tesis - eprints.uns.ac.id · 4. hasil perbandingan pemeriksaan uji diagnostik antara sampel sputum...

perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id

commit to user

PERBANDINGAN PENAMPILAN DIAGNOSTIK PEMERIKSAAN TUBERCULOSIS ANTIGEN RAPID TEST KIT ANTARA SPUTUM

DAN SERUM PASIEN TUBERKULOSIS PARU

TESIS

Untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat Magister Program Studi Magister Kedokteran Keluarga Minat Utama: Ilmu Biomedik Patologi Klinik

Oleh Selvi Liemena

NIM: S501008058

PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA 2014


commit to user


commit to user

KATA PENGANTAR

Segala puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas petunjuk dan

rahmat serta karunia yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan

Usulan Tesis dengan judul “Perbandingan penampilan diagnostik TBAg rapid

test kit antara sputum dan serum pasien tuberkulosis paru”. Usulan Tesis ini

dimaksudkan sebagai rancangan penelitian yang akan dilanjutkan dengan kegiatan

penelitian. Penelitian merupakan salah satu persyaratan untuk mencapai derajat

magister.

Atas kesempatan, bantuan, motivasi dan bimbingan yang diberikan kepada

penulis, maka pada kesempatan ini penulis ingin mengucapkan terima kasih

sebesar-besarnya kepada yang terhormat:

1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, MS., selaku Rektor Universitas Sebelas Maret

Surakarta, yang telah memberikan kesempatan kepada penulis utnuk

mengikuti Program Magister pada Program Pascasarjana Universitas Sebelas

Maret.

2. Prof. Dr. Ahmad Yunus, Ir., M.S., selaku Direktur Program Pascasarjana

Universitas Sebelas Maret Surakarta, yang telah memberikan fasilitas kepada

penulis dalam menyelesaikan studi.

3. Dr. Hari Wujoso, dr, SpF, MM., selaku Ketua Program Studi Magister

Kedokteran Keluarga Universitas sebelas Maret, yang telah banyak

memberikan fasilitas serta kebijaksanaan dalam proses pendidikan.

4. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr, SpPD-KR, FINASIM., selaku Dekan

Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta, yang telah


commit to user

memberikan kesempatan kepada penulis untuk mengikuti Program Magister

pada Program Pasca Sarjana Universitas Sebelas Maret.

5. Dr Sigit Priohutomo., MPH., selaku Direktur BBKPM Surakarta, yang telah

memberikan kesempatan kepada penulis untuk melakukan penelitian di

lingkungan BBKPM Surakarta.

6. Prof. Dr. Didik Tamtomo, dr., MM., M.Kes., PAK., selaku Pembimbing I

penulis, yang telah memberikan bimbingan dengan penuh kesabaran sehingga

penulis dapat menyelesaikan tesis ini.

7. B. Rina A. Sidharta, dr, SpPK-K., selaku Kepala Instalasi Laboratorium

Patologi Klinik RSUD Dr. Moewardi Surakarta dan Pembimbing II penulis

yang telah memberikan banyak fasilitas dan motivasi serta bimbingannya

selama penyelesaian tesis ini.

8. Prof. Dr. JB. Suparyatmo, dr, SpPK-K., selaku Guru Besar Patologi Klinik

Fakultas Kedokteran UNS/RSUD Dr. Moewardi Surakarta yang selalu

memberikan semangat dan motivasi dalam penyelesaian tesis ini.

9. Tahono, dr., SpPK-K.., selaku Kepala Bagian Patologi Klinik dan Kepala

Program Studi Patologi Klinik Fakultas Kedokteran UNS, yang selalu

memberikan semangat, motivasi dan saran yang berarti dalam penyelesaian

tesis ini.

