פרויקט בנושא:
DESCRIPTION
פרויקט בנושא:. בדיקת ההשפעה של SNP על חלבונים ועל ncRNA. מנחה: פרופ' ר.אונגר. מגיש: דודי מירון. SNP = S ingle N ucleotide P olymorphism. SNP = מוטציה נקודתית ברצף הדנ"א. לרוב SNP ספציפי יימצא אצל פחות מ 1% מכלל האוכלוסיה!. מה ידוע עד כה על SNP ?. מיקום ה SNP ברצף הדנ"א - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
פרויקט בנושא:בדיקת ההשפעה של
SNP על חלבונים ועל
ncRNA
מנחה: פרופ' ר.מגיש: דודי מירוןאונגר
SNP = Single Nucleotide Polymorphism
SNPמוטציה נקודתית ברצף הדנ"א =
ספציפי יימצא אצל פחות מ SNPלרוב מכלל האוכלוסיה!1%
?SNPמה ידוע עד כה על
ברצף הדנ"אSNPמיקום ה 1.
SNPבאיזה חלבון יימצא ה 2.
מוטציה שקטה / לא שקטה3.
שליליSNPאלגוריתם לחיזוי . 4
ע"י ג'ון מולט ופנג יו2005פותח ב
אמור לבדוק האם לSNP תהיה השפעה ( על החלבון- או לא?deleteriousשלילית )
עקרונות:2האלגוריתם מתבסס על
המבנה המרחבי של החלבון
השמירות האבולוציונית ברצף החלבון
אבל...
האםSNP שסווג כ"שלילי" משפיע לרעה על הפנוטיפ של החלבון?
האם קיים מכנה משותף לכל החלבונים בהם "שליליים"?SNPנמצאו
מטרות הפרויקט:
מציאת מאפיינים משותפים
ההשפעה שלSNP על תפקוד החלבונים
האםSNP שסווגו כ"שליליים" הם אכן שליליים?
למה זה חשוב?
.חיזוי מוקדם של מחלות על סמך הרצף הגנטי
הבנה מהםSNP.וכיצד הם פועלים
המאפיינים שנבדקו:
גודל החלבונים
פונקציונליות
המיקום בתא
מעורבות במחלות מונוגניות
שלבי העבודה:
)המקודדים לחלבון ידוע( SNPהרצת עשרות אלפי ( 1 . SNPבאלגוריתם ומתן ציון )חיובי/שלילי( לכל
של כל חלבון, SNP איחוד התוצאות של ה (2וקביעת "מדד השליליות" שלו.
קביעת ערך סף לשליליות של חלבון:( 3 5לפחות SNPבחלבון 40%לפחות SNPשליליים בחלבון
וייצור רשימת כל החלבונים מעל ערך הסף
התפלגות הגדלים של החלבונים( 4
ם י לי מת SNP שלי רשי
17%
41%18%
24%
0-300
300-600
600-900
900+
קורת מת בי רשי
29%
39%
16%
16%
חיפוש חלבונים המעורבים במחלות (5
מונוגניותגנים במחלות מונוגניות::SNPגנים ברשימת ה
TNFRSF18A2M
SCNN1Daass
PRDM16ABAT
ESPNABCA1
AC037482.14-5ABCA4
KIR2DS1ABCB1
FBXO25ABCB11
RNF39ABCB4
THEGABCB7
GAKABCC2
גנים(943)סה"כ: גנים(295)סה"כ:
54נמצאו גנים!!
למציאת מאפיינים משותפים DAVID הרצה ב (6ברשימה
בחירת תוצאות משמעותיות:
0.05 הקטן מ Benjaminiע"פ ערך סף- מדד
שלילי ללא-שליליSNPסיכום: השוואה בין
לא שלילייםשליליים
CategoryTerm%Benjamini%Benjamini
SP_PIR_KEYWORDSacetylation8.16%0.0096**
GOTERM_CC_ALLcytoplasm44.90%0.065036.91%*
GOTERM_BP_ALLDNA-dependent DNA replication2.04%0.96793.43%0.0005
UP_SEQ_FEATURE
glycosylation site:N-linked (GlcNAc…)28.57%1.000028.33%0.0018
GOTERM_BP_ALLhomophilic cell adhesion2.38%0.96953.43%0.0038
GOTERM_BP_ALLDNA replication3.74%0.81324.29%0.0120
GOTERM_BP_ALL
response to DNA damage stimulus3.74%0.97594.94%0.0139
GOTERM_BP_ALLdefense response5.10%*6.87%0.0296
GOTERM_BP_ALLDNA repair3.40%0.96924.08%0.0523
18.31%54.000011.89%56.0000מחלות מונוגניות
TermCount%P-ValueBenjamini
protein binding38851.1%8.00E-162.20E-12
response to stress9212.1%9.10E-114.80E-07
biological adhesion719.4%8.50E-101.50E-06
cell adhesion719.4%8.50E-101.50E-06
cell cycle process689%3.10E-094.10E-06
cell cycle7610%5.70E-095.00E-06
regulation of progression through cell cycle516.7%5.40E-084.10E-05
regulation of cell cycle516.7%6.50E-084.20E-05
response to external stimulus587.6%7.40E-084.30E-05
response to wounding445.8%1.20E-076.50E-05
regulation of biological quality668.7%5.90E-061.90E-03
adenyl nucleotide binding10313.6%2.90E-062.10E-03
calcium ion binding709.2%2.90E-062.80E-03
response to stimulus17122.5%3.20E-058.40E-03
purine nucleotide binding11715.4%1.80E-051.00E-02
cytoplasm30440.1%3.00E-043.70E-02
11014.36%מחלות מונוגניות 6.78%ברשימה אקראית:
SNP 5סיכום: מאפיינים משותפים לכלל חלבוני
מסקנות:חלבונים "שליליים":
מעורבים במחלות מונוגניות1.
ממוקמים בעיקר בציטופלסמה2.
מעורבים באצטילציה )בקרה( 3.
!!יותר מחלבונים "לא שליליים"
:SNPחלבונים עם הרבה
ממוקמים בציטופלסמה1.
מגיבים למצבי לחץ2.
binding ו adhesionתהליכי 3.
מעורבים במחלות מונוגניות4.
יותר מחלבונים רגילים!!
מסקנות:
מצד שני...
התוצאות לא מובהקות
גודל הקבוצה משפיע
" 5מגבלת SNP"
ערך סף שרירותי
חלבוניSNP...פשוט נחקרו יותר
SNPבמקטעי ncRNA
ncRNA = Non Coding RNA
מולקולותRNAשאינם מקודדים לחלבון
למשל:tRNAsnoRNArRNAsiRNApiRNA
ncRNA :מעורבים בתהליכי
תרגום
ספלייסינג
בקרה
הגנה על הגנום
ותפקידים נוספים שעדיין לא ידועים...
ncRNA:מבנה –
:המבנה השניוני הנפוץ ביותר הוא
Stem-loop
Stem הוא החלק הישר – המזווג
Loopהוא החלק הטבעתי – הלא מזווג
שאלות המחקר:
?ncRNA נפוץ במקטעי SNP האם 1.
או stem שכיח יותר ב SNPהאם 2.loop?
המשך יבוא...
תודות:
פרופ' רון אונגרד"ר חיבה בן-אשראריאל פייגליןתרצה דניגראילנה לוונטלראובן ויינברגרפנינה מירון
תודה על ההקשבהתודה על ההקשבה
שאלות??