panorama de l'ist pour le doctorant (épisode 2)

©Club photo et Maxime Storn

Panorama de l'Information Scientifique et Technique pour le doctorant

Episode 2

Céline Andrieu, Alain Marois – Bibliothèque Michel SerresPhilippe Eyraud – Bibliothèque du LMFA

Formation Doctorants Episode 2 - Bibliothèque 26/05/2011 2

Rappels...

Episode 1

● Se situer dans l'environnement de l'IST

● Optimiser l'utilisation des sources d'information

scientifiques et techniques

● Comprendre l'évaluation de l'information scientifique

● Mettre en place une stratégie de veille

http://bibli.ec-lyon.fr/


Ce qu'on vous propose aujourd'hui

Episode 2 :

● Gérer ses références bibliographiques et les utiliser dans

sa production, en fonction du logiciel choisi :

● Zotero

● Mendeley

● Publier et archiver sa production



Gérer ses références bibliographiques et les utiliser dans sa production



Trop de références bibliographiques

sur une idée originale de Valentin Vivier


http://blog.novoseek.com/index.php/resources/a-review-of-the-main-reference-management-softwares.html/


Gérer sa bibliographie

● S'organiser● Capitaliser● Privilégier le fond sur la forme● Partager des références, collaborer● Découvrir de nouveaux travaux ?



Des outils dédiés



Besoins* classiques...et émergents

sur une idée originale de Martin Fenner

*données 06/2010


http://blogs.nature.com/mfenner/2009/03/15/reference-manager-overview


Zotero



Zotero● Extension du navigateur Firefox + services en ligne (http://www.zotero.org)● = > Windows + Mac + Linux● Gratuit...● ...comptes « premium » si besoin● Opensource● Institutions + vaste communauté● Nombreux styles bibliographiques● Évolution rapide


http://www.zotero.org/


Zotero : l'appui institutionnel

+



Un couteau suisse



Installation de Zotero




http://www.zotero.org/


Installation : autoriser et redémarrer Firefox1

2

Comme toute extension Firefox, vous devez redémarrer votre navigateur pour finaliser l'installation

Cliquer sur Installer...

3

Une fois Firefox redémarré, Zotero apparaît dans la liste des modules complémentaires



Il vous est proposé de vous créer un compte sur le site zotero.org. Ce n'est pas obligatoire...

...mais cela vous permettra d'utiliser les fonctionnalités de synchronisation et de collaboration de l'outil



Utilisation de Zotero



Votre bibliothèque et vos marqueurs

La barre d'outils La recherche

Détail d'une référence



Zotero :: Collecter des références



Zotero :: Organiser sa bibliothèque



Zotero :: Citer des références



Zotero :: Exporter pour BibTeX



« Avant toute chose : avoir du style »

Répertoire public des styles zotero. Respecte le standards CSL1.0.

Les fichiers de styles sont chargés automatiquement (« Install »)


http://zotero.org/styles


Zotero :: Synchroniser et collaborer



La confidentialité en question

« Tout ou rien » : vous ne pourrez pas (pour l'instant) restreindre la visibilité de certaines collections; idem pour les notes



Les groupes Zotero

Les groupes permettent de partager des notices, notes et fichiers entre membre en maitrisant finement la confidentialité

Private Groups : pas de profil public; page du groupe visible pour membres invités; invisible dans les recherchePublic, Closed Membership : pqge publique possible; sur invitation ou validation d'une demandre; collections visible ou pas au sein de la bibliothèquePublic, Open Membership : adhésion libre; visibilité; pas de stockage de fichiers

3 types de groupes


http://methodoc.univ-rennes2.fr/content.php?pid=164734&sid=1390070


L'avenir de Zotero



Zotero : aide, information

Forums actifs sur Zotero.org

Zotero francophone, communauté fr autour de Zotero

Blog de Zotero

Tutoriels vidéo en ligne


http://zotero.hypotheses.org/

http://forums.zotero.org/categories/

http://www.zotero.org/blog/

http://methodoc.univ-rennes2.fr/content.php?pid=164734


Mendeley



Mendeley

● Logiciel à installer + service en ligne (http://www.mendeley.com)● Windows + Mac + Linux● Modèle de Last.fm (partage de musique)● Version beta, gratuit, mais... ●...business model en évolution, mais...●... « what is free now will remain free »● Société basée à Londres


http://www.mendeley.com/


Mendeley


http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation


Installation de Mendeley



Téléchargement : option 1

Par défaut, téléchargement suite à l'initialisation d'un compte


http://www.mendeley.com/


Téléchargement : option 2

Il est aussi possible d'installer l'outil sans créer de compte à priori

Mendeley est disponible sur de nombreuses plateformes



Installation : les plugins Word et OpenOffice1 2

34

Compatibilité Word 2003 - 2007

Compatibilité OpenOffice



Vue d'ensemble de l'interface « Desktop »

