25. Yıl Etkinliği

www.btec.metu.edu.tr

ODTÜ Biyoteknoloji

Editor: Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

14 Kasım 2014

i

ÖNSÖZ

Değerli Biyoteknoloji EABD Öğretim Üyeleri, Mezunlarımız ve Sevgili Öğrencilerimiz,

Bildiğiniz üzere, EABD’mız, Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Biyoloji, Kimya, Kimya

Mühendisliği, Gıda Mühendisliği ve Çevre Mühendisliği Bölümlerinin katkılarıyla 1989

yılında disiplinlerarası ve lisansüstü bir program olarak kurulmuĢ, yüksek lisans ve doktora

programları ile bugüne kadar gelmiĢtir. BaĢlıca uygulama alanları olan sanayi, tarım, tıp/ilaç

ve çevre alanlarında gerek Ülkemizde gerekse Dünya’da biyoteknoloji çalıĢmaları giderek

önem kazanmıĢ ve yeni yaklaĢımlar ile farklı boyutlara taĢınmıĢtır. ODTÜ Biyoteknoloji

EABD olarak, bizler de bu geliĢime ayak uydurarak, bu alanlardaki uygulamalara yönelik

Ülkemizin ihtiyacı olan mezunlar yetiĢtirmek ve Biyoteknoloji araĢtırmalarına katkı sağlamak

adına özverili bir Ģekilde uğraĢmakta ve emek vermekteyiz.

2014 yılının, Biyoteknoloji EABD’nın kuruluĢunun 25. yıldönümü nedeniyle, kuruluĢundan

bu güne kadar Bölümümüzün gerek ulusal gerekse uluslararası ölçekli araĢtırma/çalıĢmalara

yaptığı katkıları özetleyen bu kitapçığı hazırladık. Böyle bir dökümanın, tüm üye, mezun ve

öğrencilerimize ıĢık tutacağına, gelecekte yapılacak çalıĢmalara yön vererek ivme

kazandıracağına ve EABD’mızı daha da iyi bir yere taĢıyacağına inanıyoruz.

25 Yıldır Biyoteknoloji EABD’mıza katkı veren ve bundan sonrada verecek olan herkese

sonsuz teĢekkürlerimizle ve saygılarımızla,

ODTÜ Biyoteknoloji EABD Yürütme Komitesi Üyeleri

Prof. Dr. Filiz B. Dilek Prof. Dr. Nesrin Hasırcı Prof. Dr.Ġnci Eroğlu

Doç. Dr. ÇağdaĢ Son Doç.Dr. Deniz Çekmecioğlu Doç.Dr. Can Özen

ii

Editörün Notu

ODTÜ Biyoteknoloji EABD’nda 25 yıl geçirmek ve geçen yıllar içinde Bölümümüzün çok

güzel ürünlerini bir anlamda meyvalarını görmek, benim için olduğu kadar eminim ki diğer

meslektaĢlarım için de büyük bir onurdur. ‘25.Yıl’ımızı kutlamak için bir etkinlik

düzenleyelim’ fikri ortaya çıktığı an hepimiz çok heyecanlandık. Amacımız, ‘ODTÜ-

Biyoteknoloji’ paydaĢlarının tümünü mütevazi bir etkinlik çerçevesinde bir araya getirmek,

küçük bir kitapcık ile ‘geçmişte neler olmuş – şu anda neler varmış’ konularında biraz bilgi

vermekti.

ġu anda ODTÜ içinde bulunan öğretim üyelerimizin çalıĢma konularını web sayfalarından

aldık, belli bir düzene koyduk ve pdf dosyası olarak onların onayına sunduk. Pek çok öğretim

üyemiz bize geri dönüĢ yaptı ve bazı değiĢiklikler istedi. Bir kısmı istemlerini bana, bir kısmı

asistanlarımıza ilettiği için bir karıĢıklık yaĢadıysakta tüm düzeltme, ekleme veya çıkartmaları

yaptığımızı sanıyorum. Eğer gözümüzden kaçan, eksik bıraktığımız veya düzeltmediğimiz bir

durum varsa lütfen kusurumuza bakmayın.

‘Bölümümüzün tarihçesini yazalım’ dediğimizde, 25 yıl öncesine ait belgelere ulaĢmak

tahmin edebileceğiniz gibi pek de kolay olmadı. Fen Bilimleri Enstitüsü, Rektörlük, Bölümler

ve kiĢisel arĢivler tarandı. O tarihlerde idareci olan ve çeĢitli toplantılara katılan

meslekteĢlarımız ile konuĢuldu. Toplayabildiğimiz dökümanları bu kitapta sizlere sunduk.

‘Ekler’ kısmında göreceğiniz belgelerin çok büyük kısmı Prof. Dr. Vasıf Hasırcı’nın

arĢivinden alınmıĢtır. 25 hatta 30 sene önceye dayanan dosyalarını dolaplardan çıkarıp

dökümanlarını önüme koyduğu ve tüm belgelerini benimle paylaĢtığı için kendisine

Ģükranlarımı sunuyorum.

Ayrıca, elinizdeki kitabın hazırlanmasında bana yardım eden ve yoğun emek harcayan

Biyoteknoloji EABD asistanlarımızdan özellikle Derya Gökçay, Adnan Yaramış, Evrim

Elçin ve A. Hamit Battal’a çok teĢekkür ediyorum.

Kitabın hazırlanmasından ayrı, 25.yıl etkinliğinin baĢarılı geçebilmesi amacıyla, afiĢ

hazırlığından yaka kartına kadar her türlü koĢuĢturma iĢlerini yürüten ve büyük özveri ile

çalıĢan Biyoteknoloji Laboratuvarı uzmanı Dr. Tamay Şeker’e, Bölüm asistanlarımız Ayten

Eroğlu, Fadime Kara Murdoch, Damla Arslantunalı, Taner Tuncer, Mehmet Sefa Ulutaş,

Mustafa Çiçek ve Mustafa Nakipoğlu’na, Yürütme Komitesi adına çok teĢekkür ediyorum.

Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

Yürütme Komitesi, Kimya Bölümü Temsilcisi

iii

İÇİNDEKİLER

BÖLÜMÜMÜZÜN TARİHÇESİ ......................................................................................................................... 1

ÖĞRENCİ LİSTELERİ ........................................................................................................................................ 6

DOKTORA MEZUNLARI ................................................................................................................................. 6

YÜKSEK LĠSANS MEZUNLARI .................................................................................................................... 10

KAYITLI ÖĞRENCĠLER ................................................................................................................................. 21

YAYIN BİLGİLERİ ........................................................................................................................................... 22

YAYIN GRAFĠKLERĠ ...................................................................................................................................... 22

YAYIN LĠSTESĠ ............................................................................................................................................... 24

BÖLÜM BAġKANLARI ...................................................................................................................................... 58

ÖĞRETĠM ÜYELERĠ .......................................................................................................................................... 59

ÖĞRETĠM ÜYELERĠ BĠLGĠLERĠ ....................................................................................................................... 61

ARAŞTIRMA GRUPLARI ............................................................................................................................... 114

ODTÜ BĠTKĠ BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU ................................................................................................ 115

ODTÜ BĠYOHĠDROJEN ARAġTIRMA GRUBU ......................................................................................... 119

BĠYOMALZEME VE DOKU MÜHENDĠSLĠĞĠ ARAġTIRMA GRUBU (BIOMAT) ................................. 123

ÇEVRE BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU ......................................................................................................... 127

ODTÜ MERKEZ LABORATUVARI ........................................................................................................... .131

BAZI ÖĞRETİM ÜYELERİNİN ÇALIŞMALARI ....................................................................................... 151

EKLER ............................................................................................................................................................... 151

EK 1 ................................................................................................................................................................. 151

EK 2 ................................................................................................................................................................. 163

EK 3 ................................................................................................................................................................. 171

EK 4 ................................................................................................................................................................. 172

EK 5 ................................................................................................................................................................. 173

EK 6 ................................................................................................................................................................. 175

EK 7 ................................................................................................................................................................. 177

EK 8 ................................................................................................................................................................. 179

EK 9 ................................................................................................................................................................. 180

EK 10 ............................................................................................................................................................... 181

EK 11 ............................................................................................................................................................... 182

EK 12 ............................................................................................................................................................... 189

EK 13 ............................................................................................................................................................... 196

EK 14 ............................................................................................................................................................... 198

EK 15 ............................................................................................................................................................... 202

1

Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitü Anabilim Dalı

Bölümümüzün Tarihçesi

1989 - 2014

Orta Doğu Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji Anabilim Dalı, 1989 yılında,

ODTÜ içindeki beĢ bölümün katkısı ile disiplinler arası lisansüstü bir program olarak kurulmuĢtur.

Programa katkı veren bölümler, Fen-Edebiyat Fakültesinden Biyoloji ve Kimya ile Mühendislik

Fakültesinden Çevre Mühendisliği, Gıda Mühendisliği ve Kimya Mühendisliği bölümleridir.

‘Geleneksel biyoteknoloji’nin, yani bakteri, maya, mantar kullanımı ile fermentasyon teknolojileri

uygulayarak yoğurt, peynir, alkol, ekmek gibi gıda malzemelerinin üretimi çok eski çağlara uzanmakla

birlikte, „Modern biyoteknoloji’nin önem kazanması ancak 20.yüzyılda olmuĢtur. 1940‟lı yıllarda,

deoksiribonükleik asidin (DNA) keĢfedilmesi „Genetik Bilimi‟nin baĢlangıcını oluĢturmuĢ ve 1950

sonrası yıllarda pek çok laboratuvar genetiği oynanmıĢ bitki-ve-canlı çalıĢmalarına baĢlamıĢtır.

Genlerin bakterilere yerleĢtirilmesi ve rekombinant insan insulini üretimi ilk kez 1982 yılında

Genentech tarafından gerçekleĢtirilmiĢtir.

Türkiye‟de, „Geleneksel Biyoteknoloji‟ var olmakla birlikte, „Modern Biyoteknoloji’ olgusunun

yerleĢmeye baĢlaması 1970‟li yıllarda olmuĢ ve 1980‟li yıllarda ivme kazanmıĢtır. O tarihlerde, tüm

Dünyada, moleküler biyoloji alanında yapılan araĢtırmaların artması ve elde edilen bulguların hızla

uygulamaya aktarılması, Türkiye‟de de bilim adamlarının bu alana ilgisini artırmıĢ ve modern

biyoteknoloji ve genetik mühendisliği yönünde beyin gücü oluĢturabilmek amacıyla çalıĢmalar

baĢlamıĢtır. Aynı yıllarda, Orta Doğu Teknik Üniversitesi ile Almanya‟da Darmstadt Technische

Hochschule (Darmstadt Teknik Üniversitesi) arasında, daha önce baĢka alanlarda (özellikle Kimya

Bölümünden Prof. Dr. Önder Pamuk ve Doç. Dr. Ersin Yurtsever ile Prof. Dr. Jurgen Brickman

arasında) yürütülen iĢbirliğinin ‘Biyoteknoloji’ alanını kapsaması konusunda giriĢimler baĢlatılmıĢtır.

1985 yılı baĢlarında, o zamanki ODTÜ Rektörü Prof. Dr. Mehmet Gönlübol baĢkanlığında, ve o

zamanki Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Tuğmaç Sayraç‟ın katılımı ile yapılan görüĢmelerde,

Darmstadt Teknik Üniversitesi Organik ve Biyokimya Bölümü ile ODTÜ Biyoloji Bölümü arasında

iĢbirlikteliği konusunda olumlu görüĢler oluĢturulmuĢtur. Aynı yıl, Darmstadt Teknik Üniversitesi

Organik ve Biyokimya Bölümü öğretim üyesi Prof. H. Günther Gassen ile Orta Doğu Teknik

Üniversitesi Biyoloji Bölümü öğretim üyeleri Doç. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu ve Doç. Dr. Vasıf Hasırcı

arasında „Biyoteknoloji’ konusunda ortaklık kurma görüĢmeleri baĢlatılmıĢtır. Nisan 1985 tarihinde

önce ODTÜ Rektörünün baĢkanlığında bir heyet, daha sonra Haziran 1985 tarihinde Doç. Dr. Vasıf

Hasırcı ve Ekim 1985 tarihinde Doç. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu ortak proje oluĢturmak amacıyla

Darmstadt Teknik Üniversitesini ziyaret etmiĢlerdir.

2

Darmstadt Teknik Üniversitesi Organik ve Biyokimya Bölümü ile ODTÜ Biyoloji Bölümü öğretim

üyeleri arasında baĢlatılan görüĢmelerin sonucunda oluĢturulan ‘The Establishment of a Genetic

Engineering Unit at METU (Turkey) Through the Cooperation of Darmstadt Technische

Hochschule (F.R.G.)’ baĢlıklı rapor iki kurumun Rektörlüklerine sunulmuĢtur. Bu rapor özetle, „1)

Eğitim ve eleman yetiĢtirme, 2) Temel araĢtırma, ve 3) Uygulamalı araĢtırma‟ olarak belirlenen ortak

amaçların gerçekleĢtirilmesi için ODTÜ‟de yeni bir laboratuvar olanağı yaratılmasını, Darmstadt için

de „Teknik eğitim ve araĢtırma cihazlarını sağlamayı‟ öngörmüĢtür. Maddi desteğin sağlanabilmesi

için çok güncel bir konuda ve özellikle ‘Genetik Mühendisliği’ konusunda ortak proje yazımı

hedeflenmiĢtir. Taraflarca oluĢturulan „Klonierung und heterologe Expression der Glucose Oxydase

aus Aspergillus niger, Produktion eines Lebensmittelstabilisators (ingilizce olarak: Cloning of

Glucose Oxidase Genes from Aspergillus niger, Development of a Model System’ projesi her iki

kurum tarafından ilgili makamlara sunulmuĢtur (Sunulan proje içeriği Ek 1‟de verilmiĢtir). Bu projeye

Alman AraĢtırma ve Teknoloji Bakanlığı (BMFT) tarafından 1.3.1987 tarihinde baĢlamak üzere 3 yıl

için 991.500 Alman Markı destek sağlanmıĢtır. Bütçenin 130.000 Marklık kısmı ODTÜ cihaz alımları

için ayrılmıĢtır. Bütçenin bir kısmı, elemanların diğer kurumları ziyareti ve eğitilmesi için, bir kısmı

da yeni bir „Biyoteknoloji Merkezi‟ kurulması için ayrılmıĢtır. ġu an BIOMATEN Merkezi olan 2

katlı binanın temelini bu destek sağlamıĢtır ve Biyoloji Bölümüne bağlı olarak ‘Biyoteknoloji

Araştırma Birimi’ olarak kurulmuĢtur.

1984 yılında TÜBĠTAK tarafından „Biyoteknoloji İhtisas Komitesi’ oluĢturulmuĢ ve bu komitece

hazırlanan rapor doğrultusunda 1985 yılında TÜBĠTAK Marmara Bilimsel ve Endüstriyel AraĢtırma

Merkezi bünyesinde bir „Biyoteknoloji Merkezi’ kurulmuĢtur. Bu merkezin çalıĢmalarında da, büyük

atılımlar yapabilmek için belirli bir plan, kaynak ve özellikle beyin gücü gereksinimi ortaya çıkmıĢtır.

ODTÜ Biyoteknoloji AraĢtırma Merkezi kurulmasının ana hedeflerinden birisi, disiplinler arası

yapılacak araĢtırmalar ile farklı bilgi birikimlerini biraraya getirmek ve kritik beyin gücünü

olmuĢturmaktır. Biyoteknoloji Anabilim Dalı BaĢkanı Prof. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu tarafından, eski

tip bilgisayar programı olan „moonstar‟ ile yazılan, „Biyoteknoloji Araştırma Merkezi Kurulma

Gerekçesi’ baĢlığı ile hazırlanan ve üzerinde el yazısı ile düzeltmeler yapılmıĢ olan 8 sayfalık rapor, o

dönem konunun önemini ve böyle bir merkezin ODTÜ için gereksinimini vurgulamıĢtır. (Ek 2).

ODTÜ ve Darmstadt Üniversiteleri arasındaki bu iĢbirliği, Mayıs 1987'de her iki Üniversitenin

rektörleri tarafından imzalanan bir protokol ile oluĢturulmuĢtur. 25 Kasım 1987 tarihli Darmstadt‟tan

gelen mektup, iki kurum arasında iĢbirliğinin artırılması ile ilgili olarak giriĢimlerin yapılacağını

belirtmektedir (Ek 3). Yürütülen çalıĢmalar ile ilgili hazırlanan, „Darmstadt Teknik Üniversitesi-

ODTÜ Gen Teknolojisi Ortak Projesi GeliĢme Raporu‟, 4 Mart 1988 tarihinde ODTÜ Rektörlüğüne

sunulmuĢtur.

3

Büyük olasılıkla 1988-1989 yıllarında Prof. Günther Gassen‟a gönderilen mesaj, Biyoteknoloji Birimi

olarak kurulmakta olan yeni binanın inĢası ile ilgili bilgi vermekte, aynı zamanda ODTÜ Rektörünün

de Ağustos 1987‟de değiĢtiğini bildirmekte ve projede çalıĢmak üzere bir elemanın Almanya‟dan

ODTÜ‟ye gelmesini istemektedir (Ek 4). Aynı yıllarda hazırlanan bir baĢka yazı, ‘Biyoteknoloji

Ünitesi‟nin henüz yapım aĢamasında olduğunu, disiplinler arası olarak ve mikrobiyoloji, moleküler

genetik, biyokimya ve biyomateryal alanlarını içeren ve Biyoloji öğretim üyeleri tarafından sunulan 3

projenin maddi olarak desteklenmesi ve alınacak cihazların Biyoloji Bölümünde bulunmayan

cihazlara indirgendiğini belirtmektedir (Ek 5).

31 Mayıs 1988 Tarihli „Üniversite Senatosu Toplantısı‟ tutanağında, Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji

Bölümü‟ne bağlı olmak üzere „Biyoteknoloji‟ adı altında yeni bir anabilim dalı açılması teklifi

görüĢülmüĢ, „Biyoteknoloji‟ isminin Mühendislik Fakültesi‟ndeki Gıda ve Kimya Mühendisliklerinin

bazı alanlarını kapsadığının belirlenmesi üzerine, anabilim dalının „Genetik Bilimleri‟ adı altında

açılmasının ve ayrıca Fen Bilimleri Enstitüsü‟ne bağlı bir „Biyoteknoloji Enstitü Anabilim Dalı‟nın

açılmasının Yükseköğretim Kurulu‟na önerilmesine karar verilmiĢ (Ek 6).

1980‟li yıllarda, bilim ve teknoloji alanında atılımlar yapmanın gereksinimi ve belli alanlarda

‘Mükemmeliyet Merkezleri’ kurmanın önemi TÜBĠTAK tarafından da belirtilmiĢtir. O zamanki

TÜBĠTAK baĢkanı Prof. Dr. Mehmet Ergin tarafından gönderilen 1.6.1988 tarihli yazıda

„Üniversitelerden gönderilecek raporların değerlendirileceği ve ‘Center of Excellence’ sayılabilecek

üst düzeyde çalıĢmaları olan bazı Birimlere destek verileceği belirtilmiĢtir (Ek 7). Bu kapsamda,

ODTÜ‟de kurulacak Mükemmeliyet Merkezlerinden birinin ‘Biyoteknoloji’ alanında olması

önerilmiĢtir. 22 Temmuz 1988 tarihli ve o dönemde ODTÜ Rektörü olan Prof. Dr. Ömer Saatçioğlu

tarafından Biyoloji Bölüm BaĢkanı olan Doç. Dr. Vasıf Hasırcı‟ya gönderilen ileti, TÜBĠTAK‟ın bu

çalıĢmasını ve o dönem Fen Bilimleri Enstitüsü Müdürü olan Prof. Dr. Alpay Ankara

koordinatörlüğünde, ‘Genetik, Enzim ve Mikrobiyal İşlemler, ve Ayırma İşlemleri’ birimlerini içeren

„Biyoteknoloji Merkezi’ kurulması önerisini içermektedir (Ek 8).

ODTÜ ve Darmstadt Teknik Üniversiteleri arasındaki iĢbirliği neticesinde temelleri atılan

„Biyoteknoloji AraĢtırma Birimi‟ 1988 yılında tamamlanmıĢ, proje çerçevsinde alınan cihazlar bu

binaya taĢınmıĢtır. Konu, 17-23 Nisan 2000 tarihli ODTÜ 'Bu Hafta' gazetesinde haber olarak

çıkmıĢtır (Ek 9). 2 Ocak 1989 tarihinde, Biyoloji Bölümünde yürütülen „Biyoteknoloji Projesi’ ve

yapılan ‘ek bina’ hakkında görüĢme yapmak üzere o zamanki Biyoloji Bölüm BaĢkanı Doç. Dr.

Aykut Kence, proje yürütücüsü Doç. Dr. Vasıf Hasırcı‟ya bir ileti göndermiĢtir. (Ek 10).

1998-1999 yıllarında, Biyoloji Bölümünün içinde „Genetik Mühendisliği’ alanında çalıĢan Biyoloji

Bölümü öğretim üyelerinin aktivitelerini belirten bir rapor hazırlanmıĢtır. Bu raporda, Darmstadt ile

yürütülen projelerin yanı sıra, ilgili bölüm üyelerinin makaleleri, yürüttükleri tez çalıĢmaları,

katıldıkları konferanslar ve yaptıkları projeler verilmiĢtir. Bu belgede, 1983 yılında Dr.

4

Alaeddinoğlu‟nun ‘Industrial Aspects of Biochemistry and Genetics’ baĢlığında bir NATO yaz okulu

ve 1988 yılının Haziran ayında Dr. Hasırcı‟nın ‘Biyoteknoloji Simpozyumu düzenlediği

belirtilmektedir (Ek 11). NATO yaz okulu ile ilgili olarak 5.8.1983 tarihli Milliyet gazetesi küpürüde

bu yazıya eklenmiĢtir.

1988 yılında Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Tuğmaç Sayraç‟ın 5 Eylül 1988 tarihli yazısı ile

Biyoloji Bölüm BaĢkanı Doç. Dr. Vasıf Hasırcı‟ya gönderdiği raporda, 1983 tarihinden itibaren,

ODTÜ Fen-Edebiyat Fakültesinin değiĢik birimleri ile Darmstadt Teknik Üniversitesi arasında

baĢlayan ve aktif olarak yürütülen çalıĢmalar, özetlenmiĢtir (Ek 12).

Biyoteknoloji Projesi, Biyoteknoloji Araştırma Birimi ve Biyoteknoloji Merkezi Ģeklinde değiĢik

olgular geliĢirken ve bu konularda yapılan çalıĢmalar devam ederken, diğer taraftan da ‘Biyoteknoloji

Anabilim Dalı’ kurmanın önemi gündeme gelmiĢtir. Güncel ve teknolojik bilgi sahibi yaratıcı

öğrencilerin yetiĢmesinin sağlanabilmesi için, disiplinlerarası ve Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olan

„Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı’ baĢlamıĢtır. Biyoteknoloji Programı‟na katkı veren beĢ

bölüm (Biyoloji, Kimya, Gıda, Çevre ve Kimya Mühendisliği) olmuĢtur. O dönem hazırlanan „Ders

Listesi‟ bu beĢ bölümden öğretim üyelerinin verecekleri ve öğrencilerin alabilecekleri dersleri

içermektedir (Ek 13).

Biyoteknoloji EABD BaĢkanı Doç. Dr. Faruk Bozoğlu tarafından gönderilen, 20 Eylül 1989 tarihli

ileti ile 1989-1990 öğretim döneminde Biyoteknoloji EABD programına 5 öğrencinin kabul edildiği

bildirilmiĢtir. Ayrıca, aynı iletide, bir önceki dönemden devam eden 8 öğrencinin ders

yükümlülüklerini görüĢmek üzere 25.9.1989 tarihinde toplantı yapılacağı belirtilmiĢtir (Ek 14).

25.9.1989 Tarihinde yapılan „Biyoteknoloji EABD Toplantısı‟nda, ders programlarının yanı sıra, bir

„Yürütücü Komite - Steering Committee‟ kurulması ve içinde katkı veren bölümlerden elemanların

bulunması, Bölüm baĢkanlığının her sene farklı bir Bölüm elemanına geçmesi ve „Rotasyona

bağlanması‟, asistan ve teknisyen gereksinimi, ortak proje oluĢturulması gibi konularda görüĢler

belirtilmiĢ ve tartıĢılmıĢtır.

1993 yılında 15 sayfa olarak hazırlanan „1992-1993 Ders yılı Akademik Faaliyet Raporu’nda, o

dönemdeki „Yürütücü Komite‟ üyeleri, ders programları, yüksek lisans ve doktora öğrencilerinin

alabilecekleri dersler, kayıtlı öğrenciler, her bölümden programa katkı veren öğretim üyeleri ve

yürütülmekte olan projeler hakkında bilgi verilmiĢtir (Ek 15).

25. Yılını baĢarıyla geride bırakan Biyoteknoloji Anabilim Dalına, 1989 tarihinden bu güne kadar çok

sayıda öğretim üyesi BaĢkanlık yapmıĢtır. Önceleri her yıl değiĢen Bölüm BaĢkanlığının, daha sonra 2

yılda bir değiĢmesi kabul edilmiĢtir. Bu güne kadar 17 dönem Biyoteknoloji EABD BaĢkanlığı

yapılmıĢtır. Bölüme, değerli çalıĢmaları ile katkı veren öğretim üyelerimizin bir kısmı emekli

olmuĢtur. Bazı öğretim üyelerimiz kurum değiĢtirmiĢ ve baĢka kuruluĢlarda çalıĢmalarını devam

5

ettirmektedir, bazı üyelerimiz ise vefat etmiĢtir. Her bir üyemizin verdiği emek çok büyüktür ve

Ģükranla anılmaktadır.

ġu an için Biyoteknoloji EABD‟na katkı veren 54 öğretim üyesi bulunmaktadır. 1989 tarihinden

itibaren Biyoteknoloji Bölümüne kayıtlı 277 Yüksek Lisans ve 136 Doktora öğrencisi olmuĢtur.

Mezunlarımızın sayısı da her yıl artmıĢtır. Ġlk Yüksek Lisans mezunumuz 1991 yılında diplomasını

alan Sadiye Birep Aygün ve ilk Doktora mezunumuz 1997 yılında diplomasını alan Kezban

Ulubayram olmuĢtur.

ODTÜ Biyoteknoloji Bölümünden, bu güne kadar 234 yüksek lisans ve 85 doktora olmak üzere

toplam 319 öğrencimiz mezun olmuĢtur. ġu anda da kayıtlı olarak 43 yüksek lisans ve 51 doktora

(toplam 94) öğrencimiz bulunmaktadır. Bölümümüz, en eski disiplinler arası program olarak

ODTÜ‟de aynı zamanda en çok öğrenci yetiĢtiren EABD da olmuĢtur. Önümüzdeki yıllarda bu sayılar

daha da artacaktır. Mezunlarımız ve öğrencilerimiz, gerek akademik yaĢamda gerekse sanayi

dallarında gösterdikleri ve gösterecekleri baĢarılar ile gurur kaynağımız olmaya devam edeceklerdir.

Bölüm öğrencilerimizin yapmıĢ oldukları araĢtırmalar, gerek yurt içi ve gerek yurt dıĢı bilimsel

dergilerde yayınlanmıĢ, konferanslarda sunulmuĢ ve bazı çalıĢmalar ‘en iyi tez’, 'en iyi sunum' ya da

‘en iyi poster’ ödüllerine layık görülmüĢtür. Öğretim üyelerimizin de çabaları benzeri Ģekilde çok

sayıda ödülle takdir görmüĢtür. Yıllar içinde mezunlarımıza ait yayınların sayısı çok artmıĢtır.

Biyoteknoloji EABD‟na Ģu anda destek veren 8 bölüm ve 55 öğretim üyesi bulunmaktadır. Öğretim

üyelerimizin ODTÜ internet sayfalarından alınan bilgileri kendi onayları ile bu kitaba eklenmiĢtir. Bu

bilgilerin dıĢında, bazı öğretim üyelerimize ait ve belli bir amaca yönelik kurulan Merkez ve Grup

çalıĢmaları ile ilgili bilgiler ve ayrıca bazı üyelerimiz tarafından gönderilen bireysel çalıĢma alanları

ile ilgili bilgiler elinizdeki kitaba eklenmiĢtir.

Bölüm öğretim üyelerimiz, gerek Türkiye‟de gerekse Uluslararası platformlarda Bölümü‟müzün adını

baĢarı ile temsil etmiĢlerdir etmeye devam etmektedirler. Bundan sonrada yapılacak çalıĢmaların çok

baĢarılı devam edeceğine ve Uluslararası platformlarda her zaman olduğu gibi Bölümümüzün

ağırlığını koruyacağına inanmaktayız.

2014'te kuruluĢunun 25. Yılını kutlayan Biyoteknoloji Bölümü’ne, bu süre içinde katkıda bulunan ve

bundan sonra da her türlü katkıyı yapacağına inandığımız tüm paydaĢlarımıza, öğretim üyelerimize,

mezunlarımıza, öğrencilerimize, personelimize ve bizleri her zaman destekleyen Fen Bilimleri

Enstitüsü Müdür ve Yöneticilerine ve özellikle de Rektörlüğümüze en derin teĢekkürlerimizi sunarız.

Biyoteknoloji Yürütme Komitesi adına,

Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

6

ÖĞRENCİ LİSTELERİ

DOKTORA MEZUNLARIMIZ

YEAR STUDENT THESIS TITLES

1997 28.11.97 KEZBAN ULUBAYRAM EGF Containinig Wound Dressing Materials

1998 10.09.98 FARZIN ROUHVAND PCR-based isolation, cloning and expression of streptokinase gene from a group C streptococcus equisimilis in E.Coli

1999

09.07.99 ÜLKÜ BAYKAL Synthesis and antisense activities of DNA oligomers with hydrolytically active sites

14.07.99 ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU Purification and characterization of bacteriocins produced by pediococcus acidilactici and pediococcus pentosaceus

28.10.99 OSMAN ÇATALOLUK PCR amplication, cloning and sequencing of the gene coding for Salivaricin B and partial characterisation of the bacteriocin produced by lactobacillus salivarius M7

2000

04.08.00 MEHRZAD MAHMOUDIAN Optimisation of tissue culture conditions and gene tarnsfer studies in lentil

08.09.00 BÜLENT İÇGEN Characterization of local Salmonella enteritidis isolates of chicken, egg and human origin

28.09.00 AYTEN YAZGAN Molecular biology and genetics of dipeptide biosynthesis : the system is an essential component of quorum sensing global regulation

06.11.00 ERDOĞAN EŞREF HAKKI A novel method for developing microsatellite markers and sequence analysis of wheat disease resistance gene analogs

2001

08.01.01 EMEL BANU BAL Genetic relationship analysis of bead wheat varieties by using simple sequence repeat markers

19.01.01 CİHAN HALICIGİL Biochemical characterization of N-methylcarbamate pesticide biodegradation by an methylotropic isolate

19.01.01 FATMA NEŞE KÖK Construction of an acetylcholinesterase-choline oxidase biosensor for the determination of aldicarb

08.06.01 FÜSUN EYİDOĞAN Genetic manipulation of tobacco against osmotic stress via proline overproduction

03.07.01 ERKAN TÜRKER BARAN Increase of asparaginase in vivo half life by encapsulation and surface modification

16.08.01 DİLEK KESKİN Controlled release of pain relievers for the alleviation of chronic pain

28.08.01 AYŞEN TEZCANER Tissue engineered retinal pigment epithelium

2002

18.01.02 FAHRİYE ERTUĞRUL Studies on the development of osmotic stress resistant wheat (Triticum aestivum L.) by introducing aldose reductase gene through particle borbardment

18.01.02 GAMZE TORUN Bone tissue generation on biodegradable polymeric scaffolds

07.03.02 TAMAY ŞEKER Trehalose and glycogen metabolism of ger1 mutants of saccharomyces cerevisiae

7

2002

19.08.02 MELEK ÖZKAN Cloning, sequencing and expression of L-lactate dehydrogenase gene from clostridium thermocellum and isolation, characterization and transformation of various cellulolytic, thermophilic, ethanol-producing bacteria

19.08.02 SEDEF TUNCA Cloning, characterization and heterologous expression of the aspartokinase and aspartate semialdehyde dehydrogenase genes from the cephamycin C producer streptomyces clavuligerus

22.08.02 HATİCE BİLGİÇ Genetic relationship of wild and primitive wheat species from Turkey based on microsatellite markers and ancient DNA analysis

15.11.02 GÜLSÜM ÖZTÜRK Calixarene based artificial metalloenzyme and fluorescent sensor for soft-metal cations

2003

28.01.03 ASLI MUVAFFAK Controlled release systems for anticancer drugs and drug targeting in cancer therapy

31.01.03 NOSHIN ASGHARI Complete microbial degration of aldicarb

31.07.03 TAREK ELBASHITI Trehalose metabolism in wheat and identification of trehalose metabolizing enzymes under abiotic stress conditions

2004

30.01.04 ŞEYDA AÇAR Biochemical and genetic studies on the pyruvate branch point enzymes of rhizopus oryzae

02.06.04 MUSTAFA CAN ATALAY Multidrug resistance in logally advanced breast cancer

01.09.04 ELİF ASUMAN KORKUSUZ Domestic wastewater treatment in pilot-scale constructed wetlands implemented in the Middle East Technical University

2005

21.03.05 ÇAĞATAY CEYLAN The evaluation of high hydrostatic pressure effects on bovine blood constituents and the microbial survival

29.08.05 FİGEN YILDIRIM Elucidation of r gene mediated yellow rust disease resistance mechanism in wheat by dual bait yeast two-hybrid analysis

30.12.05 YAVUZ ÖZTÜRK Characterisation of the genetically modified cytochrome systems and their application to biohydrogen production in rhodobacter capsulatus

2006

26.09.06 HALİL DÜNDAR Characterization and purification of a bacteriocin produced by Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris

19.10.06 ADNAN AL-ASBAHİ Identification and cloning of genes induced and / or repressed upon treatments of wheat plants (avocet s) with BTH, BABA and Trichoderma Harzianum Raifi KRL-AG2

01.11.06 AYŞEGÜL ERSAYIN YAŞINOK An investigation of bacterial and fungal xylanolytic systems

2007

29.01.07 OSMAN BOZKURT Determination of genes involved in the yellow rust disease of wheat

24.07.07 ALİ OĞUZ BÜYÜKKİLECİ Investigation of sugar metabolism in rhizopus oryzae

03.09.07 M.DİLEK AVŞAROĞLU Isolation, molecular characterization of food-borne drug resistant salmonella spp. and detection of class 1 integrons

05.12.07 GÖKHAN DURUKSU Expression and analysis of Endo Beta-1,4-Mannanase of Aspergillus Fumigatus in heterologous hosts

2008

28.01.08 ÖZLEM AK Xylooligosaccharide production from cotton and sunflower stalks

05.02.08 BAŞAR UYAR Hydrogen production by microorganisms in solar bioreactor

8

2008

17.03.08 UFUK ÇELİKKOL AKÇAY Regeneration of lentil (lens culinaris medik) and genetic transformation by using agrobacterium tumefaciens-mediated gene transfer

31.07.08 TURGAY ÜNVER Detection and characterization of plant genes involved in various biotic and abiotic stress conditions using ddrt-pcr and isolation of interacting proteins

08.10.08 GÖKHAN KARS Improvement of biohydrogen production by genetic manipulations in rhodobacter sphaeroides O.U.001

19.12.08 MELTEM DEMİREL KARS Molecular mechanisms of vincristine and paclitaxel resistance in mcf-7 cell line

30.12.08 HALİME KENAR 3d patterned cardiac tissue construct formation using biodegradable materials

2009

19.01.09 PERUZE AYHAN Novel bioconversion reactions for the syntheses of a-hydroxy ketones

26.01.09 DENİZ YÜCEL Stem cell based nerve tissue engineering on guided constructs

13.02.09 ÖZLEM DARCANSOY İŞERİ Investigation of docetaxel and doxorubicin resistance in mcf-7 breast carcinoma cell line

02.03.09 ŞAZİYE BETÜL SOPACI Microorganism mediated stereoselective bio-oxidation and bio-hydrogenation reactions and thiamine pyrophosphate dependent enzyme catalyzed enantioselective acyloin reactions

10.07.09 PINAR ZORLUTUNA Nanopatterned tubular collagen scaffolds for vascular tissue engineering

04.09.09 GÜLSÜM EBRU ÖZER UYAR Cloning and characterization of trehalose-6-phosphate synthase gene from rhizopus oryzae

28.09.09 PINAR YILGÖR Sequential growth factor delivery from polymeric scaffolds for bone tissue engineering

2010

07.01.10 YONCA YÜZÜGÜLLÜ Functional and structural analysis of catalase-phenol oxidase from scytalidium thermophilum

09.06.10 HOUMAN JABBARI FARHOUD Development of PCR methods for detection and quantification of genetically modified maize

22.06.10 AYTAÇ KOCABAŞ Co-production of xylanase and itaconic acid by aspergillus terreus nrrl 1960 on agricultural biomass and biochemical characterization of xylanase

15.07.10 ERKİN AYDIN Biodegradable polymer - hydroxyapatite nanocomposites for bone plate applıcations

03.09.10 NANSALMAA AMARSAIKHAN The role of the cross pathway control protein in the stress response and adaptation of aspergillus species to antifungals

17.12.10 FATMA BESTE KINIKOĞLU Tissue engineering of full-thickness human oral mucosa

2011

24.01.11 GÖZDE KERMAN The effect of strontium-containing silicon-doped hydroxyapatite ceramics on bone defect healing

03.02.11 BİLGİN TAŞKIN Selective quantification of viable Escherichia Coli cells in biosolids upon propidium monoazide treatment by quantitative PCR

11.02.11 KAMAL ELKAHLOUT Phototrophic hydrogen production by agar-immobilized Rhodobacter capsulatus

14.03.11 PEMBEGÜL UYAR Investigation of chemopreventive and apoptotic characteristics of turkish medicinal plant rheum ribes

9

2011

10.06.11 GÜLDEN AVCI Analysis of phenol oxidation products by scytalidium thermophilum bifunctional catalase/phenol oxidase (catpo)

28.07.11 ALBANA NDREU Electrospun nanofibrous scaffolds for tissue engineering

12.09.11 HAMDİ KAMÇI Genetic transformation of lentil ( Lens culinaris m. cv.Sultan.1) with a transcription factor regulator (MBF1c) and analysis of transgenic plants

14.09.11 AYSEL KIZILTAY Biodegradable poly (ester-urethane) scaffolds for bone tissue engineering

16.09.11 ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ In vitro selection of DNA aptamers to glioblastoma multiforme

2012

09.02.12 ASLI ERDOĞ Characterization of liposomal celecoxib formulation as a drug delivery system in colorectal cancer cell lines

10.02.12 MEHMET TUFAN ÖZ Microarray based expression profiling of barley under boron stress and cloning of 3H boron tolerance gene

13.03.12 CEREN AKSOY Characterization and identification of human mesenchymal stem cells at molecular level

26.06.12 ESRA UÇKUN KIRAN Developing value-added products from agricultural and biorefinery by-products using biological strategies

25.07.12 KURTULUŞ GÖKDUMAN The Development of molecular genetic tools for detection of Salmonella pathogen

14.09.12 SÜMEYRA GÜRKÖK Heterologous expression, characterization, and optimization of production of alpha-galactosidase from aspergillus fumigatus in aspergillus sojae

2013

21.06.13 KUBİLAY YILDIRIM Transcriptional and physiological responses to drought stress in Populus nigra L.

04.09.13 GÖZDE ÜNSOY The Synthesis and characterization of doxorubicin and bortezomib loaded magnetic nanoparticles for targeting tumor cells

04.09.13 ROUHOLLAH KHODADUST The Preparation and characterization of dendrimer coated magnetic nanoparticles for targeted cancer therapy

17.09.13 BURÇAK KOCUKLU Deletion mutagenesis of fusarium graminearum nrrl 2903 galactose oxidase in escherichia coli to study structure-function relations and for prospective biosensor applications

20.09.13 EDA ALAGÖZ Screening of the putative hexokinase genes from rhizopus oryzae

23.09.13 ERİNÇ BAHÇEGÜL Effect of biomass pretreatment conditions on the glucose and biodegradable film production from lignocellulosic wastes

27.09.13 ARDA BÜYÜKSUNGUR Bioactive agents carrying quantum dot labeled liposomes

2014

07.02.14 CEYHUN KAYIHAN Physiological, biochemical and molecular analysis of wheat cultivars under boron treatments

10.04.14 DOMINIC DEO ANDROGA Modeling and simulation of photobioreactors for biological hydrogen production

11.04.14 NADER ALIPOUR GHORBANI Genomic characterization of pseudomonas aeruginosa clinical isolates by pulsed field gel electrophoresis method

05.09.14 CEREN BAYRAÇ Generation Of Aptamer Against Salmonella Serovar Entitidis And Development Of Aptamer-Based Capillary Biosensor

10

YÜKSEK LİSANS MEZUNLARIMIZ

YEAR STUDENT THESIS TITLES

1991 06.09.91 SADİYE BİREP AYGÜN Microbial utilization of chlorinated hydrocarbons.

1992

05.02.92 VOLKAN SEYRANTEPE Introduction of callus from P.somniferum and P.orientale in vitro conditions

07.02.92 FARZIN ROUHVAND Transformation of saccharomyces cerevisiae with a shuttle vector plasmid DNA from E.Coli by electroporation.

03.12.92 GÜLHAYAT ALTAY Genetic studies on bacteriocin producing lactic acid bacteria

1993

10.09.93 NOSHIN ASGHARI Microbial degradation of temik aldicarb

10.09.93 RAMIN DARVARI Controlled release of 2', 7'-dichlorofluorescein and aldicarb from car boxymethyl cellulose microspheres

30.12.93 AYTEN YAZGAN Studies on heavy metal resistance system and accumulation of metals in Kluyveroyces marxianus.

1994

08.04.94 EZGİ MUALLA ERGİN Pseudomonas aeruginosa ses-938-1 elastase: isolation, microbiological and biochemical characterizations.

07.06.94 BÜLENT İÇGEN Characterization of various Rhizobium cicer strains and assessment of their symbiotic effectiveness.

09.09.94 ŞERİFE ESRA ERDAL Phsiological and genetical aspects of Rhizobium cicer-chickpea.

01.12.94 AYŞEN TEZCANER Structural stability of libosomes and the influence of constituents.

1995

16.01.95 ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU Isolation, identification and characterization of non-starter microorganizms form Turkish Casher Cheese

27.01.95 ÜLKÜ BAYKAL Interaction of vitamin E with cholesterol-containing phospholid model membranes:An FTIR study.

27.01.95 CİHAN HALICIGİL Aldicarb biodegradation by soil bacteria.

27.01.95 MEHRZAD MAHMOUDIAN Agrobacterium mediated gene transfer in tobacco.

15.09.95 TÜZÜN ARIK Production of hydrogen by rhodobacter sphaeroides O.U. 001.

05.10.95 FÜSUN EYİDOĞAN Characterization of superoxide dismustase isoenzmyes in Turkish wheat varieties under different stress conditions.

28.12.95 BANU KAYA Hydrogen gas production by halobacterium halobium coupled to escherichia coli in a photobioreactor.

1996

26.01.96 YELDA ÜNAL Increase of alpha amylase production of aspergllus oryzae by electroporation.

13.09.96 AYŞE MELTEM MAVİTUNA Effect of auxin-like plant growth regulators on salt stressed wheat varieties.

13.09.96 GAMZE TORUN Changing the liposomal surface properties by means of low molecular weigth heparin.

11

1997

24.01.97 BEKLAN GÜRKAN Studies on the long term memory of bacteriorhodopsin.

27.01.97 MELEK ÖZKAN Optimization study on antidipteran (cryiv- type) toxin production.

28.01.97 FAHRİYE ERTUĞRUL Effects of cell cycle regulatory genes on the utilization of histone H3/H4 promoters in alfaalfa and maize protoplasts.

29.01.97 PELİN KARAKAYA Effect of filter media and backwash on biomass retention and soluble substrate removal in biologically active rapid filters.

29.01.97 PERVİN KATMER Assessment of toxicity and biogdegredability of pulping effluents to microbial treatment community by electrolytic respirometry.

31.01.97 AYSU GÜNAL Overproduction of neutral protease in Bacillus subtilis.

31.01.97 FATMA NEŞE KÖK Control of aldicarb concentration in the environment via use of carboximethyl cellulose microspheres: A two-pronged biotechnological approach.

31.01.97 SEDEF TUNCA Mutational programming of bacillus subtilis: overproduction of alfa-amylase.

29.04.97 NESLİHAN PARLAKGÖZ Heavy metal biosorption by phanerochaete chrysosporium.

31.07.97 GÜROL MEHMET SÜEL Cloning and sequencing of a PCR amplicon of a novel dehalogenase gene from pseudomonas Sp.Strain SEC896

11.08.97 ÖZLEM AK Production, Purification and characterization of chitosanase from Penicillium spinulosum

11.08.97 FATOŞ DOĞANEL POLAT Enantioselective biotransformation of acetoxy ketones to chiral a-hydroxy derivatives by using Rhizopus Oryzae

11.09.97 BANU ARUN Construction of a glucose oxidase-catalase bioreactor by employing pHEMA-EGDMA microspheres

11.09.97 DİLEK KESKİN Antibiotic release from biodegradable microbial polyesters

12.09.97 ERDOĞAN EŞREF HAKKI Amplification and isolation of a fragment of lactate dehydrogenase gene from Rhizopus Oryzae using RT-PCR

1998

21.08.98 FÜSUN TÜRESİN Controlled release of antibiotics from biodegradable Polyhydroxyalkanoate implants for the treatment of osteomyelitis

11.12.98 ORKUN BAŞARIR Mutagenesis on the aspergillus oryzae a- Amylase gene promoter

1999

28.01.99 GÖKHAN TOLUN Characterization of Aspergillus oryzae transformed with a plasmid carrying a-Amylase gene

29.04.99 HALİL DÜNDAR Utilization of lignocellulosic compounds for the production of cellulases by Torula thermophila

29.04.99 RIFAT AYKUT ÖZER Subcloning and expression of Bacillus amyloliquefaciens alpha-amylase gene in Lactobacillus plantarum

25.06.99 FİKRİYE ZEYNEP GÜMÜŞYAZICI

Synthesis of polyhydroxybutyrate and its copolymers by alcaligenes latus and alcaligenes eutrophus

31.08.99 DENİZ ÖZGÜR YİĞİT Identification of by-products in hydrogen producing bacteria; Rhodobacter sphaeroides O.U. 001 grown in waste water of a sugar refinery

10.09.99 ALAADDİN BULAK ARPAT F-F progeny analysis of herbicide resistant transgenic tobacco plant

12

2000

28.01.00 FERDA GÜVENÇ Partial purification and characterization of b-1,4-endoxylanase from Rhizopus oryzae

03.02.00 ÖZLEM ÜNVER Molecular dynamics of pig citrate synthase

04.02.00 B.ŞEBNEM YAVAŞÇAOĞLU Optimization of fermentation conditions for the production of xylanases from Rhizopus oryzae

28.04.00 KEREM BORA Hydrogen gas production by Escherichia coli in a bioreactor

12.06.00 FATMA NİHAN AKA Novel reagents for mild and selective hydrolysis of phosphodiester linkages

23.06.00 ZEYNEP AKYOL Isolation and biochemical characterization of a-Amylase inhibitor from common bean (Phaseolus vulgaris L.)

06.07.00 BUĞÇE ALBAYRAK Controlled release of insulin from chitosan microspheres

31.07.00 CEREN NUR BAKİ A novel calixarene based fluorescent chemosensor for pH

01.08.00 İREM KARAMOLLAOĞLU Agrobacterium-mediated genetic transformation and microtuberization of potato (solanum tuberosum L.)

08.09.00 HAYRİYE DURU The effects of nisin combined with edta and hydrogen peroxide on salmonella enteritidis in liquid whole EGG

08.09.00 AYŞEGÜL ERSAYIN YAŞINOK Biochemical characterization of R.oryzae xylanase and heterologous probe preparation from T. reesei

08.09.00 ÇİĞDEM ÖZCANGAZ Characterization of lactic isolates from Turkish, sourdough and interaction of these with yeast

08.09.00 ŞAZİYE BETÜL SOPACI Southern analysis of Torula Thermophila genome for the multiplicity of cellulase genes

08.09.00 FİRDEVS YALÇIN Characterization of bacterial isolates from salt lake

18.09.00 EBRU AKSU Gelatin sponges as wound dressing materials

28.11.00 SENEM ŞİMŞEK Multidrug resistance in chronic lymphocytic leukemia

08.12.00 BANU AVCIOĞLU DÜNDAR Screening of soil microorganisms to isolate xylanase producers

2001

07.05.01 YAVUZ ÖZTÜRK Construction and analysis of a soluble version of the membrane-attached cytochrome Cy in Rhodobacter capsulatus

18.05.01 AYLA ARSLAN Partial purification and kinetic characterization of L-lactate dehydrogenase from Rhizopus oryzae

29.06.01 DENİZ ÖZASLAN Methomyl utilisation by methylotrophic bacteria

03.07.01 AYÇA DOĞAN The effects of gamma irradiation on hazelnut tissue at molecular level by fourier transform infrared spectroscopy

04.09.01 FİGEN YILDIRIM AFLP markers in molecular characterization and genetic relationship analysis of Triticum SSP.In Turkey and bulk segregant analysis for determination of linked yellow rust resistance marker

13

2001

06.09.01 ÇAĞLA ALTUN Genetic transformation of tobacco with HS1(PRO1) gene and evaluation of nematode resistance in transgenic plants

14.09.01 BANU EYÜBOĞLU Production and characterization of a thermostable xylanase from a thermophilic soil bacterium

25.09.01 RAHŞAN NESLİHANOĞLU Synthese of bioactive compounds using biotechnological methods: fungal culture mediated syntheses of chiral a-hydroxy ketones and diols

27.09.01 KUTLU GÖKSU ELPEK Molecular characterization of multi-drug resistant salmonella isolates in Turkey

05.12.01 KADRİ KIVANÇ YARANGÜMELİ

optimization of culture conditions for scytalidium thermophilum endoglucanase production on lignocellulosic biomass

21.12.01 İPEK ZEYNEP DURUSU Optimization of in vitro regeneration of Turkish wheat cultivars from immature embryo and inflorescence explants

2002

18.01.02 UFUK ÇELİKKOL AKÇAY Optimization of an integrated bombardment and agrobacterium infiltration based transformation system for lentil

18.01.02 KAMAL ELKAHLOUT Effect of bacteriorhodopsin on hydrogen gas production by rhodobacter sphaeroides O.U.001 in a photobioreactor

18.01.02 ALTAN TABANOĞLU Hydrogen production by rhodobacter sphaeroides O.U.001 in a solar bioreactor

18.04.02 GÜLSÜM EBRU ÖZER UYAR Effect of different stress conditions on trehalose accumulation and degradation in Rhizopus oryzae

04.07.02 SEMA DOĞA ÇAPANOĞLU Fungus mediated biohydrogenation of carbonyl compounds

16.07.02 SÜLEYMAN COŞKUN Biodegradable bone plates and bone marrow extract loaded microcapsules in bone repair

02.08.02 PELİN MUTLU Polymophism in the human MRP1 gene

08.08.02 BİRGÜL EREN ATAK Biological phosphorus removal in Ni(II)containing synthetic wastewaters

15.08.02 ELİF UZ Analysis of triticum monococcum ssp, boeoticum accessions distributed over Turkey using aflp markers and assesment of polymorphism levels of newly isolated ssr markers

28.08.02 YAVUZ BARBAROS Differential screening to search for wheat genes activated in zinc involved processes

28.08.02 OSMAN BOZKURT Differential display of wheat mRNAs for the detection of yellow rust diase resistance genes

03.09.02 GÖNÜL SEYİT Cloning of alpha and beta subunit genes of 20s proteasome from thermoplasma volcanium

06.09.02 SEÇİL ÇETİN Cassette mutagenesis to identify the genes involved in quorum-sensing pathway and bacilysin biosynthesis in bacillus subtilis

03.12.02 MİSKET HEPER Sodium, calcium, ammonium, magnesium and hydrogen forms of zeolite Y for the adsorption of glucose and fructose from aqueous solutions

2003

06.01.03 AYSEL KIZILTAY Gelatin based drug release systems for thalassaemia treatment

05.03.03 MOHAMED LAMİN SESAY Investigation of solids residence time on sludge characteristics with specific emphasis on extracellular polymers

14

2003

28.04.03 SİBEL METE Scytalidium thermophilum polyphenol oxidase : production and partial characterization

15.07.03 M.DİLEK AVŞAROĞLU Inactivation of lactococcal bacteriophages by high hydrostatic pressure ( HHP)

22.07.03 SUZAN BER Collagen matrices for guided tissue engineering

30.07.03 ERHAN ASTARCI Production and biochemical characterization of polyphenol oxidase from

thermomyces lanuginosus

31.07.03 SİBEL ÇINAR Poly( N-vinyl 2- pyrrolidone) based hydrogels for the delivery of bioactive

species

22.08.03 MİNE TÜRKTAŞ Investigation of wheat genes involved in zinc efficiency mechanism using differential display technique

05.09.03 YASEMİN AKTAŞ Identification of the genes involved in phytosiderophore" synthesis and metal

ion uptake in wheat using RT-PCR

05.09.03 HALİME KENAR In vitro bone tissue engineering on patterned biodegradable polyester blends

05.09.03 MEHMET SOMEL Characterisation of DNA from archaelogical wheat (Triticum L.) seeds from Anatolia

05.09.03 DENİZ YÜCEL Construction of a choline oxidase biosensor

2004

29.01.04 ÇAĞLAR ÇEKİÇ Cloning, expression and sequencing of citrate synthase from thermoplasma volcanium

30.03.04 MUAMMER ÖZGÜR ÇEVİK Effect of neuropeptide-y ( NPY) on bone metabolism as a neuromediator

30.04.04 HAYRİYE ÖZÇELİK Productivity Analyses in Fermentations with Three Different Biolarvacides

23.06.04 SELİN ZAİMOĞLU Inhibitory effects of plant originated extracts on bovine lens aldose reductase

28.06.04 OYA AKÇELİK Charaterization and indentification of bacteriocins from two lactococcus lactis subs lactis strains

02.07.04 BETÜL DEÇANİ Extension of flower longevity in transgenic plants via antisense blockage of ethylene bıosynthesis

16.07.04 NİHAD YAQUBOV The effects of thidiazuron on callus development and organogenesis from mature embryos of selected Turkish bread and durum wheat varieties

21.07.04 IŞIN NUR CİCERALİ Effect of salt stress on antioxidant defense systems of sensitive and

resistance cultivars of lentil( Lens culinaris M.)

