prof. dr. mustafa berktaŞ yüzüncü yıl Üniversitesi tıp

Prof. Dr. Mustafa BERKTAŞ Prof. Dr. Mustafa BERKTAŞ Yüzüncü Yıl Üniversitesi Yüzüncü Yıl Üniversitesi

Tıp Fakültesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

1 Klinik (Tıbbi) Mikrobiyoloji Uzmanlığı ve Laboratuvar Uygulamaları Sempozyumu, 23 Klinik (Tıbbi) Mikrobiyoloji Uzmanlığı ve Laboratuvar Uygulamaları Sempozyumu, 23- -24 Ekim 2009, Ankara 24 Ekim 2009, Ankara

- - Otomatize tanımlama sistemlerine duyulan gereksinim, Otomatize tanımlama sistemlerine duyulan gereksinim, - - Bu sistemlerde yaşanan gelişmeler, Bu sistemlerde yaşanan gelişmeler, - - OTS’lere genel bir bakış, OTS’lere genel bir bakış, - - OTS’lerin tanımlamadaki artıları ve eksileri, OTS’lerin tanımlamadaki artıları ve eksileri, - - OTS seçiminde kriterler, OTS seçiminde kriterler, - - OTS’lerin bakteri tanımlamadaki performansları, OTS’lerin bakteri tanımlamadaki performansları, - - Önemli çalışmalardan örnekler. Önemli çalışmalardan örnekler.


38 slayt 38 slayt


Tanımlama Tanımlama testlerinin testlerinin uygulama uygulama ve ve değerlendirilmesi değerlendirilmesi aşamasında aşamasında yoğun yoğun bir bir iş iş yükü yükü ve ve kalifiye kalifiye eleman eleman ihtiyacı ihtiyacı vardır vardır. . Otomatize Otomatize sistemler sistemler işlemlerin işlemlerin standardizasyonu standardizasyonu sağlar, sağlar, analitik analitik hataları hataları ve ve iş iş yükünü yükünü oldukça oldukça azaltır azaltır. .

Bu Bu sistemler sistemler identifikasyon identifikasyon ve ve antimikrobial antimikrobial duyarlılık duyarlılık testlerini testlerini birlikte birlikte yapabilir, yapabilir, içerdikleri içerdikleri “uzman” “uzman” (expert) (expert) sistem sistem yazılımları yazılımları ile ile sonuçları sonuçları yorumlar yorumlar ve ve onaylanan onaylanan sonuçları sonuçları LIS/HIS LIS/HIS bağlantısı bağlantısı ile ile tetkiki tetkiki isteyen isteyen klinisyene klinisyene kısa kısa sürede sürede ulaştırabilirler ulaştırabilirler. .

Ayrıca Ayrıca epidemiyolojik epidemiyolojik ve ve istatistik istatistik bilgiler bilgiler ile ile sürveyans sürveyans ve ve ampirik ampirik tedavilerin tedavilerin belirlenmesinde belirlenmesinde faydalanılabilecek faydalanılabilecek verileri verileri istendiğinde istendiğinde ulaşılabilir ulaşılabilir durumda durumda belleğinde belleğinde saklar saklar. .


Otomatize Otomatize tanımlama tanımlama sistemlerindeki sistemlerindeki gelişmeler gelişmeler özellikle özellikle son son 20 20 yıl yıl içerisinde içerisinde dikkati dikkati çekmiş çekmiş ve ve ilk ilk kez kez 1970 1970 li li yıllarda yıllarda yarı yarı otomatize otomatize kan kan kültür kültür cihazlarının cihazlarının kullanımı kullanımı ile ile başlamıştır başlamıştır. .

Tıbbi Tıbbi cihazlardaki cihazlardaki gelişmeler, gelişmeler, veritabanlarının veritabanlarının genişlemesi, genişlemesi, verilerin verilerin yorumu, yorumu, saklanması saklanması ve ve yönetilmesi, yönetilmesi, tanı tanı koyma koyma zamanının zamanının azalmasını azalmasını sağlamıştır sağlamıştır. .

Moleküler Moleküler yöntemlerdeki yöntemlerdeki gelişmelere gelişmelere rağmen, rağmen, yakın yakın zamanda zamanda daha daha ucuz ucuz fenotipik fenotipik yöntemlerin yöntemlerin yerini yerini alması alması beklenmemektedir beklenmemektedir. .

Günümüzde Günümüzde b bu u sistemler sistemler o o kadar kadar benimsendi benimsendi ki ki son son 4 4- -5 5 yıl yıl içinde içinde otomatize otomatize tanımlama tanımlama ve ve duyarlılık duyarlılık test test sistemleri sistemleri hariç, hariç, geleneksel geleneksel metodları metodları değerlendiren değerlendiren çok çok az az sayıda sayıda yayın yayın bulunmaktadır bulunmaktadır. .


Otomatize Otomatize tanımlama tanımlama sistemlerinde sistemlerinde; ;

- -Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae familyası familyası üyeleri, üyeleri, - -Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae dışı dışı Gram Gram negatif negatif bakteriler, bakteriler, - -Gram Gram pozitif pozitif koklar, koklar, - -Gram Gram negatif negatif koklar, koklar, - -Anaeroblar, Anaeroblar, - -Mayalar Mayalar için için farklı farklı substrat substrat dizilerinden dizilerinden oluşan oluşan paneller paneller kullanılmaktadır kullanılmaktadır. .


Bu Bu paneller paneller indikatör indikatör kombinasyonuna kombinasyonuna bağlı bağlı çalışır çalışır. . Bunlar Bunlar; ;

- - Substratın Substratın kullanımından kullanımından oluşan oluşan pH pH değişiklikleri, değişiklikleri, - - Kromojenik Kromojenik veya veya florojenik florojenik bileşiklerin bileşiklerin salınımına salınımına bağlı bağlı enzimatik enzimatik reaksiyonlar, reaksiyonlar, - - Çeşitli Çeşitli karbon karbon kaynaklarının kaynaklarının varlığında varlığında metabolik metabolik aktivitenin aktivitenin tetrazolium tetrazolium bazlı bazlı indikatörleri, indikatörleri, - - Uçucu Uçucu ve ve uçucu uçucu olmayan olmayan asitlerin asitlerin saptanması saptanması ve ve - - Görülebilir Görülebilir üremenin üremenin tanımlanmasıdır tanımlanmasıdır. .


