proseminar recherche in molekularbiologischen datenbanken für biochemiker

Proseminar

Recherche in molekularbiologischen

Datenbanken

für Biochemiker

Lehrstuhl für Bioinformatik, Biologisch-Pharmazeutische FakultätFriedrich-Schiller-Universität Jena

http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/

1. Vortrag, gehalten von Studenten

+

2. praktische Übungen zu den jeweiligen Datenbanken anhand von Übungsaufgaben

Gliederung des Proseminars

Vortrag

• Folien + 1-2 seitige Zusammenfassung

• Artikel dienen als Grundlage des Vortrages

• Beschäftigung mit der Datenbank für die Vorbereitung des Vortrages jedoch notwendig

http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminarbc.html

Ausgewählte Datenbanken

GenBank, Entrez (und BLAST)

Ensembl

PROSITE

ExPASy

PDB

BRENDA

KEGG

BioCyc

Betreuer

http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/

Prof. Dr. Stefan SchusterEmail: Telefon: +49 3641 949580Raum: 3403

Jörn BehreEmail: Telefon: +49 3641 949584 Raum: 3424

Luis FigueiredoEmail: Telefon: +49 3641 949583 Raum: 3429

Anja SchröterEmail: Telefon: +49 3641 949583 Raum: 3429

Dr. Ina Weiß Email: [email protected]: +49 3641 949020Raum: 3402

Ausgewählte Datenbanken


Ensembl

PROSITE

ExPASy

PDB

BRENDA

KEGG

BioCyc


GenBank ist eine umfangreiche Datenbank für Nukleotidsequenzen

Die Daten von GenBank sind über das System Entrez erhältlich, welches insgesamt 35 biol. Datenbanken umfaßt

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ermöglicht das Auffinden von ähnlichen Sequenzen in GenBank und anderen Datenbanken

Ensembl

Umfassendes Genom-Informationssystem

Fokus liegt auf Genom-Annotation und Vergleich des Genoms von Chordatieren, mit Schwerpunkt auf Wirbeltieren

PROSITE

Datenbank von Protein-Domänen, -Familien und funktionellen Bereichen von Proteinen

ExPASy

Expert Protein Analysis System

Zugang zu vielfältigen Datenbanken (u.a. PROSITE, SWISS-PROT, ENZYME) und Analysetools für Proteine und Proteomik

PDB

Protein Data Bank

Zentrales weltweites Verzeichnis dreidimensionaler Strukturdaten von biologischen Makromolekülen

BRENDA

BRaunschweig ENzyme DAtabase

Größtes öffentlich verfügbares Enzym-Informationssystem weltweit

KEGG

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

Database of biological systems that integrates genomic, chemical and systemic functional information

BioCyc

BioCyc is a collection of more than 350 organism-specific Pathway / Genome Databases (PGDBs)

Each BioCyc PGDB contains the predicted metabolic network of one organism, including metabolic pathways, enzymes, metabolites and reactions

Wichtige Hinweise zu den Vorträgen

• Die Vortragenden vereinbaren bitte 3 Tage vorher eine Konsultation mit dem Verantwortlichen des jeweiligen Proseminars.

• Die Zusammenfassung und den Vortrag bitte bis spätestens 12 Uhr am Tag vor dem Vortragstermin als Datei an Ina Weiß ([email protected]) schicken. Die Zusammenfassung wird dann durch den Lehrstuhl an alle Teilnehmer des Proseminars ausgegeben.


Ablaufplan

Datum Thema BetreuerSprache von

Folien + HandoutVortragender

16.04. Vorbesprechung Anja Schröter

07.05. GenBank, Entrez(, BLAST) Anja Schröter deutsch

Ensembl Jörn Behre deutsch

14.05. PROSITE Anja Schröter deutsch

ExPASy Anja Schröter deutsch

28.05. PDB Jörn Behre deutsch

BRENDA Stefan Schuster deutsch

11.06. KEGG Luis Figueiredo englisch

25.06. BioCyc Luis Figueiredo englisch

09.07. Abschlussübung Anja Schröter

Webseite

• geschützter Zugang zu Dateien


Wie ändere ich das Passwort meines FRZ-Accounts?

• Starten Sie das Programm PuTTY.

• Melden Sie sich auf der Maschine login.minet.uni-jena.de an und geben Sie das Kommando yppasswd ein.

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