varianty sars-cov-2 v Če ské republice

Varianty SARS-CoV-2 v České republice

Zpráva ke dni 25. 06. 2021 (24. kalendářní týden roku 2021)

Vydalo: COG-CZ

COVID-19 Genomics CZ Consortium

Kontaktní osoby: Jan Pačes ([email protected])

a Michal Kolář ([email protected]),

Ústav molekulární genetiky AV ČR

Obsah

1. Přispěvatelé

2. Celkové zhodnocení

3. Týdenní přehled odebraných vzorků

4. Časový vývoj viru SARS-CoV-2 na území ČR

5. Varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR

6. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni v českých krajích

7. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni - časová řada

8. Vyobrazení Spike proteinu variant SARS-CoV-2

9. Fylogenetická analýza izolátů SARS-CoV-2 z České republiky

10. Znázornění mutací SARS-CoV-2 v reprezentaci haplotypové sítě

11. Přílohy

2 Varianty SARS-CoV-2 v České republice

1. Přispěvatelé

Karel Berka, Michaela Jaroměřská, Artsemi Yuschkevich

Katedra fyzikální chemie, Univerzita Palackého v Olomouci

Martin Čech

Ústav organické chemie a biochemie, AV ČR

Zoltán Fussy, Vladimír Hampl, Blanka Hamplová, Štěpánka Hrdá, Jiří Novák, Ruth

Tachezy, Sebastian Cristian Treitli

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy, BIOCEV

Miluše Hradilová, Michal Kolář, Ondřej Moravčík, Jan Pačes, Lucie Pfeiferová, Martin

Zmuda

Ústav molekulární genetiky, AV ČR

Magdalena Jančářová

Katedra parazitologie, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

Helena Jiřincová, Alexander Nagy, Timotej Šuri, Jaromíra Večeřová

Národní referenční laboratoř pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, SZÚ

Martin Kolísko, Serafim Nenarokov, Jeffrey Silberman, Radek Šíma, Monika Wisniewska

Parazitologický ústav, Biologické centrum, AV ČR

Jaroslav Nunvář

Katedra genetiky a mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

Miroslav Ruda

CESNET

Rastislav Slavkovský

Ústav molekulární a translační medicíny, Univerzita Palackého v Olomouci

Monika Čechová

Fakulta informatiky, Masarykova Univerzita

Markéta Tomková

University of California Davis, UC Davis Genome Center

Hana Medová

Výpočetní a datové kapacity poskytuje Elixír-CZ (www.elixir-czech.cz).


https://www.elixir-czech.cz/

2. Celkové zhodnocení

Tato zpráva vznikla za účelem zavedení pravidelného monitoringu variant SARS-CoV-2 na

území České republiky. Slouží výhradně pro vědecké účely.

Na území České republiky bylo od 1.1.2021 do 18.6.2021 zaznamenáno 53 linií SARS-CoV-2,

z toho čtyři Varianty hodné pozornosti (VOC) a dvě Varianty hodné zájmu (VOI) dle stávající

klasifikace ECDC. V deseti týdnech předcházejících datové uzávěrce zprávy (týdny 15 - 24) se

nejčastěji vyskytovala varianta alfa (B.1.1.7). V České republice se v tomto období objevily

Varianty hodné pozornosti delta (B.1.167.2) a gamma (P.1). Varianta hodná pozornosti beta

(B.1.351) a varianta B.1.258 postupně ustupují. Sporadicky byly nalezany Varianty hodné

zájmu B.1.160 a kappa (B.1.617.1). Mezi ostatními variantami jsme pozorovali nárůst varianty

C.36.3. Dále byly potvrzeny minoritní výskyty variant B.1.221, B.1.1.277, B.1.177.8, B.1.416.1,

B.1.1.318 a B.1.1.170. Varianty jsou členěny dle PANGO klasifikace https://cov-lineages.org/,

jejich podrobný popis je uveden v Příloze totoho dokumentu a na webových stránkách

http://virus.img.cas.cz/.

Výběr vzorků pro sekvenaci izolátů SARS-CoV-2 populace České republiky neprobíhal podle

jednotné metodiky. Vzorky byly vybírány tendenčně dle rozhodnutí jednotlivých klinik

a laboratoří. Dostupný dataset tedy nepředstavuje reprezentativní vzorek populace.

Závěry odvozené z předkládaných výsledků je nutno brát pouze jako orientační, neodrážejí

celkovou situaci v ČR. Pro území České republiky jsou k dispozici sekvenační data

shromažďovaná Ústavem molekulární genetiky AV ČR, dále pak data o sekvenaci českých

izolátů uložená v databázi GISAID. Ke dni zpracování této zprávy byly od 1.1.2021 pro území

České republiky k dispozici údaje o sekvenaci celkem 4 533 vzorcích, které byly vybrány po

kontrole kvality pro další analýzy.

Největším úskalím sekvenace variant SARS-CoV-2 zůstává nesystematický sběr dat,

nedostatečný počet osekvenovaných vzorků z české populace a chybějící metadata (pacientův

zdravotní stav, prodělání nemoci COVID-19 a vakcinace). Dalším problémem je nepropojenost

s pracovištěmi veřejné zpráy, které sledují výskyt SARS-CoV-2 v rámci ČR, např. ÚZIS.

Sekvenační data je důležité doplnit výsledky z diskriminačních PCR.


https://cov-lineages.org/

https://cov-lineages.org/

http://virus.img.cas.cz/

http://virus.img.cas.cz/

3. Týdenní přehled odebraných vzorků

Sekvenace izolátů SARS-CoV-2 z území České republiky probíhá v několika akademických,

univerzitních a soukromých laboratořích. V grafu je vynesen počet vzorků odebraných v daném

týdnu s udáním labratoře, která vzorek zpracovala. Ke dni vypracování této zprávy byly

k dispozici údaje o sekvenaci 4 415 vzorků od 1.1. 2021 do 18.6.2021. (Graf je na následující

straně.)

Vysvětlivky:

Bioptic Lab - Bioptická laboratoř s.r.o.

FN Motol - Fakultní nemocnice v Motole, Praha

MN Ústí nad Labem - Masarykova nemocnice Ústí nad Labem

SVÚ Praha - Státní veterinární ústav Praha

BTÚ AV ČR - Biotechnologický ústav AV ČR

GHC - GHC Genetics s.r.o.

NRL SZÚ ČR - Národní referenční laboratoře pro chřipku a nechřipková respirační virová

onemocnění ČR

Tilia Lab - Tilia Laboratories s.r.o.

CEITEC MU - Centrum CEITEC Masarykova univerzita v Brně

IMTM Olomouc - Ústav molekulární a translační medicíny, CATRIN, Univerzita Palackého v Olomouci

ÖAW - Österreichische Akademie der Wissenschaften

TU Dresden - Technische Universität Dresden

CMBG FN Brno - Centrum molekulární biologie a genetiky, Fakultní nemocnice Brno

KN Liberec - Krajská nemocnice Liberec

PřF UK BIOCEV - Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy

ve Vestci

ÚMG AV ČR - Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.


4. Časový vývoj viru SARS-CoV-2 na území ČR

Graf znázorňuje průběh linií viru SARS-CoV-2 izolovaných na území České republiky od

1.1.2021 do 18.6.2021. V grafu je na vertikální ose vyneseno množství vzorků osekvenovaných

v daném týdnu. Celkově je znázorněno 4 419 vzorků. Výchozí data jsou uvedena v Tabulce 5 a

v Tabulce 6.


5. Varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR

Graf uvádí frekvenci výskytu variant SARS-CoV-2 ve vzorcích s datem odběru mezi 1.1.2021 a

18.6.2021 ve členění podle krajů. Pro tuto analýzu bylo z celkového datasetu 4 533 vybráno 4

475 vzorků, u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu a místu

odběru. V grafu jsou vyneseny jen varianty přítomné v alespoň jednom kraji nejméně ve dvou

izolátech a zároveň ve více než 1 % analyzovaných vzorků. Od měsíce května tohoto roku

dochází k záchytům variant delta (B.1.617.2), kappa (B.1.617.1) a C.36.3. Počet vzorků

z daného kraje je uveden na svislé ose vlevo. Data o nejčastěji se vyskytujících variantách

identifikovaných v ČR jsou uvedena v Příloze v Tabulce 3, kompletní data v Tabulce 4.


6. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni v českých

krajích

Data získaná sekvenací celého genomu viru SARS-CoV-2 ukazují přítomnost mutací

v jednotlivých krajích ČR. Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty

SARS-CoV-2 (ref.č. NC_045512.2 o délce 29 903 bp). V izolátech z České republiky bylo

nalezeno již více jak 4 000 mutací (substitucí a delecí) v genomu viru SARS-CoV-2. Grafický

přehled zahrnuje frekvence aminokyselinových delecí a substitucí, které se v jednom kraji

vyskytovaly ve více jak 10% a zároveň jsou z daného kraje dostupné alespoň tři izoláty

obsahující tuto mutaci. Celkový počet vzorků z daného kraje je uveden na dolní ose. V pravé

části grafu jsou znázorněny substituce a delece ve virových proteinech charakteristické pro

danou variantu. Řádek Další mutace ukazuje střední počet mutací, které nejsou znázorněny v

heatmapě, ve vzorcích z daného kraje/týdne. Ukazuje tak mutační nálož nad rámec mutací

uvedených v heatmapě. Mutace jsou uvedeny ve formátu:

<protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované

sekvenci><->.

Výchozí data jsou uvedena v Tabulce 7.

(Graf je na následující straně.)



Data získaná sekvenací celého genomu viru SARS-CoV-2 ukazují, jak se virus mění v čase.

Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty SARS-CoV-2

(ref.č. NC_045512.2 o délce 29 903 bp). V izolátech z České republiky bylo nalezeno již více

jak 4 000 mutací (substitucí a delecí) v genomu viru SARS-CoV-2. Grafický přehled zahrnuje

frekvence aminokyselinových mutací, které se v jednom týdnu vyskytovaly ve více jak 10% a

zároveň jsou z daného týdne dostupné alespoň tři izoláty obsahující tuto mutaci. Celkový počet

vzorků z daného kraje je uveden na spodní ose. V pravé části grafu jsou znázorněny substituce

a delece ve virových proteinech charakteristické pro danou variantu. Řádek Další mutace

ukazuje střední počet mutací, které nejsou znázorněny v heatmapě, ve vzorcích z daného kraje/

týdne. Ukazuje tak mutační nálož nad rámec mutací uvedených v heatmapě. Mutace jsou

uvedeny ve formátu:

<protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované

sekvenci><->.

Výchozí data jsou uvedena v Tabulce 8.

(Graf je uveden na následující straně.)


8. Vyobrazení Spike proteinu variant SARS-CoV-2

Vyobrazení trimerické struktury Spike proteinu viru SARS-CoV-2. Spike protein je vyznačen

v reprezentaci cartoon v šedé barvě, červeně jsou zvýrazněny pozice mutací, šedými kostkami

místa glykosylace. Vazebná doména proteinu (receptor-binding domain, RBD), zodpovědná za

navázání receptoru ACE2, je vyznačena žlutou barvou, zeleně aminokyseliny přímo se vážící

na receptor ACE2. V panelu jsou vyobrazeny varianta alfa (B.1.1.7), beta ( B.1.351), delta

(B.1.617.2) a C.36.3 (tzv. thajská ex Egypt), a to v pohledech ze směru vazebné domény a

v pohledu ze strany.

varianta alfa (B.1.1.7) Animace k nahlédnutí na molstar.org.

varianta beta (B.1.351) Animace k nahlédnutí na molstar.org.


https://molstar.org/viewer/?snapshot-url=https%3A%2F%2Fvirus.img.cas.cz%2Ff%2FB.1.1.7.molx&snapshot-url-type=molx

https://molstar.org/viewer/?snapshot-url=https%3A%2F%2Fvirus.img.cas.cz%2Ff%2FB.1.351.molx&snapshot-url-type=molx

Varianta delta (B.1.617.2) Animace k nahlédnutí na molstar.org.

varianta C.36.3 Animace k nahlédnutí na molstar.org.


https://molstar.org/viewer/?snapshot-url=https%3A%2F%2Fvirus.img.cas.cz%2Ff%2FB.1.617.2.molx&snapshot-url-type=molx

https://molstar.org/viewer/?snapshot-url=https%3A%2F%2Fvirus.img.cas.cz%2Ff%2FC.36.3.molx&snapshot-url-type=molx

9. Fylogenetická analýza izolátů SARS-CoV-2 z České republiky

Fylogenetický strom sestavený ze 561 sekvencí, z toho 235 sekvencí pochází z českých izolátů,

326 zahraničních vzorků je vzato jako referenční. Referenční sekvence ze zahraničí jsou

vyznačeny černými linkami s původem uvedeným v textu (země či region a období odběru),

české sekvence jsou vyznačeny barevnými linkami a silnější linky označují sekvence vzorků

odebrané od 5. 5. 2021. Genotyp určený pomocí PANGO Linie jsou vyznačeny barevnými

výsečemi. České varianty viru SARS-CoV-2 náležejí převážně do linie B.1, zejména varianty

alfa (B.1.1.7), která také akumuluje nejvíce mutačních změn. Za pozornost stojí nově se

objevivší "indická" varianta delta (B.1.617.2) a C.36.3.

