worrkshop wims 2016 - sfeap · quantitative mass spectrometry imaging pause café – salle...

21
n°64, Printemps 2016 COST Inra Versailles Journée SFAP/SFSM Worrkshop WIMS 2016

Upload: others

Post on 23-May-2020

3 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

n°64, Printemps 2016

COST Inra Versailles

Journée SFAP/SFSM

Worrkshop WIMS 2016

Page 2: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

Le Mot du président de la SFEAP page 2

Compte-rendu des journées SFEAP/SFSM page 3

Compte-rendu des journées COST page 10

Compte-rendu Workshop WIMS 2016 page 12

Annonce Ecole d'été sur les PTM - Sète page 13

Annonce congrès du club jeune de la SFEAP - Lille page 14

Annonce Ecole d'été, Advanced Proteomics - Brixen, Italie page 15

Annonce Ecole d'été MSBM - Dubrovnik, Croatie page 16

Annonce congrès SFEAP 2016 - Chambéry page 17

Agenda page 18

Brèves page 19

Nos Partenaires page 20

Association loi 1901.Membre du Conseil International

des Sociétés d'électrophorèse (ICES).Siège Social : 257 rue des Iris

34980 Saint Gély du Fesc

Responsable de la publication : Philippe [email protected]

Rédacteur en chef : Luc Camoinluc.camoin @ inserm.fr

Rédactrice adjointe : Myriam [email protected]

Les textes publiés via la SFEAP engagent la responsabilité de leurs seuls auteurs, et restent leur propriété pleine et entière

Workshop WIMS 2016 - Saint-Malo

Page 3: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 2

Chers collègues, chers adhérents,

Ce numéro de printemps du Mag de la SFEAP est en grande partie consacré à la journée scienti�que commune SFEAP/SFSM qui s’est tenue le 30 Mars dernier à l’ESCPI. Celle-ci a connu un franc succès avec près d’une centaine de participants, probablement en raison du thème particulièrement fédérateur de cette édition centrée sur les dernières avancées de la quanti�cation des molécules par spectrométrie de masse. Les présentations ont été d’une grande qualité sur des thématiques très variées, allant des microorganismes

les plus élémentaires à des études cliniques, et couvrant aussi bien les aspects méthodologiques que des questions biologiques plus fondamentales. Si, comme vous le savez, la moitié des conférenciers est invitée par chacune des sociétés, toutes les présentations avaient un intérêt évident pour nos deux communautés. Ceci souligne l’importance de poursuivre l’organisation de manifestations scienti-�ques communes avec la SFSM, que ce soit la journée scienti�que du printemps que les congrès SMAP une année sur deux. Cela montre également l’intérêt de se rapprocher d’autres communautés scienti�ques, comme ce sera le cas pour le congrès SMAP 2017, qui sera organisé conjointement avec la SFSM et le RFMF (Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique) et sera donc un congrès SMMAP. L’organisation de ce congrès, qui se tiendra à l’hôtel « New-York » à côté de Disneyland à Marne la Vallée du 2 au 5 octobre 2017, est déjà très avancée sous l’impulsion des membres du comité d’organisation animé par David Touboul, issus des di�érents laboratoires de spectrométrie de masse et de protéomique localisés au sud de Paris et des trois sociétés organisatrices.

Il est toutefois important de pouvoir nous retrouver une année sur deux dans le cadre convivial des congrès organisés par la SFEAP, comme ce sera le cas du congrès de Chambéry qui se tiendra du 10 au 12 Octobre 2016. Ces congrès nous permettent d’avoir la totale maitrise du programme et d’o�rir de nombreuses possi-bilités de communications orales aux adhérents de la SFEAP. Vous trouverez dans ce numéro toutes les infor-mations sur ce congrès. Comme vous le constaterez, le coût peu élevé des inscriptions et des hôtels à Cham-béry ainsi que l’excellente accessibilité du site par le TGV devrait faciliter la participation du plus grand nombre. En�n, à côté de la conférence inaugurale de Ruedi Aebersold, vous constaterez un renouvellement très important des conférenciers invités, tant français qu’étrangers, ce qui permettra la découverte de travaux de grande qualité et méritant d’être mieux connus de notre communauté.

Comme vous l’imaginez probablement, le CA travaille déjà à l’organisation du congrès 2018 qui se tiendra dans le sud de la France. Toujours dans l’optique de nous ouvrir à d’autres communautés, nous nous e�orce-rons d’y associer nos collègues espagnols avec lesquels la SFEAP entretient depuis des années des relations fructueuses et amicales. J’espère être en mesure de vous en dire plus à ce sujet dans le prochain numéro du Mag qui paraitra cet été. En�n, je ne voudrais pas oublier nos collègues du Club-Jeunes qui organisent leurs journées à Lille du 25 au 27 mai 2016, avec comme tous les ans un programme riche tant sur le plan scienti-�que que culturel et j’invite nos jeunes adhérents à être nombreux à répondre présents à ces journées !

Pour pérenniser ces activités et le dynamisme de la SFEAP, il est essentiel que vous soyez nombreux à renou-veler vos adhésions, quelle que soit la formule choisie. Certains d’entre vous l’ont déjà fait et je les remercie pour leur �délité. Je remercie également les huit sociétés partenaires de la SFEAP qui, pour la plupart d’entre elles, nous sont �dèles depuis de très nombreuses années. Bien sûr, l’adhésion procure un certain nombre d’avantages comme des coûts d’inscription réduits aux congrès organisés par la société et la possibilité de participer gratuitement à la journée scienti�que organisée conjointement avec la SFSM, mais c’est égale-ment un moyen de contribuer à la visibilité nationale et internationale ainsi qu’au dynamisme de la protéo-mique française et à la défense de ses intérêts. La SFEAP compte donc sur vous comme vous pouvez comp-ter sur elle !

Très cordialement,

Philippe MARINPrésident de la SFEAP

Le mot du Président de la SFEAP

Page 4: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 3

Journée Scienti�que SFEAP/SFSMMéthodes de quanti�cation relative par spectrométrie

de masse: dernières avancéesCette année, la journée thématique de conférences organisée conjointement par la SFEAP et la SFSM s'est déroulée le 30 mars à l'ESPCI sur le thème des "Méthodes de quanti�cation relative par spectrométrie de masse: dernières avancées". Comme les années précédentes, cette journée a été un succès avec un taux de participation élevé et des échanges scienti-�ques de grande qualité.

Vous trouverez ci-dessous le programme complet de cette journée et dans les pages qui suivent un résumé des intervenants invités par la SFEAP; Thierry le Bihan, Daniel Ayoub (qui a rempacé Sébastien Gallien), Virginie Brun et Thibaut Léger.

Journée Scientifique

Lundi 17 mars 2014

Outils informatiques et statistiques pour lʼanalyse en spectrométrie de

masse et protéomique

ESPCI - Amphithéâtre Langevin Escalier N - 4e étage

10, rue Vauquelin - 75005 Paris M Censier Daubenton – RER Luxembourg – Bus 21/27 arrêt Berthollet Vauquelin

Organisée par la Société Française de Spectrométrie de Masse (SFSM)

& la Société Française dʼElectrophorèse et

dʼAnalyse Protéomique (SFEAP)

Programme

9h00 : Accueil des participants

François-Régis Orthous-Daunay (IPAG, UJF, Grenoble): Attributor : Outil pour décrire la complexité stœchiométrique d'échantillons en sciences de la Terre et de l'univers.

Anne-Marie Hesse & Thomas Burger (BGE/EdyP, CEA-Grenoble) : Traitement statistique des données de protéomique quantitative label-free.