- - Standardizasyon, Standardizasyon, - - Uygulama kolaylığı, Uygulama kolaylığı, - - Zaman tasarrufu, Zaman tasarrufu, - - Panel oluşturma, Panel oluşturma, - - Ürün yelpazesi genişliği, Ürün yelpazesi genişliği, - - Erken sonuç alabilme, Erken sonuç alabilme, - - Digital ortamdaki veri tabanından otomatik tanımlama, Digital ortamdaki veri tabanından otomatik tanımlama, - - Birlikte antibiyotik hassasiyet testi sonuçlarını da alabilme, Birlikte antibiyotik hassasiyet testi sonuçlarını da alabilme, - - Digital ortamda kayıt ve sonuç gönderme, arşiv. Digital ortamda kayıt ve sonuç gönderme, arşiv.


- - Pahalı, Pahalı, - - Cihazların bakımı, teknik servis bağımlılığı, Cihazların bakımı, teknik servis bağımlılığı, - - Kalibrasyon ve kontrol gerekliliği, Kalibrasyon ve kontrol gerekliliği, - - İnternal ve eksternal kontroller ihmal edildiğinde hatalı sonuç İnternal ve eksternal kontroller ihmal edildiğinde hatalı sonuç verebilme, verebilme, - - Veri tabanı güncelleme gereksinimi, Veri tabanı güncelleme gereksinimi, - - Bazı durumlarda yetersiz kalma (ek test gereksinimi), Bazı durumlarda yetersiz kalma (ek test gereksinimi), - - Kit bağımlılığı. Kit bağımlılığı.


- Tam otomatik, Tam otomatik, - - Gram Gram- -negatif, Gram negatif, Gram- -pozitif, anaerob, bazı zor üreyen pozitif, anaerob, bazı zor üreyen mikroorganizmaları ve mayaları tanımlayabilme, mikroorganizmaları ve mayaları tanımlayabilme, - - Konvansiyonel MicroScan panellerine ek olarak hızlı Konvansiyonel MicroScan panellerine ek olarak hızlı floresan panelleri (2 saatte identifikasyon) kullanabilme, floresan panelleri (2 saatte identifikasyon) kullanabilme, - - Güncellenen hızlı Gram negatif identifikasyon paneli ile 36 Güncellenen hızlı Gram negatif identifikasyon paneli ile 36 yeni formüle edilmiş test ışığında 150 türü kapsayan veri yeni formüle edilmiş test ışığında 150 türü kapsayan veri tabanı. tabanı.


- - Entegre modüler bir sistem, Entegre modüler bir sistem, - - İnce plastik kartlarda bulunan mikro İnce plastik kartlarda bulunan mikro- -kuyucuklardaki kuyucuklardaki bakteriyel üreme ve metabolik değişiklikleri florasan tabanlı bakteriyel üreme ve metabolik değişiklikleri florasan tabanlı bir teknoloji ile saptar, bir teknoloji ile saptar, - - Gram negatif, Gram pozitif, yeast, neisseria Gram negatif, Gram pozitif, yeast, neisseria- -haemophilus, haemophilus, bacillus ve anaerob bacillus ve anaerob- -corynebacterium’lar için geliştirilmiş corynebacterium’lar için geliştirilmiş farklı panelleri bulunmakta, farklı panelleri bulunmakta, - - Gram negatif basiller için 64 kuyucuklu plastik tanımlama Gram negatif basiller için 64 kuyucuklu plastik tanımlama kartında (ID kartında (ID- -GNB kart), 41 floresan, 18 fermentasyon, 2 GNB kart), 41 floresan, 18 fermentasyon, 2 dekarboksilaz ve 3 ayrı biyokimyasal test bulunmaktadır. dekarboksilaz ve 3 ayrı biyokimyasal test bulunmaktadır. Sonuçlar 3 saat sonunda ID Sonuçlar 3 saat sonunda ID- -GNB veritabanı ile değerlendirilir. GNB veritabanı ile değerlendirilir.


- - Tam otomatik identifikasyon ve antimikrobiyal duyarlılık Tam otomatik identifikasyon ve antimikrobiyal duyarlılık testi yapan bir sistem, testi yapan bir sistem, - - Gram negatif, Gram pozitif, ürine negatif ve streptokoklar Gram negatif, Gram pozitif, ürine negatif ve streptokoklar için geliştirilmiş panelleri bulunmakta, için geliştirilmiş panelleri bulunmakta, - - Gram negatif identifikasyon panel bölümünde, 16 Gram negatif identifikasyon panel bölümünde, 16 florojenik, 14 fermentasyon, 8 karbon kaynağı, 5 kromojenik florojenik, 14 fermentasyon, 8 karbon kaynağı, 5 kromojenik ve 2 farklı substrat (üre ve ornitin) içeren, 45 biyokimyasal ve 2 farklı substrat (üre ve ornitin) içeren, 45 biyokimyasal substrat kullanılmakta, substrat kullanılmakta, - - Aerobik Gram negatif basil identifikasyonu 2 Aerobik Gram negatif basil identifikasyonu 2 – – 12 saat 12 saat (büyük çoğunluğu 4 saat ve altında) içinde sonuçlanır. (büyük çoğunluğu 4 saat ve altında) içinde sonuçlanır.


Bunlar dışında; Bunlar dışında; - - Sensititre (TREK) tanımlama sistemi, Sensititre (TREK) tanımlama sistemi, - - Versatec Sistemi ve Versatec Sistemi ve - - Microplate (Biolog) gibi sistemler de bulunmakta Microplate (Biolog) gibi sistemler de bulunmakta ancak henüz sınırlı sayıdaki laboratuvarlar tarafından ancak henüz sınırlı sayıdaki laboratuvarlar tarafından kullanılmaktadır. kullanılmaktadır.


