taller de identificación botánica: uso y creación de claves en la web · 2019-08-23 · taller...
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Taller de Identificación Botánica:
Uso y creación de claves en la web
Bernardo Serrano Estrada [email protected]
Enrique Ortiz Bermúdez [email protected]
Miguel Murguía Romero [email protected]
José Luis Villaseñor Ríos [email protected]
Sala de usos múltiples, Instituto de Biología, UNAM.
Ciudad Universitaria, Ciudad de México, México.
Miércoles 13 de abril, 2016
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 2
Taller de Identificación Botánica:
Uso y creación de claves en la web
Contenido
1. La página web AbaTax para identificación taxonómica .................................................... 3
2. Uso de claves en AbaTax ................................................................................................... 4
FAMEX: Clave para familias de Magnoliophyta presentes en
México ................................................................................................................................ 6
Las dos listas de la interfaz dinámica: Estados de carácter y Taxa .................................... 7
Selección de estados de carácter ......................................................................................... 8
Los botones de la interfaz dinámica ................................................................................... 9
La vista avanzada.............................................................................................................. 14
Claves privadas y públicas ............................................................................................... 14
3. Construcción de claves con AbaTax ................................................................................ 15
Creación mediante importación de archivos Excel .......................................................... 15
Creación y edición de claves en línea ............................................................................... 25
Interfaz Access para creación de archivos de importación............................................... 32
Créditos ................................................................................................................................. 33
Sala de usos múltiples, Instituto de Biología, UNAM.
Ciudad Universitaria, Ciudad de México, México.
Miércoles 13 de abril, 2016
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 3
1. La página web AbaTax para identificación
taxonómica
AbaTax provee una interfaz de identificación dinámica que permite
a los no expertos en el grupo el proceso de identificación.
En AbaTax también puedes crear claves de identificación
taxonómica automatizadas. Si construyes una pequeña base de datos
taxonómica, incluyendo la lista de taxones, y la importas a la página
web, puedes poner a disposición de tus colegas tu clave de
identificación.
En versiones posteriores podrás incorporar imágenes, tanto de los
estados de carácter como de los taxones.
El programa está en su versión beta de desarrollo, es decir, ya es
funcional pero aún no ha sido probado por un número mínimo de
usuarios que puedan detectar posibles errores o mejoras.
Por el momento en AbaTax hay disponibles para su uso libre y
universal, tres claves de identificación (Cuadro 1).
Cuadro 1.
Claves de identificación disponibles actualmente en AbaTax
Gencomex: Clave para géneros de compuestas (Asteraceae)
presentes en México.
CacTeh: Clave para géneros de cactáceas (Cactaceae) presentes en
el Valle de Tehuacán, Puebla, México.
FAMEX: Clave para familias de plantas con flores (Magnoliophyta)
presentes en México.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 4
Cuadro 2.
Características de AbaTax
URL: www.abatax.abacoac.org
Claves de identificación taxonómicas en la web.
Creación de claves mediante:
a) Importación de archivos Excel, o
b) Interfaz de edición de la matriz de datos
Claves públicas de acceso universal, o claves con password para uso
dentro de grupos de trabajo .
Interfaz disponible en español e inglés.
Posibilidad de crear una clave en más de un idioma.
Funcional en diversos dispositivos: computadora personal, celular,
tableta.
2. Uso de claves en AbaTax
AbaTax es una página que permite el uso de más de una clave de
identificación, por lo que antes de iniciar propiamente el proceso de
identificación, se debe elegir con qué clave se trabajará. Por el
momento, en AbaTax hay tres claves de identificación (Cuadro 1).
Esto se puede comprobar seleccionando la opción Claves
taxonómicas, que despliega una lista de las claves disponibles. En
la Figura 1 se aprecia que la segunda columna Nombre contiene las
etiquetas: Gencomex, CacTeh y FAMEX. Dando clic sobre FAMEX
se desplegará la interfaz de identificación.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 5
Figura 1. Lista de claves taxonómicas públicas
Ejercicio 1.
