universidade federal de santa catarina programa de pós-graduação em bioquímica apoios aos alunos...
DESCRIPTION
Bioinformática. Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação. Florianópolis, 09 de novembro de 2010. Tópicos. Genbank Swiss-prot pdb. GENBANK. GENBANK. GENBANK: É um banco de seqüências de nucleotídeos e proteínas. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/1.jpg)
Universidade Federal de Santa CatarinaPrograma de Pós-graduação em Bioquímica
Apoios aos alunos de graduação
Florianópolis, 09 de novembro de 2010.
Bioinformática
![Page 2: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/2.jpg)
• Genbank
• Swiss-prot
• pdb
Tópicos
![Page 3: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/3.jpg)
GENBANK
![Page 4: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/4.jpg)
GENBANK:
• É um banco de seqüências de nucleotídeos e proteínas.
• Acesso irrestrito (grande parte) acessado pelo NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov
• Construído pelo National Center of Biothecnology Information (NCBI) em 1982.
COLABORAÇÕES:
• DNA Data Bank do Japão (DDBJ) • European Bioinformatics Institutes (EBI, Hinxtin, UK).
-> Todos estes centros recebem dados separadamente, estas informações são trocadas e integradas, de maneira que estes bancos contém o mesmo banco de dados, sendo grande parte deles disponível on line.
GENBANK
![Page 5: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/5.jpg)
Bethesda, MD
O National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Aceita submissões de seqüências primárias. Desenvolve ferramentas para analisar dados. Criação de bancos específicos baseados na seqüência
primária. Fornece pesquisa livre e links
![Page 6: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/6.jpg)
Users per day
300,000
200,000
100,000
400,000
1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004
500,000
600,000
2005
Christmas and New Year’s Day
U.S.U.S.(.com, .net, (.com, .net, .org,.org,
..govgov, .us), .us)40%40%
Japan 6%Italy 4%
Canada 3%Germany 3%
United Kingdom3%
Netherlands 2%Spain 2%Brazil 2%Sweden 1%Switzerland 1%Belgium1%
OtherOther14%14%
U.S.U.S.(.com, .net, (.com, .net, .org,.org,
..govgov, .us), .us)40%40%
Japan 6%Italy 4%
Canada 3%Germany 3%
United Kingdom3%
Netherlands 2%Spain 2%Brazil 2%Sweden 1%Switzerland 1%Belgium1%
OtherOther14%14%
Tráfego de navegação ao NCBI
65 milhões de pb61 milhões de seqüências
![Page 7: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/8.jpg)
![Page 9: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/9.jpg)
01/21/2007
9/19/2006
![Page 10: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/10.jpg)
Organismo -TradicionalPRI (28) Primate ROD (15) Rodent PLN (20) Plant and FungalBCT (18) Bacterial/ArchealINV (7) InvertebrateVRT (7) Other VertebrateVRL (4) ViralMAM (2) MammalianPHG (1) PhageSYN (1) SyntheticENV (4) Envir. samplesUNA (1) Unannotated
Functional - BulkEST (570) Expressed Sequence Tag GSS (197) Genome Survey SequenceHTG (88) High Throughput GenomicPAT (27) PatentSTS (9) Sequence Tagged SiteCON (1) Contigs, virtual
• Organizado por taxonomia• Submissões diretas (Sequin/Bankit)• Acuracidade (~1 error per 10,000 bp)• Bem caracterizado
• Organizado por tipo de sequencia• Submissões por (ftp/email) • Menos acurado• Pouco caracterizado
Divisões do GENBANK
![Page 11: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/11.jpg)
GenBankEST
STS
GSS
HTG
• Expressed Sequence Tag– Uma única passagem de leitura do cDNA
• Genome Survey Sequence– Uma única passagem de leitura do gDNA
• High Throughput Genomic– Seqüências incompletas de clones
• Sequence Tagged Site– PCR-based mapping reagents
GENBANK funcional
![Page 12: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/12.jpg)
Pouco caracterizada
Banco de Seqüências do tipo EST
![Page 13: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/13.jpg)
shred
Whole BAC insert (or genome)
isolate clonessequence
GSS divisionor trace archive
Draft sequence (HTG division)
assemblywhole genome shotgunassemblies (wgs projects)
GSS, HTG, WGS
![Page 14: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/14.jpg)
• Sequencias não concluidas de BAC• Gaps e pedaços fora de ordem
LOCUS AC141845 147720 bp DNA linear HTG 19-MAR-2004DEFINITION Apis mellifera clone CH224-4A2, WORKING DRAFT SEQUENCE, 14 unordered pieces.ACCESSION AC141845VERSION AC141845.1 GI:29124029KEYWORDS HTG; HTGS_PHASE1; HTGS_DRAFT.
HTG: Honeybee Draft Sequence
![Page 15: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/15.jpg)
685 projetos
Bactéria (320) Sequencias ambientais (14) Archaea (8) Eucariotos (140), incluem:
Frango, em ratinhos, ratos, cães (2), chimpanzé, humano Peixe (2) Abelha, Anopheles, moscas das frutas (3) Nematóides (2) As leveduras (8), Aspergillus (2) Arroz (2)
Genomas completos - Projetos Shotgun
![Page 16: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/16.jpg)
wgs master[properties]
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/wgs/
Projetos Genomas Completos (WGS)
![Page 17: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/17.jpg)
GENBANK: procurando por seqüências
– Regiões regulatórias.– Regiões não-traduzíveis.– Regiões codificantes para proteínas.– Regiões intergênicas.
![Page 18: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/18.jpg)
Swiss-prot
![Page 19: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/19.jpg)
Swiss-prot
• O swiss-prot foi criado durante a tese de Amos Bairoch em 1986 ligado ao Swiss Institute of Bioinformatics (SIB).
• Contém todas as seqüências protéicas de proteínas com funções conhecidas.
• Swiss-prot está disponível no endereço eletrônico www.expasy.ch/sprot/ conectado ao servidor ExPAsy.
• ExPASy: Expert Protein Analysis System contém banco de dados + ferramentas on line úteis.
• Colaboração: European Bioinformatics Institute (EBI).
• Automated TrEMBL (TRanslation of EMBL nucleotide sequences)
![Page 20: Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062815/568168f3550346895ddffc9b/html5/thumbnails/20.jpg)
Típico swiss-prot entry
• Proteína• Função proteíca• bibliografia• Links com outros bancos:
– Estrutura– Domínio– Função