02.09.04 CANDAN ZEYNEP SÖNMEZALP

Detection of genetically modified insect resistant tomato via polymerase chain reaction

02.09.04 GAMZE AYDIN Detection of genetically modified maize via polymerase chain reaction

02.09.04 HÜMEYRA BAHÇECİ Fatty acid methyl ester analysis of bacterşal isolates from salt lake, Turkey and characterization of their extracellular enzymes

03.09.04 DİDEM DEMİRBAŞ Optimization of Regeneration and Agrobacterium mediated transformation of wheat (Triticum aestivum L.cv. Yüregir 89)

15

2004

03.09.04 CEREN AKSOY Identification of serotype specific dna marker for salmonella typhimurium by rapd-pcr method

03.09.04 ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ Optimization of a regeneration and transformation system for lentil ( lens

culinaris M., cv. Sultan-I) cotyledonary petioles and epicotyls

03.09.04 HAMDİ KAMÇI Optimisation of agrobacterium mediated gene transfer and micrografting

systems in lentil ( lens culinaris medik)

03.09.04 YELDA KAPTAN Utilization of Scytalidium thermophilum phenol oxidase in bioorganic

synthesis

08.09.04 HOUMAN JABBARI FARHOUD Morphometric, mtdna and microsatellite analysis in honeybee populations

( apis mellifera L.) of north and northwest İran

16.12.04 FIRAT KARA Release and characterization of beta-galactosidase from lactobacillus plantarum

2005

18.01.05 ABUBAKER MUWONGE Detection of genetically modified potatoes by the polymerase chain reaction

27.01.05 PINAR ZORLUTUNA Cornea engineering on biodegradable polyesters

28.01.05 ŞERİFE AYAZ Development of a genetic material transfer approach for gene therapy

28.01.05 ZEYNEP AHSEN KOÇER In vitro induction of growth and development of common juniper( Juniperus

communis L.) from shoot and bud explants

28.01.05 MEHMET TUFAN ÖZ Optimization of selection conditions and agrobacterium mediated

transformation of chickpea ( cicer arietinum L. cv. Gökçe)

28.01.05 OYA TAĞIT Development and analysis of controlled release polymeric rods containing vancomycin

25.07.05 BİLGİN TAŞKIN Effect of homologous multiple copies of aspartokinase gene on cephamycin c

biosynthesis in streptomyces clavuligerus

01.08.05 GÖKÇEN EYÖVGE Preparation and characterization of poly( d,l-lactide-co-glycolide)

microspheres for controlled release of anticancer drugs

02.09.05 EDA ALAGÖZ Kınetic analysis of glucose-6-phosphate branch point in saccharomyces cerevisiae

02.09.05 KURTULUŞ GÖKDUMAN Effects of hydrogen peroxide bleaching on human dentin and enamel microstructure and function

13.12.05 GÜLDEN AVCI Molecular analysis of fungal laccase genes

13.12.05 BURÇAK KOCUKLU Analysis of pro-peptide selfprocessing mechanism of galactose oxidase by site-directed mutagenesis

2006

18.01.06 GÖZDE ÜNSOY Biochemical characterization of recombinant 20s proteasome from thermoplasma volcanium and cloning of its vat gene

23.01.06 FULYA KAYAGİL Effect of traditional starter cultures on quality of cheese

27.01.06 TANER TUNCER Transformation of tobacco ( Nicotiana tabaccum) with antimicrobial pflp gene

and analysis of transgenic plants

17.07.06 SİNAN GÜVEN Integrated biomimetic scaffolds for soft tissue engineering

16

2006

19.07.06 SUAT BORA YEŞİLTEPE Studies on selective adsorption of aqueous glucose or fructose on various cationic forms of Zeolite

17.08.06 ARDA BÜYÜKSUNGUR Cloning and expression ofbenzaldehydelyase from Pseudomonas fluorescens Biovar I in Pichia pastoris

04.09.06 NİHAL ENGİN VRANA Collagen-based scaffolds for cornea tissue engineering

04.09.06 ARAZ ZEYNİYEV Cephamycin C production by Streptomyces clavuligerus mutants impaired in regulation of aspartokinase

2007

30.01.07 ALBANA NDREU Electrospun nanofibrous scaffolds for tissue engineering

02.02.07 DİDEM DEDEOĞLU Purification and characterization of Hexokinase isoenzymes from Rhizopus oryzae

02.02.07 SÜLEYMAN SARI Development of helical tubular reactor for hydrogen producing photosynthetic bacteria

05.02.07 UMUT DEMİRTAŞ Fungi mediated enantioselective biohydrogenation of benzils to benzoins

20.04.07 EMRAH ALTıNDİŞ Identification of the new immunogenic proteins of bordetella pertussis by immunoproteomics

21.05.07 SELDA TÜRKOĞLU Screening of tomato seeds for genetic modification and identification of genetically modified ripening delayed tomato seeds

12.06.07 FADİME KARA MURDOCH Investigation of sodium and potassium ions in relation to bioflocculation of mixed culture microorganisms

05.07.07 CEYHUN KAYIHAN Effect of cold stress on barley (hordeum vulgare L.) superoxide dismutase isozyme activities and expression levels of cu/znsod gene

23.07.07 ALİYE SEDA YILMAZ Compementation studies to identify genes with roles in zinc efficiency in barley

07.09.07 ESRA UÇKUN KIRAN Screening for genetically modified tomatoes & tomato seeds and identification of CRY1AC and SAM-K specific modifications using gene and construct specific PCR

19.09.07 FİTNAT BUKET BAŞMANAV Sequential growth factor delivery from complexed microspheres for bone tissue engineering

30.11.07 İLAY ÇELİK Detection of differentially expressed genes upon compatible and incompatible inoculation of wheat with yellow rust using suppression subtractive hybridization (SSH)

30.11.07 DEMET DEMETÇİ Preparation and evaluation of polymer based microcarriers for hydrophobic anti-cancer drugs

18.12.07 ZEYNEP DUMAN Polymerase chain reaction (pcr) for detection of borrelia burgdorferi sensu lato

2008

30.01.08 HACI EŞİYOK Enantioselective chemoenzymatic synthesis of oseltamivir (tamiflu)(r) intermediates

04.02.08 KUBİLAY YILDIRIM Inheritance of wood specific gravity and its genetic correlation with growth traits in young pinus brutia progenies

05.02.08 UMUT ERKILIÇ Biotechnological modification of steroidal structures

07.02.08 OĞUZ BALCI Affinity chromatographic purification of recombinant human growth hormone

17

2008

07.02.08 MEHLİKA KARAMANLIOĞLU Xylan-based biodegradable and wheat gluten-based antimicrobial film production

08.02.08 ORHAN ÖZCAN Medium development for production of bacillus thuringiensis based biopesticides

12.05.08 NİHAN ÖZTÜRK Thermoresponsive smart polymeric cell carriers of pnipan and elp for bone tissue engineering

15.05.08 ÖZGE ŞENYURT Development of paper type tyrosinase biosensor

05.09.08 İSMAİL ÖĞÜLÜR The effects of twelve quorum-sensing gene products on the expression of bacabcde operon in bacillus subtilis

2009

18.03.09 BANU BAYYURT Design of intelligent nanoparticles for use in controlled release

15.06.09 CEREN BAYRAÇ The development of alkaline phosphatase based paper bioreporter for evaluation of milk pasteurization

23.06.09 GÜLAY DAĞDAŞ Functional analysis of a mirna putatively involved in powdery mildew disease susceptibility in barley

23.06.09 YASİN FATİH DAĞDAŞ Investigating the roles of micrornas in biotic stress responses and functional characterization of a novel ztl-type f-box protein via virus induced gene silencing

08.09.09 KRESHNIK BOZHANAJ The effect of virus induced gene silencing of fas associated factor1 in blumeria graminis infected barley

11.09.09 ERİNÇ BAHÇEGÜL Preparation of biodegradable films from agricultural biomass

11.09.09 ASUDE ÇALLAK KİRİŞÖZÜ Molecular characterization of blumeria graminis f. sp. hordei using aflp markers

11.09.09 BERNA KANKILIÇ Vancomycin containing plla delivery system for bone tissue biocompatibility and treatment of implant related chronic osteomyelitis

11.09.09 NEŞE ÖZGAZİ Proteome analysis of blumeria graminis f. sp. hordei inoculated barley

02.12.09 MAHER DERNAIKA Molecular characterization of strawberry by applying dna fingerprinting technique using simple sequence repeats (ssrs) markers

10.12.09 GÜLSEREN PETEK ŞEN Poly (Dl-Lactic-Co-Glycolic Acid) microparticles and synthetic peptide drug conjugate for anti-cancer drug delivery

11.12.09 DİDEM CORAL Studies on novel immunogenic proteins of Clostridium Chauvoei

11.12.09 HANDE SELAMOĞLU high-level expression of hepatitis b surface antigen in pichia pastoris, its purification and immunological characterization

2010

11.01.10 AYŞE GİZEM SEBER Preparation of antimicrobial films from agricultural biomass

18.01.10 UMUT ÇEKMEZ Isolation of antimicrobial molecules from agricultural biomass and utilization in xylan-based biodegradable films

28.05.10 SAHRA UYGUN Development of analysis methods for cry1ac and sam-k gene lines in tomato using pcr and real-time pcr

15.06.10 SEZİN DAĞDEVİREN Role of tnf-alpha in skeletal muscle atrophy in ovariectomized rats : an experimental functional, histological and molecular biology study

18

2010

28.06.10 PELİN SEVİNÇ Kinetic analyses of the effects of temperature and light intensity on growth, hydrogenm production and organic acid utilization by rhodobacter capsulatus

31.08.10 HATİCE TAŞPINAR Exponential feeding strategy development for benzaldehyde lyase production by recombinant "Escherichia coli"

06.09.10 ASENA GÜLŞAH PEKĞÖZ Deletion mutation of GLNB and GLNK genes in rhodobacter capsulatus to enhance biohydrogen production

15.09.10 MURAT KAVRUK Development of acetylcholinesterase biosensor for the detection of pesticides

15.09.10 GÜLİZ VANLI Integration of clavaminate synthase 2 gene into the chromosome of an industrial strain of Streptomyces Clavuligerus for enhanced clavulanic acid production

17.09.10 CEREN AKSU The role of calcium ion on activated sludge biochemical and physical properties in phosphorus deficient growth medium

17.09.10 ABDULHAMİT BATTAL Optimization of mature embryo based regeneration and genetic transformation of Turkish wheat cultivars

17.09.10 EDA ÜNAL Investigation of magnesium ions effect on sludge properties in phosphorus deficient bioreactors

01.10.10 SENA CANSIZ Development of a sandwich-type DNA array platform for the detection of label-free oligonucleotide targets

01.10.10 FATMA GÜL Development of an oligonucleotide based sandwich array platform for the detection of transgenic elements from plant sources using labal-free PCR products

2011

28.01.11 LÜTFİYE YILDIZ Isolation and characterization of Taq DNA polymerase and optimization and validation of newly designed thermal cyclers

10.02.11 BARIŞ BOYLU Genetic screening of Turkish wheat varieties for the durable resistance gene, Lr34

10.02.11 ÖZGE KARADAŞ Collagen scaffolds with in situ grown calcium phosphate for osteogenic differentiation of wharton’s jelly and menstrual blood stem cells

15.09.11 ENDAM ÖZKAN Photofermentative hydrogen production using dark fermentation effluent of sugar beet thick juice by Rhodobacter Capsulatus

16.09.11 BİRSEN DEMİRBAĞ UV responsive drug delivery from suprofen incorporated liposomes

16.09.11 MÜGE ERKAN Reactivation potential of indicator bacteria in anerobically digested sludges after dewatering processes

16.09.11 ESEN SAYIN In-vitro characterization of a novel cdte-cds/2mpa-dmsa quantum dot

21.09.11 IŞKIN KÖSE Survival of probiotic microorganisms during storage after marketing

15.12.11 GÖKHAN BAHÇECİOĞLU Poly(L-Lactic acid) (PLLA)-based meniscus tissue engineering

2012

09.02.12 EMILIA EKENEL Microarray applications for determination of the effects of emodin on breast cancer cell lines

09.02.12 GÖZDE KUMAŞ Detecting g-protein coupled receptor interactions using enhanced green fluorescent protein reassembly

10.02.12 DAMLA ARSLANTUNALI Multiwalled Carbon Nanotube- Poly(2-Hydroxyethyl Methacrylate) Composite Conduitfor Peripheral Nerve Repair

19

2012

10.02.12 BEGÜM PEKSEL Proteome analysis of hydrogen production mechanism of Rhodobacter capsulatus grown on different growth conditions

07.06.12 RENGİN ERDEM AG2S/2-MPA quantum dots; cytocompatibility and cellular iinternalization

15.06.12 FULYA EKİZ KANIK Bioactive surface design based on conducting polymers and applications to biosensors

19.07.12 BAHAR BOZKURT Feeding strategy development for human growth hormone production by Pichia pastoris

02.08.12 BAYANTES DAGVADORJ Identification of proteins interacting with tagged-pathogen effector protein in agro-delivered planta

02.08.12 İBRAHİM KUTAY ÖZTÜRK Elucidation of the role of GCN2 gene in response to powdery mildew infection

17.08.12 ÖZGE ATA AKYOL Metabological engineering of Pichia Pastoris for extracellular thermostable glucose isomerase production

12.09.12 BURCU GÜNDÜZ Recombinant transglutaminase production by metabolically engineered Pichia pastoris

14.09.12 GÖRKEM BAYSAL Biological hydrogen production by using co-cultures of PNS bacteria

14.09.12 DERYA GÖKÇAY Physiological and biochemical screeing of different Turkish Lentil (Lens culinaris M.) cultivars under drought stress condition

14.09.12 FATMA SELİN KÖSE Physiological and biochemical screening of different Turkish lentil cultivars under salt stress conditions

13.11.12 YAĞMUR AKSOY Bio-functional analysis of RAD23 gene using virus induced gene silencing method in response to powdery mildew attack in Barley

20.12.12 SEÇİL YILMAZ Manufacturing and analysis of thermal and chemical properties of potato starch - gelatin biofilms

27.12.12 ALİ İNCEMEHMETOĞLU Investigation the effects of different support medium on product with nutrient film technique

2013

17.01.13 AYLİN ACUN Construction of a collagen-based, split thickness cornea substitute

15.07.13 BAHTİYAR YILMAZ Optimization of piriformospora indica application and observation of piriformospora indica induced disease resistance against various plant pathogens in wheat and barley

02.09.13 İLKE SÜDER Labeling and optimization of organelle markers for co-localization with yeast GPCR dimers

04.09.13 TUĞBA DURSUN Study on the influence of scaffold inner organization on the treatment of spinal cord injury

04.09.13 EVRİM ELÇİN Panomycocin-incorporated chitosan-tpp nanoparticles : preparation, characterization and in vitro determination of antifungal activity against human dermatophytes

04.09.13 BERKE BİLGENUR KANDEMİR PEI – starch nanoparticles for cancer gene therapy

20.09.13 AYŞE ANDAÇ Investigation of subcellular localization of a yellow rust pathogen effector candidate

20.09.13 AHMET ÇAĞLAR ÖZKETEN Cloning, transformation and wheat infiltration assay of a puccinia striiformis f. sp. tritici effector candidate

27.09.13 BURCU AKDAĞ Investigation of thermostable recombinant glucose isomerase production by sucrose utilizing escherichia coli

20

2014

30.01.14 CEREN KAZANCI Asymmetric synthesis of beta-hydroxy phoshponates via benzaldehyde lyase catalyzed cross acyloin reactions

06.02.14 SENA YAMAN A Comparative study for the production of recombinant intracellular glucose isomerase by escherichia coli and pichia pastoris

07.02.14 ZEYNEP BARÇİN Anti-parkinsonian drug delivery across the blood-brain barrier

07.02.14 MUSTAFA ÇİÇEK Investigation on immunoprotectivity of recombinant vaccine candidates glutamine-binding periplasmic protein and putative peptidoglycan-binding protein in mouse model

16.06.14 BORA DURUL Molecular Characterization Of Salmonella Isolates From Animals And Various Foods

23.07.14 EMMANUEL OWUSU KYERE Molecular Evaluation And Antimicrobial Susceptibility Testing Of Escherichia Coli Isolates Collected From Various Food Products In Turkey

24.07.14 ŞEBNEM GÜLEL Probiotic And Molecular Characterization Of Lactobacillus Isolates From Turkish Kefir

25.07.14 ECE BULUT Subtyping Of Salmonella Isolated From Human And Animal Clinical Cases, As Well As From Different Food Samples Using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE)

07.08.14 SİBEL ÖZTÜRK Semi-Defined Medium Based Feeding Strategy Development For Human Growth Hormone Production By Recombinant Bacillus Subtilis

04.09.14 SENEM HEPER Controlled Doxorubicin Delivery From Photoresponsive Liposomes Carrying Vitamin A Derivatives

05.09.14 ÖZGE AKTUNA Optimization Of Hypericum Perforatum L Tissue Culture For Hypericin Production

05.09.14 ŞEYMA ÜNSAL BEYGE Design And Characterization Of 5-L Autoclavable Batch-Culture Bioreactor

16.09.14 BURÇE ÇİFÇİ Synthesis Of Peptide Inhibitors For Matrix Metalloproteinase-2 And Angiotensin Converting Enzyme

21

BĠYOTEKNOLOJĠ KAYITLI ÖĞRENCĠLER DOKTORA YÜKSEK LĠSANS BĠLĠMSEL HAZIRLIK

AYġE ANDAÇ

EZGĠ ANTMEN

DAMLA ARSLANTUNALI

ÖZGE ATA AKYOL

GÖKHAN BAHÇECĠOĞLU

OĞUZ BALCI

ABDULHAMĠT BATTAL

ORKUN CEVHEROĞLU

MUSTAFA ÇĠÇEK

BAYANTES DAGVADORJ

TANER DEHA DURMUġ

TUĞBA DURSUN

BORA DURUL

ĠPEK ZEYNEP DURUSU

GÖZDE EKE

FULYA EKĠZ KANIK

EVRĠM ELÇĠN

SAYIT MAHMUT ERDOĞAN

ERKAN FEHĠM ERGÜLEN

MÜGE ERKAN

AYTEN EROĞLU

DERYA GÖKÇAY

BURCU GÜNDÜZ ERGÜN

SENEM HEPER

BERNA KANKILIÇ

FADĠME KARA MURDOCH

MURAT KAVRUK

CEMĠLE KILIÇ

IġKIN KÖSE

ASLAN MASSAHI

REZA MOONESI RAD

BORA ONAT

SEPREN ÖNCÜ

ORHAN ÖZCAN

AHMET ÇAĞLAR ÖZKETEN

SĠBEL ÖZTÜRK

MARYAM PARSIAN

ELĠF SAKALLI

ESEN SAYIN

DENĠZ SEZLEV

NEGAR TAGHAVI POURIANAZAR

TANER TUNCER

ABDUVALI VALIEV

ADNAN YARAMIġ

BAHTĠYAR YILMAZ

IQBAL AAMIR

ELĠF AġIK

GÜLHAN IġIK

DĠLAN AKIN

EVRĠM AKSU

MÜSLÜM KAAN ARICI

FERAMUZ ATAK

HEVAL ATAġ

GÜNCE BAYRAM

MAHMUT BEYGE

AYġENUR BĠBER

YAĞMUR ÇALIġKAN

DĠRENĠġ ÇAYLI

CANSU DEĞĠRMENCĠ

HALĠL ĠBRAHĠM DERTLĠ

EFE ERDEġ

AYSHIN GHALICHI

NĠL GÖL

MERVE GÜLDIKEN

BURCU GÜLEZ

BEDRĠYE BÜġRA GÜNAY

ONUR HASTÜRK

HASAN HÜSEYIN KAZAN

AYLĠN KÖMEZ

CEREN KUVVET

YANUAR DWI PUTRA

LIMASALE

ESRA METĠN

MUSTAFA NAKĠPOĞLU

BURCU ONURLU

GĠZEM ÖZBEK

SERHAT ÖZDEMIR

ENDRI SOLLAKU

AYLA ġAHĠN

KÜBRA TOSUN

TUĞÇE CEREN TUĞRUL

GÖZDE NEZĠHE TUNCER

GÖKÇE UYANIK

TUĞÇE UYANIK

SIDIKA YAĞMUR ÜNAL

ÜMMÜGÜLSÜM YURTERI

MEHMET SEDAT FEYAT (Ph.D.)

MEHMET SEFA ULUTAġ (Ph.D.)

ZĠRVE YĠĞĠT (Ph.D.)

HANI ALISSA ALAM (M.S.)

ZEYNEP BILGIN (M.S.)

SELAY FIRTINA (M.S.)

BERNA LEYLUHAN

YURTSEVEN (M.S.)

ONUR TUNA (M.S.)

FATMA MELEK UYSAL (M.S.)

22

BĠYOTEKNOLOJĠ YAYIN BĠLGĠLERĠ

YAYIN GRAFĠKLERĠ

Year Documents Year Documents

2014 51 2003 14

2013 51 2002 25

2012 43 2001 14

2011 38 2000 5

2010 26 1999 7

2009 29 1998 9

2008 10 1997 6

2007 14 1996 3

2006 12 1995 3

2005 11 1993 4

2004 10 Total 385

23

YAYINLARIN KONULARA GÖRE DAĞILIMI

Subject Area Documents

Biochemistry, Genetics and Molecular Biology 162

Chemistry 126

Chemical Engineering 115

Materials Science 102

Engineering 63

Immunology and Microbiology 53

Agricultural and Biological Sciences 51

Environmental Science 38

Medicine 38

Physics and Astronomy 37

Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics 33

Energy 18

Mathematics 7

Dentistry 3

Social Sciences 3

Business, Management and Accounting 2

Earth and Planetary Sciences 2

Neuroscience 1

Veterinary 1

Total 385

24

BİYOTEKNOLOJİ BÖLÜMÜ YAYIN LİSTESİ

Unsoy, G., Khodadust, R., Yalcin, S., Mutlu, P., Gunduz, U. Synthesis of Doxorubicin loaded magnetic chitosan nanoparticles for pH responsive targeted drug delivery (2014) European Journal of Pharmaceutical Sciences, 62, pp. 243-250.

Ucan, D., Kanik, F.E., Karatas, Y., Toppare, L. Synthesis and characterization of a novel polyphosphazene and its application to biosensor in combination with a conducting polymer (2014) Sensors and Actuators, B: Chemical, 201, pp. 545-554.

Udum, Y.A., Yildiz, H.B., Azak, H., Sahin, E., Talaz, O., Çirpan, A., Toppare, L. Synthesis and spectroelectrochemistry of dithieno(3,2-b:2′,3′- d)pyrrole derivatives (2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (17), pp. 8676-8683.

Hippius, C., Bütün, V., Erel-Goktepe, I. Bacterial anti-adhesive properties of a monolayer of zwitterionic block copolymer micelles (2014) Materials Science and Engineering C, 41, pp. 354-362.

Yusan, P., Tuncel, I., Bütün, V., Demirel, A.L., Erel-Goktepe, I. PH-responsive layer-by-layer films of zwitterionic block copolymer micelles (2014) Polymer Chemistry, 5 (12), pp. 3777-3787.

Toksabay, S., Hacioglu, S.O., Unlu, N.A., Cirpan, A., Toppare, L. Thieno[3,2-b]thiophene as π-bridge at different acceptor systems for electrochromic applications (2014) Polymer (United Kingdom), 55 (14), pp. 3093-3099.

Akdaǧ, B., Çalik, P. Recombinant protein production by sucrose-utilizing Escherichia coli W: Untreated beet molasses-based feeding strategy development (2014) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, . Article in Press.

Acun, A., Hasirci, V. Construction of a collagen-based, split-thickness cornea substitute (2014) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, . Article in Press.

Kirdeciler, S.K., Ozen, C., Akata, B. Fabrication of nano- to micron-sized patterns using zeolites: Its application in BSA adsorption (2014) Microporous and Mesoporous Materials, 191, pp. 59-66.

Unsoy, G., Yalcin, S., Khodadust, R., Mutlu, P., Onguru, O., Gunduz, U. Chitosan magnetic nanoparticles for pH responsive Bortezomib release in cancer therapy (2014) Biomedicine and Pharmacotherapy, . Article in Press.

25

Liu, S., Lorenzen, E.D., Fumagalli, M., Li, B., Harris, K., Xiong, Z., Zhou, L., Korneliussen, T.S., Somel, M., Babbitt, C., Wray, G., Li, J., He, W., Wang, Z., Fu, W., Xiang, X., Morgan, C.C., Doherty, A., O'Connell, M.J., McInerney, J.O., Born, E.W., Dalén, L., Dietz, R., Orlando, L., Sonne, C., Zhang, G., Nielsen, R., Willerslev, E., Wang, J. Population genomics reveal recent speciation and rapid evolutionary adaptation in polar bears (2014) Cell, 157 (4), pp. 785-794. Cited 2 times.

Yildiz, H.B., Kamaci, M., Karaman, M., Toppare, L., Sayin, S. Photoelectrochemical biosensing approach for alcohol determination by "wiring" of alcohol oxidase photonically with P(SNS-NH 2)/AOx/CNT/[Ru(bpy) 3]2+ Modified electrodes (2014) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 51 (5), pp. 385-393.

Aydemir Sezer, U., Arslantunali, D., Aksoy, E.A., Hasirci, V., Hasirci, N. Poly(ε-caprolactone) composite scaffolds loaded with gentamicin-containing β-tricalcium phosphate/gelatin microspheres for bone tissue engineering applications (2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (8), art. no. 40110, .

Demirci Uzun, S., Kayaci, F., Uyar, T., Timur, S., Toppare, L. Bioactive surface design based on functional composite electrospun nanofibers for biomolecule immobilization and biosensor applications (2014) ACS Applied Materials and Interfaces, 6 (7), pp. 5235-5243.

Thliveros, P., Uçkun Kiran, E., Webb, C. Microbial biodiesel production by direct methanolysis of oleaginous biomass (2014) Bioresource Technology, 157, pp. 181-187.

Kekec, N.C., Kanik, F.E., Udum, Y.A., Hizliates, C.G., Ergun, Y., Toppare, L. A novel conducting polymer based platform for ethanol sensing (2014) Sensors and Actuators, B: Chemical, 193, pp. 306-314. Cited 1 time.

Kocabas, A., Ogel, Z.B., Bakir, U. Xylanase and itaconic acid production by Aspergillus terreus NRRL 1960 within a biorefinery concept (2014) Annals of Microbiology, 64 (1), pp. 75-84. Cited 1 time.

Hacioglu, S.O., Toksabay, S., Sendur, M., Toppare, L. Synthesis and electrochromic properties of triphenylamine containing copolymers: Effect of π-bridge on electrochemical properties (2014) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 52 (4), pp. 537-544. Cited 4 times.

Androga, D.D., Sevinç, P., Koku, H., Yücel, M., Gündüz, U., Eroglu, I. Optimization of temperature and light intensity for improved photofermentative hydrogen production using Rhodobacter capsulatus DSM 1710 (2014) International Journal of Hydrogen Energy, 39 (6), pp. 2472-2480. Cited 1 time.

Soylemez, S., Kanik, F.E., Uzun, S.D., Hacioglu, S.O., Toppare, L. Development of an efficient immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized multiwall carbon nanotubes: Synthesis and its application to ethanol biosensors (2014) Journal of Materials Chemistry B, 2 (5), pp. 511-521. Cited 2 times.

Endogan, T., Kiziltay, A., Kose, G.T., Comunoglu, N., Beyzadeoglu, T., Hasirci, N. Acrylic bone cements: Effects of the poly(methyl methacrylate) powder size and chitosan addition on their properties (2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (3), art. no. 39662, .

26

Güney, A., Hasirci, N. Properties and phase segregation of crosslinked PCL-based polyurethanes (2014) Journal of Applied Polymer Science, 131 (1), art. no. 39758, .

Ak, M., Yildiz, H.B., Toppare, L. Enzyme immobilization in a photosensitive conducting polymer bearing azobenzene in the main chain (2014) Polymer Bulletin, 71 (7), pp. 1827-1841.

Turac, E., Sahmetlioglu, E., Toppare, L. Synthesis and characterization of conducting copolymers of thiophene derivatives (2014) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 51 (3), pp. 210-216.

Eke, G., Kuzmina, A.M., Goreva, A.V., Shishatskaya, E.I., Hasirci, N., Hasirci, V. In vitro and transdermal penetration of PHBV micro/nanoparticles (2014) Journal of Materials Science: Materials in Medicine, 25 (6), pp. 1471-1481.

Selcan Gungor-Ozkerim, P., Balkan, T., Kose, G.T., Sezai Sarac, A., Kok, F.N. Incorporation of growth factor loaded microspheres into polymeric electrospun nanofibers for tissue engineering applications (2014) Journal of Biomedical Materials Research - Part A, 102 (6), pp. 1897-1908. Cited 1 time.

Aydogan, C., Kiskan, B., Hacioglu, S.O., Toppare, L., Yagci, Y. Electrochemical manipulation of adhesion strength of polybenzoxazines on metal surfaces: From strong adhesion to dismantling (2014) RSC Advances, 4 (52), pp. 27545-27551.

Aydin, G., Yucel, M., Chan, M.-T., Oktem, H.A. Evaluation of abiotic stress tolerance and physiological characteristics of potato (Solanum tuberosum L. cv. Kennebec) that heterologously expresses the rice Osmyb4 gene (2014) Plant Biotechnology Reports, 8 (3), pp. 295-304.

Karahan, A., Borsa, P., Gucu, A.C., Kandemir, I., Ozkan, E., Orek, Y.A., Acan, SC., Koban, E., Togan, I. Geometric morphometrics, Fourier analysis of otolith shape, and nuclear-DNA markers distinguish two anchovy species (Engraulis spp.) in the Eastern Mediterranean Sea (2014) Fisheries Research, 159, pp. 45-55.

Yilmaz, R., Cabi, E., Dogan, M. Molecular analyses of the genera Eremopyrum (Ledeb.) Jaub. & spach and Agropyron gaertner (Poaceae) by PCR methods (2014) Pakistan Journal of Botany, 46 (3), pp. 769-774.

Khan, M.K., Pandey, A., Choudhary, S., Hakki, E.E., Akkaya, M.S., Thomas, G. From RFLP to DArT: Molecular tools for wheat (Triticum spp.) diversity analysis (2014) Genetic Resources and Crop Evolution, 61 (5), pp. 1001-1032.

Göker, S., Hizalan, G., Udum, Y.A., Toppare, L. Electrochemical and optical properties of 5,6-bis(octyloxy)-2,1,3 benzooxadiazole containing low band gap polymers (2014) Synthetic Metals, 191, pp. 19-27.

Soylemez, S., Ekiz Kanik, F., Ileri, M., Hacioglu, S.O., Toppare, L. Development of a novel biosensor based on a conducting polymer (2014) Talanta, 118, pp. 84-89. Cited 2 times.

27

Taghavi Pourianazar, N., Mutlu, P., Gunduz, U. Bioapplications of poly(amidoamine) (PAMAM) dendrimers in nanomedicine (2014) Journal of Nanoparticle Research, 16 (4), .

Zaifoglu, B., Hacioglu, S.O., Unlu, N.A., Cirpan, A., Toppare, L. Structure-property relations in donor-acceptor-donor type benzimidazole containing conjugated polymers (2014) Journal of Materials Science, 49 (1), pp. 225-231.

Yiǧit, D., Udum, Y.A., Güllü, M., Toppare, L. Electrochemical and optical properties of novel terthienyl based azobenzene, coumarine and fluorescein containing polymers: Multicolored electrochromic polymers (2014) Journal of Electroanalytical Chemistry, 712, pp. 215-222.

Bahcecioglu, G., Buyuksungur, A., Kiziltay, A., Hasirci, N., Hasirci, V. Construction and in vitro testing of a multilayered, tissue-engineered meniscus (2014) Journal of Bioactive and Compatible Polymers, 29 (3), pp. 235-253.

Eskitoros, M.S., Çalik, P. Co-substrate mannitol feeding strategy design in semi-batch production of recombinant human erythropoietin production by Pichia pastoris (2014) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 89 (5), pp. 644-651.

Demirci, S., Koban Baştanlar, E., Daǧtaş, N.D., Pişkin, E., Engin, A., Özer, F., Yüncü, E., Doǧan, Ş.A., Togan, I. Mitochondrial DNA diversity of modern, ancient and wild sheep (Ovis gmelinii anatolica) from Turkey: New insights on the evolutionary history of sheep (2013) PLoS ONE, 8 (12), art. no. e81952, .

Gokduman, K., Demir, A.S. Camptothecin anticancer drug loaded iron oxide micro and nanoparticles: Tuning targeted and sustained release of the drug in bioactive form (2013) Current Nanoscience, 9 (6), pp. 704-710.

Bahcegul, E., Akinalan, B., Toraman, H.E., Erdemir, D., Ozkan, N., Bakir, U. Extrusion of xylans extracted from corn cobs into biodegradable polymeric materials (2013) Bioresource Technology, 149, pp. 582-585. Cited 1 time.

Ramazanoglu, M., Lutz, R., Rusche, P., Trabzon, L., Kose, G.T., Prechtl, C., Schlegel, K.A. Bone response to biomimetic implants delivering BMP-2 and VEGF: An immunohistochemical study (2013) Journal of Cranio-Maxillofacial Surgery, 41 (8), pp. 826-835.

Uzun, S.D., Unlu, N.A., Sendur, M., Kanik, F.E., Timur, S., Toppare, L. A novel promising biomolecule immobilization matrix: Synthesis of functional benzimidazole containing conducting polymer and its biosensor applications (2013) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 112, pp. 74-80. Cited 2 times.

Aydemir Sezer, U., Arslantunali, D., Aksoy, E.A., Hasirci, V., Hasirci, N. Poly(ε-caprolactone) composite scaffolds loaded with gentamicin-containing β-tricalcium phosphate/gelatin microspheres for bone tissue engineering applications (2013) Journal of Applied Polymer Science, . Article in Press.

28

Eskitoros, M.Ş., Ata, O., Çalik, P. Metabolic reaction network of Pichia pastoris with glycosylation reactions: Flux analysis for erythropoietin production (2013) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, . Article in Press.

Haykir, N.I., Bakir, U. Ionic liquid pretreatment allows utilization of high substrate loadings in enzymatic hydrolysis of biomass to produce ethanol from cotton stalks (2013) Industrial Crops and Products, 51, pp. 408-414.

Soylemez, S., Kanik, F.E., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L. A sepiolite modified conducting polymer based biosensor (2013) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 111, pp. 549-555. Cited 2 times.

Endogan, T., Ozyaylali, I., Kulacoglu, H., Serbetci, K., Kiyak, G., Hasirci, N. Effects of ethylene oxide resterilization and in-vitro degradation on mechanical properties of partially absorbable composite hernia meshes (2013) Chirurgia (Romania), 108 (6), pp. 840-848.

Erdoǧ, A., Putra Limasale, Y.D., Keskin, D., Tezcaner, A., Banerjee, S. In vitro characterization of a liposomal formulation of celecoxib containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine, Cholesterol, and Polyethylene Glycol and its functional effects against colorectal cancer cell lines (2013) Journal of Pharmaceutical Sciences, 102 (10), pp. 3666-3677.

Kence, M., Oskay, D., Giray, T., Kence, A. Honey bee colonies from different races show variation in defenses against the varroa mite in a 'common garden' (2013) Entomologia Experimentalis et Applicata, 149 (1), pp. 36-43.

Namal, I., Ozelcaglayan, A.C., Udum, Y.A., Toppare, L. Synthesis and electrochemical characterization of fluorene and benzimidazole containing novel conjugated polymers: Effect of alkyl chain length on electrochemical properties (2013) European Polymer Journal, 49 (10), pp. 3181-3187.

Uçkun Kiran, E., Akpinar, O., Bakir, U. Improvement of enzymatic xylooligosaccharides production by the co-utilization of xylans from different origins (2013) Food and Bioproducts Processing, 91 (4), pp. 565-574. Cited 1 time.

Akpinar, H.Z., Udum, Y.A., Toppare, L. Spray-processable thiazolothiazole-based copolymers with altered donor groups and their electrochromic properties (2013) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 51 (18), pp. 3901-3906. Cited 5 times.

Çalik, P., Bozkurt, B., Zerze, G.H., Inankur, B., Bayraktar, E., Boy, E., Orman, M.A., Açik, E., Özdamar, T.H. Effect of co-substrate sorbitol different feeding strategies on human growth hormone production by recombinant Pichia pastoris (2013) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 88 (9), pp. 1631-1640. Cited 1 time.

29

Yilgor, P., Yilmaz, G., Onal, M.B., Solmaz, I., Gundogdu, S., Keskil, S., Sousa, R.A., Reis, R.L., Hasirci, N., Hasirci, V. An in vivo study on the effect of scaffold geometry and growth factor release on the healing of bone defects (2013) Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 7 (9), pp. 687-696. Cited 4 times.

Ileri, M., Hacioglu, S.O., Toppare, L. The effect of para- and meta-substituted fluorine on optical behaviorof benzimidazole derivatives (2013) Electrochimica Acta, 109, pp. 214-220. Cited 1 time.

Kavas, M., Baloǧlu, M.C., Akça, O., Köse, F.S., Gökçay, D. Effect of drought stress on oxidative damage and antioxidant enzyme activity in melon seedlings (2013) Turkish Journal of Biology, 37 (4), pp. 491-498. Cited 1 time.

Kesik, M., Kanik, F.E., Hizalan, G., Kozanoglu, D., Esenturk, E.N., Timur, S., Toppare, L. A functional immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized gold nanoparticles: Synthesis and its application as an amperometric glucose biosensor (2013) Polymer (United Kingdom), 54 (17), pp. 4463-4471. Cited 6 times.

Kesik, M., Kocer, O., Kanik, F.E., Unlu, N.A., Rende, E., Aslan-Gurel, E., Rossi, R.M., Udum, Y.A., Toppare, L. Effective and functional surface design for biosensing applications based on a novel conducting polymer and PMMA/Clay nanocomposite (2013) Electroanalysis, 25 (8), pp. 1995-2006. Cited 2 times.

Yüncü, E., Demirci, S., Koban Baştanlar, E., Doǧan, T.A., Taşdemir, U., Togan, T. Comparative study of three simple molecular approaches in search of mtDNA haplogroup identification of domestic sheep (2013) Small Ruminant Research, 114 (1), pp. 64-71. Cited 1 time.

Kanik, F.E., Kolb, M., Timur, S., Bahadir, M., Toppare, L. An amperometric acetylcholine biosensor based on a conducting polymer (2013) International Journal of Biological Macromolecules, 59, pp. 111-118. Cited 3 times.

Khodadust, R., Mutlu, P., Yalcin, S., Unsoy, G., Gunduz, U. Polyinosinic:polycytidylic acid loading onto different generations of PAMAM dendrimer-coated magnetic nanoparticles (2013) Journal of Nanoparticle Research, 15 (8), art. no. 1860, .

Baloglu, M.C., Battal, A., Aydin, G., Eroglu, A., Oz, M.T., Kavas, M., Oktem, H.A., Yucel, M. Vector construction strategies for transformation of wheat plant (2013) Journal of Animal and Plant Sciences, 23 (3), pp. 906-912.

Karakus, M., Nurioglu, A.G., Akpinar, H.Z., Toppare, L., Cirpan, A. Synthesis and electrochromic properties of trans-stilbene bearing copolymers obtained with different repeat unit and chain length (2013) Electrochimica Acta, 100, pp. 110-117. Cited 2 times.

Corakci, B., Hacioglu, S.O., Toppare, L., Bulut, U. Long wavelength photosensitizers in photoinitiated cationic polymerization: The effect of quinoxaline derivatives on photopolymerization (2013) Polymer (United Kingdom), 54 (13), pp. 3182-3187. Cited 8 times.

30

Rouhollah, K., Pelin, M., Serap, Y., Gozde, U., Ufuk, G. Doxorubicin loading, release, and stability of polyamidoamine dendrimer-coated magnetic nanoparticles (2013) Journal of Pharmaceutical Sciences, 102 (6), pp. 1825-1835. Cited 3 times.

Cicek, M., Mutlu, O., Erdemir, A., Ozkan, E., Saricay, Y., Turgut-Balik, D. Single mutation in Shine-Dalgarno-like sequence present in the amino terminal of lactate dehydrogenase of plasmodium effects the production of an eukaryotic protein expressed in a prokaryotic system (2013) Molecular Biotechnology, 54 (2), pp. 602-608.

Yildiz, G., Arslan-Ergul, A., Bagislar, S., Konu, O., Yuzugullu, H., Gursoy-Yuzugullu, O., Ozturk, N., Ozen, C., Ozdag, H., Erdal, E., Karademir, S., Sagol, O., Mizrak, D., Bozkaya, H., Ilk, H.G., Ilk, O., Bilen, B., Cetin-Atalay, R., Akar, N., Ozturk, M. Genome-Wide Transcriptional Reorganization Associated with Senescence-to-Immortality Switch during Human Hepatocellular Carcinogenesis (2013) PLoS ONE, 8 (5), art. no. e64016, . Cited 1 time.

Keshtov, M.L., Udum, Y.A., Toppare, L., Kochurov, V.S., Khokhlov, A.R. Synthesis of aromatic poly(pyridinium salt)s and their electrochromic properties (2013) Materials Chemistry and Physics, 139 (2-3), pp. 936-943. Cited 1 time.

Cevher, S.C., Unlu, N.A., Ozelcaglayan, A.C., Apaydin, D.H., Udum, Y.A., Toppare, L., Cirpan, A. Fused structures in the polymer backbone to investigate the photovoltaic and electrochromic properties of donor-acceptor-type conjugated polymers (2013) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 51 (9), pp. 1933-1941. Cited 4 times.

Angardi, V., Çalik, P. Beet molasses based exponential feeding strategy for thermostable glucose isomerase production by recombinant Escherichia coli BL21 (DE3) (2013) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 88 (5), pp. 845-852. Cited 2 times.

Hakki, S.S., Korkusuz, P., Purali, N., Korkusuz, F., Bozkurt, B.S., Hakki, E.E., Onder, M.E., Gorur, I., Nohutcu, R.M., Timucin, M., Ozturk, A. Periodontal ligament cell behavior on different titanium surfaces (2013) Acta Odontologica Scandinavica, 71 (3-4), pp. 906-916.

Deniz, T.K., Nurioglu, A.G., Unlu, N.A., Sendur, M., Toppare, L., Cirpan, A. Syntheses, electrochemical and photophysical properties of biphenyl containing conjugated copolymers (2013) Polymer (United Kingdom), 54 (9), pp. 2243-2249. Cited 1 time.

Soylemez, S., Kanik, F.E., Nurioglu, A.G., Akpinar, H., Toppare, L. A novel conducting copolymer: Investigation of its matrix properties for cholesterol biosensor applications (2013) Sensors and Actuators, B: Chemical, 182, pp. 322-329. Cited 6 times.

Ozgen, O., Aksoy, E.A., Hasirci, V., Hasirci, N. Surface characterization and radical decay studies of oxygen plasma-treated PMMA films (2013) Surface and Interface Analysis, 45 (4), pp. 844-853. Cited 1 time.

Ak, M., Cetişli, H., Toppare, L. Blend or copolymer? Spectroelectrochemical evidence of copolymerization and blending of two electrochromic monomers (2013) Colloid and Polymer Science, 291 (4), pp. 767-772.

31

Özgür, E., Peksel, B. Biohydrogen production from barley straw hydrolysate through sequential dark and photofermentation (2013) Journal of Cleaner Production, 52, pp. 14-20.

Nurioglu, A.G., Akpinar, H., Kanik, F.E., Toffoli, D., Toppare, L. Further investigation of intramolecular H-bonding in benzimidazole and EDOT containing monomer (2013) Journal of Electroanalytical Chemistry, 693, pp. 23-27.

Khodadust, R., Unsoy, G., Yalcin, S., Gunduz, G., Gunduz, U. PAMAM dendrimer-coated iron oxide nanoparticles: Synthesis and characterization of different generations (2013) Journal of Nanoparticle Research, 15 (3), art. no. 1488, . Cited 3 times.

Ertan, A.B., Yilgor, P., Bayyurt, B., Çalikoǧlu, A.C., Kaspar, Ç., Kök, F.N., Kose, G.T., Hasirci, V. Effect of double growth factor release on cartilage tissue engineering (2013) Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 7 (2), pp. 149-160. Cited 3 times.

Uçkun Kiran, E., Trzcinski, A., Webb, C. Microbial oil produced from biodiesel by-products could enhance overall production (2013) Bioresource Technology, 129, pp. 650-654. Cited 4 times.

Koclar Avci, G., Coruh, N., Bolukbasi, U., Ogel, Z.B. Oxidation of phenolic compounds by the bifunctional catalase-phenol oxidase (CATPO) from Scytalidium thermophilum (2013) Applied Microbiology and Biotechnology, 97 (2), pp. 661-672. Cited 1 time.

Bilgic, H., Demiriz, M., Ozler, M., Ide, T., Dogan, N., Gumus, S., Kiziltay, A., Endogan, T., Hasirci, V., Hasirci, N. Gelatin based scaffolds and effect of EGF dose on wound healing (2013) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 3 (2), pp. 205-211.

Yildiz, D.E., Apaydin, D.H., Toppare, L., Cirpan, A. Dielectric and electrical properties of an organic device containing benzotriazole and fluorene bearing copolymer (2013) Journal of Applied Polymer Science, 128 (3), pp. 1659-1664. Cited 4 times.

Yilgor Huri, P., Huri, G., Yasar, U., Ucar, Y., Dikmen, N., Hasirci, N., Hasirci, V. A biomimetic growth factor delivery strategy for enhanced regeneration of iliac crest defects (2013) Biomedical Materials (Bristol), 8 (4), art. no. 045009, .

Halili, A.N., Hasirci, N., Hasirci, V. A mechanically functional collagen-based construct designed as a meniscus substitute (2013) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 3 (2), pp. 173-184. Cited 2 times.

Erkan, M., Sanin, F.D. Can sludge dewatering reactivate microorganisms in mesophilically digested anaerobic sludge? Case of belt filter versus centrifuge (2013) Water Research, 47 (1), pp. 428-438. Cited 1 time.

32

Haykir, N.I., Bahcegul, E., Bicak, N., Bakir, U. Pretreatment of cotton stalk with ionic liquids including 2-hydroxy ethyl ammonium formate to enhance biomass digestibility (2013) Industrial Crops and Products, 41 (1), pp. 430-436. Cited 8 times.

Al Layla, A.M.T., Türkarslan, O., Kurbanoglu, S., Sulaiman, S.T., Al-Flayeh, K.A., Toppare, L. A new amperometric biosensor for diamine: Use of a conducting polymer layer (2013) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 50 (9), pp. 914-922.

Zaifoglu, B., Sendur, M., Unlu, N.A., Toppare, L. High optical transparency in all redox states: Synthesis and characterization of benzimidazole and thieno[3,2-b]thiophene containing conjugated polymers (2012) Electrochimica Acta, 85, pp. 78-83. Cited 3 times.

Aksoy, E.A., Hasirci, N. Detailed characterization of structure-property relationship of polyurethanes synthesized as biomaterials (2012) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2 (4), pp. 345-354. Cited 1 time.

Gunel, A., Asbahi, A., Ozgazi, N., Akkaya, M.S. Identification of differentially expressed proteins in wheat after benzothiadiazole treatment (2012) Journal of Plant Diseases and Protection, 119 (5-6), pp. 182-190.

Isik, Z., Ersahin, T., Atalay, V., Aykanat, C., Cetin-Atalay, R. A signal transduction score flow algorithm for cyclic cellular pathway analysis, which combines transcriptome and ChIP-seq data (2012) Molecular BioSystems, 8 (12), pp. 3224-3231.

Aksoy, C., Severcan, F. Characterization of stem cells by vibrational spectroscopy (2012) Advances in Biomedical Spectroscopy, 6, pp. 138-164.

Kanik, F.E., Rende, E., Timur, S., Toppare, L. A novel functional conducting polymer: Synthesis and application to biomolecule immobilization (2012) Journal of Materials Chemistry, 22 (42), pp. 22517-22525. Cited 7 times.

Turac, E., Sahmetlioglu, E., Demircan, A., Toppare, L. Synthesis and characterization of conducting copolymer of Trans-1-(4-methyl-3'-thienyl)-2-(ferrocenyl)ethene with EDOT (2012) Journal of Applied Polymer Science, 126 (3), pp. 808-814. Cited 6 times.

Unsoy, G., Yalcin, S., Khodadust, R., Gunduz, G., Gunduz, U. Synthesis optimization and characterization of chitosancoated iron oxide nanoparticles produced for biomedical applications (2012) Journal of Nanoparticle Research, 14 (11), art. no. 964, . Cited 13 times.

Mutlu, P., Ural, A.U., Gündüz, U. Differential oncogene-related gene expressions in myeloma cells resistant to prednisone and vincristine (2012) Biomedicine and Pharmacotherapy, 66 (7), pp. 506-511. Cited 1 time.

33

Aksoy, C., Severcan, F. Role of vibrational spectroscopy in stem cell research (2012) Spectroscopy (New York), 27 (3), pp. 167-184. Cited 1 time.

Demirci, S., Emre, F.B., Ekiz, F., Oguzkaya, F., Timur, S., Tanyeli, C., Toppare, L. Functionalization of poly-SNS-anchored carboxylic acid with Lys and PAMAM: Surface modifications for biomolecule immobilization/stabilization and bio-sensing applications (2012) Analyst, 137 (18), pp. 4254-4261. Cited 7 times.

Cansiz, S., Özen, C., Bayraç, C., Bayraç, AT., Gül, F., Kavruk, M., Öktem, HA., Yilmaz, R., Eyidogan, F. A sandwich-type DNA array platform for detection of GM targets in multiplex assay (2012) European Food Research and Technology, 235 (3), pp. 429-437. Cited 1 time.

Endogan, T., Kiziltay, A., Hasirci, V., Hasirci, N. Modification of acrylic bone cements with oxygen plasma and additives (2012) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2 (3), pp. 236-243. Cited 2 times.

Çelik, E., Çalik, P. Production of recombinant proteins by yeast cells (2012) Biotechnology Advances, 30 (5), pp. 1108-1118. Cited 26 times.

Akpinar, H., Nurioglu, A.G., Toppare, L. Influence of hydrogen bonding on electrochromic properties of conducting polymers (2012) Journal of Electroanalytical Chemistry, 683, pp. 62-69. Cited 3 times.

Hasirci, V., Pepe-Mooney, B.J. Understanding the cell behavior on nano-/micro-patterned surfaces (2012) Nanomedicine, 7 (9), pp. 1375-1389. Cited 5 times.

