R

Octubre-Noviembre 2008

Previo

Instalar R 2.7.2 Instalar Bioconductor Instalar “UsingR” Instalar “lattice” y “mlmRev” Instalar “limma” y “affy” ….

1era clase

Intro basica sobre que es R– Como abrir, cerrar, hacer operaciones basicas– Workspace?

Estructuras de control basicas Como obtener ayuda Leer un archivo o de un directorio Como definir una funcion (simple) Como instalar paquetes

2nda --- chapter 2: univariate data

Ver apply, sapply, … Ver “list” Funciones basicas para estadistica Graficas basicas

– http://www.harding.edu/fmccown/R/

3ra

Ver un poco mas de estadistica (datos bivariados y multivariados)

Paquete Lattice graphics– http://dsarkar.fhcrc.org/lattice-lab/

4ta

Un par de pruebas de estadistica: chi, F, kolmogorov-smirnoff, wilcoxon

Paquete Limma

5ta

De lleno sobre bioconductor Hacer el ejercicio de GOs? Microarreglos

– http://bioinfo.ucr.edu/~tgirke/HTML_Presentations/Manuals/Microarray/arrayBasics.pdf

6ta

Clustering– http://bioinfo.ucr.edu/~tgirke/HTML_Presentations

/Manuals/Clustering/clustering.pdf

Paquete de DBI para R?– http://www.bioconductor.org/packages/release/

bioc/html/AnnotationDbi.html

http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/R_BioCond/R_BioCondManual.html#Rprimer– Tiene varios ejercicios ^^