presentasi kimor baru

5/26/2018 presentasi kimor baru

1/28

Penyusun :

Ketua : Octaviana ( G1F011052)

Anggota :

Inas Ghausani ( G1F011012 )

Kharisma Aditya ( G1F011014 )

Sharon Susanto ( G1F011057 )

Aynita Kurniawan ( G1F011066 )

Preggi Salvezza ( G1F011073 )


2/28

Struktur asam nukleat


3/28

Asam nukleat adalah makromolekul dengan penyusunutama molekul

gula, masing-masing dilekati dengansebuah basa, yang ditautkan oleh gugus fosfat yangberperanan dalam penyimpanan serta pemindahaninformasi genetik (polinukleotida)

Asam nukleat ialah makromolekul seperti rantai linearyang pertama kali diisolasi dari inti sel.

Struktur keseluruhan dari asam nukleat sendiri ialahmakromolekul dengan penyusun utama molekul gula

yang dihubungkan dengan gugus fosfat dan sebuahbasa yang melekat pada setiap gula


4/28

Gula pada asam

nukleat adalah ribosadan deoksiribosa.

Ribosa (b-furanosa)adalah gula pentosa(jumlah karbon 5).

51

234

GULA


5/28

RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA

Turunan penting dari

ribosa adalah 2-deoksiribosa, sering

hanya disebut

deoksiribosa, yang pada

karbon nomor 2 nya OHdigantikan oleh H.

Deoksiribosa ditemukan di

DNA (deoxyribonucleic

acid)

Ribosa ditemukan di RNA(ribonucleic acid).

DNA RNA


6/28

PERHATIKAN

Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom

karbon nomor 1).

Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom

karbon nomor 5).

Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2


7/28

BASA NITROGEN

Basa nitrogen berikatan dengan atom karbon

nomor 1 dari gula ribosa atau deoksiribosa.

Pirimidinberikatan ke gula ribosa pada atom N-1

dari struktur cincinnya.

Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9dari

struktur cincinnya.


8/28

BASA PIRIMIDIN DAN PURIN

Perhatikan struktur cincinnya


9/28

BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT


10/28

GUGUS FOSFAT

Nukleosida(Gula Ribosa yang berikatan dengan

basa nitrogen) satu atau lebih gugus fosforil

disebut nukleotida.


11/28

KERANGKA GULA-FOSFAT

Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat

tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling.

Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memilikigugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki

gugus hidroksil di atom karbon nomor 3, atau biasa disebut ujung

5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'

Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan

negatif.


12/28

ASAM NUKLEAT

Monomer nukleotida dapat berikatan satu

sama lain melalui ikatan fosfodiester

antara -OH di atom C nomor 3nya

dengan gugus fosfat dari nukleotida

berikutnya.

Kedua ujung poli- atau oligonukleotidayang dihasilkan menyisakan gugus

fosfat di atom karbon nomor 5'

nukleotida pertama dan gugus

hidroksil di atom karbon nomor 3'nukleotida terakhir.


13/28

Asamnukleat

Gula

Nukleotida

(fosfat-gula-basaheterosiklik)

Nukleosida(gula basa)

H2O

enzim

H2

O

OH-

H2O

H+ H3PO4

Basaheterosiklik


14/28

Sifat fisika-kimia asamnukleat


15/28

Sifat-sifat

fisika-kimiaasam

nukleat

Stabilitasasam

nukleat

pengaruhalkali

denaturasi

kimia

pengaruhasam

viskositas

kerapatanapung

Stabilitas asamnukleat


16/28

Stabilitas asam nukleat ditentukan oleh interaksi penempatan

(stacking interactions)antara pasangan-pasangan basa. Artinya,permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan

molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasanganbasa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

Ikatan hidrogen diantara pasangan bsa sama kuat denganikatan hidrogen antara basa dan molekul air. Jika DNA dalambentuk rantai tunggal asam nukleat, namun mempengaruhispesifisitas pasangan basa. Penentu stabilitas struktur asamnukleat adalah interaksi penempatan (straching interaction).Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkanmolekul-molekul air dikeluarkan dari pasangan-pasangan basasehingga ikatan basa menjadi lebih kuat

Stabilitas asam nukleat


17/28

Sifat-sifat

fisika-kimiaasam

nukleat

Stabilitasasam

nukleat

pengaruhalkali

denaturasi

kimia

pengaruhasam

viskositas

kerapatanapung

Pengaruh alkali


18/28

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan

terjadinya perubahan status tautomerikbasa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan

perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadibentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuahproton.

Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkanterputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada

akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pHnetral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadaphidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanyagugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya

Pengaruh alkali


19/28

Sifat-sifat

fisika-kimiaasam

nukleat

Stabilitasasam

nukleat

pengaruhalkali

denaturasi

kimia

pengaruhasam

viskositas

kerapatanapung

Pengaruhasam


20/28

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnyaHClO4dengan suhu lebih dari 100C, asam nukleat

akan mengalami hidrolisis sempurna menjadikomponen-komponennya. Namun, di dalam asammineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidikantara gula dan basa purin saja yang putus sehingga

asam nukleat dikatakan bersifat apurinik

Pengaruh asam


21/28

Sifat-sifat

fisika-kimiaasam

nukleat

Stabilitasasam

nukleat

pengaruhalkali

denaturasi

kimia

pengaruhasam

viskositas

kerapatanapung

Denatura

si kimia


22/28

Sejumlah bahan kimia diketahui dapatmenyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH

netral.Contoh yang paling dikenal adalah urea(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Padakonsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan

hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunderasam nukleat menjadi berkurang dan rantaiganda mengalami denaturasi.

Pengaruh bahan kimia


23/28

Sifat-sifat

fisika-kimiaasam

nukleat

Stabilitasasam

nukleat

pengaruhalkali

denaturasi

kimia

pengaruhasam

viskositas

kerapatanapung

viskosit

as


24/28

Molekul DNA sangat rentan terhadap fragmentasi

fisik karena relatif kaku sehingga larutan DNAmempunyai viskositas yang tinggi

Viskositas


25/28

Sifat-sifat

fisika-kimiaasam

nukleat

Stabilitasasam

nukleat

pengaruhalkali

denaturasi

kimia

pengaruhasam

viskositas

kerapatanapung

Kerapatan apung


26/28

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan

kerapatan apung (bouyant density)-nya. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat

tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasartabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga,sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yangsesuai dengan kerapatannya.

Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalamtingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation)

atausentrifugasi isopiknik

. Dengan teknik sentrifugasi tersebut DNA, RNA, dan protein

akan terpisah.

Pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akanmengapung sehingga DNA dapat dimurnikan, baik dari RNAmaupun protein.

Kerapatan apung


27/28

Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk

keperluan analisis DNA karena kerapatan apung

DNA () merupakan fungsi linier bagi kandunganGC-nya.


28/28

Asam nukleat ada ikatan hidrogen bentuknya kygmana?

Stabilitas dengan ikatan hidrogen

pertanyaan

presentasi kimor baru

Documents