Nurioglu, A.G., Akpinar, H., Sendur, M., Toppare, L. Multichromic benzimidazole-containing polymers: Comparison of donor and acceptor unit effects (2012) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 50 (17), pp. 3499-3506. Cited 10 times.

Başkurt, E., Ekiz, F., Demirkol, D.O., Timur, S., Toppare, L. A conducting polymer with benzothiadiazole unit: Cell based biosensing applications and adhesion properties (2012) Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 97, pp. 13-18. Cited 1 time.

Hocaoglu, I., Çizmeciyan, M.N., Erdem, R., Ozen, C., Kurt, A., Sennaroglu, A., Acar, H.Y. Development of highly luminescent and cytocompatible near-IR-emitting aqueous Ag 2S quantum dots (2012) Journal of Materials Chemistry, 22 (29), pp. 14674-14681. Cited 11 times.

Hakki, S.S., Bozkurt, S.B., Hakki, E.E., Korkusuz, P., Purali, N., Koç, N., Timucin, M., Ozturk, A., Korkusuz, F. Osteogenic differentiation of MC3T3-E1 cells on different titanium surfaces (2012) Biomedical Materials, 7 (4), art. no. 045006, .

34

Aksoy, C., Guliyev, A., Kilic, E., Uckan, D., Severcan, F. Bone marrow mesenchymal stem cells in patients with beta thalassemia major: Molecular analysis with attenuated total reflection-fourier transform infrared spectroscopy study as a novel method (2012) Stem Cells and Development, 21 (11), pp. 2000-2011. Cited 3 times.

Bahcegul, E., Apaydin, S., Haykir, N.I., Tatli, E., Bakir, U. Different ionic liquids favor different lignocellulosic biomass particle sizes during pretreatment to function efficiently (2012) Green Chemistry, 14 (7), pp. 1896-1903. Cited 7 times.

Oktem, H.A., Senyurt, O., Eyidogan, F.I., Bayrac, C., Yilmaz, R. Development of a laccase based paper biosensor for the detection of phenolic compounds (2012) Journal of Food, Agriculture and Environment, 10 (2), pp. 1030-1034. Cited 1 time.

Nur, Y., Duygulu, Ş., Pitcher, M.W., Toppare, L. The electrochemical synthesis of poly(methylcarbyne) for diamond film coatings (2012) Journal of Applied Polymer Science, 124 (5), pp. 3626-3632.

Kiziltay, A., Fernandez, A.M., Roman, J.S., Hasirci, V., Hasirci, N. Lysine based poly(ester-urethane) films for tissue engineering applications (2012) Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2 (2), pp. 143-153. Cited 1 time.

Uçkun Kiran, E., Salakkam, A., Trzcinski, A.P., Bakir, U., Webb, C. Enhancing the value of nitrogen from rapeseed meal for microbial oil production (2012) Enzyme and Microbial Technology, 50 (6-7), pp. 337-342. Cited 5 times.

Bulut, U., Yilmaz, S., Yigitsoy, B., Toppare, L. Long wavelength photosensitizers for diaryliodonium salts based on the 2-benzyl-2 H -benzo[ d ][1,2,3]triazole Skeleton (2012) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 49 (5), pp. 445-449.

Ozelcaglayan, A.C., Sendur, M., Akbasoglu, N., Apaydin, D.H., Cirpan, A., Toppare, L. Synthesis and electrochemical properties of a new benzimidazole derivative as the acceptor unit in donor-acceptor-donor type polymers (2012) Electrochimica Acta, 67, pp. 224-229. Cited 13 times.

Kalkan, N.A., Aksoy, S., Aksoy, E.A., Hasirci, N. Adsorption of reactive yellow 145 onto chitosan coated magnetite nanoparticles (2012) Journal of Applied Polymer Science, 124 (1), pp. 576-584. Cited 5 times.

Mutlu, P., Ural, A.U., Gündüz, U. Differential gene expression analysis related to extracellular matrix components in drug-resistant RPMI-8226 cell line (2012) Biomedicine and Pharmacotherapy, 66 (3), pp. 228-231. Cited 3 times.

Kaya, E., Apaydn, D.H., Yldz, D.E., Toppare, L., Cirpan, A. Solution processable benzotriazole and fluorene containing copolymers for photovoltaic applications (2012) Solar Energy Materials and Solar Cells, 99, pp. 321-326. Cited 12 times.

35

Ozdemir, S., Sendur, M., Oktem, G., Doǧan, O., Toppare, L. A promising combination of benzotriazole and quinoxaline units: A new acceptor moiety toward synthesis of multipurpose donor-acceptor type polymers (2012) Journal of Materials Chemistry, 22 (11), pp. 4687-4694. Cited 14 times.

Karakus, M., Apaydn, D.H., Yldz, D.E., Toppare, L., Cirpan, A. Benzotriazole and benzothiadiazole containing conjugated copolymers for organic solar cell applications (2012) Polymer, 53 (6), pp. 1198-1202. Cited 14 times.

Tanriverdi, S., Tuncagil, S., Toppare, L. A new amperometric alcohol oxidase biosensor based on conducting polymer of (4,7-dithien-2-yl-2, 1,3-benzothiadiazole) (2012) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 49 (3), pp. 185-190. Cited 1 time.

Ashammakhi, N., Ndreu, A., Yang, Y., Ylikauppila, H., Nikkola, L. Nanofiber-based scaffolds for tissue engineering (2012) European Journal of Plastic Surgery, 35 (2), pp. 135-149. Cited 8 times.

Karakus, M., Balan, A., Baran, D., Toppare, L., Cirpan, A. Electrochemical and optical properties of solution processable benzotriazole and benzothiadiazole containing copolymers (2012) Synthetic Metals, 162 (1-2), pp. 79-84. Cited 5 times.

Bulut, U., Kolay, M., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L. Quinoxaline derivatives as long wavelength photosensitizers in photoinitiated cationic polymerization of diaryliodonium salts (2012) Progress in Organic Coatings, 73 (2-3), pp. 215-218. Cited 3 times.

Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L. Tailoring the optoelectronic properties of donor-acceptor-donor type π-conjugated polymers via incorporating different electron-acceptor moieties (2012) Thin Solid Films, 520 (7), pp. 2960-2965. Cited 4 times.

Yilmaz, R., Akça, O., Baloǧlu, M.C., Öz, M.T., Öktem, H.A., Yücel, M. Optimization of yeast (Saccharomyces cerevisiae) RNA isolation method for real-time quantitative PCR and microarray analysis (2012) African Journal of Biotechnology, 11 (5), pp. 1046-1053. Cited 1 time.

Apaydin, D.H., Akpinar, H., Sendur, M., Toppare, L. Electrochromism in multichromic conjugated polymers: Thiophene and azobenzene derivatives on the main chain (2012) Journal of Electroanalytical Chemistry, 665, pp. 52-57. Cited 3 times.

Kalkan, N.A., Aksoy, S., Aksoy, E.A., Hasirci, N. Preparation of chitosan-coated magnetite nanoparticles and application for immobilization of laccase (2012) Journal of Applied Polymer Science, 123 (2), pp. 707-716. Cited 23 times.

Guven, B., Boyaci, I.H., Tamer, U., Çalik, P. A rapid method for detection of genetically modified organisms based on magnetic separation and surface-enhanced Raman scattering (2012) Analyst, 137 (1), pp. 202-208. Cited 8 times.

36

Bahcegul, E., Toraman, H.E., Ozkan, N., Bakir, U. Evaluation of alkaline pretreatment temperature on a multi-product basis for the co-production of glucose and hemicellulose based films from lignocellulosic biomass (2012) Bioresource Technology, 103 (1), pp. 440-445. Cited 12 times.

Tunca, R.I., Kence, M. Genetic diversity of honey bee (Apis mellifera L.: Hymenoptera: Apidae) populations in Turkey revealed by RAPD markers (2011) African Journal of Agricultural Research, 6 (29), pp. 6217-6225.

Esmer, E.N., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Toppare, L. Near infrared electrochromic polymers based on phenazine moieties (2011) Materials Chemistry and Physics, 131 (1-2), pp. 519-524. Cited 7 times.

Androga, D.D., Özgür, E., Eroglu, I., Gündüz, U., Yücel, M. Significance of carbon to nitrogen ratio on the long-term stability of continuous photofermentative hydrogen production (2011) International Journal of Hydrogen Energy, 36 (24), pp. 15583-15594. Cited 9 times.

Aydar, S., Elif Böyükbayram, A., Şendur, M., Toppare, L. Immobilization of invertase in DAD type polymers: Combination of benzothiadiazole acceptor unit and 3,4-ethylenedioxythiophene and thiophene donor units (2011) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 48 (11), pp. 855-861. Cited 3 times.

Kaya, I., Kirişözü, A.C., Ersoy, F.Y., Dere, S., Akkaya, M.S. Genetic diversity and relationship analysis among accessions of Aegilops ssp. in Turkey using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers (2011) African Journal of Biotechnology, 10 (72), pp. 16167-16174.

Emre, F.B., Ekiz, F., Balan, A., Emre, S., Timur, S., Toppare, L. Conducting polymers with benzothiadiazole and benzoselenadiazole units for biosensor applications (2011) Sensors and Actuators, B: Chemical, 158 (1), pp. 117-123. Cited 14 times.

Yüzügüllü, Y., Ögel, Z.B., Bölükbaşi, U.B., Çoruh, N., Karakaş, G. Production of a novel bifunctional catalase-phenol oxidase of scytalidium thermophilum in the presence of phenolic compounds [Scytalidium thermohilum'un özgün çift aktiviteli katalaz-fenol oksidazi{dotless}ni{dotless}n fenolik maddeler varli{dotless}ǧi{dotless}nda üretimi] (2011) Turkish Journal of Biology, 35 (6), pp. 697-704.

Kankilic, B., Bayramli, E., Kilic, E., Daǧdeviren, S., Korkusuz, F. Vancomycin containing PLLA/β-TCP controls MRSA in vitro (2011) Clinical Orthopaedics and Related Research, 469 (11), pp. 3222-3228. Cited 3 times.

Unver, E.K., Tarkuc, S., Udum, Y.A., Tanyeli, C., Toppare, L. The effect of the donor unit on the optical properties of polymers (2011) Organic Electronics: physics, materials, applications, 12 (10), pp. 1625-1631. Cited 6 times.

Pekgöz, G., Gündüz, U., Erolu, I., Yücel, M., Kovács, K., Rákhely, G. Effect of inactivation of genes involved in ammonium regulation on the biohydrogen production of Rhodobacter capsulatus (2011) International Journal of Hydrogen Energy, 36 (21), pp. 13536-13546. Cited 5 times.

37

Bahcegul, E., Tatli, E., Haykir, N.I., Apaydin, S., Bakir, U. Selecting the right blood glucose monitor for the determination of glucose during the enzymatic hydrolysis of corncob pretreated with different methods (2011) Bioresource Technology, 102 (20), pp. 9646-9652. Cited 7 times.

Sendur, M., Balan, A., Baran, D., Toppare, L. Syntheses and optoelectronic properties of quinoxaline polymers: The effect of donor unit (2011) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 49 (18), pp. 4064-4070. Cited 1 time.

Ekiz, F., Ouzkaya, F., Akin, M., Timur, S., Tanyeli, C., Toppare, L. Synthesis and application of poly-SNS-anchored carboxylic acid: A novel functional matrix for biomolecule conjugation (2011) Journal of Materials Chemistry, 21 (33), pp. 12337-12343. Cited 11 times.

Akturk, O., Tezcaner, A., Bilgili, H., Deveci, M.S., Gecit, M.R., Keskin, D. Evaluation of sericin/collagen membranes as prospective wound dressing biomaterial (2011) Journal of Bioscience and Bioengineering, 112 (3), pp. 279-288. Cited 10 times.

Kenar, H., Kose, G.T., Toner, M., Kaplan, D.L., Hasirci, V. A 3D aligned microfibrous myocardial tissue construct cultured under transient perfusion (2011) Biomaterials, 32 (23), pp. 5320-5329. Cited 22 times.

Bulut, U., Kolay, M., Tarkuc, S., Toppare, L. Dibenzophenazine derivatives as visible photosensitizers for diaryliodonium salts (2011) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 49 (15), pp. 3299-3303. Cited 4 times.

Tuncagil, S., Ozdemir, C., Demirkol, D.O., Timur, S., Toppare, L. Gold nanoparticle modified conducting polymer of 4-(2,5-di(thiophen-2-yl)- 1H-pyrrole-1-l) benzenamine for potential use as a biosensing material (2011) Food Chemistry, 127 (3), pp. 1317-1322. Cited 13 times.

Ilk, O., Rajabli, F., Dungul, D.C., Ozdag, H., Ilk, H.G. A novel approach for small sample size family-based association studies: Sequential tests (2011) European Journal of Human Genetics, 19 (8), pp. 915-920. Cited 2 times.

Raposo, F., Fernández-Cegrí, V., de la Rubia, M.A., Borja, R., Béline, F., Cavinato, C., Demirer, G., Fernández, B., Fernández-Polanco, M., Frigon, J.C., Ganesh, R., Kaparaju, P., Koubova, J., Méndez, R., Menin, G., Peene, A., Scherer, P., Torrijos, M., Uellendahl, H., Wierinck, I., de Wilde, V. Biochemical methane potential (BMP) of solid organic substrates: Evaluation of anaerobic biodegradability using data from an international interlaboratory study (2011) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 86 (8), pp. 1088-1098. Cited 30 times.

Tural, B., Betül Sopac, Š., Özkan, N., Demir, A.S., Volkan, M. Preparation and characterization of surface modified γ-Fe 2O 3 (maghemite)silica nanocomposites used for the purification of benzaldehyde lyase (2011) Journal of Physics and Chemistry of Solids, 72 (8), pp. 968-973. Cited 3 times.

Kocabas, A., Suday Kocabas, D., Bakir Bolukbasi, U. One-step purification and characterization of a low molecular weight xylanase from Aspergillus terreus NRRL 1960 (2011) Journal of Applied Biological Sciences, 5 (2), pp. 61-65. Cited 1 time.

38

Köroǧlu, T.E., Öǧülür, I., Mutlu, S., Yazgan-Karataş, A., Özcengiz, G. Global regulatory systems operating in bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis (2011) Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 20 (3), pp. 144-155. Cited 3 times.

Ozdemir, C., Tuncagil, S., Demirkol, D.O., Timur, S., Toppare, L. Design of carbon nanotube modified conducting polymer for biosensing applications (2011) Journal of Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry, 48 (7), pp. 503-508. Cited 4 times.

Soyaslan, E.T., Çalik, P. Enhanced recombinant human erythropoietin production by Pichia pastoris in methanol fed-batch/sorbitol batch fermentation through pH optimization (2011) Biochemical Engineering Journal, 55 (1), pp. 59-65. Cited 7 times.

Unver, E.K., Tarkuc, S., Baran, D., Tanyeli, C., Toppare, L. Synthesis of new donor-acceptor polymers containing thiadiazoloquinoxaline and pyrazinoquinoxaline moieties: Low-band gap, high optical contrast, and almost black colored materials (2011) Tetrahedron Letters, 52 (21), pp. 2725-2729. Cited 8 times.

Balan, A., Baran, D., Toppare, L. Benzotriazole containing conjugated polymers for multipurpose organic electronic applications (2011) Polymer Chemistry, 2 (5), pp. 1029-1043. Cited 43 times.

Nielsen, R., Kingshott, P., Uyar, T., Hacaloglu, J., Larsen, K.L. Characterization of β-cyclodextrin modified SiO2 (2011) Surface and Interface Analysis, 43 (5), pp. 884-892. Cited 3 times.

Baran, D., Oktem, G., Celebi, S., Toppare, L. Neutral-state green conjugated polymers from pyrrole bis-substituted benzothiadiazole and benzoselenadiazole for electrochromic devices (2011) Macromolecular Chemistry and Physics, 212 (8), pp. 799-805. Cited 6 times.

Öktem, G., Balan, A., Baran, D., Toppare, L. Donor-acceptor type random copolymers for full visible light absorption (2011) Chemical Communications, 47 (13), pp. 3933-3935. Cited 25 times.

Gurkok, S., Cekmecelioglu, D., Ogel, Z.B. Optimization of culture conditions for Aspergillus sojae expressing an Aspergillus fumigatus α-galactosidase (2011) Bioresource Technology, 102 (7), pp. 4925-4929. Cited 1 time.

Bayrac, A.T., Sefah, K., Parekh, P., Bayrac, C., Gulbakan, B., Oktem, H.A., Tan, W. In vitro selection of DNA aptamers to glioblastoma multiforme (2011) ACS Chemical Neuroscience, 2 (3), pp. 175-181. Cited 23 times.

Çalik, P., Şahin, M., Taşpinar, H., Soyaslan, E.Ş.., Inankur, B. Dynamic flux balance analysis for pharmaceutical protein production by Pichia pastoris: Human growth hormone (2011) Enzyme and Microbial Technology, 48 (3), pp. 209-216. Cited 2 times.

39

Hizalan, G., Balan, A., Baran, D., Toppare, L. Spray processable ambipolar benzotriazole bearing electrochromic polymers with multi-colored and transmissive states (2011) Journal of Materials Chemistry, 21 (6), pp. 1804-1809. Cited 14 times.

Dagdeviren, S., Kandilci, H.B., Uysal, B., Zeybek, N.D., Korkusuz, P., Gümüsel, B., Korkusuz, F. Tumor necrosis factor-alpha antagonist administration recovers skeletal muscle dysfunction in ovariectomized rats (2011) Journal of Orthopaedic Research, 29 (2), pp. 275-280.

Özdemir, S., Balan, A., Baran, D., Doan, O., Toppare, L. Green to highly transmissive switching multicolored electrochromes: Ferrocene pendant group effect on electrochromic properties (2011) Reactive and Functional Polymers, 71 (2), pp. 168-174. Cited 8 times.

Yigitsoy, B., Abdul Karim, S.M., Balan, A., Baran, D., Toppare, L. Multichromic polymers of benzotriazole derivatives: Effect of benzyl substitution (2011) Electrochimica Acta, 56 (5), pp. 2263-2268. Cited 8 times.

Kaya, E., Balan, A., Baran, D., Cirpan, A., Toppare, L. Electrochromic and optical studies of solution processable benzotriazole and fluorene containing copolymers (2011) Organic Electronics: physics, materials, applications, 12 (1), pp. 202-209. Cited 17 times.

Gürakan, G.C., Aydin, G., Yilmaz, R. Qualitative detection of GM maize (Bt11) in food and feed sold commercially in Turkey by PCR based methods (2011) Indian Journal of Biotechnology, 10 (1), pp. 143-146. Cited 4 times.

Ekiz, F., Yuksel, M., Balan, A., Timur, S., Toppare, L. Electrochemical Polymerization of (2-Dodecyl-4, 7-di (thiophen-2-yl)-2H-benzo[d][1,2,3] triazole): A Novel Matrix for Biomolecule Immobilization (2010) Macromolecular Bioscience, 10 (12), pp. 1557-1565. Cited 10 times.

Akpinar, H., Balan, A., Baran, D., Ünver, E.K., Toppare, L. Donor-acceptor-donor type conjugated polymers for electrochromic applications: Benzimidazole as the acceptor unit (2010) Polymer, 51 (26), pp. 6123-6131. Cited 24 times.

Heybeli, T., Kulacoglu,H., Genc,V., Ergul, Z., Ensari, C., Kiziltay,A., Yilmazer, D., Serbetci,K., Hasirci, N. Basic fibroblast growth factor loaded polypropylene meshes in repair of abdominal wall defects in rats (2010) Chirurgia (Romania), 107 (6), pp. 809-816.

Ivanova, E.N., Petrov, P., Bouga, M., Emmanouel, N.G., Tunca, R.I., Kence, M. Genetic variation in honey bee (Apis mellifera L.) populations from Bulgaria [Zmienność Genetyczna w populacjach pszcoły miodnj(Apis mellifera L.)w Bułagartoii] (2010) Journal of Apicultural Science, 54 (2), pp. 51-62. Cited 4 times.

Akbaşoǧlu, N., Balan, A., Baran, D., Cirpan, A., Toppare, L. Electrochemical and optical studies of furan and thieno[3,2-b]thiophene end capped benzotriazole derivatives (2010) Journal of Polymer Science, Part A: Polymer Chemistry, 48 (23), pp. 5603-5610. Cited 20 times.

40

Sendur, M., Balan, A., Baran, D., Karabay, B., Toppare, L. Combination of donor characters in a donor-acceptor-donor (DAD) type polymer containing benzothiadiazole as the acceptor unit (2010) Organic Electronics: physics, materials, applications, 11 (12), pp. 1877-1885. Cited 19 times.

Yigitsoy, B., Karim, S.M.A., Balan, A., Baran, D., Toppare, L. Benzyl substituted benzotriazole containing conjugated polymers: Effect of position of the substituent on electrochromic properties (2010) Synthetic Metals, 160 (23-24), pp. 2534-2539. Cited 11 times.

Çalik, P., Bayraktar, E., Inankur, B., Soyaslan, E.Ş., Şahin, M., Taşpinar, H., Açik, E., Yilmaz, R., Özdamar, T.H. Influence of pH on recombinant human growth hormone production by Pichia pastoris (2010) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 85 (12), pp. 1628-1635. Cited 9 times.

Özdurak, R.H., Şeker, T., Korkusuz, P., Korkusuz, F. Quantification of anandamide and 2-arachidonylglycerol in plasma samples: A short, non-toxic HPLC method and sample storage [Plazma örneklerinde anandamid ve 2-araşidonilgliserol'ün kantitatif deǧerlendirmesi: Ki{dotless}sa, nontoksik bir HPLC metodu ve örnek saklama] (2010) Turkish Journal of Biochemistry, 35 (3), pp. 279-284.

Saraç, Ö.S., Atalay, V., Cetin-Atalay, R. GOPred: GO molecular function prediction by combined classifiers (2010) PLoS ONE, 5 (8), art. no. e12382, . Cited 5 times.

Raposo, F., Fernández-Cegrí, V., De la Rubia, M.A., Borja, R., Beltrán, J., Cavinato, C., Clinckspoor, M., Demirer, G., Diamadopoulos, E., Frigon, J.C., Koubova, J., Launay, M., Méndez, R., Menin, G., Noguerol, J., Uellehdahl, H., West, S. Quality improvement in determination of chemical oxygen demand in samples considered difficult to analyze, through participation in proficiency-testing schemes (2010) TrAC - Trends in Analytical Chemistry, 29 (9), pp. 1082-1091. Cited 11 times.

Deniz, A., Sade, A., Severcan, F., Keskin, D., Tezcaner, A., Banerjee, S. Celecoxib-loaded liposomes: Effect of cholesterol on encapsulation and in vitro release characteristics (2010) Bioscience Reports, 30 (5), pp. 365-373. Cited 9 times.

Bozkurt, T.O., Mcgrann, G.R.D., Maccormack, R., Boyd, L.A., Akkaya, M.S. Cellular and transcriptional responses of wheat during compatible and incompatible race-specific interactions with Puccinia striiformis f. sp. tritici (2010) Molecular Plant Pathology, 11 (5), pp. 625-640. Cited 13 times.

Yasinok, A.E., Biran, S., Kocabas, A., Bakir, U. Xylanase from a soil isolate, Bacillus pumilus: Gene isolation, enzyme production, purification, characterization and one-step separation by aqueous-two-phase system (2010) World Journal of Microbiology and Biotechnology, 26 (9), pp. 1641-1652. Cited 7 times.

Uyar, E.O., Hamamci, H., Türkel, S. Effect of different stresses on trehalose levels in Rhizopus oryzae (2010) Journal of Basic Microbiology, 50 (4), pp. 368-372. Cited 4 times.

Makas, Y.G., Kalkan, N.A., Aksoy, S., Altinok, H., Hasirci Nesrin, N. Immobilization of laccase in κ-carrageenan based semi-interpenetrating polymer networks (2010) Journal of Biotechnology, 148 (4), pp. 216-220. Cited 16 times.

41

Giray, T., Kence, M., Oskay, D., Döke, M.A., Kence, A. Scientific note: Colony losses survey in Turkey and causes of bee deaths (2010) Apidologie, 41 (4), pp. 451-453. Cited 11 times.

Gürkök, S., Söyler, B., Biely, P., Ögel, Z.B. Cloning and heterologous expression of the extracellular alpha-galactosidase from Aspergillus fumigatus in Aspergillus sojae under the control of gpdA promoter (2010) Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 64 (3-4), pp. 146-149. Cited 1 time.

Norris, A.L., Özen, C., Serpersu, E.H. Thermodynamics and kinetics of association of antibiotics with the aminoglycoside acetyltransferase (3)-IIIb, a resistance-causing enzyme (2010) Biochemistry, 49 (19), pp. 4027-4035. Cited 8 times.

Iwai, H., Öztürk, B., Ihara, M., Ueda, H. Antibody affinity maturation in vitro using unconjugated peptide antigen (2010) Protein Engineering, Design and Selection, 23 (4), pp. 185-193. Cited 6 times.

Serpersu, E.H., Özen, C., Norris, A.L., Steren, C., Whittemore, N. Backbone resonance assignments of a promiscuous aminoglycoside antibiotic resistance enzyme; The aminoglycoside phosphotransferase(3′)-IIIa (2010) Biomolecular NMR Assignments, 4 (1), pp. 9-12. Cited 2 times.

Çelik, E., Çalik, P., Oliver, S.G. Metabolic flux analysis for recombinant protein production by Pichia pastoris using dual carbon sources: Effects of methanol feeding rate (2010) Biotechnology and Bioengineering, 105 (2), pp. 317-329. Cited 22 times.

Çalik, P., Inankur, B., Soyaslan, E.Ş., Şahin, M., Taşpinar, H., Açik, E., Bayraktar, E. Fermentation and oxygen transfer characteristics in recombinant human growth hormone production by Pichia pastoris in sorbitol batch and methanol fed-batch operation (2010) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 85 (2), pp. 226-233. Cited 8 times.

Çalik, P., Balci, O., Özdamar, T.H. Human growth hormone-specific aptamer identification using improved oligonucleotide ligand evolution method (2010) Protein Expression and Purification, 69 (1), pp. 21-28. Cited 6 times.

Özdamar, T.H., Şentürk, B., Yilmaz, O.D., Kocabaş, P., Çalik, G., Çalik, P. Bioreaction network flux analysis for human protein producing Bacillus subtilis based on genome-scale model (2010) Chemical Engineering Science, 65 (1), pp. 574-580.

Demircan, T., Akkaya, M.S. Virus induced gene silencing in Brachypodium distachyon, a model organism for cereals (2010) Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 100 (1), pp. 91-96. Cited 21 times.

Çimen, I., Tunçay, S., Banerjee, S. 15-Lipoxygenase-1 expression suppresses the invasive properties of colorectal carcinoma cell lines HCT-116 and HT-29 (2009) Cancer Science, 100 (12), pp. 2283-2291. Cited 13 times.

42

Uz, E., Yildirim-Ersoy, F., Hakki, E.E., Akkaya, M.S. Genetic relationship of wild einkorn based on geographical distribution in Anatolia and Thrace using AFLP markers (2009) Journal of Applied Biological Sciences, 3 (2), pp. 20-25. Cited 1 time.

Çelik, E., Çalik, P., Oliver, S.G. Fed-batch methanol feeding strategy for recombinant protein production by Pichia pastoris in the presence of co-substrate sorbitol (2009) Yeast, 26 (9), pp. 473-484. Cited 32 times.

Raposo, F., de la Rubia, M.A., Borja, R., Alaiz, M., Beltrán, J., Cavinato, C., Clinckspoor, M., Demirer, G., Diamadopoulos, E., Helmreich, B., Jenicek, P., Martí, N., Méndez, R., Noguerol, J., Pereira, F., Picard, S., Torrijos, M. An interlaboratory study as useful tool for proficiency testing of chemical oxygen demand measurements using solid substrates and liquid samples with high suspended solid content (2009) Talanta, 80 (1), pp. 329-337. Cited 7 times.

Öz, M.T., Yilmaz, R., Eyidoǧan, F., de Graaff, L., Yücel, M., Öktem, H.A. Microarray Analysis of Late Response to boron toxicity in barley (Hordeum vulgare L.) leaves [Arpa (Hordeum vulgare L.) Yapraklari{dotless}nda Bor Toksisitesine Geç Tepkinin Mikroarray Analizleri] (2009) Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 33 (2), pp. 191-202. Cited 10 times.

Özgür, E., Yücel, M., Öktem, H.A. Identification and characterization of hydrolytic enzymes from the midgut of the cotton bollworm, Helicoverpa armigera Hübner (Lepidoptera: Noctuidae) (2009) Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 33 (3), pp. 285-294. Cited 3 times.

ÇalIk, P., Levent, H. Effects of pulse feeding of beet molasses on recombinant benzaldehyde lyase production by Escherichia coli BL21(DE3) (2009) Applied Microbiology and Biotechnology, 85 (1), pp. 65-73. Cited 5 times.

Kaya-Çeliker, H., Angardi, V., Çalik, P. Regulatory effects of oxygen transfer on overexpression of recombinant benzaldehyde lyase production by Escherichia coli BL21 (DE3) (2009) Biotechnology Journal, 4 (7), pp. 1066-1076. Cited 2 times

Kocabaş, P., Çalik, P., Çalik, G., Özdamar, T.H. Microarray studies in Bacillus subtilis (2009) Biotechnology Journal, 4 (7), pp. 1012-1027. Cited 3 times.

Valiev, A., Ogel, Z.B., Klepzig, K.D. Analysis of cellulase and polyphenol oxidase production by southern pine beetle associated fungi (2009) Symbiosis, 49 (1), pp. 37-42. Cited 4 times.

Endogan, T., Serbetci, K., Hasirci, N. Effects of ingredients on thermal and mechanical properties of acrylic bone cements (2009) Journal of Applied Polymer Science, 113 (6), pp. 4077-4084. Cited 12 times.

43

Yücel, O., Sargin, A.K., Tekiner, A., Kunak, Z.I., Halili, I., Aydin, A., Ndreu, A., Gözübüyük, A., Can, B., Karayilanoglu, T., Genç, O. Influence of proanthocyanidin on blunt traumatized lungs after nitrogen mustard exposure (real terror attack simulation) [Proantosiyanidinin nitrojen mustarda maruz bi{dotless}raki{dotless}lmi{dotless}ş künt travma oluşturulmuş akciǧerlerdeki etkisi (Gerçek terör saldi{dotless}ri{dotless} simülasyonu)] (2009) Gulhane Medical Journal, 51 (1), pp. 39-44.

Çelik, E., Çalik, P., Oliver, S.G. A structured kinetic model for recombinant protein production by Mut+ strain of Pichia pastoris (2009) Chemical Engineering Science, 64 (23), pp. 5028-5035. Cited 9 times.

Karahan, M.A., Kulacoglu, H., Seker, D., Ergul, Z., Kiziltay, A., Yilmazer, D., Captug, O., Yavuz, A., Serbetci, K., Bilgili, H., Hasirci, N. How safe is the use of prosthetic materials in the repair of abdominal-wall defects in malnourished subjects? (2009) Central European Journal of Medicine, 4 (3), pp. 331-336. Cited 1 time.

Uyar, B., Schumacher, M., Gebicki, J., Modigell, M. Photoproduction of hydrogen by rhodobacter capsulatus from thermophilic fermentation effluent (2009) Bioprocess and Biosystems Engineering, 32 (5), pp. 603-606. Cited 23 times.

Şimşek, Ö., Buzrul, S., Akkoç, N., Alpas, H., Akçelik, M. Stress response kinetics of two nisin producer strains of lactococcus lactis spp. lactis (2009) Applied Biochemistry and Biotechnology, 158 (2), pp. 387-397. Cited 1 time.

Molnár, J., Kars, M.D., Gündüz, U., Engi, H., Schumacher, U., Van Damme, E.J., Peumans, W.J., Makovitzky, J., Gyémánt, N., Molnár, P. Interaction of tomato lectin with ABC transporter in cancer cells: Glycosylation confers functional conformation of P-gp (2009) Acta Histochemica, 111 (4), pp. 330-334. Cited 12 times.

Acar, H.Y., Kas, R., Yurtsever, E., Ozen, C., Lieberwirth, I. Emergence of 2MPA as an effective coating for highly stable and luminescent quantum dots (2009) Journal of Physical Chemistry C, 113 (23), pp. 10005-10012. Cited 24 times.

Ceylan, C., Severcan, M., Bozoglu, F., Severcan, F. Evaluation of high hydrostatic pressure effects on bovine red blood cells and platelets (2009) High Pressure Research, 29 (2), pp. 358-368. Cited 2 times.

Koban, E., Gökçek Saraç, Ç., Açan, S.C., Savolainen, P., Togan, I. Genetic relationship between Kangal, Akbash and other dog populations (2009) Discrete Applied Mathematics, 157 (10), pp. 2335-2340. Cited 3 times.

Karamollaoǧlu, I., Öktem, H.A., Mutlu, M. QCM-based DNA biosensor for detection of genetically modified organisms (GMOs) (2009) Biochemical Engineering Journal, 44 (2-3), pp. 142-150. Cited 16 times.

Uyar, B., Eroglu, I., Yücel, M., Gündüz, U. Photofermentative hydrogen production from volatile fatty acids present in dark fermentation effluents (2009) International Journal of Hydrogen Energy, 34 (10), pp. 4517-4523. Cited 42 times.

44

Orman, M.A., Çalik, P., Özdamar, T.H. The influence of carbon sources on recombinant-human-growth-hormone production by Pichia pastoris is dependent on phenotype: A comparison of Muts and Mut+ strains (2009) Biotechnology and Applied Biochemistry, 52 (3), pp. 245-255. Cited 11 times.

Kars, G., Gündüz, U., Yücel, M., Rakhely, G., Kovacs, K.L., Eroǧlu, I. Evaluation of hydrogen production by Rhodobacter sphaeroides O.U.001 and its hupSL deficient mutant using acetate and malate as carbon sources (2009) International Journal of Hydrogen Energy, 34 (5), pp. 2184-2190. Cited 29 times.

Selcuklu, S.D., Yakicier, M.C., Erson, A.E. An investigation of microRNAs mapping to breast cancer related genomic gain and loss regions (2009) Cancer Genetics and Cytogenetics, 189 (1), pp. 15-23. Cited 16 times.

Çalik, P., Angardi, V., Haykir, N.I., Boyaci, I.H. Glucose isomerase production on a xylan-based medium by Bacillus thermoantarcticus (2009) Biochemical Engineering Journal, 43 (1), pp. 8-15. Cited 3 times.

Özdamar, T.H., Şentürk, B., Yilmaz, Ö.D., Çalik, G., Çelik, E., Çalik, P. Expression system for recombinant human growth hormone production from Bacillus subtilis (2009) Biotechnology Progress, 25 (1), pp. 75-84. Cited 12 times.

Dagdas, Y.F., Dagdas, G., Unver, T., Akkaya, M.S. A new ZTL-type F-box functions as a positive regulator in disease resistance: VIGS analysis in barley against powdery mildew (2009) Physiological and Molecular Plant Pathology, 74 (1), pp. 41-44.

Duruksu, G., Ozturk, B., Biely, P., Bakir, U., Ogel, Z.B. Cloning, expression and characterization of endo-β-1,4-mannanase from aspergillus fumigatus in aspergillus sojae and pichia pastoris (2009) Biotechnology Progress, 25 (1), pp. 271-276. Cited 13 times.

Ashammakhi, N., Ndreu, A., Nikkola, L., Wimpenny, I., Yang, Y. Advancing tissue engineering by using electrospun nanofibers (2008) Regenerative Medicine, 3 (4), pp. 547-574. Cited 28 times.

Severcan, F., Gokduman, K., Dogan, A., Bolay, S., Gokalp, S. Effects of in-office and at-home bleaching on human enamel and dentin: An in vitro application of fourier transform infrared study (2008) Applied Spectroscopy, 62 (11), pp. 1274-1279. Cited 13 times.

Demir, A.S., Ayhan, P., Demirtaş, U., Erkiliç, U. Fusarium roseum and Aspergillus oryzae-mediated enantioselective reduction of benzils to benzoins (2008) Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 55 (3-4), pp. 164-168. Cited 10 times.

Gürakan, G.C., Aksoy, C., Ögel, Z.B., Ören, N.G. Differentiation of Salmonella typhimurium from Salmonella enteritidis and other Salmonella serotypes using random amplified polymorphic DNA analysis (2008) Poultry Science, 87 (6), pp. 1068-1074. Cited 4 times.

45

Kara, F., Gurakan, G.C., Sanin, F.D. Monovalent cations and their influence on activated sludge floc chemistry, structure, and physical characteristics (2008) Biotechnology and Bioengineering, 100 (2), pp. 231-239. Cited 19 times.

Eda Çelik, S., Ozbay, N., Oktar, N., Çalik, P. Use of biodiesel byproduct crude glycerol as the carbon source for fermentation processes by recombinant Pichia pastoris (2008) Industrial and Engineering Chemistry Research, 47 (9), pp. 2985-2990. Cited 29 times.

Akbulut, M., Yücel, M., Öktem, H.A. Analysis and optimization of DNA delivery into chickpea (Cicer arietinum L.) seedlings by Agrobacterium tumefacience (2008) African Journal of Biotechnology, 7 (8), pp. 1011-1017. Cited 5 times.

Ndreu, A., Nikkola, L., Ylikauppilar, H., Ashammakhi, N., Hasirci, V. Electrospun biodegradable nanofibrous mats for tissue engineering (2008) Nanomedicine, 3 (1), pp. 45-60. Cited 21 times.

Bayraktar, E., Kocapiçak, O., Mehmetoǧlu, U., Parlaktuna, M., Mehmetoǧlu, T. Recovery of amino acids from reverse micellar solution by gas hydrate (2008) Chemical Engineering Research and Design, 86 (2), pp. 209-213. Cited 4 times.

Vrana, E., Builles, N., Hindie, M., Damour, O., Aydinli, A., Hasirci, V. Contact guidance enhances the quality of a tissue engineered corneal stroma (2008) Journal of Biomedical Materials Research - Part A, 84 (2), pp. 454-463. Cited 24 times.

Goksu, E.I., Karamanlioglu, M., Bakir, U., Yilmaz, L., Yilmazer, U. Production and characterization of films from cotton stalk xylan (2007) Journal of Agricultural and Food Chemistry, 55 (26), pp. 10685-10691. Cited 37 times.

Uyar, B., Eroglu, I., Yücel, M., Gündüz, U., Türker, L. Effect of light intensity, wavelength and illumination protocol on hydrogen production in photobioreactors (2007) International Journal of Hydrogen Energy, 32 (18), pp. 4670-4677. Cited 72 times.

Çelik, E., Çalik, P., Halloran, S.M., Oliver, S.G. Production of recombinant human erythropoietin from Pichia pastoris and its structural analysis (2007) Journal of Applied Microbiology, 103 (6), pp. 2084-2094. Cited 29 times.

Demir, A.S., Ayhan, P., Betül Sopaci, S. Thiamine pyrophosphate dependent enzyme catalyzed reactions: Stereoselective C-C bond formations in water (2007) Clean - Soil, Air, Water, 35 (5), pp. 406-412. Cited 24 times.

Aydoǧan, Ö., Bayraktar, E., Parlaktuna, M., Mehmetoǧlu, T., Mehmetoǧlu, Ü. Production of L-aspartic acid by biotransformation and recovery using reverse micelle and gas hydrate methods (2007) Biocatalysis and Biotransformation, 25 (5), pp. 365-372. Cited 5 times.

Çalik, P., Ileri, N. pH influences intracellular reaction network of β-lactamase producing Bacillus licheniformis (2007) Chemical Engineering Science, 62 (18-20), pp. 5206-5211. Cited 1 time.

46

Akpinar, O., Ak, O., Kavas, A., Bakir, U., Yilmaz, L. Enzymatic production of xylooligosaccharides from cotton stalks (2007) Journal of Agricultural and Food Chemistry, 55 (14), pp. 5544-5551. Cited 50 times.

Yucel, D., Ozer, N., Hasirci, V. Construction of a choline biosensor through enzyme immobilization on a poly(2-hydroxyethyl methacrylate)-grafted teflon film (2007) Journal of Applied Polymer Science, 104 (5), pp. 3469-3477. Cited 11 times.

Yildirim, M., Bahar, B., Genç, I., Korkmaz, K., Karnez, E. Diallel analysis of wheat parents and their F2 progenies under medium and low level of available N in soil (2007) Journal of Plant Nutrition, 30 (6), pp. 937-945. Cited 1 time.

Ileri, N., Çalik, P., Şengül, A. Phosphate enrichment and fed-batch operation for prolonged β-lactamase production by Bacillus licheniformis (2007) Journal of Applied Microbiology, 102 (5), pp. 1418-1426.

Açar, S., Yücel, M., Hamamci, H. Purification and characterisation of two isozymes of pyruvate decarboxylase from Rhizopus oryzae (2007) Enzyme and Microbial Technology, 40 (4), pp. 675-682. Cited 5 times.

Karahuseyinoglu, S., Cinar, O., Kilic, E., Kara, F., Akay, G.G., Demiralp, D.Ö., Tukun, A., Uckan, D., Can, A. Biology of stem cells in human umbilical cord stroma: In situ and in vitro surveys (2007) Stem Cells, 25 (2), pp. 319-331. Cited 253 times.

Tükel, Ç., Avşaroǧlu, M.D., Şimsek, Ö., Akçelik, M. Isolation and partial characterization of a novel bacteriocin produced by Lactococcus lactis ssp. lactis MC38 (2007) Journal of Food Safety, 27 (1), pp. 17-29. Cited 7 times.

Dogan, A., Siyakus, G., Severcan, F. FTIR spectroscopic characterization of irradiated hazelnut (Corylus avellana L.) (2007) Food Chemistry, 100 (3), pp. 1106-1114. Cited 57 times.

Büyükkileci, A.O., Hamamci, H., Yucel, M. Lactate and ethanol productions by Rhizopus oryzae ATCC 9363 and activities of related pyruvate branch point enzymes (2006) Journal of Bioscience and Bioengineering, 102 (5), pp. 464-466. Cited 4 times.

Zorlutuna, P., Tezcaner, A., Kiyat, I., Aydinli, A., Hasirci, V. Cornea engineering on polyester carriers (2006) Journal of Biomedical Materials Research - Part A, 79 (1), pp. 104-113. Cited 10 times.

Dilek Sanin, F., Vatansever, A., Turtin, I., Kara, F., Durmaz, B., Sesay, M.L. Operational conditions of activated sludge: Influence on flocculation and dewaterability (2006) Drying Technology, 24 (10), pp. 1297-1306. Cited 9 times.

47

Kocabaş, P., Çalik, P., Özdamar, T.H. Fermentation characteristics of l-tryptophan production by thermoacidophilic Bacillus acidocaldarius in a defined medium (2006) Enzyme and Microbial Technology, 39 (5), pp. 1077-1088. Cited 8 times.

Öztürk, Y., Yücel, M., Daldal, F., Mandaci, S., Gündüz, U., Türker, L., Eroǧlu, I. Hydrogen production by using Rhodobacter capsulatus mutants with genetically modified electron transfer chains (2006) International Journal of Hydrogen Energy, 31 (11), pp. 1545-1552. Cited 43 times.

Ögel, Z.B., Yüzügüllü, Y., Mete, S., Bakir, U., Kaptan, Y., Sutay, D., Demir, A.S. Production, properties and application to biocatalysis of a novel extracellular alkaline phenol oxidase from the thermophilic fungus Scytalidium thermophilum (2006) Applied Microbiology and Biotechnology, 71 (6), pp. 853-862. Cited 22 times.

Hasirci, V., Kenar, H. Novel surface patterning approaches for tissue engineering and their effect on cell behavior (2006) Nanomedicine, 1 (1), pp. 73-90. Cited 25 times.

Sesay, M.L., Özcengiz, G., Dilek Sanin, F. Enzymatic extraction of activated sludge extracellular polymers and implications on bioflocculation (2006) Water Research, 40 (7), pp. 1359-1366. Cited 27 times.

Çalik, P., Yilgör, P., Demir, A.S. Influence of controlled-pH and uncontrolled-pH operations on recombinant benzaldehyde lyase production by Escherichia coli (2006) Enzyme and Microbial Technology, 38 (5), pp. 617-627. Cited 17 times.

Akçelik, O., Tükel, Ç., Özcengiz, G., Akçelik, M. Characterization of bacteriocins from two Lactococcus lactis subsp. lactis isolates (2006) Molecular Nutrition and Food Research, 50 (3), pp. 306-313. Cited 24 times.

Ileri, N., Çalik, P. Effects of pH strategy on endo- and exo-metabolome profiles and sodium potassium hydrogen ports of β-lactamase-producing Bacillus licheniformis (2006) Biotechnology Progress, 22 (2), pp. 411-419. Cited 18 times.

Kenar, H., Köse, G.T., Hasirci, V. Tissue engineering of bone on micropatterned biodegradable polyester films (2006) Biomaterials, 27 (6), pp. 885-895. Cited 46 times.

Ulubayram, K., Kiziltay, A., Yilmaz, E., Hasirci, N. Desferrioxamine release from gelatin-based systems (2005) Biotechnology and Applied Biochemistry, 42 (3), pp. 237-245. Cited 5 times.

Coskun, S., Korkusuz, F., Hasirci, V. Hydroxyapatite reinforced poly(3-hydroxybutyrate) and poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) based degradable composite bone plate (2005) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 16 (12), pp. 1485-1502. Cited 25 times.

48

Çalik, P., Ileri, N., Erdinç, B.I., Aydogan, N., Argun, M. Novel antifoam for fermentation processes: Fluorocarbon-hydrocarbon hybrid unsymmetrical bolaform surfactant (2005) Langmuir, 21 (19), pp. 8613-8619. Cited 12 times.

Çalik, P., Arifoǧlu, M., Çalik, G. Oxygen transfer effects in β-lactamase fermentation by Bacillus licheniformis in a glucose-based defined medium (2005) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 80 (9), pp. 1062-1071. Cited 4 times.

Hakki, S.S., Nohutcu, R.M., Hakki, E.E., Berry, J.E., Akkaya, M.S., Somerman, M.J. Dexamethasone and basic-fibroblast growth factor regulate markers of mineralization in cementoblasts in vitro (2005) Journal of Periodontology, 76 (9), pp. 1550-1558. Cited 22 times.

Köse, G.T., Korkusuz, F., Özkul, A., Soysal, Y., Özdemir, T., Yildiz, C., Hasirci, V. Tissue engineered cartilage on collagen and PHBV matrices (2005) Biomaterials, 26 (25), pp. 5187-5197. Cited 57 times.

Mozafari, M.R., Reed, C.J., Rostron, C., Hasirci, V. A review of scanning probe microscopy investigations of liposome-DNA complexes (2005) Journal of Liposome Research, 15 (1-2), pp. 93-107. Cited 20 times.

El-Bashiti, T., Hamamci, H., Öktem, H.A., Yücel, M. Biochemical analysis of trehalose and its metabolizing enzymes in wheat under abiotic stress conditions (2005) Plant Science, 169 (1), pp. 47-54. Cited 30 times.

Muvaffak, A., Gurhan, I., Gunduz, U., Hasirci, N. Preparation and characterization of a biodegradable drug targeting system for anticancer drug delivery: Microsphere-antibody conjugate (2005) Journal of Drug Targeting, 13 (3), pp. 151-159. Cited 15 times.

Korkusuz, E.A., Beklioǧlu, M., Demirer, G.N. Comparison of the treatment performances of blast furnace slag-based and gravel-based vertical flow wetlands operated identically for domestic wastewater treatment in Turkey (2005) Ecological Engineering, 24 (3), pp. 187-200. Cited 57 times.

Avcioglu, B., Eyupoglu, B., Bakir, U. Production and characterization of xylanases of a Bacillus strain isolated from soil (2005) World Journal of Microbiology and Biotechnology, 21 (1), pp. 65-68. Cited 10 times.

Korkusuz, E.A., Beklioǧlu, M., Demirer, G.N. Treatment efficiencies of the vertical flow pilot-scale constructed wetlands for domestic wastewater treatment (2004) Turkish Journal of Engineering and Environmental Sciences, 28 (5), pp. 333-344. Cited 6 times.

Muvaffak, A., Gurhan, I., Hasirci, N. Prolonged cytotoxic effect of colchicine released from biodegradable microspheres (2004) Journal of Biomedical Materials Research - Part B Applied Biomaterials, 71 (2), pp. 295-304. Cited 31 times.

49

Çalik, G., Pehlivan, N., Özçelik, I.Ş., Çalik, P., Özdamar, T.H. Fermentation and oxygen transfer characteristics in serine alkaline protease production by recombinant Bacillus subtilis in molasses-based complex medium (2004) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 79 (11), pp. 1243-1250. Cited 2 times.

Demir, A.S., Hamamci, H., Ayhan, P., Duygu, A.N., Igdir, A.C., Capanoglu, D. Fungi mediated conversion of benzil to benzoin and hydrobenzoin (2004) Tetrahedron Asymmetry, 15 (16), pp. 2579-2582. Cited 22 times.

Köse, G.T., Korkusuz, F., Korkusuz, P., Hasirci, V. In vivo tissue engineering of bone using poly(3-hydroxybutyric acid-co-3-hydroxyvaleric acid) and collagen scaffolds (2004) Tissue Engineering, 10 (7-8), pp. 1234-1250. Cited 36 times.

Muvaffak, A., Gürhan, I., Hasirci, N. Cytotoxicity of 5-fluorouracil entrapped in gelatin microspheres (2004) Journal of Microencapsulation, 21 (3), pp. 293-306. Cited 17 times.

Çirli, Ö.Ö., Hasirci, V. UV-induced drug release from photoactive REV sensitized by suprofen (2004) Journal of Controlled Release, 96 (1), pp. 85-96. Cited 8 times.

Çelik, E., Çalik, P. Bioprocess parameters and oxygen transfer characteristics in β-lactamase production by Bacillus species (2004) Biotechnology Progress, 20 (2), pp. 491-499. Cited 22 times.

Kok, F.N., Hasirci, V. Determination of binary pesticide mixtures by an acetylcholinesterase- choline oxidase biosensor (2004) Biosensors and Bioelectronics, 19 (7), pp. 661-665. Cited 69 times.

Keskin, D.S., Wise, D.L., Hasirci, V. Pain control via opioid analgesic-local anesthetic loaded IPNs. (2004) Current drug delivery., 1 (1), pp. 57-64. Cited 7 times.

Çalik, P., Kalender, N., Özdamar, T.H. Overexpression of serine alkaline protease encoding gene in Bacillus species: Performance analyses (2003) Enzyme and Microbial Technology, 33 (7), pp. 967-974. Cited 9 times.

Çalik, P., Çelik, E., Telli, I.E., Oktar, C., Özdemir, E. Protein-based complex medium design for recombinant serine alkaline protease production (2003) Enzyme and Microbial Technology, 33 (7), pp. 975-986. Cited 8 times.

Torun Köse, G., Korkusuz, F., Korkusuz, P., Purali, N., Özkul, A., Hasirci, V. Bone generation on PHBV matrices: An in vitro study (2003) Biomaterials, 24 (27), pp. 4999-5007. Cited 63 times.

Muvaffak, A., Hasirci, N. The use of antibodies in diagnosis and therapy of cancer. (2003) Advances in experimental medicine and biology, 534, pp. 309-325. Cited 3 times.

50

Sendil Keskin, D., Hasirci, V. Controlled release of bioactive agents in gene therapy and tissue engineering. (2003) Advances in experimental medicine and biology, 534, pp. 279-296. Cited 2 times.

Hasirci, V., Bonney, I., Goudas, L.C., Shuster, L., Carr, D.B., Wise, D.L. Antihyperalgesic effect of simultaneously released hydromorphone and bupivacaine from polymer fibers in the rat chronic constriction injury model (2003) Life Sciences, 73 (26), pp. 3323-3337. Cited 9 times.

Tezcaner, A., Bugra, K., Hasirci, V. Retinal pigment epithelium cell culture on surface modified poly(hydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate) thin films (2003) Biomaterials, 24 (25), pp. 4573-4583. Cited 50 times.

Baran, E.T., Özer, N., Hasirci, V. Solid-phase enzyme modification via affinity chromatography (2003) Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 794 (2), pp. 311-322. Cited 11 times.

Şeker, T., Hamamci, H. Trehalose, glycogen and ethanol metabolism in the gcr1 mutant of Saccharomyces cerevisiae (2003) Folia Microbiologica, 48 (2), pp. 193-198. Cited 3 times.

Şendil-Keskin, D., Altunay, H., Wise, D.L., Hasirci, V. In vivo pain relief effectiveness of an analgesic-anesthetic carrying biodegradable controlled release rod systems (2003) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 14 (6), pp. 497-514. Cited 6 times.