1 substituce/kbp

B.1.1.7

EPI ISL2189547

CZE-OL2021-05-01

PT02820 CZE2021-04-28

EPI ISL 2323228 CZE-MO 2021-05-01

EPI ISL2466504CZE-PH2021-05-05

EPI ISL 2036085 CZE 2021-05-07

EPI ISL1201885Brazil 21-01-21

EPI ISL 2420839 CZE-PL 2021-04-29

EPI ISL1163828Italy21-02-04

EPI ISL2380453

CZE-ST2021-04-23

EPI ISL1303507Brazil21-01-22

IMG30S 7315 CZE-MO

2021-04-23

EPI ISL 2403199 CZE-OL 2021

-05-14

EPIISL 2

189534 C

ZE-OL 20

21-04-30

EPI ISL 1502911 Panama 20-12-20

EPI ISL 2323262 CZE-MO 2021-05-04

2021-050140098CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL1970598CZE2021-04-26

EPI ISL2466507

CZE-PH2021-05-14

EPI ISL802771

Spain

20-10-20

EPI ISL2227860CZE2021-05-11

EPI ISL1470182

Estonia

21-03-10

EPI ISL 2323210 CZE-MO 2021-04-30

EPIISL2403200CZE-OL2021-05-14

EPI ISL940891

South

Africa

21-01-19

EPI ISL1752671CZE2021-03-31

2021-0501

50369 CZ

E-LI 2021-0

5-06

EPI ISL22408

24Italy

21-05-20

EPIISL

130000

1 CZE-JM

2021-02

-14

U130727 CZE-US 2021-05-04

2021-050170392CZE-LI 2021-05-09

EPI ISL2227856CZE2021-05-11

EPI ISL 256

5981CZE-

OL 2021-0

5-27

EPI ISL 1509845 Bulgaria 21

-03-21

EPI ISL2324944

CZE-ST2021-05-06

IMG30S

7335CZE-M

O2021-04-26

EPI ISL2420864CZE-PL2021-05-03

EPI ISL1970589CZE2021-04-28

EPI ISL 1500987 France 21-01-21

EPI ISL 2323177 CZE-MO2021-04-27

EPI ISL2323211

CZE-MO2021-04-30

EPI ISL2403223

CZE-OL2021-05-17


EPI ISL 2403215 CZE-OL 2021-05-16

IMG30S

7336 CZE-MO

2021-04-26

EPI ISL1508838Romania21-02-02

EPI ISL 2562064CZE-PL2021-04-27

EPI ISL2227849CZE2021-05-10

EPI ISL2189552CZE-OL2021-05-01

EPI ISL2403218CZE-OL2021-05-17

EPI ISL2323244

CZE-MO2021-05-03

EPI ISL2323195

CZE-MO2021-04-28

EPI ISL1970597CZE2021-04-26

EPI ISL1501134

France21-02-26

EPI ISL 2420883 CZE-PL 2021-05-06

EPI ISL2439020

CZE-KR

2021-01-07

EPI ISL 2420824 CZE-PL 2021-04-27

EPI ISL451157India20-05-02

EPI ISL1502928

Panama20-12-21

EPI ISL 2420820 CZE-PL 2021-04-26

EPI ISL 2346357 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL 1489925Poland 20-05-20

