samedi 2 novembre 201311 1 les selles. samedi 2 novembre 201322 1.les infections intestinales

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Les sellesLes selles

mardi 11 avril 2023 22

1.Les infections intestinales


1.1. anatomie – physiologie du TD


1.2. Flore normale

a. Nature


0 à 1000

104 à 105 UFC par g

108 UFC par g

1011 UFC par g(105 en culture

car EOS)


b. Rôles

• digestion de molécules comme la cellulose (très partielle chez l’homme). Les produits de fermentation (éthanoïque, éthanol…) peuvent être absorbés.

• réduction du volume de déchets

• protection contre les infections : la flore commensale « occupe le terrain »

• production de vitamines et des métabolites évoqués ci-dessus

• dégradation de molécules comme la bilirubine sécrétée par le foie

• stimulation du système immunitaire


c. Origine de la flore

Le fœtus est stérile.

Il est contaminé très rapidement qu’il naisse par voie vaginale ou césarienne, par la flore de l’environnement et en particulier de la mère.

Les premiers biberons ou le sein de la mère apportent évidemment des microorganismes.

Dès le premier jour, les E. coli sont détectés dans les selles.


1.3. Mécanismes des diarrhées infectieuses

1.3.1. généralités

Diarrhées :

Vomissements :


1.3.2. Origine des flores pathologiques


1.3.3. Différents mécanismes pathologiques

A. Intoxinations

• Entérotoxine staphylococcique

• (botulisme)

• Toxines de microalgues

• Mycotoxines


1.3.3. Différents mécanismes pathologiques

B. Infections

• Première étape : l’ADHÉSION

• Deuxième étape : l’action sur les cellules


• Deuxième étape : l’action sur les cellules

• par des toxines cytotoniques (sécrétoires)


• . par destructions cellulaires

1 Toxines en jeu :

• altération du métabolisme

• lyse des cellules

• enzyme

• perforine

• désorganisation du cytosquelette


• . par destructions cellulaires

2 Réaction inflammatoire :

2 Dissémination :


Modèle Shigella - Listeria

Modèle Salmonella

• Exemples

Modèle viral


1.3.4. BILANS

• tableau à mettre


1.4. Traitement

• lutte contre la déshydratation

• lutte contre les microorganismes

• utilisation d’antidiarrhéiques


2. Analyse d’une selle pathologique


2.1. Macroscopie

L’observation macroscopique permet de noter :

• la consistance de la selle (liquide, moulée, molle, pâteuse, dure…). Une selle dure n’est évidemment pas diarrhéique.

• la présence de glaire et/ou de sang

• la couleur

• la présence de vers parasites (oxyures, ascaris, ténia…).


2.2. MicroscopieMême si l’examen n’est pas toujours « rentable », il est utile.

État frais sans coloration : • présence de pus, mucus, levures, hématies…• présence de parasites comme les AMIBES et GIARDIA pour les protozoaires, ou d’œufs ou larves pour les HELMINTHES.• présence de bactéries à mobilité particulière (polaire comme Vibrio ou Pseudomonas, particulière comme Campylobacter…)• présence de résidus digestifs

Le lugol facilite la détection de l’amidon…La soudan III permet de détecter des lipides anormaux avant ou après chauffage.


Gram : • Équilibre Gram + Gram -• présence de bactéries particulières comme les Campylobacter


2.3. CulturesVu l’importance de la flore commensale : on ne peut isoler et identifier toutes les microorganismes.

La coproculture standard comprend, face à une diarrhée aiguë, la recherche de :

• Salmonella

• Shigella

• Yersinia enterocolitica

• Campylobacter spp.

On ajoute dans les cas suivants :


2.3. CulturesOn ajoute dans les cas suivants :

• en cas de voyage récent « en pays tropical » : • si syndrome cholériforme : Vibrio cholerae, ETEC• sinon d’autres bactéries comme Aeromonas, EIEC…

• en cas de diarrhée chez des hospitalisés traités par antibiothérapie :

• recherche de Clostridium difficile et de ses toxines

• en cas de soupçon de « tiac » (intoxination) à S. aureus :• recherche des toxines de S. aureus.

• en cas de soupçon d’EHEC : recherche des gènes des shiga ou vérotoxines par PCR puis tentative d’isolement des bactéries intestinales.

• Chez le jeune bébé: recherche EPEC (discuté ).