Collections, collections partagées, corbeille

Filtres (auteurs, journaux, tag, mots clés auteur)

Liste des références

Détails, tag et annotations, références citées

Moteur de rechercheBarre d'outils



Créer sa bibliothèque de références



Ajouter des références : via Mendeley Desktop

Différentes stratégies :● Ajout d'un document ou d'un répertoire de documents● « Watch a folder », pour l'import automatique de PDF● Ajout de références au format EndNote, BibTeX, RIS, etc.

Ajout par « glisser-déposer » de fichiers PDF...

...et Mendeley extraira les descriptions du document PDF automatiquement



Ajouter des références : utiliser l'import web

Un simple lien placé dans la barre d'adresse permet d'importer directement des résultats de recherche à partir des sites compatibles

Choisir les références dans la fenêtre dédiée, annoter, ajouter des tag

1

2



Compatible avec Firefox, Chrome, Safari, Internet Explorer...

Import web : installation et compatibilité

Les principales sources d'information scientifique

http://www.mendeley.com/import


http://www.mendeley.com/import


Synchronisation de sa bibliothèque de références

Synchronisez votre bibliothèque Mendeley Dekstop avec votre compte en ligne

Gestion et édition en ligne de vos références



Si vous disposez d'un lot de fichiers PDFIndiquez le dossier à importer contenant les PDF

L'importation se déroule automatiquement et les références correspondant aux documents PDF apparaissent

Mendeley va chercher les informations décrivant les documents dans les bases de données d'information scientifique

1

3

2



Si vous venez de EndNote

1

Exporter en Xml, ou .txt avec le style RefMan(RIS)

Sélectionner les références à exporter

2

Dans Mendeley, choisir le format d'import RIS ou EndNote Xml suivant le format d'export EndNote

De la même manière, Mendeley peut importer des listes de références aux formats BibTeX, Zotero.sqlite, OVID,...



Gérer sa bibliothèque de références



Des fonctions de gestion simples et utiles

Affichez le PDF attaché à la référence pour lecture

Les références peuvent être marquées comme « à lire », « lues », « favorites »

Créez vos propres collections

Filtrez vos listes de références de façon aisée

Triez rapidement vos listes en cliquant sur les entêtes de colonne

Collections créées par défaut : ●Toutes les références●Ajouts récents●Mes favoris●Références à vérifier●Mes publications●Publications non classées



Recherche incrémentielle et suggestion de recherche

Mise à jour de la liste de résultats au cour de la frappe

Recherche dans les références et les PDF de toutes les collections

Mise en contexte et surlignage des termes recherchés

Suggestion de termes au court de la frappe



Utilisation avancée du moteur de recherche

champs:terme à rechercher

Exemples : ● author:harnad● keyword:Bacteria● publication:nature● tag:tools● title:« open access »



PDF : lecteur intégré et recherche de mots-clés

Surlignage du terme recherché dans le PDF

Outils d'exploitation avancée : notes, surlignage manuel, lecture plein écran, etc.

Ouverture des PDF dans des onglet dédiés



PDF : surlignez et annotez vos documents

Annotation (avec auteur et date) Notes générales

Passage surligné manuellement

Listes des annotations avec leurs liens pour une navigation aisée



Classez et renommez automatiquement vos fichiers

L'outil de gestion des fichiers et ses options

Classement et nommage paramétrables

Tools > Option > File Organizer



Classez et renommez automatiquement vos fichiers

Fichiers organisés automatiquement en arborescence

PDF (et autres fichiers) joints renommés



Prenez soin de vos métadonnées : homogénéisation des noms de journaux, auteurs, tag, etc.

Passage surligné manuellement

Les entrées d'index peuvent être glissée-déposée les unes sur les autres pour homogénéiser leurs valeurs

Mendeley modifie automatiquement les références en conséquence

1

2



Citer en utilisant ses références



Citer dans Word et OpenOffice 1/2

Placer son curseur à l'emplacement de l'appel de citation dans votre texte

Cliquer sur « Insert Citation » dans la barre d'outil Mendeley de Word

Dans Mendeley, choisir la référence à citer

1

2

3



Citer dans Word et OpenOffice 2/2

L'appel de citation est intégré au format choisi à l'emplacement du curseur

Cliquer sur « Send Citation to Word »