EPI ISL 451076 Sichuan 20-02-08

EPI ISL 2380444CZE-ST2021-04-23

EPI ISL232318

6 CZE-MO 202

1-04-28

EPI ISL2162291

Spain

21-05-12

EPI ISL 2420878 CZE-PL 2021-05-05

EPI ISL 1111

261Peru 20-05-19

EPI ISL871991

Spain

20-08-25

2021-050150513CZE-LI 2021-05-07

MW462652 USA 20

-12-28

EPI ISL2466509

CZE2021-05-12

EPI ISL 1509853 Bulgaria 21-0

3-22

EPI ISL 2382539 CZE-ST 2021-04-23

MW71115

9 Italy 20

-12-31

IMG30S

7322CZE-M

O2021-04-24

VN24306 CZE2021-05-01

EPI ISL2325003CZE-VY2021-05-05

EPIISL

232322

0 CZE-MO

2021-04-30

EPI ISL 2463285

CZE-PH 2021-04-29

EPI ISL2181391

USA21-05-11E

PI ISL2466510

CZE-MO2021-05-17

EPIISL2368756USA21-05-20

EX19532 CZE2021-04-29

EPI ISL1190930Estonia21-02-10


IMG30S1608CZE-IMG30S1608

2021-050150486 CZE-LI2021-05-07

MW71460

0 USA 202

1-02EPI ISL

1502989Panam

a21-01-10

EPI ISL 1069198 Anhui 20-01-28


2021-050110323 CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL1588507

CZE2021-03-11

EPI ISL2562078CZE-PH2021-05-05

EPI ISL1502847

Panama20-05-14

EPI ISL1502900

Panama20-12-20

EPI ISL2325005CZE-VY2021-05-05

IMG30S7513CZE-MO2021-05-12

EPIISL

232317

5 CZE-M

O 2021-0

4-27

EPI ISL 2323180 CZE-MO 2021-04-27

EPI ISL 1909815 CZE-OL 2021-04-26

U130681

CZE-US2021-05-03

EPI ISL2562077CZE-PH2021-05-05

EPI ISL2562076CZE-PH2021-05-05


U130806CZE-US

2021-05-04

EPIISL 4

16142 De

nmark 20

-02-26

EPIISL2403219

CZE-OL2021-05-17

KU14280CZE2021-04-27

EPI ISL 1970584 CZE 2021-04-28

EPI ISL 2420852 CZE-PL 2021-05-01

EPI ISL 2189560 CZE-OL 2021-05-03

EPI ISL 935017 Romania 21-01-31

EPI ISL2346341

CZE-OL2021-05-11

EPI ISL2227861CZE2021-05-11

EPIISL

234636

0 CZE-

OL202

1-05-11

EPI ISL1299949

CZE-JM

2021-02-19

EPI ISL1301639Mexico20-04-22

EPI ISL1908857

Spain

21-04-26

EPI ISL 1909818 CZE-O

L 2021-04-26

EPI ISL1970593CZE2021-04-28

MW869023 USA 21-03-07

EPIISL2420812

CZE-PL2021-04-25

EPI ISL 2346374 CZE-OL 2021-05-13

EPI ISL2380448CZE-ST2021-04-23

EPI ISL1501133

France21-02-26

EPI ISL 232

3213CZE-M

O 2021-04-3

0

2021-050150343CZE-LI 2021-05-06

EPI ISL2386345Germany21-05-20


EPI ISL1502895

Panama20-12-20

EPI ISL2324998

CZE-VY2021-05-05

EPI ISL 1502978 Panama 21-01-08

EPI ISL 2420841 CZE-PL 2021-04-29

EPI ISL 1402347 CZE-JM 2021-03-12

KU14510 CZE2021-04-28

EPI ISL 2324935 CZE-ZL 2021-04-30

EPI ISL 837646 Mexico20-04-11

EPI ISL 1909795 CZE-OL 2021-04-26

EPI ISL 1971080CZE-US2021-04-26

EPI ISL2227855CZE2021-05-13

EPI ISL2420821

CZE-PL2021-04-26

EPIISL

463742

Cyprus

20-03-22

EPI ISL 2323189 CZE-MO2021-04-28

IMG30S7516

CZE-MO2021-05-12

EPI ISL2420828CZE-PL2021-04-27

EPI ISL 436720 Italy 20-03-20

IMG30S 7343 CZE-MO 2021-04-26

EPI ISL 1401707 Slovakia 21-03-10

VN24279 CZE 2021-04-30

EPI ISL1140097

Lithuania21-01-22

EPI ISL2420874

CZE-PL

2021-05-05

EPI ISL959283

Iran20-04-06

HD72198 CZE2021-04-27


EPI ISL1707064

CZE-JM

2021-02-12

EPI ISL 2323201 CZE

-MO 2021-04-29

EPI ISL653798

Italy20-11-03

EPI ISL 1909797 CZE-OL 2021-04-26

EPIISL2183779Israel21-05-09

HD72489 CZE 2021-04-29

EPIISL2181311USA21-05-11

EPI ISL 1970601 CZE 2021-04-27

KU14311CZE 2021-04-27

IMG30S 7332

CZE-MO 202

1-04-26

EPI ISL1588440

CZE2021-01-26

EPI ISL 2346378 CZE-OL 2021-05-13

EPIISL

232319

1 CZE-MO

2021-04-28

EPI ISL 1501244 France 21-03-22

EPI ISL2562083CZE-US2021-04-30

EPI ISL2227841

CZE2021-05-10

EPI ISL 2036084 CZE 2021-05-04

EPI ISL2323225

CZE-MO2021-05-01

EPI ISL 1850660Germany 21-04-27

EPI ISL 2323207 CZE-MO 2021-04-30

EPI ISL 811147 cat21-01-06

EPI ISL 256

5969CZE-

OL 2021-05

-31

EPI ISL 437459 Saudi Arabia 20-03-23

EPI ISL1360318

India20-12-19

EPI ISL2346368

CZE-OL2021-05-12

EPI ISL1420787CZE-JM2021-02-15

EPI ISL 2181593 USA 21-05-11

EPI ISL 1502930 Panama 20-12-21

EPI ISL 455708 Vietnam20-04-10

EPI ISL2380446CZE-ST2021-04-23

EPI ISL1502885

Panama20-08-19

EPI ISL1652107

Singapore

21-04-13

EPI ISL 232

3216CZE-M

O 2021-04-3

0

EPI ISL 242

0854CZE-P

L 2021-05-0

1

EPI ISL2324942

CZE-US2021-05-06

EPI ISL2189566CZE-OL2021-04-30

KU14239 CZE2021-04-27

EPI ISL1970617CZE2021-04-28

EPI ISL2420860CZE-PL2021-04-30

MW642493

USA21-01-26

EPI ISL2323205CZE-MO2021-04-29

EPIISL2566598

Spain

21-06-05

IMG30S6078CZE-ST2021-04-08

EPI ISL1360328

India21-01-05

EPI ISL 2323204 CZE-MO 2021-04-29

U131099 CZE-US 2021-05-06

EPI ISL2323203

CZE-MO2021-04-29

EPI ISL802765

Spain

20-10-23

EPI IS

L2380406

CZE-ST2021-04-21

EPI ISL 2180835 USA 21-05-09

EPI ISL 2323258

CZE-M

O 2021-05-04

EPI ISL2189564

CZE-O

L2021-05-03

EPI ISL2361091

CZE-OL2021-05-12

EPI ISL 1401380 Bulgaria 21-03-06

EPI ISL 2403210 CZE-OL 2021-05-16

EPI ISL1970609CZE2021-04-28

EPI ISL1502886

Panama20-08-22

EPIISL

150248

3 Italy 21

-03-23

EPI ISL2323240

CZE-MO2021-05-03

2021-050130082CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL2323176

CZE-MO2021-04-27

EPI ISL2403227

CZE-OL2021-05-17

IMG30N1811CZE 2021-03-20

EPI ISL2323194

CZE-MO2021-04-28

EPI ISL 1509815 B

ulgaria 21-02-24

EPI ISL2388855

Germ

any21-05-20

EPI ISL2562079

CZE-PH2021-05-05

EPIISL

232325

1 CZE-MO

2021-05

-03

EPI ISL 2346380CZE-OL2021-05-13

EPI ISL1970612CZE2021-04-28

EPI ISL 2346366 CZE-OL 2021-05-15

EPI ISL 513071 SaudiArabia20-06-23

EPI ISL2346343CZE-OL2021-05-11

EPI ISL 2036082 CZE 2021-05-03

HD72331 CZE2021-04-28

EPI ISL 2346367 CZE-OL 2021-05-12

EPI ISL2348868Belgium21-05-20

EPI ISL 2420863 CZE-PL 2021-05-03

EPI ISL223523

0 Greece 21-05

-11

EPI ISL1909804

CZE-O

L2021-04-26

EPI ISL1752674CZE2021-04-12

EPI ISL1502983

Panama21-01-09

EPI ISL2229775

USA21-05-09

EPI ISL 2420896 CZE-PL 2021-05-10

EPI ISL 1502893 Panama 20-12-20

EPI ISL1502892

Panama20-12-20

EPI ISL1970624CZE2021-04-28

EPI ISL 2420829 CZE-PL 2021-04-27

MW84889

8 USA 21

-03-26

EPI ISL 422416 Taiwan20-03-18

EPI ISL2189533

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL 2227843 CZE 2021-05-08

EPI ISL 2324

946 CZE 20

21-05-04

EPI ISL 416028 Brazil 20-03-03

EPI ISL2380455CZE-PH2021-04-24


IMG30S 7321 CZE-MO 2021-04-23

EPI ISL1970611CZE2021-04-28

EPI ISL 2403226 CZE-OL 2021-05-17

EPI ISL2227869

CZE2021-05-11

EPI ISL2227870CZE2021-05-10

EPI ISL1502959

Panama21-01-05

EPI ISL2388867

Germ

any21-05-20



IMG30S

7342 CZE-MO

2021-04-26

EPI ISL2348488

CZE-MO2021-04-28

EPI ISL 475613 USA 20-03-26

EPI ISL2370480

USA21-05-22



EPI ISL2562061

CZE-MO2021-05-14

EPIISL

653794 It

aly 20-11

-03

EPI ISL2565982

CZE-OL2021-05-30

EPI ISL 2227844 CZE 2021-05-10EPI ISL 2420836 CZE-PL 2021-04-28

IMG30S

7323 CZE-MO

2021-04-24

EPI ISL 12

51071 Ital

y 21-02-26

HD72934CZE2021-05-01

EPIISL

203608

8 CZE 20

21-05-03

EPI ISL836977Brazil 20-12-08EPI ISL

848198Canada

20-12-24

EPI ISL1360316

India20-12-17



21-05-15

EPI ISL 2420835 CZE-PL 2021-04-28

EPI ISL2324921

CZE-PH2021-04-25

EPI ISL 525639 USA20-03-30

EPI ISL 2189

537CZE-O

L 2021

-04-30

EPI ISL 2420855 CZE-PL 2021-05-01

EPI ISL2227846CZE2021-05-11

EPI ISL788968

Italy20-09-01

EPI ISL 1502908 Panama 20-12-20

EPI ISL 1853012 Ge

rmany 21-04-27

EPI ISL 1818766 Switzerland 21-04-25

EPIISL

421275

Russia20-03-18

EPI ISL 2420870 CZE

-PL 2021-05-04

EPIISL

434538

Costa R

ica20-03-20

EPI ISL2189542CZE-OL2021-04-30

EPI ISL 2420888 CZE-PH 2021-05-06

IMG30S6101CZE-PH2021-04-08

EPI ISL 2420837 CZE-PL 2021-04-28

EPIISL1588697CZE2021-03-05

EPI ISL2545566CZE-ZL2021-04-14


EPI ISL1970622CZE2021-04-26

IMG30S

7340CZE-M

O2021-04-26

EPIISL 2

565971 C

ZE-OL 20

21-05-28

EPI ISL437481

Saudi Arabia20-03-18

EPI ISL1971085CZE-US2021-04-26

EPI ISL1970613CZE2021-04-28


U130618 CZE-US 2021-05-03

EPI ISL 2324938 CZE-VY 2021-05-04

EPI ISL 2

346376 C

ZE-OL 202

1-05-13

EPI ISL 1303031 Togo 20-03-29

EPI ISL 2545582 CZE-JM 2021-04-24

IMG30S

7327CZE-MO2021-04-24

EPI ISL2357743

CZE-PH2021-05-05

EPI ISL1937888

CZE-OL2021-04-26


EPI ISL2346346

CZE-OL2021-05

-11

EPI ISL 2189538 CZE-OL 2021-04-30

EPI ISL2403220CZE-OL2021-05-17

EPIISL

872034

Italy20-0

4-06

EPI ISL 479820 Japan 20-03-08

EPI ISL2325004CZE-VY2021-05-05

EPI ISL1402372CZE-JM2021-02-25


2021-050150662 CZE-LI 2021-05-09

EPI ISL2323198

CZE-MO2021-04-28

EPI ISL1360409Mexico21-01-18



PT02899CZE

2021-05-02

EPI ISL 2323190 CZE-MO 2021-04-28

EPI ISL 1402355 CZE-JM 2021-02-24

MW771887

USA21-02-28

EPI ISL 451319 Sichuan 20-01-27

EPI ISL 2276004 Italy 21-05-20

U130680CZE-US2021-05-03

U130606CZE-US2021-05-03

EPIISL

232323

5 CZE-M

O 2021

-05-01

EPI ISL2565972CZE-OL2021-05-31


IMG30S6238CZE-ST2021-04-08

EPI ISL 2323229 CZE-MO2021-05-01

MW059036 United Kingdom20-01-29


EPI ISL2545564CZE-JM2021-04-16

EPI ISL 2380447 CZE-ST 2021-04-23

IMG30S7514CZE-MO2021-05-12

EPI ISL1502986

Panama21-01-10

EPI ISL491115

Germany

20-04-27

EPI ISL 2189540 CZE-OL 2021-04-30

EPI ISL 1502988 Panama 21-01-10

EPI ISL 1502994 Panama 21-01-11

EPI ISL 1111079Peru20-03-31

HD72935CZE2021-05-01

EPI ISL2036081

CZE2021-05-06

EPI ISL2420862

CZE-PL2021-05-03

EPI ISL1299963

CZE-JM

2021-02-20

EPI ISL 2403229 CZE-OL 2021-05-17

EPI ISL2036086

CZE2021-05-06

EPI ISL 1970594 CZE 2021-04-28

EPI ISL2324992

CZE-PL2021-04-23

EPI ISL1360306

India20-12-07

MT611451Egypt 20-06-02

EPIISL

722871

Italy20-0

8-28

EPI ISL1502903

Panama20-12-20

EPI ISL 2420858 CZE-PL 2021-04-30

EPI ISL2357739

CZE-PH2021-05-04

HD72451CZE2021-04-29

EPI ISL 416042 Hangzhou 20-01-26


EPI ISL 2420892 CZE-PL 2021-05-07


EPI ISL1502905

Panama20-12-20

EPI ISL1970603CZE2021-04-27

2021-050110322CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL2189565

CZE-O

L2021-05-03

EPI ISL 1085735 France 21-02-11

EPI ISL2227859CZE2021-05-10

EPI ISL2420885CZE-PL2021-05-06


EPI ISL2324931

CZE-PH2021-04-23

EPI ISL2420834CZE-PL2021-04-28


EPI ISL1909812

CZE-OL2021-04-26

EPI ISL2380452

CZE-PH

2021-04-23

VN23642CZE 2021-04-28

U130896

CZE-US

2021-05-

05

EPIISL244

3327CZE-PH2021-05-11

2021-050110299CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL1492298CZE-MO2021-02-20

