NORMALIZACIÓN DE MICROARREGLOS (GENÉRICO)

Bioinformática Posgrado

Image Analysis`

Background Subtraction

Normalization

Summarization

Transformation

Data Processing

BackgroundDetection & Subtraction

a)

Filtering

Microarray

ImageScanning

SpotDetection

IntensityValue

Affymetrix

Two-dyes

b) Image Analysis and Background Subtraction

c)

Transformation

BetweenWithin

d)

A=log2(R*G)/2

M=log2

(R/G) Normalization

MICROARRAY PRE-PROCESSING SUMMARY

COLUMNAS EN ARCHIVO .MEV UID IA IB R C MR Print-tip

Normalization MC Print-tip

Normalization SR SC FlagA FlagB SA SF QC QCA QCB

BkgA BkgB SDA SDB SDBkgA SDBkgB MedA MedB MNA Signal Ch. A = Cy3

[Green] MNB Signal Ch. B = Cy5 [Red] MedBkgA Background Ch. A MedBkgB Background Ch. B X Y PValueA PValueB

COLUMNAS EN GENEPIX .GPR FILE Block Print-tip Normalization Column Row Name ID X Y Dia. F635 Median F635 Mean F635 SD B635 Median B635 Mean B635 SD % > B635 + 1 SD % > B635 + 2 SD F635 % Sat. F532 Median F532 Mean F532 SD B532 Median B532 Mean B532 SD % > B532 + 1 SD % > B532 + 2 SD

F532 % Sat. Ratio of Medians Ratio of Means Median of Ratios Mean of Ratios Ratios SD Rgn Ratio Rgn R² F Pixels B Pixels Sum of Medians Sum of Means Log Ratio Flags Normalize F1 Median - B1 F2 Median - B2 F1 Mean - B1 Signal -

Background F2 Mean - B2 Signal -

Background SNR 1 F1 Total Intensity Index "User Defined"http://www.moleculardevices.com/pages/software/gn_genepix_file_formats.html#gpr

NORMALIZACION – OPCIONES “FÁCILES” www.gepas.org

Casi cualquier Microarreglo Excepto SpotFinder!

MIDAS TM4

NORMALIZACION USANDO MIDAS – TM4 (TIGR)

http://www.tm4.org/midas.html

(1) Project New (2) Read Data Single

Data File Especifique su

archivo .MEV (3) Operations LocFit

Normalization (Lowess) “Loc” – Local = por print

tip, Lowess o Loess es la normalización de MA

NORMALIZACION USANDO MIDAS – TM4 (TIGR)

(4) Write Data Desactive las casillas

“virtual” (5) Pulse Execution

Esto ejecuta la normalización y escribe algunos archivos.

Escribe 2 carpetas llamadas “raw” (datos crudos u originales) y “lowess” (resultado de la normalización)

NORMALIZACION USANDO MIDAS – TM4 (TIGR)

Visualice los resultados en pestaña “Investigation”

De click con el botón derecho en cada rubro y use “Plot” tanto en raw como en lowess