Tutorial AVOGADRO

PRUEBA DE SUFICIENCIA DE COMPUTACION - INFORMATICA

En él se pueden construir molécula, tanto orgánicas como inorgánicas, para posteriormente exportarlas (o sea utilizarlas en otra aplicación) como imagen o trabajar con ellas en el mismo programa.

Es muy interactivo, una vez puesto un elemento se ajustan automáticamente los enlaces con Hidrógeno y posteriormente se pueden ir añadiendo otros elementos, y los enlaces se reajustarán. Entre otras características tenemos: Multiplataforma (Linux, Mac y Windows) Incluye herramientas interactivas. Visualizador de superficies y orbitales

Este software genera un archivo con extensión CML:

Significa Chemical Markup Language (CML), un estándar que se utiliza para especificar la información química, contiene la descripción de las estructuras moleculares químicas que se utiliza para el intercambio

También este programa me permite importar ( o sea introducir de otras aplicaciones datos o archivos), vínculos de la web o datos como trayectorias obtenidas en aplicaciones especificas.

La pantalla inicial es la siguiente:

MENÚ ARCHIVO

Nuevo Abrir Abrir reciente: Una lista de los archivos más recientemente realizados. Cerrar Guardar como ... Volver al fichero guardado Importación Archivo de Molécula Trayectoria ... Obtener Traer estructura química ... Obtener la URL ... Exportación Gráficos ... Guarda un archivo de gráficos de mapa de bits de la escena actual en formato BMP, PNG, JPEG o GIF. Graficos Vectoriales.. Guarda un archivo PDF, PostScript, SVG o la versión de la escena actual. POV-Ray Guarda un archivo y, opcionalmente, se corre el POV-Ray ray-tracing programa para producir una imagen de alta calidad adecuada para un cartel o para otros fines.

MENÚ EDICIÓN

Contenido Cortar Copiar Pegar Borrar Seleccionar Todo No seleccionar nada

Propiedades de los ángulos Átomo de Propiedades Propiedades de bonos Creación de superficies GAMESS Insertar fragmento Inserte péptido MOPAC Mecánica Molecular Propiedades molécula POV-Ray Configuración Espectros Súper Builder celular Propiedades de torsión Unidad de la célula Vibraciones

MENÚ EXTENSIONES (En inglés, recuerden utilizar

Google Chrome o algún traductor si no maneja el idioma

Inglés)

Barra de herramientas:

Herramienta de dibujo (F8)

Insertar átomo Borrar átomo

La herramienta de dibujo es la forma principal para construir moléculas. Puede seleccionar el elemento a utilizar en un menú desplegable. La opción "Otro" aparecerá una tabla periódica completa. El orden de enlace (simple, doble o triple) se puede configurar en un menú desplegable.

Si tenemos activado el lápiz haciendo clic sobre la pantalla, dibujamos el átomo que seleccionamos, en este caso oxigeno.

Para la configuración de la aplicación se accederá desde el menú principal a preferencias de pantalla y se desplegarán las opciones para dibujar :

• En la barra superior podemos observar un icono que representa un lápiz con el que podemos dibujar los átomos.

• A la derecha de la barra superior podemos ver una ventana que se llama “preferencia de herramientas”, cuando cliqueamos sobre este icono aparece el cuadro de configuración del dibujo donde podemos elegir los átomos que van a ser parte de nuestra molécula, el tipo de enlace y la opción de ajuste de los hidrógenos.

Preferencias de Pantalla

Permite visualizar distintas formas de las moléculas. Por ejemplo, distintas visualizaciones de proteínas

Ejes La pantalla ejes añadir X, Y y Z, basada en el origen. El eje X es rojo. El eje Y es el azul. El eje Z es de color verde

Bolas y Varillas El tipo de representación de bola y varilla es un estándar para la química.

Ejemplos de preferencias de Pantalla

Etiqueta Mostrar la etiqueta se adjuntará anotaciones de texto a átomos y enlaces. Ambos átomos y enlaces serán etiquetados. Las etiquetas de los objetos van a desaparecer cuando está demasiado lejos para ser legible.

Polígono La presentación de polígonos se basará tetraedros, pirámides, octaedros, etc para los centros atómicos. Esta opción de visualización es muy popular en las estructuras de estado sólido y refleja la coordinación en torno a centros metálicos.

Anillo El tipo de visualización anillo de color anillos cerrados. Tres anillos de miembros son de color rojo. Ciclos de cuatro eslabones son de color verde. Anillos de cinco miembros son de color azul. Anillos de seis miembros son de color rosa / púrpura. Ciclos de siete miembros son de color amarillo.

Esferas Van der Waals Ilustra todos los átomos como esferas con una completa radio de Van der Waals. La opacidad / transparencia de las esferas se pueden controlar.

• Ya estamos en condiciones de armar nuestra molécula, para ello con sólo colocar los átomos y luego arrastrar con el mouse desde uno de los átomos hacia el otro podemos generar el enlace entre ellos.

• Es importante saber que con el botón izquierdo genero átomos y con el izquierdo puedo borrarlos. También cliqueando con el botón izquierdo sobre el enlace puedo cambiar el orden de enlace.

