Анализ влияния xci на экспрессию аутосомных...
TRANSCRIPT
![Page 1: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/1.jpg)
Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных
генов
Килина Дарья
Руководители:Юрий БарбитовРостислав Скитченко(Институт биоинформатики)
![Page 2: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/2.jpg)
*Taru Tukiainen at all. Landscape of X chromosome inactivation across human tissues, Nature, 2017. doi:10.1038/nature24265
Степень инактивации одной Х хромосомы является неполной – хромосомные гены транскрибируются с различной степенью экспрессии как из “активной”,
так из “неактивной” хромосом*
Х хромосома №1
Х хромосома №2
ГЕН
![Page 3: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/3.jpg)
Цель проекта
Оценить влияние дифференциальной экспрессии генов с X-хромосомы на
профиль экспрессии аутосомных генов
![Page 4: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/4.jpg)
Задачи
1. Найти подходящие для нашей цели публичные наборы данных scRNA-Seq человека
2. Kлассифицировать клетки по активной копии X-хромосомы4. Проанализировать дифференциальную экспрессию аутосомных
генов в клетках с разной активной копией X-хромосомы
![Page 5: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/5.jpg)
• 2 гена полностью инактивируются в одной хромосоме, а экспрессируются в другой – XSR2 и XIST
![Page 6: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/6.jpg)
*Segerstolpe, Å, and all. (2016). doi:10.1016/j.cmet.2016.08.020
Выбран публичный набор данных: E-MTAB-5061 - Single-cell RNA-seq analysis of human pancreas from
healthy individuals and type 2 diabetes patients*
Выравнивание на геном Bowtie2
Подсчет экспрессии RSEM
Variant callingSamtools/bcftools
![Page 7: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/8.jpg)
Паттерн экспресии генов из разных копий хромосом
![Page 9: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/9.jpg)
Анализ главных компонент
![Page 10: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/10.jpg)
Какие гены дифференциально экспрессировались?
![Page 11: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/11.jpg)
Вывод:
⚫ Найдены гены, экспрессия которых зависит от типа Х-хромосомы, но их количество и степень их экспрессии не позволяют утверждать, что дифференциальная экспрессия генов с X-
хромосомы влиет на профиль экспрессии аутосомных генов
![Page 12: Анализ влияния XCI на экспрессию аутосомных геновbioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/kilina_15122018.pdf · Анализ влияния](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051322/603af463c784c109f643694f/html5/thumbnails/12.jpg)
⚫ Спасибо за внимание!