- - İlk soru; cihaz bazlı sistem ihtiyacı var mı? İlk soru; cihaz bazlı sistem ihtiyacı var mı? - - İkinci soru; laboratuvar ve tıbbi personelin gereksinimlerini İkinci soru; laboratuvar ve tıbbi personelin gereksinimlerini karşılayacak doğru sistem hangisi? karşılayacak doğru sistem hangisi? - - İlk hareket tarzı hakemli dergilerde, saygın klinik laboratuvarlar İlk hareket tarzı hakemli dergilerde, saygın klinik laboratuvarlar tarafından uygulanan değerlendirme sonuçlarını irdelemek olmalı, tarafından uygulanan değerlendirme sonuçlarını irdelemek olmalı, - - Sistem için gerekli alan, teknik uygulamalar, servis sözleşmesi, Sistem için gerekli alan, teknik uygulamalar, servis sözleşmesi, örnek hazırlama ve uygulama konularında demonstrasyon, örnek hazırlama ve uygulama konularında demonstrasyon, - - Benzer sistem kullanan laboratuvarlara ziyaret ile sistemin Benzer sistem kullanan laboratuvarlara ziyaret ile sistemin aksaklıkları, servis yeterliliği, mekanik güvenirlilik konularında aksaklıkları, servis yeterliliği, mekanik güvenirlilik konularında aydınlanma, aydınlanma,


- - Sistemde, referans yönteme göre minimum %95 oranında doğru Sistemde, referans yönteme göre minimum %95 oranında doğru tanımlama aranmalıdır. tanımlama aranmalıdır. - - Önemli bilgi: FDA günümüzde, 1998’li yıllarda olduğu gibi Önemli bilgi: FDA günümüzde, 1998’li yıllarda olduğu gibi tanımlama sistemlerini onaylamak için satış öncesi değerlendirme tanımlama sistemlerini onaylamak için satış öncesi değerlendirme yapmamakta, CLIA 88* gerekliliklerine uygunluğu için bu yapmamakta, CLIA 88* gerekliliklerine uygunluğu için bu cihazlardan kalite kontrol protokolleri de almamaktadır. cihazlardan kalite kontrol protokolleri de almamaktadır. - -Bu nedenle yeni bir tanımlama sisteminin onaylanabilir Bu nedenle yeni bir tanımlama sisteminin onaylanabilir performansının son kanıtı, cihazı satın alan laboratuvar tarafından performansının son kanıtı, cihazı satın alan laboratuvar tarafından performansın laboratuvarda doğrulanmasıdır. performansın laboratuvarda doğrulanmasıdır. * The Clinical Laboratory Improvement Amendments of 1988 * The Clinical Laboratory Improvement Amendments of 1988


- - Bu sistemlerin veritabanları, yeni isimlendirilmiş türlere uyum Bu sistemlerin veritabanları, yeni isimlendirilmiş türlere uyum sağlamak için sık olarak gözden geçirilmeli, sağlamak için sık olarak gözden geçirilmeli, - - Laboratuvar prosedürü el kitabında, organizmanın beklenmedik Laboratuvar prosedürü el kitabında, organizmanın beklenmedik biyokimyasal profili olması durumunda yapılması gerekenleri biyokimyasal profili olması durumunda yapılması gerekenleri ortaya koymalıdır, ortaya koymalıdır, - - Bu amaçla yedek bir metod bulunmalı ya da analiz için referans Bu amaçla yedek bir metod bulunmalı ya da analiz için referans laboratuvara gönderilmeli, laboratuvara gönderilmeli, - - Bu tanımlama sistemlerinde Bu tanımlama sistemlerindeYersinia Yersinia, , Citrobacter Citrobacter , , Salmonella Salmonella ve ve Enterobacter Enterobacter gibi cinslere ait türlerde daha dikkatli olunmalı, gibi cinslere ait türlerde daha dikkatli olunmalı, - - Sistemin yanlış hasta sonucu vermesine neden olan düşük Sistemin yanlış hasta sonucu vermesine neden olan düşük performansları mutlaka rapor edilmelidir. performansları mutlaka rapor edilmelidir.


Microscan Walkaway

Vitek 2 Phoenix

Gram negatif 149 130 167

Gram pozitif 49 54 140

Anaerob 54 84 Yok

Mayalar 44 54 yok

* Sayılar tür düzeyinde verilmiştir.


MicroScan hızlı Gram MicroScan hızlı Gram- -negatif ID tip 3 panelin nonenterik negatif ID tip 3 panelin nonenterik- - fermentatif ve non fermentatif ve non- -fermentatif Gram fermentatif Gram- -negatif basilleri negatif basilleri tanımlayabilme özelliğine bakılmış; tanımlayabilme özelliğine bakılmış;

- - rutinde izole edilen non rutinde izole edilen non- -Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae bakterilerinin bakterilerinin tanımlanmasında kullanılabileceği, tanımlanmasında kullanılabileceği,

- - diğer non diğer non- -fermentatif Gram fermentatif Gram- -negatif basillerin tanımlanmasında negatif basillerin tanımlanmasında problemler yaşanabileceği sonucuna varılmıştır*. problemler yaşanabileceği sonucuna varılmıştır*.

*Caroline M, O'Hara, J . Michael Miller. Ability of the MicroScan Rapid Gram *Caroline M, O'Hara, J . Michael Miller. Ability of the MicroScan Rapid Gram Negative ID Type 3 panel to identify nonenteric Negative ID Type 3 panel to identify nonenteric glucose glucose fermenting and nonfermenting Gram fermenting and nonfermenting Gram negative bacilli. J Clin Microbiol. 2002: 3750 negative bacilli. J Clin Microbiol. 2002: 3750 3752. 3752.


