netvibes: integración de recursos de información en ciencias de la salud

NETVIBES: Integración de información en

Ciencias de la Salud

El proyecto “Medical Information Library and Knowledge” (MILK)

Helena Martín Rodero

[email protected]

Madrid 6 de mayo de 2010

sUMARIo

• Introducción

• ¿Qué son los Mashups ?

- Editores de mashups

- Tipos: mashups en ciencias de la salud

• Escritorios virtuales

- Los más populares

• Netvibes: escritorio virtual personalizado

- Ejemplos de universos Netvibes

- El proyecto MILK

• Prácticas: Integrando información en ciencias de la salud en nuevos entornos

Introducción

Contexto

Web 2.0

Introducción

Contexto

Google Web 2.0WEBTOP

Mashups

Contexto

El término Web 2.0 fue acuñado por O'Reilly Media en 2004 para referirse a una

segunda generación de Web basada en comunidades de usuarios y a una gama

especial de servicios, como las redes sociales, los blogs, los wikis o las

folksonomías, que fomentan la colaboración y el intercambio ágil de información

entre los usuarios.

http://www.wikipedia.com

web 1.0 / web 2.0

Web 1.0 (1993-2003) Web 2.0 (2003-)

Publicación Participación

Páginas personales Bitácoras, blogs

Directorios (“taxonomías”) Etiquetas (“folksonomías”)

Newsgroups / listas de distribución Sindicación RSS

Portales web Portales personalizados

HTML CSS, XML y web semántica

Britanica online Wikipedia

web 1.0 / web 2.0

Web 1.0 Web 2.0

Unidireccional Multidireccional� Información en una única dirección

� Fundamentalmente texto

� Con enlaces o sin ellos

� Controlada por un administrador o

webmaster

� Información fluye en todas direcciones� Interacción entre usuarios� Creación colaborativa del conocimiento� Evaluación cooperativa

web 2.0

•Web como plataforma

•Web del usuario

• Conjunto de herramientas

WEB 2.0 es una actitudconectar crear

comunicar

compartir

confiar colaborar

comunicar

Herramientas / Servicios

� Blogs o portfolios personales

� Wikis para compartir conocimientos

� Microblogging para comunicarse

rápidamente

� Marcadores sociales para almacenar,

clasificar y compartir enlaces e información

� Sindicación para estar actualizado

� Sitios web para compartir fotografías,

presentaciones, vídeos…

� Aplicaciones de escritorio para personalizar

un espacio de trabajo en línea

� Redes sociales para relacionarse y compartir

e intercambiar información

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


Mashups ¿Qué son?

http://www.youtube.com/watch?v=gG-IEsihJbk

Mashups ¿Qué son?

mashups

� El término mashup procede del mundo de la

música donde significa mezclar música de

distintos tipos para hacer una nueva canción o

sonido.

� En el mundo de la tecnología, un mashup

consiste en la fusión de contenidos o

funcionalidades de dos o más fuentes, y donde,

al menos una, es ajena al desarrollador del

mashup. http://www.vibinaria.com

mashups

Mashup es un sitio Web o aplicación Web que usa contenido

de otras aplicaciones Web para crear un nuevo contenido

completo, consumiendo servicios directamente, siempre a

través de protocolos http. (Wikipedia, 2010)

Definición

mashup

Ingredientes de un mashup

� Interfaz pública

� API (Aplication Programming Interface)

� RSS feed

mashups

En el momento actual en programmableweb.com:

4741 Mashups | 1868 APIs

mashups

Top mashups en programmableweb.com:

Datos globales

Datos 14 últimos días

mashups

Top APIs en programmableweb.com:

Protocolos para APIs:

http://www.programmableweb.com

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


Editores de mashups

• Google Maps: http://maps.google.es

• Yahoo Pipes: http://pipes.yahoo.com/pipes

• Dapper: http://www.dapper.net/

• Geocommons: http://maker.geocommons.com/

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


mashups “sociales”

