:"")�
�--� �� 0�� S� L��� L� 6� B������ � '� ������� ��� L� L� ��-������
!++47 &�������� ����� ������� ������� �� ������>������ ���
��D���������� �� �����-�1 ��� ���� ����-�13������ L� 6����
��� ���� (*" (*;+:(*,;�
����������3� �� #�� %� /� 8�������� /� #� 0�-��3� &� '� ������3�
/� /� �����3� /� �� 6��E����3� L� 6� B������ L� � &������ � '�
������� ��� L� L� ��-������ (***7 %������ �����-�1 3����� ����
3��� ������ .#% ��F������� /������ *))" ";!:");�
/����� /���2�-���>� ��F������ �� 6��-�1 /��� �������� !+