On n’oublie pas :

• les parasites (nombreux mais sur demande)

• les virus (Rotavirus en particulier) chez les enfants


problème

Depuis de nombreuses années, on recherche les EPEC dans le cas des gastroentérites de nourrissons.

MAIS la dernière édition du REMIC n’en parle pas…


2.3.1. Salmonella-Shigella

• J1 : Isolement sur gélose Hektoen ou chromogène incubé 24 à 48 h à environ 35°C. Pour les porteurs, un mileiu d’enrichissement est ensemencé en parallèle.

• J2 : Repérage des colonies suspectes (lac, sac, sal - et H2S V).Tester en uréase rapide 5 colonies si possible.

• Réaliser, pour les colonies uréase -, une galerie miniaturisée à l’aide de l’Urée-Tryptophane. Un antibiogramme est fait en parallèle.

• Si un bouillon d’enrichissement a été fait, isoler sur Hektoen et recommence la procédure.

• J3 Lectures et, si Salmonella ou Shigella identifiées, alors sérogroupage


2.3.2. Yersinia enterocolitica

• Isolement sur gélose Yersinia CIN (peptone, mannitol, désoxycholate, cristal violet, CEFSULODINE, IRGASAN, NOVOBIOCINE (CIN), incubé 48 h à 35°C.

• Identification des colonies suspectes

• Antibiogramme et sérogroupage éventuel (Yersinia enterocolitica pour O3 et O9)


2.3.3. Campylobacter

• l’isolement sur gélose au sang de mouton additionnée d’un cocktail d’antibiotiques incubée à 42°C en atmosphère MICROOAÉROPHILE (SKIRROW : Vancomycine, polymyxine B, Triméthoprime )

• Puis identification des colonies suspectes par une galerie biochimique et antibiogramme (Voir cours)


2.3.4. EPEC des nourrissons

Depuis de nombreuses années, on recherche les EPEC dans le cas des gastroentérites de nourrissons.

MAIS la dernière édition du REMIC n’en parle pas…


2.3.5. Vibrio cholerae

• J1 : Isolement sur gélose TCBS incubé 24 à 37°C. Ensemencement d’une eau peptonée alcaline repiquée 3 fois à 3 heures d’intervalle sur TCBS (donc J1+3h, J1+6h, J1+9h)

• J2 : Repérage des colonies suspectes (sac +, et H2S -).Tester en l’oxydase et identifier les colonies suspectes (galerie miniaturisée.

• J3 : Lectures et, si Vibrio cholerae identifiée, alors sérogroupage


2.3.6. Clostridium difficile

Les recherches imposent :

• la recherche des toxines par immunoenzymologie

• l’isolement sur gélose au sang de mouton additionnée d’un cocktail d’antibiotiques (amphotéricine B, cyclosérine, céfoxitine) en incubation anaérobie.Puis identification des colonies suspectes (odeur de crottin de cheval…) par une galerie biochimique (Voir anaérobies)


2.3.7. Autres microorganismes

Face à une diarrhée, un milieu non sélectif peut montrer de nombreuses colonies d’un agent pouvant être mis en cause comme :

• des Staphylococcus aureus,

• des champignons (essentiellement Candida albicans)

• des Streptococcus agalactiae… ou des Listeria monocytogenes dans des contextes particuliers.


2.3. Virus

Seuls les rotavirus sont recherchés, pour les nourrissons ou les enfants en bas-âge par :

• des tests utilisant des latex

• des tests immunoenzymatiques

• au microscope électronique…


2.4. Parasites

Les parasites (oeufs d’helminthes et formes végétatives ou kystes de protozoaires sont normalement recherchés sur demande au laboratoire de parasitologie…

Le laboratoire de « bactériologie » est évidemment capable de signaler la présence de parasites (examen macroscopique) et des formes évoquées (examen microscopique).

Notons la possibilité de découverte de Trichomonas (vaginalis des IST ou intestinalis commensal).


BILAN

Face à une diarrhée aigüe , après les examens macro et microscopiques, réaliser les ensemencements suivants (dans le cadre métropolitain) :

• une gélose Hektoen

• une gélose Yersinia CIN

• une gélose de Skirrow en microaérobiose

• une gélose lactosée au BCP

mardi 11 avril 2023 3737mardi 11 avril 2023 37

Merci de votre attention !!!!

Réalisé par Jean-Noël Joffinaoût 2006

Au laboratoire de SAINT BRICE !Critiques : [email protected]

Bilan … au tableau !

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