new taqman assay search 検索ガイド - thermo …€¢ user 7 内容 •...

1The world leader in serving science

2012-4月版

New TaqMan Assay Search 検索ガイドGene Expression/SNP Genotyping/Copy Number Assay検索編

2

内容

• 検索及びアクセス方法 P3-6• Gene Expression Assay検索 P8-30• SNP Genotyping Assay検索 P32-41• Copy Number Assay検索 P43-53

3

概要

• Applied Biosystems™ TaqMan™ アッセイ、ambion siRNA及びmicroRNA関連製品の検索からご注文までを行える新サイトが公開されました。

• http://bioinfo.appliedbiosystems.com/genome-database/gene-expression.html

• 主な特長

• 見やすくなった検索結果表示

• 操作しやすくなったマップ表示

• 検索結果の絞り込みや、過去の検索結果表示など多彩なメニュー表示

• 複数のAssayを比較表示して検討

• 購入予定のAssayをカートに入れて”チェックアウト”の操作後は現サイトと同じ画面でご注文可能

4

推奨環境

• 下記の環境で動作確認を行いました。

• Windows• Internet Explorer 6,7,8（Internet Explorer 9以降は未検証）

• Google Chrome• Firefox

• Macintosh OS X• Safari （Safari 6まで検証済）

• Google Chrome• Firefox

5

検索サイトへのアクセス

• アプライドバイオシステムズ製品トップページ(http://www.appliedbiosystems.jp) 左上のTAQMAN ASSAYSまたは右上のインターネットオーダシステムご利用案内をクリック

• ページ内の新アッセイ検索をクリックして検索サイトに進みます。

6

ユーザー登録

• ログイン前でも検索は可能ですが、製品のご注文はインターネットオーダーシステムへのログインが必要です。ご購入予定であればお早目にインターネットオーダシステムへのご登録をお願い致します。ユーザー登録のご案内は下記サイト内を参照下さい。

• http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=12#user

7

内容


8

Gene Expression Assay検索

• Gene Expressionをクリック→条件を設定→searchをクリックして検索します。次頁以降で各ステップを説明します。

検索対象を選択します

生物種を選択します

配列を入力して検索します

配列を含むファイルをアップロードして検索します遺伝子名、遺伝子ID等

を入力して検索します

複数の遺伝子名、遺伝子ID等をアップロードして検索します。

検索条件の入力が終了したらsearchをクリック

9


• 検索対象の選択は下記のとおりです。

• All Gene Expression Assays: 全ての遺伝子発現解析用のAssayから検索を行います。

• Noncoding RNA Only: noncoding RNA検出用のAssayのみが検索対象になります。

• Markers & Reporters: レポーター遺伝子、マーカー遺伝子検出のAssayのみが検索対象になります。

• Controls: コントロール遺伝子が検索対象になります。

10


• 生物種の選択は下記のとおりです。

• ヒト、マウス、ラット以外の生物種で検索をする場合は、Otherをクリックして下

に表示される欄に、学名や種類名を入力します。該当の生物種に対するアッセイがある場合は生物種を表示させた状態で検索を行います。複数の生物種を表示して検索することも可能です。

選択対象から外す場合×をクリック

11


• Gene Expression Assay検索

遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力

することができます。入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です。

クリックすると下記画面が表示されます。入力できるIDは下記のとおりで

す。

ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします。

検索条件の設定が終わりましたらsearchをクリックして検索します。

12


• 検索結果が表示されます。

マップ表示

検索結果表示

13


• Best Coverage Assay: 同一ターゲット遺伝子に対するAssayから網羅性、特異性、Assayデザイン等総合的に判断して最もお奨めできるAssayになります。詳細は下記に記載されています。

クリック

14


• Assay IDには以下の情報が含まれておりAssay選択の参考になります。

• 最初の２文字は生物種を示しています。

• 次の数字は任意に割り当てられ、数字が大きいものの方が新しいデザインになります。

Assay ID

Hs Homo sapiens （ヒト） Ec Equus caballus (Horse)Mm Mus musculus （マウス） Gg Gallus gallus (Chicken)Rn Rattus norvegicus （ラット） Gm Glycine max (Soybean)At Arabodopsis thaliana Oc Oryctolagus cuniculus (Rabbit)Bt Bos taurus (Cow) Os Oryza sativa (Rice)Ce Caenorhabditis elegans Rh Macaca mulatta (Rhesus)Cf Canis familiaris (Dog) Sp Schizosaccharomyces pombe (Fission Yeast)Cp Cavia. porcellus (Guinea Pig) Ss Sus scroga (Pig)Dm Drosophila melanogaster Xt Xenopus tropicalis (Frog)Dr Danio rerio (Zebrafish)