Pause café – Salle Champetier Bât N RdC

Jean-François Focant (Liege Univesity, Belgium): High variance-Based processing strategies for the characterization of complex multidimensional datasets.

Déjeuner libre

Lennart Martens (Ghent University, Belgium): Le paradis, c'est les autres: stirring up sedimented proteomics data.

Anaïs Baudot (I2M, CNRS, Marseille) : Partitionnement des interactomes et modules fonctionnels pour l'analyse des fonctions cellulaires des protéines.

Pause café – Salle Champetier Bât N RdC

Pierre Chaminade (GCAPS, Univ. Paris-Sud, Chatenay-Malabry) : Un outil chimiométrique pour l'exploitation des profils LC/MS en analyse lipidomique.

Présentation des activités et manifestations en 2014 : SMAP et IMSC 2014 - L. Tonini et S. Clavier des Clubs jeunes SFEAP et SFSM.

Inscription par e-mail : [email protected]: Iman Haddad (SMBP ESPCI) 01.40.79.47.65/64

Indiquez « inscription 17 mars » dans le sujet de votre message et précisez si vous êtes adhérent de la SFSM ou de la SFEAP dans le corps du message.

La participation à cette journée est gratuite et réservée aux personnels de lʼESPCI et aux membres de la SFEAP ou de la SFSM à jour de leur cotisation.

Journée Scientifique

Mercredi 30 mars 2016

Méthodes de quantification relative par spectrométrie de masse:

dernières avancées

ESPCI - Amphithéâtre Langevin

10, rue Vauquelin - 75005 Paris M Censier Daubenton – RER Luxembourg – Bus 21/27 arrêt Berthollet Vauquelin

pectrométrie de Masse

lectrophorèse et rotéomique (SFEAP)

Programme

9h00 : Accueil des participants

9h30-10h10 Antonin Lamazière (Hôpital Saint Antoine) La lipidomique quantitative : exemples d'applications en recherche et en biologie hospitalière

10h10-10h5 Thierry le Bihan (University of Edinburgh) Les défis du marquage métabolique à l'azote 15N: Un exemple basé sur l'analyse de l'algue unicellulaire Ostreococcus tauri

Pause café – Salle Champetier Bât N RdC

11h20-12h00 Sébastien Gallien (Luxembourg Institute of Health) Second-generation parallel reaction monitoring for targeted proteomics

Déjeuner libre

14h00-14h40 Virginie Brun (Laboratoire Edyp, Grenoble) Quantification absolue de protéines par SRM : Applications cliniques

14h40-15h20 Jonathan Stauber (IMABIOTECH, Lille) Quantitative mass spectrometry imaging

Pause café – Salle Champetier Bât N RdC

15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation entre glycosylation et protéolyse : rôle de la métacaspase Mca1p chez la levure pathogène Candida albicans

16h30-17h15 Présentation des activités et manifestations en 2016 : Congrès SFEAP et SFSM 2016, Clubs jeunes SFSM et SFEAP.

Inscription par e-mail : [email protected]

Contact: Iman Haddad (SMBP ESPCI) 01.40.79.47.65/58 80 Indiquez « inscription 30 mars » dans le sujet de votre message et précisez

Page 5: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 4

Les dé�s du marquage métabolique à l'azote 15N: Un exemple basé sur l'analyse de l'algue unicellulaire Ostreococcus tauri

Thierry le BihanSynthSys, Université d'Edimbourg, GB

Je vais tenter de présenter certains problèmes que nous avons rencontrés avec l’utilisation du marquage à l’azote lourde (15N) et bien entendu, quelques solutions ou pistes de solutions.

Notre intérêt initial était une méthode protéomique quantitative simple et �able qui peut être e�ectuée avec des outils commerciaux

communs. Nous utilisons l’algue unicellulaire Ostreococcus tauri (O.tauri) comme outil de travail. O.tauri se retrouve parmi les organismes eucaryotes les plus primitifs, autotrophe avec un génome compact, similaire en dimen-sion à celui de la levure, O.tauri, dont la localisation à la base de la lignée verte en fait un modèle de choix pour comprendre des organismes plus complexes, comme les plantes. Jusqu'à tout récemment, le choix des approches d’analyse quantitative était limité. Le marquage à l’azote 15 semblait une option des plus intéressante, car des outils bio-informatiques sont disponibles (par exemple, Mascot, Matrix science). Nous avons, dans un premier temps, étudié la qualité du marquage comme tel. Le milieu de culture de O.tauri est relativement simple et se compose, entre autres, des sels de nitrate et d’ammonium lesquels on peut en conséquence utiliser sous une forme légère (14N) ou lourde (15N pur a 98 %). Il est important de noter que le milieu de culture contient d’autres composés qui contiennent des traces d’azote, comme la vitamine B12, la biotine ainsi que la thiamine. De plus, le milieu de culture contient le tampon tris Base qui, lui aussi, contient de l’azote. Suivant une série de croissances successives dans un milieu enrichi à l’azote 15 (incorporation théorique estimée à 98%), nous avons plutôt observé que (1) Le taux d’incorporation est d’environ 96 % (2) Le taux d’incorporation n’est pas une valeur unique, mais plutôt une distribution avec une variation de +/- 3%.

Nous avons testé à quel point ces variations dans les valeurs d’incorporation de l’azote 15 peuvent modi�er une mesure quantitative, et ce, à l’aide d’échantillons mélangés dans des rapports de 1:1 (14N/15N). Nous avons observé des variations de plus de 60% dans la détermination du rapport d’intensité de pics 14N/15N, simplement dues à une surestimation de 3% de la valeur d’incorporation de l’azote 15 (une valeur théorique maximale estimée à 98%, alors qu’en réalité la valeur expérimentale est de 95%).

Nous en déduisons donc qu’une quanti�cation basée sur l’incorporation de l’azote 15 doit s’e�ectuer de la façon suivante :

1) détermination du niveau d’incorporation de l’azote 15 pour chaque peptide;

2) détermination de l’intensité de l’enveloppe isotopique de chaque peptide.

Un tel outil bio-informatique n’existait pas initialement; nous avons donc développé ces outils d’analyse de données (disponibles sur demande). Le �ux de production proposé est basé sur l’analyse automatisée de l'incorpora-tion partielle des isotopes stables 15N, une méthode de choix pour les organismes autotrophes, comme les algues et les plantes. Une fois qu’il a été adapté, nous avons exploré l’utilisation de cet outil de travail pour étudier le renouvellement des protéines («protein turnover»), et ce, dans le cas de Ostreococcus tauri; de plus, nous avons calculé les taux de synthèses et de dégradations protéiques.

Nous avons observé un taux de renouvellement relative-ment élevé dans les cas de l’ATPases codée par le chloro-plaste (0,42% -0,58 % h - 1), des protéines du photosystème II (0,34 % -0,51 % h -1), ainsi que de la protéine Rubisco RbcL (0,47 % h - 1), alors que la RbcS codée par le noyau cellulaire est plus stable (0,23 % h -1). L’ATPases mitochondriales (0,14% -0,16 % h - 1), les protéines des antennes du photo-système (0,09 % -0,14 % h - 1) et les histones (0,07 % -0,1 % h - 1) étaient relativement stables. Le calcul des constantes de dégradation et de taux de synthèse kdeg et ksyn con�rme que la protéine Rubisco RbcL est une des contri-butrices principales du renouvellement global des protéines.

