Después de salvar el Mushroom Kingdom, los hermanos Mario y Luigi acuerdan

irse de vacaciones a un lugar llamado Dinosaur Land, donde habitan diversos

tipos de dinosaurios. Mientras descansaban en la playa, la Princesa

Toadstool desaparece. Cuando Mario y Luigi despiertan, ellos intentan

encontrarla, y después de horas de búsqueda, se topan con un huevo gigante

que yacía en un bosque. De repente, éste eclosiona y de él sale un joven

dinosaurio llamado Yoshi, quien les dice que sus amigos dinosaurios también

fueron encerrados dentro de huevos por unas tortugas malignas. Mario y Luigi

pronto se dan cuenta de que el responsable de estos actos debe ser el Malvado

Rey Koopa Bowser, junto con sus hijos, los Koopalings.

Mario, Luigi y Yoshi se disponen a salvar a la Princesa Toadstool y a los amigos

dinosaurios de Yoshi, explorando la Dinosaur Land para derrotar al Rey Koopa y

a los Koopalings. Para ayudar a los protagonistas, el pequeño dinosaurio verde

les regala una capa a medida que comienzan su travesía. Ambos personajes

continúan siguiendo el rastro de Bowser, derrotando a los hijos del malvado rey

durante el proceso, y rescatando de paso, a todos los amigos de Yoshi. Ellos

finalmente llegan al castillo de Bowser, donde ellos lo confrontan en una batalla

final. Consecuentemente, los hermanos derrotan al Rey Koopa y salvan a la

Princesa, restaurando así de nuevo la paz en Dinosaur Land

.

El juego fue dirigido al igual que en previos videojuegos de la franquicia, por

Takashi Tezuka y producido por Shigeru Miyamoto, el cual fue el creador de la

serie The Legend of Zelda y de Mario, junto a Shigefumi Hino como diseñador

gráfico. El juego fue desarrollado por el equipo del Nintendo Entertainment

Analysis and Development, encabezado por Miyamoto. Tomó tres años

desarrollar el juego con un equipo de 16 personas. Sin embargo, Miyamoto

declaró que sentía que el juego estaba incompleto y su desarrollo fue algo

apresurado, expresando su esperanza de que con el tiempo los juegos para el

sistema permitieran una mayor emoción e historia.