Ejemplos de mashups

MapYourBuddies = facebook +

Google maps + amazon

Twittermap = Google maps + Twitter

Twittervision = Poly9 FreeEarth +

Twitter

Portwiture = flickr + twitter

mashups

MapYourBuddies

http://twittermap.es/

http://portwiture.com

mashups

mashups de ciencias de la salud

� Avian flu mashup: http://www.nature.com/avianflu/google-

earth/index.html

�HealthMap: Mapa Mundial de Alertas Epidémicas:

http://www.healthmap.org/es

� EpiSPIDER: http://www.epispider.org

�FluTracker map: http: //flutracker.rhizalabas.com

mashups – Avian-Flu

http://www.nature.com/avianflu/google-earth/index.html

mashups – HealthMap

http://www.healthmap.org/es


http://www.healthmap.org/swineflu/


J.S. Brownstein, C.C. Freifeld, and L.C. Madoff (2009) Influenza A (H1N1) Virus,

2009 - Online Monitoring, New England Journal of Medicine

J.S. Brownstein, C.C. Freifeld, and L.C. Madoff (2009) Influenza A (H1N1) Virus,

2009 - Online Monitoring, New England Journal of Medicine

http://www.healthmap.org/swineflu/

mashups - EpiSPIDER

http://www.epispider.org/

mashups - EpiSPIDER

http://www.epispider.org/

EpiSPIDER ahora produce Wordle visualizaciones de los datos recogidos. Estas visualizaciones se actualizan cada hora.

http://www.wordle.net/

mashups - EpiSPIDER

mashups - FluTracker

http://flutracker.rhizalabs.com

FluTracker: mapa compilado con datos de fuentes oficiales, informes de prensa y contribuciones de usuarios. Es actualizado varias veces al día

PubMed: mashups e interfaces

alternativas � PubMed Faceoff: http://www.postgenomics.com/faces/index.php

�Biowizard: http://www.biowizard.com

� eTBLAST: http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/

� JANE: http://biosemantics.org/jane

� HubMed: http://www.hubmed.org

mashup – PubMed Faceoff

http://www.postgenomic.com/faces/index.php

mashup – Biowizard

http://www.biowizard.com/

mashup – eTBLAST

http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/

mashup – eTBLAST


Mounir Errami & Harold Garner (2008) A tale of two citation, Nature 451, 397-399


Mounir Errami & Harold Garner (2008) A tale of two citation, Nature 451, 397-399


mashup – eTBLAST

http://invention.swmed.edu/etblast/etblast.shtml

Ejemplo:

Lam DA, Miron JAThe effects of temperature on human fertility

Abstract

Monthly birth and temperature data for a variety of states and countries are used toestimate the effect of short-run temperature fluctuations on fertility. Regressions of monthlybirths on a flexible specification of lagged monthly temperature show that temperature has quantitatively important effects on both seasonal and nonseasonal variation in births. Summer temperature extremes reduce conceptions in the southern United States, explaining a substantial part of the observed seasonal birth pattern. Extreme cold shows no evidence of affecting conceptions. The results also show significant seasonality in birthseven after accounting for temperature. Controls for monthly temperature do not explain thepersistent spring peak in births in northern Europe. This finding suggests that other factorsplay an important role

Demography. 1996 Aug;33(3):291-305

mashup – eTBLAST

mashup – HubMed

http://www.hubmed.org

PubMed: mashups e interfaces

alternativas

�PubFocus: http://pubfocus.com

� ClusterMed http://clustermed.info

� XplorMed: http://www.ogic.ca/projects/xplormed/

� PubWindows :