MicroScan Walkaway'in stafilokokları tanımlamasını MicroScan Walkaway'in stafilokokları tanımlamasını değerlendirilen bu çalışmada bu sistemin stafilokokları değerlendirilen bu çalışmada bu sistemin stafilokokları tanımlamada geçerli bir metod olduğu görülmüş (%94.23) tanımlamada geçerli bir metod olduğu görülmüş (%94.23) fakat tür seviyesine kadar yapılacak bazı tanımlamalarda ilave fakat tür seviyesine kadar yapılacak bazı tanımlamalarda ilave testlere gerek duyulmuştur (%8.2)*. testlere gerek duyulmuştur (%8.2)*.

*Ai S,Tinajas VJ , Barbeyto A, et al. Evaluation of the MicroScan system for identification of staphylococci. J Basic Microbio *Ai S,Tinajas VJ , Barbeyto A, et al. Evaluation of the MicroScan system for identification of staphylococci. J Basic Microbiol. l. 1999: 373 1999: 373 376. 376.


Stafilokok suşlarının hızlı ve geçerli tanımlanması konusunda Stafilokok suşlarının hızlı ve geçerli tanımlanması konusunda yapılan bu çalışmada toplam 198 izolat ve 11 kontrol suşu 22 test yapılan bu çalışmada toplam 198 izolat ve 11 kontrol suşu 22 test içeren referans metod ile tanımlanmış ve sonuçlar, içeren referans metod ile tanımlanmış ve sonuçlar, - - MicroScan WalkAway ile, MicroScan WalkAway ile, - - dokuz testten oluşan basit bir metod ile karşılaştırılmıştır. dokuz testten oluşan basit bir metod ile karşılaştırılmıştır.

- - Otomatize metodun doğru tanımlama oranı %79.3, Otomatize metodun doğru tanımlama oranı %79.3, - - Basitleştirilmiş metodun doğru tanımlama oranı %98.5 olarak Basitleştirilmiş metodun doğru tanımlama oranı %98.5 olarak ( (P P< 0.001) bulunmuştur. , < 0.001) bulunmuştur. ,

Sonuç olarak; basitleştirilmiş metod geçerli, daha pratik ve Sonuç olarak; basitleştirilmiş metod geçerli, daha pratik ve ekonomik bulunmuştur*. ekonomik bulunmuştur*.

*Iorio NLP, Ferreira RBR, Schuenck RP, et al. Simplified and reliable scheme for species *Iorio NLP, Ferreira RBR, Schuenck RP, et al. Simplified and reliable scheme for species level identification of level identification of Staphylococcus Staphylococcus clinical isolates. J Clin Microbiol. 2007: 2564 clinical isolates. J Clin Microbiol. 2007: 2564 2569. 2569.


Bu çalışmada MicroScan WalkAway’in Bu çalışmada MicroScan WalkAway’in E.faecalis E.faecalis ve tipik ve tipik

E.faecium E.faecium izolatlarını tanımlamada iyi performans gösterdiği izolatlarını tanımlamada iyi performans gösterdiği

görülmüş fakat atipik görülmüş fakat atipik E.faecium E.faecium tiplerini tanımlamada tiplerini tanımlamada

yetersiz bulunmuştur*. yetersiz bulunmuştur*.

*d'Azevedo PA. Dias CA. Goncalves AL. Et al. Evaluation of an automated system for the identification and antimicrobial *d'Azevedo PA. Dias CA. Goncalves AL. Et al. Evaluation of an automated system for the identification and antimicrobial susceptibility testing of enterococci. Diagn Microbiol Infect Dis. 2001: 157 susceptibility testing of enterococci. Diagn Microbiol Infect Dis. 2001: 157 161. 161.


Son yıllarda ortaya çıkan bir patojen olan Son yıllarda ortaya çıkan bir patojen olan Vibrio vulnificus Vibrio vulnificus biyotip 3'ün tanımlanması klinik laboratuvarlarda tartışma biyotip 3'ün tanımlanması klinik laboratuvarlarda tartışma konusu olmuştur. Bu çalışmada beş ticari sistemin tür konusu olmuştur. Bu çalışmada beş ticari sistemin tür seviyesinde tanımlanmasına bakılmış ve Neg Combo 20 seviyesinde tanımlanmasına bakılmış ve Neg Combo 20 Microscan panelinin bu suşu tanımlayamadığı görülmüştür. Microscan panelinin bu suşu tanımlayamadığı görülmüştür. Vibrionaceae Vibrionaceae ailesinin diğer türleri ile çoğunlukla karıştırıp ailesinin diğer türleri ile çoğunlukla karıştırıp yanlış tanımlamalar yaptığı görülmüştür*. yanlış tanımlamalar yaptığı görülmüştür*.

*Colodner R, Raz R, Meir I, et al. Identification of the Emerging Pathogen *Colodner R, Raz R, Meir I, et al. Identification of the Emerging Pathogen Vibrio vulnificus Vibrio vulnificus Biotype 3 by Commercially Available Biotype 3 by Commercially Available Phenotypic Methods. J Clin Microbiol. 2004: 4137 Phenotypic Methods. J Clin Microbiol. 2004: 4137– –4140. 4140.


Gram pozitif ve Gram negatif bakteri identifikasyonu için VITEK 2 Gram pozitif ve Gram negatif bakteri identifikasyonu için VITEK 2 kolorimetrik kartların performansının değerlendirildiği bu kolorimetrik kartların performansının değerlendirildiği bu çalışmada GP ve GN kartlar ve fluorimetrik kartlar (ID çalışmada GP ve GN kartlar ve fluorimetrik kartlar (ID- -GPC and ID GPC and ID- - GNB) değerlendirilmiştir. GNB) değerlendirilmiştir.

580 izolatın dahil edildiği çalışmada, 249 Gram pozitif izolat ID 580 izolatın dahil edildiği çalışmada, 249 Gram pozitif izolat ID- - GPC ve GP kartlarla sırası ile %87.5 ve %94.4 oranında doğru GPC ve GP kartlarla sırası ile %87.5 ve %94.4 oranında doğru olarak tanımlanmış, olarak tanımlanmış,

331 Gram negatif izolat ise ID 331 Gram negatif izolat ise ID- -GNB ve GN kartla sırası ile %89.2 ve GNB ve GN kartla sırası ile %89.2 ve %97 oranında doğru tanımlanmıştır*. %97 oranında doğru tanımlanmıştır*.

