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レポート課題 フェリチン(PDB ID:1FHA)の構造を,PDBjまたはRasMolで観察して,下記 の4本ヘリックス束部分のトポロジーモデルをFig.3-7のような図に完成させ よ.(数字はN末側からのヘリックスの順番) 1 2 3 4 N C 生体高分子構造論 α/β構造 α/β構造 1α/βバレル (TIMバレル) 2.ねじれたオープン・シート (ロスマンフォールド) 3.ロイシン・リッチ・モチーフ (LRR) 1α/β バレル (TIM バレル) 8本の平行βストランド からなる閉じたバレル と外側のαヘリックス Fig. 4-1

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  • (PDB ID:1FHA)PDBjRasMol4Fig.3-7(N)

    12 3 4

    N

    C /

    /1/

    (TIM)2

    ()3

    (LRR)

    1/ (TIM )

    8

    Fig. 4-1

  • 2

    Fig. 4-1

    410

    ()3

    Fig. 4-11

    (LRR)

    /

    (1) --(2) (3)

    --

    Fig. 4-2

    4

    1 2 3 4 4 3 1 2

    2

    --

  • 1/(TIM)

    PDB ID: 8TIM

    / (TIM)

    TIM

    Drug Metabolism Reviews 2008, Vol. 40, 553-624

    /

    Table. 4-1

    VLI 40%

  • Fig. 4-3

    /

    8

    TIM

    Fig. 4-4

    A(coenzyme A)

    PDB ID: 4REQ

  • A Fig. 4-5

    /

    /

    PDB ID: 1PKM Fig. 4-7 Fig. 4-6

    2

    PRAI

    IGPS

    PRAI

    IGPS

  • /(TIM)

    /

    Fig. 4-8

    Fig. 4-8

    RuBisCo

    RuBisCo

    PDB ID: 8RUB

  • RuBisCo

    PDB ID: 8RUB

    RuBisCo

    /(TIM)

    Fig. 4-9

  • PDB ID: 2mnr PDB ID: 1muc

    26%

    Nature 347 (1990) 692-694

    1990 Nature Publishing Group

    Nature 347 (1990) 692-694

    1990 Nature Publishing Group

    1990 Nature Publishing Group

  • Thermatoga maritima /

    Science 325: 1544-1549 (2009).

    /

    ()

    2()

    Staphylococcus epidermidis

    PDB ID: 1G59

    ()

    Fig. 4-13

    C

    Fig. 4-2

  • Fig. 4-13

    Fig. 4-14PDB ID: 1CZN

  • Fig. 4-14 PDB ID: 2aky

    Fig. 4-14 PDB ID: 2aky

    PDB ID: 2aky

  • ATP

    Fig. 4-14

    PDB ID: 2yhx

    ATP

    Fig. 4-14 PDB ID: 3pgm