Vista la página AbaTax
1. Ingresa a la dirección www.abatax.abacoac.org
2. Navega por las diversas secciones
3. Pregunta las dudas que te hayan surgido
4. Anota sugerencias para mejorar la página
5. Discute con tus compañeros las dudas y las sugerencias y emitan
en conjunto acuerdo dudas y sugerencias para discusión con los
instructores del taller
Sugerencias de mejora
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Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 6
FAMEX: Clave para familias de Magnoliophyta presentes en México
La sección de la página web que permite el proceso de
identificación taxonómica está construida con base en un modelo
teórico denominado ‘Identificación Dinámica’, en donde la lógica
es facilitar al usuario lo máximo posible el proceso de
identificación. La Figura 2 muestra la clave FAMEX en la interfaz
dinámica de identificación. Se aprecian dos listas:
a) la lista de los estados de carácter
b) la lista de los taxa
En el caso de la clave FAMEX, la lista de Estados de
carácter tiene 150 elementos, y la lista de los Taxa tiene 264,
que son las familias de plantas con flores presentes en México
según el sistema de clasificación de Cronquist.
Ejercicio 2.
Uso de la clave FAMEX
1. Entra a la calve FAMEX: Claves taxonómicas/FAMEX
2. Reproduce los pasos indicados en las figuras 1 a 8:
3. Supón que el ejemplar bajo identificación es escandente con
látex (Figura 3): selecciona los estados de carácter
correspondientes
4. Activa el botón para filtrar los estados seleccionados (Figura 5)
5. Desactiva el botón para filtrar los taxa pertenecientes a los
estados seleccionados (Figura 6)
6. Activa la ‘Vista avanzada’ (Figura 7)
7. Selecciona a la familia Acantahaceae ¿por qué el ejemplar no
pertenece a esta familia? (Figura 8)
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 7
Las dos listas de la interfaz dinámica: Estados de carácter y Taxa
En la parte superior de la lista de estados de carácter aparece el
número de elementos seleccionados. Al iniciar la sesión, como aún
no se ha seleccionado ninguno, se indica ‘Estados de carácter
seleccionados: 0 de 150’ (Figura 2). En la parte superior de
la lista de Taxa se indica el número de posibles identidades del
ejemplar, por ejemplo, con el mensaje ‘Posibles identidades
del ejemplar: 0 de 264’, dado que se ha indicado una lista de
estados de carácter.
Figura 2. Interfaz de identificación dinámica
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 8
Selección de estados de carácter
El usuario puede indicar los estados de carácter presentes en el
ejemplar bajo identificación seleccionando enunciados de la
primera lista (Figura 3). Al seleccionar enunciados, de manera
inmediata se filtran en la segunda lista solo aquellas familias que
cumplen con estos estados de carácter. En el caso de la Figura 3,
son 16 familias que tienen especies con esos dos estados de
carácter: plantas escandentes y látex. Observa los mensajes
desplegados en la parte superior: ‘Estados de carácter
seleccionados: 2 de 150’ y ‘Posibles identidades
del ejemplar: 16 de 264’.
Figura 3. Selección de dos estados de carácter
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 9
Los botones de la interfaz dinámica
La parte superior de la interfaz dinámica contiene botones que dan
funcionalidades a la clave de identificación (Figura 4):
Mostrar solo los estados seleccionados
Eliminar estados de carácter seleccionados
Vista básica
Vista avanzada
Mostrar los taxa pertenecientes a los estados seleccionados
Maximizar o minimizar ventanas
Figura 4. Funcionalidad de los botones de la interfaz de identificación
dinámica.
Botones Maximizar o Minimizar
Nombre corto de la clave en uso
Mostrar los taxapertenecientes a los estados seleccionados
Vista básica
Vista avanzada
Eliminar estados de carácter seleccionados
Mostrar estados de carácter seleccionados
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 10
El botón ‘Mostrar solo los estados seleccionados’
muestra un resumen de los enunciados seleccionados (Figura 5).