Sendil, D., Maszczynska Bonney, I., Carr, D.B., Lipkowski, A.W., Wise, D.L., Hasirci, V. Antinociceptive effects of hydromorphone, bupivacaine and biphalin released from PLGA polymer after intrathecal implantation in rats (2003) Biomaterials, 24 (11), pp. 1969-1976. Cited 10 times.

Torun Köse, G., Kenar, H., Hasirci, N., Hasirci, V. Macroporous poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) matrices for bone tissue engineering (2003) Biomaterials, 24 (11), pp. 1949-1958. Cited 111 times.

Çalik, P., Bayram, A., Özdamar, T.H. Regulatory effects of alanine-group amino acids on serine alkaline protease production by recombinant Bacillus licheniformis (2003) Biotechnology and Applied Biochemistry, 37 (2), pp. 165-171. Cited 6 times.

Yagmurlu, A., Barlas, M., Gursel, I., Gokcora, I.H. Reduction of surgery-induced peritoneal adhesions by continuous release of streptokinase from a drug delivery system (2003) European Surgical Research, 35 (1), pp. 46-49. Cited 5 times.

Elpek, G., Içgen, B., Özcengiz, G. Colicinogeny, lipopolysaccharide and outer membrane protein profiles of multi-drug resistant Salmonella typhimurium isolates from turkey (2002) Turkish Journal of Medical Sciences, 32 (6), pp. 483-486. Cited 1 time.

51

Çalik, P., Şenver Özçelik, I., Çalik, G., Özdamar, T.H. Enzyme-ion exchanger interactions in serine alkaline protease separation: Theory, equilibria and kinetics (2002) Biochemical Engineering Journal, 12 (3), pp. 193-204. Cited 4 times.

Içgen, Y., Içgen, B., Özcengiz, G. Regulation of crystal protein biosynthesis by Bacillus thuringiensis: II. Effects of carbon and nitrogen sources (2002) Research in Microbiology, 153 (9), pp. 605-609. Cited 18 times.

Içgen, Y., Içgen, B., Özcengiz, G. Regulation of crystal protein biosynthesis by Bacillus thuringiensis: I. Effects of mineral elements and pH (2002) Research in Microbiology, 153 (9), pp. 599-604. Cited 10 times.

Gen, B., Gurakan, G.C., Ozcengiz, G. Characterisation of local isolates of Enterobacteriaceae from Turkey (2002) Microbiological Research, 157 (3), pp. 233-238. Cited 2 times.

Dünkelmann, P., Kolter-Jung, D., Nitsche, A., Demir, A.S., Siegert, P., Lingen, B., Baumann, M., Pohl, M., Müller, M. Development of a donor-acceptor concept for enzymatic cross-coupling reactions of aldehydes: The first asymmetric cross-benzoin condensation (2002) Journal of the American Chemical Society, 124 (41), pp. 12084-12085. Cited 152 times.

Çalik, P., Bilir, E., Çalik, G., Özdamar, T.H. Influence of pH conditions on metabolic regulations in serine alkaline protease production by Bacillus licheniformis (2002) Enzyme and Microbial Technology, 31 (5), pp. 685-697. Cited 29 times.

Köse, G.T., Tezcaner, A., Hasirci, V. Fundamentals of tissue engineering: Carrier materials and an application (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 187-201. Cited 8 times.

Demir, A.S., Hamamci, H., Sesenoglu, O., Neslihanoglu, R., Asikoglu, B., Capanoglu, D. Fungal deracemization of benzoin (2002) Tetrahedron Letters, 43 (36), pp. 6447-6449. Cited 37 times.

Içgen, B., Özcengiz, G., Alaeddinoglu, N.G. Evaluation of symbiotic effectiveness of various Rhizobium cicer strains (2002) Research in Microbiology, 153 (6), pp. 369-372. Cited 10 times.

Içgen, B., Candan Gürakan, G., Özcengiz, G. Characterization of Salmonella Enteritidis isolates of chicken, egg and human origin from Turkey (2002) Food Microbiology, 19 (4), pp. 375-382. Cited 17 times.

Kok, F.N., Bozoglu, F., Hasirci, V. Construction of an acetylcholinesterase-choline oxidase biosensor for aldicarb determination (2002) Biosensors and Bioelectronics, 17 (6-7), pp. 531-539. Cited 65 times.

52

Baran, E.T., Özer, N., Hasirci, V. Poly(hydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate) nanocapsules as enzyme carriers for cancer therapy: An in vitro study (2002) Journal of Microencapsulation, 19 (3), pp. 363-376. Cited 35 times.

Çalik, P., Özdamar, T.H. Metabolic flux analysis for human therapeutic protein productions and hypothesis for new therapeutical strategies in medicine (2002) Biochemical Engineering Journal, 11 (1), pp. 49-68. Cited 11 times.

Şendil, D., Wise, D.L., Hasirci, V. Assessment of biodegradable controlled release rod systems for pain relief applications (2002) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 13 (1), pp. 1-15. Cited 13 times.

Hasirci, V., Litman, A.E., Trantolo, D.J., Gresser, J.D., Wise, D.L., Margolis, H.C. PLGA bone plates reinforced with crosslinked PPF (2002) Journal of Materials Science: Materials in Medicine, 13 (2), pp. 159-167. Cited 3 times.

Hasirci, V., Tezcaner, A., Hasirci, N., Süzer, Ş. Oxygen plasma modification of poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) film surfaces for tissue engineering purposes (2002) Journal of Applied Polymer Science, 87 (8), pp. 1285-1289. Cited 23 times.

Gursel, I., Yagmurlu, F., Korkusuz, F., Hasirci, V. In vitro antibiotic release from poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) rods (2002) Journal of Microencapsulation, 19 (2), pp. 153-164. Cited 34 times.

Özalp, Y., Özdemir, N., Hasirci, V. Vancomycin release from poly(D,L-lactide) and poly(lactide-co-glycolide) disks (2002) Journal of Microencapsulation, 19 (1), pp. 83-94. Cited 5 times.

Coşkun, S., Hasirci, V. Biodegradable bone plate integrated with growth factor releasing microcapsule system (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 267-269.

Şendil, D., Wise, D.L., Hasirci, V. Pain reliever delivery from two different controlled release systems (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 338-342.

Şendil, D., Maszcynska, I., Carr, D.B., Lipkowski, A.W., Wise, D.L., Hasirci, V. Pain control via intrathecal polymeric implants (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 334-338.

Çirli, Ö.Ö., Hasirci, V. Photoactive liposomes as drug carriers (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 332-334.

Muvaffak, A., Hasirci, N. Controlled release from glutaraldehyde crosslinked gelatin microspheres (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 347-350. Cited 10 times.

53

Çinar, S., Hasirci, V. Characterization of gamma radiation initiated, highly swellable poly(N-vinyl 2-pyrrolidone) hydrogels (2002) Technology and Health Care, 10 (3-4), pp. 311-314.

Içgen, B., Gürakan, G.C., Özcengiz, G. Effects of plasmid curing on antibiotic susceptibility, phage type, lipopoly saccharide and outer membrane protein profiles in local Salmonella isolates (2001) Food Microbiology, 18 (6), pp. 631-635. Cited 6 times.

Çalik, P., Çalik, G., Özdamar, T.H. Bioprocess development for serine alkaline protease production: A review (2001) Reviews in Chemical Engineering, 17 (4 SUPPL.), pp. 1-59. Cited 13 times.

Kok, F.N., Bozoglu, F., Hasirci, V. Immobilization of acetylcholinesterase and choline oxidase in / on pHEMA membrane for biosensor construction (2001) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 12 (11), pp. 1161-1176. Cited 7 times.

Bakir, U., Yavascaoglu, S., Guvenc, F., Ersayin, A. An endo-β-1,4-xylanase from Rhizopus oryzae: Production, partial purification and biochemical characterization (2001) Enzyme and Microbial Technology, 29 (6-7), pp. 328-334. Cited 44 times.

Hasirci, V., Berthiaume, F., Bondre, S.P., Gresser, J.D., Trantolo, D.J., Toner, M., Wise, D.L. Expression of liver-specific functions by rat hepatocytes seeded in treated poly(lactic-co-glycolic) acid biodegradable foams (2001) Tissue Engineering, 7 (4), pp. 385-394. Cited 45 times.

Demir, A.S., Hamamci, H., Sesenoglu, O., Aydogan, F., Capanoglu, D., Neslihanoglu, R. Simple chemoenzymatic access to enantiopure pharmacologically interesting (R)-2-hydroxypropiophenones (2001) Tetrahedron Asymmetry, 12 (13), pp. 1953-1956. Cited 33 times.

Türesin, F., Gürsel, I., Hasirci, V. Biodegradable polyhydroxyalkanoate implants for osteomyelitis therapy: In vitro antibiotic release (2001) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 12 (2), pp. 195-207. Cited 39 times.

Çalik, P., Özdamar, T.H. Carbon sources affect metabolic capacities of Bacillus species for the production of industrial enzymes: Theoretical analyses for serine and neutral proteases and α-amylase (2001) Biochemical Engineering Journal, 8 (1), pp. 61-81. Cited 31 times.

Ögel, Z.B., Yarangümeli, K., Dü, H., Ifrij, I. Submerged cultivation of Scytalidium thermophilum on complex lignocellulosic biomass for endoglucanase production (2001) Enzyme and Microbial Technology, 28 (7-8), pp. 689-695. Cited 33 times.

Hasrc, V., Lewandrowski, K., Gresser, J.D., Wise, D.L., Trantolo, D.J. Versatility of biodegradable biopolymers: Degradability and an in vivo application (2001) Journal of Biotechnology, 86 (2), pp. 135-150. Cited 80 times.

54

Korkusuz, F., Korkusuz, P., Ekşioĝlu, F., Gürsel, I., Hasirci, V. In vivo response to biodegradable controlled antibiotic release systems (2001) Journal of Biomedical Materials Research, 55 (2), pp. 217-228. Cited 39 times.

Hakki, E.E., Akkaya, M.S. RT-PCR amplification of a Rhizopus oryzae lactate dehydrogenase gene fragment (2001) Enzyme and Microbial Technology, 28 (2-3), pp. 259-264. Cited 13 times.

Özalp, Y., Özdemir, N., Kocagöz, S., Hasirci, V. Controlled release of vancomycin from biodegradable microcapsules (2001) Journal of Microencapsulation, 18 (1), pp. 89-110. Cited 24 times.

Gürsel, I., Korkusuz, F., Türesin, F., Gürdal Alaeddinoǧlu, N., Hasirci, V. In vivo application of biodegradable controlled antibiotic release systems for the treatment of implant-related osteomyelitis (2001) Biomaterials, 22 (1), pp. 73-80. Cited 90 times.

Ozturk, Z.N., Ogel, Z.B. PCR with degenerate primers amplifies a subgenomic DNA fragment from the endoglucanase gene(s) of Torula thermophila, a thermophilic fungus (2000) Applied Biochemistry and Biotechnology - Part B Molecular Biotechnology, 16 (2), pp. 109-115. Cited 2 times.

Demir, A.S., Aksoy-Cam, H., Camkerten, N., Hamamci, H., Doǧanel, F. An efficient synthesis of (1S, 2R)-1-amino-2-indanol, a key intermediate of HIV protease inhibitor, indinavir (2000) Turkish Journal of Chemistry, 24 (2), pp. 141-146. Cited 11 times.

Türker, L., Sudaǧidan, M. Theoretical aspects of some 4-[2,6-substituted-9H-purin-9-yl]-2-cyclopentene-1-methanol derivatives as anti-HIV agents (2000) ACH - Models in Chemistry, 137 (1), pp. 49-56.

Hasirci, V., Lewandrowski, K.U., Bondre, S.P., Gresser, J.D., Trantolo, D.J., Wise, D.L. High strength bioresorbable bone plates: Preparation, Mechanical properties and in vitro analysis (2000) Bio-Medical Materials and Engineering, 10 (1), pp. 19-29. Cited 11 times.

Lewandrowski, K.-U., Gresser, J.D., Wise, D.L., Trantolo, D.J., Hasirci, V. Tissue responses to molecularly reinforced polylactide-co-glycolide implants (2000) Journal of Biomaterials Science, Polymer Edition, 11 (4), pp. 401-414. Cited 6 times.

Yiǧit, D.Ö., Gündüz, U., Türker, L., Yücel, M., Eroǧlu, n. Identification of by-products in hydrogen producing bacteria; Rhodobacter sphaeroides O.U. 001 grown in the waste water of a sugar refinery (1999) Progress in Industrial Microbiology, 35 (C), pp. 125-131. Cited 1 time.

Kök, F.N., Yakup Arca, M., Gencer, O., Abak, K., Hasrc, V. Controlled release of aldicarb from carboxymethyl cellulose microspheres: In vitro and field applications (1999) Pesticide Science, 55 (12), pp. 1194-1202. Cited 19 times.

55

Yildiz, E.E., Özcengiz, G., Içgen, B., Alaeddinoǧlu, N.G. Assignment of biological functions to specific plasmids in a local isolate of Rhizobium cicer (1999) Folia Microbiologica, 44 (1), pp. 55-58.

Yagmurlu, M.F., Korkusuz, F., Gürsel, I., Korkusuz, P., Örs, U., Hasirci, V. Sulbactam-cefoperazone polyhydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate (PHBV) local antibiotic delivery system: In vivo effectiveness and biocompatibility in the treatment of implant-related experimental osteomyelitis (1999) Journal of Biomedical Materials Research, 46 (4), pp. 494-503. Cited 60 times.

Kök, F.N., Wilkins, R.M., Cain, R.B., Arica, M.Y., Alaeddinoǧlu, G., Hasirci, V. Controlled release of aldicarb from lignin loaded ionotropic hydrogel microspheres (1999) Journal of Microencapsulation, 16 (5), pp. 613-623. Cited 14 times.

Yaylaoglu, M.B., Yildiz, C., Korkusuz, F., Hasirci, V. A novel osteochondral implant (1999) Biomaterials, 20 (16), pp. 1513-1520. Cited 73 times.

Yaylaoǧlu, M.B., Korkusuz, P., Örs, U., Korkusuz, F., Hasirci, V. Development of a calcium phosphate-gelatin composite as a bone substitute and its use in drug release (1999) Biomaterials, 20 (8), pp. 711-719. Cited 72 times.

Ak, O., Bakir, U., Guray, T. Production, purification and characterization of chitosanase from Penicillium spinulosum (1998) Biochemical Archives, 14 (4), pp. 221-225. Cited 7 times.

Köse, G.T., Arica, M.Y., Hasirci, V. Low-molecular-weight heparin-conjugated liposomes with improved stability and hemocompatibility (1998) Drug Delivery: Journal of Delivery and Targeting of Therapeutic Agents, 5 (4), pp. 257-264. Cited 1 time.

Ak, Ö., Bakir, U., Güray, T. Isolation of a chitosan degrading fungus, Penicillium spinulosum, and chitosanase production by the isolate (1998) Studies in Organic Chemistry, 53 (C), pp. 265-268.

Eker, F., Haris, P.I., Severcan, F. Vitamin Dr-Melittia-phospholipid model membrane interactions (1998) Biochemical Society Transactions, 26 (4), . Cited 1 time.

Arica, M.Y., Denizli, A., Baran, T., Hasirci, V. Dye derived and metal incorporated affinity poly(2-hydroxyethyl methacrylate) membranes for use in enzyme immobilization (1998) Polymer International, 46 (4), pp. 345-352. Cited 31 times.

Erdogdu, G., Hasirci, V. An overview of the role of mineral solubility in silicosis and asbestosis (1998) Environmental Research, 78 (1), pp. 38-42. Cited 15 times.

56

Mozafari, M.R., Zareie, M.H., Piskin, E., Hasirci, V. Formation of supramolecular structures by negatively charged liposomes in the presence of nucleic acids and divalent cations (1998) Drug Delivery: Journal of Delivery and Targeting of Therapeutic Agents, 5 (2), pp. 135-141. Cited 14 times.

Arica, M.Y., Alaeddinoǧlu, N.G., Hasirci, V. Immobilization of glucoamylase onto activated pHEMA/EGDMA microspheres: Properties and application to a packed-bed reactor (1998) Enzyme and Microbial Technology, 22 (3), pp. 152-157. Cited 62 times.

Mozafari, M.R., Hasirci, V. Mechanism of calcium ion induced multilamellar vesicle-DNA interaction (1998) Journal of Microencapsulation, 15 (1), pp. 55-65. Cited 21 times.

Kök, F.N., Arica, M.Y., Hasirci, V. Construction of a bioraactor for the degradation of the pesticide, aldicarb (1997) Studies in Environmental Science, 66 (C), pp. 603-610.

Arica, M.Y., Yiǧtoǧlu, M., Lale, M., Kök, F.N., Hasirci, V. Controlled release of Aldicarb from carboxymethylcellulese microcapsules (1997) Turkish Journal of Chemistry, 21 (2), pp. 100-104. Cited 2 times.

Baran, T., Arica, M.Y., Denizli, A., Hasirci, V. Comparison of β-galactosidase immobilization by entrapment in and adsorption on poly(2-hydroxyethylmethacrylate) membranes (1997) Polymer International, 44 (4), pp. 530-536. Cited 16 times.

Zareýe, M.H., Mozafarý, M.R., Hasirci, V., Pýpkýn, E. Scanning tunnelling microscopy investigation of liposome-DNA-Ca2+ complexes (1997) Journal of Liposome Research, 7 (4), pp. 491-502. Cited 14 times.

Kaplan, O., Bakir, U., Erarslan, A. Thermal inactivation of native and crosslinked invertases (1997) Biotechnology Techniques, 11 (9), pp. 621-623. Cited 2 times.

Arica, M.Y., Denizli, A., Salih, B., Piskin, E., Hasirci, V. Catalase adsorption onto Cibacron Blue F3GA and Fe(III)-derivatized poly(hydroxyethyl methacrylate) membranes and application to a continuous system (1997) Journal of Membrane Science, 129 (1), pp. 65-76. Cited 57 times.

Arica, B., Arica, M.Y., Kaş, H.S., Hincal, A.A., Hasirci, V. In-vitro studies of enteric coated diclofenac sodium-carboxymethylcellulose microspheres (1996) Journal of Microencapsulation, 13 (6), pp. 689-699. Cited 16 times.

Zareie, M.H., Borucu, A., Ozden, M.Y., Hasirci, V., Pişkin, E. Imaging of liposomes by scanning tunneling microscopy (1996) Artificial Cells, Blood Substitutes, and Immobilization Biotechnology, 24 (5), pp. 525-531. Cited 5 times.

57

Darvari, R., Hasirci, V. Pesticide and model drug release from carboxymethylceullose microspheres (1996) Journal of Microencapsulation, 13 (1), pp. 9-24. Cited 22 times.

Arica, M.Y., Hasirci, V., Alaeddinoǧlu, N.G. Covalent immobilization of α-amylase onto pHEMA microspheres: Preparation and application to fixed bed reactor (1995) Biomaterials, 16 (10), pp. 761-768. Cited 88 times.

Gursel, I., Hasirci, V. Properties and drug release behaviour of poly(3-hydroxybutyric acid) and various poly(3-hydroxybutyrate-hydroxyvalerate) copolymer microcapsules (1995) Journal of Microencapsulation, 12 (2), pp. 185-193. Cited 48 times.

Gursel, M., Hasirci, V. Influence of membrane components on the stability and drug release properties of reverse phase evaporation vesicles (REVs): Light sensitive all-trans retinal, negatively charged phospholipid dicetylphosphate and cholesterol (1995) Journal of Microencapsulation, 12 (6), pp. 661-669. Cited 4 times.

Arica, M.Y., Hasirci, V. Glucose oxidase sandwiched between pHEMA layers: A continuous flow reactor application (1993) Biomaterials, 14 (11), pp. 809-816. Cited 12 times.

Arica, M.Y., Hasirci, V. Bioreactor applications of glucose oxidase covalently bonded on pHEMA membranes (1993) Biomaterials, 14 (11), pp. 803-808. Cited 16 times.

Arica, M.Y., Hasirci, V. Immobilization of glucose oxidase: A comparison of entrapment and covalent bonding (1993) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 58 (3), pp. 287-292. Cited 53 times.

Arica, M.Y., Sharif, F.A., Alaeddinoglu, N.G., Hasirci, N., Hasirci, V. Covalent immobilization of Aspergillus niger on pHEMA membrane: Application to continuous flow reactors (1993) Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 58 (3), pp. 281-285. Cited 19 times.

58

BĠYOTEKNOLOJĠ BÖLÜM BAġKANLARI

GÖREV TARĠHĠ ADI SOYADI

1989 – 1990 (GIDA MÜH.) Prof. Dr. Faruk Bozoğlu

1990 – 1991 (BĠYOLOJĠ) Prof. Dr. Gürdal Aleaddinoğlu

1991 – 1992 (BĠYOLOJĠ) Prof. Dr. Ufuk Gündüz

1992 – 1993 (KĠMYA MÜH.) Prof. Dr. Ġnci Eroğlu

1993 – 1994 (KĠMYA) Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

1994 – 1995 (ÇEVRE MÜH.) Prof. Dr. Ülkü YetiĢ

1995 – 1997 (GIDA MÜH.) Prof. Dr. Haluk Hamamcı

1997 – 1999 (BĠYOLOJĠ) Prof. Dr. Meral Yücel

1999 – 2001 (KĠMYA MÜH.) Prof. Dr. Suzan Kıncal

2001 – 2003 (KĠMYA) Prof. Dr. Ayhan Sıtkı Demir

2003 – 2005 (ÇEVRE MÜH.) Prof. Dr. F. Dilek Sanin

2005 – 2006 (GIDA MÜH.) Prof. Dr. Zümrüt Ögel (09.2005 – 11.2005)

Prof. Dr. Candan Gürakan (11.2005 – 08.2006)

2006 – 2007 (GIDA MÜH.) Prof. Dr. Fatih Yıldız

2007 – 2009 (BĠYOLOJĠ) Prof. Dr. Gülay Özcengiz

2009 – 2011 (KĠMYA MÜH.) Prof. Dr. Ġnci Eroğlu

2011 – 2013 (KĠMYA) Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

2013 – ........ (ÇEVRE MÜH.) Prof. Dr. Filiz B. Dilek

59

BĠYOTEKNOLOJĠ EABD ÖĞRETĠM ÜYELERĠ

2014

Bilgisayar Mühendisliği

Doç. Dr. Tolga Can

Biyoteknoloji

Doç. Dr. Can Özen (Bölüm BaĢkan Yrd.)

Biyoloji

Prof. Dr. Orhan Adalı

Prof. Dr. Ufuk Gündüz

Prof. Dr. Tülin Güray

Prof. Dr. Vasıf Hasırcı

Prof. Dr. Fatih Ġzgü

Prof. Dr. Zeki Kaya

Prof. Dr. Semra Kocabıyık

Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem

Prof. Dr. Gülay Özcengiz

Prof. Dr. Feride Severcan

Prof. Dr. Ġnci Togan

Prof. Dr. Meral Yücel

Doç. Dr. Sreeparna Banerjee

Doç. Dr. AyĢe Elif Erson Bensan

Doç. Dr. AyĢegül Gözen

Doç. Dr. Sertaç Önde

Doç. Dr. ÇağdaĢ Son

Doç. Dr. Mayda Gürsel

Doç. Dr. Tülin Yanık

Yrd. Doç. Dr. Mehmet Somel

Çevre Mühendisliği

Prof. Dr. Göksel Demirer

Prof. Dr. Filiz Bengü Dilek (Bölüm BaĢkanı)

Prof. Dr. F. Celal Gökçay

Prof. Dr. F. Dilek Sanin

Prof. Dr. Ülkü YetiĢ

Doç. Dr. Tuba Hande Ergüder Bayramoğlu

Doç. Dr. Bülent Ġçgen

Dr. Robert W. Murdoch

60

Gıda Mühendisliği

Prof. Dr. Alev Bayındırlı

Prof. Dr. Faruk Bozoğlu

Prof. Dr. G. Candan Gürakan

Prof. Dr. Haluk Hamamcı

Prof. Dr. Zümrüt Begüm Ögel (emekli)

Prof. Dr. Fatih Yıldız (emekli)

Doç. Dr. Deniz Çekmecelioğlu

Yrd. Doç. Dr. YeĢim Soyer

Yrd. Doç. Dr. Halil Mecit Öztop

Kimya

Prof. Dr. Mahinur Akkaya

Prof. Dr. Erdal Bayramlı

Prof. Dr. Ayhan Sıtkı Demir (vefat)

Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

Prof. Dr. Cihangir Tanyeli

Prof. Dr. Levent Toppare

Doç. Dr. Nursen Çoruh

Yrd. Doç. Dr. Ġrem Erel

Yrd. Doç. Dr. Salih Özçubukçu

Kimya Mühendisliği

Prof. Dr. Ufuk BölükbaĢı

Prof. Dr. Ġnci Eroğlu

Prof. Dr. Pınar Çalık

Yrd. Doç. Dr. Harun Koku

Yrd. Doç. Dr. Erhan Bat

Mühendislik Bilimleri

Doç. Dr. Dilek Keskin

Doç. Dr. AyĢen Tezcaner

61

ÖĞRETĠM ÜYELERĠ BĠLGĠLERĠ

Prof. Dr. Alev Bayındırlı

ÇalıĢmaAlanları

Food Engineering (Fruit and vegetable processing,

food enzymes)

Biotechnology (Production of enzymes)

Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Gıda Mühendisliği

PhD., ODTÜ, Gıda Mühendisliği

alba@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Alev Bayindirli (Editor) “Enzymes in Fruit and Vegetable Processing: Chemistry and Engineering

Applications” CRC press/Taylorand Francis Group,USA, 2010

Umut Yücel, Hami Alpas and Alev Bayındırlı “Evaluation of High Pressure Pretreatment for

Enhancing the Drying Rates of Carrot, Apple, and Green Bean” Journal of Food Engineering

(2010)98: 266-272

M.D. Avsaroglu, F. Bozoglu F, M. Akcelik, A. Bayındırlı “Effect of High Pressure on Lactococcal

Bacteriophages” Journal of Food Safety (2009) Volume: 29: 26-36

I. Hasbay Adil, M.E. Yener , A. Bayındırlı “Extraction of total phenolics of sour cherry pomace by

high pressure solvent and subcritical fluid and determination of the antioxidant activities of the

extracts” Separation Science and Technology (2008) 43: 1091-1110

I. Hasbay Adil, H., I. Çetin, M.E.Yener , A. Bayındırlı “Subcritical (carbon dioxide + ethanol)

extraction of polyphenols from apple and peach pomaces, and determination of the antioxidant

activities of the extracts” Journal of Supercritical Fluids (2007) 43 (2007):55–63

62

Doç. Dr. AyĢe Elif Erson Bensan

ÇalıĢmaAlanları

Identification and characterization of novel genes

that are abnormally expressed in breast cancer cells.

Investigation of the role of non-coding RNAs

(microRNAs) in neoplatic transformation events

Investigation of polyadenylation mechanisms and

their impact on mRNA profiles when deregulated in

cancer cells.

Lisans ,ODTÜ, Biyoloji

M.S., University of Michigan, Ġnsan Genetiği

Ph.D., University of Michigan, Ġnsan Genetiği

erson@metu.edu.tr

http://www.metu.edu.tr/~erson/

SeçilmiĢ Yayınları

H. Begum Akman and A. Elif Erson-Bensan. Alternative Polyadenylation and Its Impact on Cellular

Processes. MicroRNA 2014; 3(1):2-9

Akman BH, Can T, Erson-Bensan AE. Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR shortening of

CDC6. Nucleic Acids Res. 2012 Nov;40(21):10679-88.

Akhavantabasi S, Sapmaz A, Tuna S, Erson-Bensan AE, miR-125b targets ARID3B in breast cancer

cells. Cell Structure and Function. 2012; 37(1):27-38

Astarci E, Erson-Bensan AE, Banerjee S. MMP16 expression is downregulated by microRNA-146a in

spontaneously differentiating Caco-2 cells. Dev Growth Differ. 2012 Feb 20. doi: 10.1111/j.1440-

169X.2011.01324.x.

Ozek NS, Tuna S, Erson-Bensan AE, Severcan F. Characterization of microRNA-125b expression in

MCF7 breast cancer cells by ATR-FTIR spectroscopy. Analyst. 2010 Dec 15;135(12):3094-102.

Keller JA, Erson-Bensan AE and Petty EM, Connections between CHFR, the cell cycle, and

chemosensitivity: Are they critical in cancer?, Cancer Biol Ther.2010 Nov 6;10(9).

Akhavantabasi S, Akman HB, Sapmaz A, Keller J, Petty EM, Erson AE. USP32 is an active,

membrane bound ubiquitin protease overexpressed in breast cancers. Mamm Genome. 2010 Aug;

21(7-8): 388-397

Erson AE, Petty EM miRNAs and cancer: New research developments and potential clinical

applications, Cancer Biol Ther.2009 Dec; 8 (24): 2319 - 2324

Selcuklu DS, Yakicier C, Erson AE. An investigation of microRNA genes mapping to genomic

instability regions in breast cancer. Cancer Genet Cytogenet. 2009,189(1):15-23

Sukas S, Erson AE, Sert C, Kulah H, A parylene based double-channel micro-electrophoresis system

for rapid mutation detection via heteroduplex analysis. Electrophoresis. 2008, 29: 3752–3758

63

Doç. Dr. AyĢegül Gözen

ÇalıĢmaAlanları

Physiology and genetics of freshwater bacteria;

Nosocomial infections; bacterial pneumonia

Lisans ,ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., Michigan State University, Mikrobiyoloji

agozen@metu.edu.tr

http://bio.metu.edu.tr/pp?un=agozen

SeçilmiĢ Yayınları

Baysallar, M. , Güçlü, A.U., Yetiser, S. , Kiliç, A. , Gözen, A.G. , Açikel, C. Comparison of culture

and PCR methods in detection of haemophilus influenzae, streptococcus pneumoniae and moraxella

catarrhalis in children with otitis media with effusion. 2013. Turkiye Klinikleri Journal of Medical

Sciences. 33 (1):54-58.

ÖzaktaĢ, T., TaĢkın, B., Gözen A.G. High level antibiotic resistance among fish surface associated

bacterial populations in non-aquaculture freshwater environment. Water Research. 2012.46(19)6382-

6390.

Kocer, Z.A., Gozen, A.G., Önde, S., Kaya, Z. Indirect organogenesis from bud explants of Juniperus

communis L. : Effects of genotype, gender, sampling time, and growth regulator combinations. 2011.

Dendrobiology 66: 33-40

Taskin, B., Gozen, A.G., Duran, M. Selective quantification of viable Escherichia coli bacteria in

biosolids by quantitative PCR with propidium monoazide modification. 2011. Applied and

Environmental Microbiology 77 (13), 4329-4335

Dogan, O., Babız, H., Gozen, A.G., Budak, S. Synthesis of 2-aziridinyl phosphonates by modified

Gabriel-Cromwell reaction and their antibacterial activities. 2011. European Journal of Medicinal

Chemistry 46 (6), 2485-2489

Garip, S., Gozen A.C., Severcan, F. Use of Fourier transform infrared spectroscopy for rapid

comparative analysis of Bacillus and Micrococcus isolates. 2008.Food Chemistry 113(4): 1301-1307

Beklioğlu, M., Gözen, A.G., Yıldırım, F. Zorlu, P. and Önde, S. Ġmpact of food levels in trade-off

between temperature and fish predation pressure in vertical distribution of Daphnia. 2008.

Hydrobiologia 614(1):321-327

Beklioğlu, M., Telli, M. and Gözen, A.G. Fish and mucus-dwelling bacteria interact to produce a

kairomone that induces diel vertical migration in Daphnia. 2006. Freshwater Biology 51: 2200-2206

64

Doç. Dr. AyĢen Tezcaner

ÇalıĢma Alanları

Biyomalzemeler

Doku Mühendisliği

EriĢkin Kök Hücreler

Ġlaç Salım Sistemleri

Lisans, ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji

PhD., ODTÜ, Biyoteknoloji

tezcaner@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

O.Erdemli, S. Ozen, D. Keskin, A. Usanmaz, E. D. Batu, B. Atilla, A. Tezcaner, In vitro evaluation of

effects of sustained anti-TNF release from MPEG-PCL-MPEG and PCL microspheres on human

rheumatoid arthritis synoviocytes, Journal of Biomaterial Applications 2014

DOI:10.1177/0885328214535958

Ocal Y, Kurum B, Karahan S, Tezcaner A, Ozen S, Keskin D. Characterization and Evaluation of

Triamcinolone, Raloxifene, and Their Dual-Loaded Microspheres as Prospective Local Treatment

System in Rheumatic Rat Joints Journal of Pharmaceutical Sciences, 2014 Jun 17. doi:

10.1002/jps.24058.

O. Erdemli, A.Usanmaz, D. Keskin, A.Tezcaner, Characteristics and release profiles of MPEG-PCL-

MPEG microspherescontaining immunoglobulin G Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, Volume

117, 2014.

N. E. Vrana, O. Erdemli, G. Francius, A. Fahs, M. Rabineau, C. Debry, A. Tezcaner, D. Keskin, P.

Lavalle Double entrapment of growth factors by nanoparticles loaded into polyelectrolyte multilayer

film Journal of Materials, J. Mater. Chem. B, 2014, 2,999-1008

Yaprakci, V., Erdemli, O., Kayabolen, A., Tezcaner, A., Bozkurt F. and D. Keskin In vitro/in vivo

comparison of cefuroxime release from poly(ε-caprolactone)–calcium sulfate implants for

osteomyelitis treatment, Biotechnol Appl Biochem. 2013 Nov-Dec;60(6):603-16. doi:

10.1002/bab.111.

Erdoğ, A., Putra Limasale, Y.D., Keskin D., Tezcaner A., Banerjee S. “In Vitro Characterization of a

Liposomal Formulation of Celecoxib Containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine,

Cholesterol, and Polyethylene Glycol and its Functional Effects Against Colorectal Cancer Cell

Lines”. Journal of Pharmaceutical Sciences, Jul 29. doi: 10.1002/jps.23674. (2013)

Kavas, A., Tuncay, S., Banerjee, S., Keskin D. ve Tezcaner A. “Potential of Raloxifene in reversing

osteoarthritis-like alterations in rat chondrocytes: An in vitro model study”. Journal of Biosciences, 38,

135-147 (2013)

65

Doç. Dr. Bülent Ġçgen

ÇalıĢma Alanları Bacterial degradation & transformation & detoxification

Bioremediation of contaminated environments

Biotechnology of aerobic & anaerobic waste treatment

Metabolic engineering & catabolic genes

Biomolecular tools in engineering applications

Biomarkers & bioindicators & DNA probes

Environmental omic technologies

Lisans, Hacettepe Üniversitesi, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji

PhD., ODTÜ, Biyoteknoloji

bicgen@metu.edu.tr

http://www.metu.edu.tr/~bicgen/

SeçilmiĢ Yayınları

Icgen, B. and Yilmaz F. Co-occurrence of antibiotic and heavy metal resistance in Kızılırmak river

isolates (2014) Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, doi:10.1007/s00128-014-

1383-6.

Cerit, S., Yilmaz, F., and Icgen, B. Challenging tin toxicity by a novel strain isolated from fresh waters

(2014) Desalination and Water Treatment, doi:10.1080/19443994.2014.933038.

Yilmaz, F. and Icgen, B. Characterization of SDS-degrading Delftia acidovorans and in situ

monitoring of its temporal succession in SDS-contaminated surface waters (2014) Environmental

Science and Pollution Research, 21 (12), 7413-7424.

Akbulut, S., Yilmaz, F., and Icgen, B. Surface water isolates of hemolytic and non-hemolytic

Acinetobacter with multiple drug and heavy metal resistance ability (2014) Journal of Water and

Health, 12 (1), 1-12.

Yilmaz, F., Orman, N., Serim, G., Kochan, C., Ergene, A., and Icgen, B. Surface water-borne

multidrug and heavy metal-resistant Staphylococcus isolates characterized by 16S rDNA sequencing

(2013) Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, 91 (6), 697-703.

Koc, S., Kabatas, B., and Icgen, B. Multidrug and heavy metal-resistant Raoultella planticola isolated

from surface water (2013) Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology, 91 (2), 177-183.

Aktan, Y., Tan, S., and Icgen, B. Characterization of lead-resistant river isolate Enterococcus faecalis

and assessment of its multiple metal and antibiotic resistance (2013) Environmental Monitoring and

Assessment, 185 (6), 5285-5293.

Ozer, G., Ergene, A., and Icgen, B. Biochemical and molecular characterization of strontium-resistant

environmental isolates of Pseudomonas fluorescens and Sphingomonas paucimobilis (2013)

Geomicrobiology Journal, 30 (5), 381-390.

66

Doç. Dr. Can Özen

ÇalıĢmaAlanları

Peptide Drug Discovery and Design

Venomics

Lisans ,ODTÜ, Biyoloji

PhD, University of Tennessee-Oak Ridge

National Labs, Knoxville, TN, USA, Biyokimya

canozen@metu.edu.tr

http://www.syborg.btec.metu.edu.tr/

SeçilmiĢ Yayınları

Kırdeciler K, Özen C, Akata B. Fabrication of nano- to micron-sized patterns using zeolites: Its

application in BSA adsorption. Microporous and Mesoporous Materials 2014, 191, 59-66. [SCI]

Hocaoglu, I, Cizmeciyan, MN, Erdem, R, Ozen, C, Kurt, A, Sennaroglu, A, Acar HY. Development of

highly luminescent and cytocompatible near-IR-emitting aqueous Ag2S quantum dots. J. Mater.

Chem. 2012, 29 (22), 14674-14681.

Sevinc E, Ertas FS, Ulusoy G, Ozen C and Acar HY. (2012) Meso-2,3-dimercaptosuccinic acid: From

Heavy Metal Chelation to CdS Quantum Dots. J. Mater. Chem., 2012, 22 (11), 5137-5144.

Cansiz S, Ozen C, Bayrac C, Bayrac AT, Gul F,Kavruk M, Yilmaz R, Eyidogan F, Oktem HA. A

sandwich-type DNA array platform for detection of GM targets in multiplex assay. European Food

Research and Technology, 2012; 3(235), 429-437.

Prado M E; Almeida R A; Ozen C; Luther D A; Lewis M J; Headrick S J; Oliver S P (2011)

Vaccination of dairy cows with recombinant Streptococcus uberis adhesion molecule induces

antibodies that reduce adherence to and internalization of S. uberis into bovine mammary epithelial

cells. Veterinary immunology and immunopathology 2011; 141(3-4):201-8.

Norris AL, Ozen C, Serpersu EH (2010). Thermodynamics and kinetics of association of antibiotics

with the aminoglycoside acetyltransferase (3)-IIIb, a resistance-causing enzyme. Biochemistry 2010;

49(19):4027-35.

Serpersu EH, Özen C, Norris AL, Stern C, Whittemore NA (2010). Backbone resonance assignments

of a promiscuous aminoglycoside antibiotic resistance enzyme; the aminoglycoside

phosphotransferase(3')-IIIa. Biomol NMR Assign, 2010; 4(1):9-12.

67

Prof. Dr. G. Candan Gürakan

ÇalıĢmaAlanları

Food microbiology

Hygiene

Molecular identification and characterization of

bacteria

Lactic acid bacteria

Detection of genetically modified microorganisms

Pathogenic bacteria

Lisans, ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyokimya

PhD., ODTÜ, Biyokimya

candan@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Nielsen, B., Gurakan G.C., Unlu G. 2014. Kefir: a multifaceted fermented dairy product. Probiotics

and antimicrobial Proteins. DOI 10.1007/s12602-014-9168-0

Altay-Dede, N., Acar-Soykut E., Gurakan, G.C. 2014. Phenotypic diversity and technologica

properties of yogurt cultures isolated from traditionally produced Turkish yogurts with comparison to

commercial starter cultures. Italian Journal of Food Science 26, 308-316.

Ghazi F., Benmechernene, Z., Kihal, M., Gurakan, G.C. 2013. The reproducibility of random

amplified polymorphic DNA (RAPD) profiles of Streptococcus thermophilus strains with XD9, M13

and OPI-02 MOD primers. African Jornal of Biotechnology, 12, 6245-6252.

Kayagil, Fulya and G. Candan Gurakan. 2009. Effects of starter culture combinations using isolates

from traditional cheese of Turkish white cheese, International Journal of Dairy Technology, 62, 387-

396.

Gürakan, G.C. and Altay, N. Yogurt Microbiology and Biochemistry In Development and

Manufacture of Yogurt and other Functional Dairy Products, Fatih Yıldız (Ed). 2010. CRC Press

Taylor and Francis Group, Fl, USA. (ISBN: 978-1-4200-8207-8).

Gürakan, G.C. and Cebeci, A. Barboros Özer. Probiotic Dairy Beverages: Microbiology and

Technology.In Development and Manufacture of Yogurt and other Functional Dairy Products, Fatih

Yıldız (Ed). 2010. CRC Press Taylor and Francis Group, USA. (ISBN:978-1-4200-8207-8). pp.165-

195.

Gürakan, G.C., Aydin, G. and Yilmaz, R. 2011. Qualitative detection of GM maize (Bt 11) in food and

feed sold commercially in Turkey by PCR based methods. Indian Journal of Biotechnology, 10: 143-

146.

Cebeci, A. and Gurakan, G.C. 2011. Comparative typing of L. delbruckeii subsp bulgaricus strains

using multilocus sequence typing and RAPD-PCR. European Food Research and Technology 233,

377-385.

68

Prof. Dr. F. Celal Gökçay

ÇalıĢmaAlanları

Biodegradation of unusual compounds

Bio-leaching and recovery of mining residues and

wastes

Bacterial desulfurization of coals

Microbial solubilization of lignites

Activated sludge kinetics. Nutrient removing

activated sludge.

Effect of heavy metals on activated sludge kinetics

Biological treatment of paper pulp bleachery

effluents

Treatability of chlorinated organic compounds

PhD., University of Wales, UC Cardiff,

Microbiology

cfgokcay@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

U. G. Ozkan-Yucel, C. F. Gökçay, Application of ADM1 model to a full-scale anaerobic digester under

dynamic organic loading conditions. "Environmental Technology ", 31, (2010), p.633-640.

Umay Gokce Ozkan Yucel, Celal Ferdi Gokcay, Effect of Initial Azo Dye Concentration and Biomass

Acclimation on Sludge Digestion and Dye Co-treatment.. "Clean-Soil, Air, Water ", 38, (2010), p.387-

393.

Cisem Yigita, Gulnur Madena, Nur Disaa, Ozge Yılmaza, Abdullah Ogutvericia, Emre, Hazardous

waste management in Turkey: current legislative requirements and future challenges. ". Desalination

and Water Treatment ", 26, (2011), p.152-159.

Okan Tarık Komesli, Sezgin Bakırdere, Ceren Bayören and Celal F Gokcay., Simultaneous

determination of selected endocrine disrupter compounds in wastewater samples in ultra trace levels

using HPLC-ES-MS/MS. "Environment and Assessment ", 10.1007, (2011), p..

M. Muz, M. S. Sonmez, O. T. Komesli, S. Bakırdere and C. F. Gokcay, Determination of selected

natural hormones and endocrine disrupting compounds in domestic wastewater treatment plants by

liquid chromatography electrospray ionization tandem mass spectrometry after solid phase

extraction. "Analyst", 137, (2012), p.884-889.

69

Prof. Dr. Cihangir Tanyeli

ÇalıĢmaAlanları

Organik kimya

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., ODTÜ, Kimya

tanyeli@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Elif K. Unver, Simge Tarkuc, Derya Baran, Cihangir Tanyeli, Levent Toppare, Synthesis of new

donor–acceptor polymers containing thiadiazoloquinoxaline and pyrazinoquinoxaline moieties: low-

band gap, high optical contrast, and almost black colored materials. "Tetrahedron Letters", 52, (2011),

p.2725-2729.

Hüseyin Karaca, Serdar Sezer, Cihangir Tanyeli, Synthesis of L-prolinol substituted novel optically

active phthalocyanines. "Dyes & Pigments", 90, (2011), p.100-105.

Elif K. Unver, Simge Tarkuc, Yasemin A. Udum, Cihangir Tanyeli, Levent Toppare, The effect of the

donor unit on the optical properties of polymers. "Organic Electronics", 12, (2011), p.1625-1631.

Gumus, A., Tanyeli, C., Stereoselective synthesis of gamma-lactone fused

cyclopentanoids."Tetrahedron:Asymmetry", , (2012), p.1405-1409.

Sezer, S., Gumrukcu, Y., Bakırcı, I., Unver, M. Y., Tanyeli, C., Stereoselective synthesis of optically

active cyclopenta[c]pyridines and tetrahydropyridines. "Tetrahedron:Asymmetry", , (2012), p.662-

669.

Demirci, S., Emre, F., Ekiz,F., Oguzkaya,F., Timur, S., Tanyeli, C., Toppare, L., Functionalization of

poly SNS anchored carboxylic acid with Lys and PAMAM: surface modifications for biomolecule

immobilization stabilization and biosensing applications. "Analyst", , (2012), p.4254-4261.

70

Doç. Dr. ÇağdaĢ Devrim Son

ÇalıĢmaAlanları

Membrane proteins, Protein-protein interactions,

GPCRs, nAChRs, Fluorescence proteins, Confocal

microscopy, Total Internal Reflection Fluorescence

microscopy, FRET, HPLC, Mass spectrometry,

MALDI-TOF, protein purification, Photo affinity

cross-linking

Lisans ,ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., University of Tennessee, Knoxville,

Biyokimya

cson@metu.edu.tr

http://www.metu.edu.tr/~cson/

SeçilmiĢ Yayınları

Srinivasan R, Pantoja R, Moss FJ, Mackey ED, Son CD, Miwa J, Lester HA. Nicotine up-regulates

α4β2 nicotinic receptors and ER exit sites via stoichiometry-dependent chaperoning. J Gen Physiol

(2011) Jan;137(1):59-79

Cagdas D. Son, Fraser J. Moss, Bruce N. Cohen, Henry A. Lester. Nicotine Normalizes Intracellular

Subunit Stoichiometry of Nicotinic Receptors Carrying Mutations linked to Autosomal Dominant

Nocturnal Frontal Lobe Epilepsy. Molecular Pharmacology (2009) May;75(5):1137-48

Lester HA, Xiao C, Srinivasan R, Son CD, Miwa J, Pantoja R, Banghart MR, Dougherty DA, Goate

AM, Wang JC. Nicotine is a Selective Pharmacological Chaperone of Acetylcholine Receptor Number

and Stoichiometry. Implications for Drug Discovery. AAPS J. (2009) March; 11(1):167-77.

George K. E. Umanah, Cagdas Son, FaXiang Ding, Fred Naider and Jeffrey M. Becker. Cross-Linking

of a DOPA-Containing Peptide Ligand into Its G Protein-Coupled Receptor.Biochemistry (2009)

March; 48(9):2033-44.

Li-Yin Huang, George Umanah, Melinda Hauser, Cagdas Son, Boris Arshava, Fred Naider, and

Jeffrey M. Becker. Unnatural amino acid replacement in a yeast G protein-coupled receptor in its

native environment. Biochemistry (2008) May; 47(20):5638-48.

Byung-Kwon Lee, Kyung-Sik Jung, Cagdas Son, Heejung Kim, Nathan C. VerBerkmoes, Boris

Arshava, Fred Naider, and Jeffrey M. Becker. Affinity purification and Characterization of a G-Protein

Coupled Receptor, Saccharomyces cerevisiae Ste2p. Protein Expression and Purification (2007) Nov;

56(1):62-71.

Cagdas D. Son, Hasmik Sargsyan, Hurst GB, Fred Naider, Jeffrey M. Becker. Analysis of Ligand-

Receptor Cross-linked Fragments by Mass Spectrometry. Journal of Peptide Research (2005) Mar;

65(3):418-26

71

Doç. Dr.Deniz Çekmecelioğlu

ÇalıĢmaAlanları

Microbial conversion of food and agricultural

byproducts to value-added products

Bio-chemical treatment of foods, food and

agricultural wastes

Food safety

Modeling and optimization of food and

agricultural processing systems

Lisans, Gaziantep Üniversitesi, Gıda

Mühendisliği

M.S., Gaziantep Üniversitesi, Gıda Mühendisliği

PhD., Pennsylvania State University, Agric And

Biolo Eng

denizc@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Cekmecelioglu, D. and O.N. Uncu. Kinetic modeling of enzymatic hydrolysis of pretreated kitchen

wastes for enhancing bioethanol production. Waste Management (2012),

http://dx.doi.org/10.1016/j.wasman.2012.08.003.

Celebioglu, H.Y., D. Cekmecelioglu, M. Dervisoglu, T. Kahyaoglu. Effect of extraction conditions on

hemicellulose yields and optimisation for industrial processes. International Journal of Food Science

and Technology (2012), http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2621.2012.03139.x.

Uncu, O.N. and D. Cekmecelioglu. 2011. Cost-effective approach to ethanol production and

optimization by response surface methodology. Waste Management 31: 636-643.

Gurkok, S., D. Cekmecelioglu, and Z.B. Ogel. 2011. Optimization of culture conditions for

Aspergillus sojae expressing an Aspergillus fumigatus α-galactosidase. Bioresource Technology 102:

4925-4929.

Ozturk, B., D. Cekmecelioglu, and Z. B. Ogel. 2010. Optimal conditions for enhanced β-mannanase

production by recombinant Aspergillus sojae. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 64: 135-

139.

72

Doç. Dr. Dilek Keskin

ÇalıĢmaAlanları

Biomaterials

Controlled drug delivery systems

Biomaterials for bone, cartilage and skin

Biomechanics

Osteoporosis, osteoarthritis

Lisans, ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji

PhD., ODTÜ, Biyoteknoloji

dkeskin@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Deniz A., A. Sade, F. Severcan, D. Keskin, A. Tezcaner, S Banerjee, Celecoxib loaded liposomes:

effect of cholesterol on encapsulation and in vitro release characteristics. "Bioscience Reports", 30,

(2010), p.365-373.

Erdemli, O., O. Çaptug, H. Bilgili, D. Orhan, A. Tezcaner ve D. Keskin, In Vitro and In Vivo

Evaluation of the Effects of Demineralized Bone Matrix or Calcium Sulfate Addition to

Polycaprolactone-Bioglass Composites. "Journal of Materials Science: Materials in Medicine", 21,

(2010), p.295-308.

Tasci, A., H. Bilgili, H. Altunay, M.R. Geçit ve D. Keskin, Biomechanical and Histological Outcome

of Combined Raloxifene-Estrogen Therapy on Skeletal and Reproductive Tissues. "European Journal

of Pharmacology", 327, (2010), p.354-361.

Basar, B., A. Tezcaner, D. Keskin, ve Z. Evis, Improvements in microstructural, mechanical, and

biocompatibility properties of nano-sized hydroxyapatites doped with yttrium and fluoride. "Ceramics

International", 10, (2010), p.1643-53.

Tasci, A.G, H. Bilgili, H. Altunay, M.R. Gecit, D. Keskin, Prospective evaluation of Vitamin K2,

Raloxifene and their co-administration in osteoporotic rats. "European Journal of Pharmaceutical

Sciences", 17, (2011), p.270-277.

Basar B., A. Tezcaner, D. Keskin, Z. Evis, Synthesis, phase transitions and cellular biocompatibility of

nanophase alumina–hydroxyapatite composites. "Advances in Applied Ceramics", 110, (2011), p.238-

245.

Akturk, O., A. Tezcaner, H. Bilgili, M.S. Deveci, M.R. Gecit, D. Keskin, Evaluation of

sericin/collagen membranes as prospective wound dressing biomaterial. "Journal of Bioscience and

Bioengineering", 112, (2011), p.279-288.

73

Prof. Dr. F. Dilek Sanin

ÇalıĢmaAlanları

Biodegradation and removal of xenobiotic

compounds

Recevery of bioenergy from wastewater sludge

Microbial extracellular polymers and use in water

and wastewater treatment

Bioflocculation of pure and mixed culture

microorganisms

Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

PhD., Duke University, Çevre Mühendisliği

dsanin@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Ömeroğlu, S. ve Sanin, F.D. Fate and degradation kinetics of nonylphenol compounds in aerobic

batch digesters. “Water Research” 64, 1-12, 2014.

Zorba, G. T. ve Sanin, F. D. Disintegration of Sludge by Sonication and Improvement of Methane

Production Rates in Batch Anaerobic Digesters. Clean – Soil, Air, Water, 41, 4, 396–402, 2013.

Kıvılcımdan Moral, C. ve Sanin, F.D., An Investigation of Agitation Speed as a Factor Affecting

the Quantity and Monomer Distribution of Alginate from Azotobacter vinelandii ATCC® 9046.

"Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology", 39, 513-519, 2012.

Kıvılcımdan Moral, Ç., Doğan, Ö. ve Sanin, F.D. Use of Laboratory-grown Bacterial Alginate in

Copper Removal. “Water Science and Technology” 65, 11, 2003-2009, 2012.

