· web view>zea_mays_ xp_008658990.1 author mathal created date 05/24/2016 08:01:00 last...
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Supplemental dataset 1. Promoter sequences used for the MEME analysis in Figure 8.
1.5 Kb promoter sequences of pairs of BAM1 and BAM3 ortholog genes from 30 different plant species. In red is highlighted the ABRE element core sequence, in blue is highlighted the Coupling Element 3 like (C3-like) core sequence, as identified by MEME (http://meme-suite.org/tools/meme). The promoter sequence of AMY3 from Arabidopsis thaliana is also included.
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>Arabidopsis_thaliana_BAM3_NP_567523.1 (BAM3)GAGAATGAGGAAGCTCAAGATTTTATACTCAGTTTCTTACAAAACAAATTTCTCTCTAACTGCAAAAACACCAATTAGGATTTGAAGAGCGTACCTGTTTGAGTCAATGTCCAATGTCGTCCCCCCGCCTTCTACATTTCTTAGCCTGCTGAATAAAAGCACAAGCCAAAATGAGAAGGTGCCAAAGGCGATAAGGATCAATTTCTACCATTCAAAAAACTAATGGTGAGAATTAGAAACGAGAGAAAACTACTTGTTGAGGAAATAGCCAAAAGCGCAATCTTCGTCACCTGAATAAAGACCAAACCGTCACTTTCAATGAGTCAGCAAGAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCTCTATAACATTTGAGTCGACATGGATTCTAATGCATCAAAAGTCATCTCCAATAAACAAACACTTGAAACTCACATGGCTAATAGAACAAGATCAAAGCCTTAAGTATTAAGCATTACAGACACTACTGGCTAACTTTTGACACATGTTCTTAAGTAACATAGTATCAATATCCGTGAATCACATCGAACACACACAACAAGGGCTTAATGCATCAAAGTCCTGTTATTTCCATATAACAACATATTTCATTTACAAACAGAATGCAGCATTCAGGCAGTCCAAATGGAAAGGTTGACAAAAAAATATAATCTTGTAACTCTACATATATGGCAGAATGTAATAACCAGGCAAGAAAAAAACAGAATAAACAGATCAATGAGTATGATATAAAAAAAAGTCACAAAGAATGTGCCACAGTGAACAAGAGGGCCATGAGAAGAAATTTTCAAAGAAAATATTAGCATTGTTAGAATTTTTTGGGTCAATGGATCTGTCAGCTGCTTAGTTGGAAAACACAAATCTTACAGGAAGGAAAGTCCAAGAAAAAGAAAATAAGCAAAGTTAATAGCCACCACAAGAAATTTCATACAGAAATAATTAAATCGTTGCACTTATCTTCTTATTCAAACTAAAATCAAGAGAACTTAATAATTTTCAGCCACACGAACCATGTGTTCAAAGCCAAAGGTGAGAAGCCAAAATTATCAGCTTATCTCCATTAACAAGAGAAAAGCAAGACTAGATTTAAGAGTTCTCTGTAACTAAAAACTGCAGGAGTGAGTAAGTAAATAATTCACCAACAGGAAAACAAAA
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>Arabidopsis_thaliana_AMY3_NP_564977 (AMY3)TCTAACTGCTGTTGTGTATATAATAGGCTATGTCGCATTACGGGTATGAGATTGTTCAGACACTGATTGTGGATATCGAGCCTGATGTGCACGTCAAGAGGGCAATGAATGAGATCAATGCTGGTACGTTTAAATCTTGCTATAGAAGTTTTCGACTTTTGTTTGTTGAGAATCTCACAATGTTCTGTTCTGTTTCTGGTGTAAACACAGCTTCTAGAATGAGAGAGGCAGCGAGTGAGAAAGCTGAGGCAGAGAAGATTCTGCAGATCAAGCGTGCTGAGGGAGAAGCTGAATCGAAATACCTTTCAGGTATGGGTATAGCCCGTCAGAGACAAGCCATTGTGGACGGTCTGAGAAACAGCGTCCTCGCCTTCTCCGAGTCTGTTCCAGGAACATCTTCCAAAGACGTGATGGATATGGTTCTTGTGACTCAGTACTTTGACACATTGAAGGAAATTGGTGCTTCTTCGAAGTCAAACTCGGTGTTCATACCGCACGGTCCAGGCGCTGTTAGGGACATTGCTTCACAGATCAGGGATGGTCTTCTTCAGGGTAACTCTGCTGCTGAGTAGAGAAATGTCTCAAAGTACAAAAAGGCTTTTTCAGAGTTTTAGAGTTGTGTTACTACTTGCTACTCAGTTTATCTTTTAGCGGTTGGCTCTATATGGGTTCTTAAATTTCTTATCGTTTCTCTCTTCTAGGCTTGTGGACTTGATCCATTTTCTTGTTTTATGGGTTTGTGGATAGAGTTTGGGCTTGAAAAATATTTGTGTTATTTTGGGTTTTAATGTCGTTAACTCGTTATTAATGTTTAAACAGTGGTTAAAGAATTTGTTAACGAGAATCCTGATTTTACTGAATAACAACCAGATTGTTAACATTTAATAAACATTTCAATTTAATAAAAAGAAGCAAACAATAAAATAACGTTATAAGAATAAAAGGAAAACAATTAACTTGATAAAACAAAAAGTAGCTACTTTTTAAATCTCTACGATACCAAACCACTGAGATCTGTGCTTCACTATTTTTCAGAAATAAACGATTTCACGATCTTAACGTTCCAAACTCATCGATCAGCCGTCAGATGGTAAATCAGACAAAAAATAGAAAACACAAAATCTGAGCTACTAAATTTCCTTGTATCTTGTATTTAGTAAGATTGTATAATAATTAATATATTAATATCGTTGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAATATATTAATATTTTAGTCTACCGACGTGGCAGAGAACGCGGAAGGATCTAAGCTGACGTGGCGTTATAGTTTGATAATAACAAGTCCACGCATTATTCGAAATAAAAAAAGATCTTTTCCTTTCACCAAACCAAAAGTTATCATATCTCTCTGCCAAATACTATTTTCTCAAAAAATAAAAATAATTCCAACGACTCTTATTAACCTCTTCTTCAGTAACATTCGCTGCTACAAAATATCTTCTTCTTCTTTCTTCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCGCC
BAM1 ortholog genes promoters
>Arabidopsis_lyrata_XP_002885629.1TTACAAAAATTATTTTCAATTTCGATAAGAACTCTAGTAGTAAAAAAAGTTTTTAGTTCTTTAGAAATACTTAAATTATGATGTCTCCTTTCCGTTCCAAAACAACTCTCTTTCTTCAAATGCTCATCTTTTATTCTCTATAACCAAATCTTATGTGATCTTTTTTCCCATGGATGTAAATATGAAGTGGATTGTGTAGCACATGAAGTTGTTGCCTTGTTGGCGTAAAGACTTCATTCCAAATCTTTAAAAATTATAACGTGATACTATTTTTAAAAAACTATATATAAAAATCCAAATTAAATTATGACAAGCTTTATCAAAGGATTTTTGGTGTATCAATCTTATTGAGAAGACAATTAATCACAAGAAATTTGCTAGGTATATATAGTATAGTATATGTGTCAGGCTTTCCAAAAGGGAATTAGTCGAGAACCTAAAGTTTCGGTACACAACGACATGTGACTAAGAAATCTAACAATTGGTCAATGACGAACATAGGATCTGTCTTTGTATAATATAAATCTGATTAAGTGGATTCTAATATTGCTTAAATATTTTCTTGTCAAATATGAAAACGTAGACATAACAGAACTAGTTCTTTAGTCATGTATTGTTTAAACGTAGTCATGTGGAATAAGAATGGAAACAATTTGACTATCTCTAATTCTTTAGTATCAATTATCCACTGTGATACCTTGTTTTGAGCTCAAAATTGTACATGCATAGTTTAATATAATACATTTCACCCCTTCATGTTAATCCCAAAAGCCTTTAAAAGCCAAAATAAATCACGGATTGTGCAAAGCATTTCAAGTTTCTAAACAACAATATTTTTATGGTTGACAAGAAAACAATTATTTGTAATGCGAGTCATTTGCTAAATGTTCTCGAAATAACTCGAACCAAGACCTAAACATTTGTTTTACACATAGACGTATGTATTATAGAGAACATTTAGGAAAATACTACTTGTATTCACCATTACATATTTGTTTCCTTCATATATTTATTTTCATGAAAGAGAACATTGTAGAACACTATCACCGTTTGCTTGTAACAAAAAAAAAGCTAATCTCACCTATAAACTCGTGATAACAAATAAAGTCATATTTTTATATATTGCTTTGTATTGTACTCTAACAATAATAAATTAAATAAAAATCTATTTTGGTGACCACAAAAAATAATGTGAGGTTA
AAAGCGCGTCTACTGGAAAGTTCACGCGCTCTGCTAACCCCACCGTCCATTCTGACTCTTTAGATCTCAACCGTGTCTTTATCCACATCATACGTTTATACACGTGTCACACGATTATCGATTCTATCAAAAATATTATTTTAATCTTATCCTTTTTTGCTTCCCTATAAATATCTCTCCTTCTTCATTCTCCGATCTCTCCTCCGTCACACAAAAGTTCTGATTACAAAAAAAAAAAAAAATCAATTTGAATTTTGTGAAGAAGGAATATTCTTTTGATTCGTTTTCTCGTATAGAGAG
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