General de los jesuitas, hijo del príncipe D. Juan, duque de Atri, y de Isabel Espinelli. En 1567 entró en la Compañía de Jesús, en la cual fue profesor de filosofía, luego Rector del Seminario romano, y más tarde Provincial de Nápoles y de Roma. El año 1581 fue nombrado General de la Orden, aunque solo tenía treinta y siete años de edad y trece de religión. Dotado de eminentes cualidades que deben adornar a un superior, trabajó con gran celo por asegurar y aumentar la influencia de la Compañía, tanto en su organización interior como en las diversas naciones cristianas; a fin del año 1584 nombró una comisión compuesta de siete Padres de diferentes naciones encargadas de redactar un plan de estudios para toda la Compañía.

El resultado fue la obra famosa Ratio studiorum, que fue prohibida por la Inquisición, y no muy bien vista por algunos jesuitas que no querían sujetarse a sus opiniones. Esta obra se reimprimió en 1591, pero muy mutilada. Aquaviva envió comisionados a las islas de Chio y de Candía, a Inglaterra, Hungría, Moldavia y Sajonia, y dirigió muchas circulares y varias instrucciones utilísimas para el buen gobierno del instituto. En una palabra, gracias a su actividad y prudentes medidas, al fin de su generalato, de treinta y cuatro años, la Orden de los jesuitas contaba trece mil miembros, quinientas cincuenta casas y trece provincias.

Por esto Aquaviva fue considerado como uno de los Generales de la Orden que mostraron más sabiduría durante su administración. La Compañía de Jesús, dice D'Alembert, debe a Aquaviva la sabia organización que se puede llamar la obra maestra del espíritu humano en el terreno de la política, y que conserva hace tantos años la grandeza y la gloria de esta Orden.