Koksoy, G. T. ve Sanin, F. D., Effect of digester F/M ratio on gas production and sludge

minimization of ultrasonically treated sludge. "Water Science and Technology ", 62, 1510-1517,

2010.

Apul, O. G., ve Sanin, F. D., Ultrasonic pretreatment and subsequent anaerobic digestion under

different operational conditions. "Bioresource Technology ", 101, 8984-8992, 2010.

Kara, F., Gürakan, C. G. ve Sanin, F.D. Monovalent Cations and their Influence on Activated

Sludge Floc Chemistry, Structure and Physical Characteristics. “Biotechnology and

Bioengineering” 100, 2, 231-239, 2008.

Sesay, M. L., Özcengiz, G. ve Sanin, F.D. Enzymatic Extraction of Activated Sludge Extracellular

Polymers and Implications on Bioflocculation. “Water Research” 40, 7, 1359-1366, 2006.

Onur Guven Apul, Ilgin Dogan, F. Dilek Sanin, Can Capillary Suction Time be an Indicator for

Sludge Disintegration? . "JOURNAL OF RESIDUALS SCIENCE & TECHNOLOGY", 6, (2009),

p.99-104.

74

Prof. Dr. Erdal Bayramlı

ÇalıĢmaAlanları

Fiziksel kimya

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., Mcgill University, Kimya

bayramli@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Doğan M., Yılmaz A., Bayramlı E., Synergistic effect of boron containing substances on flame

retardancy and thermal stability of intumescsnt polypropylene composites. "Polymer Degradation and

stability", 95, (2010), p.2584-2588

Nihat Ali IĢıtman, Mehmet Doğan, Erdal Bayramlı and Cevdet Kaynak, Fire Retardent Properties of

Intumescent P0lypropylene Composites filled with Calcium Carbonate. "Polymer Engineering and

Science", 51, (2011), p.875-883.

Mehmet Doğan , AyĢen Yılmaz and Erdal Bayramlı, Effect of Boron Containing Materials on

Flammability and Thermal Degradation of Polyamide-6 Composites Containing Melamine

Cyanurate."Polymers for Advanced Technologies", 22, (2011), p.560-566.

Erdal Bayramlı et al, Physical Properties and Cure Characteristics of Natural Rubber/Nanoclay

Composites with Two Different Compatibilizers. "Journal of Applied Polymer Science", 121, (2011),

p.1530-1435.

Mehmet Doğan and Erdal Bayramlı, Synergistic Effect of Boron Containing Substances on Flame

Retardancy and Thermal Stability of Clay Containing Intumescent Polypropylene Nanoclay

Composites."Polymers for Advanced Tchnologies", 22, (2011), p.1628-1632.

75

Yrd. Doç. Dr. Erhan Bat

ÇalıĢmaAlanları

Polymers for Biomedical Applications

Micro and Nanofabrication Techniques

Design and Fabrication of Functional Materials

and Surfaces

Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Kimya Mühendisliği

PhD., University of Twente, Polymer Chemistry

and Biomaterials Group

bat@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

E. Bat, E.W. Lin, S. Saxer, H.D. Maynard “Morphing Hydrogel Patterns by Thermo-Reversible

Fluorescence Switching” Macromolecular Rapid Communications, 2014, 35:1260-1265.

E. Bat, Z. Zhang, J. Feijen, D.W. Grijpma, A.A. Poot “Biodegradable Elastomers for Biomedical

Applications and Regenerative Medicine” Regenerative Medicine, 2014, 9:385-398.

R. de la Rica*, E. Bat*, K.L. Herpoldt, H. Xie, H.D. Maynard, M.M. Stevens “Nanoparticle Growth

via Concentration Gradients Generated by Enzyme Nanopatterns” Advanced Functional Materials,

2014, 24:3692-3698 (* co-first author, inside front cover article).

Z.P. Tolstyka, W. Richardson, E. Bat, C.J. Stevens, D.P. Parra, J.K. Dozier, M.D. Distefano, B.

Dunn,and H.D. Maynard. “Chemoselective Immobilization of Proteins by Microcontact Printing and

Bioorthogonal Click Reactions” ChemBioChem 2013, 14:2464-2471.

P.F. Moonen, E. Bat, W.P. Voorthuijzen, J. Huskens. “Soft-lithographic Patterning of Room

Temperature Sintering Ag Nanoparticles on Foil” RSC Advances 2013; 3:18498-18505.

J. Lee, E.W. Lin, U.Y. Lau, J.L. Hedrick, E. Bat, H.D. Maynard. “Trehalose Glycopolymers as

Excipients for Protein Stabilization” Biomacromolecules 2013; 14(8):2561-2569.

E. Bat, T.G. van Kooten, J.A. Plantinga, M.C. Harmsen, M.J.A. van Luyn, J. Feijen, D.W. Grijpma.

“Physical Properties and Erosion Behavior of Poly(trimethylene carbonate–co-e-caprolactone)

Networks” Macromolecular Bioscience 2013; 13(5):573-583.

E. Bat, T.G. van Kooten, J. Feijen, D.W. Grijpma. “Crosslinking of Trimethylene Carbonate and D,L-

lactide (Co)polymers by Gamma Irradiation in the Presence of Pentaerythritol Triacrylate”,

Macromolecular Bioscience 2011;11(7):952-961.

76

Prof. Dr. Faruk Bozoğlu

ÇalıĢmaAlanları

Food Microbiology

Biochemistry

Biotechnology

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., North Carolina State University, Food

Science

bozoglu@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Bozoglu Faruk, Inactivation Mechanisms of Different Mycotoxins, NATO Advanced Research

Workshop on Advances in Food Security and Safety against Terrorist Threats and Natural

Disasters, ADVANCES IN FOOD PROTECTION: FOCUS ON FOOD SAFETY AND DEFENSE,

Book Series: NATO Science for Peace and Security Series A-Chemistry and Biology, 197-204, 2011

Stanciugelu, H, Alpas, D. Stanescu F. Bozoglu: A social cognitive perspective of terrorism risk

perception on food chain security. ESA RN 22 Sociology of risk and umcertainity Conference. (21).

Sweeden, 2011

Stanciugelu, H, Alpas, D. Stanescu, F. Bozoglu and S.Stan; Terrorism risk perception and crisis

communication planning. ESA 10th Conference-Social Relations in Turbulent Times. (30), Switzerland

2011.

BOZOGLU F and SAGDICOGLU CELEP A.G, Polyphenolic and Probiotic Ingredients of Common

Foods in Turkish Diet and their Health Benefits. Bioactive compounds and Functional Foods in Health

and Diseases. 10 (68-70). Texas ,USA 2012

Ceylan Cagatay; Severcan Feride; Ozkul Aykut; et al. Biophysical and microbiological study of high

hydrostatic pressure inactivation of Bovine Viral Diarrheavirus type 1 on serum ; VETERINARY

MICROBIOLOGY, 154 : 3-4 , 266-271 DOI: 10.1016/j.vetmic.2011.07.026 .JAN, 2012

77

Prof. Dr. Fatih Ġzgü

ÇalıĢmaAlanları

Pharmaceutical Biotechnology;

Yeast genetics and molecular biology;

Mammalian cell culture technology

Lisans , Ankara Üniversitesi

M.S., Ankara Üniversitesi

Ph.D., Ankara Üniversitesi, Farmasötik Biyoloji

izgu@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Fatih Izgu, Demet Altinbay, Ayfer Yucelis, Identification and killer activity of a yeast contaminating

starter cultures of Saccharomyces cerevisiae strains used in Turkish baking industry. "Food

Microbiology ", 14 , (1997), p.125-131 .

Fatih Izgu, Demet Altinbay, Killer toxins of certain yeast strains have potential growth inhibitory

activity on Gram-positive pathogenic bacteria. "Microbios ", 89 , (1997), p.15-22 .

Fatih izgu et.al, Biological substances (chapter ın a book). "European Pharmacopeia", 3, (1999), p.1-

1387.

Fatih Izgu, Demet Altınbay , Armagan Koçer, Isolation and characterization of K6 type yeast killer

protein. "Microbios", 99, (1999), p.161-172.

Fatih Ġzgü, Demet Alyınbay, Yasemin Derinel, Immunization of saccharomyces cerevisiae to a

contaminating killer toxin producing candida tropicalis. "Food Microbiology", 21, (2004), p.635-640.

Fatih Ġzgü, Demet Altınbay, Isolation and characterization of the K-5 type yeast killer protein and its

homology with an exo-beta-1,3 - glucanase. "Bioscience, Biotechnology, Biochemistry", 68, (2004),

p.685-693.

Fatih Izgü, Demet Altınbay, Abdullah Sertkaya, Enzymic Activity of the K5 Type Yeast Killer Toxin

and its Characterization. "Biosci. Biotechnol. Biochem.", 69, (2005), p.2200-2206.

Ġzgü, F., Altınbay, D., Acun T, Killer toxin of Pichia anomala NCYC 432; Purification,

characterization and its exo-β-1,3 glucanase activity. "Enzyme and Microbial Technology", 39,

(2006), p.669-67.

Fatih Ġzgü, Demet Altınbay Akif Emre Türeli, In vitro activity of panomycocin, a novel exo-β-1,3-

glucanase isolated from Pichia anomala NCYC 434, against dermatophytes. "Mycoses", 50, (2007),

p.31-34.

Fatih Izgü, Demet Altınbay, Akif Emre Türeli, In Vitro Susceptibilities of Candida spp. to

Panomycocin, a Novel Exo-β-1,3-Glucanase Isolated from Pichia anomala NCYC 434. "Microbiol.

Immunol.,", 51, (2007), p.797-803.

78

Prof. Dr. Fatih Yıldız

ÇalıĢmaAlanları

Health and Food ; Nutritional needs of Hormonal

system and Somatic cell nutrition.

Photovoltaics in Food and agricultural Industries.

Food Traceability based on DNA fingerprinting,

RFID applications in packaging, and storage ; GIS

sytems in agricultural Production.

Effects of Packaging on food product safety, and

sensory quality.

Lisans , Atatürk Üniversitesi

M.S., University of Maryland,College Park

U.S.A

Ph.D., University of Maryland,College Park

U.S.A

fatih@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

YILDIZ F.(2015) Novel Natural Ingredients and Technologies to Provide Stable and Clean Label

Products, (Accepted for publication), online journal, Cogent Food and Agriculture, Published by

Taylor and Francis Group, New York,NY,USA

YILDIZ F.,(2014) Pro and prebiotic addition to baby formulas and nutritional indices for infants.

“First 1000 days of mother and infant Nutrition Congress : From Fetal Life to childhood.” Ministry of

Health and YĠSAV Foundation, March 27-29, 2014 , J.W. MARRIOT HOTEL, ANKARA,Turkey.

YILDIZ F.(2014)Molecular Health Indicators of Functional Foods: Emerging ingredients for the food

and beverage sectors. Fi Food Ingredients Conference 2014,Ġstanbul, Mogan International Research

Center Publication No:1.

YILDIZ F.,ĠLALAN K.(2013) ODTÜ Gıda Ambalaj Malzemeleri AraĢtırma Projesi. ODTÜ Gıda

Mühendisliği Bölümü AraĢtırma Raporu,191 sayfa, ODTÜ Ankara. METU Food packaging research

papers.

YILDIZ F.,(2013) Hydrolyzed proteins in infant formulas. (Bebek formulasyonlarında hidrolize

kazein ve peyniraltı suyu proteinleri) Nutrition of Infants and mothers in the first 1000 days: From

Fetal life to childhood life. Congress organized by Ministry of Health and YĠSAV Foundation) 09-

10 May 2013 Hilton Hotel,Ankara,Turkey.

YILDIZ F. CÖMERT N.(2013) Stem cell nutrition in Human. “Probiotics and Functional Foods

Congress”11-13 April 2013, Side Antalya, Organized by www.ppd2013.org

YILDIZ F.(2012) International,Food,Agriculture and Gastronomy Congress, in Antalya Belek,

Turkish Agricultural Federation Publication No.10. METU-Department of Food Engineering,

Ankara,Turkey.

YILDIZ, F., Çelebi Celalettin R.,Uçar Ömür (2010) “Measuring Emotions among Perfume consumers

by EMG Technique”1st World Congress on Olfaction and Issues,November 4-5,2010,Maison de la

Recherche, Paris, France

79

Prof. Dr. Feride Severcan

ÇalıĢmaAlanları

Molecular Biophysics;

Cell Biophysics;

Ecotoxilogy;

Environmental Biophysics

Lisans , Ankara Üniversitesi, Fizik

M.S., Ankara Üniversitesi, Fizik

Ph.D., Rochester University, Fizik Mühendisliği

feride@metu.edu.tr

http://bio.metu.edu.tr/pp?un=fsevercan

SeçilmiĢ Yayınları

Cakmak G., Miller L.M., Zorlu F., Severcan F., “Amifostine, a Radioprotectant Agent, Protects Rat

Brain Tissue Lipids against Ionizing Radiation Induced Damage: An FTIR Microspectroscopic

Imaging Study”, Archives of Biochemistry and Biophysics, 520, 67-73, 2012.

Aksoy C, Guliyev A, Kilic E, Uckan D, Severcan F., “Bone marrow mesenchymal stem cells in

patients with beta thalassemia major: Molecular analyses with attenuated total reflection-fourier

transform infrared (ATR-FTIR) spectroscopy study as a novel method”,. Stem Cells Dev. 2012 Jan 4.

In press PMID:22214206

Bezirci, G. , Akkas, S.B. Rinke, K. , Yildirim, F. , Kalaylioglu, Z., Severcan, F., Beklioglu, M.

“Impacts of salinity and fish-exuded kairomone on the survival and macromolecular profile of

Daphnia pulex”, Ecotoxicology , 21(2):601-614, 2012.

Ceylan, C., Severcan, F, Ozkul, A Severcan, M Bozoglu, F, Taheri, N “Biophysical and

microbiological study of high hydrostatic pressure inactivation of Bovine Viral Diarrheavirus type 1

on serum”, Veterinary Microbiology, 154:266-,2012.

Cakmak G, Zorlu F, Severcan M, and F. Severcan, “Screening of Protective Effect of Amifostine on

Radiation-Induced Structural and Functional Variations in Rat Liver Microsomal Membranes by FT-

IR Spectroscopy”, Analytical Chemistry, 83 (7) 2438-2444 , 2011.

Bozkurt O., Severcan M., Severcan F., Diabetes induces compositional, structural and functional

alterations on rat skeletal soleus muscle revealed by FTIR spectroscopy: a comparative study with

EDL muscle. "ANALYST ", 135, (2010), p.3110-3119

Akkas SB, Kepenek AO, Beklioglu M, Severcan F. Mollecular approach to the chemical

characterization of fish-exuded kairomone: a Fourier transform infrared spectroscopic study .

"AQUATIC SCIENCES", 72, (2010), p.71-83.

Garip S., Severcan F., Low Concentration of Simvastatin is More Effective in Strengthening the Bone

than High Concentration of Simvastatin Treatment. "Journal of Pharmaceutical and Biomedical

Analysis, 52, (2010), p.580-588.

80

Prof. Dr. Filiz Bengü Dilek

ÇalıĢmaAlanları

Water and wastewater treatment

Biological treatment of wastewaters

Industrial wastewater treatment

Microbiology of wastewater treatment

Physico-chemical treatment processes

Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

PhD., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

fdilek@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Erkan Sahinkaya, Nigmet Uzal, Ulku Yetis, Filiz B. Dilek, Biological treatment and nanofiltration of

denim textile wastewater for reuse. "Journal of Hazardous Materials", 153, (2008), p.1142-1148.

Sahinkaya, E., Dilek, F. B, The Growth Behavior of Chlorella vulgaris in the presence of 4-

Chlorophenol and 2,4-Dichlorophenol. "Ecotoxicology and Environmental Safety", 72, (2009), p.781-

786.

Kaya, D., Dilek, F.B., Gökçay, C.F. Reuse of lagoon effluents in agriculture by post-treatment in a

step feed dual treatment (SFTD®) process. Desalination, 215, 29-36, 2007.

Sahinkaya, E., Dilek, F. B. Modelling Chlorophenols Degradation in Sequencing Batch Reactors with

Instantaneous Feed- Effect of 2,4-DCP Presence on 4-CP Degradation Kinetics. Biodegradation,

18(4), 427-437, 2007.

Bural C.B., Demirer, G.N., Kantoglu, O., Dilek, F.B., Treatment of opium alkaloid contaınıng

wastewater in sequencing batch reactor (SBR)- effect of gamma irradiation. "Radiation Physics and

Chemistry", 79, (2010), p.519-526.

Sahinkaya, E., Dilek, F. B. Biodegradation Kinetics of 2,4-Dichlorophenol by Acclimated Mixed

Cultures. Journal of Biotechnology, 127(4), 716-726, 2007.

Sahinkaya, E., Dilek, F. B. Biodegradation of 4-CP and 2,4-DCP Mixture in a Rotating Biological

Contactor (RBC). Biochemical Engineering Journal, 31(2), 141-147, 2006

81

Prof. Dr. Göksel Niyazi DEMĠRER

ÇalıĢmaAlanları

Anaerobic Environmental Biotechnology

Wastewater Engineering

Cleaner Production/Pollution Prevention

Natural Treatment Systems

Bioenergy and Biobased Products

Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

PhD., Vanderbilt University, Çevre

Mühendisliği

goksel@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Yılmazel Y.D. and Demirer G.N., Removal and recovery of nutrients from anaerobic digestion residues

of poultry manure as struvite. "Environmental Technology", 32, (2011), p.783-794.

Yılmaz V. and Demirer G.N.,, Anaerobic digestion of cattle manure: Effect of phase-separation. "WIT

Transactions on Ecology and the Environment", 143, (2011), p.133-144 .

Alkaya E. and Demirer G.N, Anaerobic acidification of sugar-beet processing wastes: Effect of

operational parameters. "Biomass and Bioenergy", 35, (2011), p.32-39.

Raposo F, Fernández-Cegrí V, de la Rubia Maria, Béline F, Cavinato C, Demirer GN, Biochemical

Methane Potential (BMP) of solid organic substrates: Evaluation of anaerobic biodegradability using data

from an international interlaboratory study. "Journal of Chemical Technology & Biotechnology", 86,

(2011), p.1088–1098.

Ulutas F., Alkaya E., Bogurcu M., Demirer G.N., A comparative analysis of Turkish and European Union

environmental legislation regarding cleaner (sustainable) production concept. "International Journal of

Environment and Sustainable Development", 10, (2011), p.246-266.

Ulutas F., Alkaya E., Bogurcu M. and Demirer G.N., Determination of the framework conditions and

research-development needs for the dissemination of cleaner (sustainable) production applications in

Turkey. "International Journal of Sustainable Development & World Ecology", 19, (2012), p.203-209.

Ulutas F., Alkaya E., Bogurcu M. and Demirer G.N., The national capacity assessment on cleaner

(sustainable) production in Turkey. "Sustainable Cities and Society", 5, (2012), p.30-36.

82

Prof. Dr. Gülay Özcengiz

ÇalıĢmaAlanları

Molecular Microbiology and Genetics

Proteomics

Biotechnology

Lisans ,

M.S., ODTÜ

Ph.D., ODTÜ

ozcengiz@metu.edu.tr

http://molmicrobio.metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Tefon, B.E., Özcengiz, E., Özcengiz, G.2013. Pertussis Vaccines: State-of-the-Art and Future Trends.

Current Topics in Medicinal Chemistry. 13: 2581-2596.

Özcengiz G., Demain A. L. 2013. Recent advances in the biosynthesis of penicillins, cephalosporins

and clavams and its regulation. Biotechnology Advances. 31: 287-311

Kurt A., Alvarez-Alvarez R., Liras P., Özcengiz G. 2013. Role of cmcH-ccar intergenic region and

ccar overexpression in cephamycin C biosynthesis in Streptomyces clavuligerus. Applied

Microbiology and Biotechnology. DOI 10.1007/s00253-013-4721-4

Okay, S., Özcengiz, E. and Özcengiz G. 2012. Immunogenicity and protective efficacy of the

recombinant Pasteurella lipoprotein E and outer membrane protein H from Pasteurella multocida A:3

in mice. Research in Veterinary Science. 93: 1261 - 1265

Köroğlu, T.E., Öğülür, Ġ., Mutlu, S., Yazgan-KarataĢ, A. and Özcengiz, G. 2011. Global Regulatory

Systems Operating in Bacilysin Biosynthesis in Bacillus subtilis.Journal of Molecular Microbiology

and Biotechnology. 20:144-155.

Tefon, B.E., Kühnel, S., Özcengiz, E., Becher, D., Hecker, M. andÖzcengiz, G. 2011. A

comprehensive analysis of Bordetella pertussis surface proteome and identification of new

immunogenic proteins. Vaccine. 29: 3583-3595.

Altindis, E., Tefon, B.E, Yildirim, V. Özcengiz, E., Becher, D., Hecker, M. and Özcengiz, G. 2009.

Immunoproteomic analysis of Bordetella pertussis and identification of new immunogenic proteins.

Vaccine. 27: 542-548.

Yıldırım V., Özcan, S., Becher, D., Buettner, K., Hecker, M., and Özcengiz, G. 2011. Characterization

of proteome alterations in Phanerochaete chrysosporium in response to lead exposure. BMC Proteome

Science.9: 12-27.

83

Yrd. Doç. Dr. Halil Mecit Öztop

ÇalıĢmaAlanları

Magnetic Resonance Imaging (MRI)

NMR Relaxometry

Colloidal systems

Controlled release

Lisans, ODTÜ, Gıda Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Gıda Mühendisliği

PhD., University of California Davis, Biological

Systems Engineering

mecit@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Williams P., Oztop, MH. McCarthy, MJ. , McCarthy, KL., Lo, YM., 2011. Characterization of Water

Distribution in Xanthan-Curdlan Hydrogel Complex Using Magnetic Resonance Imaging, Nuclear

Magnetic Resonance Relaxometry, Rheology, and Scanning Electron Microscopy, Journal of Food

Science, 76 (6):E472-478.

Kong, F., Oztop, MH., Singh, RP., McCarthy MJ., 2013. Physical changes of peanuts during

simulated gastric digestion. 50 : 32-38

Oztop, M., McCarthy, MJ. , McCarthy, KLM., Rosenberg, M., 2012. Characterization of diffusion of

divalent ions (Mn+2 and Ca+2) from heat-set whey protein gels: An NMR Relaxometry and Magnetic

Resonance Imaging (MRI) Study. Submitted to Journal of Food Science.

Wichchukit S., Oztop, M., McCarthy, MJ., McCarthy, KLM. Use of whey protein/alginate beads to

design a sustained release system in a viscous media. Submitted to Food Hydrocolloids

Oztop, M., Bansal, H., McCarthy, MJ McCarthy, KL., Takhar , P. Using Multi-Slice-Multi-Echo MR

images with NMR Relaxometry to asses water and fat distribution in coated chicken nuggets.

Submitted to Journal of Food Engineering as a communication

84

Prof. Dr. Haluk Hamamcı

ÇalıĢmaAlanları

Yeast physiology

Lactic acid production

PhD., University of California at Davis, Kimya

Mühendisliği

hhamamci@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Ertugay, N. and Hamamcı, H., Storage Behaviour of Immobilized Dried Micro-organisms. "Food

Microbiology ", 15 , (1998), p.3-11 .

Yarar, S., Hamamcı, H. and Bakır, U., Partial Purification and Charecterization of Neutral Trahalase

Enzyme from Commercial Bakers' Yeast, S. Cerevisiae. "Journal of Food Biochemistry", 24, (2000), p.443-

451.

Demir, A.S., Hamamcı, H., Doğanel, F. and Özgül E., Chemoenzymatic Synthesis of (1S,2R)-1-amino-2-

indanol, a Key Intermediate of HIV Protease Inhibitor, Indinavir. "Journal of Molecular Catalysis B:

Enzymatic", 9, (2000), p.157-161.

Uyar EO, Hamamci H, Turkel S, Effect of different stresses on trehalose levels in Rhizopus oryzae ."Journal

of Basic Microbiology ", 50, (2010), p.368-372 .

Alagoz E., Acar S., Yucel M., Hamamci H., Cloning and expression studies of putative Rhizopus oryzae

hexokinase genes in Saccharomyces cerevisiae. "FEBS Journal ", 277, (2010), p.118-118 .

85

Yrd. Doç. Dr. Harun Koku

ÇalıĢmaAlanları

Analysis of Chromatographic Stationary Phases

Electron Microscopy Imaging and Image Processing

Biological Hydrogen Production

Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Kimya Mühendisliği

PhD., University of Delaware, Kimya

Mühendisliği

harunk@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Androga DD, Sevinç P, Koku H, Yücel M, Gündüz U and Eroğlu Ġ. Optimization of temperature and

light intensity for improved photofermentative hydrogen production using Rhodobacter capsulatus

DSM 1710. Int J Hydrogen Energy. 39(6): 2472-2480, 2014.

Koku H, Maier RS, Schure MR, Lenhoff AM, Modeling of Dispersion in a Polymeric

Chromatographic Monolith. J Chromatogr A, 1237, 55–63, 2012.

Koku H, Maier RS, Czymmek KJ, Schure MR, Lenhoff AM, Modeling of Flow in a Polymeric

Chromatographic Monolith. J. Chromatogr. A, 1218(22), 3466-3475, 2011.

86

Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem

ÇalıĢmaAlanları

Nanobiotechnology, Nanotechnology, CBRN, Plant

biotechnology, Transgenic techonologies, GMO,

Signal transduction, Molecular diagnostics, Array

technologies, Biosensors, Aptamers, Renewable

bio-energy technologies

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyokimya

Ph.D., Joszef Attila Univ

haoktem@metu.edu.tr

http://plantbiotech.metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Bayrac AT, Sefah K, Parekh P, Bayrac C, Oktem HA, Tan W, In vitro Selection of DNA Aptamers to

Glioblastoma Multiforme, ACS Chemical Neuroscience (2011) in publication.

Akcay UC, Ercan O, Kavas M, Yildiz L, Yilmaz C, Oktem HA, Yucel M, Drought-induced oxidative

damage and antioxidant responses in peanut (Arachis hypogaea L.) seedlings. Plant Growth

Regulation, 61: 21-28, 2010.

Oz MT, Yilmaz R, Eyidogan F, de Graaff L, Yucel M, Oktem HA, Microarray Analysis of Late

Response to Boron Toxicity in Barley (Hordeum vulgare L.) Leaves, Turkish Journal of Agriculture

and Forestry, 33: 191-202, 2009.

Akcay UC, Mahmoudian M, Kamci H, Yucel M, Oktem HA, Agrobacterium tumefaciens-mediated

genetic transformation of a recalcitrant grain legume, lentil (Lens culinaris Medik) Plant Cell Reports

28: 407-417, 2009.

Karamollaoglu I, Oktem HA, Mutlu M, QCM-based DNA biosensor for detection of genetically

modified organisms (GMOs) Biochemical Engineering Journal 44: 142-150, 2009.

Oktem HA, Eyidooan F, Demirba D, Bayrac AT, Oz MT, Ozgur E, Selcuk F, Yucel M, Antioxidant

responses of lentil to cold and drought stress Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology 17: 15-

21, 2008.

Öktem H.A., Bayramoğlu G., Özalp V.C., Arica M.Y. Single step purification of recombinant

Thermus aquaticus DNA-polymerase using DNA-aptamer immobilized novel affinity magnetic beads.

Biotechnology Progress, 23:146-154, 2007.

Eskiocak U, Ozkan-Ariksoysal D, Ozsoz M, Oktem HA, Label-free detection of telomerase activity

using guanine electrochemical oxidation signal Analytical Chemistry 79: 8807-8811, 2007.

87

Prof. Dr. Ġnci Eroğlu

ÇalıĢmaAlanları

Chemical Reaction Engineering

Process Design

Multiphase Reactors

Bioreactors

Hydrogen Energy System

Biyological Hydrogen Production

Fuel Cell

Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Kimya Mühendisliği

PhD., ODTÜ, Kimya Mühendisliği

ieroglu@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Eroğlu, Ġ., Tabanoğlu, A., Gündüz, U., Eroğlu, E., Yücel, M., Hydrogen production by Rhodobacter

sphaeroides O.U.001 in a flat plate solar bioreactor. "International Journal of Hydrogen Energy", 33,

(2008), p.531-541.

E.Ozgur, A.E.Mars, B.Peksel, A.Louwerse, M.Yücel, U.Gündüz, P.Claassen, I.Eroglu, Biohydrogen

production from beet molasses by sequential dark and photofermentation ."International Journal of

Hydrogen Energy", 35, (2010), p.511-517.

Ela Eroglu, Ufuk Gunduz, Meral Yucel, Inci Eroglu, Photosynthetic bacterial growth and productivity

under continuous illumination or diurnal cycles with olive mill wastewater as feedstock. "International

Journal of Hydrogen Energy", 35, (2010), p.5293-5300.

P.A.M Claassen, T.Vrije, E.Koukios, E.V.Niel, I. Eroglu, M.Modigell,A. Fried, Non-thermal

production of pure hydrogen from biomass: HYVOLUTION Michael , ,, Walter Werner

Ahrer. "Journal of Cleaner Production", 18, (2010), p.S4-S8.

Androga DD, Özgür E, Yücel M, Gündüz U, Eroglu I., Factors affecting the longterm stability of

biomass and hydrogen productivity in outdoor photofermentation.. "Int J Hydrogen Energy", 36,

(2011), p.11369-11378.

Pekgöz G, Gündüz U, Eroğlu I, Yücel M, Kovács K, Rákhely G, Effect of inactivation of genes

involved in ammonium regulation on the biohydrogen production of Rhodobacter capsulatus.. "Int J

Hydrogen Energy ", 36, (2011), p.13536-13546.

Boran E., Özgür E., Yücel M., Gündüz U. and Eroğlu Ġ, Biohydrogen production by Rhodobacter

capsulatus in solar tubular photobioreactor on thick juice dark fermenter effluent. "J Cleaner Prod", 31,

(2012), p.150-7.

88

Prof. Dr. Ġnci Togan

ÇalıĢmaAlanları

Population genetics

Ancient DNA

Lisans , ODTÜ, Fizik

M.S., Johns Hopkins University, Biyofizik

Ph.D., ODTÜ, Biyoloji

togan@metu.edu.tr

http://www.metu.edu.tr/~togan/

SeçilmiĢ Yayınları

Eren Y, Demirci S, EvrenKoban Bastanlar E, Dogan S.A, Tasdemir,U, Togan i. Comparative study of

three simple molecular approaches in search of mtDNA haplogroup identification of domestic sheep

(revised and resubmitted to Small Ruminant Research)

Dinc H, Ozkan E, Koban E, Togan,I Beta-casein, Kappa-casein and Beta-lactoglobulin

Polymorphisms in Relation to Breeding Practices of Cattle in Turkey (revised and resubmitted to

Archiv Tierzucht)

Altunok, V., Yüksek, N., Berkman, C.C., Ağaoğlu, Z.T., Togan, I. 2011. Genetic Structure and

Variation of Van Cats. Biochemical Genetics, 49:511–522.

Can, OE., Kandemir, I., Togan, I. 2011. The wildcat Felis silvestris in northern Turkey: assessment of

status using camera trapping. Fauna & Flora International, Oryx, 45(1), 112–118.

Birler, S., Pabuccuoğlu, S., Demir, K., Cirit, Ü., Karaman, E., Bacınoglu, S., ÖzdaĢ, Ö.B., Evecen, M.,

Alkan, S., Baran, A., Bakırer, G., Hamzaoğlu, Ġ., Öztürk, Ö.A., Özcan, C., Koçak, Ö., Kılıçarslan, R.,

KaĢıkçı, G., Toydemir, S., Dinç, H., Koban, E., Togan, Ġ., Ġleri, Ġ.K. and Ak, K. 2010. Production of

cloned lambs: Transfer of early cleavage stage embryos to fınal recipients. Ġstanbul Üniv. Vet. Fak.

Derg. 36(1): 1-8.

Avcı, G., Uğuz, C., Bayram, Ġ., Erdoğan, M., Küçükkurt, Ġ., Dosay Akbulut, M., Özdemir, M., Lenger,

ÖF., ĠĢcan, M., Togan, Ġ. 2010. Effects of Nonylphenol on Growth Parameters and Antioxidant

Defense System in Japanese Quails (Coturnix japonica). Kafkas Univ Vet Fak Derg, 16 (4): 823-832.

Beklioğlu, M., AkkaĢ, SB., Ozcan, HE., Bezirci, G., Togan, I. 2010. Effects of 4-Nonylphenol, Fish

Predation and Food Availability on Survival and Life History Traits of Daphnia magna

Straus,Ecotoxicology, 19: 901-910.

Uğuz, C., ĠĢcan, M. ve Togan, I. 2009. Alkylphenols in the environment and their adverse effects on

living organisms. Kocatepe Veterinary Journal. 2 (1): 49-58.

89

Yrd. Doç. Dr. Ġrem Erel-Göktepe

ÇalıĢmaAlanları

Preparation of functional surfaces

Stimuli responsive polymer multilayer films

Lisans, ĠTÜ, Kimya

M.S., ĠTÜ, Polimer Bilim ve teknolojisi

PhD., Stevens Institute of Technology, Polimer

Kimyası

erel@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Bag, E.; Begik, O.; Yusan, P.; Erel-Goktepe, I., Hydrogen-bonded Multilayers with Controllable pH-

induced Disintegration Kinetics for Controlled Release Applications from Surfaces. “Journal of

Macromolecular Science, Part A: Pure and Applied Chemistry”, accepted.

Yusan P.; Tuncel, I.; Bütün, V.; Demirel, A.L; Erel-Goktepe, I., pH-Responsive Layer-by-layer Films

of Zwitterionic Micelles “Polymer Chemistry”, 5, (2014), p.3777.

Hippius, C.; V.Butun; Erel-Goktepe, I., Bacterial Anti-adhesive Properties of a Monolayer of

Zwitterionic Block Copolymer Micelles. “Materials Science and Engineering: C Materials for

Biological Applications”, 41, (2014), p.354.

Taskin, O.S.; Erel-Goktepe, I; Khan, M.A.A; Pispas, S.; Yagci, Y., Polystyrene-b-poly(2-vinyl

phenacyl pyridinium) Salts as Photoinitiators for Free Radical and Cationic Polymerizations and Their

Photoinduced Molecular Associations. “Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry”,

285, (2014), p.30.

Erel, I.; Karahan, E.H., Tuncer, C.; Bütün, V.; Demirel, A.L, Hydrogen-Bonded Multilayers of

Micelles of a Dually Responsive Dicationic Block Copolymer. “Soft Matter”, 8, (2012), p.827.

Erel, I.; Zhu, Z.; Zhuk, A.; Sukhishvili, S. A., Hydrogen-Bonded Layer-by-Layer Films of Block

Copolymer Micelles with pH-Responsive Cores. “J. Colloid Interface Sci.”, 355, (2011), p.61.

Erel, I.; Schlaad, H.; Demirel, A.L., Effect of Structural Isomerism and Polymer End Group on the

pH-Stability of Hydrogen Bonded Multilayers. “J. Colloid Interface Sci.”, 361, (2011), p.477.

Erel, I.; Zhu, Z.; Sukhishvili, S. A.; Patyukova, E.; Potemkin, I.; Kramarenko, E., Two Types of Block

Copolymer Micelles with Ion-containing Cores. “Macromolecular Rapid Communications”, 31,

(2010), p.490.

90

Prof. Dr. Levent Toppare

ÇalıĢmaAlanları

Conducting Polymers

Biosensors

Electrochromism

Organic Solar Cells

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., ODTÜ, Kimya

toppare@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Effects of dopant on characteristics of polypyrrole and its Copolymers, E. Aslan Gürel, L. Toppare,

J. Hacaloğlu, J. Thermal Anal Calorimetry, 11, 1133 (2013)

Dielectric and electrical properties of a benzotriazole and fluorene containing copolymer. D. Esra

Yıldız D. Hazar Apaydın, L. Toppare , Ali Cirpan, J. Appl. Polym Sci.,3, 1659 (2013)

Blend or Copolymer? Spectroelectrochemical evidence copolymerization or blending two

electrochromic polymer, M. Ak, H. ÇetiĢli, L. Toppare Coll. Polym. Sci.,291, 767 (2013)

A novel conducting polymer: Investigation of its matrix properties for cholesterol biosensor

applications. S. Söylemez, F. Ekiz, L. Toppare. Sensors Actuators B, 182, 322 (2013)

Synthesis of Aromatic Poly(pyridinium salt)s and their Electrochromic Properties. M. L. Keshtov,Y.

Arslan Udum, L. Toppare, V. S. Kochurov, A. R. Khokhlov. Mat.Chem.Phys. 139, 936 (2013)

91

Prof. Dr. Mahinur S. Akkaya

ÇalıĢmaAlanları

Plant-pathogen interactions

Protein-protein interactions

Plant functional genomics

Applications of Molecular Markers

Click Chemistry

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., The Ohio State University, Kimya

PhD., The Ohio State University, Biyokimya &

Moleculer Biyoloji ve Genetik

akkayams@metu.edu.tr

http://curie.chem.metu.edu.tr/~akkayalab/

SeçilmiĢ Yayınları

Gunel A., Asbahi A., Ozgazi N., Akkaya M.S. Identification of differentially expressed proteins in

wheat after benzothiadiazole treatment. Journal of Plant Diseases and Protection (JPDP). 2012,

119:182-190.

Yildirim-Ersoy F., Ridout C.J., Akkaya M.S. Detection of physically interacting proteins with the CC

and NB-ARC domains of a putative yellow rust resistance protein, Yr10, in wheat. Journal of Plant

Diseases and Protection, 2011, 118:119-126

Ogul H., Akkaya M.S. Data Integration in Functional Analysis of MicroRNAs Current Bioinformatics

2011, 6:462-472

Bozkurt O., McGrann G.R.D., MacCormack R., Boyd L.A., Akkaya M.S. Cellular and transcriptional

responses of wheat during compatible and incompatible race-specific interactions with Puccinia

striiformis f. sp. tritici Molecular Plant Pathology. 2010, 11: 625-640. DOI: 10.1111/J.1364-

3703.2010.00633.X

Demircan T. and Akkaya M.S. Virus induced gene silencing in Brachypodium distachyon, a model

organism for cereals. Plant. Cell. Tiss. Organ. Cult. 2010, 100:91-96, (DOI 10.1007/s11240-009-

9623-x).

Dagdas Y.F., Dagdas G., Unver T., and Akkaya M.S. A new ZTL type F-box functions as a positive

regulator in disease resistance: VIGS analysis in barley against powdery mildew. Physiological and

Molecular Plant Pathology. 2009, 74:41-44.

Bozkurt O., Unver T., and Akkaya M.S. Genes differentially expressed in wheat associated with

resistance to yellow rust disease caused by Puccinia striiformis f.sp. tritici (Physiological and

Molecular Plant Pathology 2007, 71:251–259: (DOI: 10.1016/J.pmpp.2008.03.002)

92

Yrd. Doç. Dr. Mayda Gürsel

ÇalıĢmaAlanları

Innate immunity

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., University of London

mgursel@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Steinhagen F, Meyer C, Tross D, Gursel M, Maeda T, Klaschik S, Klinman DM, Activation of type I

interferon-dependent genes characterizes the "core response" induced by CpG DNA. J Leukoc Biol.

2012 Oct;92(4):775-85

E. Erikçi, M. Gürsel, I. Gursel , Differential Immune Activation Following Encapsulation of

Immunostimulatory CpG Oligodeoxynucleotide in Nanoliposomes. Biomaterials, 32:1715, 2011.

FC. Yagci, O. Aslan, M. Gursel, G. Tincer, Y. Ozdamar, K. Karatepe, KC. Akcali, I. Gursel,

Mammalian telomeric DNA suppresses endotoxin induced uveitis. J Biol Chem. 285:28806, 2010.

M. Gürsel, I. Gursel, HS. Mostowski, DM. Klinman, CXCL16 Influences the Nature and Specificity

of CpG-Induced Immune Activation, J. Immunol., 177:1575, 2006.

C. Coban, KJ. Ishii, M. Gürsel, DM. Klinman, N. Kumar, Effect of plasmid backbone modification by

different human CpG motifs on the immunogenicity of DNA vaccine vectors, J.Leuko.Biol., 78:647,

2005.

H. Shirota, I. Gursel, M. Gürsel, D. M. Klinman, Suppressive oligodeoxynucleotides protect mice

from lethal endotoxic shock, J. Immunol, 174:4579, 2005.

T. Sugiyama, M. Gürsel, F. Takeshita, C. Coban, J. Conover, T. Kaisho, S. Akira, DM. Klinman, CpG

RNA: identification of single stranded RNA that stimulates human CD14+CD11c+ monocytes, J.

Immunol, 174:2273, 2005.

S. Ito, K.J. Ishii, M. Gürsel, H Shirota, A. Ihata, D. M. Klinman, CpG oligodeoxynucleotides enhance

neonatal resistance to listeria infection, J. Immunol, 174:777, 2005.

H. Shirota, M. Gürsel, D. M. Klinman, Suppressive oligodeoxynucleotides inhibit Th1 differentiation

by blocking IFNg and IL-12 mediated signaling, J. Immunol,173:5002, 2004.

F. Takeshita, I. Gursel, K.J. Ishii, K. Suzuki, M. Gürsel, D. M. Klinman, Signal transduction pathways

mediated by the interaction of CpG DNA with toll-like receptor 9, Semin. Immunol., 16:17, 2004.

93

Yrd. Doç. Dr. Mehmet Somel

ÇalıĢmaAlanları

Evolutionary genetics

Mechanisms and evolution of aging

Brain aging

Transcriptome evolution

Human evolution & population genetics

Human ancient DNA

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoteknoloji

Ph.D., University of Leipzig, Biyoloji

msomel@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Y Yuan, YPP Chen, J Boyd‐Kirkup, P Khaitovich, M Somel, Accelerated aging‐related transcriptome

changes in the female prefrontal cortex, Aging cell 11 (5), 894-901

M Somel, S Guo, N Fu, Z Yan, HY Hu, Y Xu, Y Yuan, Z Ning, Y Hu, MicroRNA, mRNA, and

protein expression link development and aging in human and macaque brain, Genome research 20 (9),

1207-1218

M Somel, H Franz, Z Yan, A Lorenc, S Guo, T Giger, J Kelso, B Nickel, Transcriptional neoteny in

the human brain, Proceedings of the National Academy of Sciences 106 (14), 5743-5748

S Myles, M Somel, K Tang, J Kelso, M Stoneking, Identifying genes underlying skin pigmentation

differences among human populations, Human genetics 120 (5), 613-621

M Somel, X Liu, L Tang, Z Yan, H Hu, S Guo, X Jiang, X Zhang, G Xu, MicroRNA-driven

developmental remodeling in the brain distinguishes humans from other primates, PLoS biology 9

(12), e1001214

S Myles, K Tang, M Somel, RE Green, J Kelso, M Stoneking, Identification and Analysis of Genomic

Regions with Large Between‐Population Differentiation in Humans, Annals of human genetics 72 (1),

99-110

M Somel, P Khaitovich, S Bahn, S Pääbo, M Lachmann, Gene expression becomes heterogeneous

with age, Current Biology 16 (10), R359-R360

X Liu, M Somel, L Tang, Z Yan, X Jiang, S Guo, Y Yuan, L He, A Oleksiak, Extension of cortical

synaptic development distinguishes humans from chimpanzees and macaques, Genome research 22

(4), 611-622

94

Prof. Dr. Meral Yücel

ÇalıĢmaAlanları

Bitki Biyoteknolojisi: Tahıl bitkilerinin doğal stres

koĢullarına dayanıklı çeĢitlerinin Fizyolojik,

Biyokimyasal ve Moleküler Yöntemlerle tesbiti ve

Gen Mühendisliği yolu ile dayanıklı çeĢitlerin

geliĢtirilmesi. Gen transferi ve transgenik bitkilerin

rejenerasyonu.

Biyo Enerji: Fotosentetik mikroorganizmalar

kullanarak yenilenilebilir enerji eldesi için süreç ve

teknolojilerin geliĢtirilmesi (Biyohidrojen ve

Biyodizel Üretimi).

Enzim saflaĢtırılması ve karakterizasyonu

Lisans , ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

Ph.D., ODTÜ, Biyoloji

meraly@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Melih Onay, Çağla Sönmez, Hüseyin Avni Öktem, Meral Yücel “Thermo-resistant green microlagae

for effective biodiesl production : isolation and characterization of unialgal species from geothermal

flora of central Anatolia”: Bioresource Technology (2014) 169:62-71

M.C. Baloğlu, A.Battal, G.Aydın, A.Eroğlu, M.T.Oz; M.Kavas, H.A.Öktem, M.Yücel Vector

Construction Strategies For Transformation of Wheat Plant” The Journal of Animal and Plant Sciences

(2013) 23(3) 906-912 . ISSN:1018-7081A.Gökce, Y Öztürk,Z.P.Çakar, M. Yücel, Temperature

resistant mutants of Rhodobacter capsulatus generatted by a directed evolution approach and effects of

temperature resistance on hydrogen production. "Int.J.of Hydrogen Energy", 37, (2012), p.16466-

16472.

Öztürk Y, Gökce A.M, Peksel B, Gürgan M, Öztürk Y, Gündüz U, Eroglu Ġ,Yücel M., Hydrogen

production properties of Rhodobacter capsulatus with genetically modified redox balancing pathways..

"Int.J.of Hydrogen Energy", 32, (2012), p.2014-2020.

Androga D., Özgür E, Eroglu I,Gündüz U, Yücel M., Amelioration of photofermentative hydrogen

production from molasses dark fermenter effluent by zeolite-based removal of ammonium ion..

"International J.of Hydrogen Energy", 37, (2012), p.16421-164

C.Kayıhan, F.Eyidogan, N. Afsar, H.A.Öktem , M.Yücel, Cu/Zn Superoxide dismutase activity and

respective gene expression during cold acclimation and freezing stress in barley cultivar.. "Biological

Plantarum ", 56, (2012), p.693-698.

Boran E, Özgür E, Yücel M, Gündüz U, Eroglu I., Biohydrogen production by Rhodobacter capsulatus

Hup- mutant in pilot solar tubular photobioreactor.. "Int.J of Hydrogen Energy", 37, (2012), p.16437-

16445.

95

Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

ÇalıĢma Alanları

Synthesis, modification, characterization and

biocompatibility studies of biomaterials:

Wound Dressing Materials

Biodegradable Scaffolds

Responsive Hydrogels

Enzyme Immobilization

Controlled Release

Bone Cement Compositions

Micro and Nano Delivery Systems

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., ODTÜ, Kimya

nhasirci@metu.edu.tr

http://biomat.metu.edu.tr/prof-dr-nesrin-hasirci

SeçilmiĢ Yayınları

Aysun Güney, Nesrin Hasirci, Properties and Phase Segregation of Crosslinked PCL-Based

Polyurethanes, Journal of Applied Polymer Science, DOI: 10.1002/app.39758, 2014

Seniz Ucar, Pinar Yilgor, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci, Chitosan Based Wet Spun Scaffolds for

Bioactive Agent Delivery in Bone Tissue Engineering, J. Appl. Polm. Sci, doi:10.1002/APP.39629,

2014

Endogan-Tanir, T., Hasirci, V., Hasirci, N. Electrospinning of chitosan/poly (lactic acid-co-glycolic

acid)/hydroxyapatite composite nanofibrous mats for tissue engineering applications. Polymer

Bulletin. DOI:10.1007/s00289-014-1234-y, 2014

Filiz Kara, Eda Ayse Aksoy, Zehranur Yuksekdag, Nesrin Hasirci, Serpil Aksoy, Synthesis and

surface modification of polyurethanes with chitosan for antibacterial properties, Carbohydrate

Polymers, DOI:.org/10.1016/j.carbpol.2014.05.019, 2014

I. Saygun, V. Bal, A. Kızıltay, P. Yilgor Huri, F. Avcu, K. Üstün, V. Hasirci, N. Hasirci, Proliferation

and Differentiation of Mesenchymal Stem Cells in Chitosan Scaffolds Loaded with Nanocapsules

Containing Bone Morphogenetic Proteins-4, Platelet-Derived Growth Factor and Insulin-Like Growth

Factor 1, Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 4, 181-188, 2014.

U. Aydemir Sezer, D. Arslantunali, E.A. Aksoy, V. Hasirci, N. Hasirci, Poly(ε-caprolactone)

Composite Scaffolds Loaded with Gentamicin Containing β-TCP/ Gelatin Microspheres for Bone

Tissue Engineering Applications, Journal of Applied Polymer Science, 131 (8) 1-11, 2014

O. Ozgen, V. Hasirci, N. Hasirci, Effects of oxygen nitrogen and argon plasmas on PMMA surfaces,

Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, J. Biomater. Tissue Eng., 4, 479-487, 2014.

Maria Teresa Calejo, Nesrin Hasirci, Shahla Bagherifam, Reidar Lund and Bo Nyström, Self-

assembled Stimuli-responsive Structures from Cationic Polymers for Biomedical Applications; Ed:

Dr.Sangram Keshari Samal and Dr. Peter Dubruel; Royal Society of Chemistry (RSC publisher),

2014.

96

Doç. Dr. Nursen Çoruh

ÇalıĢmaAlanları

Medicinal plants: Chemical extract preparation

Investigation of antioxidant activity: medicinal

plant extracts and isolated bioactive compounds

Bioactive compound isolation from plant extracts:

TLC, HPLC, Liquid column chromatograpy

Spectroscopy: Fluorescence, Luminescence, CD,

UV-VIS

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., University of Missouri,St-Louis, Kimya

ncoruh@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Çoruh, Celep, Özgökçe, ĠĢcan, antioxidant capacities of gundelia tournefortii L. Extracts and

inhibition on glutathione-S-transferase activity. "food chemistry", 100, (2007), p.1249-1253.

Çoruh, Celep, Özgökçe,, antioxidant properties of prangos ferulacea (L) Lindl.,chaerophyllum

macropodum boiss. And heracleum persicum desf. From apiaceae family used as food in eastern

anatolia and their inhibitory effects on glutathione-s-transferase. "food chemistry", 100, (2007),

p.1237-1242.

Yuzugullu, Y.; Koclar A., G.; Soyler, B.; Bakir, U. ; Karakas, G.;Coruh, N., “Production of a novel

bifunctional catalase-phenol oxidase of Scytalidium thermophilum in the presence of phenolic

compounds” , 2011, "Türk Biyoloji Dergisi", 35, (2011), p.697-704.

Sagdicoglu Celep, A. G.; Yilmaz, S. and Coruh, N., Antioxidant Capacity and Cytotoxicity of

Aesculus hippocastanum on Breast Cancer MCF-7 Cells "JOURNAL OF FOOD AND DRUG

ANALYSIS", 20, (2012), p.692-698.

97

Prof. Dr. Orhan Adalı

ÇalıĢmaAlanları

Biochemistry and Molecular Biology,

Biochemical Pharmacology and Toxicology,

Pharmacogenetic

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., ODTÜ, Biyokimya

bioorhan@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

A. Türkanoğlu Özçelik, B. C. Demirdöğen, ġ. Demirkaya, O. Adalı “Flavin containing

monooxygenase 3 genetic polymorphisms Glu158Lys and Glu308Gly and their relation to ischemic

stroke” Gene, 521(1-5), 116–121, 2013.

B. C. Demirdöğen, A.Ç. Adalı, ġ. Demirkaya, S. Bek and O. Adalı “Cytochrome P4501A1 genotypes

and smoking- and hypertension-related ischemic stroke risk” Human and Experimental Toxicology,

32(5), 483-491, 2013.

S. Karakurt, A. Semiz, G. Celik, A. M. Gencler-Ozkan, A. Sen, O. Adalı “Epilobium hirsutum alters

xenobiotic metabolizing CYP1A1, CYP2E1, NQO1 and GPx activities, mRNA and protein levels in

rats” Pharmaceutical Biology, 51(5), 650-658, 2013.

Çiğdem Gökçek-Saraç, Orhan Adalı, Ewa Jakubowska-Doğru “Hippocampal levels of ChAT, PKA,

phospho-PKA and phospho-CaMKIIα but not CaMKIIα positively correlate with spatial learning skills

in rats” Neuroscience Letters, 545(6), 112-116, 2013.

Gurbet Celik, Asli Semiz, Serdar Karakurt, Sevki Arslan, Orhan Adalı, Alaattin Sen “A Comparative

Study for the Evaluation of Two Doses of Ellagic Acid on Hepatic Drug Metabolizing and Antioxidant

Enzymes in the Rat” BioMed Research International (Journal of Biomedicine and Biotechnology),

Vol. 2013 (7), Article ID 358945, 9 pages, (doi:10.1155/2013/358945), 2013.

