utiliser la génomique sur génisses, quels intérêts ? · reproduction et communication à un...
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22/02/2018
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Journée technique Viande Bovine – 22 février 2018 - AngersCe document est la propriété exclusive des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.
Reproduction et communication à un tiers après autorisation des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.
Journée technique Viande Bovine – 22 février 2018 - Angers
Les nouveautés de la filière bovine
Ce document est la propriété exclusive des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.Reproduction et communication à un tiers après autorisation des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.
Utiliser la génomique sur génisses, quels intérêts ?
Vincent POUPIN
Bovins Croissance Sèvres Vendée Conseils
Olivier LEUDET
Institut de l’Elevage
Journée technique Viande Bovine – 22 février 2018 - AngersCe document est la propriété exclusive des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.
Reproduction et communication à un tiers après autorisation des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.
Partenaires du projet
Et avec le soutien financier de :
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Reproduction et communication à un tiers après autorisation des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.
Un programme Multi-partenarial sur 3 ans
2015
• Enquête sur la perception qu’on les éleveurs de la génomique (stage 6 mois d’Hélène Macé,141 éleveurs enquêtés);
• Sélection des 8 élevages volontaires, en races Blonde d’aquitaine, Charolaise et Limousine.
2016
• génotypages des 230 génisses avant sevrage nées à l’automne 2015
• réalisation des tris des génisses à conserver pour le renouvellement :
• à l’œil par l’éleveur,
• à l’œil par le technicien puis avec les index IBOVAL et enfin avec les index génomiques.
2017
• Analyse des résultats des tris
• Simulations économiques de l’apport des tests génomiques (cas type Naisseur)
• Rédaction d’un guide d’utilisation des tests génomiques
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5 profils d’éleveurs différents
• …
• …
• …
Quel génotypage quel intérêt Quel inconvénient
Estimation de la
population
régionale
Les mâles reproducteurs
achetés
• Index plus précis• mieux choisir leurs
taureaux reproducteurs
• Coût élevé des tests• fiabilité encore
incertaine
30% adhésionaux BC
les animaux issus de l’élevage, mâles et/ou femelles
Mieux trier les génisses de renouvellement
Rentabilité incertaine
Tous les bovins (achats des mâles et naissances)
• Connaitre la vraie valeur génétique de l’animal
• plus rapide
Coût élevé des tests
Pas d’avis sur l’utilisation de la génomique.
Trop commerciale et trop floue 70% hors base de
sélection peu d’achat de reprosdans la base
Ne souhaitent pas utiliser le génotypage
Pas d’avantage • Manque de naturel• perte de variabilité
génétique
Stage de fin
d’étude d’Hélène
Macé 2015
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Comment convaincre les éleveurs
• Les 3 premiers profils = déjà intéressés et convaincus
• Facilement atteignables:– presse spécialisée, Internet, réunions,
– formations, intervenants en élevage,…
• Attendent des preuves de fiabilité de rentabilité
• Le dernier = éleveurs proches de la retraite– éleveurs opposés à la génétique en général
– éleveurs qui ont une autre production plus importante
Stage de fin
d’étude d’Hélène
Macé 2015
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Comment convaincre les éleveurs
• Pas d’avis = cible principale
– Eleveurs qui hésitent
– Ouverts aux nouvelles technologies
• Atteignables par la presse, par les groupes professionnels
• Demandent des Informations sur les principes de la sélection génomique
• Demandent des Preuves de sa fiabilité et de sa rentabilité
• Demandent des Informations provenant d’un organisme neutre (sélection génomique trop commerciale selon eux)
Stage de fin
d’étude d’Hélène
Macé 2015
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La population analysée
Seule l’analyse globale a
été réalisée !
Pas d’analyse raciale ou
par type d’engagement
de l’éleveur
62%
Analyse des
tests terrain
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21
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51
68
49
11
28
0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100%
tri eleveur
tri technicien très mauvaises
mauvaises
moyennes
bonnes
très bonnes
Un regard extérieur permet de mieux différencier les génisses
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Les éleveurs trient sur le poids
Quelque soit la race
Et ils éliminent les plus vives !
Très mauvaises mauvaises moyennes bonnes très bonnes
PA
T 2
10
j
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Les techniciens trient sur le poids…
Mais avec des inflexions :
• entre mauvaises et moyennes ;
• Et bonnes et très bonnes ;
Très mauvaises mauvaises moyennes bonnes très bonnes
270kg
260kg
210kg
Très mauvaises mauvaises moyennes bonnes très bonnes
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Les techniciens trient sur le poids et le DS
• Le DM sélectionne les plus mauvaises
Très mauvaises mauvaises moyennes bonnes très bonnes
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IBOVAL permet de reclasser 1 génisse sur 2
46%
46%
… et la génomique a permis de reclasser
de nouveau 1 génisse sur 2 !