Pour terminer, notons quelques considérations impor-tantes concernant l’utilisation du marquage métabolique: (1) Il est important de s’assurer que l’enveloppe isotopique n’est pas signi�cativement déformée lors de l’acquisition (un problème courant pour les appareils de type Orbitrap XL, mais qui peut être facilement corrigé à l’aide de standards de calibration). (2) Il faut véri�er que la qualité des sels de nitrate ou d’ammonium, indépendamment de leur composition en azote 14 ou 15, n’a�ecte pas les cultures comme telles. (3) Pour des études de renouvelle-ment des protéines, il peut être opportun de mesurer le taux de synthèse et de dégradation des acides aminés comme tels. Malgré d’importants dé�s, le marquage méta-bolique est dé�nitivement un outil de travail intéressant qui a sa place en tant que méthode d’analyse du renouvel-lement des protéines. Une partie de cette présentation ainsi qu’une description des outils bio-informatiques ont été publiées dans l’article suivant: Martin et al (2012) «Proteome turnover in the green alga Ostreococcus tauri by time course 15N metabolic labeling mass spectro-metry». J Proteome Res.;11(1):476-86. doi: 10.1021/pr2009302.

Journée Scienti�que SFEAP/SFSM

Page 6: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 5

Second Generation Parallel Reaction Monitoring For Targeted ProteomicsDaniel Ayoub, Sébastien Gallien, Antoine Lesur, Sang Yoon Kim and Bruno Domon

Genomics and Proteomics Laboratory, Department of OncologyLuxembourg Institute of Health, Luxembourg

In recent years, targeted protein analysis has become the method of choice among other quantitative proteomics techniques as it provides reproducible and systematic measurements of the abundance of target peptides acting as surrogates for the proteins of interest. Selected reaction monitoring (SRM) on triple quadrupole instruments is the

most commonly used approach. More recently, with the advent of quadrupole-orbitrap high resolution instru-ments, parallel reaction monitoring (PRM) emerged as a better alternative as it was shown to have similar or better sensitivity and much improved selectivity in high-com-plexity samples compared to SRM [1]. When designing PRM experiments, a trade-o� between the scale (number of target peptides in a duty cycle) on one side and the sensiti-vity (�ll time) and selectivity (resolution) on the other side has to be set. Here, further improvement of PRM approaches to allow for large scale quantitative analysis at high accuracy and sensitivity are presented. These develop-ments constitute a new generation of targeted proteomics analysis in which acquisition parameters are dynamically adjusted throughout the analysis to maximize the e�ciency and minimize wasted acquisition time without sacri�cing the accuracy or the sensitivity of the measure-ments.

In this approach, named internal standard PRM (IS-PRM) [2], �fteen retention time (RT) landmark peptides are used to perform on-the-�y correction of the SIL peptide monito-ring windows in scheduled PRM analyses. This is combined with a new acquisition scheme that uses the detection of the IS (stable isotope labeled (SIL) peptides) by spectral matching to trigger the acquisition of the endogenous target peptides. The acquisition is operated in two modes: in the “watch mode” only the IS peptides are monitored, each within its RT monitoring window, at low resolution and short �ll times (fast scans); once the MS2 spectrum of

the IS is positively matched to the reference spectral library, the acquisition switches to “quant mode” in which longer �ll times (sensitivity) and scan times (resolution/selectivity) are used to measure both the IS and the endogenous peptide for a prede�ned elution monitoring window (Figure 1). This allows for an acquisition e�ciency of up to 90 % (instrument time spent acquiring actual useful data) against 15-25 % for classical PRM.

To benchmark IS-PRM against SRM and classical PRM, 93 endogenous peptides with their IS-SIL counterparts from 55 lung cancer biomarker proteins were measured in 20 samples (10 healthy and 10 lung cancer patients) using the three methods with the parameters adjusted to obtain maximum cycle times of three seconds. Dilution series of the 93 SIL peptides were performed to determine the limits of quanti�cation (LOQ). IS-PRM largely outperformed PRM and SRM with lower LOQ and better ion statistics (number of data points in a peptide elution pro�le). For example, at 50 amol, 70% of transitions were above the LOQ for IS-PRM against 15 and 10 % for PRM and SRM, respectively [2]. Furthermore, IS-PRM showed better consistency in quanti-�cation results when comparing several surrogate peptides from a given protein (Figure 2).

In a proof-of-principle study, 600 pairs of SIL and endo-genous peptides were monitored in plasma, urine and Hela cells samples. IS-PRM allowed for the detection and quanti-�cation of 525 peptides from 300 proteins while PRM only performed half as well [2]. In another study of signaling pathways, 405 pairs of peptides were targeted in non-small cell lung cancer cell lines with and without resistance to Erlotinib with IS-PRM. The same samples were analyzed with DIA on the same instrument (Q-Exactive HF). A large number of peptides showed interfered signals in DIA which prevented their accurate quanti�cation. Of the 405 targe-ted peptides, IS-PRM allowed for the quanti�cation of 295 peptides from 70 proteins (38 % more than DIA) including low abundance transcription factors as illustrated by Figure 3 showing the MAPK signaling pathway [3].

FIGURE 1: Acquisition scheme for IS-PRM. By continuously monitoring stable isotope labeled peptide targets within a given elution window, the instrument can switch from “watch mode” to “quanti�cation mode” on-the-�y when it detects a match to the known fragmen-tation pattern of the SIL peptide with a similarity and an intensity threshold. Then the instrument acquires the traces of the SIL peptide and its endogenous counterpart in high resolution and high sensitivity mode [2, 3].

The use of the IS-PRM method in conjunction with fast LC separation was explored to boost the analytical throughput in clinical studies of large cohort samples. Fast LC separation uses short columns with small particles and fast gradients. This results in very narrow peaks (6 s at the base compared to 30s with classical HPLC) which renders the high acquisition e�ciency provided by IS-PRM necessary to achieve high accuracy measurements with su�cient ion statistics. The use of IS-PRM with fast LC enables the quanti�cation of up to 50 peptides in 100 samples within one day which is ideal for the valida-tion of short panels of biomarkers in preclinical and clinical studies, typically encompassing 1000s of samples [5].

Finally, to further improve accuracy, a new version of IS-PRM was developed. It consists in the spiking of di�erent isotopic variants of the IS peptides in di�erent amounts into the samples allowing for high quanti�cation accuracy to be maintained over a wide range of endogenous peptide concentrations. In this IS-PRM V2.0 version, the IS spiked at the highest concentra-tion is used to drive in real time the measurement of the endogenous peptide as well as the other forms of IS. The measure-ment of multiple IS and corresponding endogenous peptides concurrently allowed for an improved accuracy as the single point quanti�cation can be achieved using an IS within the concentration range of the endogenous peptide [4]. This method is ideal for the measurement of a limited number of targets when ultra-high accuracy is needed.

Acknowledgments

This work was supported by PEARL and CORE (PORT-HPP) grants from the Fonds National de la Recherche Luxembourg (FNR). The integrated Biobank of Luxembourg and Dr Guy Berchem are acknowledged for providing human plasma samples and clinical plasma samples, respectively. The authors are grateful to Drs M Kellmann, A. Kuhn, C. Crone, T. Arrey, A. Huhmer and M. Blank (Thermo Scienti�c) for helpful discussions and assistance in the software implementation.

References

[1] Gallien, S., Duriez, E., Crone, C., Kellmann, M., et al., Targeted proteomic quanti�cation on quadrupole-orbitrap mass spectrometer. Molecular & Cellular Proteomics 2012, 11, 1709-1723.

[2] Gallien, S., Kim, S. Y., Domon, B., Large-Scale Targeted Proteomics Using Internal Standard Triggered-Parallel Reaction Monitoring (IS-PRM). Molecular & Cellular Proteomics 2015, 14, 1630-1644.

[3] Blank, M., Ayoub, D., Gallien, S., Lesur, A., et al., Increasing Reproducibility and Performance of Targeted Quantitation Using HD-PRM. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Saint Louis, MO 2015.