Ç. G. Saraç, S. Karakurt, O. Adalı, E.J. Doğru “Correlation between hippocampal levels of neural,

epithelial and inducible NOS and spatial learning skills in rats” Behavioural Brain Research, 235 (12),

326-333, 2012.

B. C. Demirdögen, E. ġahin, A. Türkanoğlu Özçelik, S. Bek, S. Demirkaya, O. Adali “Apolipoprotein

A5 polymorphisms in Turkish population: association with serum lipid profile and risk of ischemic

stroke” Molecular Biology Reports, 39 (12), 10459-10468, 2012.

98

Prof. Dr. Pınar Çalık

ÇalıĢmaAlanları

Biochemical reaction engineering for industrial bioprocess

development

Recombinant gene products (Production of

pharmaceutical proteins and enzymes)

Catalysis through metabolic engineering

Modeling of intracellular reaction networks and analysis

Site-directed biomimetic chemisorption based protein

affinity separation

Biomolecular modelling through metabolic engineering

for bioseparation of proteins

Enzyme enhanced ultrafiltration for the separation of

enantiomers

Lisans, Ankara Üni., Kimya Mühendisliği

M.S., Ankara Üni., Kimya Mühendisliği

PhD., Ankara Üni., Kimya Mühendisliği

pcalik@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Eskitoros, M. ġ., Ata, Ö., Çalık, P. 2014. Metabolic reaction network of Pichia pastoris with

glycosylation reactions: flux analysis for erythropoietin production, Journal of Chemical Technology

and Biotechnology, 89(11), 1675-1685.

Eskitoros, M. ġ., Çalık, P. 2014. Co-substrate mannitol feeding strategy design in semi-batch

production of recombinant human erythropoietin production by Pichia pastoris, Journal of Chemical

Technology and Biotechnology, 89 (5), 644-651.

Çalık, P., Bozkurt, B., Zerze, G.H., Inankur, B., Bayraktar, E., Boy, E., Orman, M.A., Açık, E.,

Özdamar, T.H., 2013. Effect of co-substrate sorbitol different feeding strategies on human growth

hormone production by recombinant Pichia pastoris, Journal of Chemical Technology &

Biotechnology, 88(9), 1631-1640.

Angardi, V., Çalık, P., 2013. Beet molasses based exponential feeding strategy for thermostable

glucose isomerase production byrecombinant Escherichia coli BL21 (DE3), Journal of Chemical

Technology and Biotechnology, 88 (5) , pp. 845-852.

Çelik, E., Çalık, P., 2012. Production of recombinant proteins by yeast cells, Biotechnology

Advances, 30, 1108-1118.

Çalık, P., Ġnankur, B., Soyaslan, E.ġ., ġahin, M., TaĢpınar, H., Açık, E., Bayraktar, Fermentation and

oxygen transfer characteristics in recombinant human growth hormone production by Pichia pastoris

in sorbitol batch and methanol fed-batch operation. Journal of Chemical Technology and

Biotechnology, 85, (2010), p.226-233..

99

Dr. Robert W. Murdoch

ÇalıĢmaAlanları

Genetics and biochemistry of novel microbial

biodegradation pathways

Molecular and microbiological techniques for

assessing toxicity

Molecular analysis of bacterial community

structure

Lisans, University of Texas at Austin, Zoology-

Botany

PhD., Cornell University, Environmental

Toxicology

murdoch@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Murdoch, R. and A. Costello Staniec. Diversity and composition of ammonia oxidizing bacteria in a

streambed surrounding an artificial dam. Journal of Environmental Management 127 p.237-243, 2013.

doi: 10.1016/j.jenvman.2013.05.032.

Murdoch, R. and A.G. Hay. Genetic and chemical characterization of ibuprofen and degradation by

Sphingomonas Ibu-2. Microbiology 159 p.621-632, 2013. doi: 10.1099/mic.0.062273-0.

Kagle, J., Porter, A.W., Murdoch, R., Rivera-Cancel, G. and A.G. Hay. Biodegradation of

Pharmaceutical and Personal Care Products. Advances in Applied Microbiology, 67 p.65-108, 2009.

doi: 10.1016/S0065-2164(08)01003-4.

Murdoch, R. and A.G. Hay. Formation of catechols via acid side chain removal from ibuprofen and

related aromatic acids. Applied and Environmental Microbiology, 71(10) p.6121-6125, 2005.

doi:10.1128/AEM.71.10.6121-6125.2005.

100

Yrd. Doç. Dr.Salih Özçubukçu

ÇalıĢmaAlanları

Metal and Light-Triggered Self Assembly of

Peptide Hydrogels and Biomaterial Applications

Lisans, ODTÜ, Kimya

M.S., ODTÜ, Kimya

PhD., RWTH Aachen University, Kimya

osalih@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Zhou, L.; Bosscher, M.; Zhang, C.; Özçubukçu, S.; Zhang, L.; Zhang, W.; Li, C. L.; Jensen, M. P.;

Lai, L.; He, C. “A protein engineered to bind uranyl selectively and with femtomolar affinity“. Nature

Chemistry, 2014, 6,236. (News in C&EN)

Beemelmanns, C., Husmann, R., Whelligan, D.K., Özçubukçu, S., Bolm, C. “Planar Chiral Disilanols

and Diols as H-Bonding Asymmetric Organocatalysts” Eur. J. Org. Chem. 2012, 3373.

Özkal, E., Özçubukçu, S.; Pericas, M.A. “Covalently Immobilized tris(triazolyl)methanol–Cu(I)

Complexes: Highly Active and Recyclable Catalysts for CuAAC Reactions” Catal. Sci. Technol.,

2012, 2, 195.

Özçubukçu, S.; Wegner, S.; Mandal, K.; Jensen, M. P.; He, C. “Selective Recognition of Americium

by Peptide-Based Reagents” Inorg. Chem. 2011, 50, 7937.

Özçubukçu, S.; Özkal, E,; Jimeno, C.; Pericas, M. A.” A Highly Active Catalyst for Huisgen 1,3-

Dipolar Cycloadditions Based on the Tris(triazolyl)methanol-Cu(I) Structure” Org. Lett. 2009,

11,4680.

Özçubukçu, S.; Schmitt, E.; Leifert, A.; Bolm, C. “A General and Efficient Synthesis of Nitrogen-

Substituted Ferrocenes”. Synthesis, 2007, 389.

101

Prof. Dr. Semra Kocabıyık

ÇalıĢmaAlanları

Structure / function analysis of thermostable

proteins;

molecular biology of energy dependent progressive

and programmed proteolysis;

heat-shock response in thermohilic archaea.

Lisans , Ankara Üniversitesi

M.S., Ankara Üniversitesi

Ph.D., ODTÜ, Biyoloji

biosemra@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

S. Kocabıyık and S. Aygar. Improvement of protein stability and enzyme recovery under stress

conditions by using a small SHP (tpv-HSP 14.3) form Thermoplasma volcanium. Process

Biochemistry, 47: 1676-1683, 2012

S. Kocabıyık et al., Molecular cloning and co-expression of Thermoplasma volcanium proteasome

subunit genes. Protein Expression and Purification, 73 : 223–230, 2010.

S. Kocabıyık. Essential Structural and Functional Features of Small Heat Shock Proteins in Molecular

Chaperoning Process. Protein & Peptide Letters, 16, 613-622, 2009.

S. Kocabıyık, B. Demirok. Cloning and overexpression of a thermostable signal peptide peptidase

(SppA) from Thermoplasma volcanium GSS1 in E.coli. Biotechnology Journal, 4(7): 1055-1065, 2009

S. Kocabıyık and H.Ozel. An Extracellular pepstatin insensitive acid protease produced by

Thermoplasma volcanium. Bioresource Technology, 98: 112-117, 2007.

S. Kocabıyık and Ġ.Özdemir. Purification and Characterization of an intracellular Chymotrypsin-Like

Serine Protease from Thermoplasma volcanium. Bioscience, Biotechnology and Biochemistry.

70(1):126-134, 2006.

S. Kocabıyık and B.Erdem : Intracellular Alkaline Proteases Produced by Thermoacidophiles.

Detection of Protease Heterogeneity by Gelatin Zymography and Polymerase Chain Reaction (PCR).

Bioresource Technology, 84:29-33, 2002.

S. Kocabıyık and I.Erduran. The Effect of Valine Substitution for Glycine in the Dimer Interface of

Citrate Synthase from Thermoplasma acidophilum on Stability and Activity. Biochem. Biophys. Res.

Commun., 275:460-465, 2000.

Erduran, S. Kocabıyık. Amino acid substitutions in the subunit interface enhancing thermostability of

Thermoplasma acidophilum citrate synthase. Biochem. Biophys. Res. Commun., 249: 566-571, 1998.

102

Doç. Dr. Sertaç Önde

ÇalıĢmaAlanları

Plant tissue culture;

Plant Gene Transfer Plant phylogenetics

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., Leeds University

sertac@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

S. Önde, T.S. Futers, A.C. Cuming 1994 Rapid analysis of an osmotic stress responsive promoter by

transient expression in intact wheat embryos. J. Exp. Bot. 45(274):561-566.

Özgen, M., Önde, S., Birsin, M., Sancak, C. “Transient expression of -glucuronidase (GUS) gene in

mature embryos of winter durum wheat via microprojectile bombardment”. Wheat Information

Service, Number: 89, pp 30-32, 1999.

Önde, S., Birsin, M., Yıldız, M., Sancak, C., Özgen, M. “Transfer of a -glucuronidase reporter gene to

sugarbeet (Beta vulgaris L.) via microprojectile bombardment” Turk. J. Agric. For. Vol 24, pp 487-

490, 2000.

Özgen M, Birsin MA, Önde S. The effect of hybrid vigor on callus induction and plant regeneration

from mature embryo culture of barley (Hordeum vulgare). Plant Cell, Tissue and Organ Cult. 2005;

82(1): 67 – 74.

Lise Y, Kaya Z, IĢık F, Sabuncu R, Kandemir Ġ, Önde S. The impact of over-exploitation on the

genetic structure of Turkish red pine (Pinus brutia Ten.) populations determined by RAPD markers.

Silva Fennica 2007; 41(2): 211-220.

Yıldız M, Önde S, Özgen M. Sucrose effects on concentration and plant regeneration from sugarbeet

leaf and petiole explants. J Sugarbeet Res. 2007; 44(1&2): 1-15.

Özgen M, Yıldız M, Koyuncu N, Önde S. The effect of seed size on tissue culture response of callus

from endosperm-supported mature embryos of Barley (Hordeum vulgare L.). Cereal Res Commun.

2007; 35(3): 1415-1425.

Dizkırıcı, A., Özcan, H.E., Önde, S., Temel, F., Akar, T. Budak, H. and Kaya, Z. Microsatellite (SSR)

variation in Barley germplasm and its potential use for marker assisted selection in scald resistance

breeding. International Journal of Integrative Biology 4 (1):9-15, 2008.

103

Doç. Dr. Sreeparna Banerjee

ÇalıĢmaAlanları

Non steroidal Anti-iflamatuvar ilaç olan

Celecoxib‟in, EGFR antikoru yardımıyla kanserli

hücreye ulaĢtırılması. Böylece, Celecoxib

gönderimindeki kardiyovasküler yan etkileri

azaltır.

Hedefli kanser terapisi, kemoterapinin baĢka

hücrelerde ortaya çıkarabileceği yan etkileri

azaltır. Katı tümörler genellikle EGFR proteinini

fazla ifade etmektedirler. Bu yeni lipozom

formülü lipozomun, EGFR sentezleyen kanser

hücrelerine hedeflenmesini sağlayarak, toksik

olmayan, biyo-uyumlu bir çözüm sunmaktadır.

Lisans , Presidency College, Calcutta

University, Physiology

M.S., Leeds University, Food Science

Ph.D., Leeds University, Food Biochemistry

banerjee@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Enayat S and Banerjee S. The ethanolic extract of bark from Salix aegyptiaca inhibits the metastatic

potential and epithelial to mesenchymal transition of colon cancer cell lines. Nutrition and Cancer: An

International Journal 2014. (doi: 0.1080/01635581.2014.936949).

Milackova I, Prnova MS, Majekova M, Sotnikova R, Stasko M, Kovacikova L, Banerjee S, Veverka

M, Stefek M. 2-Chloro-1,4-naphthoquinone derivative of quercetin as an inhibitor of aldose reductase

and anti-inflammatory agent. J Enzyme Inhib Med Chem. 2014. (doi:10.3109/14756366.2014.892935)

Erdoğ A, Limasale YD, Keskin D, Tezcaner A, Banerjee S. In vitro characterization of a liposomal

formulation of celecoxib containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DSPC), cholesterol

and polyethylene glycol (PEG) and its functional effects against colorectal cancer cell lines. Journal of

Pharmaceutical Sciences. 2013, 102:3666-77.

Enayat S, Ceyhan MS, Basaran AA, Gursel M, Banerjee S. Anticarcinogenic effects of the ethanolic

extract of Salix aegyptiaca in colon cancer cells: involvement of Akt/PKB and MAPK pathways.

Nutrition and Cancer: An International Journal. 2013, 65:1045-58

Tunçay Çağatay S, Çimen I, SavaĢ B, Banerjee S. MTA-1 expression is associated with metastasis and

epithelial to mesenchymal transition in colorectal cancer cells. Tumor Biology 2013, 34:1189-1204.

Kavas A, Tunçay Çağatay S, Banerjee S, Keskin D, Tezcaner A. Potential of raloxifene on reversing

osteoarthritis-like alterations in rat chondrocytes: An in vitro model study. Journal of Biosciences,

2013 38, 1–13.

Astarci E, Sade A, Çimen I, SavaĢ B and Banerjee S. The NF-κB target genes ICAM-1 and VCAM-1

are differentially regulated during spontaneous differentiation of Caco-2 cells. FEBS J. 2012, 279,

2966-86.

Astarci E, Erson-Bensan AE, Banerjee S. MMP16 expression is downregulated by microRNA-146a in

spontaneously differentiating Caco-2 cells. Development Growth & Differentiation. 2012, 54, 216–

226.

104

Doç. Dr. Tolga Can

ÇalıĢmaAlanları

Bioinformatics: Computational Systems Biology,

Construction and Analysis of Protein Networks

Statistical learning (Kernel Methods, Graphical

Models)

Lisans, ODTÜ, Bilgisayar Mühhendisliği

M.S., University of California, Santa Barbara,

Computer Science

Ph.D., University of California, Santa Barbara,

Computer Science

tcan@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

T. Ersahin, L. Carkacioglu, T. Can, O. Konu, V. Atalay, R. Cetin-Atalay, "Identification of Novel

Reference Genes Based on MeSH Categories," PLoS ONE 9(3): e93341, 2014.

doi:10.1371/journal.pone.0093341

O. Eren Ozsoy and T. Can, "A divide and conquer approach for construction of large-scale signaling

networks from PPI and RNAi data using linear programming," IEEE/ACM Transactions on

Computational Biology and Bioinformatics, 10(4):869-883, July 2013. doi:10.1109/TCBB.2013.80

S. Hashemikhabir, E. S. Ayaz, Y. Kavurucu, T. Can, and Tamer Kahveci, "Large-Scale Signaling

Network Reconstruction," IEEE/ACM Transcations on Computational Biology and Bioinformatics,

Nov.-Dec. 2012 (vol. 9 no. 6), pp. 1696-1708. doi:10.1109/TCBB.2012.128

B. H. Akman, T. Can, and A. E. Erson-Bensan, "Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR

shortening of CDC6," Nucl. Acids Res., September 12, 2012 doi:10.1093/nar/gks855

M. Sualp and T. Can, "Using network context as a filter for miRNA target prediction," Biosystems,

105(3):201-209, 2011. doi:10.1016/j.biosystems.2011.04.002.

L. Carkacioglu, R. C. Atalay, O. Konu, V. Atalay, and T. Can, "Bi-k-Bi Clustering: Mining Large

Scale Gene Expression Data Using Two-Level Biclustering," International Journal of Data Mining and

Bioinformatics (IJDMB), 4(6):701-721, 2010. doi:10.1504/IJDMB.2010.037548.

O. Camoglu, T. Can, and A. K. Singh, "Accurate and Scalable Techniques for the Complex/Pathway

Membership Problem in Protein Networks," Advances in Bioinformatics, vol. 2009, Article ID

787128, 2009. doi:10.1155/2009/787128.

105

Doç. Dr. Tuba H. Erguder-Bayramoğlu

ÇalıĢmaAlanları

Anaerobic biotechnology

Renewable energy and bio-based products

Bio-granulation

Agro-industrial waste treatment

Removal of chlorinated compounds

Biological nitrogen removal

Lisans, ODTÜ, Çevre Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

PhD., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

etubahan@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

ErĢan ÇY, Erguder TH. 2014. The effects of seed sludge type on aerobic granulation via anoxic-

aerobic operation. Environmental Technology, 35 (23), 2928-2939.

ErĢan ÇY, Erguder TH. 2013. The effects of aerobic / anoxic period sequence on aerobic granulation

and COD/N treatment efficiency. Biores. Technol., 148:149-156.

Diamantis V., Erguder TH., Aivasidis A, Verstraete W, Voudrias E. 2013. Wastewater disposal to

landfill-sites: a synergistic solution for centralized management of olive mill wastewater and enhanced

production of landfill gas. Journal of Environ. Manage., 128: 427-434.

Ozkan L., Erguder TH., Demirer GN., 2011. Effects of pretreatment methods on solubilization of beet-

pulp and bio-hydrogen production yield. Intern. J Hydrogen Energy, 36(1):382-389.

Alkaya, E., Erguder T.H., Demirer GN., 2010. Effect of operational parameters on anaerobic co-

digestion of dairy cattle manure and agricultural residues: A case study for the Kahramanmaras region

in Turkey, Eng. Life Sci. 10(6):552-559.

Erguder T.H., Wittebolle L., Marzorati M., Boon N., Verstraete W., 2009. Environmental factors

shaping the ecological niches of ammonia-oxidizing archaea. FEMS Microbiology Reviews, 33 (5),

855-869.

Erguder T.H., Boon N., Vlaeminck S.E., Verstraete W., 2008. Partial nitrification achieved by pulse

sulfide doses in a sequential batch reactor, Environ. Sci. Tech., 42 (23), 8715-8720.

Dogan E., Dunaev T., Erguder T.H., Demirer G.N., 2008. Performance of leaching bed reactor

converting the organic fraction of municipal solid waste to organic acids and alcohols, Chemosphere,

74 (6), 797-803.

Erguder T.H., Demirer G.N., 2008. Low strength wastewater treatment with combined granular

anaerobic and suspended aerobic cultures in upflow sludge blanket reactors, J. Environ. Eng. ASCE.,

134 (4), 295-303.

106

Prof. Dr. Tülin Güray

ÇalıĢmaAlanları

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., ODTÜ, Biyoloji

guray@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

C.Chirica,T.Güray, G.C.Gürakan and T.F.Bozoğlu, Characterization of extracellular B-lactamases

from penicillin G resistant cells of Streptococcus thermophilus.. "J. of Food Protection", 61, (1998),

p.896-898.

T.Güray and T.Güvenç, Characterization of sheep liver N-acetyltransferase. "Biochem. Arch.", 13,

(1997), p.107-111.

T.Güray and T.Güvenç, Sheep tissue acetyl coenzyme A-dependent arylamine N-acetyltrans- ferases..

"Comp.Biol.Physiol.", 118C, (1997), p.305-310.

ĠĢcan, M.Moderasi and T.Güray, Production of superoxide radicals by sheep liver nitrofurantoin

reductase:in vitro effects of nitrofurantoin in metabolites on DNA.. "Toxicol. in Vitro", 9, (1995),

p.743-750.

M.ĠĢcan, H.Rostami, M.ĠĢcan, T.Güray, A.Rautio and O.Pelkonen, Interindividual variability of

coumarin 7-hydroxylation in a Turkish population.. "Eur. J. Clin. Pharmacol", 47, (1994), p.315-318.

G Sadi,N Eryilmaz,E Tütüncüoğlu,ġ Cingir,T Güray, Changes in expression profiles of antioxidant

enzymes in diabetic rat kidneys. "Diabetes Metab Res Rev ", 28, (2012), p.228-235.

Sadi G, Eryılmaz N, Tütüncüoğlu E, Cıngır ġ, Güray T, Changes in expression profiles of antioxidant

enzymes in diabetic rat kidneys. "DIABETES/METABOLISM RESEARCH AND REVIEWS DOI:

10.1002/dmrr.1302", , (2011), p..

Sadi G and Guray T, Gene expressions of Mn-SOD and GPx-1 in streptozotocin induced

diabetes:effect of antioxidants.. "Mol Cell Biochem", 327, (2009), p.127-134.

Sadi G, Yilmaz O, Guray T, Effect of vitamin C and lipoic acid on streptozotocin-induced diabetes

gene expression:mRNA and protein expressions of Cu-ZnSOD and catalase.. "Molecular and cellular

biochemistry", 309, (2008), p.109-116.

107

Yrd. Doç. Dr.Tülin Yanık

ÇalıĢmaAlanları

Monogenic obesity

Neurodegeneration

Lisans , Ege Üniversitesi, Biyoloji

Ph.D., The George Washington University,

Genetics And Cell Biology

tyanik@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Niamh X. Cawley, Tulin Yanik, Irina Arnaoutova, Hong Lou, Nimesh Patel, and Y. Peng Loh.

Techniques in neuropeptides processing, trafficking, and secretion. (2008)Springer protocols:

Neurochemistry, Neuropeptide Techniques 39:67-96

Tulin Yanik, Geraldina Dominguez, Michael J. Kuhar, Emanuele Miraglia Del Guidice and Y. Peng

Loh. (2006) The Leu34Phe ProCART Mutation leads to CART deficiency: A possible cause for

obesity in humans. Endocrinology. 147(1):39-43.

Tulin Yanik and Robert P. Donaldson. (2005) A protective interaction between catalase and isocitrate

lyase in peroxisomes. Arch. of Biochem. and Biophys. 435:243-252.

Niamh X. Cawley, Jiechun Zhou, Joanna M. Hill, Daniel Abebe, Sylvie Romboz,

Tulin Yanik, Ramona M. Rodriguiz, William C. Wetsel, Y. Peng Loh. (2004). The carboxypeptidase E

knockout mouse exhibits endocrinological and behavioral deficits. Endocrinology 145:5807-19.

108

Prof. Dr. Ufuk BölükbaĢı

ÇalıĢmaAlanları

Biotechnology

Enzyme Technology

Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği

M.S., ODTÜ, Gıda Mühendisliği

Ph.D., Iowa State University, Kimya

Mühendisliği

ufukb@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

KocabaĢ, D.S., Bakir U., Philips SEV, McPherson M.J., Ögel Z.B., Purification, characterization, and

identification of a novel bifunctional catalase-phenol oxidase from Scytalidium

thermophillum. "Applied Microbiology and biotechnology", 79, (2008), p.407-415.

YaĢinok, A.E., Biran, S., KocabaĢ, A., Bakir, U., Xylanase from a soil isolate, Bacillus pumilus: gene

isolation, enzyme production, purification, characterization and one-step separation by aqueous-two

phase system. "World journal of microbiology and biotechnology", 26, (2010), p.1641-1652

Akpinar, O., Erdogan, K., Bakir, U., Yilmaz, L., Comparison of acid and enzymatic hydrolysis of

tobacco stalk xylan for preparation of xylooligosaccharides. "LWT-Food Science and Technology",

43, (2010), p.119-125.

Kocabas, D.S., Ogel, Z.B. and Bakir U., Screening of tree leaves as annual renewable green biomass

for phenol oxidase production and biochemical characterization of mulberry (Morus alba) leaf phenol

oxidases . "World journal of biotechnology and microbiology", 27, (2011), p.701-707

Bahcegul, E., Tatli, E., Haykir, I., Apaydin, S., Bakir, U., Selecting the right blood glucose monitor for

the determination of glucose during the enzymatic hydrolysis of corncob pretreated with different

methods,."Bioresource Technology", 102, (2011), p.9646-9652

Akpinar, O., Okan, L., Bostanci, S., Bakir U. and Yilmaz, L, Title: The Optimization of Dilute Acid

Hydrolysis of Cotton Stalk in Xylose Production . "Applied Biochemistry and biotechnology", 163,

(2011), p.313-325.

109

Prof. Dr. Ufuk Gündüz

ÇalıĢmaAlanları

Multi-drug resistance in various cancer types,

Drug targeting in cancer by nanoparticles,

Bio-Hydrogen Production using photosynthetic

bacteria

Lisans , Iowa State University, Kimya

Mühendisliği

M.S., Iowa State University, Kimya

Mühendisliği

Ph.D., ODTÜ, Biyoloji Bölümü

ugunduz@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Yakar, A., Tansik, G., Keskin, T., Gündüz, U., “Tailoring the magnetic behavior of polymeric

particles for bioapplications”, Journal of Polymer Engineering 33, 3, (2013) 265-74 .

Khodadust, R., Mutlu, P.,Yalçın, S., Ünsoy, G., Gündüz, U. , “Polyinosinic:polycytidylic acid loading

onto different generations of PAMAM dendrimer-coated magnetic nanoparticles”, Journal of

Nanoparticle Research (2013) 15:1860.

Alpsoy,A., YaĢa,S., Gündüz,U., “ Etoposide resistance in MCF-7 breast cancer cell line is marked by

multiple mechanisms”, Biomedicine & Pharmacotherapy 68 (2014) 351–355

Ozgur, E., Mars, A.E., Peksel, B., Louwerse, A., Yucel, M., Gündüz, U., Claassen, P.A.M., Eroglu, I.,

"Biohydrogen Production from Beet Molasses by Sequential Dark and Photofermentation",

International J. of Hydrogen Energy 35, (2010) 511-517.

Kosova, B., Tezcanlı, B., Ekiz, H.A., Cakir, Z., Selvi, N., Dalmizrak, A., Kartal, M., Gündüz, U.,

Baran, Y., “Suppression of STAT5A Increases Chemotherapeutic Sensitivity in Imatinib-Resistant and

Imatinib-Sensitive K562 Cells” Leukemia & Lymphoma 51, 10 (2010) 1895-1901.

AfĢar, N., Özgür, E., Gürgan, M., Akköse, S., Yücel, M., Gündüz, U., Eroglu, E., “Hydrogen

Productivity of Photosynthetic Bacteria on Dark Fermenter Effluent of Potato Steam Peels

Hydrolysate”, International J. of Hydrogen Energy 36, (2010) 432-438.

Iseri, O.D., Kars, M.D., Arpaci, F., Atalay, C., Pak, I., Gündüz, U., “Drug resistant MCF-7 cells

exhibit epithelial-mesenchymal transition gene expression pattern”, Biomedicine and

Pharmacotherapy 65 , 1 (2011) 40-45

Dönmez, Y., Akhmetova, L., IĢeri, O.D., Kars, M.D., Gündüz, U., “Effect of MDR Modulators

Verapamil and Promethazine on Gene Expression Levels of MDR1 and MRP1 in Doxorubicin-

Resistant MCF-7 Cells”, Cancer Chemotheraphy and Pharmacology 67, 4, (2011) 823-828.

110

Prof. Dr. Ülkü YetiĢ

ÇalıĢmaAlanları

Primary research interest is on physiochemical

operations in water, wastewater and hazardous

waste treatment systems

Current research focuses on hazardous waste

management

Applications of membranes processes for drinking

water treatment and industrial wastewater

treatment/reclamation

Integrated pollution prevention and control, and

understanding of disinfection by-product formation

in water treatment

Lisans, ODTÜ, Kimya Mühendisliği

M.S., University of Pittsburgh, Kimya

Mühendisliği

PhD., ODTÜ, Çevre Mühendisliği

uyetis@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Uzal, N., Yilmaz, L. and Yetis, U, Microfiltration/Ultrafiltration as Pretreatment for Reclamation of

Rinsing Waters of Indigo Dyeing Wastewater. "Desalination", 240, (2009), p.198-208.

M. Unlu, H. Yukseler, U. Yetis, Indigo dyeing wastewater reclamation by membrane-based filtration

and coagulation processes. "Desalination", 240, (2009), p..

Al, E., Yetis, U, Application of the contingent valuation method in a developing country: a case study

of the Yusufeli Dam in northeast Turkey. "Water Science and Technology", 62, (2010), p.99-105.

Dogru, B, Kerestecioglu, M., Yetis, U., Assessment of the Best Available Wastewater Management

Techniques for a Textile Mill: Cost and Benefit Analysis. "Water Science and Technology", 61,

(2010), p.963-970.

Uzal,N., Yılmaz, L., and Yetis, U, Nanofiltration and Reverse Osmosis for Reuse of Indigo Dye

Rinsing Waters. "Separation Scıence and Technology", 45, (2010), p.331-338.

Yigit,C.,Maden,G., Disa, N., Yılmaz, O., Ogutverici, A., Alp,E.,Unlu,K., Gokç, Hazardous Waste

Management in Turkey: Current Legislative Requirements and Future Challenges. "Desalination and

Water Treatment", 26, (2011), p.152-159.

Yilmaz, O., Dogru, B., Yetis, U., Current practices in hazardous waste management in Turkey,

Desalination and Water Treatment. "Desalination and Water Treatment ", 26, (2011), p..

111

Prof. Dr. Vasıf Hasırcı

ÇalıĢmaAlanları

Hydrogels, controlled drug delivery (antibiotic, pain

reliever, growth factor, anticancer agent), intelligent

systems and liposomes, tissue engineering (bone,

cartilage, retinal pigment epithelial cells, cornea,

nerve, cardiac tissue), biodegradable polymers, hard

tissue repair, nanobiomaterials.

Biosensors, bioreactors, biodegradation

(biopolymers, pesticides)

Lisans , ODTÜ, Biyoloji

M.S., ODTÜ, Biyoloji

Ph.D., University of Reading, Kimya

vhasirci@metu.edu.tr

www.biomat.metu.edu.tr,

www.biomaten.metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Karadas, O., Yucel, D., Kenar, H., Kose, G., Hasirci, V. (2014). Collagen scaffolds with in situ-grown

calcium phosphate for osteogenic differentiation of Wharton‟s jelly and menstrual blood stem cells.

Journal of Tissue Engineering And Regenerative Medicine, 8,534–545

Kilic, C., Girotti, A., Rodriguez-Cabello, J., C., Hasirci, V. (2014). A collagen-based corneal stroma

substitute with micro-designed architecture. Biomaterial Science, 2, 318-329

Bahcecioglu, G., Buyuksungur, A., Kiziltay, A., Hasirci, N., Hasirci, V. (2014). Construction and in

vitro testing of a multilayered, tissue-engineered meniscus. Journal of Bioactive and Compatible

Polymers, 29(3), 235-253.

Ozcelik H., Padeste C., Hasirci V. (2014) Systematically organized nanopillar arrays reveal

differences in adhesion and alignment properties of BMSC and Saos-2 cells. Colloids and Surfaces B:

Biointerfaces. DOI:10.1016/j.colsurfb.2014.03.019.

Halili A. N., Hasirci N., Hasirci V. (2014). A multilayer tissue engineered meniscus substitute. Journal

of Material Science: Materials in Medicine, 25, 1195-1209.

Eke G., Kuzmina A., Goreva A., Shishatskaya E., Hasirci N., Hasirci V. (2014) In vitro and

Transdermal Penetration of PHBV Micro/Nanoparticles. Journal of Nanomaterials Science: Materials

in Medicine. DOI:10.1007/s10856-014-5169-5.

D. Arslantunali, G. Budak, V. Hasirci. 2013, "Multiwalled CNT-pHEMA composite conduit for

peripheral nerve repair", Society for Biomaterials, DOI:10.1002/jbm.a.34727

Pinar Yilgor Huri, Gazi Huri, Umit Yasar, Yurdanur Ucar, Nurten Dikmen, Nesrin Hasirci, Vasif

Hasirci, A Biomimetic Growth Factor Delivery Strategy for Enhanced Regeneration of Iliac Crest

Defects, Biomedical Materials,(doi:10.1088/1748-6041/8/4/045009)

112

Yrd. Doç. Dr. YeĢim Soyer

ÇalıĢmaAlanları

Food Microbiology, Food Safety, Molecular

Subtyping of Foodborne Pathogens

ODTÜ Gıda Mühendisliği Bölümü bünyesindeki

Gıda Güvenliği Laboratuvarımızdaki araĢtırma

konumlarımız gıda kaynaklı hastalık etmeni olan

mikroorganizmaların, özellikle de bakterilerin,

insanlara nasıl gıda yolu ile iletildiğini ve de

farklı konakçılardaki evrimini incelemektir.

Çiftlikten çatala giden zinciri incelerken klasik

mikrobiyolojik yönetmelerin yanı sıra modern

moleküler biyoloji tekniklerini de kullanmaktayız.

Lisans, Ankara Üniversitesi, Gıda Mühendisliği

M.S., Ankara Üniversitesi, Gıda Mühendisliği

PhD., Cornell University , Food Science

ysoyer@metu.edu.tr

SeçilmiĢ Yayınları

Yeni, F., Yavas, S., Soyer, Y. and H. Alpas. 2014. Rapid and standardized methods for detection of

foodborne pathogens and mycotoxins on fresh produce. Food Control, 40: 359-267.

Soyer, Y., J. Richards, K. Hoelzer, L.D. Warnick, E. Fortes,P. McDonough, N.B. Dumas, Y.T. Grohn,

and M. Wiedmann. 2013. Antimicrobial drug resistance patterns among cattle and human associated

Salmonella strains. Journal of Food Protection, 76 (10): 1676-1688.

Soyer, Y., A. Moreno Switt, M. A. Davis, J. Maurer, P. L. McDonough, D. J. Schoonmaker-Bopp, N.

B. Dumas, T. Root, L. D. Warnick, Y. T. Gröhn and M. Wiedmann. 2009 Salmonella 4,5,12:i:-: an

emerging Salmonella serotype that represents multiple distinct clones. Journal of Clinical.

Microbiology 47 (11):3546-3556.

Soyer, Y., R. H. Orsi, L. D. Rodriguez-Rivera, Q. Sun and M. Wiedmann. 2009. Genome wide

evolutionary analyses reveal serotype specific patterns of positive selection in selected Salmonella

serotypes. BMC Evolutionary Biology 9: 264- 381.

Soyer, Y., S. D. Alcaine, D. Schoonmaker-Bopp, T. P. Root, L. D. Warnick, P. L. McDonough, N. B.

Dumas, Y. T. Gröhn and M. Wiedmann. 2010. Pulsed-field Gel Electrophoresis diversity of human

and bovine clinical Salmonella isolates. Foodborne Parthogens and Disease 7 (10): 707-717.

Davis, M. A., J. Y. Lim, Y. Soyer, H. Harbottle, Y. F. Chang, D. New, L. Orfe, T. E. Besser, and D. R.

Call.2010. Development and validation of a resistance and virulence gene microarray targeting

Escherichia coli and Salmonella enterica. Journal of Microbiology Methods 82 (1): 36-41.

113

Prof. Dr. Zeki Kaya

ÇalıĢmaAlanları

Molecular genetics of trees and crops (QTL

mapping, genomic mapping, DNA markers).

Conservation of genetic resources of crop and tree

species.

Population genetics of forest trees, genetic

adaptation, ecological genetics of plants.

Breedings of forest trees.

Propagation of forest trees by tissue culture.

Lisans , Ġstanbul Üniversitesi, Orman Bilimi

M.S., Oregon State University, Forest Science

Ph.D., Oregon State University, Forest Science

kayaz@metu.edu.tr

http://www.metu.edu.tr/~kayaz/

SeçilmiĢ Yayınları

Gulsoy, A.D., Gulsoy, A.M., Cengel, B. and Kaya Z.2014.The evolutionary divergence of Pinus nigra

subsp. pallasiana and its varieties based on noncoding trn regions of chloroplast genomes. Turk. J. Bot.

38:627-636 (DOI:10.3906/bot-1312-26)

Dizkirici A., Ekici M and Kaya Z.2013.Comparative Molecular Phylogenetics of Astragalus sections

from Turkey with New World Astragalus species using nrDNA ITS sequences. Plant Sytematics and

Evolution (in Press) .

Dizkirici A., Kansu C., Onde S., Birsin M., Ozgen M. and Kaya Z.2013.Phylogenetic relationships

among Triticum L. and Aegilops L. species as genome progenitors of bread wheat based on sequence

diversity in trnT-F region of chloroplast DNA.Genetic Resources and Crop Evolution . (2013. DOI

10.1007/s10722-013-9988-x).

Ozgen M., Ozdilek A., Birsin M.A., Onde S., Sahin D., Acikgoz E. and Kaya Z.2012.Analysis of

ancient DNA from in vitro grown tissues of1600-year-old seeds revealed the species asAnagyris

foetida. Seed Science Research 22, 279–286. ((doi:10.1017/S0960258512000207).

Cengel, B., Kaya, Z., Tayanc, Y., Kandemir, G.E., Velioglu, E., Alan, M. and Kaya Z.2012.Magnitude

and efficiency of genetic diversity captured from seed stands of Pinus nigra (Arnold) subsp. pallasiana

in established seed orchards and plantations.New Forests 43(3) :303-313 . ((DOI: 10.1007/s11056-

011-9282-8).

Zeybek, E., Onde, S. and Kaya, Z.2012.Improved in vitro micropropagation method with adventitious

corms and roots for endangered saffron. Cent. Eur. J. Biol. 7(1):138-145.

Ozdilek, A., Cengel, B., Kandemir, G., Tayanc, Y., Velioglu, E.,and Kaya, Z.2012.Molecular

phylogeny of relict endemic Liquidambar orientalis Mill based on sequence diversity of the

chloroplast-encoded matK gene.Plant Sytematics and Evolution 298:237-349.

114

BĠYOTEKNOLOJĠ ARAġTIRMA GRUPLARI

115

ODTÜ BĠTKĠ BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU

Prof. Dr. Meral Yücel (meraly@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Hüseyin Avni Öktem (haoktem@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Füsun Ġnci Eyidoğan (fusunie@baskent.edu.tr)

Doç. Dr. Remziye Yılmaz

Modern biyoteknolojinin tarıma yönelik uygulamaları 1990‟lı yıllara kadar herbisit, böcek ve

hastalıklara karĢı direncin artırılması konularında yoğunlaĢırken, yeni nesil transgenik bitkilerle stres

direnci, kalite iyileĢtirilmesi, yenilebilir aĢılar, biyomölekül üretimi ve çevreyi korumaya yönelik geniĢ

bir yelpaze de geliĢmektedir.

Orta Doğu Teknik Üniversitesi‟nde Bitki Biyoteknolojisi ve Genetiğine yönelik çalıĢmalar 1990‟lı

yılların baĢında grubumuzca baĢlamıĢ olup 24 yıllık bir birikim oluĢmuĢtur. Grubumuz bu alanda

ülkemizde bir çok ilke imza atmıĢ ve gen transferi, mikroarray teknolojileri, DNA çipleri gibi bazı

ileri teknolojilerin ülkemizde öncülüğünü yapmıĢtır.

ODTÜ Bitki Biyoteknolojisi AraĢtırma Alanları

Transgenik teknolojiler: kullanılarak bitkilere abiyotik stres (tuz-kuraklık) toleransı kazandırılması

MicroArray (Dizi) Teknolojileri: Stres koĢulları altında mikroarray sistemleri ile gen ifade

profillerinin belirlenmesi ve moleküler mekanizmanın anlaĢılmasına yönelik çalıĢmalar

Stres Fizyolojisi ; Sıcaklık, kuraklık, tuz ve ağır metaller gibi abiyotik stres faktörlerinin bitkiler

üzerinde oluĢturdukları etkilerin fizyolojik ve biyokimyasal yöntemler ile saptanması.

Ġlk proje çalıĢması; “Sıcaklık, Soğukluk, Kuraklık, Tuzluluk ve Metal Stresine Dayanıklı Zirai

Bitkilerin Tesbiti ve Gen Transferine Yönelik ÇalıĢmalar” TÜBĠTAK –TBAG 31-DPT Projesi (1993-

1996) ile resmi çalıĢmalar Biyoloji Bölümünde Prof.Dr.Meral Yücel ve Prof.Dr.Hüseyin A.Öktem‟in

Laboratuvarında baĢlatılmıĢtır. Bu projeyi diğer projeler takip etmiĢ ve yaklaĢık 10 adet TÜBĠTAK,

3 DPT, 2 BOREN ve 45 ODTÜ-BAP ve 1 adet EUREKA projesi gerçekleĢtirilmiĢ olup bazıları

aĢağıda belirtilmiĢtir.

“Herbisitlere Dirençli Transgenik Tütün Bitkilerinin Biyoteknolojik Yöntemlerle

GeliĢtirilmesi” TÜBĠTAK TBAG-1262 (1994-1996)

116

“Bitki Hormonlarının Buğdayda Stres faktörlerini (Sıcaklık, Kuraklık, Tuzluluk) Önleyici

Etkilerinin Moleküler Düzeyde AraĢtırılması”( 1996-2000) TÜBĠTAK- BDP

“Farklı Bitki Transformasyon Vektörlerinin Hazırlanması ve Protoplast ve Agrobacterium

Sistemlerinde denenmesi” TÜBĠTAK-TBAG-1586 (1997-1999)

“Borun Tahıllar Üzerinde OluĢturduğu Toksik Etkinin Fizyolojik ve BiyokimyasAl Yönlerinin

AraĢtırılması” TOGTAG-TARP (1999-2001)

Bu çalıĢmalar kapsamında Biyoloji Bölümünde Bitki Moleküler Biyolojisi, Biyoteknolojisi ve

Biyokimya laboratuvarında - bitki doku kültürü, rejenarasyonu ve gen aktarımına yönelik yöntemler

(Agrobacteriuma dayalı gen aktarımı, Partikül bombardımanı , Elektroporasyon gibi) oturtulmuĢtur.

Ağırlıklı olarak çalıĢmalar buğday, arpa, mercimek, patates, nohut, pirinç, Ģekerpancarı ve tütün

bitkilerinde gerçekleĢtirilmiĢtir. Aynı zamanda “Deneysel Bitki Fizyolojisi” dersi (Experimental

Plant Physiology -Bio442) ile bu konularda çalıĢmak isteyen Lisans ve Y.Lisans öğrencileri bitki

fizyolojisi, genetik ve bitki biyoteknolojisinin temel ilkeleri konularında eğitilmiĢ ve eğitilmeye devam

edilmektedir.

Laboratuvarımızda ilk gen taransferi çalıĢmaları tütün bitkisinde Agrobacterium tumefaciens ile

gercekleĢtirilmiĢtir (1993). Daha sonra, genetik transformasyonun en zor olduğu bitkilerden biri olan

mercimekte sekiz yılı aĢkın bir araĢtırma sonucunda dünyada ilk kez Agrobakteriyuma dayalı stabil bir

gen transferi yöntemi geliĢtirilmiĢtir. Buna ek olarak yine zor bitkiler olarak kabul edilen buğday, arpa,

Ģekerpancarı gibi bitkiler ile de çalıĢmalar yürütülmüĢtür.

Mahmoudian M., Yücel M., Oktem H.A. Transformation of Lentil (Lens culinaris M.)

Cotyledonary Nodes via Vacuum Infiltration of Agrobacterium tumefaciens. Plant Mol. Biol.

Rep. Vol 20 (3), 251- 257, 2002. Mahmoudian M., Celikkol U., Yücel M., Oktem H.A.

Vaccum Infiltration Based Agrobacterium Mediated Gene Transfer to Lentil (Lens culinaris)

Tissues. Biotech. Biotechnol. Eq. 16 (1), 24-29, 2002.

Çelikkol Akçay, U., Mahmoudian, M., Kamci,H., Yucel M., Öktem, H.A. Agrobacterium

tumefaciens-mediated genetic transformation of a recalcitrant grain legume lentil (Lens

culinaris Medik). Plant Cell Reports,.1 – 11, 2008

2007 yılında ODTÜ Biyoloji Bölümü öğretim üyelerinden Prof.Dr. Hüseyin Avni Öktem ve

Prof.Dr.Meral Yücel yönetiminde 13 kiĢilik (içinde Moleküler Biyoloji, Biyoloji, Biyokimya,

Biyoteknoloji uzmanları ve Elektrik Elektronik, Makina ve Uçak Mühendislerinden oluĢan) bir ekip

ile bitki biyoteknolojisi çalıĢmalarında kullanılacak bir “Gen Tabancası” geliĢtirilmiĢtir. Bu cihazla

tütün, mercimek, nohut, pamuk, arpa , soğan, Ģekerpancarı gibi bitkilere gen aktarım çalıĢmalarında

baĢarılı olduğu gösterilmiĢtir. “Gen Tabancası Projesi çalıĢması TÜBĠTAK, TTGV ve TÜSĠAD

tarafından organize edilen Yedinci Teknoloji Ödülleri kapsamında Biyoteknoloji, Nanoteknoloji ve

Nanobiyoteknoloji Özel Ödül kategorisinde birincilik ödülü almıĢtır.

Son yıllarda ise grubumuzun koordinatörlüğünde bazı kaynakların TürkçeleĢtirilmesine katkı

sağlanması amacı ile muhtelif çeviriler gerçekleĢtirilmiĢtir.

C.N. Stewart, JR. (Ed.) Bitki Biyoteknolojisi ve Genetik : Ġlkeler, Teknikler ve Uygulamalar,

Hüseyin Avni Öktem, Meral Yücel (Çeviri Editörleri); Plant Biotechnology and Genetics :

Principles, Techniques and Applications, 1. Basımından çeviri, XXVI+374+16 renkli s.,Nobel

Yayıncılık, Ankara, 2012.

Bu çeviri kitabı Ülkemizde Bitki Biyoteknolojisinin geliĢmesine katkı sağlamıĢ ve çoğu bitki

biyoteknolojisi konusunda araĢtırma yapan ve ders veren bilim insanlarının katkıları ile

gerçekleĢtirilmiĢtir.

117

Ülkemizde Biyogüvenlik Kanunu 2010 yılında yürürlüğe girmiĢtir. Buna yönelik Gıda ve yem amaçlı

genetik yapısı değiĢtirilmiĢ organizmaların ve ürünlerin ithalat iĢlemleri ile ilgili kontrol ve denetime

yönelik yönetmelikler oluĢturulmuĢ ve GDO tespit ve miktar tayini önem kazanmıĢtır. Kanun ve

yönetmelik hazırlıklarında grubumuz üyelerinin uzun yıllara dayanan katkı ve destekleri olmuĢtur.

Laboratuvarımızda bu konuya yönelik olarak gıda, yem ve tohumlarda GDO analiz yöntemleri

oturtulmuĢtur. Biyoloji Bölümü ve Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-GE

Merkezi ortak çalıĢmaları sonunda ODTÜ Merkez Laboratuvarı Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji

AR-GE Merkezi gıda, tohum ve yemlerde GDO tespiti, miktar tayini konusunda 31 Aralık. 2013

tarihinde TÜRKAK Akreditasyon belgesi alarak bu konuda ülkemizde analiz yapabilen az sayıdaki

laboratuvarlar arasında yer almıĢtır.

Grubumuz, Biyoteknoloji konusunun ülkemizde tanıtılması geliĢtirilmesi amacıyla faaliyet

göstermekte olan en köklü sivil toplum kuruluĢu olan Biyoteknoloji Derneğinin faaliyetlerine de aktif

olarak katkı sağlamaktadır. Bu çerçevede grup üyelerimizin yoğun katkıları ile dünyanın en büyük

Biyoteknoloji etkinliklerinden biri olan “15th European Congress on Biotechnology”, Prof. Öktem

BaĢkanlığında Eylül 2012‟de Ġstanbul‟da düzenlenmiĢtir.

Grubumuz araĢtırmalarını gerçekleĢtirdiği 25 yıllık dilimde yurtiçi ve yurtdıĢından birçok farklı

kurum, kuruluĢ ve araĢtırmacılar ile ortak faaliyetler geçekleĢtirmiĢ ve ülkemizi birçok platformda

baĢarı ile temsil etmiĢtir. Bu bağlamda, Macaristan, Hollanda, Ġngiltere, ABD, Ġsrail, gibi farklı

ülkelerle ortak faaliyetler gerçekleĢtirilmiĢtir.

Bitki Biyoteknolojisi dinamik bir alan olup bu konuda birçok Y.Lisan ve Doktora öğrencisi

yetiĢtirimiĢ bulunuyoruz. 25 yıllık bir zaman diliminde toplam 46 Y.Lisans ve 25 Doktora tez

çalıĢması tamamlanmıĢ, halen 10 Doktora ve 2 Y.Lisans çalıĢması devam etmektedir. Toplam SCI

yayın sayısı 50 ve ulusal hakemli yayın ve Ulusal/uluslararası tebliğlerin sayısı 170‟ in üzerindedir .

12 Kitap bölümü ve bir kitap çevirisi mevcuttur. Tuz ve kuraklık sterine dayanıklı transgenik buğday

çeĢitlerinin geliĢtirilmesine yönelik çalıĢmalarımız devam etmektedir.

Bitki biyoteknolojisinin,bu konuda çalıĢmalar yapan araĢtırmacıların yanı sıra bitki yetiĢtiriçileri

içinde güclü ve yeni bir araç olma potansiyeli çok yüksektir. Hızlı iklim değiĢikliği, su baskınları ve

kuraklık, küresel ısınma ve bunlara ek olarak söz konusu değiĢikliklerin getirecegi yeni zararlılarla ve

hastalıklarla mücadelede ihtiyaç duyulan bir teknoloji olduğu görüĢündeyiz .

Bu bağlamda yeni geliĢmekte olan “Yenilenebilir Biyoenerji” konusunda da grubumuzda son yıllarda

yoğun araĢtırma faaliyetleri baĢlatılmıĢ olup, mikroalglerden biyodizel üretimi konusunda baĢarı

sağlanmıĢtır.

Ülkemizde Bitki biyoteknolojisi, çoklu disiplin anlayıĢına sahip ve dünyanın gıda ve giyim ihtiyacına

olduğu kadar enerji (biyodizel yakıt), ilaç ve farmasötik ihtiyaçlarına da çözümler sunacak olan genç

ve dinamik araĢtırmacılar tarfından Ģekillendirilecektir. Bu çalıĢmaların daha ileri taĢınacagını ümit

ediyoruz.

Bu bağlamda, laboratuvarımızda çalıĢmalarını tamamlayan bir çok öğrencimiz halen ülkemizde ve

yurtdıĢında muhtelif Üniversite ve kuruluĢlarda bitki biyoteknolojisi konusundaki faaliyetlerini son

derece baĢarılı bir Ģekilde sürdürmekte ve bayrağı yeni nesillere taĢımaktadırlar.

DOKTORA ÖĞRENCĠLERĠ: Abdülhamit BATTAL, Ayten EROĞLU, Oya ERCAN, Ceren

KARAKAS, Ferhunde AYSĠN, Melih ONAY, IĢkın KÖSE, Derya GÖKÇAY, Dilek ÇAM

YÜKSEK LĠSANS ÖĞRENCĠLERĠ: Görkem BAYSAL, Çaka ĠNCE,

118

SeçilmiĢ Yayınlar ve Projeler:

1. Aydın G, Yücel M, Chan M.T., Öktem H.A. Evaluation of abiotic stress tolerance and

physiological characteristics of potato (Solanum tuberosum L. cv. Kennebec) that heterologously

expresses the rice Osmyb4 gene. Plant Biotechnology Reports, 8(3): 295:304, 2014.

2. M. C. Baloglu, A. Battal, G. Aydin, A. Eroglu, M. T. Oz, M. Kavas, H. A. Oktem, M. Yucel.

Vector constructıon strategies for transformation of wheat plant. The Journal of Animal & Plant

Sciences, 23(3): 906-912, 2013.

3. Baloglu, MC; Oz, MT; Oktem, HA; Yucel, M. Expression Analysis of TaNAC69-1 and

TtNAMB-2, Wheat NAC Family Transcription Factor Genes Under Abiotic Stress Conditions in

Durum Wheat (Triticum turgidum). Plant Molecular Bıology Reporter, 30(5) pp. 1246-1252,

2012.

4. Kayihan, C., Eyidoğan, F., Afsar, N., Oktem H.A., Yucel, M., , “Cu/Zn superoxide dismutase

activity and respective gene expression during cold acclimation and freezing stress in barley

cultivars”, Biologia Plantarum, 56:693-698. 2012

5. Akcay U. C., Ercan O., Kavas M., Yildiz L., Yilmaz C., Oktem H. A., Yucel M. Drought-induced

oxidative damage and antioxidant responses in peanut (Arachishypogaea L.) seedlings. Plant

Growth Regul. 61, 21-28. 2010.

