(upraveno z j. novotné) -...
TRANSCRIPT
![Page 1: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/1.jpg)
Kofaktory enzymů
T. Kučera(upraveno z J. Novotné)
![Page 2: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/2.jpg)
Kofaktory enzymů
• neproteinová, nízkomolekulární “složka” enzymu• “ko-katalyzátor” potřebný k aktivitě enzymu• pomocné molekuly v enzymové reakci• holoenzym (aktivní) “sestává” z
– apoenzymu (enzym bez kofaktoru – neaktivní)
– koenzym – kofaktor
• reakční partner substrátu• nebo reaktant regenerující enzym• kofaktory
– pevně vázané k enzymu – prosthetické skupiny
• regenerují se v téže reakci (isomerasy)• nebo reakcí s jiným substrátem
– volně vázané – koenzymy• regenerují se reakcí s jiným enzymem
![Page 3: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/3.jpg)
• anorganické
– kovové ionty (Mg2+, Cu+, Mn2+, Zn2+, Fe2/3+, Mo)
• organické
– heterocykly, často obsahující fosfát
– mnohé obsahují nukleotidovou část molekuly
– často vitaminy nebo jejich deriváty• rozp. ve vodě – B, C, rozp. v tucích – E, K
![Page 4: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/4.jpg)
Kofaktory podle reakce
• oxidoreduktas
– NAD, NADP, FAD, FMN, ubichinon, biopterin, lipoamid, glutathion, FeS-klastry, hem, kovové ionty
• transferas 1C skupin– THF, biotin, S-adenosylmethionin
• transferas dalších uhlíkatých zbytků
– TDP, CoA• transferas dalších skupin
– ATP, PAPS, UDP, CDP, kobalamin, pyridoxalfosfát
![Page 5: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/5.jpg)
Kofaktor Vitamín Enzymová reakce (příklad)
Thiamindifosfát Thiamin, B1 Oxidační dekarboxylace
FAD, FMN Riboflavin, B2 Redoxní reakce (přenos 2H)
NAD+, NADP+ Niacin, B3 Redoxní reakce (přenos H–)
Koenzym A Pantothenová kyselina, B5
Metabolismus FA (přenos acylu)
Pyridoxalfosfát Pyridoxin, B6 Transaminace, dekarboxylace AMK
Karboxybiotin Biotin, H, B7 Karboxylace (CO2)
Tetrahydrofolát kyselina listová, B9 Přenos C1
Askorbát Vitamin C Hydroxylační reakce (kolagen)
Menachinon Vitamin K Přenos karbonylové skupiny a electronů
Lipoamid Kyselina lipoová Přenos elektronů a acylové skupiny
Kobalamin Kobalamin, B12 Izomerace, přenos methylu
![Page 6: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/6.jpg)
NAD+ (NADP+)
![Page 7: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/7.jpg)
Redoxní reakce NAD
• RH2 + NAD+ → NADH + H+ + R • (de)hydrogenace na vazbě C—O nebo C—N• proton uvolněn do roztoku• např. laktátdehydrogenasa (laktát + NAD+ →pyruvát + NADH + H+)
![Page 8: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/8.jpg)
FAD, FMN
![Page 9: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/9.jpg)
Vitamin B2
FMN → ATP-dependentní fosforylace riboflavinuFAD → další reakce s ATP – přenos AMP na FMN.
![Page 10: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/10.jpg)
Redukce a reoxidace FMN a FAD
![Page 11: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/11.jpg)
Příklady enzymů s FAD a FMN
acyl-CoA dehydrogenasa FAD
sukcinátdehydrogenasa FAD
glycerol-3-fosfátdehydrogenasa FAD
NADH-reduktasa (komplex I) FMN
![Page 12: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/12.jpg)
Koenzym Q
• elektrontransportní řetězec
• lidský – CoQ10 (Q = chinonová (quinone) hlavička , 10 = počet isoprenových jednotek v hydrofobním řetězci
Redukovaná forma Oxidovaná forma
![Page 13: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/13.jpg)
ATP
• transport chemické energie v buňce• fosforylace v přenosu signálu
+ P ─ P ─ adenosin (ADP)
+ P ─ adenosin (AMP)
anorganický fosfát (Pi)
anorganický pyrofosfát (PPi)
![Page 14: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/14.jpg)
Pyridoxalfosfát (PLP)
• prosthetická skupina aminotransferas
• kofaktor všech transaminačních reakcí a některých dekarboxylací a deaminací aminokyselin
Pyridoxine(vit. B6)
Pyridoxal-5-fosfát (PLP) Pyridoxamin-5-fosfát
![Page 15: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/15.jpg)
Thiaminpyrofosfát (difosfát)TPP (TDP)
• aktivní forma vitaminu B1 (první objevený vitamin)
• obsahuje substituované heterocykly pyrimidin a thiazol• reakce
– reverzibilní štěpení na vazbě C—C spojující C=O skupinu se sousední reaktivní skupinou (obvykle karboxyl či —OH)
– přenos 2C zbytků v transketolasových reakcích v pentosafosfátové dráze
– oxidační dekarboxylace α-ketokyselin a vznik aldehydů (pyruvát → acetaldehyd), kofaktor multienzymových komplexů PDH, -KGDH, BCADH
![Page 16: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/16.jpg)
Tetrahydrofolát (THF)• Aktivní forma kyseliny listové (vit. B
9)
• donor 1C jednotek všech oxidačních úrovní kromě CO2
• koenzym transferas
• součást syntézy nukleotidů a nukleových kyselin
![Page 17: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/17.jpg)
Tetrahydrofolát (THF)
![Page 18: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/18.jpg)
Koenzym A
• přenašeč acylu• thiol reaguje s karboxylem za vzniku thioesteru • např. přenos mastných kyselin z cytoplasmy do mitochondrie• makroergická sloučenina účastnící se mnoha metabolických reakcí(-oxidace MK, citrátový cyklus, biosyntézy lipidů…)
![Page 19: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/19.jpg)
S-adenosylmethionin
CH
COOH
NH3+
CH2
CH2
SCH3
+ ATP
N
NN
NO
CH
COOH
NH3+
CH2
CH2
S+
CH3 CH2
OH OH
NH2
+ HPO42- + H2P2O7
2-
![Page 20: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/20.jpg)
Biotin
• kofaktor v karboxylačních reakcích
• prosthetická skupina acetyl-CoA karboxylasy a dalších ATPdependentních karboxylas
• kovalentně připojena k apoenzymu přes ε-aminoskupinu lysinu.