[4] Gallien, S., Ayoub, D., Kim, S. Y., Lesur, A., Domon, B., Re�nement of Parallel Reaction Monitoring Methods to Improve Accuracy in Peptide Quanti�cation. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Saint Louis, MO 2015.

[5] Lesur, A., Gallien, S., Domon, B., Hyphenation of fast liquid chromatography with high-resolution mass spectrometry for quantitative proteomics analyses. TrAC Trends in Analytical Chemistry 2016.

Journée Scienti�que SFEAP/SFSM

Page 7: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 6

Second Generation Parallel Reaction Monitoring For Targeted Proteomics (suite)

The use of the IS-PRM method in conjunction with fast LC separation was explored to boost the analytical throughput in clinical studies of large cohort samples. Fast LC separation uses short columns with small particles and fast gradients. This results in very narrow peaks (6 s at the base compared to 30s with classical HPLC) which renders the high acquisition e�ciency provided by IS-PRM neces-sary to achieve high accuracy measurements with su�cient ion statistics. The use of IS-PRM with fast LC enables the quanti�cation of up to 50 peptides in 100 samples within one day which is ideal for the validation of short panels of biomarkers in preclinical and clinical studies, typically encompassing 1000s of samples [5].

Finally, to further improve accuracy, a new version of IS-PRM was developed. It consists in the spiking of di�erent isotopic variants of the IS peptides in di�erent amounts into the samples allowing for high quanti�cation accuracy to be maintained over a wide range of endogenous peptide concentrations. In this IS-PRM V2.0 version, the IS

spiked at the highest concentration is used to drive in real time the measurement of the endogenous peptide as well as the other forms of IS. The measurement of multiple IS and corresponding endogenous peptides concurrently allowed for an improved accuracy as the single point quan-ti�cation can be achieved using an IS within the concentra-tion range of the endogenous peptide [4]. This method is ideal for the measurement of a limited number of targets when ultra-high accuracy is needed.

Acknowledgments

This work was supported by PEARL and CORE (PORT-HPP) grants from the Fonds National de la Recherche Luxembourg (FNR). The integrated Biobank of Luxembourg and Dr Guy Berchem are acknowledged for providing human plasma samples and clinical plasma samples, respectively. The authors are grateful to Drs M Kellmann, A. Kuhn, C. Crone, T. Arrey, A. Huhmer and M. Blank (Thermo Scienti�c) for helpful discussions and assistance in the software implementation.

References

[1] Gallien, S., Duriez, E., Crone, C., Kellmann, M., et al., Targeted proteomic quanti�cation on quadrupole-orbitrap mass spectrometer. Molecular & Cellular Proteomics 2012, 11, 1709-1723.

[2] Gallien, S., Kim, S. Y., Domon, B., Large-Scale Targeted Proteomics Using Internal Standard Triggered-Parallel Reaction Monitoring (IS-PRM). Molecular & Cellular Proteomics 2015, 14, 1630-1644.

[3] Blank, M., Ayoub, D., Gallien, S., Lesur, A., et al., Increasing Reproducibility and Performance of Targeted Quantitation Using HD-PRM. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Saint Louis, MO 2015.

[4] Gallien, S., Ayoub, D., Kim, S. Y., Lesur, A., Domon, B., Re�nement of Parallel Reaction Monitoring Methods to Improve Accuracy in Peptide Quanti�cation. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Saint Louis, MO 2015.

[5] Lesur, A., Gallien, S., Domon, B., Hyphenation of fast liquid chromatography with high-resolution mass spectrometry for quantitative proteomics analyses. TrAC Trends in Analytical Chemistry 2016.

Journée Scienti�que SFEAP/SFSM

Figure 2: PRM and IS-PRM analyses of the protein Phosphoglycerate kinase 1 (PGK1) in 20 clinical plasma samples (10 controls and 10 lung cancer patients) using three surrogate peptides. With PRM, the variation in the abundance of the three peptides across the samples presented limited consistency due to poor ion statistics for the third peptide (inset in the upper panel). The higher quality of the data acquired with IS-PRM resulted in a good consistency for all peptides (lower panel) [4].

Page 8: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 7

Second Generation Parallel Reaction Monitoring For Targeted Proteomics (suite)

References

[1] Gallien, S., Duriez, E., Crone, C., Kellmann, M., et al., Targeted proteomic quanti�cation on quadrupole-orbitrap mass spectrometer. Molecular & Cellular Proteomics 2012, 11, 1709-1723.

[2] Gallien, S., Kim, S. Y., Domon, B., Large-Scale Targeted Proteomics Using Internal Standard Triggered-Parallel Reaction Monitoring (IS-PRM). Molecular & Cellular Proteo-mics 2015, 14, 1630-1644.

[3] Blank, M., Ayoub, D., Gallien, S., Lesur, A., et al., Increasing Reproducibility and Performance of Targeted Quantitation Using HD-PRM. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Saint Louis, MO 2015.

[4] Gallien, S., Ayoub, D., Kim, S. Y., Lesur, A., Domon, B., Re�nement of Parallel Reaction Monitoring Methods to Improve Accuracy in Peptide Quanti�cation. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Saint Louis, MO 2015.

[5] Lesur, A., Gallien, S., Domon, B., Hyphenation of fast liquid chromatography with high-resolution mass spectro-metry for quantitative proteomics analyses. TrAC Trends in Analytical Chemistry 2016.

Journée Scienti�que SFEAP/SFSM

Figure 3: Simpli�ed MAPK signaling pathway. Proteins shown in blue were quanti�ed by DIA and IS-PRM, while those shown in red were quanti�ed only employing IS-PRM. Several transcription factors like C-FOS show a signi�cant upregulation in the drug resistant cell line. IS-PRM allows for a deeper penetration into the proteome to target very low abundance transcription factors [3].

Page 9: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 8

Quanti�cation absolue de protéines par SRM: Applications cliniquesVirginie Brun

Laboratoire Edyp, Grenoble

Les hépatites aigües et fulminantes représentent des urgences médicales pour lesquelles il est parfois nécessaire de recourir à la transplantation hépatique. Dans notre étude, nous avons identi�é des nouveaux biomar-queurs sanguins permettant d'évaluer très spéci�quement la sévérité et l'évolu-tion des hépatites aigües et fulminantes. Les candidats biomarqueurs ont été

sélectionnés par une approche de data mining et ont été évalués par une méthode de protéomique ciblée (Selected Reaction Monitoring). A�n de déterminer de manière très précise l'évolution des concentrations des 6 candidats au cours de la maladie, des standards protéiques marqués ont été utilisés pour la quanti�cation absolue. Suite aux résultats obtenus une étude de validation à plus grande échelle de 3 candidats biomarqueurs est envisagée.

Réferences:

Brun V, Dupuis A, Adrait A, Marcellin M, Thomas D, Court M, Vandenesch F, Garin J. Isotope-labeled protein standards: toward absolute quantitative proteomics. Mol Cell Proteo-mics. 2007 Dec;6(12):2139-49. Epub 2007 Sep 11. PubMed PMID: 17848587.

Picard G, Lebert D, Louwagie M, Adrait A, Huillet C, Vande-nesch F, Bruley C, Garin J, Jaquinod M, Brun V. PSAQ™ standards for accurate MS-based quanti�cation of proteins: from the concept to biomedical applications. J Mass Spectrom. 2012 Oct;47(10):1353-63. doi: 10.1002/jms.3106. PubMed PMID: 23019168.