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Calcul des index génomiques (GEBV)
Si parents connus & dans base
contrôlée :
Index IBOVAL actuel (EBV)
Performances
et généalogies
Valeur Génomique Directe
(DGV)
Information de la
Population de
Référence
Index Génomique (GEBV) = combinaison Index IBOVAL actuel
Valeur Génomique Directe
Précision GEBV Précision Index IBOVAL actuel (EBV)
Précision Valeur Génomique Directe (DGV )
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Les index génomiques varient plus
• Des moyennes proches
• 1 variabilité + importante pour la génomique
• Les corrélations fortes mais reflet d’un apport de la génomique (AVel)
102
101
104
106
6,6
7,6
6,6
7,5
6
6,2
6,4
6,6
6,8
7
7,2
7,4
7,6
7,8
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
IBOVAL Génomique IBOVAL Génomique
IFNAIS IFNAIS AVEL AVEL
Moyenne Ecart-type
CorrélationsIFNAIS 0,87Avel 0,77
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La génomique pondère l’importance du phénotype dans les tris
POIDS et DS
principalement!
C’est bien le rôle d’une
évaluation génétique
Très mauvaises mauvaises moyennes bonnes très bonnes
Répartition du PAT 210j selon le tri génomique
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L’allaitement et le DM ont impactés les tris
-2
0
2
4
6
8IFNAIS
Avel
Crsev
Dmsev
Dssev
Alaitsev
Différentiel en le groupe de classement des bonnes et des mauvaises
différentiel notation génomique
différentiel notation IBOVAL
Alors que les index
IBOVAL DSsev ont
impactés les tris
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Simuler le progrès génétique
• Élevage Naisseur 100 vêlages
• Taux de renouvellement 26 ou 31%
• Gain appliqué :– Mortalité (+bonus IVV)
– Allaitement = jour de complémentation des broutard en moins
• On ne touche pas– Poids
– Ingestion
Simulations économiques
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Besoins en génisses de renouvellementFonctionnement TR 26% Ventes
77+28
100
102
92
46
46
Femelles à la reproduction
Vêlages
Veaux nés
Veaux sevrés
males
femelles
28 Génisses 1-2 ans
28Génisses 2-3 ans
25 Vaches de réformes+ 1 mort
2 Génisses finies 30 m
46 Broutards
18 Broutardes
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7 génisses amélioratrices par anTrès mauvaises mauvaises moyennes bonnes Très bonnes
Femelles nées sevrées 0 5 17 20 4
Tri à l’oeil sur sur Pas sur Pas sur sur
Tri génomique inutile inutile Oui oui inutile
• Le besoin: 28 génisses• Donc reste à choisir 24/37• La plus value des tests/ tri à l’œil :
7 génisses améliorées
• après 12 ans 34% du troupeau est
constitué de génisses améliorées
sélectionnées avec la génomique
Tri « Moy » « Bonnes »
potentiel 17 20
Tri au hasard (50%) 11 13
génomique 4 20
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La pression de sélection détermine l’impact éco
Taux de renouvellement 26 % 31 %
Génisses « amélioratrices » conservées
7 génisses sur 28 mises à la repro en plus
2 génisses sur 34 mises à la reproen plus
Ecart de niveau génétique moyen troupeau après 12 ans De 106 à 113, soit +7 points De 106 à 108, soit +2 points
Ecart de performances obtenus après 12 ans
• 5 veaux sevrés en plus• 5 500 jours de
complémentation économisé
• 1 veau sevré en plus• 1 500 jours de
complémentation économisé
• A TR équivalent, un retour sur investissement trop lent selon les hypothèses testées.• Passer de 31 à 26 % et utiliser la génomique devient rentable avec une très bonne
valorisation des génisses non conservées
Quel usage raisonné faire des tests génomiques sur génisses ?
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Raisonner l’utilisation des testsConstat de l’étude Recommandations d’utilisation
Tri visuel desgénisses destinéesau renouvellement
Résultats moyen du génotypage
Trier pourmettre à la repro
Accouplerpour progresser
Les meilleursToujours top mais
desinfos plus précises
Intérêt limité En cumulatif pour l’élitede mon troupeau
Les bonnes
1 sur 2 reclassée
- Pour éliminer lesmoyennes sur
infogénotype
- Trier plus tôt
En cumulatif pour progresserEn correctif pour corriger
Les moyennesIntérêt limité
ou sexé mâle pour éliminer
Les moins bonnes Toujours mauvaises Intérêt limité
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Raisonner l’utilisation des tests
– les gènes d’intérêts (Sans Cornes, Culard…)
– les anomalies génétiques (Ataxie, Axonopathie, Epilepsie, Palais fendu, Tourneur…)
demain, de nouveaux gènes majeurs seront découverts !
La génomique permet de détecter
les gènes originaux
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Raisonner l’utilisation des tests
Génotyper les taureaux de monte naturelle est primordial
• Pour une évaluation génétique complète avec l’aptitude au vêlage et le potentiel laitier;
• Avant la mise à la saillie du taureau afin de raisonner son utilisation dans son troupeau;
• Pour un investissement très limité qui représente de 2 à 3 €/descendants nés.
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Perspectives
• Plus de caractères : la génomique est encore en plein développement, avec des perspectives pour de nouveaux caractères
• Plus précisément estimés : les modèles d’évaluation se spécialisent en génomique (single step) permettant notamment des gains de précisions.
• Plus tôt (avant sevrage) : La connaissance des valeurs génétiques précocement dans la vie d’un animal notamment sur les qualités maternelles va changer les possibilités de sélection des éleveurs.