Puesto que la lista es de 150 enunciados, solo 15 o veinte se
muestran en la pantalla, entonces puede ser que se hayan
seleccionado enunciados del principio y del final de la lista, lo que
se dificulta visualizarlos en una sola pantalla. Con la activación de
este botón se puede obtener una visión resumida. Al volverlo a
seleccionar, se desactiva, mostrando de nuevo toda la lista de los
150 enunciados.
Figura 5. Filtro mediante el botón ‘Mostrar solo los estados
seleccionados’.
El botón ‘Eliminar estados de carácter
seleccionados’, de-selecciona todos los enunciados. No
significa que se borran de la base de datos. Uno de los efectos de
seleccionar este botón es que el mensaje de la parte superior de la
lista de estados de carácter será de nuevo ‘Estados de
carácter seleccionados: 0 de 150’.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 11
El botón ‘Vista básica’ regresa la interfaz al modo default,
en caso de que se haya seleccionado la ‘Vista avanzada’. En
modo de vista básica se pueden seleccionar características para
realizar el proceso de identificación, pero los taxa (lista del lado
derecho) no son seleccionables.
El botón ‘Vista avanzada’ agrega la funcionalidad de
introducir hipótesis, es decir, los taxa son seleccionables, lo que
añade dinamismo al proceso de identificación. El modelo de
identificación se denomina ‘Identificación dinámica’ precisamente
porque permite al usuario indicar información en dos direcciones:
de las características a los taxa y de los taxa a las características. La
primera dirección es cuando el usuario indica estados de carácter en
el ejemplar y el programa responde filtrando la lista de los taxa que
son posibles identidades. La segunda dirección es cuando el usuario
selecciona un taxón, para indicar que sospecha que sea el taxon
identidad, es decir, es su hipótesis de identificación (Figuras 6 y 7).
Figura 6. Desactivación del botón ‘Mostrar los taxa
pertenecientes a los estados seleccionados’.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 12
El botón ‘Mostrar los taxa pertenecientes a los
estados seleccionados’ filtra la lista de los taxa mostrando
solo aquellos que presenten los estados de carácter seleccionados.
Por default, el botón está activo, pero se puede desactivar para que
se muestren todos los taxa, por ejemplo, para seleccionar alguno
como hipótesis.
¿Por qué no es una Acanthaceae? En la Figura 6 se puede observar
que no existen especies de Acanthaceae con el carácter ‘Plantas
con jugo lechoso (látex)’, pero si existen con ‘Bejucos o
plantas escandentes’.
Los botones ‘Maximizar o minimizar ventanas’ se
encuentran en la parte superior derecha de cada una de las dos
listas, sirven para cambiar el ancho de una y reducir la otra.
Figura 7. Activación de la ‘Vista avanzada’.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 13
Figura 8. Activación del botón ‘Mostrar los estados
pertenecientes a los taxa seleccionados’.
Ejercicio 3.
Identificación de un ejemplar
1. Identifica a nivel familia algún ejemplar usando la clave FAMEX,
o puedes usar esta descripción:
Árboles, arbustos o hierbas provistas de raíces tuberosas, con
exudado más o menos coloreado; hojas alternas, caducas, con
estípulas caedizas, pecioladas, por lo general palmatilobadas o
palmatipartidas en 3 a 9 segmentos; inflorescencias en forma de
racimos, cimas o panículas terminales; flores grandes, vistosas,
hermafroditas, actinomorfas o algo zigomorfas; sépalos y pétalos 5,
libres, caducos; estambres numerosos, libres, anteras biloculares
con dehiscencia apical; ovario súpero unilocular a incompletamente
trilocular, 3-5-carpelar, estilo único, óvulos numerosos; cápsula 3-5-
valvada; semillas globosas a reniformes, a veces cocleadas, glabras a
pilosas, endosperma abundante, oleaginoso.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 14
La vista avanzada
Al seleccionar la vista avanzada, la lista de los taxa incluye un
cuadro a la izquierda de cada taxon para poderlo seleccionar como
hipótesis, además se despliegan otros botones a la derecha de la
sección de botones, que en la vista básica no aparecen (Figura 8).