10. Bapak Ibu staf dan dosen serta rekan-rekan PPDS Patologi Klinik Fakultas

Kedokteran UNS Surakarta yang telah banyak bekerjasama dan memberikan

saran yang berarti.


commit to user

11. Teman-teman analis di Laboratorium Klinik BBKPM Surakarta, yang telah

bekerjasama dan memberikan bantuan sehingga terlaksana penelitian ini.

12. Ungkapan rasa terima kasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya kepada

kedua orangtua penulis papa Denny Liemena dan dan mama Helda Khoeswara

yang telah membesarkan, membimbing dan memberikan dukungan penuh

sehingga penulis dapat mencapai jenjang pendidikan seperti sekarang ini.

13. Kepada Bapak dan Ibu Mertua serta suami dan anak-anakku tercinta: dr Sony

SpAN., M.Kes, yusuf, rio, nanda, dede terimakasih yang tidak ternilai atas

doa, pengertian, pengorbanan, kesabaran, kasih sayang selama ini. Kalian

selalu menjadi inspirasi dan pemberi semangat dalam segala hal.

14. Kepada semua pasien yang telah bersedia menjadi subyek penelitian tesis ini,

yang dengan ikhlas memberikan pengorbanan demi kemajuan ilmu

pengetahuan.

Penulis menyadari bahwa Tesis ini masih jauh dari sempurna, oleh karena

itu besar harapan kami untuk mendapatkan kritik dan saran demi perbaikan

sehingga bermanfaat bagi perkembangan keilmuan di bidang Patologi Klinik.

Surakarta, Oktober 2014

Penulis

Selvi Liemena


commit to user

DAFTAR ISI

Halaman Halaman Judul...................................................................................................... i Lembar Pengesahan Pembimbing......................................................................... Lembar Pengesahan Penguji.................................................................................

ii iii

Pernyataan Orisinalitas dan Hak Publikasi........................................................... iv Kata Pengantar...................................................................................................... v Daftar Isi............................................................................................................... Daftar Gambar ..................................................................................................... Daftar Tabel..........................................................................................................

viii x xi

Daftar Singkatan................................................................................................... xii Daftar Lampiran.................................................................................................... xiv ABSTRAK............................................................................................................ xv ABSTRACT............................................................................................................ xvi

BAB I PENDAHULUAN............................................................................ 1 A. Latar Belakang............................................................................ 1 B. Rumusan Masalah....................................................................... 6 C. Tujuan Penelitian.......................................................................

1. Tujuan Umum...................................................................... 2. Tujuan Khusus.....................................................................

6 6 6

D. Manfaat Penelitian...................................................................... 7 BAB II. TINJAUAN PUSTAKA................................................................... 8

A. Kajian Teori............................................................................... 8 1. Definisi............................................................................... 8 2. Epidemiologi....................................................................... 8 3. Morfologi dan Struktur...................................................... 9 4. Biomolekuler...................................................................... 10 5. Imunopatogenesa Tuberkulosis Paru.................................. 16 i. Tuberkulosis Primer....................................................... 20 ii. Tuberkulosis Sekunder................................................... 21 6. Gejala Tuberkulosis........................................................... 28 7. Diagnosis Tuberkulosis...................................................... 28 8. Pemeriksaan Laboratorium................................................. 30 A. Kerangka Teori.......................................................................... 33 B. Kerangka Konsep...................................................................... 34 C. Hipotesa Penelitian.................................................................... 35

BAB.III METODE PENELITIAN................................................................. 36 A. Tempat dan Waktu penelitian.................................................... 36 B. Desain Penelitian....................................................................... 36 C. Populasi, Sampel dan Pengambilan sampel.............................. 36 D. Besar Sampel............................................................................. 37 E. Identifikasi Variabel Penelitian................................................. 37 F. Definisi Operasional Variabel................................................... 38 G. Alur Penelitian........................................................................... 41 H. Prosedur Kerja Laboratorium.................................................... 42 I. Analisa Statistik......................................................................... 46 J. Etika Penelitian.......................................................................... 46

BAB. IV HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN................................ 47 A. Hasil Penelitian......................................................................... 47


commit to user

1. Karakteristik Subyek Penelitian.......................................... 47 2. Hasil Pemeriksaan Kultur BTA........................................... 48 3. Hasil Pemeriksaan TBAg Rapid Test Kit............................. 49 a) Hasil Pemeriksaan Sampel Sputum TBAg Rapid Test

Kit...................................................................................

