séminaire europe vibrant presentation
DESCRIPTION
Cette présentation en français du projet Vibrant a été faite le 15 mars 2011 lors du séminaire sur le programme européen FP7 à l'Université de La Réunion. Ce séminaire était organisé par la Direction des Relations Internationales de l'UR.TRANSCRIPT
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Ontologiespour la description, la classification et l’identification
de spécimens biologiques
Noël CONRUYTUniversity of Reunion Island
ViBRANTVirtual Biodiversity Research& Access Network for Taxonomy
Workpackage 5Data services
Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011
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Séminaire Europe : le 7ème PCDR
Genèse du projet : http://www.e-biosphere09.org/ (juin 2009)
Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011
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Biodiversity Informatics
Un champs transdisciplinaire en plein essor pour valoriser les informations de la biodiversité (données, connaissances) des biologistes, c’est-à-dire les études qu’ils mènent sur la diversité du vivant (gènes, organismes, taxons) et leurs interactions avec les Technologies de l’Information et de la Communication maîtrisées par les informaticiens.
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Molécules
Cellulles
Systématique
Physiologie
Ecologie
Biologie des organismes
Biologiecellulaire
Organes
Organismes
Populations
Taxons
Ecosystèmes
Gènes
Chimie
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• The Natural History Museum, London• Hellenic Center for Marine Research, Crete• Royal Belgian Institute of Natural Sciences• Oxford e-Research Centre• Vrije Universiteit Amsterdam• Julius Kühn-Institute, Berlin• Museum für Naturkunde, Berlin• University of Amsterdam• The Open University• Karlsruher Institut für Technologie• VIZZUALITY, Madrid• PENSOFT Publishers, Sofia• Université Pierre et Marie Curie-Paris 6• Global Biodiversity Information Facility• Freie Universität Berlin• Université de la Réunion• University of Trieste
Le consortium ViBRANT
17 partenaires dans 9 pays : 4,75 Meuros - 9 Universités - 3 Muséums - 2 Centres de recherche - 2 PME - 1 Organisation internationale
http://vbrant.eu/
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Problématique de la gestion de la biodiversité
Hotspots de la biodiversité
Détenteurs de la plupart des données et des connaissances
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La biodiversité est au sud …
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< Fanjan ou peste végétale ?
Blanchissement des coraux ? >
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… et les connaissances existent aussi au sud !
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OSURECOMARUMR PVBMT…
LIM / IREMIA
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Expérience passée sur des projets européens
Programme ESPRIT I : INSTIL (1986)
Integrating Numeric and Symbolic Techniques In Learning
Appliqué aux Systèmes Experts en Pathologie Végétale de l’INRA.
GEC Londres – COGNITECH Paris – LRI Orsay
Programme ESPRIT III : INRECA (1992)
INduction and REasoning from CAses
Thèse CIFRE dans le cadre d’une société de développement du logiciel KATE d’ACKNOSOFT avec le MNHN (Acquisition des connaissances sur les éponges marines)
Université de Kaizerslautern – Acknosoft – TecInno - IMS
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IKBS
Un atelier pour l’aide à la définition d’ontologies, à la description, à la classification et à l’identification de spécimens biologiques
http://coraux.univ-reunion.fr/
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Xper2
http://lis-upmc.snv.jussieu.fr/lis/
Xper2 est une plate-forme dédiée à la description de taxons et à l'identification assistée par ordinateur
Vers une intégration française d’IKBS et Xper2 pour la Systématique Assistée par Ordinateur (spécimens et taxons).