Journée Scienti�que SFEAP/SFSM

Page 10: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 9

Relation entre glycosylation et protéolyse: rôle de la métacaspase Mca1p chez la levure pathogène Candida albicans

Thibaut Léger Institut Jacques Monod, Paris

Candida albicans est une levure commensale de la �ore intestinale, des muqueuses et des épithéliums et un pathogène opportuniste causant des infections bénignes comme des candidoses orales et génitales mais aussi de graves infections systémiques en particulier chez les personnes immunodéprimées. Comprendre et manipuler la réponse

apoptotique de C. albicans peut aider à contrôler ce patho-gène opportuniste. La métacaspase Mca1p est une protéine clé dans la réponse apoptotique de C. albicans. Cependant, sa spéci�cité de clivage et ses substrats sont peu caractérisés. A�n de caractériser ses fonctions, nous avons soumis une souche sauvage et une souche délétée pour le gène MCA1 à la molécule de quorum sensing farné-sol et ensuite étudié les étapes précoces du déclenchement de l’apoptose par des approches quantitatives novatrices de protéomique, glycoprotéomique et glycomique. La combinaison de la délétion de MCA1 et du traitement par le farnésol conduit à une importante surexpression de protéines impliquées dans la réponse aux stress. Nous avons trouvé une spéci�cité de clivage pour Mca1p “K/R” en P1 et D/E en P2 et identi�é 57 substrats potentiels de cette protéase, impliqués dans le repliement des protéines la resolubilisation des agrégats protéiques, la glycolyse, la machinerie de glycosylation et dans un certain nombre de fonctions mitochondriales. Par plusieurs approches de

glycoprotéomique, nous avons identi�é 76 glycosylations (17 N- et 58 O-glycosylations), 100 sites de N-glycosylation et avons montré une augmentation générale de la O-glyco-sylation des protéines dans la souche délétée en présence de farnésol. Nos résultats mettent en avant de nouvelles fonctions de la métacaspase dans l’ampli�cation du proces-sus de mort cellulaire programmée, en dégradant plusieurs protéines de choc thermique majeures, en contribuant à la biogénèse et à la dégradation des mitochondries, en altérant des systèmes de contrôle qualité des protéines et la machinerie de glycosylation des protéines. Ces décou-vertes ouvrent de nouvelles perspectives dans le dévelop-pement d’inhibiteurs ciblés de la croissance de C. albicans

Références

- Leger T, Garcia C, Ounissi M, Lelandais G, Camadro JM. The metacaspase Mca1p has a dual role in farnesol-induced apoptosis in Candida albicans. Mol Cell Proteomics. 2015 Jan;14(1):93-108. doi: 10.1074/mcp.M114.041210. Epub 2014 Oct 27.

- Leger T, Garcia C, Camadro JM. The metacaspase Mca1p restricts O-glycosylation during farnesol-induced apoptosis in Candida albicans. Under review.

- Leger T, Garcia C, Videlier M, Camadro JM. Label-free quantitative proteomics in Yeast. Methods in molecular biology. Vol 1361 (DOI: 10.1007/978-1-4939-3079-1) (2016).

Journée Scienti�que SFEAP/SFSM

Leger T, Garcia C, Ounissi M, Lelandais G, Camadro JM. The metacaspase Mca1p has a dual role in farnesol-induced apoptosis in Candida albicans. Mol Cell Proteomics. 2015 Jan.

Page 11: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 10

Harold Duru�é Doctorant au Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV, UMR 5546 UPS/CNRS)

harold.duru�[email protected]

Le COST

Le COST (European Cooperation in Science and Technology) est une structure qui a pour but de réunir des scienti�ques européens sur une thématique donnée a�n de créer, soutenir et renforcer les coopéra-tions scienti�ques européennes.

Le COST FA1306 intitulé « The quest for tolerant varieties - Phenotyping at plant and cellular level » (Recherche de variétés tolérantes - Phénotypage multi-échelles) a débuté en 2014 pour une durée de 4 ans. Il s’est donné pour princi-pal objectif de créer un réseau réunissant l’expertise scienti-�que et technique autour des domaines de l’analyse d’images à haut débit, de la modélisation de la croissance des plantes, de la génomique, de la transcriptomique, de la protéomique ainsi que de la métabolomique végétale appliquées au phénotypage. Son coordinateur est le Dr Sébastien Carpentier (Assistant Professor, Université de Louvain, Belgique). Ce COST est structuré en trois groupes de travail (WG) dont le WG2 s’est réuni le 1er et 2 février 2016 à l’INRA de Versailles autour de la thématique du phénotypage à l’échelle cellulaire par intégration de données dites « omiques ».

Le criblage quantitatif à haut débit des plantes reste compliqué malgré les importants progrès réalisés dans l'analyse moléculaire et génétique. La nécessité de l’amélioration végétale par identi�cation des variétés plus tolérantes à des stress biotiques ou abiotiques et la

compréhension de la diversité génétique sont des questions essentielles pour l’amélioration des plantes dans le contexte d’une agriculture durable. Le phénotypage est une science émergente qui caractérise le comportement des plantes et quanti�e des traits caractéristiques tels que la tolérance aux stress d'une manière à la relier à un contrôle au niveau génétique. Domaine de recherche basé sur l’interdisciplinarité, le phénotypage couvre un large éventail d'approches méthodologiques, de l'imagerie de plantes entières jusqu’à des analyses moléculaires �nes. Cette science se repose aussi sur de nouvelles méthodes de calcul pour l'analyse d'images, la modélisation, l’analyse statistique et l'intégration des données.

Pour illustrer la diversité de cette thématique de recherche, ces deux journées de colloque ont été structu-rées en trois sessions, entrecoupées de sessions de présen-tation de posters, couvrant l’ensemble des approches «omiques» mobilisées dans l’étude des réponses des plantes aux facteurs de l’environnement :

- Thème 1 : Transcriptomique, réseaux et modélisa-tion.

- Thème 2 : Métabolisme et activités enzymatiques.

- Thème 3 : Du génotype au phénotype.

Thème 1 : Transcriptomique, réseaux et modélisation

Le Thème 1 a été introduit par Marie-Laure Martin-Ma-gniette (Directeur de recherche INRA, Unité de Recherche en Génomique Végétale, URGV, AgroParisTech/INRA, Evry)

avec une présentation sur la modélisation de réseau de gènes d'Arabidopsis thaliana impliqués dans la réponse au stress à partir de l’expression génétique. Nous a été présenté ici le nouveau module GEM2Net (Zaag et al. 2015, Nucleic Acid Res 43 (Database issue): D1010-7) qui permet de réaliser des analyses de co-expression et de caractérisation des fonctions de gènes encore inconnus à partir de la base de données CATdb (http://urgv.evry.inra.fr/CATdb) qui fournit un accès à une large collec-tion de données transcriptomiques.

Un regroupement à partir de modèle statistique a été appliqué sur les di�érences de niveau d’expression de gènes, prove-nant 387 conditions de stress, a�n d’identi�er des groupes de co-expression. Les fonctions associées à ces groupes ont été déduites par la suite à partir de diverses ressources : Gene Ontology (GO), localisation sub-cellulaire des protéines, familles des facteurs de transcription, bibliographie… Grâce à cette stratégie, 17 264 gènes impliqués dans les stress ont été identi�és et ont pu être organisé en 681 groupes de co-expression.

Cet outil tire pro�t de l'utilisation de données expérimentales et des métadonnées associées pour dé�nir des clusters de co-expression pertinents, a�n d'améliorer l’annotation fonctionnelle des gènes et notre capacité à proposer des fonctions pertinentes à des gènes orphelins. Ces résultats permettent également de construire de nouvelles hypothèses pour comprendre des processus biologiques, hypothèses qui pourraient être des points de départ pour de futurs projets.