4

5



Éditer une bibliographie dans Word ou OpenOffice

Finaliser son texte avec tous les appels de citation

Positionner son curseur à l'endroit où doit figurer la bibliographie

Cliquer sur « insert Bibliography »

Choisir un style bibliographique

La bibliographie est générée automatiquement

Vous pouvez changer le style : le document se met à jour

1

2

3



Produire une simple liste de références formatées

Sélectionnez des références

Déplacez les dans votre document (« drag & drop »)

La liste est au format sélectionné

Cela fonctionne aussi par copier-coller



Un vaste choix de styles bibliographiques

Ooo : « Choose Citation Style » Word : « Other citations from Mendeley »

Recherchez et sélectionnez un style



Utiliser LaTeX / BibTeX : options de synchronisation de la bibliothèque de références

Tools > Options > BibTeXPrise en compte de caractères spéciaux

Mise à jour automatique du fichier .bib

Un ou plusieurs fichiers. On peut imaginer le mettre sur un dossier partagé...Clés BibTeX éditables si besoin

référence par référence



Partager, collaborer, s'intégrer à une communauté en gérant son identité

numérique



Rendre une collection publiqueLes critères de publication des collections sont paramétrables pour chacune d'entre elles indépendamment des autres

Rendez vos collections publiques via « Edit Settings »

D'autres usagers pourront s'abonner à vos collections publiques. Vos modifications seront répercutées dans les Mendeley Desktop des autres membres abonnées. Les membres abonnées à une collection sont visibles, ainsi que l'auteur d'une collection



Créer une collection partagée pour collaborer

Une collection partagée entre membres n'est visible uniquement que par ses membres. Vous pouvez inviter vos contacts à partager une collection que vous avez créée.Les références sont alors visibles et modifiables par tous les membres partageant la collection.Les fichiers PDF peuvent être mis en commun et annotés collaborativement.



Compléter son profil et sa liste de publications : l'identité numérique du chercheur

CV du chercheur

Liste des publications du chercheur, mise à jour via une collection Mendeley

Contacts du chercheur

Collections publiques du chercheur

Contacter ce chercheur

Statistiques sur ce chercheur



Mendeley : un réseau social pour les chercheurs ?

“

”

We define social network sites as web-based services that allow individuals to (1) construct a public or semi-public profile within a bounded system, (2) articulate a list of other users with whom they share a connection, and (3) view and traverse their list of connections and those made by others within the system.

Boyd, D.M., et N.B. Ellison. Social network sites: Definition, history, and scholarship. Journal of Computer-Mediated Communication 13, 2007, 210-230. Available from world wide web: <http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html>.

“

”


http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html%3E


Paramétrer la confidentialité de son profil

Plusieurs niveaux de confidentialité

Se tenir informé



Valoriser son travail bibliographique et son expertise

Inclure un bouton vers son profil dans votre signature de courriel ou sur son blog de chercheur

Créer par simple copier-coller une liste de publication mise à jour automatiquement



Trouver de l'aide


http://www.mendeley.com/getting-started/


Mendeley : participer, suivre l'évolution

Suivre les mises à jourSuggérez

Votez

Etat

Commentez


http://feedback.mendeley.com/forums/4941-mendeley-feedback


>

Statistiques et sérendipité

Données globales

Données par disciplines

Articles les plus lus

Auteurs les plus lus



JabRef



Installation

Télécharger la dernière version stable

Choisir son fichier d'installation

Nécessité d'avoir le logiciel Java installé

1

2


http://jabref.sourceforge.net/


Langue d'utilisation

Profitez du français !!

Options → Preferences



Ouvrir un fichier .bib

Intégrer une base bibtex



Visualiser une base

Onglet « bases »

Visualisation de la notice

Fichier source bibtex



Créer une nouvelle entrée manuellement

Ajout d'une notice à la main

Format de notice selon type de document



Créer une nouvelle entrée manuellement

Baguette magique : création automatique de la clé bibtex



« Recherche internet »

Interrogation de bases sur internet...depuis JabRef

Rapatriement automatique des notices

1

2



Finalement, quel outil choisir ?