http://www.neurotransmitter.net/pubmed_browser.php?topheight=40

�Get Better Diet Info: PubMed and Amazon.com Ratings: http://nocarb.net/

PubMed – Interfaces alternativas

� Hakia: http://pubmed.hakia.com

�GoPubMed: http://www.gopubmed.com

�Novoseek: http://www.novoseek.com

�PubGet: http://pubget.com/search

�SemanticMedline: http://www.semanticmedline.com


http://www.hakia.com


http://www.gopubmed.org


http://www.novoseek.com


http://pubget.com


http://www.semanticmedline.com


� Quertle: http://www.quertle.info/

�PubMedReMiner: http://bioinfo.amc.uva.nl/human-genetics/pubreminer

�Pubgle: http://www.pubgle.com/buscar.htm

� PubMed Interact (SLIM V.2): http://pmi.nlm.nih.gov/interact

� Ali Baba-PubMed as a graph: http://alibaba.informatik.hu-berlin.de

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


Escritorios Virtuales

http://www.wordle.net

Escritorios Virtuales

• Los escritorios virtuales forman parte

de las herramientas y aplicaciones de

la web 2.0

• Son servicios web que permiten agrupar

en un único espacio web aplicaciones,

recursos e información de manera

personalizable

Características

• Utilizan el lenguaje de programación AJAX

• Permiten:

- La agregación de canales RSS

- Widgets / gadgets predefinidos

- Contenidos de otras páginas web

- Crear redes de contactos

• Pueden ser públicos o privados o ambos.

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


Los más populares

Página privada Página privada & pública

www.google.es/ig

http://es.my.yahoo.com/

http://es.my.msn.com/

http://www.pageflakes.com/

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


Netvibes

� Plataforma desarrollada por Tariq Krim

en 2005

� Herramienta pionera de la web 2.0 en

ofrecer escritorios virtuales personalizados

� Dispone de una parte pública y una

privada

� Permite reunir en un único espacio,

widgets, sitios web, blogs, cuentas de

correo electrónico, fotos, videos, etc.

� Es una comunidad global de usuarios

http://www.netvibes.com

Netvibes

� APIs

� Widgets

� RSS feed

Elementos

�API: interfaz de comunicación entre

componentes software… Uno de los

principales propósitos de una API consiste

en proporcionar un conjunto de funciones

de uso general (Wikipedia)

API

�Widget: pequeña aplicación o programa,

usualmente presentado en archivos o

ficheros pequeños que son ejecutados por

un motor de widgets o Widget Engine.

Entre sus objetivos están los de dar fácil

acceso a funciones frecuentemente usadas

y proveer de información visual

(Wikipedia)

Widget

• Consiste en un lenguaje basado en XML

que describe en un canal o feed las

novedades de un sitio web.

• El contenido XML es interpretado por un

lector RSS o una página web.

• En el momento actual el RSS es uno de

los instrumentos más potentes para la

recopilación y difusión de información

RSS

Netvibes

• Emplea la API UWA, Universal Widget Api

• Los widgets de Netvibes son

multiplataforma, utilizan lenguaje XHTML,

estilos CSS y JavaScript/Ajax

Características

�Rápido y simple: listo en pocos minutos

�Compatible: los widgets UWA son

compatibles con las principales

plataformas de widgets: iGoogle, Vista,

Live.com, iPhone, Opera…

�Sencillo y elegante: plantillas CSS y

JavaScript

�Adaptable: plataforma de apoyo a gran

número de tecnologías

Características

�Netvibes está organizado en solapas o

pestañas

�Cada pestaña es un agregador de

diferentes módulos y widgets que el

usuario puede organizar y diseñar a su

gusto.

�Permite acceder a contenidos de otras

páginas web

Una de las características de Netvibes es el

desarrollo rápido de contenidos y su facilidad de

uso

Netvibes


Creamos una cuenta.