Thème 2 : Métabolisme et activités enzymatiques

Emmanuel Gaquerel (Professeur, Université de Heidelberg, Allemagne) a initié la discussion autour de ce thème avec une présentation sur la diversité et la régulation des métabolites de défense des plantes. L'analyse des variations intra-spéci�ques du métabolisme a pris du retard malgré l’importance d’étudier ces variations naturelles impactant directement des traits fonctionnels. Pour remédier à ce biais, E Gaquerel a présenté une étude réalisée sur des métabolites secondaires de feuille d’écotypes de tabac sauvages soumis à des insectes herbivores. Grâce à l’observation de variations spéci�ques des métabo-lites, cette étude a généré des pro�ls de spectres de masse qui ont permis l'annotation de métabolites inconnus (Li et al. 2015, Proc Natl Acad Sci USA 112: E4147-55).

Bien que le pro�lage du métabolome de plantes entières reste techniquement di�cile en raison de sa complexité, ce travail permet une avancée signi�cative pour une exploration rapide des petites molécules produites en réponse à des stress et ayant une incidence sur les phénotypes observés.

Thème 3 : Du génotype au phénotype.

Ce dernier thème a été introduit par Nicolas Langlade (Directeur de recherche INRA, Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes, Auzeville, France) avec la présentation d’une étude de cas d’intégration de données de génomique et de phénomique pour mieux comprendre les réponses du tournesol à la sécheresse.

Identi�er des liens entre les processus moléculaires et physiologiques de la réponse à la sécheresse des plantes est un enjeu majeur pour la science appliquée comme fondamentale. Cette réponse implique un grand nombre de voies métabo-liques et physiologiques et constitue donc un modèle pour la biologie des systèmes. Un réseau de gènes a été créé en exploi-tant les di�érences observées entre les phénotypes observés en réponse à deux scénarios de sécheresse appliqués à 8 géno-types de tournesol (Rengel et al. 2012, PLoS One 7:e45249). Les données de transcriptomique ont pu être associées à 9 traits morpho-physiologiques en utilisant des analyses statistiques multi-variées. Ont pu être ainsi identi�és des gènes dont le niveau d’expression au niveau transcriptionnel est a�ecté par un stress hydrique modéré et/ou intense et dont la variation de niveau d’expression pourrait expliquer le phénotypique de tolérance.

Cette initiation à la biologie des systèmes nous a permis de voir l’importance des analyses intégratives et leur utilité en associant de grands jeux de données pour mieux comprendre les réponses complexes des plantes face aux contraintes climatiques.

Au-delà de ces présentations réalisées par ces trois personnalités scienti�ques, des communications de durée plus courte ont permis à de jeunes chercheurs de présenter leurs travaux en cours, travaux déjà bien avancés ou bien à des stades de réalisation nécessitant encore des ré�exions pour ajuster au mieux la stratégie optimale pour apporter des réponses aux questions biologiques posées. La nécessité de disposer de nouveaux outils mathématiques et informatiques pour valoriser au mieux les grands jeux de données générés par les approches « omiques » a été mentionnée dans la plupart des études.

L’intérêt de la réunion du WG2 en a été grandement renforcé, puisque grâce à ce temps d’échanges, des idées nouvelles ont pu être apportées aux projets en cours. L’une des conclusions a été l’intérêt d’organiser un atelier de formation autour de l’outil « mixOmics » (Gonzales et al. 2012, BioData Min 5:19) qui permet de gérer des ensembles de données hétérogènes a�n d’établir des corrélations entre di�érents paramètres et de proposer des gènes/protéines/molécules candidats d’intérêt pour des études fonctionnelles. Cet atelier devrait avoir lieu en septembre 2016 à Toulouse.

Ce colloque s’est terminé par la visite commentée par des chercheurs du Centre INRA de Versailles-Grignon des di�érentes plateformes scienti�ques (imagerie, phénotypage, métabolomique) de l’Observatoire du Végétal de ce centre de recherche. Cet ensemble de plateformes a pour objectif de réaliser des analyses intégrées, à di�érent niveaux et à haut débit. Il est ouvert à l’ensemble de la communauté des chercheurs aussi bien publique que privée.

Réunion du Working Group 2 du COST1-2 Février 2016 à l’INRA de Versailles

Page 12: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 11

avec une présentation sur la modélisation de réseau de gènes d'Arabidopsis thaliana impliqués dans la réponse au stress à partir de l’expression génétique. Nous a été présenté ici le nouveau module GEM2Net (Zaag et al. 2015, Nucleic Acid Res 43 (Database issue): D1010-7) qui permet de réaliser des analyses de co-expression et de caractérisa-tion des fonctions de gènes encore inconnus à partir de la base de données CATdb (http://urgv.evry.inra.fr/CATdb) qui fournit un accès à une large collection de données transcriptomiques.

Un regroupement à partir de modèle statistique a été appliqué sur les di�érences de niveau d’expression de gènes, provenant 387 conditions de stress, a�n d’identi�er des groupes de co-expression. Les fonctions associées à ces groupes ont été déduites par la suite à partir de diverses ressources : Gene Ontology (GO), localisation sub-cellulaire des protéines, familles des facteurs de transcription, biblio-graphie… Grâce à cette stratégie, 17 264 gènes impliqués dans les stress ont été identi�és et ont pu être organisé en 681 groupes de co-expression.

Cet outil tire pro�t de l'utilisation de données expéri-mentales et des métadonnées associées pour dé�nir des clusters de co-expression pertinents, a�n d'améliorer l’annotation fonctionnelle des gènes et notre capacité à proposer des fonctions pertinentes à des gènes orphelins. Ces résultats permettent également de construire de nouvelles hypothèses pour comprendre des processus biologiques, hypothèses qui pourraient être des points de départ pour de futurs projets.

Thème 2 : Métabolisme et activités enzymatiques

Emmanuel Gaquerel (Professeur, Université de Heidel-berg, Allemagne) a initié la discussion autour de ce thème avec une présentation sur la diversité et la régulation des métabolites de défense des plantes. L'analyse des variations intra-spéci�ques du métabolisme a pris du retard malgré l’importance d’étudier ces variations naturelles impactant directement des traits fonctionnels. Pour remé-dier à ce biais, E Gaquerel a présenté une étude réalisée sur des métabolites secondaires de feuille d’écotypes de tabac sauvages soumis à des insectes herbivores. Grâce à l’observation de variations spéci�ques des métabolites, cette étude a généré des pro�ls de spectres de masse qui ont permis l'annotation de métabolites inconnus (Li et al. 2015, Proc Natl Acad Sci USA 112: E4147-55).

Bien que le pro�lage du métabolome de plantes entières reste techniquement di�cile en raison de sa complexité, ce travail permet une avancée signi�cative pour une explora-tion rapide des petites molécules produites en réponse à des stress et ayant une incidence sur les phénotypes obser-vés.

Thème 3 : Du génotype au phénotype.

Ce dernier thème a été introduit par Nicolas Langlade (Directeur de recherche INRA, Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes, Auzeville, France) avec la présen-tation d’une étude de cas d’intégration de données de génomique et de phénomique pour mieux comprendre les réponses du tournesol à la sécheresse.

Identi�er des liens entre les processus moléculaires et physiologiques de la réponse à la sécheresse des plantes est un enjeu majeur pour la science appliquée comme fondamentale. Cette réponse implique un grand nombre de voies métaboliques et physiologiques et constitue donc un modèle pour la biologie des systèmes. Un réseau de gènes a été créé en exploitant les di�érences observées entre les phénotypes observés en réponse à deux scénarios de sécheresse appliqués à 8 génotypes de tournesol (Rengel et al. 2012, PLoS One 7:e45249). Les données de transcriptomique ont pu être associées à 9 traits morpho-physiologiques en utilisant des analyses statistiques multi-variées. Ont pu être ainsi identi�és des gènes dont le niveau d’expression au niveau transcriptionnel est a�ecté par un stress hydrique modéré et/ou intense et dont la variation de niveau d’expression pourrait expliquer le phénotypique de tolérance.