• Ahora estamos en condiciones de optimizar la geometría molecular, para ello iremos a la opción de la barra que dice “extensiones”, lo desplegamos y elegimos “optimizar geometría” o desde el teclado de la net utilizar Ctrl + Alt + O. Y obtendremos el siguiente resultado:

• Otra herramienta importante para trabajar es la ventana de la derecha que dice

“preferencia de pantalla”, al desplegar la misma vamos a encontrar distintas opciones de presentación de la geometría de la molécula tales como:

• La herramienta de navegación nos permite darle movimiento a la molécula formada como trasladarla de lugar en la pantalla, utilizarla como zoom o hacerla girar desde el átomo elegido.

GIRA LA MOLÉCULA EN LA DIRECCION DESEADA

TRASLADA LA MOLÉCULA DE UN LUGAR A OTRO

ZOOM

ZOOM

Supresión Si encuentra que ha cometido un error o desea eliminar un átomo en particular , haciendo clic con el botón derecho sobre el átomo, se suprimirá. Tenga en cuenta que si "Ajustar Hidrógenos" está activada, no se pueden eliminar los hidrógenos añadidos , la función de ajustar los hidrógenos ajusta el número de átomos de hidrógeno de forma automática y por lo tanto, añade el hidrógeno eliminado de nuevo. Las construcción de moléculas Si va a dibujar una molécula más compleja: Botón izquierdo del ratón sobre un átomo existente, manteniendo el botón del ratón y arrastrar a otro lugar creará un enlace entre el átomo existente y el nuevo. Si necesita cambiar un átomo existente, sólo tiene que seleccionar el elemento deseado y seleccionarlo directamente .

Alinear molécula: La herramienta de navegación le permite mover la molécula alrededor de la escena. Si hacemos clic sobre la molécula:, la rotamos Si hace clic en un átomo en particular, a continuación, rotación, traslación o zoom se produce en relación con ese átomo. De lo contrario, la navegación es en relación con el centro de la molécula.

La herramienta de manipulación de enlace central.

La herramienta le permite manipular para mover átomos individuales o fragmentos seleccionados en el espacio. .

Herramientas mas importantes

No siempre las cosas salen bien la primera vez, o tal vez la optimización de

la geometría no le ha dado la geometría que se interese.

Avogadro tiene dos herramientas para ayudar en la manipulación de

moléculas que ya se han elaborado.

Estas son las centradas Bonos manipular herramientas y la herramienta

Manipulación .

Ambos permiten la manipulación de una molécula existente.

Muchas herramientas pueden trabajar ya sea en el átomo de hacer clic en o

en una selección de los átomos.

La herramienta Seleccionar le permite hacer selecciones y luego trabajar en

estas selecciones usando una herramienta diferente. Por ejemplo, un grupo

de cinco átomos se pueden seleccionar con la herramienta de selección y

los átomos se pueden mover mediante la selección de la herramienta de

manipular y hacer clic izquierdo en la selección mientras mueve el ratón

hasta que la configuración deseada

Configuraciones de selección de átomos- enlaces y moléculas La herramienta de selección le permite operar en las secciones de las moléculas. El modo de selección permite seleccionar átomos individuales cuando se hace clic, los residuos biomolecular (por ejemplo, aminoácidos, ácidos nucleícos) o una molécula entera . Haga clic en un átomo o fragmento para seleccionarlo. Haga clic en otro átomo o fragmento para seleccionar y anular la selección de la primera. Mantenga presionada la tecla mayúscula para seleccionar varios átomos o fragmentos. Mantenga presionada la tecla de control para cambiar las selecciones. Arrastre el ratón a través del espacio a "banda elástica" seleccionar un conjunto de átomos

• La herramienta AutoRotate le permite girar continuamente una molécula en el espacio, por ejemplo, para una presentación.

• Hay dos maneras de establecer la rotación:

• Haga clic y arrastre en cualquier lugar de la ventana de molécula - Para ello se utilizará una línea roja. La dirección de la línea determinará la dirección de rotación y la longitud de la línea determinará la velocidad de rotación. Cuanto más larga sea la línea, más rápida será la rotación. La rotación se iniciará tan pronto como se suelta el botón del ratón.

• Arrastre un control deslizante para rotar a lo largo de la x, y, o eje z. Mueva el control deslizante hacia la derecha para girar hacia la derecha, se moverá a la izquierda para girar a la izquierda. Cuanto más lejos mueva el control deslizante, más rápida será la rotación.

• Haga clic en la pantalla para poner fin a la rotación.

• Haga clic en la molécula para reiniciar la rotación.

Cálculo de los ángulos que forman los átomos de la molécula

• El programa nos da la posibilidad de constatar la geometría real de la molécula y constatar las distancias de sus enlaces, su orientación espacial y los ángulos que forman.

La herramienta que nos permite visualizar los ángulos se llama “herramienta de manipulación del enlace central”, se encuentra a lado de la herramienta de navegación y tiene este icono:

Con sólo activar esta herramienta y posicionarnos en las distintas partes de la molécula podemos ver los ángulos formados

• La herramienta que nos permite medir las distancias de los enlaces es la herramienta de medición a la cual puedo acceder desde el teclado con F12, una vez activada con el botón izquierdo puedo seleccionar hasta tres átomos y con el derecho reiniciar las mediciones

Avogadro admite deshacer / rehacer. Todas las operaciones de dibujar se pueden deshacer y rehacer mediante el uso de los elementos del menú apropiado en el menú de edición. Si alguna vez comete un error sólo tiene que seleccionar Editar- Deshacer (o Ctrl + Z).

Una vez que estemos satisfecho con la molécula que dibujamos , la guardamos utilizando el Archivo-Guardar como …