programas básicos de genética de poblacionesvinuesa/tlem09/docs/cursolat.pdf · 2009-06-30 ·...
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Programas básicos de genética de poblaciones
Luis Eguiarte, Jaime Gasca, Enrique Scheinvar
Tools for population genetic analysishttp://www.marksgeneticsoftware.net/tfpga.htmMark P. Miller
Arlequinhttp://lgb.unige.ch/arlequin/Schneider S., Roessli D., y L. Excoffier
DNA Sequence Polymorphismhttp://www.ub.edu/dnasp/Rozas, Librado, Sánchez-DelBarrio, Messeguer y Rozas
Structurehttp://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.htmlPritchard, Stephens & Donnelly
Expresión Fenotípica
Dominancia Completa: Uno de los alelos domina y “silencia” la expresión del otro.
(Pur / Pur)
Flor Púrpura
(Bla / Bla)
Flor Blanca
Codominancia: Ambos alelos se expresan y pueden ser diferenciados en el fenotipo.
(Pur / Pur)
Flor Púrpura
(Bla / Bla)
Flor Blanca
Dominancia Incompleta: Ambos alelos se expresan de manera conjunta generando un tercer fenotipo “combinado”.
(Pur / Pur)
Flor Púrpura
(Bla / Bla)
Flor Blanca
(Pur / Bla)
Flor Púrpura
(Pur / Bla)FlorBlanca y Púrpura
(Pur / Bla)FlorPúrpura Claro
Marcadores con ExpresiónCodominante
Codominancia: En cada uno de los locus, ambos alelos se expresan y pueden ser diferenciados en el fenotipo.
Alelo AAlelo BLocus 1
Alelo AAlelo BLocus 2
Frec. alélicas:p = D + ½ H = 0.4 + ½ (0.4) = 0.6q = 1 – p = 1 - 0.6 = 0.4
Frec. GenotípicasObservadas :D = 4 / 10 = 0.4H = 4 / 10 = 0.4R = 2 / 10 = 0.2
Locus 1 :
Frec. GenotípicasEsperadas :D = p2 = (0.6)2 = 0.36H = 2pq = 2(.6)(.4) = 0.48R = q2 = (0.4)2 = 0.16
Marcadores con ExpresiónCodominante
RFLP: Restriction Fragment Length PolymorphismDNA total --> Restricción --> electroforesis(Jeffreys, Wilson, & Thein,1985. Nature, 314:67-73)
Isoenzimas : Proteínas --> electroforesis (Lewontin y Hubbi, 1966. Genetics 54:577-94)
SSR (Microsatélite): Simple Sequence repeated PCR con Iniciadores específicos de secuencia flanqueante a ssr --> electroforesis.
Marcadores con ExpresiónDominante
Dominancia Completa: En cada uno de los locus, uno de los alelos domina y “silencia” la expresión del otro.
Locus 1 Alelo PAlelo a
Locus 2 Alelo PAlelo a
Frec. alélicas:p = D + ½ H = ¿? + ½ ¿?q = R + ½ H = 0.4 + ½ ¿?
Frec. GenotípicasObservadas :D = 6/10 o menos ??H = 6/10 o menos ??R = 4 / 10 = 0.4
Locus 1 :
(Presencia, Presencia) = Presencia(Presencia, Ausencia ) = Presencia(Ausencia, Ausencia ) = Ausencia
Pero... en H.W. :R=q2
q=Rq=0.4q=0.63p=1−q=1−0.63=0.37
Marcadores con ExpresiónDominante
RAPD: Randomly Amplified Polymorphic DNA.DNA total --> PCR con iniciadores aleatorios (c/alto G+C) --> electroforesis(Williams et al., 1990. Nuc.Ac.Res.18(22):6531-35)
ISSR: Inter Simple Sequence RepeatedDNA total --> PCR con iniciadores semi-aleatorios (8-10 pb de di o tri nucleótidos repetidos) --> electroforesis (Zietwicks et al., 1994. Genomics 20:176-83)
AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism.DNA total --> Enzimas de restricción --> Productos de restricción se ligan con adaptador --> PCR selectivo con iniciadores basados en el adaptador --> electroforesis.(Vos et al., 1995. 23(21):4407-14)CODOMINANTES (real) --> Dominantes (datos)
Tools For Populations Genetic Analyses
TFPGA
Mark P. Miller 1997
http://www.marksgeneticsoftware.net/tfpga.htm
Software gratuitopero no Libre (No Open Source)
Linux via emulador( Wine )
Archivo de entrada
1,1 11,131,1 12,221,1 11,121,1 13,131,1 22,231,2 11,231,2 11,001,2 12,131,2 11,231,2 13,120,0 00,00Notas Notas Notas Notas
Población
Subpoblación
Loci
No dato
Separador(Espacio)
Separador de loci ( , )
Línea de fin de datos
Datos de Ardilla endémicaMicrosatélitesDatos de Museo (hace 15 años)Datos de colecta actual (2009)2 poblaciones: Perote, Veracruz Totoalco, Veracruz.
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