Plateforme Métabolisme-Metabolome

Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010

Age :Officiellement

inaugurée en 2006

Localisation : IBP

Personnel (5) :2 IE, 1 IR, 1 AI, 1 T

(CNRS ou UPS)

Prestations : isotopiques et

métabol(om)iques

Tutelle : IFR87La plante et son environnement

ISVINRA MoulonESEIBP

Constitution de la Plateforme

1995 1999 fin 2004 2005 2006 2007 2008 2009

1er spectromètre de masse isotopique

(E. Deléens) IE U

PS 2nd spectromètre de

masse isotopique (J. Ghashghaie)

LCs et TOF-MS

(JL Prioul G. Noctor)

TOF-MS(G Tcherkez JL Prioul G

Noctor)IE C

NR

S

IE U

PS

AI

CN

RS

IR CNRS(Mvt Int.)

T C

NR

S

départ

Prestations isotopiques (IBP)

Prestations métabolome

Types d’analyses réalisées

Isotopes (13C/12C, 15N/14N):Gaz ou matière organique (EA-IRMS) ou composés purifiés (HPLC-EA-IRMS)

Extraits dérivés, dans un solvant: GC-C-IRMS. Analyses à façon uniquement.

Metabol(om)ique:Analyse TOF d’extraits dérivés, dans un solvant : GC-TOFQuantification absolue des amino-acides et pyridine

nucléotides: HPLC and UPLCAnalyse TOF d’extraits aqueux: LC-TOF.

Axées surtout sur la spectrométrie de masseTOF ou magnétique

Exercice

2006 2007 2008 2009 2010

CA

(eu

ros

an-1

)

0

10000

20000

30000

40000

50000

60000

Chiffre d’affaire

IFR87

IDF (Astre, Sesame)

BQRPraecipium ANR

PPF + other UPS

CNRS

Financement de l’équipement(cumulé sur les 6 dernières années

soit 815 000 €)

Santé financière de la Plateforme

A rajouter en 2008-2009: PRES UniverSud« Réseau métabolome »

Techniquement, l’entité financière de la Plateforme est une convention du SAIC et donc souffre du non-report des crédits d’une année sur l’autre

Utilisation du chiffre d’affaire: fonctionnement, petits renouvellements, réparations

Diffusion

Site internet

Plaquette publicitaire d’information

Séminaires et affiches de présentationJournée IFR87, Journées Inter-IFR, INRA Versailles, Réseau Français de Fluxomique,…

Affiliation des articles scientifiques

www.pmm.u-psud.fr

Démarche qualité

Plateforme sous démarche-qualitéManuel-qualité et maîtrise documentaireProcédures obligatoires ISO 9001 en placeCDD-qualiticien 2me semestre 2009 (contrat IFR)Amélioration hygiène et sécurité (en cours)

Evaluateurs de qualité positifsQuestionnaire de satisfaction client (chaque mois de Juin)Suivi de fidélité des clientsQualité scientifique : publications (2005-2009, 30 pub. indiquant la

Plateforme explicitement ou dans les acknowledgements)

Qualité technique : comparaison d’analyses (INRA Versailles, LSCE, fournisseur)

CouverturePC&E

Thématiques de recherche impliquant de près la Plateforme

- Membres du comité exécutif: opération et régulation du métabolisme primaireBilans isotopiques et respiration (J. Ghashghaie)Fluxomique du métabolisme carboné primaire et respiration (G. Tcherkez)Interactions entre métabolismes du C et N (G. Tcherkez & M. Hodges)Mécanismes réactionnels d’enzymes-clef (G. Tcherkez)Metabolomique, signalisation oxydative et régulation (G. Noctor)

-Autres équipes: caractérisations métaboliques et physiologiques, bilans de carbone des écosystèmesCaractérisation métabolique de mutants développementaux ou respiratoires (A. thaliana, Maïs, Tabac, etc.): INRA de Versailles et du Moulon, ENS-Lyon, IBP,…Bilans carbonés isotopiques à l’échelle de l’écosystème et de l’arbre: ESE, LSCE-CEA SaclayRadioprotection et diagnostic des sites nucléaires: ISRN Qualité et résistance à la sécheresse chez le blé : ArvalisDynamique de la sédimentation lacustre: Sc. de la Terre UPS

Développements envisagés

1- Optimisation informatique

Données d’acquisition métabolomique

Extraction des donnéesCompilation

Vérifications, intégrationStatistique

Résultats client

ArchivageBase de donnéesConsultable/interrogeable

Support et facilitation du traitement de données internesConsultation des plateformes partenaires

Réseau Métabolome PRES 2009(50 000 €)

2- Spectrométrie RMN à vocation métabolique (et non structurale)

IRMS : abondances naturelles, engagements métaboliques inférés, contributions de plusieurs sources de C ou N, etc.

Aspect fluxome et compositions isotopiques positionnelles: font défaut Traçage métabolique, interactions 13C/15N ou 13C/D, fluxome avec le marquage 13C, phosphorylome avec la 31P-RMN, métabolisme in vivo

Projet Sésame en cours d’évaluation (45% du montant)

55% restants à trouver !

Principaux plateaux techniques isotopiques métabolomiques fluxomiques/RMN métabolique

ULP Strasbourg

INRA/UBP Clermont

INRA Bordeaux

Univ. Bordeaux II

Univ. Nantes

-Association des différentes techniques sur une même plateforme

-La fluxomique en ferait un pôle unique francilien

INRA Versailles

Caen

Univ. Lille

CEA Grenoble

CEF Montpellier

INRA NancyINA-PG

PMM

Univ. Marseille

Univ. Rennes

Conclusion et perspectives

Plateforme qui s’est bien développée ces dernières années, notamment grâce à l’IFR87 et aux collectivités locales (équipement)

Autonome pour financer son fonctionnement (sur marge du chiffre d’affaire) mais pas pour l’équipement.

Budget pour équipements supplémentaires ou renouvellement : IFR 87 renouvelé : on verrasur projets (Astre, Sésame, PRES, etc.)devient urgent pour un spectro isotopique (qui a 20 ans)

Potentialités du label IBISA ?extrêmes difficultés d’appréhender le comité GIS-IBISA et leurs

attentes