EPI ISL 2420893 CZE-PL 2021-05-09

MW155633Australia 20-07-27

EPI ISL2420876

CZE-PL

2021-05-05


EPI ISL2562074CZE-PH2021-05-09

EPI ISL802752

Spain

20-10-21

EPI ISL 2420872 CZE-PL 2021-05-04

HD72164 CZE 2021-04-27

EPI ISL2324936CZE-ZL2021-04-30

U130619 CZE-US 2021-05-03

2021-050150531CZE-LI 2021-05-07


EPI ISL 1828727 CZE-US 2021-04-23

EPI ISL691707

Spain

20-08-18

EPI ISL 2095541 France 21-05-10

EPI ISL 2346373 CZE-OL 2021-05-13

EPI ISL2323234

CZE-MO2021-05-01

IMG30S

7326CZE-MO2021-04-24


EPI ISL1502992

Panama21-01-10

EPIISL

569882

Italy20-04-01

EPIISL 1

402339 C

ZE-JM 20

21-01-14

EPI ISL2403222

CZE-OL2021-05-17

KU14279CZE2021-04-27

EPI ISL685139Japan20-04-06

IMG30S5501CZE2021-04-14

EPI ISL2227848CZE2021-05-11

EPI ISL2420897CZE-PL2021-05-10

EPI ISL2420889

CZE-PL2021-05-07

EPI ISL2420890

CZE-PL2021-05-07

EPI ISL1971086CZE-US2021-04-26

EPI ISL2189557

CZE-OL2021-05-01

EPI ISL 513022 SaudiArabia20-05-24

EPI ISL2420859CZE-PL2021-04-30

EPI ISL455697Vietnam20-03-22

EPIISL 1

909799 C

ZE-OL 20

21-04-26

EPI ISL 965951 Spain 21-01-26

EPI ISL940886

South

Africa

21-01-05

EPI ISL 912921 France 20-12-28

EPI ISL794817

Italy20-12-17

EPI ISL691732

Spain

20-10-09

EPI ISL 512928 Saudi Arabia 20-04-01

EPI ISL 2562066CZE-PL2021-04-27

EPI ISL2420898

CZE-PL2021-05-10

EPIISL 2

403195 C

ZE-OL 20

21-05-14

EPIISL2180715USA21-05-10

EPI ISL 1502990 Panama 21-01-10

EPIISL2189539CZE-OL2021-04-30

EPI ISL691725

Spain

20-08-26

IMG30S

5495 CZ

E 2021-0

4-14

EPI ISL 2346375 CZE-OL 2021-05-13

EPI ISL1502963

Panama21-01-06

2021-050110255CZE-LI 2021-05-06

EPI ISL437751SaudiArabia20-03-30

EPI ISL2420884

CZE-PL2021-05-06

EPI ISL1970581

CZE2021-04-26

EPI ISL1970620CZE2021-04-28

EPI ISL 1909816 CZE-OL 2021-04-26

EPI ISL419664Austria20-03-23

EPI ISL 1336

747 Italy 21-0

3-06

EPI ISL 2323174 CZE-MO 2021-04-26

EPI ISL691709

Spain

20-08-18

EPI ISL1970578CZE2021-04-28

HD73196 CZE2021-05-03


EPI ISL 2420894 CZE-PL 2021-05-09

EPIISL1897606

Singapore

21-04-28


EPI ISL2565976CZE-OL2021-05-28


EPI ISL 2403206CZE-OL2021-05-15

EPI ISL 2324996 CZE-PL 2021-04-23

EPI ISL 1752683 CZE 2021-04-13

EPI ISL 2420857 CZE-PL 2021-05-01


EPI ISL2346342

CZE-OL2021-05-11

EPI ISL691714

Spain

20-08-18

EPI ISL 2420853 CZE-PL 2021-05-01

EPI ISL 2420818 CZE-PL 2021-04-26

EPI ISL 2323181 CZE-MO 2021-04-27


-05-13

EPI ISL 1970583 CZE 2021-04-27

EPI ISL2545604Belgium

21-06-07

EPI ISL 2420816 CZE-PL 2021-04-26

EPI ISL2227866CZE2021-05-10

EPI ISL 2323178 CZE-MO 2021-04-27

EPI ISL2391926Spain21-05-25


EPI ISL 1483782 France 21-03-24

EPIISL2403190

CZE-OL2021-05-14

IMG30S4794CZE2021-04-14

EPI ISL 2420830 CZE-PL 2021-04-27

U131127CZE-US

2021-05-06

EPI ISL437302

Austria20-04-17

EPI ISL 2380445 CZE-PH 2021-04-23

EPI ISL1707067CZE-JM2021-03-11

EPI ISL2420875

CZE-PL2021-05-05

EPI ISL 2036087 CZE 2021-05-03

2021-050150459CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL691717

Spain

20-08-18

EPI ISL 1585261CZE 2021-02-12

EPI ISL2420880

CZE-PL

2021-05-06

MW793618 USA 21-02-24

EPI ISL 1139068Brazil 20-03-25

EPI ISL2324937CZE-VY2021-05-04

U131076 CZE-US2021-05-06

EPI ISL 2403217 CZE-OL 2021-05-17

EPI ISL2323214

CZE-MO2021-04-30

EPI ISL 1501110 France 21-02-26

EPI ISL1588726CZE2021-03-15

EPI ISL 2189563 CZE-OL 2021-05-03

EPI ISL2357740

CZE-PH2021-05-02

EPI ISL 2545583 CZE-JM 2021-04-23

EPI ISL 2130602 Germany 21-05-11

EPI ISL 2324947 CZE-ST 2021-05-12


EPI ISL1360375

India21-02-24

EPI ISL 582511 Ukraine20-08-07

EPI ISL2405325Switzerland21-05-26

EPI ISL 1

909800 C

ZE-OL 20

21-04-26


EPI ISL2346354CZE-OL2021-05-11

EPI ISL 2227839 CZE 2021-05-12

EPI ISL2420868CZE-PL2021-05-04

EPI ISL2565983

Japan21-06-06

EPI ISL 1401409 Bulgar

ia 21-03-08


EX18033 CZE2021-04-27


EPI ISL 582510 Ukraine20-08-07


EPI ISL 1970582 CZE 2021-04-26

U130700

CZE-U

S2021-05-03

EPI ISL 1501007 France 21-01-28

EPI ISL428851Russia20-04-02

EPI ISL 463745 Cyprus20-04-01

EPI ISL2227460CZE-OL2021-04-30


EPI ISL2189567

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL1502842

Panama20-04-21

EPI ISL2346351CZE-OL2021-05-11

EPI ISL 2323208 CZE-MO2021-04-30


EPI ISL 1502894 Panama 20-12-20

EPI ISL1897623

Singapore

21-04-27

EPI ISL2420845

CZE-PL2021-04-29

EPI ISL1971081CZE-US2021-04-26

EPI ISL1970615CZE2021-04-28

EPI ISL871994

Spain

20-10-11

EPI ISL 1502836 Panama 20-04-12

IMG30S

7320 CZE-MO

2021-04-23

EPI ISL2213584Switzerland21-05-11

IMG30S 7317 CZE-MO 2021-04-23

IMG30S

7512CZE-M

O2021-05-12

EPI ISL 2420848 CZE-PL 2021-04-29

EPI ISL2228593

Sweden

21-05-14

EPI ISL2323248

CZE-MO2021-05-03

EPI ISL1517408

CostaRica

21-02-15

EPI ISL802773

Spain

20-10-20

EPI ISL2420856CZE-PL2021-05-01

EPI ISL2324930

CZE-PH2021-04-26

EPI ISL872006

Italy20-09-06

EPI ISL 2403212 CZE-OL 2021-05-16

EPI ISL2403230

CZE-OL2021-05-18

EPI ISL 539850 Hong Kong 20-03-25

EPI ISL2227852CZE2021-05-13


EPI ISL 2323259 CZE-MO 2021-05-04

EPI ISL 2325001 CZE-VY 2021-05-05

EPI ISL2562060CZE-PA2021-05-25

EPI ISL1970587CZE2021-04-28

IMG30S6243CZE-PH2021-04-09

EPI ISL 2

189546 C

ZE-OL 202

1-05-01


EPI ISL 2420843 CZE-PL 2021-04-29

EPI ISL2189561CZE-OL2021-05-03

EPI ISL 1501083 France 21-02-17

EPI ISL691720

Spain

20-08-18

EPI ISL 2346362 CZE-OL 2021-05-12


EPI ISL 2323184 CZE-MO 2021-04-27

EPI ISL 2348861 Belgiu

m 21-05-20

EPI ISL691730

Spain

20-09-09

EPIISL2386509Germany21-05-22

EPI ISL 2323256

CZE-M

O 2021-05-04

HD73185 CZE2021-05-03

EPI ISL 2348856 Belgium 21-05-20

EPI ISL2323233

CZE-MO2021-05-01

EPI ISL 232

3236CZE-

MO 2021-0

5-01

EPI ISL 419311 Japan20-03-13

IMG30S7344CZE-MO2021-04-26

EPI ISL1971084CZE-US2021-04-26

EPI ISL1620161

Singapore

21-04-11

IMG30S 7345

CZE-MO 2021

-04-26

EPI ISL 1111

125Peru 20-05-08



LV76696

CZE2021-05-03

EPI ISL 1401349 Bulgaria 21-03-04

EPI ISL2545562CZE-JM2021-04-21

EPI ISL1970596CZE2021-04-28

EPI ISL2227461

CZE-OL2021-05-01

EPI ISL 2361089 CZE-OL 2021-05-11

EPIISL

232319

2 CZE-MO

2021-04-28

EPI ISL 2545479CZE-JM2021-03-04

EPI ISL 2323245 CZE-MO 2021-05-03

U130624 CZE-US 2021-05-03

EPI ISL2323252

CZE-MO2021-05-04

EPI ISL 1509885 Bulgaria

21-03-23

EPI ISL427391

Turkey20-04-13

EPI ISL 2380403

CZE-PH 2021-04-21

EPI ISL 2403231 CZE-OL 2021-05-18

EPI ISL1498860CZE-PL2021-03-09

KU14206 CZE2021-04-27

EPIISL

232318

5 CZE-M

O 2021

-04-28

EPI ISL 1501054 France 21-02-18

EPI ISL 913036 Spain 21-01-12

EPI ISL 232

3218CZE-M

O 2021-04-3

0

EPI ISL2189545

CZE-OL2021-05-01

EPI ISL 2325000

CZE-VY 2021-05-05

EPI ISL 1401407 Bulgaria 21

-03-08

EPI ISL 2420866 CZE-PL 2021-05-03

EPI ISL1502915

Panama20-12-20

EPI ISL2323231

CZE-MO2021-05-01

EPI ISL2380454

CZE-PH2021-04-23

EPI ISL1005682

France21-01-28

EPI ISL 1828725 CZE-PH 2021-04-23

IMG30S

850CZE

-PH2021

-01-05

EPI ISL2357738

CZE-US2021-05-03

EPI ISL 2323

215 CZE-MO

2021-04-30

EPI ISL 407976 Belgium20-02-03

EPIISL2189541

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL1970580CZE2021-04-27

EPI ISL 2565968 CZE-OL 2021-05-28

EX19606 CZE2021-04-29

EPI ISL 2189555 CZE-OL 2021-05-01

EPIISL2357745

CZE-PH2021-05-07

EPI ISL2403213CZE-OL2021-05-16

EPI ISL691718

Spain

20-08-18

EPI ISL2420847

CZE-PL

2021-04-29

EPI ISL2346344CZE-OL2021-05-11



EPI ISL2189551CZE-OL2021-05-01

U131194CZE-US2021-05-07

IMG30S

7337CZE-MO2021-04-26

EPI ISL1402348CZE-JM2021-03-12

EPI ISL 2551130 Italy 21-06-05

EPI ISL 1970608 CZE 2021-04-27

EPI ISL1970610CZE2021-04-28

EPI ISL1909802CZE-OL2021-04-26

EPI ISL2420879CZE-PL2021-05-05

IMG30S7325 CZ

E-MO 2021-04-24


20-03-31

EPI ISL2036083CZE2021-05-03

EPI ISL 735346 Turkey20-06-19

EPI ISL1970619CZE2021-04-28

EPI ISL528693UnitedArabEmirates20-05-05


EPI ISL1970592CZE2021-04-27

EPI ISL2380451

CZE-ST2021-04-23

EPI ISL1752678

CZE2021-04-13

EPI ISL 1406586 F

rance 21-03-16

U130996

CZE-US

2021-05-

05

KU14654 CZE2021-04-29

MW831546 USA 21-03-22

EPI ISL1001459

France21-01-27

IMG30S6075CZE-ST2021-04-08

EPI ISL2227854CZE2021-05-13


EPI ISL 690669 Japan20-05-07

KU14446 CZE2021-04-28

EPI ISL197059

9 CZE2021-0

4-26

EPI ISL1402349

CZE-JM

2021-01-11

EPI ISL539548

Spain

20-06-26

EPI ISL2398923

USA21-05-20


2021-050150496 CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL223523

5 Greece 21-05

-10

2021-050150487 CZE-LI2021-05-07

EPI ISL 2551104 Italy 21-06-05

U131126CZE-US

2021-05-06

EPI ISL2324922

CZE-PH2021-04-27

EPI ISL 2324945 CZE-ZL 2021-05-11

NC 045512.2

EPI ISL 2324999 CZE-VY2021-05-05

EPIISL

190979

3 CZE-OL202

1-04-26

EPI ISL2357746

CZE-ST2021-05-11

EPI ISL2420814

CZE-PL

2021-04-26

EPIISL

126141

8 CZE-KR

2021-01

-06

EPIIS

L2189544

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL1233836CZE-OL2021-03-01

EPI ISL1804840CZE2021-04-20


2021-050150656 CZE-LI 2021-05-09

IMG30S 7

257CZE

-MO2021

-05-17

EPI ISL 1209394 France 21-01-21

VN24635CZE 2021-05-02

EPI ISL 2189548 CZE-OL 2021-05-01

EPI ISL 1502899 Panama 20-12-20

EPI ISL 2420871 CZE-PL 2021-05-04

EPI ISL 2420822 CZE-PL 2021-04-27

EPI ISL2227857CZE2021-05-12


EPI ISL1380061

Italy20-12-18

EPI ISL1970604CZE2021-04-27


EPI ISL 2227840 CZE 2021-05-13

EPI ISL2323196CZE-MO2021-04-28

EPI ISL1970595CZE2021-04-28

EPI ISL1502128

Spain21-02-10

U130644CZE-US2021-05-03

EPI ISL2420895CZE-PL2021-05-09

EPIISL

498563

Italy20-0

7-06

EPI ISL2189536

CZE-OL2021-04-30


MW863062 USA 21-03-08

IMG30S 7341 CZE-MO 2021-04-26

EPI ISL 2227868 CZE 2021-05-10

U130716 CZE-US 2021-05-04

EPI ISL1402337CZE-JM2021-03-10

EPI ISL2357742CZE-PH2021-05-04


IMG30S

7328CZE-MO2021-04-24


21-05-21

EPI ISL 2346363 CZE-OL 2021-05-12

EPI ISL 2323257 CZE-MO2021-05-04

EPI ISL 1970605 CZE 2021-04-27

EPI ISL417879

Slovakia20-03-06

EPI ISL2189556

CZE-OL2021-05-01


EPI ISL2346350CZE-OL2021-05-11

EPI ISL2227864

CZE2021-05-10


U130605CZE-US2021-05-03

EPI ISL2227862CZE2021-05-12

EPI ISL 19

09813 CZ

E-OL2021

-04-26

EPI ISL 2466502

CZE-LI 2021-05-02

U130763CZE-US 2

021-05-04

EPI ISL 2

403209 C

ZE-OL 202

1-05-15

EPI ISL2562084CZE-US2021-04-30

EPI ISL2562062

CZE-PH2021-05-25

EPI ISL 912913 France 21-01-12

IMG30S

7259CZE

-MO2021

-04-18

EPI ISL 2346348 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL2565970

CZE-OL2021-05

-30

EPIISL

569876

Italy20-03-31

EPI ISL1502843

Panama20-04-22

EPI ISL 2420849CZE-PL2021-04-29

EPI ISL1360382

India21-03-03

EPI ISL 1299940 CZE-JM2021-02-18

EPI ISL 1936112Egypt21-05-02


EPI ISL2325006

CZE-PL2021-05-04

EPI ISL443286France20-04-02

EPI ISL2380450

CZE-ST2021-04-23

EPI ISL 2439101CZE 2021-02-03

EPI ISL 913034 Spain 21-01-01

EPI ISL2357737CZE-PH2021-04-29

EPI ISL471459Morocco20-04-19

EPI ISL2420891CZE-PL2021-05-07

EPI ISL2189562CZE-OL2021-05-03

EPI ISL2227863CZE2021-05-10


EPI ISL 1372

186Belgium 2

1-01-26

IMG30S 7333

CZE-MO 2021

-04-26

VN23640CZE 2021-04-28

EPIISL

653814 It

aly 20-04

-11

EPIIS

L218954 3

CZE-OL2021-04 -30

EPI ISL 2420819 CZE-PL 2021-04-26

EPIISL

2324997

CZE-VY

2021-05-

05

EPI ISL 2346352 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL2598398

Australia

21-06-12

EPI ISL1502896

Panama20-12-20

EPI ISL2227853CZE2021-05-13

LV73011 CZ

E 2021-04-29

EPI ISL871984

Spain

20-08-17

EPI ISL 431785 Fujian 20-01-23

EPI ISL 2443325 CZE-PL 2021-05-04

EPI ISL1970616CZE2021-04-28

EPI ISL2189530CZE-OL2021-04-30


EPI ISL2227851CZE2021-05-12

EPI ISL2323219

CZE-MO2021-04-30

EPI ISL1935601

Belgium

21-04-29

EPI ISL1502967

Panama21-01-06

EPI ISL2536214

Italy21-06-08

HD73074CZE2021-05-01

KU14458 CZE2021-04-28

EPI ISL1111233Peru20-03-16

IMG30S5515CZE 2021-04-14

EPI ISL2227867CZE2021-05-10

EPI ISL 884088 Bangladesh20-12-02

EPI ISL1502984

Panama21-01-09

EPI ISL691729

Spain

20-09-01

EPI ISL 1111197Peru20-03-16

EPI ISL 2346345 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL2227865

CZE2021-05-10

EPI ISL 2227842 CZE2021-05-10

2021-050150523CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL 2189554 CZE-OL 2021-05-01

EPIISL

232317

9 CZE-

MO202

1-04-27

IMG30S

7331 CZE-MO

2021-04-26

EPI ISL2323239

CZE-MO2021-05-03

EPI ISL2545565CZE-JM2021-04-15

EPI ISL2325002CZE-VY2021-05-05

EPI ISL 1936104

Egypt 21-05-02

EPI ISL 2466505

CZE-PH 2021-05-14


EPI ISL1117691

Italy21-02-18


EPI ISL150986

4 Bulgaria 21-0

3-22

EPI ISL2361090CZE-OL2021-05-12

EPI ISL 2420873CZE-PL2021-05-05

EPI ISL2466503CZE-PA2021-05-04

EPI ISL 2323261 CZE-MO 2021-05-04

EPI ISL2227858CZE2021-05-13

LV71787CZE2021-04-27

EPI ISL 2323

254 CZE-MO

2021-05-03

EPI ISL691710

Spain

20-08-18

EPI ISL2189535

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL 232

3238CZE-M

O 2021-05-0

1

EPI ISL1970590CZE2021-04-26

EPI ISL 2323223

CZE-M

O 2021-05-01


EPI ISL 454499 Kazakhstan 20-04-16

EPI ISL2598073

USA21-06-08


EPI ISL 2189559CZE-OL 2021-05

-03

EPIISL2391913Spain21- 05-25

EPI ISL 2323

247CZE-M

O 2021

-05-03

EPI ISL493199Taiwan20-03-17

EPI ISL613419Guadeloupe20-03-18


EPI ISL1502897

Panama20-12-20

EPI ISL236523

5 Greece 21-0

5-20

OA02158 CZE2021-04-27



EPI ISL 1517393CostaRica 20-12-30

2021-050150504CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL691731

Spain

20-10-09

EPI ISL 2323200 CZE-MO 2021-04-29

EPI ISL2420813

CZE-PL2021-04-26

EPI ISL979971Ukraine20-05-28

EPI ISL1300005CZE-JM2021-02-14

EPI ISL 2420867 CZE-PL 2021-05-04

EPI ISL2189532

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL2562059CZE-VY2021-04-28

EPI ISL 2420831 CZ

E-PL 2021-04-28

EPI ISL2346377

CZE-OL2021-05-13

EPI ISL 1300013 CZE-JM 2021-02-14

IMG30S7346 CZ

E-MO 2021-04-

26

EPI ISL1401390

Bulgaria21-03-06


EPI ISL1041199Hungary21-01-19

EPI ISL2357744

CZE-MO2021-04-30

EPI ISL 2346355 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL2420877

CZE-PL

2021-05-05

EPI ISL1402345

CZE-JM

2021-01-08

IMG30S7515CZE-MO2021-05-12

EPI ISL539496Andorra20-03-13

EPI ISL2361359

CZE-OL2021-04-26

EPI ISL2516935

Spain

21-0 6-0 8

EPI ISL 1502985 Panama 21-01-10

EPI ISL 2403204 CZE-OL 2021-05-14

2021-050150505CZE-LI 2021-05-07

IMG30S6046CZE-ST2021-04-06

EPI ISL2420817CZE-PL2021-04-26

IMG30S4833CZE2021-04-14


EPI IS

L2562075

CZE-PH2021-05-06

EPI ISL 1909788 CZE-OL 2021-04-26

KU14547 CZE2021-04-28

EPI ISL 528711 United Arab Emirates 20-04-26

EPI ISL1585247

CZE2021-02-12

EPI ISL 222

7847CZE 2

021-05-10

U130602 CZE-US 2021-05-03

EPI ISL 1114767Romania21-02-20

EPI ISL2324923

CZE-ST2021-04-29

EPI ISL2501060

Cambodia

21-06-06

EPI ISL 2420886 CZE-PL 2021-05-07

EPI ISL 232

3202CZE-M

O 2021-04-

29

EPI ISL2324934CZE-ZL2021-04-30

EPI ISL1502961

Panama21-01-05

EPI ISL2420861

CZE-PL2021-05-02

EPI ISL1970606CZE2021-04-27

EPI ISL 1402364 CZE-JM 2021-02-25

EPI ISL2346356CZE-OL2021-05-11

EPIISL

849662

Italy20-0

7-24

EPI ISL232319

9 CZE-MO 2021

-04-28

EPI ISL 1190766

Cameroon 20-12-07

EPI ISL 2346364 CZE-OL 2021-05-12

EPI ISL1246954

Spain

21-02-01

EPI ISL2398535

USA21-05-20

IMG30S

7319 CZE-MO

2021-04-23

EPI ISL1003769

France 21-01-27

EPIISL2189531

CZE-OL2021-04-30

EPI ISL 1500991 France 21-01-21

EPI ISL 2403228 CZE-OL 2021-05-17

EPI ISL2357736

CZE-US2021-04-29

EPI ISL654868Vietnam

20-03-15

IMG30S6095CZE-ST2021-04-08

EPI ISL2346353CZE-OL2021-05-11

EPI ISL1970614CZE2021-04-28

EPI ISL2443326

CZE-PH2021-0

5-07

EPI ISL 2346347 CZE-OL 2021-05-11


EPI ISL691721

Spain

20-08-18

HD72813 CZE2021-04-30

EPI ISL 2323250

CZE-M

O 2021-05-03

EPI ISL1970588CZE2021-04-28

EPI ISL1970623CZE2021-04-28

LV71514CZE2021-04-27

EPI ISL 2545581 CZE 2021-04-25

EPI ISL1502901

Panama20-12-20

EPI ISL1970602CZE2021-04-27

EPI ISL 2403194 CZE-OL

2021-05-14

EPI ISL1502890

Panama20-12-20

EPI ISL2324920

CZE-PH2021-04-23

EPI ISL2562071

CZE-MO2021-04-23


EPI ISL2181324

USA21-05-11

EPI ISL 23

46369 CZ

E-OL2021

-05-12

EPI ISL965934

Spain 21-01-14

EPIISL

232326

0 CZE-MO

2021-05-04

EPI ISL2323182CZE-MO2021-04-27

EPI ISL 2565977

CZE-O

L 2021-05-31

EPIISL2227268

Iran21-05-11

EPI ISL2324941

CZE-JC

2021-04-30


CoV209

282CZE

-OL202

1-04-30

EPI ISL1503127

Panama21-01-19

EPI ISL 2420844 CZE-PL 2021-04-29

EPI ISL 1293351 Togo 20-03-20


EPI ISL1909782

CZE-OL2021-04-23

EPI ISL2324948

CZE-PH2021-05-09

EPI ISL468656Croatia20-04-09

EPI ISL 2403193 CZE-OL 2021-05-14

EPI ISL2380449CZE-ST2021-04-23

EPI ISL 256

5980CZE-

OL 2021-05

-27

EPI ISL 2189558 CZE-OL 2021-05-03

EPI ISL1970621CZE2021-04-24

HD72202 CZE 2021-04-27


21-05-10

EPI ISL2323221

CZE-MO2021-04-30

IMG30S

7339CZE-MO2021-04-26

U130999 CZE-US 2021-05-05

EPI ISL2346359

CZE-OL2021-05-11

EPI ISL 2346349 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL 2346371CZE-OL2021-05-12