En la identificación dinámica se permite al usuario suponer la
posible identidad del ejemplar, al seleccionar un taxon, entonces, en
la lista de los estados de carácter se colorean en verde aquellas que
presente la hipótesis. De esa manera, el usuario puede verificar si su
hipótesis es congruente o no con las características observadas en el
ejemplar: todas las que seleccione deberán pertenecer a la hipótesis,
es decir deben coincidir las de color verde con las que se marcan, de
lo contrario la hipótesis se refuta.
Claves privadas y públicas
En AbaTax, las claves taxonómicas se clasifican en tres grandes
grupos, de acuerdo a su accesibilidad:
- Claves Públicas
- Claves Públicas con password
- Claves Privadas
Las Claves Públicas están disponibles universalmente a cualquier
usuario de la web, como son las claves FAMEX y GENCOMEX
(Figura 1). Este tipo de acceso se reserva para claves terminadas y
con cierto grado mínimo de certeza, revisadas y validadas por
especialistas.
Las Claves Públicas con password son claves que el usuario puede
usar solo si conoce el password que el creador le asignó. Este tipo
de acceso es útil, por ejemplo, cuando se está construyendo una
nueva clave y se desea que solo el grupo de trabajo tenga acceso.
Las Claves Privadas son las claves que crea el usuario y solo están
disponibles en su cuenta, y no son accesibles a ningún otro usuario.
Figura 9. Ejemplo de la lista de ‘MisClaves’.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 15
3. Construcción de claves con AbaTax
Crear una clave de identificación en AbaTax se puede hacer
mediante dos métodos: a) importando archivos Excel con formatos
específicos, y b) usando la interfaz web para creación de claves
(Figura 10).
Figura 10. Alternativas para ‘Crear clave taxonómica’.
Creación mediante importación de archivos Excel
En la sección ‘Formatos para subir clave’ se encuentran
disponibles para descargar los archivos Excel necesarios para
construir una clave (Figura 10). Son cinco:
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 16
cat_taxa (Taxa).- Lista de nombres de los taxa, por
ejemplo, ‘Asteraceae, …’.
cat_grupo (Grupos).- Nombre y clave numérica de
agrupación de caracteres, por ejemplo ‘Plantas’.
cat_caracater (Caracteres).- Nombres y clave
numérica de los caracteres, incluyendo la clave
numérica del grupo al que pertenece, por ejemplo,
‘Forma de vida’.
cat_estado (Estados de Carácter).- Nombres y clave
numérica de los estados de carácter, incluyendo la
clave numérica del carácter al que pertenece, por
ejemplo, ‘Árboles’.
dat_matriz (Matriz).- Matriz de presencia/ausencia de
estados de carácter vs. taxa, en tuplas de claves
numéricas ‘Grupo-Taxon-Carácter-Estado
de carácter’, por ejemplo, ‘1, 2, 3, 4’, que
representa al taxon 4, del estado de carácter 3, del
carácter 2, del grupo 1.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 17
Figura 11. Lista de archivos Excel necesarios para crear una clave
taxonómica.
Los cinco archivos guardan una relación conceptual como se
muestra en la Figura 12. La matriz de datos relaciona a los taxa con
los estados de carácter, y los estados de carácter se agrupan o
pertenecen a un carácter, y éstos últimos pertenecen a un grupo de
caracteres.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 18
Figura 12. Diagrama de relaciones de archivos Excel necesarios para crear
una clave taxonómica.
Cada uno de los cinco archivos contiene un número específico de
columnas. Para que la importación se haga de manera correcta, se
deben respetar los nombres y el orden de las columnas. En el
Cuadro 3 se describe cada una de las columnas, para cada archivo.
Se puede observar que hay campos con el mismo nombre en
diferentes archivos, por ejemplo, los archivos TAXA y MATRIZ
comparten el campo id_taxa, esto es porque en MATRIZ se
especifica la presencia de estados de carácter para los taxa. Las
tablas cat_taxa y cat_estados comparten el campo
id_caracter, pues para cada estado de carácter se especifica a
qué carácter se refiere.
