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Plateforme d’Analyse des Glycoconjugués PAGés
Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 du CNRS (Dir. Pr C. D’Hulst)
http://plateforme-pages.univ-lille1.fr/
Journée Plateformes de la FRABio Décembre 2015
Les Plates-formes : définition officielle (IBiSA)
Une plate-forme est le regroupement sur un même site des équipements et des moyens humains destinés à offrir à une
communauté d’utilisateurs des ressources technologiques de haut niveau
PAGés
Présentation PAGés à la journée plateforme à la FRABio Décembre 2015
PLATEFORME DE COMPÉTENCES AU SERVICE DES
LABORATOIRES DE RECHERCHE
ANALYSES DE GLYCANNES ET GLYCOCONJUGUÉS
GLYCOMICS
PAGés fait partie de la Plateforme de Protéomique et Spectrométrie de Masse des Plateformes Lilloises de Biologie et Santé (projet IDEX)
Glycothèque
COMPÉTENCES I : LES OUTILS
PAGés (Bat C9 215)
HPLCs
(classique et µLC et nLC)
(C9)
Sites Internet
Spectromètres de masse
LC-MS (amazon speed)
GC-MS (quadripole)
MALDI-TOF-TOF (2016)
(C9)
Chromatographes GC
(C9) Plateforme
RMN
IR-THC-RMN
(C4)
Chimie des sucres
(C9 217)
Plateforme Spectrométrie
de masse
(C4)
http://www.plateforme-pages.univ-lille1.fr
http://www.glycobase.univ-lille1.fr
Chromatographies gaz, liquides
(B. Coddeville, Y. Guérardel, F. Krzewinski, E. Maes, N. Yamakawa)
PAGés Resp. Sci. : Y. Guérardel
Resp. Tech. : E. Maes
Formations (B. Coddeville, Y. Guerardel, F. Krzewinski,
E. Maes, N. Yamakawa)
8 personnels Bernadette Coddeville (IGR)
Yann Guérardel (DR) Frédéric Krzewinski (MCF)
Emmanuel Maes (IR) Dounia Mouajjah (IE) Olga Plechakova (IGR) Martine Ratacjzak (IE)
Xavier Trivelli (IGR) Nao Yamakawa (IE) Spectrométrie de
masse (B. Coddeville, Y. Guérardel, F.
Krzewinski, E. Maes, D. Mouajjah, N. Yamakawa)
RMN (Y. Guérardel, E. Maes, X.
Trivelli)
Chimie des Sucres (B. Coddeville, Y. Guérardel, F.
Krzewinski, E. Maes, N. Yamakawa)
COMPÉTENCES II : LES PERSONNELS
« Bio» Informatique (O. Plechakova, E. Maes, F. Krzewinski)
Achat MALDI TOF/TOF 2016
IR-RMN THC
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Administratif M. Ratacjzak, F. Krzewinski, E.
Maes, Y Guérardel
Démarche Qualité tous
HPLC
Ab
s 2
06
nm
Séparation moléculaire Purification
Analyses
RMN Spectrométrie de masse GC-MS
Phases normale, inverse, ionique …
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CHROMATOGRAPHIES EN PHASE GAZEUSE
Echantillon
Modifications chimiques
Composition en monosaccharides Analyses de liaisons
GC-FID
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SPECTROMÈTRES DE MASSE : « GLYCOMICS MATCHED »
AmaZon Speed EDT (Bruker®) infusion ou couplé à une nano et une micro-LC
GC –MS/MS Thermofischer (2KDa)
Echantillon (natif ou permethylé)
Echantillon dérivé chimiquement
monochargé dichargé
Ex : Hex6GNAc2 perMethylé
extraction
attribution
Séquence Masse moléculaire
Composition Analyse de liaisons
GC-TIC MS
SPECTROMÈTRES DE MASSE DU PLATEAU DE LILLE1
4800 plus MALDI TOF/TOF
Echantillon
Masse moléculaire
Séquences
Natifs ou permethylés
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SPECTROMÈTRES DE RMN DE LA PLATEFORME
LILLE1
RMN800 du CCM
+ + + + = 21,223 (+/- 0,02) Indice
SOACS-ol
Déplacements chimiques
Détermination de la séquence glycannique
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RMN800 du CCM
RMN400 du CCM
CHIMIE DES SUCRES
Dérivations des sucres
Hydrolyses
Modifications
Dégradation enzymatiques ou chimiques
…
Analyses
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SITES INTERNET
PAGÉS (I)
Informations actualisées
Partie indispensable : Cœur des activités PAGés
Archives des articles publiés sur le site, informations générales etc…
Informations générales
EXTRANET
INTRANET
IBiSA Institutionnels Partenaires
SITES INTERNET PAGÉS (II) DÉMARCHE QUALITÉ
INTRANET
Suivi des dossiers en temps réel
Informations relatives au
travail en cours
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SITES INTERNET PAGÉS (III) DÉMARCHE QUALITÉ
Client
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SITES INTERNET PAGÉS (IV) STATISTIQUES AU 20/11/15
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SITES INTERNET GLYCOBASE (I)
Base de données de spectres RMN et sa Glycothèque associée
Partenaires
FR3688
Emmanuel Maes (UMR8576) Examen professionnel pour le grade IRHC, Meudon, novembre 2014
SITE INTERNET GLYCOBASE (II)
Base de données de spectres RMN et sa Glycothèque associée
PRINCIPE ET APPLICATIONS
La Glycobase est connectée avec le consortium GlycomeDB et elle utilise la nomenclature de
l’autre banque de données de référence la Sweet-DB.
Format écriture séquence
international (glycome DB,
BCSDB…)
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ADMINISTRATIF (I) FONCTIONNEMENT
Privés Académiques Externes
Internes
Prestations
Contrats de collaboration Collaborations
Collaborations Développements
technologiques
La charte d’utilisation de la plateforme est disponible sur le site Internet !
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ADMINISTRATIF (II) FONCTIONNEMENT
Externes
1- Demande
Fiche Projet
Q
F
Q
2- Réflexion interne
2.1 - Oui/Non
2.2 - Répartition
2.3 - Devis sur coûts complets
3- Proposition devis n° PAGXXXXX
4- Contrat 5- Rapport
L’attribution d’un N° PAGXXXXX est utilisé pour tous les mouvements d’informations entre les personnels PAGés et entre PAGés et le client !
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ADMINISTRATIF (III) FONCTIONNEMENT
Internes
1- Demande d’analyse et/ou
Fiche Projet
Q
F
Q
2- Réflexion interne
21 - Oui/Non
22 – Répartition entre les
personnels
23 – Estimation des coûts,
sans facturation
3- Accord de prise
en charge N° PAGXXXXX
4- Rapport
L’attribution d’un N° PAGXXXXX est utilisé pour tous les mouvements d’informations entre les personnels PAGés et entre PAGés et le client !
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