EPI ISL 1502993 Panama 21-01-10

EPI ISL2324932CZE-ZL2021-04-27

EPI ISL 2403189 CZE-OL 2021-05-14

EPI ISL2562080CZE-PH2021-05-03

EPI ISL 2420823 CZE-PL 2021-04-27

EPI ISL 232

3227CZE-

MO 2021-0

5-01

EPI ISL 468156 Romania20-05-08

EPI ISL 2565973 CZE-OL 2021-05-28

EPI ISL 1509843 Bulg

aria 21-03-21

EPI ISL2420984

CZE-PH2021-05-19

EPI ISL 2323246 CZE-MO 2021-05-03

EPI ISL2562069

CZE-MO2021-04-24

EPI ISL1909785

CZE-OL2021-04-26

EPI ISL 2323

237 CZE-MO

2021-05-01

EPI ISL 9

13039 Sp

ain 21-01-

09


EPI ISL2323264

CZE-MO2021-05-04

EPI ISL913060

Spain

21-01-08

EPI ISL 2420881 CZE-PL 2021-05-06

EPI ISL 5698

73Italy 20-03-31


EPI ISL 2403214 CZE-OL 2021-05-16

EPI ISL1502968

Panama21-01-06

EPI ISL718162Malaysia20-04-01

EPI ISL 2403187 CZE-OL

2021-05-13

EPI ISL1970586CZE2021-04-28

OA02157 CZE2021-04-27

EPI ISL1502991

Panama21-01-10

EPI ISL 2323242

CZE-M

O 2021-05-03

EPI ISL2323249

CZE-MO2021-05

-03

EPIISL

602677

South A

frica20-08-31

VN24307 CZE2021-05-01


EPI ISL 2324940

CZE-JC 2021-04-29

EPI ISL 2189553 CZE-OL 2021-05-01

EPI ISL 1401384 Bulgaria21-03-06

EPI ISL 2189529CZE-OL2021-04-30

EPI ISL 1406623 F

rance 21-03-17

EPI ISL1828728

CZE-PH2021-04-23

EPI ISL 2346358 CZE-OL 2021-05-11

EPI ISL 2324995 CZE-PL 2021-04-23

EPI ISL 2323232 CZE-MO 2021-05-01


EPI ISL2323263

CZE-MO2021-05-04

VN23670 CZE 2021-04-28

EPI ISL2357741

CZE-PH2021-05-02

EPI ISL 1396717 France 21-03-12

U130997CZE-US2021-05-05


2021-050110313 CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL 2420826 CZE-PL 2021-04-27

U130907

CZE-US2021-05-05

EPI ISL2380456CZE-PH2021-04-24

EPI ISL 965960 Spain 21-01-24

EPIISL

232319

7 CZE-MO

2021-04-28

IMG30S7329 C

ZE-MO2021-0

4-25

EPI ISL 2562081 CZE-PH 2021-04-29

EPI ISL2323209

CZE-MO2021-04-30

U130613

CZE-US2021-05-03

EPI ISL430469Greece20-02-29

EPI ISL1970600CZE2021-04-27


EPIISL

2380443

CZE-PH

2021-04-

23

EPI ISL 2420887 CZE-PL 2021-05-06

IMG30S 733

4 CZE-MO 2

021-04-26

EPI ISL2323226

CZE-MO2021-05-01

EPI ISL 2323193 CZE-MO2021-04-28

EPI ISL 1909794 CZE-OL 2021-04-26

MW882049 USA 21-03-08

EPI ISL 2403225CZE-OL2021-05-17

2021-050130081CZE-LI 2021-05-07


EPI ISL933715env20-09-14

EPI ISL2189549

CZE-OL2021-05-01

IMG30S 7324 CZE-MO 2021-04-2

4

EPI ISL2324933

CZE-ZL2021-04-30

U130922CZE-US2021-05-05

EPI ISL 1502877 Panama 20-07-29

EPI ISL 2323206 CZE-MO 2021-04-30

EPI ISL2346361

CZE-OL2021-05-12

EPI ISL 2323222

CZE-M

O 2021-05-01

EPI ISL 2346379 CZE-OL 2021-05-13

EPI ISL 2562065CZE-PL2021-04-27

EPI ISL2179819

Spain 21-05-09

EPI ISL 2420882 CZE-PL 2021-05-06

EPI ISL 2466506

CZE-LI 2021-05-14

EPI ISL2227850

CZE2021-05-11

IMG30S

2655 CZE202

1-04-14

EPI ISL2323212

CZE-MO2021-04-30

EPI ISL 2323255 C

ZE-MO 2021-05-0

4

EPI ISL 2323187CZE-MO2021-04-28

EPI ISL1971082CZE-US2021-04-26

EPI ISL 2323230 CZE-MO 2021-05-01


2021-050130074CZE-LI 2021-05-07

EPI ISL 2323183 CZE-MO 2021-04-27

EPI ISL 232

3217CZE-

MO 2021-0

4-30

EPI ISL1970591CZE2021-04-26

IMG30S

7338CZE-MO2021-04-26

EPI ISL1501098

France21-02-22

U130764CZE-US

2021-05-04

EPI ISL2323243

CZE-MO2021-05-03


EPIISL

788952 It

aly 20-09

-03

EPI ISL2324943

CZE-US2021-05-06

EPI ISL1360329

India21-01-06

EPI ISL 1502970 Panama21-01-06

EPI ISL2562068

CZE-MO2021-04-25

EPI ISL1970618CZE2021-04-29

EPI ISL2438863CZE-PH2021-02-17

EPI ISL 1970585 CZE 2021-04-24

EPI ISL 1970579 CZE 2021-04-29

EPI ISL 2346370 CZE-OL 2021-05-12

IMG30S6063CZE-ST2021-04-08

EPI ISL2466508CZE-PH2021-05-17

EPI ISL 1209390 Franc

e 21-02-10

EPI ISL 684439 Japan20-03-31

EPI ISL1970607CZE2021-04-27

KU14457 CZE2021-04-28

EPIISL2403191

CZE-OL2021-05-14

EPI ISL1909817

CZE-OL2021-04-26

IMG30S

7330CZE-MO2021-04-26

EPI ISL 2420832 CZE-PL 2021-04-28

EPI ISL691705

Spain

20-08-19

EPI ISL2323241

CZE-MO2021-05-03

EPIISL

569885

Italy20-04-08

LV76101 CZE2021-05-03

EPI ISL2420842

CZE-PL2021-04-29

EPI ISL2189550

CZE-OL2021-05-01

EPI ISL2562070

CZE-MO2021-04-23

EPI ISL2562067

CZE-MO2021-04-28

EPI ISL 2323

188 CZE-MO

2021-04-28

EPI ISL2323253

CZE-MO2021-05-03

EPI ISL1620160

Singapore

21-04-09

EPI ISL2562082

CZE2021-05-04

EPI ISL2420833

CZE-PL2021-04-28

EPI ISL2323224

CZE-M

O2021-05-01

EPI ISL1502889

Panama20-12-20


EPI ISL 2227845 CZE 2021-05-09

B.1.258 P.1P.2B.1.177

B.1.160B.1.351

B.1.617.2

B.1.221

B.1.1.1

C.36.3


10. Znázornění mutací SARS-CoV-2 v reprezentaci haplotypové sítě

Na tvorbu haplotypové sítě byl použit výběr sekvencí 432 vzorků z České republiky

shromážděných shromážděných od 23. 4. 2021, u kterých byla k dispozici metadata a které

prošly přísnějším filtrem na kvalitu. Velikost uzlů odpovídá počtu vzorků s identickou sekvencí

DNA. Spojnice naznačují pravděpodobné příbuzenské vztahy, počet krátkých kolmých úseček

odpovídá počtu mutačních změn. Uzly jsou vybarveny podle kraje, v případě více krajů jako

koláčový graf. V síti jsou patrné krajově specifické drobné shluky, jejichž vznik je však ovlivněn

nerovnoměrností sběru vzorků. Obrovský shluk v pravé části grafu představuje vzorky náležející

k variantě alfa (B.1.1.7). Je patrné, že i v rámci této varianty existuje mnoho drobných odchylek

od nejběžnějšího genotypu, který je reprezentován největším kruhem ve středu. Ostatní

varianty jsou spíše vzácné. Za pozornost stojí rozrůstající se varianta delta (B.1.617.2) a

vzácná varianta C.36.3.

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��

��


11. Přílohy

Varianty a mutace koronaviru

Všechny viry, tak jako všechny živé organizmy, během času mutují. Koronaviry patří mezi RNA

viry, jejichž genetická informace je uložena v molekule RNA. Přestože mají opravné

mechanismy a mutace se v nich hromadí pomaleji než v jiných RNA virech, mutují rychlostí

zhruba 25 mutací za rok.

Jak se počet mutací viru SARS-CoV-2 vyvíjí v čase. Převzato ze nextstrain.org.

Některé mutace mohou zvýšit vazbu viru na buňku a tím zvýšit jeho infekčnost nebo mohou

změnit tvar místa, proti kterému si hostitelský organismus vyrobil protilátky. Tak dochází k úniku

viru před protilátkami. Při šíření viru v populaci dochází k zakonzervování těch mutací, které

jsou lépe adaptovány na hostitelkou buňku. Tím vznikají nové varianty viru obsahujicí až desítky

mutací. Podle dopadu jednotlivých variant na vývoj epidemie je rozdělujeme na:

Variant of High Consequence - varianta s významným následkem, VOHC,

Variant of Concern – varianta hodná pozornosti, VOC,

Variant of Interest - varianta hodná zájmu, VOI,

Variant under Monitoring – varianta sledovaná, VUM.

•

•

•

•


https://nextstrain.org/ncov/global?l=clock

Klasifikaci variant se celosvětově věnuje několik organizací, proto přiřazení varianty do dané

skupiny nemusí být jednotné. V této zprávě se používá rozdělení dle ECDC (European Centre

for Disease Prevention and Control, www.ecdc.europa.eu/).

Varianta hodná pozornosti (VOC) je varianta, kde máme experimentálně ověřená data

o zvýšené přenositelnosti, závažnějším průběhu onemocnění, snížené neutralizaci protilátkami

generovanými během předchozí infekce nebo očkování, snížení účinnosti léčby, snížení

účinnosti vakcín, nebo selhání diagnostické detekce. V současnosti patří mezi VOC varianty

alfa (B.1.1.7), B.1.1.7+E484K, beta (B.1.351), gamma P.1 a delta (B.1.617.2). Jejich přehled je

uveden v Tabulce 1.

Varianta hodná zájmu (VOI) je varianta, kde na základě mutací můžeme předpokládat změnu

vazby viru na buňku, imunitní únik nebo sníženou účinnost léčby. Důsledkem těchto změn je

lokálně zvýšené množství dané varianty. Aktuální varianty hodné zájmu jsou eta (B.1.525),

epsilon (B.1.427/B.1.429), B.1.616, kappa B.1.617.1, B.1.617.3, B.1.620, B.1.621 a theta P.3.

(podrobněji v Tabulce 2).

Varianty sledované (VUM) jsou varianty, které se objevují ve větším množství během plošného

sekvenování. V těchto týdnech je nejvíce pozornosti soustředěno na Variantu sledovanou

C.36.3 ((oprvé objevenou v Thajsku u cestovatelů z Egypta). O většině z nich zatím není

dostatek informací, aby byly zařazeny do nějaké vyšší kategorie. Jejich šíření je však vhodné

pečlivě monitorovat.

Jako Varianta s významným následkem zatím nebyla označena žádná známá varianta.

Alfa (B.1.1.7; 20I/501Y.V1; britská varianta)

Varianta B.1.1.7 se poprvé objevila v září 2020 v Kentu ve Velké Británii, proto dostala

přídomek "britská". Do konce roku 2020 byla příčinou téměř 60 % všech nemocí COVID-19

v Londýně. Počátkem roku 2021 se tato varianta, asi o 50 % více infekční než wuchanský

kmen, rozšířila do celé Evropy včetně Česka. V Čechách byla poprvé detekována 16. ledna a

v současnosti je tu dominantní. Nese mutaci N501Y v jednom ze šesti klíčových kontaktních

míst ve spike proteinu, tím zlepšuje schopnost viru přichytit se na buněčný receptor ACE2

hostitelského organismu. Z této varianty se ve Spojeném království vyvinula

varianta B.1.1.7+E484K, kde další mutace snižuje účinnost protilátkové odpovědi organismu

proti napadnutí virem.

Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: H69-, V70-, Y144-, (E484K*),

(S494P*), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H (K1191N*).

Charakteristické mutace varianty alfa. Převzato ze outbreak.info.


https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.1.7

Beta (B.1.351; 20H/501.V2; jihoafrická varianta)

Jihoafrická varianta má některé mutace společné s variantou B.1.1.7. Dnes se již rozšířila do

celého světa, včetně České republiky. U nás byla poprvé pozorována v únoru tohoto roku.

Obsahuje mutace K417N a E484K, u kterých je potvrzeno, že snižují účinek léčebných

monoklonálních protilátek (bamlanivimab a jiné). Infekce touto variantou zhoršuje průběh

onemocnění u mladších lidí.

Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: D80A, D215G, L241-, L242-,

A243-, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V.

Charakteristické mutace varianty beta. Převzato ze outbreak.info.

Gamma (P.1; 20J/501Y.V3; brazilská varianta)

Poprvé byla detekována na konci roku 2020 v Tokiu. Vyskytla se u čtyř turistů, kteří přiletěli

z brazilského státu Amazonas. Ve městě Manaus v Brazílii se masivně rozšířila a je nyní

zodpovědná za většinu tamních nákaz. Je více nakažlivá než původní varianta koronaviru.

Uniká již získané imunitě po prodělání onemocnění COVID-19, takže často dochází

k opakovanému prodělání nemoci. Onemocnění touto variantou má těžší průběh u jedinců

mladších 65ti let. Dvě mutace zodpovědné za imunitní únik (K417T, E484K) se shodují

s variantou jihoafrickou, ale obě varianty je získaly nezávisle na sobě.

Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: L18F, T20N, P26S, D138Y,

R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I.

Charakteristické mutace varianty Gamma. Převzato ze outbreak.info.

Delta (B.1.617.2; 21A; G/452R.V3; indická varianta)

Indická varianta je původcem strmého nárůstu pandemie v Indii v první polovině tohoto roku. Ve

Spojeném království se tato varianta šíří rychleji než do té doby dominantní varianta britská,

proto její chování vyvolává obavy. Obsahuje jiný set klíčových mutací než předcházející tři

varianty, a to L452R, T478K a P681R. U prvních dvou mutací se jedná o mutace ovlivňující

imunitní odpověď. Spolu s ní se z Indie šíří další dvě varianty, kappa (B.1.617.1) a B.1.617.3,

které také obsahují mutaci L452R.


https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.351

https://outbreak.info/situation-reports?pango=P.1

Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: T19R, E157-, F158-, L452R,

T478K, D614G, P681R, D950N.