Matriz
Grupo de Carácter
Taxa
Carácter
Estado de Carácter
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 19
Cuadro 3.
Columnas de los archivos Excel para importación de claves.
Archivo: cat_taxa
id_tax.- Clave numérica única para cada taxon,v.gr. ‘1’.
taxon.- Nombre del taxon, v.gr., ‘Acanthaceae’.
Archivo: cat_grupo
id_grupo.- Clave numérica única para cada grupo .
grupo.- Nombre del grupo, v.gr. ‘Plantas’, ‘Flores’.
Archivo: cat_caracter
id_caracter.- Clave numérica única para cada carácter.
caracter.- Nombre del carácter como se usa en el texto de una descripción,
v.gr., ‘Simetría’.
caracter_dsc.- Breve explicación sobre el carácter, v.gr., ‘Simetría de la
flor’.
id_grupo.- Clave numérica del Grupo de carácter al que pertenece, v.gr., ‘1’.
orden.- Número que indica el orden relativo respeto a los otros caracteres.
Archivo: cat_estado
id_estado.- Clave numérica única para cada estado de carácter.
id_caracter.- Clave numérica única del carácter
estado.- Nombre del carácter como se usa en el texto de una descripción,
v.gr., ‘Simetría de la flor’.
estado_dsc.- Texto de un enunciado que se desplegará en la clave, y que
por sí solo pueda interpretarse, v.gr, ‘Flores zigomórficas o irregulares’.
orden.- Número que indica el orden relativo respecto a los otros estados de
carácter.
Archivo: dat_matriz
id_matriz.- Número secuencial de cada registro.
id_tax.- Clave del taxon.
id_caracter.- Clave numérica del carácter.
id_estado.- Clave numérica del estado de carácter.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 20
De los cinco archivos, solo dos son los que contienen información
de nombres que se despliegan en la interfaz de AbaTax:
cat_taxa y cat_estados.
El campo taxon de la lista de taxa (Figura 13) es la fuente de
donde AbaTax toma los nombres que despliega en la ventana Taxa,
así que se deben escribir tal cual se desee que aparezcan en la clave.
El campo estado_dsc contiene los enunciados que se despliegan
en la ventana Estados de carácter, por lo que se deben
escribir de tal forma que sean auto-explicables, es decir, que su
interpretación no dependa del contenido de otros campos de la
tabla.
Figura 13. Ejemplo de archivo para importación: Lista de taxa. Contenido
del archivo Excel cat_taxa.xls.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 21
Las Figuras 13 a 16 muestran ejemplos de contenido de los archivos
con especies del género Senecio, de la sección Mulgediifolli. Por
ejemplo, pensemos en dos caracteres:
1. Plantas – Hábito
2. Plantas - Tamaño
Ahora describamos los estados de carácter para cada uno de ellos:
1. Plantas – Hábito
1.1 arbustos o subarbustos
1.2 perennes
1.3 anuales
2. Plantas - Tamaño
2.1 más de 1 m de alto
2.2 menos de 1 m de alto
La lista que desplegará AbaTax, serán los textos de la columna
estado_dsc de la tabla cat_estados que contiene los estados
de carácter (Figura 15):
Arbustos o subarbustos
Hierbas perennes
Hierbas anuales
Plantas generalmente de más de 1 m de alto
Plantas generalmente de menos de 1 m de alto
Las columnas caracter y caracter_dsc de la tabla
cat_caracter (Figura 14) no se despliegan en la interfaz, pero
son informativas describiendo al carácter. La columna estado de
la tabla cat_estado tampoco se despliega en la interfaz, e
igualmente es informativa sobre el estado de carácter, sin incluir la
descripción de su carácter, por ejemplo, ‘anuales’, en lugar de
‘Hierbas anuales’. La tabla cat_grupo contiene los nombres de
agrupaciones de caracteres.
Esos campos tendrán funcionalidad en versiones posteriores a la
actual, pues se usarán en la generación de textos de descripciones
taxonómicas.
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Figura 14. Ejemplo de archivo para importación: Lista de Caracteres.