Voir Cadiou, C. & Sarah-Blin, S., 2010. Principaux logiciels de gestion bibliographiques utilisés au Cemagref : récapitulatif des avantages et inconvénients. Available at: http://tinyurl.com/RefMagSoftCompareCadiou2010 [Consulté mai15, 2011].


http://tinyurl.com/RefMagSoftCompareCadiou2010


Les «+»● compatible avec Windows, Linux et Mac● gestion des fichiers joints● création de groupes de références● accès aux bases par onglets Les « - » ● encore quelques soucis avec Open Office● pas de partage de données● l’interface reste moins intuitive que celle des autres logiciels● pas de gestion des doublons● importation irrégulière à cause de la répartition des champs en onglets (le contenu d’un champ vide peut se retrouver dans BibTeX)

JabRef

Cadiou, C. & Sarah-Blin, S., 2010


https://ist.cemagref.fr/outils-guides-et-formations/endnote-et-autres-logiciels/LogicielsGestionBiblio-recapitulatifjuin2010.pdf


Les «+»● La capture de pages web très facile, le téléchargement de PDF et la compatibilité avec de nombreux catalogues et bases de données ● Outil gratuit et open source● Requêtes dynamiques● Chronologie, rapport, liste biblio : faciles à éditer● Accès distant : synchronisation possible d’une base sur un serveur de Zotero ou sur un serveur interne WebDav Les « - » ● L’interface pourrait être améliorée● Espace de stockage limité à 500 Mo par compte gratuit sur serveur● On ne peut gérer qu’une bibliothèque et on ne peut pas synchroniser ou partager une sous-collection● Liens avec traitement de texte pas toujours très fiables

Zotero





Les «+»● Interface claire et intuitive● Le collaboratif avec «Shared Collection»: partage d’une sélection de références et de leurs documents attachés● Tags personnalisés● Gestion des PDF performante (moteur de recherche, annotations...) ● Consultation, édition, et alimentation en ligne de la base● Réseau social, partage avec la communauté de chercheurs Les « - » ● Espace de stockage limité à 500 Mo par compte● Pas plus de 10 participants par "SharedCollection"● Pas de détection des doublons● Pas de gestion et création de styles élaborée● Les nouvelles fonctionnalités ou capacités de stockage sont payantes

Mendeley





Publier et archiver sa production



Droit d'auteur ?

● Vos droits par rapport à votre éditeur et vos lecteurs

● Vos devoirs envers les auteurs que vous citez

● Protection des œuvres littéraires et artistiques, sur tout

support (œuvre originale et mise en forme pour être

communiquée)

● Droits moraux / Droits patrimoniaux



Droits moraux

● Perpétuels, transmissibles aux héritiers

● Droit de paternité : revendiquer la paternité de l’œuvre

et exiger la mention de son nom lors de l'exploitation

(citation)

● Droit de divulgation, de présentation au public et au

respect de l’œuvre



Droits patrimoniaux

● Droit de reproduction : autoriser ou non la

reproduction d'une œuvre, sa traduction, son adaptation

● En contrôler sa distribution, importation, reproduction ,

citation, prêt.

● Droit de représentation

● Rémunération de l'auteur



Droits patrimoniaux

● L'auteur peut par contrat céder ses droits patrimoniaux

ou consentir une licence à un tiers (éditeur) :

rémunération de 5 à 15 %

● Pas de rémunération pour la rédaction d'un article ou

d'un ouvrage collectif (cession gratuite souvent tacite)



Alternative : licences Creative Commons

● Logique inverse : quelques droits réservés (choix de

l'auteur)

● En accord parfait avec le principe du libre accès

● Licences perpétuelles (70 ans après la mort de l'auteur)

et irrévocables (on ne peut revenir sur la licence

accordée)



Creative Commons 101 ● 4 attributs combinables, 6 contrats différents :

● BY : attribution, paternité (droit moral)

● NC (Non Commercial) : pas d'utilisation commerciale de

l’œuvre dérivée

● ND (No Derivate works) : reproduction sans

modification

● SA (Share Alike) : partage aux conditions identiques



Licences Creative Commons



Licences Creative Commons


http://creativecommons.org/


La production scientifique de l'ECL

Toutes les informations sur le dépôt et la rédaction de la thèse


http://bibli.ec-lyon.fr/index.php?rubrique=prodSci


Circuit de la thèse

Vade-mecum : circuit de la thèse


http://bibli.ec-lyon.fr/documents/vademecum-1.pdf


Valoriser sa production dans une archive ouverte



HAL (Hyper Articles en Ligne)

Se créer des alertes

Les derniers dépôts par discipline


http://hal.archives-ouvertes.fr/


● « Archive ouverte » pluridisciplinaire destinée au dépôt et à la diffusion de documents● => communication scientifique directe● Donne libre accès à l’information scientifique et technique

Types de documents présents dans HAL : ● Publications dans des revues à comité de lecture● Conférences invitées dans des congrès● Proceedings à comité de lecture● Publications dans des revues sans comité● Communications à des congrès, symposiums● Séminaires, workshops● Chapitres dans les ouvrages● Livres et ouvrages● Thèses...