Charakteristické mutace varianty delta. Převzato z outbreak.info.

Mutace ve Spike proteinu u variant sledovaných, zájmu a pozornosti

Varianty jsou definovány na základě nejčastěji se vyskytujících mutací odlišných od

referenčního kmenu. V následujícím obrázku jsou znázorněny hlavní mutace (nesznonymní

delece a substituce, s prevalencí > 75 % v rámci linie) u variant sledovaných, zájmu a

pozornosti prokázaných na území České republiky.

Zdroje: ECDC, outbreak.info a nextstrain.org.

Pozn.: Characteristické mutace byly definovány dle: Julia L. Mullen, Ginger Tsueng, Alaa Abdel

Latif, Manar Alkuzweny, Marco Cano, Emily Haag, Jerry Zhou, Mark Zeller, Nate Matteson,

Kristian G. Andersen, Chunlei Wu, Andrew I. Su, Karthik Gangavarapu, Laura D. Hughes, and

the Center for Viral Systems Biology outbreak.info. Available online: https://outbreak.info/

(2020)


https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.617.2


https://outbreak.info/situation-reports

https://nextstrain.org/ncov/global?l=clock

12. Varianty hodné pozornosti

Tab. 1: Varianty klasifikované evropskou organizací ECDC jako Varianty hodné pozornosti (www.ecdc.europa.eu). Výčet charakteristických mutací byl rozšířen dle CDC (www.cdc.gov).

PANGO LINIE MUTACE VE SPIKE PROTEINUNEXSTRAIN

LINIE

PRVNI

DETEKCEVLASTNOSTI

Alfa (B.1.1.7)

Δ69/70, Δ144, (E484K*), (S494P*), N501Y,

A570D, D614G, P681H, T716I, S982A,

D1118H (K1191N*)

20I/501Y.V1 Velká Británie

Přibližně o 50 % vyšší přenos. Pravděpodobně vyšší závažnost na základě hospitalizací a míry

úmrtnosti. Minimální dopad na neutralizaci léčbou monoklonálními protilátkami EUA. Minimální

dopad na neutralizaci pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.

B.

1.1.7+E484K

Δ69/70, Δ144, E484K, (S494P*), N501Y,

A570D, D614G, P681H, T716I, S982A,

D1118H (K1191N*)

20I/501Y.V1 Velká Británie

Přibližně o 50 % vyšší přenos. Pravděpodobně vyšší závažnost na základě hospitalizací a míry

úmrtnosti. Minimální dopad na neutralizaci léčbou monoklonálními protilátkami EUA. Minimální

dopad na neutralizaci pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.

Beta (B.1.351)D80A, D215G, Δ241/242/243, K417N,

E484K, N501Y, D614G, A701V20H/501.V2

Jihoafrická

republika

Přibližně o 50 % vyšší přenos. Snížení neutralizace některými, ale ne všemi způsoby léčby

monoklonálními protilátkami EUA. Mírné snížení neutralizace pomocí rekonvalescentních

a postvakcinačních sér.

Gamma (P.1)L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T,

E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I 20J/501Y.V3

Japonsko /

Brazílie

Snížení neutralizace některými, ale ne všemi způsoby léčby monoklonálními protilátkami EUA.

Snížená neutralizace pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.

Delta (B.

1.617.2)

(T19R, (G142D), Δ156, Δ157, R158G,

L452R, T478K, D614G, P681R, D950N20A/S:4784K

Indie -

prosinec

2020

Zvýšený výskyt vzhledem k variantě B.1.1.7. Potenciální snížení neutralizace léčbou

monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená neutralizace postvakcinačním sérem.

(*) Detekováno v některých sekvencích dané linie.



https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html

13. Varianty hodné zájmu

Tab. 2: Varianty klasifikované evropskou organizací ECDC jako Varianty hodné zájmu (www.ecdc.europa.eu). Výčet charakteristických mutací byl rozšířen dle CDC (www.cdc.gov).

PANGO LINIE MUTACE VE SPIKE PROTEINUNEXSTRAIN

LINIEPRVNI DETEKCE VLASTNOSTI

Eta (B.1.525)A67V, Δ69/70, Δ144, E484K, D614G,

Q677H, F888L20A/S:484K

Velká Británie / Nigérie -

prosinec 2020

Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížení

neutralizace pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.

B.1.427/B.1.429 S13I, W152C, L452R, D614G 20C/S:452RUSA (Kalifornie) - září

2020

Přibližně o 20 % vyšší přenos. Mírný pokles v citlivosti na bamlanivimab a etesevimab.

Snížení neutralizace pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.

Theta (P.3) E484K, N501Y, D614G, P681H Filipíny - leden 2021Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená

neutralizace postvakcinačním sérem.

B.1.616 V483A, D614G, H655Y, G669S 20A Francie - únor 2021

Kappa (B.

1.617.1)

(T95I), G142D, E154K, L452R,

E484Q, D614G, P681R, Q1071H20A/S:154K Indie - prosinec 2020

Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená


B.1.617.3T19R, G142D, L452R, E484Q,

D614G, P681R, D950N20A Indie - únor 2021



B.1.620 S477N, E484K, D614G, P681H neznámý - únor 2021Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená


B.1.621R346K, E484K, N501Y, D614G,

P681HKolumbie - leden 2021



(*) Detekováno v některých sekvencích dané linie.



https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html

14. Nejčastější varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR

Tab. 3: Relativní zastoupení variant SARS-CoV-2 v krajích České republiky. Tabulka uvádí frekvenci výskytu variant SARS-CoV-2 ve vzorcích s datem odběru mezi 1. 1. 2021 a

18.6.2021 ve členění podle krajů. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533, u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce

jsou uvedeny jen varianty přítomné v alespoň jednom kraji nejméně ve dvou izolátech a zároveň ve více než 1 % analyzovaných vzorků. Počet vzorků, ve kterých byla identifikována

daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků z daného kraje je uveden v posledním řádku. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší

zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší zabarvení).

LINIE ČR JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO POČET

B.1.1.7 0.8020 0.8310 0.4120 0.9800 0.6320 0.8680 0.8700 0.8890 0.9630 0.9560 0.8150 0.9150 0.8980 0.7810 0.6360 0.7940 3587

B.1.258 0.1050 0.1170 0.3550 0 0.2330 0.0464 0.0407 0.0206 0 0.0301 0.0933 0.0467 0.0234 0.1250 0.1820 0.1070 470

B.1.221 0.0165 0 0.1010 0 0.0344 0 0.0037 0.0026 0 0.0055 0.0095 0 0 0 0 0.0163 74

B.1.351 0.0147 0 0.0101 0.0098 0.0061 0.0596 0.0037 0.0823 0 0.0027 0.0106 0.0055 0 0 0 0.0054 66

B.1.160 0.0087 0.0260 0.0068 0.0098 0.0243 0.0066 0.0037 0 0 0 0.0035 0.0027 0 0 0.0909 0.0163 39

B.1.1 0.0063 0 0.0101 0 0.0040 0.0066 0.0111 0.0026 0 0 0.0095 0.0027 0 0 0 0.0098 28

B.1.617.2 0.0058 0 0 0 0 0 0.0259 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0234 0 0 0.0065 26

B.1 0.0045 0 0.0101 0 0.0121 0 0.0037 0 0 0 0.0047 0 0 0.0312 0 0.0054 20

B.1.1.153 0.0029 0 0.0270 0 0.0040 0.0066 0 0 0 0 0 0 0.0078 0 0 0.0011 13

B.1.177 0.0020 0 0 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0043 9

C.36.3 0.0020 0.0130 0 0 0 0.0066 0.0185 0 0 0 0.0012 0 0 0.0312 0 0 9

P.1 0.0018 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0.0059 0 0.0156 0 0 0 8

B.1.1.317 0.0011 0 0.0101 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 5

B.1.1.46 0.0007 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0234 0 0 0 3

B.1.258.3 0.0007 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3

Ostatní 0.0257 0.0130 0.0439 0 0.0385 0 0.0185 0.0026 0.0370 0.0055 0.0366 0.0220 0.0078 0.0312 0.0909 0.0337 115

Počet vzorků 4475 77 296 102 494 151 270 389 27 366 847 364 128 32 11 921


15. Úplný přehled variant viru SARS-CoV-2 na území ČR

Tab. 4: Relativní zastoupení variant SARS-CoV-2 v krajích České republiky. Tabulka uvádí frekvenci výskytu variant SARS-CoV-2 ve vzorcích s datem odběru mezi 1. 1. 2021 a

18.6.2021 ve členění podle krajů. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533, u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce

jsou uvedeny všechny identifikované varianty. Počet vzorků, ve kterých byla identifikována daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků z daného kraje je uveden v

posledním řádku. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší zabarvení).


B.1.1.7 0.8020 0.8310 0.4120 0.9800 0.6320 0.8680 0.8700 0.8890 0.9630 0.9560 0.8150 0.9150 0.8980 0.7810 0.6360 0.7940 3587

B.1.258 0.1050 0.1170 0.3550 0 0.2330 0.0464 0.0407 0.0206 0 0.0301 0.0933 0.0467 0.0234 0.1250 0.1820 0.1070 470

B.1.221 0.0165 0 0.1010 0 0.0344 0 0.0037 0.0026 0 0.0055 0.0095 0 0 0 0 0.0163 74

B.1.351 0.0147 0 0.0101 0.0098 0.0061 0.0596 0.0037 0.0823 0 0.0027 0.0106 0.0055 0 0 0 0.0054 66

B.1.160 0.0087 0.0260 0.0068 0.0098 0.0243 0.0066 0.0037 0 0 0 0.0035 0.0027 0 0 0.0909 0.0163 39

B.1.1 0.0063 0 0.0101 0 0.0040 0.0066 0.0111 0.0026 0 0 0.0095 0.0027 0 0 0 0.0098 28

B.1.617.2 0.0058 0 0 0 0 0 0.0259 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0234 0 0 0.0065 26

B.1 0.0045 0 0.0101 0 0.0121 0 0.0037 0 0 0 0.0047 0 0 0.0312 0 0.0054 20

B.1.1.153 0.0029 0 0.0270 0 0.0040 0.0066 0 0 0 0 0 0 0.0078 0 0 0.0011 13

B.1.1.277 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0.0082 0 0.0312 0 0.0065 13

B.1.177.8 0.0022 0 0.0068 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0.0054 10

B.1.177 0.0020 0 0 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0043 9

B.1.527 0.0020 0 0.0068 0 0.0040 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0.0043 9

C.36.3 0.0020 0.0130 0 0 0 0.0066 0.0185 0 0 0 0.0012 0 0 0.0312 0 0 9

B.1.416.1 0.0018 0.0130 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0.0909 0.0022 8

P.1 0.0018 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0.0059 0 0.0156 0 0 0 8

C.35 0.0013 0 0 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0024 0 0 0 0 0.0011 6

B.1.1.219 0.0011 0 0.0034 0 0.0081 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5

B.1.1.317 0.0011 0 0.0101 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 5

B.1.1.318 0.0011 0 0 0 0 0 0.0074 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0 5

B.1.620 0.0011 0 0.0068 0 0 0 0.0037 0.0026 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 5

B.1.1.170 0.0009 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0043 4



B.1.1.243 0.0009 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0.0022 4

B.1.617.1 0.0009 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0.0027 0 0 0 0 4

C.36 0.0009 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0 4

P.2 0.0009 0 0.0068 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0078 0 0 0.0011 4

B.1.1.46 0.0007 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0234 0 0 0 3

B.1.2 0.0007 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 3

B.1.258.14 0.0007 0 0 0 0 0 0.0074 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 3

B.1.258.3 0.0007 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3

A 0.0004 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0.0027 0 0 0 0 2

B.1.1.1 0.0004 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0.0011 2

B.1.1.397 0.0004 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0024 0 0 0 0 0 2

B.1.258.12 0.0004 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 2

B.1.258.15 0.0004 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2

A.2.5 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 0 0 1

A.21 0.0002 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

B.1.1.141 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1

B.1.1.266 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 0 0 1

B.1.1.351 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0.0370 0 0 0 0 0 0 0 1

B.1.1.374 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

B.1.1.39 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1

B.1.1.523 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1

B.1.153 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

B.1.177.35 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1

B.1.177.77 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1

B.1.177.86 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

B.1.213 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1

B.1.396 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

B.1.411 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 1

B.1.533 0.0002 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1



B.1.623 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1

C.16 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1

Ostatní 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Poče vzorků 4475 77 296 102 494 151 270 389 27 366 847 364 128 32 11 921


16. Nejčastější varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR - časová řada

Tab. 5: Tabulka uvádí relativní zastoupení výskytu nejčastějších variant SARS-CoV-2 ve vzorcích od 1. 1. 2021. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533 vzorků,

u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce jsou uvedeny jen varianty přítomné v daném týdnu nejméně ve třech izolátech a zároveň ve

více než 10 % analyzovaných vzorků. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší

zabarvení). Počet vzorků, ve kterých byla identifikována daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků z daného kraje je uveden v posledním řádku.

TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENOVŠECHNY

TÝDNY

POČET

VZORKŮ

B.1.1.7 0 0.3790 0.4720 0.6670 0.4290 0.8470 0.8780 0.6760 0.7510 0.7460 0.8140 0.8440 0.9060 0.9620 0.9630 0.7720 0.8740 0.9490 0.8480 0.9580 0.9000 1 1 0.6900 0.8020 3587

B.1.258 0.7000 0.3580 0.3610 0.2000 0.3710 0.1070 0.0694 0.1980 0.1810 0.1650 0.1090 0.0855 0.0507 0.0275 0.0031 0.0945 0.0117 0 0.0061 0 0 0 0 0.1240 0.1050 470

B.1.221 0 0.0491 0 0.0333 0.0429 0.0098 0.0222 0.0514 0.0181 0.0268 0.0211 0.0112 0.0145 0 0.0093 0.0098 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0165 74

B.1.351 0 0 0 0 0 0 0 0.0158 0.0036 0.0268 0.0491 0.0335 0.0145 0.0055 0.0062 0 0.0702 0.0064 0 0 0.0500 0 0 0 0.0147 66

B.1.160 0 0.0561 0.0556 0 0.0571 0.0033 0.0083 0.0079 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0163 0 0 0 0 0 0 0 0.0354 0.0087 39

B.1.1 0 0.0140 0.0278 0 0.0429 0.0130 0.0083 0 0.0036 0.0045 0 0 0 0 0.0062 0.0033 0.0059 0 0 0 0 0 0 0.0531 0.0063 28

B.1.617.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0175 0.0160 0.0727 0.0252 0 0 0 0 0.0058 26

B.1 0.1000 0.0175 0 0.0333 0.0143 0.0033 0 0.0040 0.0036 0.0045 0 0.0037 0 0.0055 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0045 20

B.1.1.153 0 0.0105 0 0 0 0 0.0028 0.0119 0.0108 0.0134 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13

B.1.1.277 0 0.0105 0.0278 0.0333 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0195 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13

B.1.177.8 0 0 0 0 0 0.0065 0 0.0158 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0022 10

B.1.177 0 0.0175 0 0 0 0 0.0028 0 0.0036 0 0 0.0037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0020 9

C.36.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0096 0.0242 0.0168 0 0 0 0 0.0020 9

B.1.416.1 0.1000 0.0070 0 0 0.0286 0 0.0028 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0018 8

P.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0.0064 0.0303 0 0 0 0 0 0.0018 8

C.35 0 0.0175 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0013 6

B.1.1.219 0 0.0140 0 0 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5

B.1.1.318 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5

B.1.1.170 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4

Ostatní 0.1000 0.0491 0.0556 0.0333 0.0143 0.0065 0.0056 0.0158 0.0108 0.0134 0.0070 0.0186 0.0145 0 0.0093 0.0423 0.0175 0.0128 0.0182 0 0.0500 0 0 0.0177 0.0168 75

Počet vzorků 10 285 36 60 70 307 360 253 277 224 285 269 138 182 323 307 342 313 165 119 20 14 3 113 4475 4475


17. Úplný přehled variant viru SARS-CoV-2 na území ČR - časová řada

Tab. 6: Tabulka uvádí relativní zastoupení výskytu všech variant SARS-CoV-2 ve vzorcích od 1. 1. 2021. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533 vzorků, u nichž je

dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce jsou uvedeny jen varianty přítomné v daném týdnu nejméně ve třech izolátech a zároveň ve více než

10 % analyzovaných vzorků. Počet vzorků, ve kterých byla identifikována daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků dostupných z daného týdne je uveden v posledním

řádku. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší zabarvení).


TÝDNY

POČET

VZORKŮ

B.1.1.7 0 0.3790 0.4720 0.6670 0.4290 0.8470 0.8780 0.6760 0.7510 0.7460 0.8140 0.8440 0.9060 0.9620 0.9630 0.7720 0.8740 0.9490 0.8480 0.9580 0.9000 1 1 0.6900 0.8020 3587

B.1.258 0.7000 0.3580 0.3610 0.2000 0.3710 0.1070 0.0694 0.1980 0.1810 0.1650 0.1090 0.0855 0.0507 0.0275 0.0031 0.0945 0.0117 0 0.0061 0 0 0 0 0.1240 0.1050 470

B.1.221 0 0.0491 0 0.0333 0.0429 0.0098 0.0222 0.0514 0.0181 0.0268 0.0211 0.0112 0.0145 0 0.0093 0.0098 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0165 74

B.1.351 0 0 0 0 0 0 0 0.0158 0.0036 0.0268 0.0491 0.0335 0.0145 0.0055 0.0062 0 0.0702 0.0064 0 0 0.0500 0 0 0 0.0147 66

B.1.160 0 0.0561 0.0556 0 0.0571 0.0033 0.0083 0.0079 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0163 0 0 0 0 0 0 0 0.0354 0.0087 39

B.1.1 0 0.0140 0.0278 0 0.0429 0.0130 0.0083 0 0.0036 0.0045 0 0 0 0 0.0062 0.0033 0.0059 0 0 0 0 0 0 0.0531 0.0063 28

B.1.617.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0175 0.0160 0.0727 0.0252 0 0 0 0 0.0058 26

B.1 0.1000 0.0175 0 0.0333 0.0143 0.0033 0 0.0040 0.0036 0.0045 0 0.0037 0 0.0055 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0045 20

B.1.1.153 0 0.0105 0 0 0 0 0.0028 0.0119 0.0108 0.0134 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13

B.1.1.277 0 0.0105 0.0278 0.0333 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0195 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13

B.1.177.8 0 0 0 0 0 0.0065 0 0.0158 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0022 10

B.1.177 0 0.0175 0 0 0 0 0.0028 0 0.0036 0 0 0.0037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0020 9

B.1.527 0 0.0035 0 0.0167 0.0143 0 0.0028 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0.0098 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0020 9

C.36.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0096 0.0242 0.0168 0 0 0 0 0.0020 9

B.1.416.1 0.1000 0.0070 0 0 0.0286 0 0.0028 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0018 8

P.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0.0064 0.0303 0 0 0 0 0 0.0018 8

C.35 0 0.0175 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0013 6

B.1.1.219 0 0.0140 0 0 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5

B.1.1.317 0 0.0070 0 0 0 0 0 0 0 0.0045 0 0.0037 0.0073 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5

B.1.1.318 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5

B.1.620 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0073 0 0.0031 0.0065 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5

B.1.1.170 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4

B.1.1.243 0 0 0.0278 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0.0037 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4

B.1.617.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0033 0.0029 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0009 4

C.36 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0.0072 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4

P.2 0 0 0 0 0 0 0.0028 0.0040 0 0 0 0.0074 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4



TÝDNY

POČET

VZORKŮ

B.1.1.46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0096 0 0 0 0 0 0 0.0007 3

B.1.2 0 0.0070 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0007 3

B.1.258.14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0065 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0007 3

B.1.258.3 0 0 0 0 0 0 0 0.0040 0 0.0089 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0007 3

A 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2

B.1.1.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0.0032 0 0 0 0 0 0 0.0004 2

B.1.1.397 0.1000 0 0 0.0167 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2

B.1.258.12 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2

B.1.258.15 0 0.0070 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2

A.2.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0002 1

A.21 0 0 0 0 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.1.141 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.1.266 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.1.351 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.1.374 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.1.39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.1.523 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0500 0 0 0 0.0002 1

B.1.153 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.177.35 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.177.77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.177.86 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.213 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0002 1

B.1.396 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.411 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.533 0 0 0.0278 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

B.1.623 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

C.16 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1

Ostatní 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Počet vzorků 10 285 36 60 70 307 360 253 277 224 285 269 138 182 323 307 342 313 165 119 20 14 3 113 4475


18. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni

Tab. 7: Relativní zastoupení aminokyselinových mutací v krajích České republiky. Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty SARS-CoV-2 (ref.č. NC_045512.2

o délce 29 903 bp). Tabulka zahrnuje frekvence aminokyselinových substitucí, které se v jednom kraji vyskytovaly ve více jak 10 % vzorků a zároveň jsou z daného kraje dostupné

alespoň tři izoláty obsahující tuto mutaci. Řádek Ostatní uvádí součet frekvencí všech ostatních identifikovaných mutací.

Celkový počet vzorků z daného kraje je uveden na posledním řádku.

Mutace jsou uvedeny ve formátu <protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované sekvenci><->.

KRAJ JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO

ORF7a:T120I 0 0 0 0 0 0.0331 0 0 0.0026 0.0129 0 0.0078 0 0 0.0064

ORF8:Q27* 0.8312 0.4338 0.9804 0.6358 0.8543 0.8676 0.8645 0.9630 0.9486 0.8089 0.9155 0.8837 0.7879 0.6364 0.7811

ORF1a:F3677- 0.8312 0.2649 0.9902 0.6258 0.9205 0.8787 0.9719 0.9630 0.9486 0.8312 0.9155 0.8992 0.7576 0.6364 0.7908

S:N501Y 0.8312 0.4205 0.9902 0.6338 0.8609 0.8640 0.9668 0.9630 0.9537 0.8171 0.8583 0.8760 0.7576 0.6364 0.7307

ORF1b:P1000L 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0.0026 0.0117 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

S:S98F 0 0.1126 0.0098 0.0362 0.0397 0.0074 0.0051 0 0.0488 0.0176 0.0218 0 0.0303 0 0.0333

ORF1a:I2501T 0.1169 0.3675 0 0.2435 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0334 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1062

S:T19R 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

ORF3a:V202L 0.0130 0.1060 0 0.0342 0 0.0037 0.0077 0 0.0051 0.0141 0 0 0 0 0.0182

S:T478K 0 0 0 0 0 0.0294 0.0077 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

S:E156- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0117 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

ORF7a:Y75H 0 0.0762 0.0098 0.0141 0.0331 0.0147 0.0256 0 0.0026 0.0059 0.0245 0.0078 0.2424 0.3636 0.0086

S:N439K 0.1169 0.3675 0 0.2414 0.0397 0.0551 0.0205 0 0.0334 0.0973 0.0518 0.0233 0.1818 0.1818 0.1062

ORF1b:T216P 0 0.1159 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

S:S982A 0.8312 0.4007 0.9804 0.6278 0.8013 0.8529 0.8875 0.9630 0.9512 0.8089 0.9155 0.8605 0.7576 0.6364 0.7779

ORF1b:P314L 1 0.9834 1 0.9980 0.9934 0.9926 0.9821 1 0.9846 0.9906 0.9510 0.9767 1 1 0.9453

ORF1b:G662S 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0310 0 0 0.0064

ORF1b:V711I 0.1169 0.3477 0 0.2354 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0283 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052

ORF8:Y73C 0.8312 0.4238 0.9804 0.6258 0.8543 0.8566 0.8645 0.9630 0.9486 0.8077 0.9155 0.8837 0.7879 0.6364 0.7800

ORF1a:C4056G 0 0.1159 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

S:D950N 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064



ORF1b:D445E 0 0.1060 0 0.0342 0 0 0.0026 0 0.0051 0.0082 0 0 0 0 0.0139

ORF1a:A1708D 0.8312 0.4007 0.9804 0.6237 0.8609 0.8603 0.8900 0.9630 0.9486 0.8089 0.9101 0.8837 0.7576 0.6364 0.7843

ORF7a:V82A 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0141 0.0027 0.0078 0 0 0.0011

ORF1a:M4241I 0.1169 0.3477 0 0.2374 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0283 0.0985 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052

S:D614G 1 0.9967 1 1 0.9272 0.9926 0.9974 1 0.9974 0.9953 0.9973 0.9690 1 1 0.9850

S:A570D 0.8312 0.4040 0.9804 0.6258 0.8013 0.8566 0.8875 0.9630 0.9512 0.7913 0.8202 0.8605 0.7576 0.6364 0.7618

ORF14:G50N 0.8442 0.4768 0.9314 0.6419 0.8808 0.8971 0.8900 0.9630 0.9563 0.8441 0.9292 0.9457 0.8182 0.6364 0.8133

ORF1a:F2328C 0 0.1192 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

ORF1a:E1209D 0 0.1060 0 0.0362 0 0 0.0026 0 0.0051 0.0082 0 0 0 0 0.0139

S:L452R 0.0130 0.0033 0 0.0020 0.0066 0.0441 0 0 0.0026 0.0176 0.0054 0.0233 0.0303 0 0.0064

ORF14:E51Q 0.7403 0.3940 0.8529 0.6056 0.8079 0.7868 0.8440 0.8889 0.9126 0.7831 0.8801 0.8682 0.7879 0.5455 0.7414

N:G204R 0.1039 0.0596 0.0098 0.0262 0.0662 0.1176 0.0460 0.0741 0.0386 0.0621 0.0490 0.0698 0.0606 0.0909 0.0687

S:D1118H 0.8312 0.4139 0.9804 0.6258 0.8013 0.8603 0.8900 0.9630 0.9512 0.8101 0.9155 0.8605 0.7576 0.6364 0.7790

S:T716I 0.8312 0.4007 0.9804 0.6258 0.8013 0.8566 0.8875 0.9630 0.9512 0.8089 0.9155 0.8605 0.7576 0.6364 0.7768

S:P681R 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0152 0.0054 0.0233 0 0 0.0064

S:V70- 0.9610 0.7649 0.9804 0.8712 0.8477 0.9154 0.9105 0.9630 0.9794 0.9062 0.9673 0.8837 0.9394 0.8182 0.8863

ORF8:R52I 0.8312 0.3841 0.9804 0.6358 0.8543 0.8676 0.8593 0.9630 0.9486 0.8089 0.9074 0.8837 0.7879 0.6364 0.7285

N:D63G 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0043

ORF1a:T1001I 0.8312 0.4040 0.9804 0.6217 0.8609 0.8566 0.8900 0.9630 0.9460 0.8101 0.9128 0.8837 0.7576 0.6364 0.7865

M:I82T 0.0130 0 0 0 0.0066 0.0515 0 0 0 0.0188 0.0027 0.0233 0.0303 0 0.0064

N:S235F 0.8312 0.4272 0.4314 0.5332 0.8609 0.8603 0.8849 0.7037 0.9229 0.7866 0.8883 0.8760 0.7879 0.6364 0.7682

S:F157- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0117 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

M:V66L 0.0130 0 0 0.0020 0.0199 0 0.0026 0 0.0026 0.0106 0.0272 0.1395 0 0 0.0322

N:D3L 0.8312 0.4139 0.4314 0.5352 0.8609 0.8676 0.8875 0.7407 0.9254 0.7890 0.8937 0.8837 0.7879 0.6364 0.7704

ORF14:Q46* 0 0.1060 0 0.0362 0 0.0037 0.0026 0 0.0051 0.0117 0 0 0 0 0.0172

ORF1b:A1392T 0 0 0 0 0.1921 0 0 0 0.0051 0.0094 0.0109 0.0078 0 0 0.0343

S:T95I 0 0.1026 0.0294 0.0020 0 0.0331 0.0077 0.0370 0.0103 0.0387 0.0109 0.0078 0 0 0.0107

ORF8:F120- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

ORF3a:Q38R 0 0.1060 0 0.0342 0 0.0037 0.0026 0 0.0051 0.0094 0 0 0 0 0.0161



ORF1b:H1213Y 0.1169 0.3675 0 0.2394 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0334 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052

ORF1a:I2230T 0.8312 0.4106 0.9804 0.6217 0.8609 0.8640 0.8875 0.9630 0.9460 0.8089 0.9128 0.8837 0.7273 0.6364 0.7800

S:P681H 0.8312 0.4139 0.9804 0.6318 0.8013 0.8713 0.8900 1 0.9512 0.8159 0.9183 0.8605 0.7576 0.6364 0.7833

ORF1a:G3676- 0.8312 0.2649 0.9902 0.6258 0.9205 0.8787 0.9719 0.9630 0.9512 0.8312 0.9155 0.8992 0.7576 0.6364 0.7908