Contenido del archivo Excel cat_caracter.xls.
Figura 15. Ejemplo de archivo para importación: Lista de Estados de
Carácter. Contenido del archivo Excel cat_estado.xls.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 23
Figura 16. Ejemplo de archivo para importación: Grupos de Caracteres.
Contenido del archivo Excel cat_grupo.xls.
La matriz de estados de carácter por taxa (Figura 17) se construye
colocando los campos de las claves:
id_tax
id_caracter
id_estado
con estas tuplas de tres campos se establece la presencia en el taxon
con clave id_tax (tabla cat_taxa) del estado de carácter con
dicho id_estado (tabla cat_estado), que pertenece al
carácter con clave id_caracter (tabla cat_caracter). La
matriz incluye el campo id_matriz, que simplemente es un
número único que identifica a cada una de las entradas de la matriz.
En la Figura 18 se muestra parte del contenido de la matriz de la
Figura 18, en formato tabular. AbaTax requiere la matriz en
formato lineal, como en la Figura 17.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 24
Figura 17. Ejemplo de archivo para importación: Matriz de presencia de
estados de carácter. Contenido del archivo Excel dat_matriz.xls.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 25
Figura 18. Porción de matriz en formato tabular, conceptualmente
equivalente al formato requerido por AbaTax (Figura 17).
Creación y edición de claves en línea
Al seleccionar el comando Crear clave taxonómica (Figura
10), se despliega la siguiente pregunta:
¿Cómo crear la clave taxonómica?
Directamente desde AbaTax
Desde archivos de Excel
En cualquiera de los dos casos, se desplegará un diálogo en el que
se solicita información administrativa de la clave (Figuras 18 y 19).
Entre los campos que se solicitan llenar se encuentran:
Idioma.- Especificar si la clave está en idioma Inglés o Español.
Nombre.- Nombre corto de la clave, por ejemplo, FAMEX.
Reino.- Se especifica si la clave es para plantas, animales, hongos,
…, principalmente para efectos de búsqueda automática, por
ejemplo, un zoólogo solo estaría interesado en claves de animales,
pero no en plantas ni hongos.
Grupo taxonómico.- Por ejemplo, la familia Asteraceae, en el caso
de una clave para especies del género Senecio.
Autores.- Nombres de los creadores de la clave.
Descripción.- Es el texto que desplegará AbaTax en la lista de
claves, por ejemplo, Clave para familias de plantas con
flores (Magnoliophyta) presentes en México.
1 2 3 4 5 6 7
id_esta
do
id_cara
cte
r
cara
cte
r
cara
cte
r_dsc
estado estado_dsc S.
bra
cte
atu
s
S.
callo
sus
S.
conzatt
ii
S.
defo
rmis
S.
dora
tophyllu
s
S.
godm
anii
S.
helo
des
1 1 Plantas Hábito arbustos o subarbustosArbustos o subarbustos 0 0 0 0 0 1 0
2 1 Plantas Hábito perennes Hierbas perennes 1 1 1 1 1 1 1
3 1 Plantas Hábito anuales Hierbas anuales 0 0 0 0 0 0 0
4 2 Plantas Tamaño generalmente de más de 1 m de altoPlantas generalmente de más de 1 m de alto 0 1 1 0 1 1 0
5 2 Plantas Tamaño generalmente de menos de 1 m de altoPlantas generalmente de menos de 1 m de alto 1 0 0 1 0 0 1
6 3 Plantas Rizoma presente Rizoma presente 1 1 1 1 1 1 1
7 4 Tallos Tallos alados alados Tallos alados 0 0 0 0 0 0 0
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 26
Tipo de visualización y acceso.- Elegir una de tres opciones:
PÚBLICA / PÚBLICA CON PASSOWRD / PRIVADA.
Password para visualizar la clave taxonómica.- Es el password que se requiere en caso
de que sea una clave Pública con password.
Password para editar la clave taxonómica.- Es el password que se requiere en caso de
que se desee que otros usuarios puedan hacer modificaciones, por ejemplo, agregar taxa, o
modificar la matriz de datos.