6. Öz M.T., Yılmaz R, Eyidoğan F, Graaf L.D., Yüce M., Öktem H.A. Microarray Analysis of Late

Response to Boron Toxicity in Barley (Hordeum vulgare L.) Leaves, Turk J Agric For, Volume

33 (2) 191-203. 2009

7. Nac Tipi Transkripsiyon Faktörleri Kullanılarak Abiyotik Stres Dirençli Transgenik Buğday

ÇeĢitlerinin GeliĢtirilmesi ve Elde Edilen Bitkilerde Abiyotik Stres KoĢullarında Gen Ġfade

Profillerinin Mikroarray Yöntemiyle Ġncelenmesi, 2009-2011. TÜBĠTAK TOVAG (180.000 TL)

8. BDP Kültür Bitkilerinde Tuz ve Kuraklık Stresine Dirençli Transgenik Bitkilerin GeliĢtirilmesi.

Öktem H.A., Ellialtıoğlu ġebnem, Laszlo Szabados, 2001- 2006. TÜBĠTAK

9. Patates ve Tütünde Namatod Dirençli Transgenik Bitkilerin GeliĢtirilmesi, 2002-2005. DPT (80

Milyar TL)

10. Bor Stresi Altında Buğday Bitkisinin Gen Ġfade Profillerinin Ġncelenmesi ve Tarımborun Bu

Strese Tepki Üzerine Etkilerinin Moleküler Seviyelerde Belirlenmesi, 2009-2011. BOREN

(125,000 TL)

119

ODTÜ BĠYOHĠDROJEN ARAġTIRMA GRUBU

2002 2010

Prof. Dr. Ġnci Eroğlu (ieroglu@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Meral Yücel (meraly@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Ufuk Gündüz (ufukg@metu.edu.tr)

Yrd. Doç. Dr. Harun Koku (harunk@metu.edu.tr)

ArĢ. Gör. Muazzez Gürgan (muazzez@metu.edu.tr)

ArĢ. Gör. Emrah Sağır (esagir@metu.edu.tr)

ArĢ. Gör. Emine Kayahan (ekayahan@metu.edu.tr)

FOTOSENTEZĠ TAKLĠT EDEN BĠR ENERJĠ DÖNÜġÜM SĠSTEMĠ KEġFEDEBĠLĠR

MĠYĠZ?

Bacteriorhodopsin kullanılarak ıĢık güdümlü proton pompalarından oluĢan enerji dönüĢüm

hücresi tasarımı (1982-2002)

A: Bacteriorhodopsinin (BR) ıĢığa bağlı yapısal değiĢimi.

B: BR‟ın uzun süreli aydınlatmaya tepkisi (Prof. Dr. Lemi Türker‟in katkılarıyla) 1,2

C: BR‟ın flaĢ ıĢığa tepkisi (Prof. Dr. Ordal Demokan ve Prof. Dr. Çiğdem Erçelebi‟nin katkılarıyla)

120

Hidrojen Enerji Sistemi AraĢtırılması ve GeliĢtirilmesi (1990 ve sonrası)

Mor, Kükürtsüz Bakterilerle Fotosentetik Hidrojen Üretimi

Fizyoloji, Metabolizma ve Genetik ÇalıĢmaları 3,4

Rhodobacter türlerinin hidrojen üretim metabolizmasının Ģematik gösterimi 5,7

Rhodobacter capsulatus DSM1710 için istek üzerine tasarlanmıĢ Affymetrix GeneChip ile metabolik analizler (2008 ve

sonrası)

121

Biyokütleden Isısal ĠĢlem Yapılmadan Saf Hidrojen Eldesi (2006 ve sonrası)

Zeytin atık suyu, patates kabuğu, Ģeker pancarı melası, Ģeker pancarı koyu Ģerbeti, arpa samanı

gibi biyokütleden biyolojik hidrojen üretimi prosesleri geliĢtirilmiĢtir.6,8

Fotobiyoreaktör Ölçek Büyütme AraĢtırmaları

Küçük ölçekli laboratuvar denemeleri 55 mL‟lik cam reaktörlerde (A) soğutmalı inkübatörlerde yapılmaktadır.

Fotobiyoreaktör ölçeği açıkhava denemelerinde içten soğutmalı (B) panel reaktörlerde 4-40 L ve (C) borusal reaktörlerde 90

L‟ye kadar büyütülmüĢtür. 3 aya varan sürekli hidrojen üretimi gerçekleĢtirilmiĢtir. 8,9

122

SeçilmiĢ Projeler

1. "Biyolojik Model Sistemlerde IĢık Enerjisinin Elektrik Enerjisine DönüĢümü", Türkiye Bilimsel

ve Teknik AraĢtırma Kurumu, TBAG 706, Ocak 1986 - Ocak 1988.

2. "GüneĢ Enerjisi ile Hidrojen Gazı Üretimi için bir Foto Biyo Reaktör GeliĢtirilmesi”, TÜBĠTAK

KTÇAG 115, Eylül 1993-1995.

3. "Mikroorganizmalar ve GüneĢ Enerjisi ile Sürekli Hidrojen Üreten Biyoproseslerin GeliĢtirilmesi",

TÜBĠTAK-TBAG 1535, Eylül 1995 - Eylül 1999.

4. “Rhodobacter Türlerindeki Hidrojenaz Enzimlerinin Biyoreaktörde Fotobiyolojik Hidrojen Üretim

Verimliliğinin Arttirilmasina Yönelik Genetik Ve Biyokimyasal ÇalıĢmalar”, EU COST-841

Aksiyonu AraĢtıma Projesi, 2002-2005.

5. “HYVOLUTION: Non- thermal production of pure hydrogen from biomass”, Avrupa Birliği

Altıncı Çerçeve AraĢtırma Projesi (IP), Kontrat No 019825, Ocak 2006 – Ocak 2011.

6. “Soğuk ve sıcaklık stresinin Rhodobacter capsulatus bakterisinde hidrojen üretim metabolizması

üzerine etkileri” TÜBĠTAK 108T455. Kasım 2008- Kasım 2011.

SeçilmiĢ Yayınlar

1. Eroğlu Ġ., Aydemir A., Türker L., Yücel A.M., "Photoresponse of Bacteriorhodopsin Immobilized

in Polyacrylamide Gel Membranes", Journal of Membrane Science, 86: 171-179, 1994.

2. Yücel M., Zabut B.M., Eroğlu Ġ., Türker L., “Kinetic Analysis of Light Induced Proton

Dissociation and Association of Bacteriorhodopsin in Purple Membrane Fragments under

Continuous Illumination”, Journal of Membrane Science, 104: 65-72, 1995.

3. Yiğit D.Ö., Gündüz U., Türker L., Yücel M., Eroğlu Ġ., "Identification of By-Products in

Hydrogen Producing Bacteria; Rhodabacter spheroides OU001 Grown in the Waste Water of a

Sugar Refinery", Journal of Biotechnology, 70:125-131, 1999.

4. YetiĢ M., Gündüz U., Eroğlu Ġ., Yücel M., Türker L., “Photoproduction of Hydrogen from Sugar

Refinery Wastewater by Rhodobacter sphaeroides O.U.001”, International Journal of Hydrogen

Energy, 25:1035-1041, 2000.

5. Koku H, Eroğlu Ġ, Gündüz U, Yücel M, Türker L., “Aspects of the metabolism of hydrogen

production by Rhodobacter sphaeroides”, Int J. Hydrogen Energy, 27(11-12): 1315-1329, 2002.

6. Eroğlu E., Gündüz U, Yücel M, Türker L, “Photobiological hydrogen production by using olive

mill wastewater as a sole substrate source”, International Journal of Hydrogen Energy, 29/2: 163-

171, 2004.

7. Kars G, Gündüz U, Yücel M, Türker L, and Eroğlu Ġ, “Hydrogen production and transcriptional

analysis of nifD, nifK and hupS genes in Rhodobacter sphaeroides O.U.001 grown in media with

different concentrations of molybdenum and iron”, International Journal of Hydrogen Energy

(IJHE), 31/11: 1536 - 1544, 2006.

8. Boran E., Özgür E., Yücel M., Gündüz U., Eroğlu Ġ. “Biohydrogen production by Rhodobacter

capsulatus in solar tubular photobioreactor on thick juice dark fermenter effluent”, Journal of

Cleaner Production, 31/150-157, 2012.

9. Androga D.D., Sevinç P., Koku H., Yücel M., Gündüz U., Eroğlu, Ġ. “Optimization of temperature

and light intensity for improved photofermentative hydrogen production using Rhodobacter

capsulatus DSM 1710”, International Journal of Hydrogen Energy (IJHE), 39/ 2472-2480, 2014.

123

BĠYOMALZEME VE DOKU MÜHENDĠSLĠĞĠ ARAġTIRMA GRUBU

(BIOMAT)

Prof. Dr. Vasıf Hasırcı

Prof. Dr. Gamze Köse

Doç. Dr. Türker Baran

Dr. Aysel Kızıltay

Prof. Dr. Nesrin Hasırcı

Doç. Dr. Fatma NeĢe Kök

Y. Doç. Dr. Deniz Yücel

Dr. Tugba Endoğan Tanır

Prof. Dr. Gürdal Alaeddinoğlu

Doç. Dr. AyĢe Eda Aksoy

Y. Doç. Dr. Halime Kenar

Dr. Arda Büyüksungur

BIOMAT Grubu, 40 yıldır yaptıkları çalıĢmalarla Türkiye‟de biyomalzemeler, doku mühendisliği,

rejeneratif tıp, medikal nanoteknoloji, kontrollu ilaç salım sistemleri, biyoreaktörler ve biyosensörler

gibi biyoteknolojinin tıp uygulamaları konularında ilk çalıĢmaları baĢlatan öncü grup olmuĢtur. Bu

gruptan yetiĢen pek çok bilim insanı Türkiye‟nin ve Dünya‟nın değiĢik üniversitelerinde ve

kurumlarında değerli araĢtırmalar yapmaktadır.

BIOMAT Grubu’nun AraĢtırma Alanları: Nano ve mikrodesenli yüzeyler: Saos 2, BMSC, HOP, kıkırdak ve meniscus, Wharton Jelly hücrelerinin

çukur, kanal ve sütunlarla bezeli yüzeylerdeki davranıĢlarının incelenmesi

Yüzey modifikasyonu: biyomalzeme yüzeylerinin antimikrobiyal, antitrombojenik, protein ve hücre

bağlanmasını artıran, süper-hidrofilik veya süper-hidrofobik yapılması

Doku mühendisliği: Polimerik ve kompozit gözenekli yapıların 2- ve 3-boyutlu destekler olarak kalıcı veya

biyobozunur olarak hazırlanması (kornea, sinir, kemik, kıkırdak, damar, retina, kalp kası, ağız mukozası,

menisküs dokuları üretilmiĢ, in vitro ve preklinik ortamlarda denenmiĢtir). Yara iyileĢmesini hızlandıracak,

doku hasarını kısa sürede giderecek polimerik ve kompozit biyobozunur desteklerin hazırlanması (Deri

desteği olarak hazırlanan bir malzememiz ticari ürüne dönüĢmüĢtür)

Biyobozunur implantlar: kemik plakaları, ilaç salım sistemleri, nano ve mikrolifli sistemler, süngerlerin

yapımı ve amaçlarına uygun biyobozunurluk özelliklerinde tasarlanması

Biyouyumluluk: Polimerik ve kompozit malzemelerin hücre ile etkileĢimi, toksik etkilerin araĢtırılması ve

biyouyumluluğun artırılması çalıĢmaları

Nano ve mikro biyoaktif molekül taşıyıcı sistemler: antibiyotikler, antikanser ilaçlar, büyüme faktörleri,

pestisitler, deri hastalıklarına yönelik ilaçlar, genetik malzemeleri taĢıyan sistemlerin yapımı, ve baĢka

biyoaktif ajanların vücut içinde yayılmadan kanser hücrelerine hedeflenmesini sağlayan akıllı mikro ve nano

sistemlerin tasarım ve üretimi

Lipozomlar: heparinle yüzey modifikasyonu yapılmıĢ lipozomlar, silikoz mekanizmasının incelenmesi,

fotoaktif lipozomlar, enzim hapseden yüzeyi polimer kaplı lipozomlar, kuantum taneciği yüklü lipozomlar ve

bunlardan DNA ve ilaç salım çalıĢmaları

Enzim ve Hücre İmmobilizasyon sistemleri ve Biyosensörler: Enzim (glikoz oksidaz, katalaz, kolin oksidaz,

amilaz, lakkaz) ve biyoaktif moleküllerin bağlandığı sistemler ve pestisit gibi atıklar ve benzeri moleküller

için uygulanabilecek sensörler, kandaki Ģekeri ölçebilmek amacıyla geliĢtirilmiĢ glikoz sensörü

124

BIOMAT Grubu’nun ÇalıĢmaları: Grubumuz öğretim üyelerinin danıĢmanlığını yaptığı en az 80 Yüksek Lisans tezi ve 40 doktora tezi

yönetilmiĢtir. Bu çalıĢmaların sonuçları 300'den fazla makale olarak hakemli bilimsel dergilerde yayınlanmıĢtır.

Ayrıca, grup üyelerinin, 3-boyutlu doku destekleri, yara örtüsü, kıkırdak desteği, yüzey-hücre etkileĢimi,

antimikrobiyal sert doku destekleri, zeolit-polimer kompozitleri ile ilgili buluĢları için 8 patent baĢvurusu

yapılmıĢ ve bunların bazıları onaylanmıĢ, diğerleri incelemededir.

BIOMAT Grubu’nun Ġlkleri: BIOMAT grubu üyeleri „Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği‟ alanında Türkiye‟de pek çok ilke imza atmıĢtır.

Bunların bazıları aĢağıda verilmiĢtir.

Türkiye'deki ilk Biyomalzeme dersi olan Biomaterials (Bio 514) dersi ve bunun lisans düzeyi hali olan Bio

414 dersi 1980'lerin baĢında ODTÜ‟de verilmiĢtir.

Türkiye'deki ilk ve en sürekli biyomalzeme alanındaki konferans olan „Biyomedikal Bilim ve Teknoloji

Sempozyumlarını (BIOMED)‟ 1994'te baĢlatmıĢtır ve bu toplantı bu sene 20. yılını kutlamaktadır. 2., 5.,

8.,13. ve 15. BIOMED toplantıları BIOMAT üyelerince düzenlenmiĢtir.

Uluslararası toplantılardan „4th

European Symposium on Biopolymers (ESBP 2007)‟ ve „Mediterranean

School for Biotechnology (1992)‟ BIOMAT üyelerince ve ilk kez Türkiye‟de düzenlenmiĢtir.

Türkiye'deki ilk „Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği Merkezi‟ 2011 yılında üyelerimizce kurulmuĢtur.

Türkiyedeki ilk Biyoteknoloji AraĢtırma Birimi 1988 yılında kurulmuĢtur.

Tümüyle ODTÜ‟de yapılan çalıĢmalara dayanan ve Türk Patent Enstitüsü tarafından „Ġncelemeli Patent‟.

ODTÜ içinde ilk kez oluĢturulan Disiplinlerarası programların (Biyoteknoloji, Polimer Bilim ve Teknolojisi,

Biyomedikal Mühendisliği, Mikro ve Nanoteknoloji) kurucu üyeleri arsında BIOMAT üyeleri önemli rol

oynamıĢlardır.

BIOMAT Grubu’nun Uluslararası Projeleri: BIOMAT üyeleri pek çok Avrupa Topluluğu projesinde rol almıĢ almıĢ ve 50'den fazla grupla ortak çalıĢmalar

yürütmüĢtür. Uluslararası etkileĢimleri ile ilgili bazı projeler aĢağıda verilmiĢtir.

FP 6 STREP projesi olan „Cornea Engineering‟

FP 6 Network of Excellence Projesi olan „ExperTissues‟

FP 6 Marie Curie RTN projesi olan „BioPolySurf

FP7 projesi olan „SkinTreat‟

Prof. D.L.Wise (North Eastern Univ., Boston, ABD) ve Prof. V. Hasırcı'nın birlikte yürüttüğü Controlled

Release Antibiotics projesi (NATO Collaborative Research Grant)

NATO Science For Stability (SfS) Project The Production and Application of Microbial Polyesters In the

Construction of Biodegradable Controlled Antibiotic Release Systems and Bone Fracture Repair Rods. V.

Hasırcı liderliğinde ODTÜden 8 öğretim üyesi ve 1 endüstriyel ortak (Hipokrat) ile

Dual Pain Reliever Controlled Release System projesi, V Hasırcı, D.B. Carr (Tufts University and New

England Medical Center) ve D.L. Wise (Cambridge Scientific Inc. ve Northeastern University) ile

Prof. R.Cain ve Dr.R.M.Wilkins (University of Newcastle upon Tyne) ve G.Alaeddinoğlu ve V. Hasırcı'nın

ortaklaĢa yürüttüğü Controlled Pesticide Release and Microbial Detoxification projesi (British Council

Research Link)

Prof. W. Bonfield ve Prof. G. Hastings, Interdisciplinary Research Centre (IRC) in Biomedical Materials

(University of London Queen Mary and Westfield College, Royal Free Hos. Sch. Medicine, and Inst.

Orthopedics,Royal Natl. Orth. Hosp, Ġngiltere)

Prof. J.O.B.Carioca ve Prof.A.Harbans (Federal University of Ceara, Fortaleza, Brezilya) ve V. Hasırcı

tarafından ortaklaĢa yürütülen "Hydrogels of Natural Origin" projesi (CNPQ, Brezilya)

V.Hasırcı H.G.Gassen ve N.G.Alaeddinoglu ortaklaĢa baĢlattığı "Cloning and Expression of The Glucose

Oxidase Gene From Aspergillus niger" projesi (B.M.F.T. Grant; ODTÜ- Darmstadt T.H (Almanya). Bu proje

ODTÜ‟de Biyoteknoloji EABD‟nın kuruluĢuna yol açmıĢtır.

V. Hasırcı, N. Hasırcı ve Prof. I.L.Kamel (Drexel University, ABD) tarafından yürütülen "Mode of

Crosslinking of Degradible PVNO Gels" projesi (NATO Research Grant)

V.Hasirci, N.Hasirci ve I.L.Kamel (Drexel University, ABD) tarafından ortaklaĢa yürütülen "Surface

Modification of Intraocular Lenses" projesi (Destek: Cilco Inc., Iolab Inc., ve Drexel University Biomedical

Eng. and Sci. Inst.).

125

Ulusal Projeler (son yıllar) • Kalkınma Bakanlığı (DPT.2011K120350): Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği Mükemmeliyet Merkezi

Kurulması (BIOMATEN)

• Kalkınma Bakanlığı (MĠGEP Projesi): Bazı Omurga Sorunlarına Çözüm Olmak Ġçin Biyoaktif Polimerik

Kafes Tasarımı ve Ġn Vitro Testlerle Biyouyumluluğunun Ġncelenmesi

• TÜBĠTAK (213M651): Doku Mühendisliği Yöntemi ile Kollajen ve NaCMC Kullanılarak Çift Katmanlı

Deri Modeli OluĢturulması

• TÜBĠTAK (213M708): Doku Mühendisliği Yöntemi Ġle Hastaya Özel Ortopedik Ġmplant Tasarımı ve

Üretimi.

• OGEK ODTÜ-GATA (BAP-08-11-2013-014) Retina Hasarlarının Tedavisinde Kullanılmak Üzere Doku

Mühendisliği Yöntemiyle Yapay Bruk Membranı Kontrüksiyonu

• TÜBĠTAK Biyobozunur polikaprolaktan temelli kopolimer sistemlerin doku mühendisliği iskele yapıları

olarak sentezlenmesi, karakterizasyon ve optimize edilmesi

• TÜBĠTAK Polisebasik anhidrit bazlı nano kapsüllerin hazırlanması, farklı parametrelerin ilaç yükleme

kapasitesi ve salım profiline etkisinin incelenmesi

• ODTÜ-BAP Kemik doku mühendisliğinde antibiyotik sağlayan biyobenzer yapı iskelelerinin tasarımı ve

üretimi, BAP-07-02-2012-101-155, 01.01.2013

• ODTÜ-BAP Gözenekli biyobozunur poliüretan nanoparçacıklarının tasarımı, BAP-07-02-2012-101-261.

BIOMAT AraĢtırmalarından Örnekler

Biyomalzemeler

Biyobozunur sünger, mikrofiber mesh ve hızlı prototiplenme yoluyla üretilmiĢ biyomalzemeler sert ve yumuĢak

dokuların defektlerinde implant olarak ve doku mühendisliği uygulamaları için hücre taĢıyıcı sistemler olarak

kullanılmaktadır.

Biyo Nanoteknolojik uygulamalar

Elektroeğirme yöntemiyle üretilen nanofiber filmler kullanılarak ekstraselüler matris benzeri yapılar, yapay

damarlar, ve sinir yönlendiriciler (nerve guide) üretilmektedir.

Litografik yöntemler kullanılarak hücre farklılaĢmasını, çoğalmasını ve biçimlerini denetleyen ve belirleyen

biyomalzeme yüzeyleri oluĢturulmaktadır.

Nanofiberlerin elektron mikroskopisi ve nanofiberler üzerinde büyüyen hücrelerin floresan görüntüleri.

Mikro sütünlu biyobozunur filmler ve üzerinde çoğalan hücrelerin AFM ve SEM görüntüleri.

İlaç Taşıma Sistemleri

Ġlaç yüklenmiĢ biyobozunur nano ve mikroküreler ile kontrollu ve hedeflenmiĢ ilaç salım sistemleri

oluĢturulmaktadır. Sağdaki NEODERM yaraörtüsü BIOMAT tarafından patently bir üründür.

126

SeçilmiĢ Makaleler (2014)

Karadas, O., Yucel, D., Kenar, H., Kose, G., Hasirci, V. (2014).Collagen scaffolds with in situ-grown

calcium phosphate for osteogenic differentiation of Wharton‟s jelly and menstrual blood stem cells. Journal

of Tissue Engineering and Regenerative Medicine, 8,534-545.

Kilic, C., Girotti, A., Rodriguez-Cabello, J., C., Hasirci, V. (2014). A collagen-based corneal stroma

substitute with micro-designed architecture. Biomaterial Science, 2, 318-329.

Bahcecioglu, G., Buyuksungur, A., Kiziltay, A., Hasirci, N., Hasirci, V. (2014). Construction and in vitro

testing of a multilayered, tissue-engineered meniscus. Journal of Bioactive and Compatible Polymers, 29(3),

235-253.

Eke G., Kuzmina A., Goreva A., Shishatskaya E., Hasirci N., Hasirci V. (2014) In Vitro and Transdermal

Penetration of PHBV Micro/Nanoparticles. Journal of Nanomaterials Science: Materials in Medicine.

25:1471-1481.

Umran Aydemir Sezer, Damla Arslantunali, Eda Ayse Aksoy, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci (2014) Poly(ε-

caprolactone) Composite Scaffolds Loaded with Gentamicin Containing β-TCP/ Gelatin Microspheres for

Bone Tissue Engineering Applications, Journal of Applied Polymer Science, 131 (8) 1-11.

Ozge Ozgen, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci (2014) Effects of Oxygen Nitrogen and Argon Plasmas on

PMMA surfaces, Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, J. Biomater. Tissue Eng., 4(6), 479-487.

Filiz Kara, Eda Ayse Aksoy, Zehranur Yuksekdag, Nesrin Hasirci, Serpil Aksoy, (2014) Synthesis and

surface modification of polyurethanes with chitosan for antibacterial properties, Carbohydrate Polymers,

Carbohydrate Polymers, 112, 39-47.

I. Saygun, V. Bal, A. Kızıltay, P. Yilgor Huri, F. Avcu, K. Üstün, V. Hasirci, N. Hasirci (2014) Proliferation

and Differentiation of Mesenchymal Stem Cells in Chitosan Scaffolds Loaded with Nanocapsules Containing

Bone Morphogenetic Proteins-4, Platelet-Derived Growth Factor and Insulin-Like Growth Factor 1, Journal

of Biomaterials and Tissue Engineering, 4, 181-188.

Nesrin Hasırcı, Polimer-Ġlaç ve Polimer-Protein Konjugatları, Ed: Ayla Zırh Gürsoy, Nanofarmasötikler ve

Uygulamaları, Kontrollu Salım Sistemleri Derneği Yayını, ISBN: 978-605-85318-0-2, No:3, 151-166, 2014

Aysun Güney, Nesrin Hasirci (2014) Properties and Phase Segregation of Crosslinked PCL-Based

Polyurethanes, Journal of Applied Polymer Science, Article first published online: 9 AUG 2013, DOI:

10.1002/app.39758, 131 (1) 1-13.

Halili A. N., Hasirci N., Hasirci V. (2014). A Multilayer Tissue Engineered Meniscus Substitute. Journal of

Material Science: Materials in Medicine, 25, 1195-1209.

Umran Aydemir Sezer, Deniz Billur, Gazi Huri, Pinar Yilgor Huri, Eda Ayse Aksoy, Hakan Terzioglu, Ertan

Konukseven, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci (2014) In vivo Performance of Poly(ε-caprolactone) Constructs

Loaded with Gentamicin Releasing Composite Microspheres for Use in Bone Regeneration, J. Biomater.

Tissue Eng., 4, 1-10.

Shahla Bagherifam, Frode Miltzow Skjeldal, Gareth Griffiths, Gunhild M. Mælandsmo, Bo Nyström, Vasif

Hasirci, Nesrin Hasirci, pH-Responsive Nano Carriers for Doxorubicin Delivery, Pharmaceutical Research,

DOI 10.1007/s11095-014-1530-0, 2014.

Tugba Endogan Tanir, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci, Electrospinning of Chitosan and PLGA Based

Nanofibrous Mats for Tissue Engineering Applications, Polymer Bulletin, DOI 10.1007/s00289-014-1234-y.

Article published online: SEP, 2014.

Shahla Bagherifam, Gareth W. Griffiths, Gunhild M. Mælandsmo, Bo Nyström, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci

(2014), Poly(sebacic anhydride) Nanocapsules as Carriers: Effects of Preparation Parameters on Properties

and Release of Doxorubicin, Journal of Microencapsulation: (doi:10.3109/02652048. 2014.973073), Article

first published online: 17 Oct 2014.

Tugba Endogan Tanir, Vasif Hasirci, Nesrin Hasirci Preparation and Characterization of Chitosan and PLGA

Based Scaffolds for Tissue Engineering Applications, Polymer Composites, DOI: 10.1002/pc.23100, Article

first published online: 6 JUN 2014.

Maria Teresa Calejo, Nesrin Hasirci, Shahla Bagherifam, Reidar Lund and Bo Nyström (2014) Self-

assembled Stimuli-responsive Structures from Cationic Polymers for Biomedical Applications; Ed:

Dr.Sangram Keshari Samal and Dr. Peter Dubruel; Royal Society of Chemistry (RSC publisher).

Aysel Kızıltay, Angel M. Fernandez, Julio San Roman, Rui A. Sousa, Rui L. Reis, Vasıf Hasirci, Nesrin

Hasirci, Poly(ester-urethane) scaffolds: Effect of Structure on Properties and Osteogenic Activity of Stem

Cells, TERM, Article first published online: 26 DEC 2013, DOI: 10.1002/term.1848, 2014

127

ÇEVRE BĠYOTEKNOLOJĠSĠ GRUBU

Prof. Dr. Celal F. Gökçay (gokcay@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Filiz B. Dilek (fdilek@metu.edu.tr

Prof. Dr. F. Dilek Sanin (dsanin@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Göksel N. Demirer (goksel@metu.edu.tr)

Doç. Dr. Bülent Ġçgen (bicgen@metu.edu.tr)

Doç. Dr. Tuba H. Ergüder Bayramoğlu (etubahan@metu.edu.tr)

Dr. Robert Murdoch (murdoch@metu.edu.tr)

Prof. Dr. Celal F Gökçay

Türk Linyitlerinden mikrobiyolojik yolla kükürt arıtımı - Yürütülen ilk biyoteknoloji çalıĢmasıdır. Türk

linyitlerinin bakteriyel yolla desufirizasyonu araĢtırılmıĢtır. ÇalıĢmada hava kirliliğine neden olan linyitlerdeki

kükürtün bakteriler tarafından oksitlenerek uzaklaĢtırılabileceği gösterilmiĢtir.

Kağıt fabrikası atıksularından funguslar kullanılarak renk ve organik klor arıtımı –

Atıksulardan izole edilen Penicillium türü bir fungusun havasız Ģartlarda herhangi

bir ilave enerji kaynağına gerek göstermeksizin organik kloru uzaklaĢtırdığı

gösterilmiĢtir.

Atıksu Arıtma tesislerinin modellenmesi - Ankara arıtma tesisi ASM 1 modeli,

Ġzmir ve Kayseri ileri arıtma tesisleri ASM2 modeli modellenmiĢtir.

Modellemelerde bulanık mantık algoritmaları kullanılmıĢtır.Arıtma tesislerinde

çamurların çöktürülmesi ise FILAMENT modeli kullanılarak modellenmiĢtir.

Membran biyoreaktörlerle (MBR) atıksuların arıtılması ve geri kullanımı - Bu konu ile ilgili olarak ODTÜ

kampusunda 240 m3/gün kapasiteli bir MBR tesisi kurulmuĢ ve 12 yıl boyunca iĢletildikten sonra Teknokent

idaresine devredilmiĢtir. Arıtılan atıksular ODTÜ Teknokent arazisinin sulanması için kullanılmakta ve bu tesis

sayesinde su tüketiminden yılda 250 000 TL civarında tasarruf edilmektedir.

1985-

1990

1991-

1995

1996-

2000

2001-

2005

2006-

2010

2011-

Uluslararası (SCI) 3 7 18 38 32 44

05

1015202530354045

Makaleler

1990-1995

1996-2000

2001-2005

2006-2010

2011-

TübitakProjeleri

7 3 6 5 5

UluslararasıProjeler

1 3

UygulamalıAraştırmaProjeleri

1 4 6 3

Projeler

128

Endokrin bozucu maddelerin (EBM) arıtma tesislerinde arıtılabilirliği - Bu konuda Türkiye‟de iĢletilmekte olan

12 adet arıtma tesisinde model EBM‟ler periyodik sürelerle alınan kompozit su örnekleriyle örneklenmiĢ ve

konsantrasyonları belirlenmiĢtir. EBM Arıtımına arıtma tesisi konfigurasyonlarının etkileri incelenmiĢtir.

Atık çamurların ozon destekli havasal ve havasız çürütülmesi - Atık çamurların kesikli ozonlanarak hızlı ve

yüksek oranda havasal çürütülmeleri çalıĢılmıĢtır. ÇalıĢmalar sonucunda çamur çürütme süresi klasik 15-30

günden 4 güne indirilmiĢ ve çürütülen çamur oranı %40-50‟den %80 üzerine çıkarılmıĢtır. Bu çalıĢma için üç adet

uluslararası patent alınmıĢtır. Kesikli ozon destekli havasal çürütme sonucunda çamurlarda biriken

mikrokirleticilerin %99 üzerinde artılıdığı ve çamurlaırın steril hale gelerek bu Ģekilde toprağa verilebileceği

göstrilmiĢtir. Ortaya çıkan stabilize çamur miktarı sıfıra indirilmiĢ, üretilen metan gazı miktarı kontrol reaktörüne

göre %100 arttırılmıĢtır. Bu Ģekilde enerji tüketen arıtma tesislerinin enerji üreten tesisler haline getirilmesi

mümkün olmaktadır.

Prof. Dr. Filiz B. Dilek

Atıksularda bulunması muhtemel ağır metallerin aktif çamur prosesi üzerine etkileri çalıĢılmıĢtır. Metallerin gerek

tek baĢına gerekse birlikte bulundukları durumlarda arıtım performansı üzerine etkileri incelenmiĢ, aklimasyon

koĢulları ve mikrobiyal konsorsiyum değiĢimi ile bağlantısı araĢtırılmıĢtır. Aklimasyon sayesinde metallerin

mikrobiyal kültür üzerindeki inhibisyon etkisinin önemli derecede azaltılabileceği ortaya konmuĢtur.

Endüstriyel atıksuların (kağıt, tekstil, Ģeker, alkaloid vb.)

biyolojik arıtımları yönünde çeĢitli araĢtırmalar

gerçekleĢtirilmiĢtir. Aktif çamur prosesi ve diğer çeĢitli

reaktör konfigürasyonları (kesikli, ardıĢık kesikli, dönen

disk reaktörler) kullanılarak ve/veya farklı biyokütleler (alg,

beyaz çürükçül fungus) kullanılarak gerek arıtılabilirlik

gerek toksisite çalıĢmaları yürütülmüĢ ve elde edilen

bulgular, sistem kinetiği ve mikrobiyolojisi ile

ilintilendirilmiĢtir. Sadece organik madde giderimi değil,

renk arıtımı da hedeflenmiĢtir. Ayrıca, çeĢitli ön arıtma

teknikleri (Fenton oksidasyonu, ozonlama,

radyasyon/ıĢınlama vb) ile biyolojik arıtılabilirliğin

değiĢimi irdelenmiĢtir.

Lagün atıksularından alglerin uzaklaĢtırılması için bir

proses geliĢtirilmiĢ ve lagün çıkıĢ suları bir damlatmalı filtre ile bağlantılanarak çıkıĢ sularının bulanıklıktan

arıtılmaları sağlanmıĢtır.

Beyaz çürükçül funguslar ile ağır metal biyosorpsiyon çalıĢmaları, bu fungusların endüstriyel atıksularda bulunan

organik kirleticilerin gideriminde kullanılması halinde ortaya çıkacak atık çamurun bertaraf edilmeden önce metal

içeren bir baĢka atıksuyun arıtımında kullanılabilmesi hedefine yönelik gerçekleĢtirilmiĢtir.

Atıksularda bulunması muhtemel tehlikeli kimyasal bileĢiklerin (örneğin, boyar maddeler, klorofenoller, triklosan

gibi) biyolojik atıksu arıtma sistem performansları üzerine etkilerinin yanı sıra bu maddelerin arıtılabilirlikleri,

toksik etkileri ve mikrobiyal konsorsiyum üzerine etkileri çalıĢılmıĢtır.

Prof. Dr. F. Dilek Sanin

AraĢtırmalarımın yoğunlaĢtığı konulardan birisi atıksu arıtmada biyolojik yumak oluĢumu ve hücre dıĢı

polimerlerin rolü olmuĢur. Bu araĢtırmalarda karıĢık kültür mikroorganizmaların fizyolojilerini ve dolayısı ile

biyopolimerlerin oluĢumunu etkileyen faktörler ve bunun biyolojik yumak oluĢumuna ve atıksu arıtımına etkileri

incelenmiĢtir. Hücre dıĢı polimerlerle ilgili diğer bir araĢtırmamız ise Azotobacter Vinelandii ile farklı

fermentasyon koĢullarında alginat üretimi olmuĢtur. Elde edilen alginat literatürde ilk kez sulardan bulanıklığın

gideriminde koagülan ve atıksulardan ağır metallerin gideriminde adsorban olarak kullanılmıĢtır.

Sürdürülebilir atık yönetimi, atıkların yeniden kullanımı ya da atıklardan faydalı ürünler elde etme kapsamında

yürüttüğümüz çalıĢmalarda ise atıkların (arıtma çamuru, katı atıklar) minimizasyonu, anaerobik arıtma ile bu

atıklardan biyogaz üretimi ve üretilen biyogazın maksimizasyonu için kullanılabilecek ön iĢlemlerin etkinliği

incelenmiĢtir. Atıksularda ve artıma çamurlarında patojen mikroorganizmalar ve bunların arıtma sırasında

yaratılan çeĢitli stres faktörleri altındaki davranıĢları da araĢtırmalarımız arasında yer almıĢtır. Arıtma çamurlarına

uygulanan iĢlemler sırasında patojen ve indikatör mikroorganizmaların giderimleri ve yeniden büyüme

potansiyelleri konvansiyonel kültür metotları ve moleküler metotlar kullanılarak (qPCR) incelenmiĢtir. Nonilfenol

grubu kirleticilerin arıtma çamurlarında aerobik ve anaerobik koĢullarda parçalanmasının izlenmesi yapılmıĢ,

ilgili mekanizmalar ortaya konmuĢtur. Aerobik ve anaerobik parçalanmada etkin olan mikroorganizmaların real-

time PCR ile göreceli kantitatif analizi gerçekleĢtirilmiĢ; Floresan In Situ Hibritleme (FISH) metodu ve floresan

mikroskop yardımıyla da ilgili mikroorganizmalar belirlenmiĢtir. Ayrıca nonilfenolü parçalayabilen çevresel

izolatların elde edilmesi, aerobik koĢullar altında NP‟nin bu izolatlar tarafından parçalanması, oluĢan ürünlerin

izlenmesi ve metabolik yolun belirlenmesi gerçekleĢtirilmiĢtir.

129

Prof. Dr. Göksel N. Demirer

Biyoteknoloji alanında yürütmekte olduğumuz çalıĢmalar atıksu ve katı atık yönetimi, atıklardan

biyoenerji/biyoürün eldesi ve sera gazı mitigasyonu konularında yoğunlaĢmaktadır.

Atıksu/katı atık yönetimi konusunda yürütülen çalıĢmalar arasında evsel ve endüstriyel atıksular (zeytinyağı,

Ģeker, peynir, kağıt üretimi, tekstil, alkollü içecek, alkaloid, vd.), katı atıklar ve artıklar (evsel katı atıkların

organik bölümü, hayvansal gübre, pamuk iĢleme atıkları, tarımsal artıklar, sera atık ve artıkları, vd.) ile arıtma

çamurlarının havasız ve ardıĢık (havasız ve havalı) sistemlerde arıtımı/ön arıtmı yer almaktadır. Ayrıca, yapay

sulakalanlarda evsel atıksu arıtımı bu konuda yürüttüğümüz diğer bir çalıĢmadır. Bu çalıĢmalarda farklı reaktör

konfigürasyonları, faklı mikrobiyel kültürler, iĢletme koĢulları, besleme protokolleri, mikrobiyel adaptasyon

stratejileri, vd. kullanılmıĢtır. Bunlara ek olarak, granülleĢme, fazlı ve ardıĢık biyoreaktör uygulamaları, toksisite,

renk giderimi, indirgen dehalojenizasyon, vd. alanlarda yaptığımız diğer araĢtırmalarda sentetik atıksularla da

çalıĢılmıĢtır.

Atıklardan biyo-enerji/biyo-ürün eldesi konusunda yaptığımız çalıĢmalar arasında endüstriyel atıksular, katı

atıklar ve artıklar, alg biyokütlesi ile arıtma çamurlarından biyogaz eldesi, Ģeker endüstrisi atıkları ve alg

biyokütlesinden biyohidrojen eldesi, Ģeker endüstrisi atıklarından, evsel katı atıkların organik bölümünden ve

hayvansal gübrelerden uçucu yağ asidi eldesi, arıtma tesisi çamurlarından ve hayvansal gübreden gübre (strüvit)

eldesi yer almaktadır.

Sentetik ve demir çelik endüstrisi baca gazlarından farklı alg kültürleri ile CO2 giderimi ise sera gazı mitigasyonu

konusunda yaptığımız çalıĢmalar arasındadır.

Doç. Dr. Bülent Ġçgen

Biyosorpsiyon, biyodegredasyon, biyoremidasyon, DNA probları ve hibridizasyon teknolojisi, çevresel genomik,

proteomik ve transkriptomik uygulamalarını kapsayan araĢtırmaları;

• ağır metal kirliliği gösteren yüzey sularında etkin biyorsorpsiyon yeteneği gösteren bakterilerin

atıksularda metal arıtımı çalıĢmalarında kullanılabilirliklerinin araĢtırılması, bakterilerdeki metal direnç

genlerini hedef alan DNA probları kullanarak ve/veya dizayn ederek flöresan in situ hibridizasyon

metodu ile metal biyosorpsiyonunda etkin olabilecek bakterilerin metal kirliliği gösteren yüzey

sularında in situ olarak takip edilmesi,

• deterjan kirliliği gösteren yüzey sularında, deterjan degredasyonunda etkin bakterilerin enzim

aktivitelerinin değerlendirilmesi, deterjan degradasyon yeteneklerinin belirlenerek atıksularda deterjan

uzaklaĢtırma çalıĢmalarında kullanılabilirliklerinin araĢtırılması, flöresan in situ hibridizasyon metodu

ile deterjan degredasyonunda etkin olabilecek bakterilerin deterjan kirliliği gösteren yüzey sularında in

situ olarak takip edilmesi ve deterjan degredasyon etkinliklerinin

belirlenmesi,

• metisilin ve vankomisin gibi halk sağlığı açısından önem arz eden

antibiyotiklere karĢi direnç sağlayan genlerin flöresan in situ

hibridizasyon metodu ile yüzey sularında in situ olarak takip

edilmesi, bu genleri taĢıyan ve aktarma yeteneği olan bakterilerin

yüzey sularındaki popülasyon yayılımlarının belirlenmesine yönelik

olarak prob dizaylarının yapılması,

• yüzey aktif maddeleri üreterek petrol ve petrol türevlerini parçalama

yeteneğine sahip bakterilerin enzim aktivitelerinin

değerlendirilmesi, degradasyon yeteneklerinin belirlenerek petrol

ve petrol türevleri ile kontamine olmuĢ yerlerin

biyoremidasyonunda kullanılması, flöresan in situ hibridizasyon

metodu ile bakterilerin hidrokarbon kirliliği gösteren yüzey

sularında in situ olarak takip edilmesi ve hidrokarbon degredasyon

etkinliklerinin belirlenmesi,

• evsel atık çamurların anaerobik reaktörlerdeki amonyum, sülfit ve

ozon uygulamalarında mikrobiyal konsorsiyum değiĢimlerinin flöresan in situ hibridizayon yöntemi

kullanarak belirlenmesi, konsorsiyumdaki dalgalanmaların modellenerek anaerobik reaktörlerdeki

verimin artırılması çalıĢmaları olarak özetlenebilir.

130

Askıda aerobik

çamurdan geliĢtirilen

aerobik granüller

Askıda

Çamur Granüller

Doç. Dr. Tuba Hande Ergüder Bayramoğlu

Anaerobik çevre biyoteknolojileri, atıksu arıtımı, biyogranülasyon teknolojisi ve yenilenebilir enerji/biyo-bazlı

ürün üretimi alanlarında yoğunlaĢan çalıĢmalarımızda, arıtılmadan doğaya bırakıldığında çevre sorunlarına yol

açacak atıkların/atıksuların yararlı ürünlere dönüĢtürülerek zararın en aza indirgenmesi, bu yolda çeĢitli biyolojik

proseslerin entegrasyonu ile maksimum fayda sağlanması, mikrobiyal kültürlerin araĢtırılarak

geliĢtirilmesi/aklimasyonu/tanımlanması araĢtırılmaktadır.

Anaerobik biyoteknoloji alanındaki çalıĢmalarımızda, dünyada ve ülkemizde önemli yeri olan agro-endüstrilerden

üretilen atıkların ve atıksuların yararlı biyo-ürünlere (metan, organik asitler, vb.) dönüĢtürülmesi araĢtırılmaktadır.

Bu bağlamda, farklı endüstrilerden üretilen atıklar/atıksular, evsel (organik) katı atıklar vb. ile anaerobik

arıtılabilirlik çalıĢmaları yapılmıĢ ve biyometan üretim potansiyelleri araĢtırılmıĢtır. ÇalıĢma sonuçları, birçok

agro-endüstriyel atığın organik kaynak olarak kullanılabileceğini ve anaerobik tesislerin ülkemizdeki kullanım

sahalarını göstermesi, ve sanayi-üniversite iĢbirlikli ortak çalıĢmalara yol göstermesi açısından önem taĢımaktadır.

Yenilenebilir-temiz enerji üretimi konusundaki araĢtırmalarımız sadece metan üretimini değil, önemli bir temiz

enerji kaynağı olan hidrojen üretimini de kapsamaktadır. Bu bağlamda, hidrojenin orijinal ve sentetik organik

maddeden karanlık fermentasyon ve fotofermentasyon yöntemleri ile biyolojik olarak üretimi ve reaktörlerin

entegrasyonu konusundaki çalıĢmalarımız yoğun bir Ģekilde devam etmektedir.

Klorlu bileĢiklerin dehalojenasyonu çalıĢmaları kapsamında, insektisitlerin (lindan

ve dieldrin) anaerobik olarak daha az tehlikeli ve takip eden aerobik reaktörde

parçalanabilir bileĢiklere dönüĢtürülmesi araĢtırılmıĢtır.Anaerobik toksisite

deneyleri ile söz konusu kimyasalların IC50 değerleri belirlenmiĢ, dehalojenasyon

için mikrobiyel aklimasyonun gerekliliği gösterilmiĢtir.

Biyogranülasyon alanında önemli bir yeri olan aerobik biyogranülasyon çalıĢmaları,

stabil granüler çamur üretiminde yaĢanan sorunlar sebebiyle birçok ülkede yoğun

olarak araĢtırılmaktadır. AraĢtırma grubumuz, bu bağlamda, aerobik granüllerin ve

ilgili reaktör teknolojisinin geliĢtirilmesi, aerobik granüllerin stabil yapısının

bozunmasına yol açan faktörleri ve bu problemin giderimi konularını

araĢtırmaktadır. Aerobik biyogranülasyon çalıĢmaları ile doğaya arıtılmadan deĢarj edildiğinde önemli çevre

sorunlarına yol açan atıksulardan nütriyent (C-N) giderimi de araĢtırılmaktadır. Aerobik granüler çamur yapısı ve

etkileyen faktörlerin araĢtırılması, moleküler teknolojilerin uygulanması yoluyla proseslerde yer alan kültürlerin

belirlenmesi ve proseslerin geliĢtirilmesinde kullanılmasına yönelik çalıĢmalarımız devam etmektedir.

Dr. Robert W. Murdoch

AraĢtırma konularım mikrobiyoloji, ekotoksikoloji ve moleküler biyoloji alanlarının çevresel sorunlara çözüm

getirme sürecinde uygulamalarını içermektedir.

Biyodegradasyon ve Metabolizma- Ġhtyaç doğrultusunda çevreye ve insan sağlığına zararlı kimyasalların doğal

ortamlarda ya da laboratuvar koĢullarında izlenmesi, biyolojik parçalanma proseslerinin belirlenmesi ve bu

kimyasalların parçalanmasından sorumlu mikroorganizmaların mikrobiyolojik ve moleküler yöntemlerle

tanımlanması çalıĢma alanlarımın temelini oluĢturmaktadır. Bu alan ile ilgili bir çalıĢmamızın konusu farmasötik

flurbiprofen (analjezik, Türkiye‟de “majezik” ismiyle piyasaya sürülen ağrı kesici) kimyasalının biyolojik

parçalanmasından sorumlu mikroorganizmaların mikrobiyolojik ve moleküler (RFLP, qPCR, FISH vs.) metotlarla

tanımlanması ve metabolik yolun belirlenmesidir.

Mikrobiyal Komünite Analizleri: Tanımlanması ve Kantitatif Tayini-Kültüre dayalı yöntemlerle

mikroorganizmaların belirlenmesi ve kantitatif tayini oldukça zaman alıcı ve

güvenilirlilik açısından tartıĢmalı yöntemler olmaları nedeniyle

mikroorganizmaların tanımlanmasında daha hızlı ve güvenilir sonuçlar veren

moleküler yöntemler tercih edilmektedir Bu alan ile ilgili bir projemizin konusu

patojen Salmonella bakterilerinin susuzlaĢtırılmıĢ aktif çamur örneklerinde

(biyokatı) PMA-gerçek zamanlı PCR yöntemi ile belirlenmesi ve kantitatif

tayinidir.

Biyoteknoloji ve Ekotoksikoloji-Modern biyoteknoloji ve moleküler alanda

meydana gelen geliĢmeler ile artık bu kimyasalların etkileri çok hızlı, daha

kapsamlı ve ucuz Ģekilde gerçekleĢtirilmektedir. Bu anlamda genetik

modifikasyonlarla tasarlanan mikroorganizmalar ilgili kimyasalların toksik

etkilerini belirlemekte kullanılmaktadır. ÇalıĢmalarda kullanılan yöntemler:

Rekombinant maya testi (YES) olarak tanımlanan östrojenik aktivite tayini

Floresan proteinler ile genetik olarak modifiye edilen bakteriler

131

ODTÜ MERKEZ LABORATUVARI

(MERLAB)

Orta Doğu Teknik Üniversitesi‟nde DPT tarafından desteklenen proje kapsamında 2004 yılı içinde

kurulan Merkez Laboratuvarı (MERLAB) değiĢik disiplinlerdeki araĢtırmacıların ortak ihtiyacı olan

ileri teknoloji test analiz ve karakterizasyon cihazlarının yer aldığı bir araĢtırma merkezidir. ODTÜ

Merkez Laboratuvar Rektörlüğe bağlı bir merkez olup. Bünyesinde AR-GE Eğitim ve Ölçme ile

Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji AR-GE Merkezlerini barındırmaktadır.

ODTÜ MERLAB bugüne kadar edinmiĢ olduğu saygınlığını ve itibarını korumak ve yükseltmek

amacıyla TS EN ISO/IEC 17025 standardına uygun olarak kalite yönetim sistemini kurmuĢ, ve Aralık

2013 tarihinde TÜRKAK tarafından akredite olmuĢtur. Bu sistemin etkinliğini ve sürekliliğini

sağlamak için çalıĢmalarını büyük bir dikkat ve özenle sürdürmektedir.

ODTÜ MERLAB AKREDĠTE METOTLAR

MOLEKÜLER BĠYOLOJĠ VE BĠYOTEKNOLOJĠ AR-GE MERKEZĠ

Laboratuvar Adı Metot

Adedi Deney Metodu Deney Adı

Genom Analiz

Laboratuvarı 4

CRLVL 12/05XP

CRLVL 08/05XP

foodproof® GMO

Sample Preparation

Kit Manual

ISO 24276

Gıda, Yem Numuneleri ve Tohumlarda

GDO Saptanması ve Miktar Tayini için DNA

Ġzolasyon Yöntemi

Kromatografi ve

Fermentasyon

Laboratuvarı

1 TS EN 12630

Meyve ve Sebze Suları – Glikoz, Fruktoz, Sorbitol

ve Sakaroz Muhtevası Tayini-Yüksek Performanslı

Sıvı Kromatografisi Metodu

AR-GE EĞĠTĠM VE ÖLÇME MERKEZĠ

Termal Analiz

Laboratuvarı 4

EN ISO 11357-1

EN ISO 11357-2

EN ISO 11357-3

TS EN ISO 11358

Plastikler- Diferansiyel Taramalı Kalorimetri (DSC)

Bölüm 1: Genel prensipler

Plastikler- Diferansiyel Taramalı Kalorimetri (DSC)

Bölüm 2: Camsı GeçiĢ Sıcaklığı Tayini

Plastikler- Diferansiyel Taramalı Kalorimetri (DSC)

Bölüm 3: KristalleĢme ve erime entalpisi ve

sıcaklığının belirlenmesi

Plastikler- Polimerlerin Termogravimetrik Analizi

(TG)

Mekanik Test

Laboratuvarı 4

EN ISO 527-1

EN ISO 527-2

EN ISO 527-3

ISO 6892-1

Plastikler- Çekme özelliklerinin tayini

Bölüm 1: Genel prensipler

Plastikler- Çekme özelliklerinin tayini

Bölüm 2: Kalıplama ve ekstrüzyon plastikleri için

deney Ģartları

Plastikler- Çekme özelliklerinin tayini

Bölüm 3: Film ve levhalar için deney Ģartları

Metalik Malzemeler - Çekme deneyi

Bölüm 1: Oda sıcaklığında deney metodu

132

ODTÜ MERKEZ LABORATUVAR BĠRĠMLERĠ

MOLEKÜLER BĠYOLOJĠ VE

BĠYOTEKNOLOJĠ AR-GE

MERKEZĠ

Doku Kültürü Laboratuvarı (DKL)

Elektroforez Sistem Laboratuvarı

(ESL)

Genel Kullanım ve Örnek Hazırlama

Laboratuvarı (GKL)

Genom Analiz Laboratuvarı (GEN)

Kromatografi ve Fermentasyon

Laboratuvarı (KFL)

Kütle Spektroskopi Laboratuvarı

(KSL)

Mikroskopi Laboratuvarı (MKL)

AR-GE EĞĠTĠM VE ÖLÇME MERKEZĠ

Duraylı Ġzotop Oranı Kütle Spektroskopi

Laboratuvarı (DĠL)

Elektrik, Manyetik ve Optik Özellikler Ölçüm

Laboratuvarı (EMOL)

Elektron Mikroskopi Laboratuvarı (EML)

Elektron Spin Rezonans Spektroskopi Laboratuvarı

(ESRL)

Kimyasal Analiz Laboratuvarı (KAL)

Kızıl Ötesi ve Raman Spektroskopi Laboratuvarı

(KORL)

Mekanik Test Laboratuvarı (MTL)

Nano-Mekanik Test Laboratuvarı (NMTL)

Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopi

Laboratuvarı (NMRL)

Parçacık Boyutu ve Zeta Potansiyel Ölçüm

Laboratuvarı (PZL)

Polimer Analiz Laboratuvarı (PAL)

Radyojenik Ġzotop Laboratuvarı (RĠL)

Reolojik Karakterizasyon Laboratuvarı (RKL)

Termal Analiz Laboratuvarı (TAL)

Transmisyon Elektron Mikroskopi Laboratuvarı

(TEML)

X-IĢını Difraksiyon Laboratuvarı (XRDL)

Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektroskopi

Laboratuvarı (YKL)

Yüzey Analiz Laboratuvarı (YAL)

Yüzey ve Gözenek Karakterizasyon Laboratuvarı

(YGL)

Kimyasal Özellikler

Elemental Moleküler

Yüzey

Fiziksel Özellikler

Termal

Optik

Morfolojik

Elektrik

Mekanik

Manyetik

133

BAZI ÖĞRETĠM ÜYELERĠNĠN ÇALIġMALARI

ASSOC.PROF. DR. AYġE GÜL GÖZEN

Microbial Ecology Laboratory

In my lab primarily we try to solve problems dealing with environmental pollution issues. One of

these issues that we concentrate on has been antibiotic resistance. Extensive use of antibiotics in

animal and fish farms fuels antibiotic resistance among environmental bacteria, due that these bacteria

become the reservoir for the spreading of resistance functions among human pathogens We try to

understand the mechanism underlying the changes occur at the genetic and epigenetic levels followed

by the acquisition of the resistance. We hope to define and measure the extents of macromolecular

changes so that we can come up with strategies and find means to reduce the increase of resistant

bacteria populations.

