PROYECTO DE BIOINFORMÁTICA Y GENÉTICA COMPUTACIONAL

PARTE I: Obtención de secuencias de ácidos nucleicos

1. Obtención del código FASTA de genes desde base de datos para Escherichia Coli

Entrar al sitio de Ecocyc, una base de datos de Escherichia Coli

http://ecocyc.org/

Colocar el nombre del gen asigando y dar click en gene search

Se despliega una ventana con información relevante sobre el nombre la proteína para la cual codifica el gen, la función de la proteína, la reacción en la cual está inmiscuida la proteína, etc. Dar click en Nucleotide Sequence, que se encuentra en la columna derecha dentro del menú de operations.

Se obtiene la secuencia del gen en código FASTA (código de una letra)

PARTE II: Obtención de propiedades fisicoquímicas de secuencias de ácidos nucleicos

2.1 Obtención de curvas de desnaturalización

Entrar a la página de Wittwer Lab for DNA Analysis, de la Univesidad de Utah para utilizar la herramienta uMELT.

https://www.dna.utah.edu/umelt/um.php

Introducir la secuencia de los genes asignados en código FASTA, indicar 20 a 150°C como rango de temperatura a predecir y dar click en Run uMelt.

Se puede obtener desde la derivada el valor de la Tm así como el perfil de desnaturalización en función de la secuencia (dynamic profile) en la temperatura de desnaturalización, esto se logra moviendo la barra de temperatura en la parte inferior de la gráfica.

2.2.- Predicción de propiedades fisicoquímicas

Entrar al programa de Oligonucleotide Properties Calculator de la Universidad de Northwestern. A partir del código FASTA del gen este programa calcula la longitud, peso molecular, contenido CG (%), la temperatura de fusión, la secuencia de la hebra complementaria, datos para calcular el coeficiente de extinción molar, etc.

http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html

Introducir la secuencia del gen y dar click en calculate

TAREA:

Dados los genes indicados en la tabla, obtener la siguiente información.

Nombre del gen aroK fruK acs (para síntesis de lípidos)

Nombre de la proteína

Función de la proteína

Longitud en pares de bases (pb)

Peso molecular del gen

%GC

%AT

TM (°C) Basic

Coeficiente de extinción molar

NOTA: el coeficiente de extinción molar no se puede calcular directamente con los programas enlistados pero se puede inferir con los datos arrojados en OligoCalc, considerar un paso de la luz de 1cm.

1.- Para cada gen mostrar la impresión de pantalla en miniatura desde página de Wittwer Lab de la curva de desnaturalización de la secuencia en función de la helicidad.

2.- Compare y discuta como cambia y por qué cambia la TM en función del %GC, ¿de qué otra cosa depende la TM?

3.- ¿La desnaturalización del DNA estaría asociada a un efecto hipercrómico o hipocrómico?