prospective prospective rng - rio – anr – ibisa - cper … derrière de nouveaux sigles, une...
Post on 05-Apr-2015
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ProspectiveProspective
RNG - RIO – ANR – IBiSA - CPER …
Derrière de nouveaux sigles,
une même philosophie
ProspectiveProspective
1 - Un nouveau cadre national1 - Un nouveau cadre national
2 – Nouvelles plates-formes 2 – Nouvelles plates-formes
3 – Mutualisation 3 – Mutualisation
ProspectiveProspective
1 - Un nouveau cadre national :1 - Un nouveau cadre national : … un … un périmètre élargipérimètre élargi
Précédemment:
génomique : CNRG, réseau des génopoles sciences du vivant : coordination des établissements de recherche (« RIO »)
Désormais toutes infrastructures en sciences du vivant - Appel à projet ANR (2007) - GIS IBiSA, qui réunit le Ministère de la Recherche et tous les établissements de recherche et les universités.
« Infrastructures pour la Biologie, la Santé, l’Agronomie »
ProspectiveProspective
1 - Un nouveau cadre national :1 - Un nouveau cadre national : … un … un périmètre élargipérimètre élargi
Les 7 plates-formes RIO 2006 de Toulouse(présentées aujourd’hui)
5 plates-formes GénopolePlate forme TRI
CNRGV
projet RioQualiToul
ProspectiveProspective
1 - Un nouveau cadre national : 1 - Un nouveau cadre national : … mais des principes inchangés … mais des principes inchangés Charte des plates-formes (« RIO »)
Ouverture
Comité de plate-formeGestion financière autonomeContrôle de la qualitéÉvolution technologiqueFormation
Plates-formes vs Plateaux techniquesPlates-formes vs Plateaux techniques
ProspectiveProspective
2 – Nouvelles plates-formes:2 – Nouvelles plates-formes:demandes de labellisation IBiSAdemandes de labellisation IBiSA
2 PF « génopole » :2 PF « génopole » :
Génétique et SociétéGénétique et SociétéCLES : Criblage de Ligands guidé par les StructuresCLES : Criblage de Ligands guidé par les Structures
2 PF « cousines »2 PF « cousines »
Métabolomique et FluxomiqueMétabolomique et FluxomiqueICEO : ICEO : Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit
d’Enzymes Optimisées
Plateforme sociétale
Génétique et société
1- Une réponse aux questions de valorisation sociétale de la génomique
• Un monde de questions éthiques et sociétales
• Une volonté de réflexion et d’action multidisciplinaire depuis la
création de la génopole
• Une expérience dans des domaines et formes d’actions variés
• Une expertise reconnue sur certains thèmes
• Des sollicitations
• Des partenariats
• Aider les chercheurs à cerner les enjeux sociétaux de leur activité
• Répondre aux demandes d’interactions des publics
• Répondre aux demandes de partenaires institutionnels ou privés
– d’aide dans la mise en oeuvre de la réflexion, de la formation et
des procédures en bioéthique
– d’analyses d’impact sociétal de la génomique
• Etre un partenaire privilégié des axes “Génétique et société”
européens et internationaux sur thèmes spécifiques
2 - Les objectifs
3 - Les services proposés
• Assistance pour la prise de conscience et la mise en pratique des
exigences de la bioéthique.
• Veille et expertise : mise à disposition d'une actualisation
documentaire, juridique et institutionnelle en bioéthique.
• Gestion et suivi des aspects éthiques de projets scientifiques (demandes d'autorisations, aide à la préparation du consentement…) (Riset, CEPH, CNG)
• Animation et formation dans le domaine bioéthique.
• Mise en relation des citoyens avec la communauté scientifique
• Module écoles doctorales de biologie (5j/an) :
• Forum sur les chercheurs en face des publics profanes (2005)
• Atelier de chercheurs annuel en 3 volets avec 2 -3 intervenants invités par séance, production et diffusion d’un document écrit
Exemple d’animation: Conférence
La connaissance de génome : un instrument au service de l'humanité ?
Prof. Bartha KnoppersUniversité de Montréal, Titulaire d’une chaire d’excellence P de Fermat du Conseil Régional
3 décembre, 18h. Grand Amphi Fac Médecine, 37 allées J Guesde
3 - Les services - exemples
4 - Les acteurs
Des chercheurs reconnus
Une approche pluridisciplinaire faisant intervenir philosophes, sociologues, juristes, pharmaciens, médecins, généticiens, statisticiens, biologistes, économistes.