Other focus that we give equal share of attention is to investigate the macromolecular changes take

place upon heavy metal acclimation in bacteria. Heavy or transition metal accumulation in aquatic

environments has a direct effect on health. Bacteria that can be acclimated to grow under lethal or sub

lethal concentrations of these metals are very promising for environmental clean up as well as refining

of the metal rich discharges of industrial facilities. We try to define and measure the macromolecular

changes occurring upon metal acclimation in bacteria in hope to device ways to utilize their

capabilities in environmental clean-up technologies.

In my lab we approach the problems from molecular biology, genetics and physiology perspectives.

We always keep in mind and interpret our findings from the perspective of this basic question: How

can we use the information that we generate to solve an environmental issue.

Lab members: Tuba ÖzaktaĢ, Taha Ceylani, Rafiq Gourbanov, ġeyma Kepenek, Sıla Sungur,

Elif Sevli

Research Associates: Prof.Dr. Feride Severcan, Biophysics Laboratory

Prof.Dr. Meryem Beklioğlu, Limnology Laboratory

Prof. Dr. Zeki Kaya: Plant Genetics and Tissue Culture Laboratory

134

DOÇ. DR. CAN ÖZEN

METU SYBORG - Peptit Ġlaç KeĢif ve Tasarım Laboratuvarı

Doç. Dr. Can Özen‟in yürütücülüğünde 2010 yılından itibaren çalıĢmalarını sürdüren METU

SYBORG araĢtırma grubunda biyoaktif peptitlerin keĢif, karakterizasyon ve mühendisliği alanında

araĢtırmalar yapılmaktadır. ÇalıĢmalar ODTÜ Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve

Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi bünyesinde ve ODTÜ Doku Mühendisliği ve Biyomalzeme

Mükemmeliyet Merkezi (BIOMATEN) desteğiyle yürütülmektedir.

Peptitler (mini-proteinler) çok geniĢ bir biyolojik aktivite yelpazesine sahiptirler. Günümüze kadar

hormon, sitokin, toksin ve antimikrobiyal özelliğe sahip birçok önemli peptit molekülü bulunmuĢtur.

Özellikle son yıllarda biyolojik uygulamaları artıĢ gösteren kütle spektroskopisi gibi ileri teknikler

sayesinde, kanser, sinir hastalıkları, Ģeker hastalığı vb. önemli sağlık problemlerinin tanı ve

tedavisinde kullanılabilecek yeni peptitlerin keĢfi de büyük bir hızla devam etmektedir.

METU SYBORG‟un yürütmekte olduğu peptit yapısındaki ilaç keĢif ve tasarım çalıĢmalarında doğal

kaynak olarak özellikle araknid grubu (akrep ve örümcek) hayvan venomları kullanılmaktadır. KeĢif

çalıĢmalarına paralel yürütülen yapısal biyoloji ve protein mühendisliği projeleriyle fonksiyonları

geliĢtirilen yeni peptit moleküllerinin tasarım, üretim ve karakterizasyonu amaçlanmaktadır. Yürütülen

projeler kapsamında taksonomi, iyon kanalları, kütle spektroskopisi, peptit sentezi, inorganik kimya,

biyomalzeme ve doku mühendisliği, tarım biyoteknolojisi, kanser ve bilgisayar mühendisliği gibi

alanlarda uzman akademisyenlerle ortaklıklar yürütülmektedir.

Daha fazla bilgiye grubun web sayfası www.syborg.btec.metu.edu.tr adresinden ulaĢılabilir.

135

G. CANDAN GÜRAKAN

Süt Endrüstrisinde Laktik Asit Bakterileri

Süt endüstrisinde sütü fermente ederek sevilerek tüketilen yoğurt, peynir gibi farklı baĢka ürünlere

döndüren laktik asit bakterileri (LAB), baĢlangıç kültürleri olarak da isimlendirilirler. Yoğurtta 2

önemli organizma fermentasyon iĢlevi görürken, peynirlerde peynir tipine gore değiĢen daha geniĢ bir

LAB gurubu görev yapar. AraĢtırma gurubumuz ODTÜ Gıda Mühendisliği bölümünde süt ürünlerinde

fermentasyondan ve/veya probiyotiklerin üretiminden sorumlu Lactobacillus türleri ve Streptococcus

thermophilus suĢları ile çalıĢmalarını yürütmektedir. Bu mikroorganizmaların tür veya suĢ bazunda

birbirlerinden farklılaĢtırılmaları, biyokimyasal ve moleküler tanıları ise; gıda sektöründe güvenli

kullanımları, kalite, standardizasyon, patentleme gibi nedenlerle gereklidir.

Yoğurt Türkiye için çok tüketilen değerli bir süt ürünüdür. Farklı yoğurtların tadında ki değiĢiklik,

büyük ölçüde, sütü fermente eden bakteri suĢlarından kaynaklanmaktadır. Lactobacillus delbrueckeii

ssp bulgaricus ve Streptococcus thermophilus yoğurdu yapan bakterilerdir. Köylerimizdeki

yoğurtlar tüketicimizin damak tadına daha uygun olup bu organizmalarda suĢ bazında farklılık

göstermektedir. Yaptığımız çalıĢmalarda köylerden toplanmıĢ yoğurt örneklerinden izole edilen bu

organizmaların suĢları ile starter kültür oluĢturmak için birçok çalıĢma gerçekleĢtirilmiĢtir. Ġzole

edilen 160 kadar yoğurt suĢu ile tanı, karakterizasyon ve fajlara direnç calıĢmaları rapor edilmiĢtir

(Altay ve ark., 2014). Bu suĢlardan Lactobacillus delbrueckeii ssp bulgaricus ve Streptococcus

thermophilus suĢlarının birlikte seçici tanısı için, biyokimyasal metotlara göre daha kısa zamanda

tamamlanan PZR yöntemleri geliĢtirilmiĢtir (Cebeci ve Gurakan, 2008). Diğer bir çalıĢmada ise

Lactobacillus delbrueckeii ssp bulgaricus suĢlarının multilokus sekanslama ile ve RAPD- PZR

(random amplified polymorphic DNA-polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemlerinin kullanımı ile

kıyaslamalı biçimde tiplemesi yapılmıĢtır (Cebeci ve Gurakan, 2011).

PFGE patterns of Streptococcus thermophilus strains obtained with ApaI restriction enzyme: Lane 1 and 12, molecular size marker; Lane 2, K1-26; Lane 3, N6-1; Lane 4, Ta040-1; Lane 5, Yo-mix 410-3; Lane 6, N9-2; Lane 7, K1-9; Lane 8, N4-1; Lane 9, K1-29; Lane 10, K1-24; Lane 11, K1-23

Streptococcus thermophilus suĢları ile pulse field gel electrophoresis (PFGE) çalıĢmaları yürütülmüĢ

bu suĢların izole edildiği bölgeler bazında birbirlerine olan akrabalıkları tespit edilmiĢtir (yayın için

gönderildi). Ayrıca, üç farklı primer seti kullanılarak Streptococcus thermophilus suĢları için RAPD

136

yönteminin optimizasyon çalıĢmaları yapılmıĢ OPI-02 MOD primeri, S. thermophilus suĢları için

tekrarlanabilir profillerin eldesinde en güvenilir primer seti olarak tespit edilmiĢtir.

Laktik asit bakterilerinin probiyotik kullanımları da ekibin ilgi alanına girmiĢtir. Lactobacillus

plantarum suĢları probiyotik özellikleri açısından incelenmiĢtir (Cebeci ve Gurakan, 2003).

Kefirlerden izole edilen Lactobacillus cryspatus suĢunın probiyotik özelliklerinin tespiti çalıĢmaları

devam etmektedir.

Kaynaklar:

-Altay, N., Acar-Soykut, E., Gurakan, G.C. 2014. Phenotypic diversity and technological properties of yogurt cultures

isolated from traditionally produced Turkish yogurts with comparison to commercial starter cultures. Italian Journal of Food

Science (Basımda)

-Cebeci A., ve Gurakan, G.C. 2003. Properties of potential probiotic Lactobacillus plantarum strains. Food Microbiology 20

(2003) 511–518

-Cebeci A., ve Gurakan, G.C. 2008. Molecular methods for identification of Lactobacillus delbrueckiisubsp. bulgaricus and

Streptococcus thermophilus using methionine biosynthesis and 16S rRNA genes. Journal of Dairy Research 75 392–398.

- Cebeci A., ve Gurakan, G.C. 2011. Comparative typing of L. delbrueckii subsp. bulgaricus strains

using multilocus sequence typing and RAPD–PCR. Eur Food Res Technol (2011) 233:377–385.

-Ghazi, F., Benmechernene, Z., Kihal, M., ve Gurakan, G.C. 2013. The reproducibility of random amplified polymorphic

DNA (RAPD) profiles of Streptococcus thermophilus strains with XD9, M13 and OPI-02 MOD primers. African Journal of

Biotechnology, 12(44), pp. 6245-6252,

137

DOÇ. DR. ÇAĞDAġ DEVRĠM SON

Hücre zarında bulunan reseptör ve iyon kanallarının birbirleri ile olan etkileĢimleri:

Laboratuvarımda halen devam etmekte olan deneylerde, model bir GPCR olan maya α-faktör feromon reseptörü

(Ste2p) yeĢil floresan protein (GFP) türevleri ve bölünmüĢ EGFP parçaları ile iĢaretlenmekte, reseptörlerin

sentezlenmelerinden, parçalanmalarına kadar geçen tüm süre zarfında hücre içinde ve hücre zarındaki hareketleri

izlenerek bu reseptörlerin nerede ve nasıl eĢleĢtikleri değerlendirilmekte, son olarak transkripsiyon sonrası

reseptörlerde gerçekleĢen glikozilasyon ve fosforilasyonun reseptör eĢleĢmesine olan etkileri araĢtırılmaktadır.

Bu çalıĢmalarda edinilen bulguların diğer GPCR ailelerine uyarlanması ile, bu büyük reseptör grubunun gerek

reseptör sentezindeki dinamikleri, gerekse ligand etkileĢimleri ile ilgili cevaplanmamıĢ ya da GPCR‟lerin yalnız

iĢlev gördüğü varsayımı ile sınırlı Ģekilde yorumlanmıĢ temel soruların cevaplanması mümkün olacaktır.

EGFP Bright Field Merged

DK102 yeast cells which co-express truncated Ste2p receptors labeled with N-EGFP (1-158) and C-EGFP (159-

239) at position 304. (a) shows DK102 yeast cells expressing truncated Ste2p receptors labeled with full length

EGFP at position 304, (b) shows DK102 yeast cells with N-EGFP (1-158) and C-EGFP (159-239) fragment

inserted into truncated Ste2p (304) respectively

138

Makale Bilgisi: A1. Mehmet Emre Sahin, Tolga Can, and Cagdas Devrim Son. GPCRsort-Responding to the Next Generation

Sequencing Data Challenge: Prediction of G protein-coupled receptors classes using Structural region lengths.

OMICS: A Journal of Integrative Biology (2014)

A2. Srinivasan R, Pantoja R, Moss FJ, Mackey ED, Son CD, Miwa J, Lester HA. Nicotine up-regulates

{alpha}4{beta}2 nicotinic receptors and ER exit sites via stoichiometry-dependent chaperoning. J Gen Physiol

(2011) Jan;137(1):59-79

A3. Cagdas D. Son, Fraser J. Moss, Bruce N. Cohen, Henry A. Lester. Nicotine Normalizes Intracellular

Subunit Stoichiometry of Nicotinic Receptors Carrying Mutations linked to Autosomal Dominant Nocturnal

Frontal Lobe Epilepsy. Molecular Pharmacology Fast Forward. Published on February 23, 2009 as

DOI:10.1124/mol.108.054494.

A4. Lester HA, Xiao C, Srinivasan R, Son CD, Miwa J, Pantoja R, Banghart MR, Dougherty DA, Goate AM,

Wang JC. Nicotine is a Selective Pharmacological Chaperone of Acetylcholine Receptor Number and

Stoichiometry. Implications for Drug Discovery. AAPS J. (2009) March; 11(1):167-77.

A5. George K. E. Umanah, Cagdas Son, FaXiang Ding, Fred Naider and Jeffrey M. Becker. Cross-Linking of a

DOPA-Containing Peptide Ligand into Its G Protein-Coupled Receptor. Biochemistry Biochemistry (2009)

March; 48(9):2033-44.

A6. Li-Yin Huang, George Umanah, Melinda Hauser, Cagdas Son, Boris Arshava, Fred Naider, and Jeffrey M.

Becker. Unnatural amino acid replacement in a yeast G protein-coupled receptor in its native environment.

Biochemistry (2008) May; 47(20):5638-48.

A7. Byung-Kwon Lee, Kyung-Sik Jung, Cagdas Son, Heejung Kim, Nathan C. VerBerkmoes, Boris Arshava,

Fred Naider, and Jeffrey M. Becker. Affinity purification and Characterization of a G-Protein Coupled Receptor,

Saccharomyces cerevisiae Ste2p. Protein Expression and Purification (2007) Nov; 56(1):62-71.

A8. Cagdas D. Son, Hasmik Sargsyan, Hurst GB, Fred Naider, Jeffrey M. Becker. Analysis of Ligand-Receptor

Cross-linked Fragments by Mass Spectrometry. Journal of Peptide Research (2005) Mar; 65(3):418-26

A9. Cagdas D. Son, Hasmik Sargsyan, Fred Naider, Jeffrey M. Becker. Identification of binding regions of the

Saccharomyces cerevisiae -factor pheromone receptor (Ste2p) by photo-affinity cross-linking. Biochemistry

(2004) Oct 19; 43(41):13193-203

A10. Andjelka ģeliĤ, Negin P. Martin, Cagdas D. Son, Jeffrey M. Becker, Fred Naider, and Mark E. Dumont.

Sequences in the Intracellular Loops of the Yeast Pheromone Receptor Ste2p Required for G Protein Activation.

Biochemistry (2003) Mar 18; 42(10):3004-17.

A11. Lee BK, Lee YH, Hauser M, Son CD, Khare S, Naider F, Becker JM. Tyr266 in the sixth transmembrane

domain of the yeast -factor receptor plays key roles in receptor activation and ligand specificity. Biochemistry

(2002) Nov 19; 41(46):13681-9.

A12. L. Keith Henry, Sanjay Khare, Cagdas Son, Fred Naider and Jeffrey M. Becker Identification of a contact

region between the tridecapeptide -factor mating pheromone of Saccharomyces cerevisiae and its G protein-

coupled receptor by photo-affinity labeling. Biochemistry (May 2002) 14; 41(19):6128-39.

Patent Bilgisi :

Moss, Fraser J, Son, Cagdas D., Srinivasan, Rahul, Lester, Henry A. Methods and systems for detection of stoichiometry by

Föster resonance Energy. US Pattent No: US8,642,352 B2, U.S. Divisional Application No.: 14/133,194, CIT File No.: CIT-

5311-D, (Feb 2014)

Tez BaĢlıkları: Gözde KumaĢ, Detecting G-Protein Coupled Receptor Interactions Using Enhanced Green Fluorescent Protein Reassembly,

2012

Yürütülen Projeler ve Projelerde Yaptığı Görevler : “Adenozin 2a ve Dopamin 2 Reseptörlerinin Homo ve/veya Heteromerlerinin G Proteinleri Ġle EtkileĢiminin Canlı Nöron

Hücrelerinde Analizi ve Bu EtkileĢimlerin Sinyal Yolakları Üzerindeki Etkileri” Tübitak 1001 AraĢtırma Projesi, proje

No:113Z639, Proje Yöneticisi, 2014-2017

“Kokain Ve Amfetamin Ile Regüle Edilen Transcript" (Cart) Peptidini Tanıyan G-Proteine Kenetli Reseptör Adaylarının

Tayini” Tübitak 1002 AraĢtırma Projesi, proje No:112T717, Proje Yöneticisi, 2013-2014

“G Proteine Kenetli Reseptörlerin EĢleĢmesi: Yapı-ĠĢlev Analizi Ve Moleküler Mekanizmalar” Tübitak 1001 AraĢtırma

Projesi, proje No: 110T414. Proje Yöneticisi, 2010-2013

“Interactions between G-protein Coupled Receptors and Ligand Gated Ion Channels”, Marie Curie Reintegration Grant FP7-

PEOPLE-2010-RG Proposal N° 268336. Proje Yöneticisi, 2010-2014

“Nicotinic Receptor Upregulation by Nicotine: Molecular Mechanisms”, Philip Morris External Research Program, Proje

Yöneticisi, 2007-2009

139

DOÇ. DR. DENĠZ ÇEKMECELĠOĞLU

Gıda Biyoteknolojisi

Gıda Mühendisliği Bölümü Biyoproses Laboratuvarı‟nda çalıĢan grubumuzun misyonu gıda ve

tarımsal atıklardan katma-değerli ürünler üretmek, ürün verimini arttırmaya yönelik proses tasarlamak

ve optimizasyonu sağlamaktır. Ġlkemiz, atık maddelerin yenilenebilir zengin kaynaklar olduğunu

çalıĢmalarımızla kanıtlayarak sıfır atık yönetim sistemini toplum yararına sunmaktır. Buna göre

projelerimiz aĢağıdaki gibidir:

Lignoselülozik

Hammaddenin ÖniĢlem ve

Enzimatik Hidrolizi:

Lignoselülozik biyokütlenin

enzimler veya asit ve alkali

gibi bazı kimyasal ön

iĢlemlerle kontrollü bir Ģekilde

parçalanmasıyla monomerik

Ģekerlere dönüĢüm

sağlanabilir. Elde edilen bu

monomerik Ģekerler, uygun

mikroorganizmalar ile sıvı biyo-yakıt, organik asit ve enzim üretimine

dönüĢtürmek mümkün olmaktadır. Böylece sadece direk yakılarak

kullanılan birçok tarımsal atık, değerli

ürünlere dönüĢtürülebilmektedir. Asit ve

alkali öniĢlem uygulamasına dair Ģematik

gösterim verilmiĢtir.

Biyoetanol: Hammadde olarak gıda ve

tarım endüstrisi atıkları kullanılmaktadır.

Fermente edilebilir Ģekerler ön iĢlem ve enzimatik hidroliz ile üretilir.

Erlen (250 mL) ve fermentör (2 L) ortamında biyoetanol üretimi optimize

edilmektedir. Fermentasyon Saccharomyces cerevisiae ve Kluyveromyces

marxianus mayaları kullanılarak gerçekleĢtirilmektedir.

Gıda Endüstrisi Atıklarından Enzim Üretimi: Enzim ve fermentasyon

teknolojisi alanındaki hızlı geliĢmeler endüstriyel enzimlerle ilgili yapılan araĢtırmaların daha da önem

kazanmasına neden olmuĢtur. Endüstriyel enzimler için ürün maliyetinin %30-40‟ını kültür ortamının

maliyeti oluĢturduğu göz önüne alındığında, maliyeti düĢürmek amacıyla bol ve ucuz ham maddelerin

kullanımının sağlanması son yıllarda araĢtırmacıların üzerinde önemle durduğu hususlardan biridir.

Tarımsal atıkların arasında buğday kepeği baĢta

olmak üzere soya, Ģeker pancarı, patates kabukları

ile mısır, Ģeker kamıĢı, çeĢitli meyve posaları, yağ

iĢleme endüstrilerinin atıkları gibi iĢlem sonrası

geriye kalan atıklarla çok çalıĢma yapıldığı

görülmektedir. Bu bağlamda, laboratuarımızda

fındık kabuğu kullanılarak pektinaz ve ksilanaz

enzim üretimleri gerçekleĢtirilmiĢtir.

140

Hemiselülozun alkali yöntem ile özütlenmesi ve yenilebilir kaplama maddesi olarak

kullanılması: Film oluĢturma kapasitesi olan hemiselüloz, fındık kabuğu, mısır kabuğu ve Ģeker

pancarı küspesi gibi tarımsal gıda atıklarından alkali özütleme yöntemiyle elde edilmektedir. Bu

Ģekilde, hemiselüloz değerlendirilerek tarımsal atıkların katma değeri arttırılacak ve ekonomide

canlılık ile çevreci yaklaĢım elde edilecektir.

Sonuç olarak, hemiselüloz kaplama çözeltisi

muzda kararma ve diğer kalite kayıplarını

önleyici, yenebilir kaplama maddesi olarak

kullanılmıĢ ve kayısı kurutmada kimyasal

yöntem olan kükürtlemeye alternatif bir çözüm

olarak araĢtırılmıĢtır.

Biyolojik ĠyileĢtirme Uygulamaları (Bioremediation): Laboratuvarımızda çevre ve insan sağlığına

olumsuz etkileri olan kirliliklerin giderilebilmesi için çalıĢmalar da yapılmaktadır. Yağ üretimi

sonrasında arta kalan ve yüksek besin içeriğine sahip yerfıstığı küspesinde bulunan aflatoksinin

fermentasyon yoluyla ayrıĢtırılması ve hayvan yemi olarak kullanımı Prof.Dr. Faruk Bozoğlu ile ortak

hedeflerimizden birdir.

Ayrıca, gıda ve tarım atıkları karıĢımları doğal mikroflora kullanılarak karıĢık kültür halinde

kompostlanmaktadır. Kompost adı verilen son ürün çiftçilerin organik gübre gereksinimini

karĢılayacak niteliktedir ve uygulama alanı geniĢtir.

141

PROF. FERĠDE SEVERCAN

Saglık Bioteknolojisi ve Gıda Biyoteknolojisi

Prof. Feride Severcan‟ın laboratuvarında spektroskopik ve kalorimetrik ve kromotografik metodların

ve özellikle de Fourier transform infrared (FTIR) spektroskopisi ve mikroskopisi tekniklerin değiĢik

biyolojik sistemlere ve gıdalara uygulamaları yapılmaktadır. Örneğin; bir Y.lisans öğrencisi tezini,

ıĢınlanmıĢ fındık dokusunun infrared spektroskopisi ile karakterizasyonu üzerine yapmıĢtır. Modern

nükleer teknolojiler, çevre dostu karbondioksit emisyonları olmayan yeni teknolojiler olarak, gıda

sektöründe ürünün güvenli bir Ģekilde muhafazası için dünya çapında kullanılmaktadır. Gama ve X

radyasyonları ile gıda ıĢınlanması teknikleri sayesinde patojen mikroorganizmalar zararsız hale

gelmekte, gıdalarda filizlenme, böceklenme ve bozulma önlenmekte ve raf ömrü uzatılmaktadır.1980

yılında BirleĢmiĢ Milletler Gıda ve Tarım Örgütü (FAO), Dünya Sağlık TeĢkilatı (WHO) ve

Uluslararası Atom Enerjisi Ajansı (IAEA) 10 kGy‟e kadar dozlarla ıĢınlanmıĢ gıdalarda sağlığa zararlı

bir değiĢiklik oluĢmadığı ve gıda güvenirliliği sağlandığını açıklamıĢtır. Bu nedenle çalıĢmamızda 1,5

kGy ve 10 kGy dozlarında gama ıĢınlamasının fındık dokusundaki etkileri analiz edilmiĢtir. DüĢük

dozun fındık dokusundaki lipit ve proteinlerde zararlı bir değiĢikliğe sebep olmadığı, ancak yüksek

dozun ise lipit konsantrasyonunda azalma ve peroksidasyonla birlikte proteinlerin ikincil yapısını

değiĢtirdiği,agregasyon ve denatürasyona yol açtığı belirlenmiĢtir. Food Chemistry de yayınlanan bu

çalıĢma 50 kez atıf almıĢtır [Dogan v.d, 2007]. ÇalıĢmamız, bu alanda yapılmıĢ ilk çalıĢma olma

özelliğine sahiptir ve gama ıĢınlamanın sebep olduğu moleküler düzeydeki yapısal ve konformasyonel

değiĢiklikleri izlemede FTIR Spektroskopisinin etkili ve umut verici bir teknik olduğunu ve gıda

sektöründe ıĢınlanmıĢ gıdaların belirlenmesinde uygulanma potansiyeli olduğunu göstermiĢtir. Bu

çalıĢma nedeniyle tanınmıĢ bir kitabevi (John Wiley) tarafından basılan bir kitaba bölüm yazma teklifi

gelmiĢtir [Severcan ve Bozkurt, 2010].

Diğer bir Y. Lisans tezinde literatürdeki farklı sonuçlara katkıda bulunmak için evde beyazlatma

(17% karbamid peroksit) ve ofiste beyazlatma (35% hidrojen peroksit) uygulamalarının insan diĢi

üzerine etkileri FTIR spektroskopisi kullanılarak moleküler düzeyde incelenmiĢtir [Severcan v.d.

2008]. Her iki beyazlatma metodunun etkileri dentin üzerinde ihmal edilebilir düzeyde

gözlemlenmiĢtir. Elde edilen sonuçlar ofiste beyazlatmanın minenin kristal yapısına ve

mineralizasyonuna zararlı etkileri olduğunu ve diĢte moleküler seviyede oluĢabilecek değiĢiklikler

açısından evde beyazlatmanın ofiste beyazlatmadan daha güvenli olduğunu gösterilmiĢtir.

Ġnfrared spektroskopisi ve mikroskopisi Mezenkimal kök hücreler (MKH) lere de uygulanmıĢ ve bir

öğrencinin doktora tez çalıĢmasını oluĢturmuĢtur. MKH farklı hücre tiplerine farklılaĢabilme

özellikleri ile doku yenilenmesi ve devamlılığındaki önemli rollerinden ötürü son yıllarda hücresel

tedavide ve yenileyici tıpta ilgi odağı olmuĢlardır. Böylece hücresel tedavi amaçlı kullanılabilecek kök

hücrelerin saflığının ve farklılaĢma basamaklarının belirlenmesinde; hücrelerin doğru

karakterizasyonu ve tanısında güvenilir, hassas, hızlı, ucuz ve hücreye zarar vermeyen yeni

yöntemlerin gerekliliğini doğurmuĢtur. Bu çerçevede titreĢim spektroskopisi kök hücre biyolojisinde

hücrelerin moleküler seviyede analizi ve görüntülenmesi için gerçek zamanlı bilgi veren umut vadeden

bir teknik olarak düĢünülmektedir [Aksoy ve Severcan, 2012]. Bu amaçla iki farklı çalıĢma

tasarlanmıĢ; ilkinde talasemi hastalığında diğerinde ise farklı yaĢ gruplarındaki sağlıklı vericilerden

elde edilen kemik iliği MKH‟leri Fourier Transform Kızılötesi (FTIR) Spektroskopisi ve

mikrospektroskopisi kullanılarak moleküler seviyede karakterize edilmiĢtir. Talasemi ile ilgili

çalıĢmada sağlıklı kontrol, kemik iliği nakli tedavisi öncesi ve sonrasındaki BM-MKH‟lere ait örnek

grupları incelenmiĢtir ve sonuçlar etki faktörü 4.7 olan Stem Cells and Development dergisinde

yayınlanmıĢtır [Aksoy v.d. 2012a], Bu sonuçlar FTIR mikroskospisi yöntemi ile de doğrulanmıĢtır

[Aksoy v.d. 2012b]. BM-MKH‟ler üzerinde verici yaĢının etkilerinin araĢtırıldığı diğer çalıĢmada ise

beĢ farklı yaĢ grubuna ait BM-MKH‟ler arasındaki farklılıklar yine aynı tekniklerle belirlenmiĢtir.

Genç yaĢtaki sağlıklı vericilerden elde edilen BM-MKH‟lerin hücresel tedavide kullanımının daha

baĢarılı sonuçlar elde edilmesine yardımcı olacağı bulunmuĢtur ve sonuçlar konusunun en iyi dergisi

olan Age (etki faktörü:4.3) dergisinde yeni basılmıĢtır.

142

Kaynakça:

Aksoy C., Kaya, FA., Uckan D., Severcan F., “Novel Molecular Markers Monitoring Donor Age

Effect on Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells: FTIR Spectroscopy and Imaging Study. Age,.

2014, 36:9691.

Aksoy C., Guliyev A., Kilic E., Uckan D., Severcan F., “Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells

in Patients with Beta Thalassemia Major: Molecular Analyses with ATR-FTIR Spectroscopy

Study As A Novel Method”. Stem Cells and Development, 2012a, 21(11), 2000-2011.

Aksoy C., Uckan D., Severcan F., “FTIR Spectroscopic Imaging of Mesenchymal Stem Cells in

Beta Thalassemia Disease State”. Biomedical Spectroscopy and Imaging, 2012b, DOI

10.3233/BSI-2012-0006, pp. 67-78.

Aksoy C., ve Severcan F., “Role of Vibrational Spectroscopy in Stem Cell Research”. Invited

Review Article. Spectroscopy: An Int. Journal, 2012, Vol. 27 (3), 167-184.

Dogan A. Siyakus G. and Severcan F. FTIR Spectroscopic Characterization of Irradiated

Hazelnut (Corylus avellana L.). Food Chemistry, 2007, 100 (3) , 1106-1114.

Severcan F and Ozlem Bozkurt. Applications of Vibrational Spectroscopy in Food Science.

Edited by E. Li-Chan, P. R. Griffithsand, J. M. Chalmers. 2010 John Wiley & Sons, Ltd.

Severcan F, K.Gokduman, A.Dogan, S. Bolay, S. Gokalp, Applied Spectroscopy, 2008, 62 (11),

1274-9.

143

DOÇ. DR. ĠREM EREL

Akıllı Polimer Filmler AraĢtırma Grubu

AraĢtırma grubumuzun yürüttüğü çalıĢmalar polimer

kimyası, nanoteknoloji ve biyomedikal mühendisliğinin

kesiĢtiği alanda yoğunlaĢmaktadır. Temel amacımız pH,

sıcaklık, manyetik ve elektriksel alan gibi dıĢ etkilerin

değiĢtirilmesi ile yüzey özelliklerini ayarlayabilen ultra-

ince “akıllı” polimer filmleri tasarlamak, üretmek ve

fizikokimyasal özelliklerini tanımlamaktır. Bu nano-

boyutlu akıllı yüzey kaplamalarının yüksek teknoloji

ürünü elektronik cihazlardan biyomedikal

mühendisliğine geniĢ uygulama alanları mevcuttur.

Bakteri yapıĢmasını engelleyen özellikler

taĢıyan yüzey kaplamaları, kontrollü

ilaç/protein/gen salımının gerçekleĢtiri-

lebileceği polimer platformlar, yüzeyi

iĢlevselleĢtirilmiĢ biyomedikal gereçler

çalıĢmalarımız sonucunda üretilen bilginin ve

geliĢtirilen malzemelerin uygulama alanlarının

en önemli örneklerindendir. Odaklandığımız

araĢtırma projeleri ileride daha geliĢmiĢ

sistemlerin hazırlanması yolunda gereken temel

bilginin oluĢturulması ve bu sistemlerin

biyolojik uygulamalardaki kullanılabi-

lirliklerinin önünü açmasını hedeflemektedir.

pH

http://www.longestlife.com/ebook/change.html

ġekil 3. Kontrollü ilaç salımı için polimer miseller

ġekil 1. Ağız yoluyla ilaç taĢınımı için pH‟ye duyarlı polimer hazneler

ġekil 2. Bakteri YapıĢmayan Yüzeyler

144

PROF. DR. LEVENT TOPPARE

Biyosensör AraĢtırma Grubu

Prof. Dr. Levent Toppare (toppare@metu.edu.tr)

Fulya Ekiz Kanik (Doktora öğrencisi)

Melis Kesik (Doktora öğrencisi)

Saniye Soylemez (ÖYP)

Seyda Vanlı (Yüksek Lisans öğrencisi)

Janset Turan (Yüksek Lisans öğrencisi)

AraĢtırma konularımız iletken polimerler tabanlı biyosensörler ve fotovoltaik araçlar geliĢtirilmesini ve

uygulamalarını içermektedir. Bu amaçlara yönelik kullanılmak üzere birçok organik polimer tasarlayarak

sentezlemekteyiz. Ġletken polimer tabanlı biyosensörler geliĢtirdiğimiz laboratuvarımızda glukoz, kolesterol ve

tarım ilaçları gibi birçok önemli maddenin nitel ve nicel tayinini gerçekleĢtirmekteyiz. Bu çalıĢmalarda, çeĢitli

iletken polimerler sentezlenerek biyosensör hazırlanmasında biyokatman geliĢtirilmesinde kullanılmaktadır ve

bu sayede geleneksel biyosensörlerin aksine cok daha hassas ve uzun ömürlü biyosensörler elde edilmektedir.

Uygulamalarımızda, çeĢitli enzimleri biyolojik bileĢen ve iletken polimerleri immobilizasyon matrisi olarak

kullanmaktayız. Ek olarak, iletken polimerlerin elektrokimyasal ve morfolojik özelliklerini birçok nanomaterial

kullanımı ve çeĢitli yüzey modifikasyonları ile geliĢtirmekteyiz. ÇalıĢmalarımızda, biyolojik moleküllerin iletken

polimerlerle birleĢtirilmesi, altın nanoparçacıkların ve karbon nanotüplerın etkileri ile çeĢitli yüzey tasarımları

araĢtırılmaktadır.

SeçilmiĢ yayınlar:

1. Fulya Ekiz, Funda Oğuzkaya, Mehriban Akin, Suna Timur, Cihangir Tanyeli and Levent Toppare, Synthesis and

application of poly-SNS-anchored carboxylic acid: a novel functional matrix for biomolecule conjugation, J. Mater.

Chem., 2011, 21, 12337-12343.

2. Melis Kesik, Fulya Ekiz Kanik, Gönül Hızalan, Duygu Kozanoglu, Emren Nalbant Esenturk, Suna Timur, Levent

Toppare, A functional immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized gold nanoparticles:

Synthesis and its application as an amperometric glucose biosensor, Polymer, 2013, 54, 4463-4471.

3. Saniye Soylemez, Fulya Ekiz Kanik, Sema Demirci Uzun, Serife O. Hacioglu and Levent Toppare, Development

of an efficient immobilization matrix based on a conducting polymer and functionalized multiwall carbon

nanotubes: synthesis and its application to ethanol biosensors, J. Mater. Chem. B, 2014,2, 511-521.

145

Y. DOÇ. MECĠT HALĠL ÖZTOP

Gıda Biyoteknelojisinde Manyetik Rezonans Görüntüleme Tekniği ve DüĢük

Rezolüsyonlu NMR Relaksometre Uygulamaları

Gıda Görüntüleme Laboratuarında, bilimde

kullanılan en son teknolojilerin gıda alanında

uygulanmasıyla birlikte geliĢtirilebilir ve

uygulanabilir araĢtırmalara ev sahipliği yapmak

ana amaçlarından biridir. Bunun ıĢığında, Ģuan

geliĢtirilmekte olan projeler;

Lignosellülozik yapıların Enzimatik Hidrolizi:

Biyoteknolojide lignoselülozik biyokütleler

sahip oldukları glikoz potansiyeli sebebiyle

fermentasyon için uygun yapılardır. Ancak,

karmaĢık biyolojik yapılar oldukları için bir

takım ön iĢleme ihtiyaç duyarlar.

Selüloz kaynağı olarak seçilen mısır koçanı ,

ayçiçeği küspesi, nar kabuğu enzimatik hidrolize uygun kılabilmek için konvansiyonel ısıtma ve

alkali ön iĢlemleri uygulanır. Enzim verimini tespit edebilmek için Manyetik Rezonans Görüntüleme

ve NMR Relaksometre tekniklerini kullanarak sürecin kinetiğiyle iliĢkilendirip verim tespitinin

yapılması hedeflenmektedir.

Avrupa Birliği‟nin önem verdiği üzere 2030‟lu

yıllarda yakıtın önemli bir kısmı biyo kütlelerden

sağlanacaktır.

Manyetik Rezonans Görüntüleme ile tohumlarda

viral hastalıkların erken teĢhisi: Bakteriyel ve viral

hastalıklar tarımda verimi etkileyen en önemli

etmenlerden biridir. Bu tip tohum kökenli

hastalıklarla, etkin bir mücadele yönteminin olmaması

üretimi olumsuz yönde etkiler. Genellikle, bu

ürünlerin tespiti için çok fazla zaman ve yüksek

maliyet gerektiren genetik teknikler kullanılmakta olup sadece seçilmiĢ bir grup tohum için

uygulanabilmektedir.

Ancak, sağlıklı bir yetiĢtiricilik için hızlı, güvenilir ve tahribatsız bir yöntem geliĢtirilmesi

hedeflenmektedir. Nükleer Manyetik Rezonans teknikleri

kullanarak kontaminasyon riski yüksek tohumları erken teĢhis

ederek tarlada ürün veriminin artırılması amaçlanmaktadır.

Dünya nüfusunun hızla artması ve tarım alanlarının kısıtlı

olması, tarımda bu tip yöntemlerin önemini artıracaktır.

Antimikrobiyal etken maddeler kullanılarak akıllı kese

kağıdı tasarımı: Gıdalarda raf ömrünü uzatmak ve ürünün

kalitesini arttırmak için doğal antimikrobiyal etkili aktif

maddeler sayesinde akıllı kese kağıdı tasarlanabilecektir. Bu

aktif maddelerin antimikrobiyal etkilerinin yanı sıra, gıdalara su

146

geçiĢinde engelleyebilmektedir.

Kekik, biberiye, nane esansiyel yağları ve kırmızı biberin etken maddelerinin kese kâğıtlarına

daldırma ve püskürtme yöntemleriyle uygulanarak gıdaların raf ömrünü arttırmakta kullanılabilir.

Manyetik Rezonans Görüntüleme ile ise mikrobiyal büyüme ve su geçiĢleri kontrol edilebilecektir.

Günümüzde, gıda paketlemesi ürünlerin raf ömrünü etkileyen en önemli unsurlardan biridir.

Gıdalarda raf ömrünü uzatmak için fonksiyonel kağıt

tasarımı: Gıda kalitesi ve güvenliği, aktif paketlemenin

içerisindeki antioksidan ve antimikrobiyal maddelerle

mümkün olabilmektedir. Ancak, sentetik etkin maddelerin

sağlığa ve çevreye kaygısı yüzünden doğal ekstraktlar olan

talep olumlu yönde artmıĢtır.

Gıdaların raf ömrünü arttırmak için, buzdolaplarında ve

paketlerin altında kullanılmak üzere etken maddelerden

kullanılarak elde edilen fonksiyonel kağıtların üretilmesi

amaçlanmaktadır. Aktif bileĢenlerin, selüloz matris içerisinde

hapsedilmesinden dolayı bu fonksiyonel kağıtların

antimikrobiyal bir özelliğe sahip olması hedeflenir.

PaketlenmiĢ gıdalarındaki mikrobiyal büyüme dolayı gıda bozulmalarının artması, paketleme

sektörünü aktif paketleme sistemlerinin geliĢtirilmesine önem verilmesini sağlayacaktır.

147

DOÇ DR SREEPARNA BANERJEE

LIPOXIB - Nano-lipozomlar yoluyla kanseri hedeflemek

Amaç: Non steroidal Anti-iflamatuvar ilaç olan Celecoxib‟in, EGFR antikoru yardımıyla kanserli

hücreye ulaĢtırılması. Böylece, Celecoxib gönderimindeki kardiyovasküler yan etkileri azaltır. Hedefli

kanser terapisi, kemoterapinin baĢka hücrelerde ortaya çıkarabileceği yan etkileri azaltır. Katı tümörler

genellikle EGFR proteinini fazla ifade etmektedirler. Bu yeni lipozom formülü lipozomun, EGFR

sentezleyen kanser hücrelerine hedeflenmesini sağlayarak, toksik olmayan, biyo-uyumlu bir çözüm

sunmaktadır.

Teknik Özellikler: Bu buluĢ, ekstrüzyon yöntem ile yapan 1,2-Distearoyl-sn-glycero-3-

phosphocholine (DSPC) ve polyethylene glycol (PEG) olan nanopartiküller içermektedir. Celecoxib,

lipit çiftkatmanı tarafından kapsanmaktadır. EGFR antikorunun Fab PEG zincirlerinin maleimide

tarafında kovalent olarak bağlanmıĢtır (ġekil).

Avantajları:

Nano-boyutlu: BağıĢıklık sistemi elimine edemez.

DolaĢımda uzun kalan: PEG zincirleri, dolaĢım sisteminde lipozomun uzun süre kalmasını sağlar.

Biyo-uyumlu: Zehirli olmayan biyomateryallerden oluĢur.

Az yan etki: Celecoxib‟in sistemik yan etkilerini engeller.

Kanseri hedefleyen: EGFR antikoru lipozomun normal hücreden ziyade kanser hücreleri tarafından

içeri alınmasını sağlar.

148

Üretilen Tezler: Aslı Erdoğ (Deniz), Doktora 2012. Ġlaç taĢıyıcı sistem olarak lipozomal selekoksib

formülasyonunun kolorektal kanser hücrelerinde karakterizasyonu. (EĢ DanıĢmanı: Doç. Dr. AyĢen

Tezcaner, Biyoteknoloji be Mühendislik Bilimler Bölümü).

Makaleler:

Erdoğ A, Limasale YD, Keskin D, Tezcaner A, Banerjee S. In vitro characterization of a liposomal

formulation of celecoxib containing 1,2-Distearoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine (DSPC), cholesterol

and polyethylene glycol (PEG) and its functional effects against colorectal cancer cell lines. Journal of

Pharmaceutical Sciences. 2013, 102:3666-77.

Sade A, Tunçay S, Çimen I, Severcan F, Banerjee S. Celecoxib reduces fluidity and decreases

metastatic potential of colon cancer cell lines irrespective of COX-2 expression. Bioscience Reports

2012, 32, 35-44.

Sade A, Banerjee S, Severcan F. Effects of the non steroidal anti-inflammatory drug celecoxib on

cholesterol containing distearoyl phosphatidylcholine membranes. Spectroscopy - An international

journal. 2011, 25, 177-185

Deniz A, Sade A, Severcan F, TezcanerA, Keskin D, Banerjee S . Celecoxib Loaded Liposomes:

Effect of Cholesterol on Encapsulation and in vitro Release Characteristics. Biosci Rep. 2010 Jun

3;30(5):365-73.

Sade, A, Banerjee, S and Severcan, F. Concentration dependent effects of celecoxib on model

membranes. J Liposome Res. 2010 Jun;20(2):168-77.

Projeler: TÜBĠTAK 108T297, METU BAP-2007-R-08-11-02, BAP-07-02-2014-004

Patent BaĢvuru No: PCT/TR2012/000147

149

PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

Prof. Dr. Ufuk Gündüz 1973 yılında Iowa State Üniversitesi (ABD), Kimya Mühendisliği

Bölümü‟nden mezun olmuĢ, aynı bölümde Yüksek Lisans yaptıktan sonra, 1980 yılında ODTÜ

Biyoloji Bölümünden doktora derecesi almıĢtır.

1989 yılında ODTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından Biyoteknoloji EABD‟nı oluĢturmak üzere

görevlendirilmiĢ, Dr. Faruk Bozoğlu (Gıda Müh) ve Dr. Hasan Orbey (Kimya Müh.) ile birlikte

Biyoteknoloji EABD‟nın kuruluĢunda görev almıĢtır.

Dr. Gündüz 1991-1992 yıllarında ODTÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji EABD BaĢkanlığı,

1989 -1996 arasında Biyoteknoloji EABD Ġdari Komite Üyeliği yapmıĢtır.

Biyoteknoloji EABD‟nin kuruluĢ yılında açtığı “Fundamentals of Biotechnology” dersini EABD‟nin

temel dersi olarak vermektedir.

ÇalıĢma Konuları Kanser tedavisinde geliĢen dirençliliğin belirlenmesi ve engellenmesi ile ilgili çalıĢmaları vardır. Son

yıllarda kanserde ilaç hedeflenmesi amacıyla manyetik nanoparçacıkların sentezi, ve ilaç hedeflemede

kullanılması konusunda tez, proje ve yayınlar yapmaktadır.

Dr. Gündüz fotosentetik mikroorganizmalar kullanılarak Bio-Hidrojen üretimi konusunda çok sayıda

tez yönetmiĢ, yayın ve projeler yapmıĢtır.

Dr. Gündüz Ģimdiye kadar Biyoteknoloji EABD‟da lisansüstü çalıĢma yapan 26 yüksek lisans ve 9

doktora öğrencisine tez danıĢmanlığı yapmıĢtır. Biyoteknoloji alanında yönettiği bazı tezler ve

projelerden örnekler aĢağıda verilmektedir.

Biyoteknoloji tezleri

A.Yüksek Lisans Tezleri:

1. Farzin Rouhvand, "Transformation of Saccharomyces cerevisiae with a Shuttle Vector Plasmid

DNA from E. coli by Electroporation, ġubat 1992 (Biyoteknoloji)

2. Özlem Aydın, "Isolation, Identification and Characterization of Non-Starter Microorganizms form

Turkish Casher Cheese" Ocak 1995 (Biyoteknoloji)

3. Yelda Erdal Ünal, " Increase of Alpha Amylase Production of Aspergillus oryzae by

Electroporation" ġubat 1996 (Biyoteknoloji)

4. Gökhan Tolun , “Characterization of Aspergillus oryzae Transformed with a Plasmid Carrying

Alpha – Amylase Gene” Ocak 1999,108 Sayfa, ( Biyoteknoloji )

5. Deniz Özgür Yiğit , “ Identification of Byproducts in Hydrogen Producing Bacteria; Rhodobacter

sphaeroides O.U. 001 Grown in Wastewater of a Sugar Refinery “ Ağustos 1999 ,111 Sayfa

(Biyoteknoloji)

6. Senem ġimĢek, “ Multidrug Resistance in Chronic Lymphocytic Leukemia” Aralık 2000, (

Biyoteknoloji)

7. Demet Suludere Çetin, “Investigation of Polyhydroxybutyrate (PHB)Production by Rhodobacter

sphaeroides O.U.001 “ Ağustos 2001, (Bioteknoloji) .

8. Pelin Kaya, “Identification of Polymorphisms in Multidrug Resistance Gene in Leukemia

Patients”, Ağustos 2002, (Biyoteknoloji).

9. Gökçen Eyövge,”Preparation and Characterization of Poly (D,L-Lactide-co-Glycolide)

Microspheres for Controlled Release of Anticancer Drugs”,Ağustos 2005 ( Biyoteknoloji).

150

12.Demet Demetçi , “ Preparation and Evaluation of Polymer based Microcarriers for Hydrophobic

Anti-Cancer Drugs” , Kasım 2007,89 Sayfa (Biyoteknoloji).

13.Güç E, “Synthesis and Characterization of Fatty Acid Based Hyperbranched Polymers for Anti-

Cancer Drug Delivery”, Eylül 2008,114 Sayfa (Biyoteknoloji).

14. Gülseren Petek ġen, “Fabrication of Poly (dl-lactic- co-glycolic acid) Nanoparticles and Synthetic

Peptide Drug Conjugate for Anticancer Drug Delivery”, Aralık 2009, 98 Sayfa (Biyoteknoloji)

15. Pelin Sevinç, “Kinetic Analyses of the Effects of Temperature and Light Intensity on Growth,

Hydrogen Production, and Organic Acid Utilisation by Rhodobacter capsulatus”, Haziran 2010, 189

Sayfa (Biyoteknoloji)

16. GülĢah Pekgöz, “Deletion Mutation of GLNB and GLNK Genes in Rhodobacter capsulatus to

Enhance Biohydrogen Production”, Eylül 2010, 163 Sayfa (Biyoteknoloji)

17. Endam Özkan, “Photofermentative Hydrogen Production Using Dark Fermentation Effluent of

Sugar Beet Thick Juice by Rhodobacter capsulatus”, Eylül 2011, 187 sayfa (Biyoteknoloji)

B. Doktora Tezleri:

1. Farzın Roohvand, "PCR Based Isolation, Cloning ,and Expression of Streptokinase Gene From a

Group C Streptococcus equismilis in E. coli" Eylül 1998, 143 sayfa, (Biyoteknoloji).

2.Özlem Osmanağaoğlu,“Purification and Characterization of Bacteriocins Produced by Pediococcus

acidilacdici and Pediococcus pentosaceus”, Temmuz 1999, 200 sayfa, (Biyoteknoloji).

3. Can Atalay, “Multidrug Resistance in Locally Advanced Breast Cancer“ Haziran 2004, 70

sayfa, (Biyoteknoloji).

4. Gökhan Kars,”Improvement of Biohydrogen Production by Genetic Manipulations in Rhodobacter

sphaeroides O.U.001”, Ekim 2008, 168 Sayfa, (Biyoteknoloji).

5. Meltem Demirel Kars, ”Molecular Mechanisms of Vincristine and Paclitaxel Resistance in MCF-

7 Cell line”, Aralık 2008,233 Sayfa,(Biyoteknoloji).

6. Özlem Darcansoy ĠĢeri,”Molecular Mechanisms of Doxorubicin and Docetaksel Resistance in

MCF-7 Cells”, ġubat 2009, (Biyoteknoloji)

7. Rouhollah Khodadust, “The Preparation and Characterization of Dendrimer Coated Magnetic

Nanoparticles for Targeted Cancer Therapy”, Eylül 2013, (Biyoteknoloji)

8. Gözde Ünsoy, “The Synthesis and Characterization of Doxorubicin and Bortezomib Loaded

Magnetic Nanoparticles for Targeting Tumor Cells”, Eylül 2013, (Biyoteknoloji)

Hidrojen ile ilgili yer aldığı bazı Biyoteknoloji Projeleri:

1. TÜBĠTAK, TBAG 1535, “Mikroorganizmalar ve GüneĢ Enerjisi ile Sürekli Hidrojen Üreten

Biyoproseslerin GeliĢtirilmesi”, (1996- 1999)

2. ODTÜ, AraĢtırma Fonu Projesi, AFP-2001-01-08, “Fotosentetik Bakterilerde Karetenoid Pigment

Üretiminin Ġncelenmesi”, (2001-2002)

3. EU COST Projesi, TBAG-U/25 (101T122) COST-841, “Rhodobacter Türlerindeki Hidrojenaz

Enzimlerinin Biyoreaktörde Fotobiyolojik Hidrojen Üretim Verimliligin Artırılmasına Yönelik

Genetik ve Biyokimyasal ÇalıĢmalar”, (2003-2005)

4. DPT Projesi, BAP-08-11-DPT2002K120510-6, “Rhodobacter sphaeroides O.U.001 SuĢunda

Nitrojenaz Enzimlerini Kodlayan Genlerin Tanımlanması”, (2003 -2007)

5. DPT-YUUP Projesi, BAP-08-11DPT.2005K120600, “Hidrojen Gazı Üretimi, Depolanması, ve

Yakıt Hücrelerinde Elektrik Elde Edilmesi”, (2005-2008)

6. EU-FPIP 6th Framework Project, “HYVOLUTION: Non-thermal Production of Pure Hydrogen

from Biomass”, (2006-2010)

151

EKLER

EK 1

152

153

154

155

156

157

158

159

160

161

162

163

EK 2

164

165

166

167

168

169

170

171

EK 3

172

EK 4

173

EK 5

174

175

EK 6

176

177

EK 7

178

179

EK 8

180

EK 9

181

EK 10

182

EK 11

183

184

185

186

187

188

189

EK 12

190

191

192

193

194

195

196

EK 13

197

198

EK 14

199

200

201

202

EK 15

203

204

205

206

207

208

209

210

211

212

213

214

215

216