sars-cov-2 enfeksiyonlarında genomik sürveyans ve
TRANSCRIPT
![Page 1: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/1.jpg)
SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve Mutantların Taranmasında Kullanılan Yöntemler ve
Stratejiler
Dr. Mert A. Kuşkucu
İ.Ü.-C, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
![Page 2: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/2.jpg)
![Page 3: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/3.jpg)
![Page 4: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/4.jpg)
SARS-CoV-2 Dizilemenin Hedefleri
• Virüs bulaşma dinamiklerini ve yeni genetik varyantların girişlerini araştırmak;
• Sınıflar / soylar ile bulaşıcılık gibi epidemiyolojik veriler arasındaki ilişkinin araştırılması, hastalık şiddeti veya risk gruplarını belirlemek halk sağlığı eylemine rehberlik edecek veri üretme;
• Alınan önlemlerinin virüs popülasyonu üzerindeki etkisini anlamak;
![Page 5: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/5.jpg)
SARS-CoV-2 Dizilemenin Hedefleri
• Mutasyonların moleküler tanı yöntemlerinin performansı üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi;
• Mutasyonların serolojik yöntemlerin performansı üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi;
• Mutasyonların antijen saptama yöntemlerinin performansı üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi;
![Page 6: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/6.jpg)
SARS-CoV-2 Dizilemenin Hedefleri
• Epidemiyolojik kümeler içinde viral suşların ilişkisini değerlendirmek, temas takibini desteklemek ve diğer halk sağlığı müdahaleleri;
• Yeniden enfeksiyonların değerlendirilmesi ve onaylanması;
• İnsanları etkileyebilecek yabani / evcil / çiftlik hayvanı popülasyonlarında ortaya çıkan soyların izlenmesi;
![Page 7: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/7.jpg)
SARS-CoV-2 Dizilemenin Hedefleri
• Gözlenen mutasyonların hastalığın patogenezi ile ilgili ilişki düzeyini anlamak (ör. enfeksiyon, bağlanma reseptörleri) ve doğrulamak için daha fazla temel araştırma araştırmasını teşvik etmek;
• Mutasyonların antiviral ilaçların performansı üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi;
• Mutasyonların etkisinin değerlendirilmesi ve virüsün antijenik özelliklerinin modellenmesi aşıdan kaçış;
• Canlı SARSCoV-2 aşıları yapılırsa aşı kaynaklı virüs enfeksiyonlarının potansiyel insidansını değerlendirmek
![Page 8: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/8.jpg)
![Page 9: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/9.jpg)
SARS-CoV-2 Dizilemenin Hedefleri
• Ana Hedefler
• Özellikle endişe kaynağı olup olmadıklarını belirlemek için ortaya çıkan virüs
türlerinin erken tespiti ve karakterizasyonu;
• Virüslerin pandemi üzerindeki etkisini değerlendirmek ve bunları izlemek için zaman içinde genetik ve antijenik varyantların takibi ile halk sağlığı eylemlerine rehberlik etme
![Page 10: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/10.jpg)
Ortak Dili Konuşma
• Herhangi bir patojenin sekans temelli sürveyansının önemli bir bileşeni, sekansların genetik ilişkisine dayalı olarak sekans verilerine anlamlı adlandırmalar uygulamaktır.
• GISAID nomenclature (www.gisaid.org)
• Nextstrain nomenclature (https://nextstrain.org/ncov)
• Lineage nomenclature, Andrew Rambaut et al. (https://cov-lineages.org)
![Page 11: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/11.jpg)
Örnek Seçimi
• SARS-CoV-2 için aşılanan ancak daha sonra SARS-CoV-2 ile enfekte olan kişiler
• çok sayıda hayvanla yakın insan-hayvan etkileşiminin olduğu risk ortamlarında
• SARS-CoV-2 enfeksiyonuna duyarlı olan veya bağışıklığı baskılanmış hastaların bulunduğu özellikle SARS-CoV-2'ye karşı antikor tedavisi alırken uzun süreli saçılma olan bireyler;
![Page 12: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/12.jpg)
Örnek Seçimi
• SARS-CoV-2 bulaşabilirliğinde ve / veya virülansta beklenmedik bir artış veya değişiklik olduğunda;
• Teşhis performansında bir değişiklik şüphesi olduğunda (antikor, antijen, NAT)
• küme araştırmaları sırasında, sıralama, aktarım olaylarının anlaşılmasını desteklediğinde ve / veya enfeksiyon kontrol prosedürlerinin etkinliğini değerlendirmek.
• Yukarıdaki öncelik listesine ek olarak, değişken virüsler seyahatle ilgili virüs tespitlerinin ortaya çıkması için izlenmelidir.
![Page 13: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/13.jpg)
![Page 14: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/16.jpg)
Örneklemin Önemi
![Page 17: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/17.jpg)
![Page 18: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/19.jpg)
Öneriler
• Müdahalelerin etkisini değerlendirmek için, özellikle aşılar olduğunda kuşakların (clades; GISAID, Nextstrain), soyların (linages; https://covlineages.org) ve bireysel mutasyonların coğrafi ve zamansal eğilimlerini takip edin.
• Topluluk bulaş yolarını ve kapalı ortamlarda bulaşları izleyin;
• Genomik dizileri karşılaştırarak yeniden enfeksiyon ve uzun süreli taşıma arasında ayrım yapmak aynı hasta için farklı COVID-19 epizodlarını belirlemek;
![Page 20: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/20.jpg)
Öneriler
• Nükleik asit bazlı tespitin hassasiyetini etkileyebilecek mutasyonların sıklığının değerlendirilmesi (https://primerscan.ecdc.europa.eu);
• Virolojik araştırma, ör. nükleotid değişikliklerinin fenotipik değişikliklere bağlanması;
• Vahşi veya evcil hayvanlardan insanlara ve tam tersine bulaşma olaylarının izlenmesi
![Page 21: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/21.jpg)
![Page 22: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/22.jpg)
![Page 23: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/24.jpg)
![Page 25: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/25.jpg)
Cerrahpaşa Protokolü
![Page 26: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/26.jpg)
![Page 27: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/27.jpg)
Cerrahpaşa Protokolü
![Page 28: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/28.jpg)
İstanbul Bölgesi'nde SARS-CoV-2 Virüsü Tam Boy Genom Dizileme Ön Sonuçları
İstanbul Üniversitesi- Cerrahpaşa Tıp Fakültesi
Mert Ahmet Kuşkucu, Yeşim Tuyji Tok , Gökhan Aygün , Devrim Sarıbal, Seda Salman Yılmaz, Kenan Midilli
![Page 29: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/29.jpg)
Gereç Yöntem
![Page 30: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/31.jpg)
Paydaşları Belirleme ve Onlarla İlişki Kurma
• Halksağlığı Kuruluşları, Yerel, ulusal
• Tanı laboratuvarları
• Dizileme altyapısı olan kurumlar (kamu ya da özel)
• Analitik grup
• Infeksiyon control ve korunma ekipleri (hastaneler, yaşlı bakım merkezleri vb)
• Sağlık sunucuları
• Hastalar
![Page 32: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/32.jpg)
![Page 33: SARS-CoV-2 Enfeksiyonlarında Genomik Sürveyans ve](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022032721/623d15cb3d635d5bb204bcab/html5/thumbnails/33.jpg)