15


• _末尾の文字列• _m1：プローブがExon junction上にデザインされており、ゲノムDNAは検出されません。”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。

• _s1：一つのExon上にプライマー及びプローブがデザインされており、ゲノムDNAが含まれると検出されてしまいます。 ”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。

• _g1：ゲノムDNAを検出する可能性のあるAssayです。”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。

• _mH,_sH,_gH：相同性の高い遺伝子ファミリーのある特定の転写産物に対してデザインされており、ターゲット遺伝子から10-15CT値差（同一コピー数が存在した場合1,000～30,000倍の差に相当）で類似の転写産物を検出してしまう可能性があり、特異性が完全には保たれていないことを示します。

Assay ID

16


• _末尾の文字列• _u：Assayによって検出する増幅領域は２つのExon間にありますが、プローブがどちらかのエクソン上にデザインされているので、ゲノムDNAが検出される可能性があります。

• _ft：染色体転座による融合した転写産物を検出します。一つのプライマーとプローブが片方のBreakpointに存在し、もう一つのプライマーが別のBreakpointに存在するため、ゲノムDNAは検出されません。

• _at：どの生物種の配列にも含まれない合成RNAを検出する為にデザインされたAssayです。

• “Hs999999…_m1.” で示されるAssayは２つのExonの領域を増幅しますが、プローブのデザインはエクソンの境界線上ではありません。Exon Boundaryの情報が“1-1”と記載があればF-プライマー及びプローブはExon 1上にあることを示し、R-プライマーがExon 2上にあることを示します。

Assay ID

17


• View Assay on Mapをクリックするとマップ上におよその位置情報が表示されます。

18


• View Detailsをクリックすると公共データベースへのリンクを含む情報が表示されます。

19


• Controlsをクリックすると、オンラインオーダーが可能な内在性コ

ントロール製品群が表示されます。蛍光ラベル及び容量をプルダウンメニューで選択し、カートに追加することができます。

蛍光ラベル及び容量を選択

カートに追加する

20


• Gene Arraysをクリックすると、同じAssayが収載されているTaqMan Array Gene Signature Platesが表示されます。

21


• デザイン時点から公共データベースの情報が変更になったAssayに関してはその詳細がImportant Informationをクリックすると表示されます。

こちらのアッセイの場合、現在の公共データベース情報ではゲノムDNAを検出してしまうAssayであることが記載されています。

22


• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。

表示結果の絞り込みに使用します。Best Coverage: Best Coverage Assayのみを表示Inventoried Assays：在庫ありAssayのみを表示3’ Most Assay：最も3’末端側にデザインされたAssayを表示

