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Universidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia
Prof ° Colaborador:Luciano Carlos da Maia
MELHORAMENTO VEGETALDEPARTAMENTO DE FITOTECNIA
FAEM/UFPEL
Prospecção de Marcadores Moleculares
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Como avaliar SNPs??
SNP Allele Discrimination – StrategiesUsar ADH1 Homo sapiens - exemplos
1) primer extension (nucleotide incorporation),
2) Enzymatic cleavage,
3) Hybridization probe.
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Marcadores SSRhttp://www.microsatellite.org
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("Homo sapiens"[ORGN]) and (1[CHR] or 2[CHR])
SNP
COMO BUSCAR…
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("Homo sapiens"[ORGN]) and (1[CHR]) and (1:50000[CHRPOS])
SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
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SNP
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SNP
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SNP
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SNP
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SNP
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SNP
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SNP
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21695448 21695448 rs117973709
start stop Accession Locus O Links Align quality Description21686297 21696620 NM_006192.3 PAX1 + ug sv21686297 21686350 exon + UTR 54 bp21686351 21686636 exon + CDS 286 bp21686637 21687075 intron + 439 bp21687076 21687705 exon + CDS 630 bp21687706 21689195 intron + 1490 bp21689196 21689338 exon + CDS 143 bp21689339 21689859 intron + 521 bp21689860 21690082 exon + CDS 223 bp21690083 21695118 intron + 5036 bp21695119 21695441 exon + CDS 323 bp21695442 21696620 exon + UTR 1179 bp
SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
COMO BUSCAR…
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SNP
COMO BUSCAR…
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BUSCANDO POR SNPs
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Arabidopsis thaliana Bos taurusDrosophila melanogasterGallus gallusMedicago truncatulaMus musculusOryza sativaSus scrofa
SNP
ESPECIE COM MUITAS SEQUENCIAS DISPONIVEIS
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Homo sapiensTaxonomy ID: 9606
Oryza sativaTaxonomy ID: 4530
Oryza sativa Indica GroupTaxonomy ID: 39946
Oryza sativa Japonica GroupTaxonomy ID: 39947
SNP
GENOME MODEL
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Allele [ALLELE],[VARIATION],
Chromosome Example: 2[CHR] or X[CHR]
Base Position 88556398:88580839[CHRPOS]
Function Class "coding synonymous"[FUNC]
Gene Name [GENE], [GENE_SYMBOL] Example: LPL[GENE]
LocusLink ID [LOCUS_ID], [LID] Example: 4023[LID]
Organism [ORGN],[TAX_ID] "human"[ORGN] or "txid9606"[ORGN]
Etc…
SNP
COMO BUSCAR…REFINANDO A BUSCA….