49 b) Hasil Pemeriksaan Sampel Serum dengan TBAg Rapid

Test Kit...........................................................................

51 c) Hasil uji perbedaan pemeriksaan sampel serum dengan

TBAg rapid test kit.........................................................

52 4. Hasil perbandingan pemeriksaan uji diagnostik antara

sampel sputum dan serum pasien tersangka TB paru.........

53 B. Pembahasan.............................................................................. 56

BAB V. SIMPULAN DAN SARAN.............................................................. 62 A. Simpulan................................................................................... 62 B. Saran......................................................................................... 63 DAFTAR PUSTAKA........................................................................................... 64 LAMPIRAN- LAMPIRAN.................................................................................. 67


commit to user

DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. Dinding sel Mycobacterium tuberculosis....................................... 10 Gambar 2. Sistem sekresi dari lokus RD-1...................................................... 16 Gambar 3. Perjalanan infeksi Mycobacterium tuberculosis............................ 22 Gambar 4. Respon imun TB............................................................................ 27 Gambar 5. Kultur Mycobacterium tuberculosis pada media LJ...................... 32 Gambar 6. Kultur Mycobacterium tuberculosis pada media Midlle brook...... 32 Gambar 7. Kerangka pikir................................................................................ 33 Gambar 8. Kerangka Konsep........................................................................... 34 Gambar 9. Alur penelitian................................................................................ 41 Gambar 10. Hasil pemeriksaan kultur BTA berdasarkan jenis kelamin pasien

tersangka TB paru..........................................................................

48 Gambar 11. Hasil pemeriksaan kultur BTA....................................................... 49 Gambar 12. Hasil pemeriksaan sampel sputum TBAg rapid test kit dengan

kultur TB di media LJ pada pasien tersangka TB paru..................

50 Gambar 13. Hasil pemeriksaan sampel serum TBAg rapid test kit dengan

kultur TB pada pasien tersangka TB paru......................................

51 Gambar 14. Perbandingan hasil diagnosa antara sputum dan serum................. 53


commit to user

DAFTAR TABEL Tabel 1. Delesi gen pada RD M.Tb complex.................................................. 11 Tabel 2. Tabel 2x2 penelitian diagnostik........................................................ 46 Tabel 3. Karakterisitik sampel tersangka TB.................................................. 47 Tabel 4. Hasil pemeriksaan sampel sputum TBAg rapid test kit dengan

kultur TB di media LJ pada pasien tersangka TB paru ....................

50 Tabel 5. Hasil pemeriksaan sampel serum TBAg rapid test kit dengan

kultur TB di media LJ pada pasien tersangka TB paru.....................

51 Tabel 6 Hasil uji perbedaan antara sampel sputum dan serum

menggunakan TBAg rapid test kit dengan uji Mc Nemar.................

52 Tabel 7. Uji diagnostik TBAg rapid test kit dengan dengan kultur TB........... 53


commit to user

DAFTAR SINGKATAN AIDS Aquaired immunodeficiency syndrome APC Antigen-persenting cell ATPase Adenosine triphospatase BAC Bacterial artificial chromosomes BBKPM Balai Besar Kesehatan Paru Masyarakat BCG Bacillus calmette guerin BTA Basil tahan asam CD CDC