Cette initiation à la biologie des systèmes nous a permis de voir l’importance des analyses intégratives et leur utilité en associant de grands jeux de données pour mieux comprendre les réponses complexes des plantes face aux contraintes climatiques.

Au-delà de ces présentations réalisées par ces trois personnalités scienti�ques, des communications de durée plus courte ont permis à de jeunes chercheurs de présenter leurs travaux en cours, travaux déjà bien avancés ou bien à des stades de réalisation nécessitant encore des ré�exions pour ajuster au mieux la stratégie optimale pour apporter des réponses aux questions biologiques posées. La néces-sité de disposer de nouveaux outils mathématiques et informatiques pour valoriser au mieux les grands jeux de données générés par les approches « omiques » a été mentionnée dans la plupart des études.

L’intérêt de la réunion du WG2 en a été grandement renforcé, puisque grâce à ce temps d’échanges, des idées nouvelles ont pu être apportées aux projets en cours. L’une des conclusions a été l’intérêt d’organiser un atelier de formation autour de l’outil « mixOmics » (Gonzales et al. 2012, BioData Min 5:19) qui permet de gérer des ensembles de données hétérogènes a�n d’établir des corrélations entre di�érents paramètres et de proposer des gènes/protéines/molécules candidats d’intérêt pour des études fonctionnelles. Cet atelier devrait avoir lieu en septembre 2016 à Toulouse.

Ce colloque s’est terminé par la visite commentée par des chercheurs du Centre INRA de Versailles-Grignon des di�érentes plateformes scienti�ques (imagerie, phénoty-page, métabolomique) de l’Observatoire du Végétal de ce centre de recherche. Cet ensemble de plateformes a pour objectif de réaliser des analyses intégrées, à di�érent niveaux et à haut débit. Il est ouvert à l’ensemble de la communauté des chercheurs aussi bien publique que privée.

Réunion du Working Group 2 du COST1-2 Février 2016 à l’INRA de Versailles (suite)

Page 13: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 12

Priscila Silvana BertevelloUniversité de Tours François Rabeles, Team BINGO (Biologie INtéGrative de l'Ovaire)

Laboratoire de Spectrométrie de Masse, Plate-forme d'Analyse Intégrative des Biomoléculeset de Phénomique des Animaux d'Intérêt Bio-agronomique (PAIB2)

Unit PRC (Physiologie de la Reproduction et des Comportements), UMR INRA 0085-CNRS 7247-UFR-IFCE, Centre INRA Val de Loire, Nouzilly

[email protected] would like to thanks SFEAP for

the opportunity to participate in the 1st Workshop on Imaging Mass Spectrometry (WIMS2016 - St Malo). It was really great to exchange knowledge on the techniques and data analysis.

During the WIMS2016 I could see the new possibilities for analysis and research, and works to be carried out through this new

technology. Regarding the organization of the whole event, choice of lectures, directing the discussions, training sessions, parties and meals all are to be congratulated, it was really excellent.

In particular the choice to serve oysters for "Co�ee Break", I loved!

Once again thank you all for learning opportunity.

Prof. Pierre Chaurand, Professor in the Chemistry Depart-ment, University of Montreal, Canada, performed the �rst conference running on the WIMS-2016 meeting, titled “Imaging mass spectrometry: From laboratory curiosity to state of art molecular technology”. His works involve the imaging spectrometry mass development, a technology with which the location peptides, proteins, drugs and other compounds is obtained directly from tissue.

Numerous classes of biomolecules including metabo-lites, phospholipids, peptides and proteins can be detected and mapped in direct correlation with the underlying histology. Molecular pro�les and images depend on the types of tissues or cells studied and certain signals can be

directly correlated with the tissue specimen health status. This technology is sensitive to detect variations in the molecular composition induced by diseases or drug uptake. Also improve the automated matrix deposition (by spray) and the development of in situ chemistries to study the proteomic content of fresh frozen and formalin �xed para�n embedded tissue specimens.

At the beginning of the second day, we had a clinical technical view with the presentation “Application of mass spectrometry in pathology” by Professor Jörg Kriegsmann, Molekularpathologie Trier (MTP), Trier, Germany.

MTP o�ers services on pathological, clinical and molecu-lar research through the use of Imaging Mass Spectro-metry. In order to implement modern and an individually tailored to the patient's therapy, an accurate and faster diagnosis is important to avoid irreparable damage to the patient. Pathologists are directly involved mainly with the diagnosis of diseases such as cancer or other pathology. Thus, each diagnosis is made by a selection of IMS images used as references to technical analysis on tumors, metabo-lic disorders or to assess any other health damages. Know pathological molecular markers are compare to patient tissues spectra. Comparing those spectral images obtained by IMS is possible to perform a precise disease classi�ca-tion. In this way, the Imaging Mass Spectrometry approaches allow us to identify the potential biomarkers of a disease, which is the main objective of the current molecular medicine.

Réunion du premier workshop on Imaging Mass Spectrometry, St Malo 29-31 Mars 2016

Page 14: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 13

http://www.supagro.fr/enquetes19/index.php?sid=43815&lang=frDu 14 au 17 juin; Date limite d'inscription le 30 avril 2016

Présentation

La modification post-traductionnelle (MPT) des protéines qui correspond à l'addition ou le retrait de groupes chimiques sur de nombreux acides aminés représente un mécanisme crucial dans la régulation cellulaire. Aujourd’hui, plusieurs centaines de MPTs sont répertoriées, affectant la grande majorité des protéines cellulaires, induisant ainsi une diversité de formes protéiques (aussi appelées protéoformes).

Les MPTs changent les propriétés physicochimiques des protéines et peuvent ainsi modifier leurs fonctions cellulaires, leurs interactions protéiques et parfois se comporter comme de véritables interrupteurs moléculaires modifiant profondément la régulation cellulaire. De plus, les MPTs d'une protéine donnée peuvent conduire à des fonctions très spécifiques et distinctes basées sur des dialogues entre ces MPTs. L’étude des MPTs et de leur dynamique est un domaine de plus en plus accessible grâce aux nouvelles méthodes de protéomique. Néanmoins, ces méthodes présentent de nombreuses difficultés techniques.

Cette formation a pour but de fournir une vue d'ensemble théorique et pratique de techniques de pointe incluant la préparation des échantillons, les méthodologies spécifiques de spectrométrie de masse ainsi que l’utilisation d’outils bioinformatiques, pour la caractérisation de MPTs, comme la phosphorylation, l’acétylation, la glycosylation et leur « cross-talk » pour contrôler les mécanismes de dynamique cellulaire.

Objectifs de la formation

La formation permettra aux participants d’acquérir des connais-sances approfondies en protéomique appliquée à l’analyse et l’étude des MPTs et d’avoir une vision générale des performances et des limites des approches et technologies disponibles.

Publics et Pré-requis

Prioritairement : agents chercheurs, post-docs et ITA des

organismes CNRS – INSERM – INRA, sous réserve de la prise en charge des frais de transport, hébergement et formation par leurs organismes.