S:H69- 0.9610 0.7649 0.9804 0.8712 0.8477 0.9228 0.9105 0.9630 0.9794 0.9062 0.9673 0.8837 0.9697 0.8182 0.8873

ORF3a:S26L 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0164 0.0054 0.0233 0 0 0.0064

ORF1b:A1521S 0.1169 0.3510 0 0.2334 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0283 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052

N:R203K 0.8442 0.4768 0.4314 0.5594 0.8808 0.8934 0.8900 0.7778 0.9280 0.8265 0.9101 0.9457 0.8485 0.6364 0.7940

N:R203M 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0141 0.0054 0.0233 0 0 0.0054

N:D377Y 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0164 0.0054 0.0465 0 0 0.0064

ORF1a:S528L 0.1688 0 0 0 0 0 0 0.0370 0.0360 0.0035 0 0.0155 0 0 0.0268

N:P199L 0 0.1060 0 0.0342 0 0.0037 0.0026 0 0.0051 0.0117 0 0 0 0 0.0172

S:Y144- 0.8442 0.4305 0.9804 0.6237 0.8079 0.8713 0.8900 0.9630 0.9512 0.8148 0.9101 0.8527 0.7576 0.6364 0.7768

N:G204P 0.7403 0.3907 0.4216 0.5292 0.8079 0.7831 0.8440 0.7037 0.8895 0.7644 0.8583 0.8682 0.7879 0.5455 0.7242

ORF8:D119- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064

ORF8:K68* 0.7532 0.3974 0.9314 0.6197 0.8079 0.7831 0.8338 0.7778 0.9152 0.7515 0.8747 0.8527 0.7879 0.6364 0.7457

Ostatní 3 5 2 3 5 4 5 2 3 3 3 3 4 5 4

Počet vzorků 77 302 102 497 151 272 391 27 389 853 367 129 33 11 932



Tab. 8: Relativní zastoupení aminokyselinových mutací v posledních třech kalendářních týdnech tohoto roku. Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty SARS-

CoV-2 (ref.č. NC_045512.2 o délce 29 903 bp). Grafický přehled zahrnuje frekvence aminokyselinových substitucí, které se v jednom týdnu vyskytovaly ve více jak 10% a zároveň jsou

z daného týdne dostupné alespoň tři izoláty obsahující tuto mutaci. Počet vzorků dostupných z daného týdne je uveden v posledním řádku.

Mutace jsou uvedeny ve formátu <protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované sekvenci>.

TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENO

ORF1a:P2110L 0 0 0 0 0 0.0292 0.0028 0 0.0071 0.0044 0.0137 0.0037 0 0 0.0031 0 0 0.0031 0 0 0.1500 0 0 0

ORF1a:P2260S 0 0 0.1111 0 0 0 0 0.0039 0.0143 0.0044 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

ORF7a:T120I 0 0.0070 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0217 0.0599 0.0252 0 0 0 0

ORF8:Q27* 0 0.3972 0.4722 0.6667 0.4429 0.8474 0.8678 0.6732 0.7571 0.7434 0.8014 0.8339 0.9078 0.9632 0.9630 0.7662 0.8682 0.9288 0.8323 0.9412 0.9000 1 1 0.6228

ORF1a:F3677- 0 0.3624 0.4167 0.6500 0.4286 0.8442 0.8264 0.6732 0.7464 0.7566 0.8459 0.8598 0.7872 0.9632 0.9784 0.7825 0.9312 0.9598 0.8802 0.9496 0.9500 1 1 0.6667

S:N501Y 0 0.3728 0.4722 0.6667 0.4286 0.8442 0.8678 0.6890 0.7500 0.7611 0.8253 0.8561 0.9220 0.9526 0.8796 0.7532 0.9398 0.9381 0.8683 0.9328 0.9500 1 1 0.3070

ORF1b:R2613H 0 0 0 0 0 0.0032 0 0 0 0 0 0.0074 0 0.0053 0.0062 0 0 0.0062 0 0 0.1500 0 0 0

S:D215H 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0.0037 0 0.0105 0.0216 0.0097 0 0.0031 0.0299 0.0168 0 0.2143 0 0

ORF1b:P1000L 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0778 0.0252 0.0500 0 0 0

ORF1a:I2501T 0.7000 0.3728 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0689 0.2087 0.1821 0.1814 0.1164 0.0849 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1140

ORF1a:T1542I 0 0 0.1111 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0 0 0.0053 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

S:T19R 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0

S:T478K 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0258 0.0186 0.0719 0.0252 0 0 0 0

S:E156- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0.0500 0 0 0

ORF7a:Y75H 0 0.0139 0 0.0167 0 0.0065 0.0275 0.0039 0.0321 0.0044 0.0137 0.0148 0.0355 0.0211 0.0185 0.0162 0.0344 0.0124 0.0299 0.0336 0.1500 0 0 0.0175

S:N439K 0.7000 0.3693 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0689 0.2047 0.1857 0.1814 0.1164 0.0812 0.0496 0.0316 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1228

S:S982A 0 0.3728 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6654 0.7464 0.7389 0.7705 0.8229 0.9078 0.9474 0.9630 0.7630 0.8739 0.9412 0.8443 0.9580 0.8500 1 1 0.6228

ORF1b:P314L 1 0.9965 1 1 1 1 1 0.9921 0.9893 0.9823 0.9966 0.9889 1 0.9842 0.9352 0.9935 0.9799 0.9474 0.9940 0.9832 0.9500 1 1 0.7018

ORF1b:G662S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0201 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0

ORF1b:V711I 0.7000 0.3659 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0661 0.1969 0.1786 0.1681 0.1130 0.0812 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1053

ORF8:Y73C 0 0.3798 0.4722 0.6667 0.4429 0.8442 0.8650 0.6693 0.7536 0.7345 0.8014 0.8339 0.9078 0.9579 0.9630 0.7630 0.8653 0.9319 0.8323 0.9412 0.9000 1 1 0.6228

S:D950N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0

ORF1a:A1708D 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8442 0.8705 0.6654 0.7464 0.7345 0.7945 0.8413 0.8936 0.9579 0.9630 0.7630 0.8739 0.9443 0.8503 0.9496 0.9000 1 1 0.6667

ORF7a:V82A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0031 0.0539 0.0252 0 0 0 0

ORF1a:M4241I 0.7000 0.3693 0.3611 0.2167 0.3714 0.1071 0.0661 0.1969 0.1786 0.1726 0.1130 0.0812 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1140

S:D614G 1 0.9965 1 1 1 1 0.9890 0.9921 1 1 0.9692 0.9779 1 0.9842 0.9969 0.9935 0.9971 0.9907 0.9940 1 1 1 1 0.9474

S:A570D 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6654 0.7500 0.7389 0.7705 0.8229 0.9078 0.9474 0.8086 0.7630 0.8768 0.9412 0.8443 0.9580 0.8500 1 1 0.4912


TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENO

ORF14:G50N 0.1000 0.4599 0.5556 0.7167 0.4714 0.8409 0.8540 0.6890 0.7714 0.7522 0.8082 0.8524 0.9149 0.9632 0.9722 0.8279 0.8911 0.9783 0.9102 0.9580 0.9000 1 1 0.7368

S:L452R 0 0.0035 0 0 0 0 0 0.0039 0.0036 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0229 0.0248 0.1078 0.0420 0 0 0 0

ORF14:E51Q 0 0.3693 0.4722 0.6500 0.4286 0.7630 0.8209 0.6102 0.7286 0.6947 0.7774 0.8155 0.8794 0.9211 0.9290 0.7305 0.8109 0.8885 0.8323 0.8992 0.8000 1 1 0.6316

ORF1a:K2085- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1500 0 0 0

N:G204R 0.1000 0.0801 0.0833 0.0667 0.0429 0.0779 0.0248 0.0354 0.0321 0.0442 0.0308 0.0369 0.0355 0.0368 0.0432 0.1006 0.0802 0.0898 0.0778 0.0588 0.1500 0 0 0.1053

S:D1118H 0 0.3728 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6693 0.7500 0.7389 0.7705 0.8229 0.9149 0.9474 0.9630 0.7695 0.8768 0.9412 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6316

S:T716I 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8678 0.6654 0.7464 0.7389 0.7705 0.8229 0.9078 0.9474 0.9630 0.7630 0.8739 0.9412 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6228

S:P681R 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0155 0.0778 0.0252 0 0 0 0

S:V70- 0.7000 0.7526 0.8056 0.8833 0.8000 0.9578 0.9366 0.8583 0.9321 0.9115 0.8801 0.8967 0.9645 0.9789 0.9660 0.8799 0.8854 0.9443 0.8563 0.9748 0.9000 1 1 0.7632

ORF8:R52I 0 0.3937 0.4444 0.6667 0.4286 0.8377 0.8623 0.6654 0.7393 0.7345 0.7945 0.8339 0.9078 0.9632 0.9506 0.7662 0.8682 0.8297 0.8144 0.9412 0.9000 1 1 0.5439

ORF1a:I2086- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1500 0 0 0

N:D63G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0093 0.0719 0.0252 0 0 0 0

M:L34F 0 0 0 0 0 0.0065 0 0 0 0 0 0.0074 0 0.0211 0.0031 0 0 0.0124 0 0.0084 0.1500 0 0 0.0088

ORF1a:T1001I 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8506 0.8733 0.6654 0.7464 0.7301 0.7945 0.8413 0.8936 0.9579 0.9630 0.7662 0.8711 0.9474 0.8503 0.9496 0.8500 1 1 0.6667

M:I82T 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0130 0.0172 0.0279 0.0958 0.0420 0.0500 0 0 0

S:T208M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0084 0 0.2143 0 0

N:S235F 0 0.3693 0.4722 0.6500 0.4143 0.7468 0.6529 0.5551 0.7357 0.7257 0.7979 0.8339 0.8936 0.9211 0.9599 0.7597 0.8653 0.9474 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6579

ORF1a:E3764D 0.2000 0.0592 0.2222 0.0167 0.0286 0.0130 0.0083 0.0512 0.0643 0.0354 0.0103 0.0185 0.0142 0 0 0.0130 0.0029 0 0 0 0 0 0 0.0439

S:F157- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0.0500 0 0 0

ORF1a:A541V 0 0.0070 0 0 0 0.0162 0.0028 0 0.0036 0.0044 0.0103 0 0 0.0053 0 0.0097 0.0029 0.0155 0.0060 0.1681 0.0500 0 0 0

N:D3L 0 0.3728 0.5000 0.6500 0.4143 0.7500 0.6556 0.5512 0.7357 0.7257 0.8014 0.8376 0.8936 0.9211 0.9630 0.7662 0.8711 0.9443 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6754

ORF8:F120- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0

ORF1a:T2087- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1500 0 0 0

ORF1b:H1213Y 0.7000 0.3693 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0689 0.2087 0.1821 0.1770 0.1164 0.0849 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1053

ORF1a:I2230T 0 0.3728 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6693 0.7464 0.7389 0.7911 0.8413 0.8936 0.9526 0.9630 0.7597 0.8682 0.9443 0.8443 0.9412 0.8500 1 1 0.6667

S:P681H 0 0.3728 0.4722 0.6667 0.4286 0.8571 0.8788 0.6693 0.7500 0.7389 0.7671 0.8229 0.9149 0.9474 0.9660 0.7857 0.8825 0.9412 0.8503 0.9580 0.9000 1 1 0.6491

ORF1a:G3676- 0 0.3624 0.4167 0.6500 0.4286 0.8442 0.8264 0.6732 0.7464 0.7566 0.8459 0.8598 0.7872 0.9632 0.9784 0.7825 0.9341 0.9598 0.8802 0.9496 0.9500 1 1 0.6667

S:H69- 0.7000 0.7526 0.8056 0.8833 0.8000 0.9578 0.9366 0.8583 0.9321 0.9115 0.8801 0.8967 0.9645 0.9789 0.9691 0.8799 0.8883 0.9474 0.8563 0.9748 0.9000 1 1 0.7719

ORF3a:S26L 0 0 0 0 0 0.0032 0 0.0039 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0155 0.0778 0.0252 0 0 0 0

ORF1b:T1064I 0 0.0070 0.1111 0 0.0286 0 0 0.0039 0.0036 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0060 0 0 0 0 0

ORF1b:A1521S 0.7000 0.3624 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0661 0.1969 0.1786 0.1681 0.1130 0.0812 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1053

N:R203K 0.1000 0.4530 0.5556 0.7000 0.4429 0.7662 0.6639 0.5748 0.7536 0.7478 0.8082 0.8524 0.9007 0.9211 0.9722 0.8214 0.8883 0.9783 0.9042 0.9580 0.9000 1 1 0.7193

N:R203M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0124 0.0778 0.0252 0 0 0 0

N:D377Y 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0.0044 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0248 0.0778 0.0252 0 0 0 0

ORF3a:A143S 0 0 0.1111 0 0 0 0 0.0039 0.0107 0.0044 0 0 0 0 0 0.0032 0 0 0 0 0 0 0 0


TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENO

S:Y144- 0 0.3659 0.4444 0.6833 0.4286 0.8474 0.8733 0.6732 0.7536 0.7389 0.7705 0.8229 0.9220 0.9474 0.9691 0.7695 0.8739 0.9381 0.8443 0.9748 0.9000 1 1 0.6404

ORF3a:S216P 0.3000 0.0174 0.0278 0.0167 0.0286 0.0195 0.0055 0.0118 0.0107 0.0310 0.0068 0.0037 0 0 0 0.0032 0 0 0 0 0 0 0 0.0175

N:G204P 0 0.3659 0.4722 0.6333 0.4000 0.6883 0.6391 0.5276 0.7107 0.6903 0.7774 0.8155 0.8582 0.8789 0.9290 0.7240 0.8052 0.8885 0.8263 0.8992 0.8000 1 1 0.6140

ORF8:D119- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0

ORF8:K68* 0 0.3833 0.4722 0.6333 0.4429 0.7825 0.8292 0.6220 0.7036 0.6681 0.7363 0.8229 0.8652 0.9368 0.9321 0.7208 0.8195 0.8700 0.8144 0.9076 0.8000 1 1 0.5965

Ostatní 5 5 4 2 5 2 2 4 4 4 5 3 3 5 3 4 5 4 5 4 5 3 2 5

Počet vzorků 10 287 36 60 70 308 363 254 280 226 292 271 141 190 324 308 349 323 167 119 20 14 3 114


varianty sars-cov-2 v Če ské republice

Documents