Cluster of differences Centers for disease control

CMI Cell mediated immunity CFP-10 Depkes

Culture filtrate protein-10 Departemen Kesehatan

DNA ELISA

Deoxyribonucleat acid Enzyme linked immunosorbent assay

ESAT-6 EXS-1

Early secreted antigenic target-6 Excretion system-1

HIV Human immunodeficiency virus IFN-γ KCN kDa

Interferon gama Kalium cyanida Kilodalton

LED LJ

Laju endap darah Lowenstein Jensen

M.tb Mycobacterium tuberculosis MDR-TB Multidrug resistant-tuberculosis MCP-1 Monocyte chemoatractant protein-1 MHC NLR

Major histocompatibility complex Negative predictive value

MPT-64 NaOH

Mycobacterium tuberculosis protein-64 Natrium hidroksida

NPV Negative predictive value NF-κβ Nuclear factor kappa beta NK-cell Natural killer cell ORF Open reading frame OADC Oleic acid, albumin, dextrose and catalase PDPI PLR

Persatuan Dokter Paru Indonesia Positive likelihood ratio

PNB P-nitro benzoic acid PPV MHC

Positive predictive value Major histocompatibility complex

MTSA NK

Mycobacterium tuberculosis secreted antigen Natural killer

RD Region of difference RNI Reactive nitrogen intermediate SNPs Single nucleotide polymorphisms SPS Sewaktu-pagi-sewaktu TB Tuberkulosis TBAg Tuberculosis antigen TDM Trehalose-6,6-dimycolate


commit to user

TGF-β Tumor growth factor-β TLR-2 Tall like receptor-2 WHO World Health Organization ZN Ziehl-Neelsen


commit to user

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman Lampiran 1 Biodata.............................................................................................. 67 Lampiran 2 Surat pernyataan persetujuan............................................................ 68 Lampiran 3 Formulir data subyek penelitian....................................................... 68 Lampiran 4 Rekapitulasi data subyek penelitian.................................................. 70 Lampiran 5 Hasil analisis statistik dengan SPSS................................................. 72 Lampiran 6 Ethical Clearance penelitian............................................................ 73 Lampiran 7 Kartu konsultasi tesis........................................................................ 74


commit to user

Selvi Liemena. 2014. Perbandingan Penampilan Diagnostik Pemeriksaan Tuberculosis Antigen Rapid Test Kit Antara Sputum Dan Serum Pasien Tuberkulosis Paru. TESIS. Pembimbing I: Prof. Dr. Didik T., dr., MM., M.Kes., PAK, II: B. Rina.A.Sidharta., dr., SpPK-K. Program Studi Magister Kedokteran Keluarga, Minat Utama Ilmu Biomedik, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret Surakarta.

ABSTRAK Pendahuluan. Tuberkulosis masih merupakan masalah besar dalam dunia kesehatan. Diagnosa yang tepat untuk menemukan kuman Mycobacterium tuberculosis (M.tb) secara dini sangat diperlukan dalam memutus mata rantai penularan. Diagnosis tuberkulosis paru di Indonesia hingga saat ini masih didasarkan pada pemeriksaan mikroskopis basil tahan asam (BTA) dalam sputum serta kultur M.tb pada media Lowenstein Jensen (LJ). Mikroskopis BTA memiliki keterbatasan, Sensitivitas mikroskopis BTA sangat bervariasi serta tergantung pada beban kerja, ketrampilan petugas dalam membaca sediaan. Kultur memerlukan waktu lama yaitu 2 – 8 minggu. Mycobacterium tuberculosis antigen (TBAg) rapid test kit suatu tes yang cepat, mudah, praktis, dan tidak memerlukan ketrampilan khusus. Tes ini mendeteksi secreted antigen M.tb yang di kode gen RD-1(Region of Difference 1), RD2 dan RD3, dimana regio ini dihilangkan pada semua strain mycobacterium bovis BCG. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai diagnostik TBAg rapid test kit pada sampel sputum dan serum untuk diagnosis tuberkulosis (TB) paru. Metode Penelitian ini menggunakan desain uji diagnostik. Sampel penelitian adalah sputum dan serum dari 50 pasien tersangka TB paru. Penelitian ini menggunakan baku emas kultur M.tb di media LJ. Sampel sputum dan serum tersangka TB paru didapat dari pasien pertama kali berobat dengan gejala TB paru di BBKPM Surakarta. Setiap spesimen dilakukan pemeriksaan TBAg rapid test kit. Hasil Sensitivitas, spesifisitas, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR) dan akurasi sampel sputum berturut-turut sebesar 72,2%, 85,71%, 92,86%, 54,55%, 5,06%, 0,32% dan 76%. Sedangkan untuk sampel serum masing-masing sebesar 19,11%, 92,86%, 87,50%, 30,95%, 2,72%, 0,87% dan akurasi 40%. Simpulan Secara umum, deteksi antigen dengan TBAg rapid test kit menggunakan sampel sputum memiliki nilai diagnostik lebih baik daripada sampel serum. Sehingga dapat dipertimbangkan pada unit pelayanan kesehatan yang belum memiliki petugas terlatih untuk pemeriksaan mikrokopis BTA agar dapat menggunakan TBAg rapid test kit untuk membantu diagnosis tuberkulosis paru karena spesifisitas yang cukup baik. Kata kunci : Mikroskopis BTA, TBAg rapid test kit, kultur M.tuberculosis.