Un réseau de correspondants
Anne Cambon-Thomsen
Jean-Claude Flamant
Joël Gellin
Jacques Lefrançois
Pierre Boistard
Pascal Ducournau
Emmanuelle Rial-Sebbag
CLÉS : Criblage de Ligands guidÉ par les Structures
CLÉS : Criblage de Ligands guidÉ par les Structures
Nouvelle cible protéique
Production
Structure 3D de la cible
Criblages
Structures 3D de complexes
Ligands de haute affinité
Identification d’inhibiteurs
Caractérisationde l’inhibition
Conceptiond’inhibiteurs
MéthodeDébit (mol/j)
Criblage virtuel 104
RMN/ligand 102
RMN/protéine 102
Cristallographie des RX
100-101
CLÉS : technologies et techniques utilisées
Etude structurale par modélisation moléculaire, bio-RMN et bio-cristallographie
Criblage virtuel pour identifier des ligands à partir des structures 3D
Criblage par RMN et par cristallographie en vue d’identifier/d’améliorer des ligands
Analyse du mode d’inhibition
CLÉS : forces et moyens mis en présence
Modélisation moléculaire et criblage virtuel M. Erard, J. Czaplicki
F. Daumas
RMN biologique, structures 3D et criblage A. Milon
Clusters linux (40 et 50 CPUs)Stations graphiques, réseau haut/très haut débit, suites logicielles
Bio-cristallographie, structures 3D et criblage L. Mourey
Robot d’injection pour couplage
Spectromètres RMN600 et 700 MHz
Robots de cristallisationet de visualisation Diffractomètre RX
METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE
METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE :
ACTIVITES DE LA PLATE-FORME
Echantillonsbiofluides
tissusextraits
LipidomiqueMétabolites intracellualires
Métabolomique cibléeMétabolomique ciblée
Métabolomique globaleMétabolomique globale
EmpreintesmétaboliquesEmpreintes
métaboliquesFluxomiqueFluxomique
Phénotypage à haut débitRecherche de biomarqueurs
Identification/quantification de l’ensemble des métabolites
Mesure des flux métaboliques par marquage 13C
RMN 500
ESI-Q-TRAP
HPLC
HPAEC
RMN 600
GC
GC-MS
13C-Métabolomique13C-MétabolomiqueIdentification de voies/réseaux métaboliques par marquage
isotopique
Plateau de LipidomiqueIFR30 Purpan
Contact: Justine BERTRAND-MICHEL
Plate-forme de Métabolomique et FluxomiqueUMR5504 UMR792 CNRS, INRA, INSA
Campus INSA de Rangueil Contact: Jean-Charles PORTAIS
Plateau de RMN BiomédicaleUPS CNRS, Rangueil
Contact: Myriam MALET-MARTINO
Plateau de MétabonomiqueINRA ENVT, St Martin
Contact: Cécile CANLET
+ 3 plateaux techniquesde spécialité
Responsable scientifique: JC PortaisResponsable technique: S Massou
Métabolites II végétauxG. Bécard, IFR40
(site en cours de mise en place)
http://metasys.insa-toulouse.fr/plateforme_metabolome
METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE :
ORGANISATION DE LA PLATE-FORME
METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE :
POSITIONNEMENT DE LA PLATE-FORME DE TOULOUSE
Orientations scientifiques : 1. Analyse fonctionnelle des réseaux métaboliques2. Chimiométrie pour le phénotypage haut-débit et la recherche de biomarqueurs
1. Santé Cancer Maladies cardio-vasculaires Diabète/obésité Toxicologie Microorganismes pathogènes
2. AgroBioSciences, Microbiologie Biologie intégrative des microorganismes Interactions hôtes-microorganismes (plantes, animal, homme) Biotechnologies microbiennes et végétales
Principaux domaines d’intervention
Un outil de biologie intégrative dédié à l’analyse du métabolisme à l’échelle du système biologique
Un outil de biologie intégrative dédié à l’analyse du métabolisme à l’échelle du système biologique
ProtéomiqueBiopucesExploration fonctionnelleBioinformatique
Réseau RMNMidi-Pyrénées
PFT AnalytiqueSt Martin
Analyses structurales
CancerBio-Santé
AgroBioSciences,
Microbiologie
DomainesD’application
MétabolomiqueFluxomiqueMétabolites
II végétauxIFR40
Protéomique
Réseau RMNMidi-Pyrénées
MétabolomiqueFluxomique
Politique de site Equipements
RMN & MS
METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE :
PLACE DANS LE CONTEXTE LOCAL
ICEO
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit d’Enzymes Optimisées
ICEO
INSA, Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
UMR INRA 792, UMR CNRS 5504
Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon
Evolution moléculaire dirigée
librairies de variants codant pour une protéine d’intérêt
miniaturisation et automatisation des étapes de
criblage pour isoler les enzymes améliorées
Objectifs :
- appliqués amélioration des performances d’enzymes d’intérêt industriel
- fondamentaux meilleure compréhension des relations structure / fonction
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit d’Enzymes Optimisées
ICEO
INSA, Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
UMR INRA 792, UMR CNRS 5504
Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit d’Enzymes Optimisées
Activités : - création de banques de variants de protéines par ingénierie aléatoire- sélection et/ou criblage à haut débit pour identifier les variants recherchés (ingénierie combinatoire, banques génomiques, banques métagénomiques,…)
Equipements: - automate de repiquage sélectif de colonies - automate de transferts de liquides en conditions stériles - module d’agitation de micro-plaques - station intégrée de transferts de liquides et de micro-plaques - HPLC haut-débit
Cadence de criblage: jusqu’à 10 000 clones par semaine
ICEO
INSA, Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
UMR INRA 792, UMR CNRS 5504
Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon
Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit d’Enzymes Optimisées
Contacts:Sophie Bozonnet sophie.bozonnet@insa-toulouse.fr
05.61.55.94.88
Mode de fonctionnement 1) Partenariat : la mise au point des protocoles et leur mise en oeuvre sont
effectuées conjointement avec le partenaire, dans le cadre d’une collaboration scientifique
2) Prestation de service : le personnel de la plate-forme prend en charge entièrement la mise au point et la mise en œuvre des protocoles
ProspectiveProspective
3 – Mutualisation : un principe à pérenniser
Des moyens garantis (CPER, Cancéropôle…)
Une animation à développer > Veille scientifique et technologique > Animation méthodologique
GIS GenoToul : GIS GenoToul : une structure à soutenir !une structure à soutenir !
LA CONNAISSANCE DU GÉNOME : Un instrument au service de l'humanité?
Lundi 3 décembre 2007 à 18 hGrand Amphithéâtre Faculté de médecine
37 Allées Jules Guesde Toulouse
Professeur Bartha Maria Knoppers Centre de recherche en droit public,
Université de Montréal, CanadaTitulaire d’une chaire d’excellence Pierre de Fermat
du Conseil Régional de Midi-Pyrénées
Renseignements: Antonia Segura : tél 05 61 14 56 19 courriel: segura@cict.fr
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