新規の検索条件を行う場合にクリックします。

初めに選択した生物種から絞り込みたい場合対象の生物種のみクリックしてチェックを入れます。

複数の候補遺伝子が検索結果に含まれた際に、遺伝子を絞り込む場合に使用します。

Probeのデザインで条件を絞り込む場合に使用します。

設定した条件をリセットできます。

23


• 検索結果上部のメニューは下記の通りです。

• 複数のAssay IDの左横にチェックを入れて

• add selected to cart：複数のAssayをまとめてカートに追加します。

• Compare: 下図のように比較の画面が表示されます。

• Email：入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます。

• Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします。

24


• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進む場合は、checkoutをクリックします。

add to cartをクリックしてカートに追加します

クリックするとカート内容を確認できます。

クリックするとカートの中身を確認できます。

クリックしてご注文手続きに進みます。


25

ご注文の流れ

• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますのでインタ

ーネットオーダーシステムにログインしご注文の手続きに進みます。

ユーザ名とパスワードを入力しLoginをクリックします。

26

ご注文の流れ

• 既存のショッピングバスケットに追加するか、新規のバスケットを作成するかを選択します。

既存のショッピングバスケットをプルダウンメニューから選択します。

新規のショッピングバスケットを作成します。

上記選択後、クリックしてカート内の製品をショッピングバスケットに追加します。

27

ご注文の流れ

• カートの内容をこの段階で編集することも可能です。確認が終わりましたら「次へ」をクリックします。

チェックを入れて削除をクリックすると購入をキャンセルできます

個別に選択する場合クリックしてチェックを入れる

全て選択する場合こちらをクリックしてチェックを入れる

蛍光ラベルや容量をプルダウンメニューから変更できます。

数量の変更が可能です

確認後クリック

28

ご注文の流れ

• 出荷先情報を確認し「次へ」をクリックします。

弊社受注担当宛ての特記事項がある場合こちらに記載下さい。

確認後クリック前画面に戻る場合クリック

お支払方法について：お支払方法のPurchase Orderの表示、Blanket Orderの空欄

はそのままで変更しないでください。

お名前には、登録ユーザーのお名前を半角のアルファベットでご入力ください。

29

ご注文の流れ

• 最終確認後、「ご注文」をクリックしてご注文を確定させます。一旦「ご注文」をクリックしますと、キャンセルができませんのでご注文の際は十分にご注意ください。

30

ご注文の流れ

• ご注文の確認画面が表示されます。

弊社へご連絡頂く際の確認番号になりますのでこちらの画面もしくは情報が送信されるメールで番号をお控え下さい。

こちらをクリックすると製品ページに戻ります。

31

内容


32

SNP Genotyping Assay検索

• SNP Genotypingをクリック→条件を設定→searchをクリックして検索します。次頁以降で各ステップを紹介します。

全てのSNP Genotyping AssayかDrug Metabolism Assayのみを検索対象にするかを選択

生物種を選択

個別に検索キーワードを入力する場合はこちらに入力


複数のIDをまとめてアップロードする場合はこちらをクリック

33


• 対象のAssay及び生物種を選択します。

All SNP Genotypingは全てのAssayを検索対象にし、Drug Metabolism Assayをクリックすると同アッセイのみに限定されます。

生物種を選択します。

34


• 検索キーワードの入力は下記のとおりです。




す。

ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします

検索条件の設定が終わりましたらsearchをクリックして検索します

35


• 生物種を選択し、染色体をプルダウンメニューから選択し、塩基の範囲をすることで、範囲内に含まれるSNPに対するAssayを検索することが可能です。

生物種を選択

プルダウンメニューで選択

塩基数を入力

クリックして検索

36


• 検索結果が表示されます。各Assay右上のView Assay on MapをクリックするとMap上に該当のアッセイが表示されます。

37


• View Detailsをクリックすると下に詳細情報が表示されます。

別ウィンドウで詳細情報全てが表示されます

クリックしてカートに追加できます

38





アリル頻度情報が既知のAssayに限定します。

Assay Typeを絞り込みます。詳細は?をクリックして下記のとおり表示されます。

SNP Typeを絞り込みます。

39








まとめて容量を変更できます。

40






add to cartをクリックしてカートに追加します。


41

ご注文手続きに進む

• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますので、インターネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます。

• ログイン後のご注文方法はP26-30を参照下さい。

42

内容


43

Copy Number Assay検索

• Copy Numberをクリック→条件を設定→searchをクリックして検索します。次頁以降で各ステップを説明します。

検索対象を選択します

生物種を選択します

遺伝子名、遺伝子ID等を入力して検索します

複数の遺伝子名、遺伝子ID等をアップロードして検索します。

領域を指定して検索します


44


• 対象のAssay及び生物種を選択します。

All Copy Number Assaysは全てのAssayを検索対象にし、Markers & Reportersをクリックするとマーカ/レポーター遺伝子用Assayに限定されます。

生物種を選択します。

45


• 検索キーワードの入力は下記のとおりです。




す。

ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします

検索条件の設定が終わりましたらsearchをクリックして検索します

46


• 生物種を選択し、染色体をプルダウンメニューから選択し、塩基の範囲をすることで、範囲内に含まれるCNVに対するAssayを検索することが可能です。

生物種を選択

プルダウンメニューで選択

塩基数を入力

クリックして検索

47


• 検索結果が表示されます。各Assay右上のView Assay on MapをクリックするとMap上に該当のアッセイが表示されます。

48


• View Detailsをクリックすると下に詳細情報が表示されます。

別ウィンドウで詳細情報全てが表示されます

クリックしてカートに追加できます

49


• Required Reference Assaysをクリックするとコントロール用アッ

セイが表示されますが、日本国内ではウェブ注文ができませんので、カートに追加は使用せず、代理店経由でご注文下さい。

ご注文のステップでエラーがでるので使用しないで下さい。

50





Assay Locationによる絞り込みが行えます。

51








まとめて容量を変更できます。

52



add to cartをクリックしてカートに追加します





53

ご注文手続きに進む

• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますのでインターネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます。

• ログイン後のご注文方法はP26-30を参照下さい。

54

研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。

The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporationor their respective owners.TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc本誌に記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。

記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますので、ご了承下さい。

©2012 Life Technologies Japan Ltd. All right reserved.

new taqman assay search 検索ガイド - thermo …€¢ user 7 内容 •...

Documents