Figura 19. Datos solicitados al crear una clave en AbaTax. A) Porción
inicial.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 27
Figura 20. Datos solicitados al crear una clave en AbaTax. B) Porción final.
Figura 21. Menú desplegado para edición o creación de claves.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 28
En las Figuras 19 a 27 se ejemplifica una secuencia para crear una
clave desde AbaTax, sin necesidad de importar archivos Excel. Se
debe seguir una secuencia estricta de pasos, de lo contrario no se
podrá realizar el proceso (Cuadro 4).
Cuadro 4.
Pasos para crear clave en el ambiente AbaTax.
1.- En el menú inicial, seleccionar Claves Taxonómicas.
2.- Seleccionar la opción Crear clave taxonómica (Figura 21).
3.- Elegir la opción Directamente desde AbaTax.
4.- Se desplegará un menú con las opciones: Claves, Grupos, Caracteres,
Estados, Taxa, Matriz, Agregar clave.
5.- Elegir Agregar clave y llenar los campos en el diálogo desplegado (Figuras 19
y 20).
6.- Se creará un nuevo registro en la lista de claves.
7.- Seleccionar Agregar Grupo, se desplegará un diálogo con dos campos (Figura
22), agregar los grupos deseados.
8.- Seleccionar Caracteres y luego Agregar Caracteres, se desplegará un
diálogo con cuatro campos (Figura 23). Agregar los caracteres deseados.
9. Seleccionar Estados y luego Agregar Estados, se desplegará un diálogo con
cinco campos (Figura 24). Agregar los estados de carácter deseados.
10. Seleccionar Taxa y luego Agregar Taxón, se desplegará un diálogo con dos
campos (Figura 25), agregar los taxa deseados.
11. Seleccionar Matriz y luego elegir de la lista desplegable, la clave a editar; se
desplegará una matriz con los taxa como nombres de las columnas, y en
los renglones cada uno de los estados de carácter. Las entradas de la
matriz son check box que se pueden habilitar o deshabilitar, para indicar
presencia o ausencia respectivamente (Figura 26).
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 29
Figura 22. Creación de claves: Agregar Grupo.
Figura 23. Creación de claves: Agregar Carácter.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 30
Figura 24. Creación de claves: Agregar Estado de Carácter.
Figura 25. Creación de claves: Agregar Taxon.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 31
Figura 26. Creación de claves: Edición de la Matriz.
Figura 27. Ejemplo de Pequeña Clave creada en AbaTax.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 32
Interfaz Access para creación de archivos de importación
La preparación de los archivos Excel para su importación a AbaTax
puede ser auxiliada mediante el uso de una base de datos. Así,
hemos construido una pequeña aplicación en Access que facilita la
creación y captura de información en una base de datos con cinco
tablas que corresponden a los archivos Excel requeridos en AbaTax.
Como la curación de información taxonómica es un proceso
complejo, la aplicación permite definir los siguientes tres tipos de
usuarios que tienen diferentes niveles de acceso:
- Administrador
- Usuario
- Capturista
El sistema AbaTaxEdit requiere de tres complementos en el
sistema operativo que en ocasiones no están instalados, son tres
archivos:
COMCTL32.OCX
COMDLG32
MSCOMCTL.OCX
que simplemente deben copiarse al directorio:
C:/Windows/system32
Figura 28. Diálogo de login en AbaTaxEdit.
Taller de Identificación Botánica: Uso y creación de claves en la web 33
Créditos
AbaTax es un desarrollo tripartita
UNAM: Instituto de Biología y FES Iztacala
www.ib.unam.mx www.iztacala.unam.mx
ABACo, A.C.: Asociación de Biólogos Amigos de la Computación,
A.C. www.abacoac.org
SERES Sistemas Especializados
www.seresespecializados.com
Equipo de trabajo
Bernardo Serrano Estrada [email protected]
Enrique Ortiz Bermúdez [email protected]
Miguel Murguía Romero [email protected]
José Luis Villaseñor Ríos [email protected]
www.abatax.abacoac.org
México, 2016