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Les mesures d’aide spécifiques à La Réunion
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Source : http://www.reunioneurope.org/DOCUP/FEDER_2-06_CI.html
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Mission du programme ETIC
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Système d’Information pour l’aide à la gestion des milieux insulaires tropicaux : application à l’île de La Réunion
Moyens
Constitution d’une équipe à l’interface des contenus ETI (“Environnement Tropical Insulaire”) et des contenants TIC (“Technologies de l’Information et de la Communication”)
Mots-clés
ETI : ressources et environnement naturels, diagnostic systématique et écologique, gestion spatialisée, suivi environnemental temporel,
TIC : bases de données, bases de connaissances, systèmes multi-agents, système d’information géographique, applications collaboratives et collectives, stratégies d’information et de communication
ETIC3 : aide à la décision, modélisation conceptuelle, couplage de modèles de représentation des connaissances, veille technologique et innovation
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PORTAIL
Environnement Tropical Insulaire
Technologies de l’Information et de la Communication
http://etic.univ-reunion.fr
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Herbier numérique
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Mission du projet NExTIC
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Première phase (2009 - 2010)
Service d’informationspour l’aide à la gestion des milieux naturels : application à
l’Herbier Universitaire de La Réunion
Moyens
Constitution d’une équipe d’ingénieurs en recherche et développement à la fois sur la production des contenus, l’édition des contenants et leurs distributions sur le Web
Mots-clés
INSPIRE - WEB SERVICES - HERBIER
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NEXTIC
Nouvel Environnement x Technologies de l’Information et de la Communication
Influence du Web 2.0 sur la gestion des informations avec les Web Services : passer des Systèmes d’Information aux Services d’informations pour l’interopérabilité des données
Directive INSPIRE
Application à l’Herbier de
l’université de La Réunion
http://nextic.univ-reunion.fr
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Web 1.0 Web 2.0
Gouvernance Top-down Bottom-up
Information Site web Blog, wiki
Structure Répertoires Tags
Savoirs Britannica Wikipédia
Données Capture d’écran Web service
Accès Naviguer Publier
Technologie HTML XML, AJAX
Applications Propriétaires Ouvertes
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Web Services
Annuaire
WS
WS
WS
WS WS
HerbierAuthentification
Multimédia
Base de données
Navigateur Web Ilela Flore d’ici
WS
Serveur web
WS
WS
Spip
WS
Edition - Consultation
Consultation
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Du FEDER au FP7
Les aides spécifiques à La Réunion permettent de se préparer à collaborer avec des partenaires au niveau européen.
ETIC et NExTIC ont permis aux chercheurs et ingénieurs de participer à des conférences internationales pour communiquer sur les recherches et développements menés au laboratoire en environnement tropical insulaire.
Le FEDER permet d’innover en recherche en proposant des projets de services qui mettent en avant les spécificités réunionnaises à faire connaître (biodiversité par exemple).
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EXEMPLE de ViBRANT
Le projet européen en biodiversity informatics :
http://www.slideshare.net/vbrant/vibrant-project-overview
La contribution de l’Université de La Réunion :
http://www.slideshare.net/vbrant/26-noel-cinruyt-vibrant-lighteningtalknoel
Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011
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Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011
Who we are & what we do
We are biologists and computer scientists, i.e. biomaticians
We make (Data - Information - Knowledge) Bases
We apply Sign Management and Activity Theory (UCD)
We do Biodiversity Informatics in situ (Enhancement of herbarium and coral collections at University of Reunion Island)
We intend to do it in vivo (Management of the natural patrimony of the Reunion National Park) in a Reunion Island Living Lab
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What we will do in ViBRANT
We will use ViBRANT tools and services for Data enhancement in our regional context and applications (University of Reunion Island collections)
We will tell about our Iterative Knowledge Base System made with Descriptive Logics and Ontologies for specimen description, classification, and identification purpose
We will link the Scratchpads with our modules in the NEXTIC programme for going from database systems to Information Services through Web Services
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How we are doing it
The World is an IslandSign managementSemiotic WebInteroperabilityIntelligibilityAccessTeachingPlayingActivityLearningLiving LabCreativity platformUser-centred-design
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Web 1.0 Web 2.0 Web 3.0Service Social Sémantique Immersif
Gouvernance Top-downCathédrale
Bottom-upBazar
Communauté d’acteursChapelle
Information Site Web, CMS Blog, Wiki YouTube, GlossToU
Structure RépertoiresTaxonomie
TagsFolksonomie
OntoterminologieGuide
Connaissances Britannica Wikipédia Knol
Données Capture d’écran Web Service Web sémantique
Accès Navigation2D
Publication2D
Immersif et ubiquitaireWisdom
Technologies HTML XML, AJAX OWL, RDF, SPARQL
Applications CopyrightProprietary
CopyleftFree
SomeRightsReservedCreative Commons
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Web immersif
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Immersion dans des jeux sérieux
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Who are our users & how will they engage?
Creativity Platform
Learners + Players + Teachers
Iterative co-design approach
Instrument = ISBS
Application = e-service
Know-how KnowledgeBusinessObjects Dev & Content
Engineers&
InfographistsSemiotics
Methodology
Experts EditorsBiomaticians
UsageObjects
Sign Management for coral objects’ interpretations
Users in a Living Lab
Producers
Tool = IKBS
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Living Lab territorial
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Un Living Lab Territorial (LLT) est une politique d‘innovation située sur un territoire et centrée sur les usages en plus des technologies. Il est fondé sur l’analyse et la synthèse des pratiques journalières des usagers. Il gère les retours d‘expérience des utilisateurs sur les technologies proposées, tout en facilitant leur intervention de manière ouverte et distribuée au sein de la communauté des chercheurs et des entrepreneurs pour créer durablement de la valeur avec eux.
=> Co-design des E-Services avec les usagers