Entramos en Netvibes y

nos registramos


nos registramos

Netvibes



nos registramos


nos registramos

Netvibes


Configuramos nuestra página

En Ajustes podemos

configurar nuestra página

En Ajustes podemos

configurar nuestra página

Netvibes

Podemos crear

nuevas pestañas,

editar una ya

existente, seleccionar

su diseño, etc.

http://ww.netvibes.com

Editamos contenidos

Netvibes

Podemos crear

nuevas pestañas,

editar una ya


su diseño, etc.http://ww.netvibes.com

Editamos contenidos

Netvibes

Podemos crear

nuevas pestañas,

editar una ya


su diseño, etc.http://ww.netvibes.com

Eliminanos contenidos

Netvibes

Podemos añadir

contenido a nuestras

pestañas

http://ww.netvibes.com

Netvibes

Podemos añadir contenido a

nuestras pestañas4 formas de añadir contenido

Netvibes


nuestras pestañasAñadir un widget

Netvibes


nuestras pestañas

Añadir contenidos RSSAñadir contenidos RSS

Netvibes


nuestras pestañas

Suscripción “el pais salud”Suscripción “el pais salud”

Netvibes


nuestras pestañas

Netvibes

Widget view

Visualizaciones

Netvibes

reader view - lista

Visualizaciones

Netvibes

reader view - expandida

Visualizaciones

Netvibes

reader view - mosaico

Visualizaciones

Netvibes


nuestras pestañas

Configurar los widgets y compartirlos

1º

2º

Netvibes


nuestras pestañas

Configurar los widgets y compartirlos

NetvibesNetvibes permite crear varias páginas privadas

NetvibesNetvibes permite crear UNA página pública

1º

2º

3º

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


NetvibesUniversos Netvibes. Ejemplos

http://www.netvibes.com/elgipi#Portada


http://www.netvibes.com/rubenroa#General


http://www.netvibes.com/usalbiomedica#General

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


El proyecto MILK

Cómo surge

El Proyecto surge de la iniciativa de profesionales del ámbito de ciencias de la salud de diferentes organizaciones, regiones, países y lenguas.

• Proyecto “Open Medical Library” = servicio de información 2.0 de

carácter cooperativo.

• Utiliza como plataforma tecnológica: Netvibes.

El objetivo del proyecto Open Medical Library, a través del portal MILK, es desarrollar un sistema de información flexible, adaptable e impulsado por la comunidad de participantes para servir de apoyo a la enseñanza superior, la investigación y la práctica clínica o asistencial.

http://www.netvibes.com/milmedicalinformationlibrar y

• Milk es un espacio virtual que permite trabajar en cooperación, compartiendo

conocimientos y recursos para crear nuevos materiales y servicios.

• El marco de Open Medical Library proporciona información sobre nuevas

adquisiciones, facilitando la gestión y comunicación.

• El Proyecto favorece el desarrollo de servicios de calidad a bajo coste o a coste

cero.

http://www.netvibes.com/milmedicalinformationlibrary

Privada Público

• Intranet.

• Comunicación interna.

• Materiales de prueba.

• Noticias profesionales.

• Nuevos servicios.

• Información general.

• Sumarios de revistas.

• Referencia en línea.

• Novedades bibligráficas.

• Blogs.

• Ofertas de empleo.

• Eventos de formación.

• Tutoriales.

http://www.netvibes.com/milmedicalinformationlibrar y

MILK, Medical Information Library & Knowledge :

• Flexibilidad: amplia gama de recursos dirigida a un gran número de usuarios de diferentes contextos. Proporciona estructuras que permiten la ampliación de estos elementos.

• Comunidad virtual: constitución de una red social basada en la utilización de herramientas de código abierto procedentes de la web 2.0.

• Eficiencia: ofrece una aplicación modular que puede integrarse en otras estructuras académicas y de investigación ya existentes, mejorando la eficacia y la eficiencia de la institución.

sUMARIo

• Introducción








- El proyecto MILK


¿Practicamos?

Integrando recursos de información

en ciencias de la salud

en NETVIBES

Ejercicio 1

� Crea una cuenta en Netvibes / Regístrate

� Confírmala desde tu cuenta de correo electrónico

� Crea tu universo Netvibes

- Página privada relacionada con tus intereses personales (accesible sólo para

ti)

- Página pública relacionada con tu actividad profesional

� Crea una primer pestaña donde incluirás: un widget con información sobre ti,

sobre tu actividad profesional o sobre el objetivo de tu “universo netvibes”, un

widget del tiempo de tu ciudad, fotos de tu ciudad en Flickr, tu perfil de

facebook, si lo tienes, o tu cuenta en twitter, etc.

