icb –usp disciplina: bioinformática aplicada ao estudo de doenças parasitárias jaques franco

ICB –USPDisciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças

ParasitáriasJaques Franco

Plataforma SOLiD

Carvalho et al ,2010

Andreonte ,2011.

Base -code Color-code

ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG

T012301123321023021123021001232332

ABI-SOLiDIllumina-SolexaRoche-454

c c

SOLiD 4 SOLiD 5500

Reação é catalisada por uma DNA ligase

Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera

Ciclo de hibridização a cada

35pb

Código 0 1 2 3Fluorocrom

osFAM Cy3 TXR Cy5

AA AC AG ATCC CA GA TAGG GT CT CGTT TG TC GC

Saída do SequenciadorOs arquivos que representam as sequências obtidas estão no formato “csfasta”.

Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato “qual”.

Pipeline De novoÉ um conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos “reads” e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.

Limitações

1.Leituras curtas de 35 pares de bases2. Regiões repetitivas3. Construção de bibliotecas 4. Custo das máquinas5. Erros de montagem6. Processamento, análise e interpretação de dados 8. DNA barcode