*Wallet F, Loïez C et al. Performances of VITEK 2 colorimetr ic cards for identification of gram *Wallet F, Loïez C et al. Performances of VITEK 2 colorimetr ic cards for identification of gram positive and gram positive and gram negative negative bacteria. J Clin Microbiol. 2005; 43: 4402 bacteria. J Clin Microbiol. 2005; 43: 4402 4406. 4406.


MicroScan, VITEK 2 ve Crystal GP’in kullanılarak koagülaz MicroScan, VITEK 2 ve Crystal GP’in kullanılarak koagülaz- - negatif stafilokokun (KNS) fenotipik olarak tanımlanma negatif stafilokokun (KNS) fenotipik olarak tanımlanma oranlarının değerlendirildiği bu çalışmada 120 klinik izolat oranlarının değerlendirildiği bu çalışmada 120 klinik izolat MicroSeq 500 v2.0 veritabanı MicroSeq 500 v2.0 veritabanı ile 16S rRNA sekans analizi ile ile 16S rRNA sekans analizi ile doğrulandı. doğrulandı. Tanımlama oranları MicroScan, VITEK 2 ve Crystal GP için sırası Tanımlama oranları MicroScan, VITEK 2 ve Crystal GP için sırası ile %82.5, %87.5 ve %67.5 olarak bulunmuştur. ile %82.5, %87.5 ve %67.5 olarak bulunmuştur. MicroScan (10.8%) ve Crystal GP (23.3%) için temel problem MicroScan (10.8%) ve Crystal GP (23.3%) için temel problem yanlış tanımlama iken VITEK 2 için düşük düzey ayrım (7.5%) yanlış tanımlama iken VITEK 2 için düşük düzey ayrım (7.5%) temel problemi oluşturmuştur*. temel problemi oluşturmuştur*.

*Kim M, Heo SR et al. Comparison of the MicroScan, VITEK 2, and Crystal GP with 16S rRNA sequencing and MicroSeq 500 *Kim M, Heo SR et al. Comparison of the MicroScan, VITEK 2, and Crystal GP with 16S rRNA sequencing and MicroSeq 500 v2.0 analysis for coagulase v2.0 analysis for coagulase negative negative Staphylococci Staphylococci. BMC Microbiol. 2008; 8: 233. . BMC Microbiol. 2008; 8: 233.


Phoenix, VITEK 2 ve API ID32 STAPH test kullanılarak 86 klinik Phoenix, VITEK 2 ve API ID32 STAPH test kullanılarak 86 klinik izolat ve 27 referans KNS’in tanımlandığı bu çalışmada izolat ve 27 referans KNS’in tanımlandığı bu çalışmada sonuçlar T sonuçlar T- -RFLP ile doğrulanmıştır. RFLP ile doğrulanmıştır.

Sonuç olarak; VITEK 2 and Phoenix sistemlerinin sonuçları Sonuç olarak; VITEK 2 and Phoenix sistemlerinin sonuçları benzer bulunurken, API ID32 STAPH test ile daha doğru benzer bulunurken, API ID32 STAPH test ile daha doğru sonuçlar elde edildiği görülmüştür*. sonuçlar elde edildiği görülmüştür*.

*Layer F, Ghebremedhin B et al. Comparative study using various methods for identification of *Layer F, Ghebremedhin B et al. Comparative study using various methods for identification of Staphylococcus Staphylococcus species in clinical species in clinical specimens. J Clin Microbiol. 2006; 44: 2824 specimens. J Clin Microbiol. 2006; 44: 2824 2830. 2830.


VITEK 2 ve ID 32 STAPH identifikasyon sistemlerinin karşılaştırılması VITEK 2 ve ID 32 STAPH identifikasyon sistemlerinin karşılaştırılması amacı ile 405 klinik stafilokok izolatı değerlendirilmiş; amacı ile 405 klinik stafilokok izolatı değerlendirilmiş;

- - VITEK 2 sistem; 387 (%95.6) izolatı doğru olarak değerlendirmiş, VITEK 2 sistem; 387 (%95.6) izolatı doğru olarak değerlendirmiş, - - 8 tanesi için destekleyici testler gerekmiş, 8 tanesi için destekleyici testler gerekmiş, - - bir suş yanlış identifiye edilmiş, bir suş yanlış identifiye edilmiş, - - dört suş identifiye edilememiş, dört suş identifiye edilememiş, - - kalan 13 suş için iki tür arasında ayrım yapılamamıştır. kalan 13 suş için iki tür arasında ayrım yapılamamıştır.

Sonuç olarak VITEK 2 sistem güvenilir olarak hızlı, hassas ve tür Sonuç olarak VITEK 2 sistem güvenilir olarak hızlı, hassas ve tür düzeyinde identifikasyon yapabilen bir sistem olarak düzeyinde identifikasyon yapabilen bir sistem olarak değerlendirilmiştir*. değerlendirilmiştir*.

*Spanu T, Sanguinetti M et al. Use of the VITEK 2 system for rapid identification of clinical isolates of *Spanu T, Sanguinetti M et al. Use of the VITEK 2 system for rapid identification of clinical isolates of Staphylococci Staphylococci from from bloodstream infections. J Clin Microbiol. 2003; 41: 4259 bloodstream infections. J Clin Microbiol. 2003; 41: 4259 4263. 4263.


VITEK 2 VITEK 2 Neisseria Neisseria- -Haemophilus Haemophilus kartın tanımlama kartın tanımlama performansını değerlendirmek için yapılan bu çalışmada performansını değerlendirmek için yapılan bu çalışmada Actinobacillus Actinobacillus, , Campylobacter Campylobacter, , Capnocytophaga Capnocytophaga, , Cardiobacterium Cardiobacterium, , Eikenella Eikenella, , Gardnerella Gardnerella, , Haemophilus Haemophilus, , Kingella Kingella, , Moraxella Moraxella, ve , ve Neisseria Neisseria içeren 188 bakteri suşu içeren 188 bakteri suşu kullanılmıştır. kullanılmıştır.