Ejercicio 2

Debes realizar un trabajo sobre el asma infantil

1º Deseas recuperar documentos gratuitos a texto completo

en español, publicados desde el año 2008

2º Para ello realizarás la búsqueda en PubMed

2ª Los resultados obtenidos los vas a integrar en tu escritorio

personalizado Netvibes, en una segunda pestaña que habrás

creado previamente.

Pasos a seguir

Realizamos la búsqueda en Pubmed http://www.pubmed.gov

Creamos un RSS de la búsqueda

Añadimos el “feed” a nuestro Netvibes

Lo incorporamos a la pestaña correspondiente.

http://www.pubmed.gov

Búsqueda y aplicación de límites

• Creamos un canal RSS

• Asignamos un nombre al “feed”

y pulsamos “Create RSS”

• Pulsamos el icono XML y nos

suscribimos a la fuente

- El enlace quedará archivado en nuestro ordenador de modo similar a los

Favoritos.

- Otra opción es copiar el enlace directamente de la barra del navegador.

Añadir los canales RSS a Netvibes

Localizar en Favoritos la fuente que

queremos añadir, identificar su URL con el

botón derecho, copiar y pegar en

Netvibes.

Ejercicio 3

Vamos a crear una tercera pestaña donde incluiremos widgets de los siguientes

buscadores especializados…

- PubMed

- Medline Plus

- Hon MedHunt

- Scienceroll

- Search MedWorm

- Scirus

Pasos a seguir

Para localizar los widgets podemos:

Utilizar el buscador de Netvibes ( en la pestaña “añadir contenido”)

Visitar la página “Netvibes ecosystem” http://eco.netvibes.com/widgets

Acudir a la pagina “WidgetBox” http://www.widgetbox.com/

Buscamos en “Widgetbox” el widget del buscador científico Scirus

Pulsamos sobre “get a widget”. A continuación copiamos el código “html”

En nuestro Netvibes buscamos el “widget esencial” <HTML>

Pulsamos sobre el widget y sobre la opción editar. A continuación

pegamos el código html y pulsamos añadir a mi página.

Ejercicio 4

Vamos a construir un mapa en el que se localicen geográficamente los artículos

de PubMed realizados en centros de investigación de diferentes localidades

españolas. Esta información ha de actualizarse automáticamente.

1º Generar en PubMed tantos feeds como Centros de investigación de

localidades españolas deseemos localizar.

2º Localizar las búsquedas en el mapa. Para ello utilizaremos Google maps.

3º Insertar el mapa en nuestro escritorio Netvibes

Cómo empezar…

Pasos a seguir

Nos registramos en gmail http://www.gmail.com

Accedemos a Google Maps

Realizamos la búsqueda en Pubmed

Creamos un RSS de la búsqueda

Enlazamos los RSS de nuestras búsquedas en el mapa de Google

Insertamos el mapa en Netvibes

Al realizar la búsqueda en PubMed utilizaremos la etiqueta de afiliación [ad]

Entramos en Google maps y accedemos a través de

una cuenta de gmail. Si no disponemos de cuenta,

podemos crearla en este momento.

http://www.pubmed.gov

Entramos en PubMed, realizamos la búsqueda por

afiliación y generamos un RSS mediante el botón de

sindicación.