commit to user

Selvi Liemena. 2014. Comparison of Diagnostic Examination appearance Tuberculosis Antigen Rapid Test Kit Between Sputum Tuberculosis And Lung Patient Serum. THESIS. Supervisor I: Prof. Dr. Didik T., dr., MM., M.Kes., PAK, II: B. Rina.A.Sidharta., dr., SpPK-K. Program Study of Family Medical, Post Graduate Program of Sebelas Maret University, Surakarta.

ABSTRACT Introduction. Tuberculosis is still a major problem in the health world. Proper diagnosis to find Mycobacterium tuberculosis (M.tb) early is indispensable in breaking the chain of transmission. The diagnosis of pulmonary tuberculosis in Indonesia is still based on microscopic examination of acid fast bacilli (AFB) in sputum and culture in the M.tb media Lowenstein Jensen (LJ). Microscopic smear has limitations, sensitivity and microscopic smear varies greatly depending on the workload, personnel skills in reading preparation. Culture takes a long time is 2-8 weeks. Mycobacterium tuberculosis antigen (TBAg) rapid test kit is a test that is fast, easy, practical, and does not require special skills. This test detects antigens secreted M.tb genes that code RD-1 (Region of Difference 1), RD2 and RD3, where this region is eliminated in all strains of Mycobacterium bovis BCG. This study aims to determine the diagnostic value of a rapid test kit TBAg on sputum and serum samples for the diagnosis of tuberculosis (TB) lung. Method This study used a diagnostic test design. The samples were sputum and serum from 50 patients suspected of TB. This study uses the gold standard culture in the M.tb LJ media. Sputum and serum samples suspected pulmonary tuberculosis obtained from patients treated with the first symptoms of pulmonary TB in BBKPM Surakarta. Each specimen was examined TBAg rapid test kits. Results Sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR) and the accuracy of sputum samples, respectively for 72.2%, 85.71%, 92 , 86%, 54.55%, 5.06%, 0.32% and 76%. As for the serum samples respectively by 19.11%, 92.86%, 87.50%, 30.95%, 2.72%, 0.87% and accuracy of 40%. Conclusion In general, antigen detection by rapid test kit TBAg using sputum samples have better diagnostic value than serum samples. So it can be considered in healthcare facilities that do not have trained personnel to mikrokopis smear examination in order to use TBAg rapid test kit to aid in the diagnosis of pulmonary tuberculosis due to a fairly good specificity. Keywords: Microscopic smear, TBAg rapid test kits, culture for M. tuberculosis.

tesis - eprints.uns.ac.id · 4. hasil perbandingan pemeriksaan uji diagnostik antara sampel sputum...

Documents