- - 171 suş (%91) extra testlere gerek duyulmadan doğru 171 suş (%91) extra testlere gerek duyulmadan doğru tanımlanmış, tanımlanmış, - - 1 suş (%0.5) yanlış tanımlanmış, 1 suş (%0.5) yanlış tanımlanmış, - - 5 suş (%2.7) tanımlanamamıştır*. 5 suş (%2.7) tanımlanamamıştır*.

*Valenza G, Ruoff C et al. Microbiological evaluation of the new VITEK 2 *Valenza G, Ruoff C et al. Microbiological evaluation of the new VITEK 2 Neisseria Neisseria Haemophilus Haemophilus identification card. J Clin identification card. J Clin Microbiol. 2007; 45: 3493 Microbiol. 2007; 45: 3493 3497. 3497.


Vitek 2 Vitek 2 Neisseria Neisseria- -Haemophilus Haemophilus kartının kartının identifikasyon performansını değerlendirmek için identifikasyon performansını değerlendirmek için yapılan bir başka çalışmada ise doğru tanımlama yapılan bir başka çalışmada ise doğru tanımlama oranı %96.5 ve %98 olarak bulunmuş ve rutin oranı %96.5 ve %98 olarak bulunmuş ve rutin mikrobiyoloji laboratuvarı için kullanımının uygun mikrobiyoloji laboratuvarı için kullanımının uygun olduğu raporlanmıştır*. olduğu raporlanmıştır*.

*Rennie RP, Brosnikoff C et al. Multicenter evaluation of the new Vitek 2 *Rennie RP, Brosnikoff C et al. Multicenter evaluation of the new Vitek 2 Neisseria Neisseria Haemophilus Haemophilus identification card. J Clin identification card. J Clin Microbiol. 2008; 46: 2681 Microbiol. 2008; 46: 2681 2685. 2685.


Vitek 2 Anaerobe and Vitek 2 Anaerobe and Corynebacterium Corynebacterium Identification Card Identification Card kullanılarak 50 iyi tanımlanmış suş ve 365 klinik izolat çalışılmış: kullanılarak 50 iyi tanımlanmış suş ve 365 klinik izolat çalışılmış: - - İyi tanımlanmış suşlarda; İyi tanımlanmış suşlarda;

- - doğru tanımlama oranı %98, doğru tanımlama oranı %98, - - yanlış tanımlama %2, yanlış tanımlama %2, - - tanımlanamıyan %0 olarak bulunmuştur. tanımlanamıyan %0 olarak bulunmuştur.

- - Klinik izolatlarda; Klinik izolatlarda; - - doğru tanımlama oranı %95.1, doğru tanımlama oranı %95.1, - - yanlış tanımlama %4.6, yanlış tanımlama %4.6, - - tanımlanamıyan %0.3 olarak bulunmuştur. tanımlanamıyan %0.3 olarak bulunmuştur.

Sonuç; sistem rutin mikrobiyoloji laboratuarında kullanılabilir *. Sonuç; sistem rutin mikrobiyoloji laboratuarında kullanılabilir *.

*Rennie RP, Brosnikoff C et al. Multicenter evaluation of the Vitek 2 anaerobe and *Rennie RP, Brosnikoff C et al. Multicenter evaluation of the Vitek 2 anaerobe and Corynebacterium Corynebacterium identification card. J Clin identification card. J Clin Microbiol. 2008; 46: 2646 Microbiol. 2008; 46: 2646 2651. 2651.


Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia complex için BD Phoenix ve VITEK complex için BD Phoenix ve VITEK 2’nin karşılaştırıldığı çalışmada 42 genomovar III, 45 2’nin karşılaştırıldığı çalışmada 42 genomovar III, 45 B. B. multivorans multivorans ve 47 diğer BCC üyesi çalışılmış; ve 47 diğer BCC üyesi çalışılmış;

- - genomovar III için % 71 ve % 38, genomovar III için % 71 ve % 38, - - B. multivorans B. multivorans için % 58 ve % 89, için % 58 ve % 89, - - BCC izolatları için % 50 ve % 53 oranında doğru BCC izolatları için % 50 ve % 53 oranında doğru tanımlama saptanmıştır. tanımlama saptanmıştır.

Sonuç; her iki sistemin de moleküler metodlarla konfirme Sonuç; her iki sistemin de moleküler metodlarla konfirme edilmesi gerekir*. edilmesi gerekir*.

*Brisse S, Stefani S et al. Comparative evaluation of the BD Phoenix and VITEK 2 automated instruments for identification of *Brisse S, Stefani S et al. Comparative evaluation of the BD Phoenix and VITEK 2 automated instruments for identification of isolates of the isolates of the Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol. 2002; 40: 1743 complex. J Clin Microbiol. 2002; 40: 1743 1748. 1748.


Maya türleri identifikasyonu için VITEK 2 ve RapID Yeast Plus Maya türleri identifikasyonu için VITEK 2 ve RapID Yeast Plus Sistem’in kıyaslandığı ve referans metod olarak rRNA gen Sistem’in kıyaslandığı ve referans metod olarak rRNA gen sekans analizinin kullanıldığı bir çalışmada toplam 750 adet sekans analizinin kullanıldığı bir çalışmada toplam 750 adet klinik maya örneği çalışmaya dahil edilmiş; klinik maya örneği çalışmaya dahil edilmiş;

- -VITEK 2 ve RapID sistemleri için doğru tanımlama oranları VITEK 2 ve RapID sistemleri için doğru tanımlama oranları sırasıyla %98.2 ve %95.5 olarak bulunmuştur. sırasıyla %98.2 ve %95.5 olarak bulunmuştur.

Sonuç olarak her iki sistem de mayaların tanımlanmasında Sonuç olarak her iki sistem de mayaların tanımlanmasında hızlı ve hassas olarak değerlendirilmiştir*. hızlı ve hassas olarak değerlendirilmiştir*.