Pulsar “Mis mapas”; a continuación, si es la

primera vez que creamos un mapa, hay que

pulsar “introducción”. Si no, elegimos la opción

“crear un nuevo mapa”.

click

Para situar un marcador de posición, haz

“click” una vez sobre el icono, y “click”

otra vez en el lugar donde deseamos

localizarlo

Cumplimentar los datos relativos al marcador de

posición y seleccionar la opción “texto enriquecido”

Seleccionar el texto donde queremos enlazar el RSS,

seleccionar el icono del enlace y copiar y pegar el feed

Pulsamos sobre enlazar y a continuación sobre

personalizar para obtener vista previa del mapa

Personalizamos nuestro mapa y copiamos el código html. Seleccionamos en Netvibes la

opción “widgets esenciales” y dentro de esta, el widget “html” y copiamos el código.

… y por último

Yahoo Pipes

¿Qué es?

� Herramienta que nos permite combinar feeds,

filtrarlos, utilizar servicios de terceros…

� Para poder usar Yahoo Pipes necesitamos estar

registrados en Yahoo.

� Desde la pantalla de inicio podremos navegar

por los “pipes” más populares

� Y comenzar a crear el nuestro

Yahoo Pipes

http://pipes.yahoo.com/pipes/

Nos registramos

Yahoo Pipes


Yahoo Pipes


Al dar click en cualquiera de

los módulos, nos mostrará una

pequeña descripción

Fuentes

Módulos

Yahoo Pipes


Sources: Fuentes, algunas predefinidas como

Flickr, Yahoo Search…

User imputs: módulo para que el usuario

ingrese datos (texto, fechas, etc.)

Operators: operadores para manipular feeds

(unir, truncar, ordenar, traducir, etc.)

URL: permite construir URLS

String: concatena cadenas de texto

Date: maneja fechas…

módulos

Yahoo Pipes


Para empezar a crear un pipe lo primero que tenemos que

hacer es arrastrar al área de trabajo el módulo o módulos que

queremos utilizar. En este caso se trata del módulo Fetch

Feed. Lo segundo ingresar la dirección de un feed

Yahoo Pipes


• Enlazamos el módulo Fletch con Pipe

Output y podemos ver en la parte inferior los

resultados.

• Podemos guardarlo “Save”

• Visualizarlo en run pipes

• Publicarlo

Yahoo Pipes


Resultados

Ejercicio 5

� Quieres ofrecer un servicio de noticias de actualidad médico-sanitaria a tus

usuarios.

� Para ello vas a utilizar varias fuentes de noticias y las va a mostrar de manera

integrada en tu página web:

Noticias de MedlinePlus: http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/spanish/

Biomedicina y Salud: http://www.plataformasinc.es/index.php/esl/Biomedicina-y-Salud

Elmundo.es salud: http://www.elmundo.es/elmundosalud/

Elpais.com: http://www.elpais.com/

� Vas a utilizar Yahoo Pipes


Pasos a seguir

Nos registramos en Yahoo pipes http://pipes.yahoo.com/pipes/

Utilizamos el módulo “Fletch Feed” para agregar los feeds de noticias que

queremos presentar. Podemos utilizar tantos módulos como feeds

tengamos.

Utilizamos el módulo unión (Operators) para enlazar todos los fletch feeds.

Utilizamos el módulo “Sort” (Operators) para ordenar las noticias, por

título, por fecha de publicacion, etc., de forma descendente o ascendente y

lo enlazamos al módulo unión

Enlazamos el módulo “sort” al módulo Pipe Output.

Guardamos el Pipe (save)

Para ver los resultado (run pipe)

Publicamos el Pipe (publish)

Incrustamos en nuestra página web

El módulo “ Union” tiene varias entradas (círculos celestes en la parte

superior) y cada módulo Fetch tiene una salida (círculo en la parte

inferior). Lo que hacemos es enlazar la salida de cada módulo Fetch a

una entrada de Union, la salida de “ Union” a la entrada del modulo

“ sort” y la salida del módulo “ sort” a la entrada del módulo “ Pipe

Output” .

Para obtener el código html

Resultado

Helena Martín Rodero

[email protected]

Madrid 6 de mayo de 2010

Gracias!!!

netvibes: integración de recursos de información en ciencias de la salud

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