- Secondairement : personnels non rémunérés par les organismes et travaillant dans des laboratoires, y compris étudiants

- Personnels du secteur privé

Frais d’inscription

• Pour les personnels rémunérés par l'Inserm, le CNRS ou l'INRA : 600 euros net de taxe (Merci de contacter votre service formation et le responsable de votre unité pour obtenir les prises en charges financières)

• Pour les personnels d'autres EPST ou académiques (non rémuné-rés ou non pris en charge par les 3 organismes) : 600 euros net de taxe (Merci de prendre contact avec [email protected])

• Pour les personnels d'autres structures (entreprises privées, fondations,...) 2000 euros net de taxes (Merci de prendre contact avec [email protected])

Ces coûts comprennent, l'inscription, la restauration et l'héberge-ment sur le lieu de l'école chercheur mais ne comprennent pas les coûts de transport pour vous y rendre

Dates : du Mardi 14 juin 2016 (accueil à partir de 11h) au vendredi 17 juin 2015 14h (repas de

midi inclus)

Lieu : le Lazaret – Sète (34) http://www.lazaretsete.com/

Annonce Ecole d'étéProtéomique et étude des modi�cations post-

traductionnelles, Sète, France

Page 15: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 14

Page 16: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 15

http://events.embo.org/16-proteomics/Date limite d'inscription 15 mai 2016

Annonce Ecole d'étéProtéomique, Brixen, Italy

ADVANCED PROTEOMICSADVANCED PROTEOMICS3 1 J u l y – 0 6 A u g u s t 2 0 1 6 | V a r n a , I t a l y3 1 J u l y – 0 6 A u g u s t 2 0 1 6 | V a r n a , I t a l y

Chamot-Rooke, JuliaInstitute Pasteur, Paris, FR

Cottrell, JohnMatrix Science Ltd, London, UK

Gingras, Anne-ClaudeLunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Sinai

Health System, Toronto, Ontario, CA

Ludwig, ChristinaBavarian Biomolecular Mass Spectrometry

Center, Freising, DE

MacLean, BrendanUniversity of Washington, Seattle, US

Mohammed, ShabazUniversity of Oxford, Oxford, UK

Rabilloud, ThierryiRTSV/LCBM, Grenoble, FR

Sche�er, KaiThermo Fisher Scienti�c, Dreieich, DE

Van Damme, PetraGhent University, Ghent, BE

Vitek, OlgaNortheastern University, Boston, US

White, ForrestMassachusetts Institute of Technology,

Cambridge, US

Makarov, AlexanderThermo Fisher Scienti�c

Martens, LennartGhent University, BE

http ://events .embo.org/16-proteomics/

ORGANIZERS

Küster, BernhardChair of Proteomics and Bioanalytics, Technical University Munich (TUM), DE

Lemeer, SimoneBiomolecular Mass Spectrometry and Proteomics, Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht University, NL

Marcus, KatrinFunctional Proteomics, Medizinisches Proteom-Center, Ruhr-University Bochum, DE

Urlaub, HenningBioanalytical Mass Spectrometry, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Göttingen, DE

CO-ORGANIZER

May, CarolineImmune Proteomics, Medizinisches Proteom-Center, Ruhr University Bochum, DE

REGISTRATION

Deadline 15 MAY 2016

Student.....................................700 EUR

Academic .................................700 EUR

Industry....................................900 EUR

Includes:

■ Accommodation

■ Full board meals, Co�ee Breaks

■ Special Activities

SPEAKERS

Page 17: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 16

http://www.msbm.org/Date limite d'inscription 15 juin 2016

Annonce Ecole d'étéMass Spectrometry in Biotechnology & Medicine

(MSBM 2016), Dubrovnik, Croatie

Page 18: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 17

http://sfeap2016.insight-outside.fr/

DATES IMPORTANTES Soumissions d’abstract Deadline de dépôt des soumissions : 1er juin 2016 Envoi des notifications : 8 juillet 2016 Inscriptions Avant le 13/07 sans majoration

8 conférenciers de renom

R. Aebersold, A. Beck, M. Clench, J. Dejardin, C. Juste,

S. Lichtenthaler, J. Marcoux, W. Schulze

20 communications orales sélectionnée

Espace important dédié aux posters et aux exposants

Un site facilement accessible en TGV ou par avion (aéroports de Lyon ou Genève)

Et des spécialités locales !

Page 19: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 18

25 - 27 Juillet 20162016 British Society for Proteome Research Confe-renceProteomic Approaches to Health and DiseaseUniversity of Glasgow, Ecosse (UK)

WWW.bspr.org/node/527

21- 26 Juin 2016Congrès EuPA 2016

Instanbul, Turquie

Date de soumission des abstracts 15 Mars 2016La date limite d'inscription pour béné�cier d'un tarifavantageux est �xée au 15 mars 2016

www.eupa2016.org

21-26 Juin 2016EuPA 2016Istanbul, Turkey

www.eupa2016.orgDate de soumission des abstracts 15 Mars 2016La date limite d'inscription pour béné�cier d'un tarif avantageux est �xée au 15 mars 2016.

18-22 Septembre 2016 15TH HUMAN PROTEOME ORGANIZATION WORLD CONGRESS IN TAIPEI (HUPO 2016)Taipei, Taiwan

http://www.unisi.it/eventi/proteome/index.html

Page 20: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

FEBS Workshop on Chromatin Proteomics

3-8 October 2016

The goal of this workshop is to foster scientific exchange between scientists working on

the chromatin proteome, the dynamic behavior of proteins in the nucleus and the inte-

gration and visualization of protein and DNA networks. There will be dedicated sessions

on the proteomic analysis of histone modifications, of defined chromosomal domains

and of functional proteomics together with sessions on quantitative proteomics, emer-

ging technologies and bioinformatic analysis of large proteomic datasets and their

visualization, with lectures given by leading researchers in the field.

Costs: Single registration 860 EUR

Website: http://www.chromatinproteomics2016.org/

Location : Crete, Greece

page 19

Brèves

ProFI Proteomics training session9 - 12 Mai 2016

Targeted approaches using LC-MS/MS (SRM, PRM, DIA)http://www.profiproteomics.fr/training/Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique (LSMBO)Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Strasbourg

Page 21: Worrkshop WIMS 2016 - SFEAP · Quantitative mass spectrometry imaging Pause café – Salle Champetier Bât N RdC 15h50-16h30 Thibaut Léger (Institut Jacques Monod, Paris) Relation

page 20

Nos Partenaires

BRUKER 34 rue de l'Industrie 67166 Wissembourg Cedex Tél 03 88 73 68 30 ; Fax 03 88 73 68 79 www.bruker.fr

THERMO FISHER SCIENTIFIC16 Avenue du Quebec Silic 765 91963 Courtaboeuf Cedex Tél 01 60 92 48 24 ; Fax 01 60 92 48 29 Mel: jocelyn.dupuy@thermo�sher.com www.thermoscienti�c.fr

Les sociétés commerciales suivantes accordent leur soutien à la SFEAP en souscrivant comme partenaires. Nous les remercions pour leur concours

SIGMA-ALDRICHL'Isle d'Abeau Chesnes38297 Saint-Quentin FallavierFranceTél 08 00 21 14 08; Fax 08 00 03 10 52Mel: [email protected]

PROTEOMICS CONSULTLeibeeklaan, 12 - B1910 Kampenhout BelgiumTél +33 1 8416 4716Fax +32 16 98 01 [email protected]

SHIMADZU FranceBd Salvador Allende77448 Marne-la-Vallée Cedex 2 Tél 01 60 95 10 10; Fax 01 60 06 51 66Mel: [email protected] www.shimadzu.fr

EURISO-TOPParc des algorithmes,Bâtiment Homère91194 St-AubinTél 01 69 41 61 27Mel: [email protected]

PROMEGA FRANCE Parc d'activités des Verrières 24 Chemin des Verrières 69260 Charbonnières les Bains Tél 04 37 22 50 00Mel : [email protected] www.promega.com

WATERS S. A. S.BP 60878056 St-Quentin-en-Yvelines Cedex Tél 0820 885 885 ; Fax 01 30 48 72 01 Mel: [email protected] www.waters.com