HAL (Hyper Articles en Ligne)



Accessibilité + visibilitéConsultation et dépôt ouverts à tousVisibilité scientifique internationale :

● du chercheur● du laboratoire● de l’établissement ou de l’institution● des équipes de recherches par rapport aux financeurs (ANR…)

Dépôt fortement préconisé par l’ECL et le CNRS

Simplicité + pérennitéDépôt simple et rapide : un auteur archive pour les co-auteursPossibilité d’ajout de nouvelles versions du documentPérennité et stabilité des URL (Archivage des données au CINES)

Pourquoi déposer dans HAL ?



Intérêt pour la publicationTaux de citation plus élevé pour un article déposé dans une archive ouverteAccroissement du facteur d’impact de la revueAugmentation du cycle de vie de l’articleExtraction et export de bibliographie (rapport d’activité…)Dépôt simultané dans arXiv

Plagiat / Responsabilité scientifiqueLe dépôt permet :● de garantir la paternité de l’œuvre ● de prendre dateResponsabilisation du déposant (aucun dépôt ne peut être retiré)Validation de la teneur scientifique et technique du document

Pourquoi déposer dans HAL ?



● Pre-print : version auteur d'un article avant évaluation par les pairs (document de travail ou document soumis pour publication)

● Post-print : version auteur finale d’un article après évaluation par les pairs (généralement acceptée pour publication)

● Pdf éditeur : version publiée par l'éditeur sur son site, avec mention du titre du journal

Les différentes versions d'un document scientifique



Politique des éditeurs scientifiques sur le dépôt dans HAL SHERPA RoMEO


http://www.sherpa.ac.uk/romeo/


Des couleurs sont attribuées aux éditeurs selon les droits de dépôts accordés aux auteurs :● vert : pré-print et post-print ou pdf éditeur● bleu : post-print ou pdf éditeur● jaune : pré-print● blanc : archivage non accepté

Dépôt ?

Editeur

Editeur Vert

Pré-print

Editeur Vert

Post-print

Editeur VertPdf éditeur

Editeur BlancDépôt non

accepté

AIAA X

AIP X X X*

ASME X

Cambridge X X X**

Elsevier X

IEEE X X X

IOP X X

Springer X X

Wiley X X

*Sur site perso ou institutionnel uniquement

** 1 an d’embargo

Politique des éditeurs scientifiques sur le dépôt dans HAL SHERPA RoMEO



Déposer dans HAL : vérification, authentification, inscription

Après vérification● du droit accordé par l'éditeur● de l'accord des co-auteurs● que l'article n'est pas déjà déposé

Interroger sur les documents en texte intégral

1

23



Déposer dans HAL : saisie des « métadonnées »



Déposer dans HAL : saisie des auteurs



Déposer dans HAL : dépôt des fichiers



Déposer dans HAL : confirmation par e-mail après vérification humaine



Questions ?

Céline Andrieu 04.72.18.67.44 [email protected] Marois 04.72.18.64.50 [email protected]

Philippe Eyraud 04.72.18.65.00 [email protected]


mailto:[email protected]




Ressources

● Hull, Duncan, Defrosting the Digital Library: A survey of bibliographic tools for the next generation web. [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur

le world wide web :

<http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web>.

●Hull, Duncan, Steve R Pettifer, et Douglas B Kell. Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS

Comput Biol 4, Octobre 2008, e1000204+. Disponible sur le world wide web : <http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204>

● Mendeley Teaching Presentation [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur le world wide web :

<http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation>

● Reiswig, Jennifer. Mendeley. 98, Avril 2010, 193-194. PubMed Central Link. [cité 31 Mai 2010]. Disponible sur le world wide web :

<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/>

● Readwriteweb, Curt Hopkins Of. Mendeley Throws Open the Doors to Academic Data. The New York Times Avril 2010. [cité 31 Mai 2010].

Disponible sur le world wide web :

<http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html>

● Henning, Victor, et Jan Reichelt. Mendeley - A Last.fm For Research? Dans eScience, IEEE International Conference on, Vol. 0 of, 327-

328, [Los Alamitos, CA, USA]: IEEE Computer Society, 2008

●Pochet, Bernard. La rédaction d’un article scientifique. Petit guide pratique adapté aux sciences appliquées et sciences de la vie à l’heure

du libre accès. [Gembloux (Belgique)]: Les Presses agronomiques de Gembloux, 2009 [cité 24 mai 2011]. Disponible sur le world wide web:

<http://orbi.ulg.ac.be/handle/2268/24998>.


http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web

http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204

http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/

http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html

http://orbi.ulg.ac.be/handle/2268/24998

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synchronisation et

et mergents

en fonction

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