*Sanguinetti M, Porta R et al. Evaluation of VITEK 2 and RapID yeast plus systems for yeast species identification: experienc *Sanguinetti M, Porta R et al. Evaluation of VITEK 2 and RapID yeast plus systems for yeast species identification: experience a e at a t a large clinical microbiology laboratory. J Clin Microbiol. 2007; 45: 1343 large clinical microbiology laboratory. J Clin Microbiol. 2007; 45: 1343 1346. 1346.


Maya ve maya benzeri organizmalar için VITEK ID Maya ve maya benzeri organizmalar için VITEK ID- -YST YST ve ID 32C strip’in 241 suş ve 21 tür üzerinde ve ID 32C strip’in 241 suş ve 21 tür üzerinde karşılaştırıldığı çalışmada; karşılaştırıldığı çalışmada;

- - 222 suş (%92.1) kesin olarak tanımlanırken, 222 suş (%92.1) kesin olarak tanımlanırken, - - 11 suş (%4.6) düşük oranda identifiye edilmiştir. 11 suş (%4.6) düşük oranda identifiye edilmiştir.

Sonuçlar VITEK ID Sonuçlar VITEK ID- -YST sistemin maya ve maya benzeri YST sistemin maya ve maya benzeri organizmalar için hızlı ve doğru bir identifikasyon organizmalar için hızlı ve doğru bir identifikasyon metodu olduğunu göstermiştir*. metodu olduğunu göstermiştir*.

*Graf *Graf B, B, Adam Adam T T et et al al. . Evaluation Evaluation of of the the VITEK VITEK 2 2 system system for for rapid rapid identification identification of of yeasts yeasts and and yeast yeast like like organisms organisms. . J J Clin Clin Microbiol Microbiol. . 2000 2000; ; 38 38: : 1782 1782 1785 1785. .


Gram pozitif bakterilerde Phoenix’in tanımlama performansının Gram pozitif bakterilerde Phoenix’in tanımlama performansının değerlendirildiği ve 424 gram pozitif kok ile yapılan bir değerlendirildiği ve 424 gram pozitif kok ile yapılan bir çalışmada; çalışmada; - - cins düzeyinde %99.7 oranında, cins düzeyinde %99.7 oranında, - - tür düzeyinde %99.3 oranında doğru tanımlama bildirilmiştir. tür düzeyinde %99.3 oranında doğru tanımlama bildirilmiştir. Ayrıca bu çalışmada; Ayrıca bu çalışmada; - - tüm tüm S.aures S.aures ve enterokoklar doğru olarak tanımlanmıştır. ve enterokoklar doğru olarak tanımlanmıştır. - - KNS suşlarının hiçbiri KNS suşlarının hiçbiri S.aureus S.aureus olarak tanımlanmamıştır. olarak tanımlanmamıştır. - - hastane kaynaklı ve toplum kaynaklı MRSA’yı doğru saptamıştır. hastane kaynaklı ve toplum kaynaklı MRSA’yı doğru saptamıştır. - - 14 VİSA suşu da doğru olarak tanımlanmıştır*. 14 VİSA suşu da doğru olarak tanımlanmıştır*.

* *Carrol KC, Borek AP et al. Evaluation of the BD Phoenix micribiology system identification and antimicrobial susceptibility Carrol KC, Borek AP et al. Evaluation of the BD Phoenix micribiology system identification and antimicrobial susceptibility testing of staphylococci and enterococci. J Clin Microbiol. 2006: 2072 testing of staphylococci and enterococci. J Clin Microbiol. 2006: 2072 2077. 2077.


384 384 Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae ve 110 nonfermentatif, toplam 494 ve 110 nonfermentatif, toplam 494 Gram Gram- -negatif bakteri ile yapılan bir çalışmada tanımlamada; negatif bakteri ile yapılan bir çalışmada tanımlamada; - - Genel olarak tür düzeyinde %98,6 oranında, Genel olarak tür düzeyinde %98,6 oranında,

- - Enterobacteriacea’ Enterobacteriacea’larde %98,4 oranında, larde %98,4 oranında, - - nonfermentatif Gram negatif bakterilerde % 99,1 oranında nonfermentatif Gram negatif bakterilerde % 99,1 oranında uyumluluk tespit edilmiştir. uyumluluk tespit edilmiştir.

Bu çalışmada araştırmacılar Phoenix sisteminin genel olarak Bu çalışmada araştırmacılar Phoenix sisteminin genel olarak tatmin edici bir performans gösterdiği sonucuna varmıştır*. tatmin edici bir performans gösterdiği sonucuna varmıştır*.

*Menozzi *Menozzi MG, MG, Eigner Eigner U U et et al al. . Two Two center center collaborative collaborative evaluation evaluation of of performance performance of of the the BD BD Phoenix Phoenix micribiology micribiology system system for for identification identification and and antimicrobial antimicrobial susceptibility susceptibility testing testing of of Gram Gram Negative Negative Bacteria Bacteria. . J J Clin Clin Microbiol Microbiol. . 2006 2006: : 4085 4085– –4094 4094. .


150 150 Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae ve 57 nonfermentative Gram ve 57 nonfermentative Gram- -negatif negatif organizmanın tanımlanmasında BD Phoenix Sistemi ile Microscan organizmanın tanımlanmasında BD Phoenix Sistemi ile Microscan Walkaway Sisteminin karşılaştırıldığı bir çalışmada; Walkaway Sisteminin karşılaştırıldığı bir çalışmada;

- - Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae için %98.7 ve % 97.7, için %98.7 ve % 97.7, - - Nonfermentatif Gram Nonfermentatif Gram- -negatif basillerde ise %100 ve % 97.7 negatif basillerde ise %100 ve % 97.7

oranlarında uyumluluk tespit edilmiştir. oranlarında uyumluluk tespit edilmiştir.

