thierry de meeûs laboratoire de recherches et de coordination sur les trypanosomoses, umr177...
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Thierry de Meeûs
Laboratoire de recherches et de coordination sur les Trypanosomoses,UMR177 IRD/CIRAD, TA A-17/G,
Campus International de Baillarguet,34398 Montpellier Cedex 5, France.
Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165
E-mail: [email protected]
http://gemi.mpl.ird.fr/SiteSGASS/SiteTDM/EnseignMeeus.html
Méthodes indirectes
Méthodes directes
Neutralité: une hypothèse assez forte
TYPES DE MARQUEURS
Enzymes
mRNA
+
-
CTCTCTCTAGAGAGAG
Primer1
Primer2
PCR
CTCTCTCTCTAGAGAGAGAG
Primer1
Primer2
+
-
Microsatellites
Electrophorèse
AUGCAGCCAUAGGCG
Phe-Pro-Leu-Ileu-Val
f( ) = +
= p
f( ) = q
Proportions de Hardy-Weinberg
f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²
Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergDéficits en hétérozygotesDéficits en hétérozygotes
Effet Wahlund
Taenia soliumTaenia solium
Nasonia vitripenisNasonia vitripenis
Endogamies
RhRh--RhRh--
RhRh++RhRh--
Sous dominance
Causes techniques
Allèles nulsDominance des allèles courts
Homogamie
Schistosoma
Candida albicans
Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergExcès d'hétérozygotesExcès d'hétérozygotes
HLA
Ixodes ricinus
Anémie falciforme et
Plasmodium falciparum
SuperdominanceHétérogamie
Clonalité
Biais de dispersion sexe spécifique
Hétérosis
Trypanosoma brucei
Les F-Statistics de Wright
FISl
FFISIS
FFSTST
Estimations
RAPPEL: Variance: ² = [1/n].i[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].i[(xi-x)²]
Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham
FFITIT
)1)(1(1
1
1
1
STISIT
t
ObsIT
t
sST
s
ObsIS
FFF
H
HF
H
HF
H
HF
HObs=2p1(1-p1)-2p1(1-p1)FIS
e
Obs
e
ObseObsIS H
H
H
HH
pp
HppF
1)1(2
)1(2
11
11
Structure d'une Population
Taille des Unités de Reproduction
Migration
Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse
B. burgdorferi
B. valaisiana
B. garinii
B. afzelii
B. Spielmanii
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All
f (F
is e
stim
ator
)
-1
-0.75
-0.5
-0.25
0
0.25
0.5
0.75
1
109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131
Allele size
Fis
(pa
rtia
ls)
Déficits en hétérozygotes
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131
Allele size
Fis
pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing
pi's increasing pi's randomised
Distribution sexe spécifique du polymorphisme
B. burgdorferi
B. valaisiana
B. gariniiB. afzelii
Biais de dispersion sexe spécifique des tiques
Détection des Borrelia dans les tiques
Pour Borrelia burgdorferi
P =0.012
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
F M
Sex of the tick
Prév
alen
ce o
f B
. bur
gdor
feri
ss
Pour Borrelia afzelii
Saines Infectées
Détection des borrélies dans les tiques
Saines Infectées
Vers adultes (couple)dans la veine mésenthérique.
La femelle est contenue dans le canal gynécophore
du mâle
Œuf évacué avec les selles
de l’hôte définitif
Eclosion d’unelarve aquatique:
miracidium
Reproduction sexuée
Biomphalaria glabratamollusque d’eau douce
hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales
Reproduction asexuée
Rattus rattus (rat noir)infecté lors d’un "bain"
Zone de transmission
Site detransmission
(arrière mangrove)
Région d’étude
Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe
Les F-Statistics de Wrightet Clones
Fisl
FFisis
FFstst
FFitit
T
oTit
T
sTst
s
osis
H
HHF
H
HHF
H
HHF
T
TIIT
T
TSST
S
SIIS
Q
QQF
Q
QQF
Q
QQF
1
1
1
0
1
IT
SST
S
SIS
F
QF
Q
QF
Génétique des populations des diploïdes clonaux
ou partiellement clonaux
Fis 0
-1Loci
C=[0.99-0.95], Nm not small
Fis 0
-1Loci
C=1, Nm small
FST~0.5
Fis 0
-1Loci
C=[0.999-0.99], Nm small
Fst>>0.5
Fis 0
-1Loci
C=1, Nm not small
Fst<<0.5
Clones structurés en nombreux dèmes
Fst=-Fis/(1-Fis); Fit=0st
st
F
FNm
4
21
is
is
F
FNm
4
1
n =1000, N =10, m =0.001
-0.03
-0.02
-0.01
0
0.01
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
Expected(IAM)
Long, 99alleles
Long, 5alleles
Long, 2alleles
Short, 99alleles
Short, 5alleles
Short, 2alleles
Veryshort, 99alleles
Veryshort, 5alleles
Veryshort, 2alleles
Nm
T
TIIT
T
TSST
S
SIIS
Q
QQF
Q
QQF
Q
QQF
1
1
1
0
1
IT
SST
S
SIS
F
QF
Q
QF
Candida albicans à Abidjan (Côte d’Ivoire)
42 Patients AIDS
19 patientes 23 patients
J0
Traitement anti-fungique
J15
Rechute de 13 patients
FPatient≈0.5 (P<0.001)
FSex≈0.08 (P<0.02)
FD0-D15≈0.2 (P<0.001)
14 loci enzymatiques
Fis=-0.66 Fis=-0.97
Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire
Week 1, with the seven most polymorphic loci
-1
-0.8
-0.6
-0.4
-0.2
0
0.2
Womenuncombined
Womencombined
Menuncombined
Men combined Women andmen combined
Fis