![Page 21: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/21.jpg)
Kyselina lipoová• prosthetická skupina, přenos vodíku
a acylu• amidově připojena k ε-aminoskupině
lysinu (lipoamid)• oxidace a dekarboxylace-ketokyselin (PDH, -KGDH,
BCADH)
![Page 22: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/22.jpg)
Vitamin K1
Vitamin K2
Vitamin K
• Vitamin K1 (fylochinon) – rostlinný původ (kofaktor fotosystému I)
• Vitamin K2 (menachinon) – bakteriální původ (tl. střevo, v bakteriích v elektron-transportním řetězci)
• K1 a K2 mají různé funkce– K1 – srážení krve– K2 – metabolismus kostí a cévních
stěn, buněčný růst
Syntetické deriváty vit.K
Fylochinon
Menachinon
![Page 23: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/23.jpg)
Vitamin K - funkce
• kofaktor jaterní mikrosomální karboxylasy glutamátu
– vznik karboxyglutamátových zbytků v prothrombinu a koagulačních faktorech VII, IX a X (posttranslační modifikace)
• karboxylovaný glutamát chelatuje Ca2+, to umožňuje vazbu koagulačních faktorů k membránám
• tvoří vazebné místo pro Ca2+ také např. v osteokalcinu
![Page 24: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/24.jpg)
![Page 25: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/25.jpg)
Tokoferol, vitamin E
• α-tokoferolchinon tvořený oxidací z -tokoferolu je kofaktor v syntéze mitochondriálních nenasycených MK
Chromanolový kruh | hydrofobní alifatický postranní řetězec
![Page 26: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/26.jpg)
Vitamin C
• hydroxylace prolinu a lysinu (kolagen) • syntéza kolagenu – prolylhydroxylasa, lysylhydroxylasa a
lysyloxidasa obsahuje jako kofaktory Fe2+ a askorbát
• metabolismus Tyr v mozku
![Page 27: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/27.jpg)
Ionty jako kofaktory
Ion Příklad enzymu
Cu2+ Cytochromoxidasa, katalasa
Fe2+ a Fe3+ Cytochromy, hydroxylasy
Mg2+ Glukosa-6-fosfatasa, hexokinasa,DNA-polymerasa
Mn2+ Arginasa
Zn2+ Alkoholdehydrogenasa, DNA polymerasa, karboanhydrasa
(Se) (Glutathionperoxidasa )
FeS proteins (Fe2S2) NADH dehydrogenasa, sukcinátdehydrogenasa
![Page 28: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/28.jpg)
Ferredoxiny
• FeS proteiny – Fe2S2, Fe4S4, přenos elektronů– redoxní reakce v dýchacím řetězci
![Page 29: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/29.jpg)
Metaloporfyriny - hem
• sloučeniny odvozené od cyklického tetrapyrrolu - porfyrinu
• komplexy s kovovými ionty
– hem – Fe, transport O2, přenos elektronů
– chlorofyl – Mg2+ (Zn2+), fotosyntéza
![Page 30: (upraveno z J. Novotné) - biochemie.lf2.cuni.czbiochemie.lf2.cuni.cz/cesky/biox2zimni/seminare/Kofaktory enzymů.pdfMetaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12) • chemicky nejsložitější](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022081623/614506da34130627ed50b94b/html5/thumbnails/30.jpg)
Metaloporfyriny - kobalamin (vitamin B12)
• chemicky nejsložitější vitamin • strukturně podobný hemu –
chelatovaným kovem je Co • v člověku 2 metabolicky aktivní
formy: methylkobalamin a deoxyadenosylkobalamin
• reakce– cytoplasmatická methylace
homocysteinu na methionin– mitochondriální methylmalonyl-
CoA mutasová reakce (methylmalonyl-CoA → sukcinyl-CoA)