Sonuç olarak Phoenix ve Microscan sistemi arasında genel olarak Sonuç olarak Phoenix ve Microscan sistemi arasında genel olarak iyi bir korelasyon olduğu ve Phoenix sisteminin identifikasyon için iyi bir korelasyon olduğu ve Phoenix sisteminin identifikasyon için güvenilir bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır* güvenilir bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır*

*Snyder *Snyder JW, JW, Munier Munier GK GK et et al al. . Direct Direct comparison comparison of of the the BD BD phoenix phoenix system system with with the the MicroScan MicroScan WalkAway WalkAway system system for for identification identification and and antimicrobial antimicrobial susceptibility susceptibility testing testing of of Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae and and nonfermentative nonfermentative gram gram negative negative organisms organisms. . J J Clin Clin Microbiol Microbiol. . 2008 2008: : 2327 2327 2333 2333. .


347’si referans laboratuarlarca doğrulanan toplam 363 347’si referans laboratuarlarca doğrulanan toplam 363 suş ile yapılan bir çalışmada Microscan (Rapid MR ve suş ile yapılan bir çalışmada Microscan (Rapid MR ve klasik MC), Phoenix ve Vitek 2 olmak üzere toplam 3 klasik MC), Phoenix ve Vitek 2 olmak üzere toplam 3 otomatik mikrobiyoloji sistemi karşılaştırılmış; otomatik mikrobiyoloji sistemi karşılaştırılmış;

- - Gram Gram- -negatiflerde cins düzeyinde, negatiflerde cins düzeyinde, - - Gram Gram- -pozitiflerde tür düzeyinde yapılan tanımlamada pozitiflerde tür düzeyinde yapılan tanımlamada

en iyi sonuçlar Phoenix ile alınmıştır (sırasıyla %93, %89)*. en iyi sonuçlar Phoenix ile alınmıştır (sırasıyla %93, %89)*.

*Sellenriek *Sellenriek P, P, Holmes Holmes J J . . Comparison Comparison of of MicroScan MicroScan Walk Walk Away, Away, Phoenix Phoenix and and VITEK VITEK TWO TWO Microbiology Microbiology Systems Systems used used in in the the identification identification and and susceptibility susceptibility testing testing of of bacteria bacteria as as presented presented at at the the 105 105th th General General Meeting Meeting of of the the Am Am Soc Soc Microbiol Microbiol 2005 2005. .


507 507Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae ile yapılan çalışmada; ile yapılan çalışmada; - - 456 (89.9%) izolat tür ve cins düzeyinde, 456 (89.9%) izolat tür ve cins düzeyinde, - - 20 (3.9%) izolat sadece cins düzeyinde doğru tanımlanmış, 20 (3.9%) izolat sadece cins düzeyinde doğru tanımlanmış, - -29 (5.7%) izolat ise yanlış tanımlanmıştır. 29 (5.7%) izolat ise yanlış tanımlanmıştır. En fazla En fazla Salmonella Salmonella türlerinin yanlış tanımlandığı görülmüştür. türlerinin yanlış tanımlandığı görülmüştür.

57 nonenterik gram 57 nonenterik gram- -negatif basilden ( negatif basilden (Acinetobacter Acinetobacter, , Aeromonas Aeromonas, , Burkholderia Burkholderia, , Plesiomonas Plesiomonas, , Pseudomonas Pseudomonas ve ve Stenotrophomonas Stenotrophomonas spp.); spp.); - - 48 (% 84.2) izolat cins ve tür düzeyinde, 48 (% 84.2) izolat cins ve tür düzeyinde, - -7 (% 12.3) suş ise cins seviyesine doğru tanmlanmıştır. 7 (% 12.3) suş ise cins seviyesine doğru tanmlanmıştır.

Vibrionaceae Vibrionaceae türleri ise % 89.1oranında doğru tanımlanmıştır*. türleri ise % 89.1oranında doğru tanımlanmıştır*.

*Caroline *Caroline M M. . O’Hara O’Hara Evaluation Evaluation of of the the Phoenix Phoenix 100 100 ID/AST ID/AST System System and and NID NID panel panel for for identification identification of of Enterobacteriaceae Enterobacteriaceae, , Vibrionaceae Vibrionaceae, , and and commonly commonly isolated isolated nonenteric nonenteric Gram Gram negative negative bacilli bacilli. . J J Clin Clin Microbiol Microbiol. . 2006 2006: : 928 928– –933 933. .


- - Bir otomatize tanımlama sistemine ihtiyacımız var mı? Bir otomatize tanımlama sistemine ihtiyacımız var mı? - - Kurum ve personelin gereksinimlerini karşılayacak doğru sistem Kurum ve personelin gereksinimlerini karşılayacak doğru sistem hangisi? hangisi? - - Hakemli dergilerde, saygın klinik laboratuvarlar tarafından Hakemli dergilerde, saygın klinik laboratuvarlar tarafından uygulanan değerlendirme sonuçları irdelenmeli, uygulanan değerlendirme sonuçları irdelenmeli, - - Benzer sistem kullanan laboratuvarlara ziyaret ile sistemin artıları Benzer sistem kullanan laboratuvarlara ziyaret ile sistemin artıları ve eksileri konusunda aydınlanmalı, ve eksileri konusunda aydınlanmalı, - - Alınacak sistemde, referans yönteme göre minimum %95 Alınacak sistemde, referans yönteme göre minimum %95 oranında doğru tanımlama aranmalı, oranında doğru tanımlama aranmalı, - - Sistemin onaylanması için son kanıt, cihazı satın alan laboratuvar Sistemin onaylanması için son kanıt, cihazı satın alan laboratuvar tarafından performansın laboratuvarda doğrulanması olmalıdır. tarafından performansın laboratuvarda doğrulanması olmalıdır.

Bu sistemler in kullanımında iki önemli destek, eksternal kalite kontrol Bu sistemler in kullanımında iki önemli destek, eksternal kalite kontrol programlarına katılım ve gerektiğinde referans laboratuvar desteğidir! programlarına katılım ve gerektiğinde referans laboratuvar desteğidir!

Klinik (Tıbbi) Mikrobiyoloji Uzmanlığı ve Laboratuvar Uygulamaları Sempozyumu, 23-24 Ekim 2009, Ankara 38

prof. dr. mustafa berktaŞ yüzüncü yıl Üniversitesi tıp

Documents