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Package miceJuly 27, 2018

Type Package

Version 3.3.0

Title Multivariate Imputation by Chained Equations

Date 2018-07-27

Maintainer Stef van Buuren

Depends methods, R (>= 2.10.0), lattice

Imports broom, dplyr, grDevices, graphics, MASS, mitml, nnet,parallel, Rcpp, rlang, rpart, splines, stats, survival, utils

Suggests AGD, CALIBERrfimpute, DPpackage, gamlss, lme4, mitools, nlme,pan, randomForest, Zelig, BSDA, knitr, rmarkdown, testthat,HSAUR3, micemd, miceadds, tidyr

LinkingTo Rcpp

Description Multiple imputation using Fully Conditional Specification (FCS)implemented by the MICE algorithm as described in Van Buuren andGroothuis-Oudshoorn (2011) . Each variable hasits own imputation model. Built-in imputation models are provided forcontinuous data (predictive mean matching, normal), binary data (logisticregression), unordered categorical data (polytomous logistic regression)and ordered categorical data (proportional odds). MICE can also imputecontinuous two-level data (normal model, pan, second-level variables).Passive imputation can be used to maintain consistency between variables.Various diagnostic plots are available to inspect the quality of theimputations.

License GPL-2 | GPL-3

LazyLoad yes

LazyData yes

URL http://stefvanbuuren.github.io/mice/ , http://www.stefvanbuuren.nl, http://www.multiple-imputation.com

BugReports https://github.com/stefvanbuuren/mice/issues

RoxygenNote 6.0.1

1

http://stefvanbuuren.github.io/mice/http://www.stefvanbuuren.nlhttp://www.multiple-imputation.comhttps://github.com/stefvanbuuren/mice/issues

2 R topics documented:

NeedsCompilation yesAuthor Stef van Buuren [aut, cre],

Karin Groothuis-Oudshoorn [aut],Alexander Robitzsch [ctb],Gerko Vink [ctb],Lisa Doove [ctb],Shahab Jolani [ctb],Rianne Schouten [ctb],Philipp Gaffert [ctb],Florian Meinfelder [ctb],Bernie Gray [ctb]

Repository CRANDate/Publication 2018-07-27 10:10:03 UTC

R topics documented:.pmm.match . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5ampute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6anova.mira . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9appendbreak . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10as.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11as.mira . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12as.mitml.result . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13boys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14brandsma . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15bwplot.mads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17bwplot.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18cbind.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21cc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23cci . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24complete . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24construct.blocks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26D1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27D2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28D3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28densityplot.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29employee . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32estimice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33extractBS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34fdd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34fdgs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37fico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38fix.coef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39flux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40fluxplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42getfit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43getqbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

R topics documented: 3

glm.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45ibind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46ic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47ici . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48is.mads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48is.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49is.mipo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49is.mira . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50is.mitml.result . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50leiden85 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51lm.mids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51mads-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53make.blocks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54make.blots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55make.formulas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56make.method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57make.post . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58make.predictorMatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59make.visitSequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59make.where . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60mammalsleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61md.pairs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62md.pattern . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63mdc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64mice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66mice.impute.2l.bin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72mice.impute.2l.lmer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73mice.impute.2l.norm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75mice.impute.2l.pan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76mice.impute.2lonly.mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78mice.impute.2lonly.norm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80mice.impute.2lonly.pmm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82mice.impute.cart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84mice.impute.jomoImpute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85mice.impute.lda . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87mice.impute.logreg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88mice.impute.logreg.boot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90mice.impute.mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91mice.impute.midastouch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92mice.impute.norm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94mice.impute.norm.boot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96mice.impute.norm.nob . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97mice.impute.norm.predict . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98mice.impute.panImpute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99mice.impute.passive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101mice.impute.pmm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102mice.impute.polr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104mice.impute.polyreg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

4 R topics documented:

mice.impute.quadratic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107mice.impute.rf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109mice.impute.ri . . . . . . . . . . . . . . . . .